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题名应用SNP标记高效鉴定黄瓜杂交种纯度
被引量：8
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作者
姚丹青
朱文莹
张微微
楼坚锋
潘俊松
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机构
上海市种子管理总站
上海交通大学
上海农林职业技术学校
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出处
《西北农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第4期595-604,共10页
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基金
"十二五"国家863现代农业技术领域项目(2012AA100101)
上海市科委重点科技攻关项目(12391901500)~~
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文摘
以71个市售黄瓜品种为材料,应用高分辨率熔解曲线技术筛选可用于黄瓜纯度检验和品种鉴定的SNP位点,并通过焦磷酸测序验证,得到14个SNP位点,这些位点在71个市售黄瓜品种中的多态信息量为0.079～0.528。为确保结果的准确性,利用该鉴定方法检测黄瓜杂交种F1的94粒种子,结果显示,Chr0108等6个SNP位点检测的种子纯度均为100%,且鉴定结果与SSR标记检测方法相符。表明,对供试样品同时进行这6个SNP位点的检测分析,能够更加可靠、准确、高效地鉴定其纯度,并可用于DUS测试分析,为今后葫芦科作物的品种审定和新品种保护等工作奠定基础。
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关键词
黄瓜
种子纯度
SNP标记
高分辨率熔解曲线
焦磷酸测序
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Keywords
Cucumber
Seed purity
Single nucleotide polymorphism（SNP）
High resolution melting（HRM）
Pyrosequencing technology
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分类号
S642.2
[农业科学—蔬菜学]
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题名基于SNP标记的黄瓜遗传多样性分析
被引量：9
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作者
姚丹青
楼坚锋
朱文莹
张微微
夏建明
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机构
上海市种子管理总站
上海交通大学农业与生物学院
上海农林职业技术学校
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出处
《上海农业学报》
CSCD
2017年第1期21-30,共10页
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基金
"十二五"国家863现代农业技术领域项目(2012AA100101)
上海市科委重点科技攻关项目(12391901500)
上海市科技兴农项目[沪农科攻字(2012)第2-1号]
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文摘
通过查询NCBI、葫芦科基因组网站数据库获得42个黄瓜候选SNP位点。应用高分辨率溶解曲线技术对71个市售黄瓜品种进行SNP位点筛选,并通过焦磷酸测序进行SNP基因分型分析,探索SNP标记在黄瓜品种鉴定中的应用前景。结果表明:42个SNP位点中有30个位点的多态信息量为0.027-0.528,平均为0.247;71个黄瓜品种两两间的遗传相似系数分布在0.4032-0.9839,即30个SNP位点的基因分型数据信息可以将71份黄瓜品种区分开。
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关键词
黄瓜
遗传多样性
SNP标记
高分辨率溶解曲线
焦磷酸测序
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Keywords
Cucumber
Genetic diversity
Single nucleotide polymorphism（SNP）
High resolution melting（HRM）
Pyrosequencing technology
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分类号
S642.2
[农业科学—蔬菜学]
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