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埃博拉病毒2014年毒株的基因组变异特征分析
被引量：
2
1
作者
朱永强
戚中田
+1 位作者
王升跃
董辉
《第二军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第6期612-618,共7页
目的通过对埃博拉病毒2014年毒株基因组共102株序列的分析,研究其变异特征,探讨病毒基因组变异与其流行病学特征改变之间的关系。方法选取NCBI公共数据库中埃博拉病毒全基因组序列,应用Mummer3.0软件分析病毒基因组变异特征;使用MEGA5...
目的通过对埃博拉病毒2014年毒株基因组共102株序列的分析,研究其变异特征,探讨病毒基因组变异与其流行病学特征改变之间的关系。方法选取NCBI公共数据库中埃博拉病毒全基因组序列,应用Mummer3.0软件分析病毒基因组变异特征;使用MEGA5软件进行蛋白进化分析;应用CPHmodels和PyMOL软件,根据蛋白同源性模拟蛋白的三维构型。结果埃博拉病毒2014年毒株(扎伊尔型)基因组中,共有606个位点发生变异,其中有49个变异位点是2014年毒株特有的、并导致所编码的氨基酸发生非同义突变。特别是NP蛋白第128位、GP蛋白第82位和L蛋白第1 951位氨基酸,不仅在2014年之前所有的扎伊尔型毒株中是保守不变的,而且在其余埃博拉病毒亚型之间也是高度保守的,但在2014年毒株中却发生了特异性的变异。结论埃博拉病毒2014年毒株基因组具有独特的变异特征,使得NP、GP和L蛋白发生变异,特别是GP蛋白第82位氨基酸由丙氨酸突变为缬氨酸,将影响其所在的α螺旋的稳定性,这可能是2014年毒株致死能力减弱和传播能力增强的原因之一。基因组变异是否直接导致此次疫情中病毒流行病学特征改变,还需要进一步的实验研究证实。
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关键词
埃博拉病毒
病毒基因组
变异(遗传学)
计算生物学
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职称材料
转录组测序深度对表达基因检出及表达量估计的影响
被引量：
7
2
作者
高原
王翌霞
+2 位作者
张亮
窦同海
周雁
《云南农业大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第5期642-647,共6页
基于第二代测序技术的转录组测序(RNA-seq)是目前基因表达分析的重要手段,其测序深度与检出的表达基因数量及基因表达量准确程度直接相关。为探索转录组测序深度对基因表达分析的影响,进而为不同实验需求选择合适的测序深度提供参考,本...
基于第二代测序技术的转录组测序(RNA-seq)是目前基因表达分析的重要手段,其测序深度与检出的表达基因数量及基因表达量准确程度直接相关。为探索转录组测序深度对基因表达分析的影响,进而为不同实验需求选择合适的测序深度提供参考,本研究采用Hiseq2000高通量测序平台完成小鼠大脑转录组的深度测序,共产出38 M有效reads。从中随机抽取总量的25%,50%,75%和全部数据模拟建成4个不同测序深度的文库,并以相对表达量RPKM值的高低将表达基因划分为5组,比较分析不同测序深度下不同组别检出表达基因个数以及基因相对表达量(RPKM)的变化。结果表明,9.5 M reads的测序深度中可检出81.55%的总编码基因,而随测序深度增加新检出表达基因的数量逐步减少。基因表达量的分析中,中高表达量基因RPKM[30,+∞)、偏低表达基因RPKM[3,30)和低表达基因RPKM[1,3)的相对表达量分别在9.5 M,19 M和28.5 M有效reads的测序深度以上的文库中趋于稳定。由此可知,研究中高表达基因时,可参考的转录组测序量为9.5 M有效reads以上,而研究低表达基因时,测序量需为19 M有效reads或更高。
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关键词
高通量测序技术
测序深度
基因检出个数
基因表达量
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职称材料
利用高通量测序技术探究淞江鲈体表细菌的分类
被引量：
2
3
作者
王翌霞
罗武松
+2 位作者
秦志浩
王金秋
周雁
《云南农业大学学报（自然科学版）》
CSCD
北大核心
2016年第1期87-94,共8页
微生物引起的皮肤溃烂是淞江鲈（Trachidermus fasciatus Heckel）常见的慢性感染性疾病,也是人工养殖过程中导致其产量下降的重要因素之一。现代微生物群落的主要研究方法不依赖于分离培养,而采用DNA高通量测序技术。高通量测序技术中...
微生物引起的皮肤溃烂是淞江鲈（Trachidermus fasciatus Heckel）常见的慢性感染性疾病,也是人工养殖过程中导致其产量下降的重要因素之一。现代微生物群落的主要研究方法不依赖于分离培养,而采用DNA高通量测序技术。高通量测序技术中为了提高测序效率、区分不同样本,引入了“标签序列”（barcode）。本研究探索Illumina MiSeq平台双向测定淞江鲈表皮菌群样本16S rRNA基因的V1～V3区序列的可行性,并且考察barcode长度和测序量对细菌群落结构分析的影响。结果表明：双向测序的拼接成功率达93%,可以成功识别V1～V3区。不同长度的barcode对序列分库有较大影响,建议采用12 bp以上长度的barcode。样本中有效序列的数目对可操作分类单元（OTU）的划分影响很大,在测试的有效序列数范围内,OTU数随有效序列数线性增加。当测序量达到6 000～9 000时属及以上分类数曲线逐渐进入平台期,可覆盖样本中的大部分种属。结合测序和文献结果,可推测黄杆菌属（Flavobacterium）、希瓦氏菌属（Shewanella）、假单胞菌属（Pseudomonas）可能与淞江鲈皮肤溃烂相关。
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关键词
淞江鲈
皮肤细菌
测序
分类
BARCODE
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职称材料
题名
埃博拉病毒2014年毒株的基因组变异特征分析
被引量：
2
1
作者
朱永强
戚中田
王升跃
董辉
机构
上海人类基因组研究中心上海市疾病与健康基因组学重点实验室
复旦大
学
生命科
学
学
院
第二军医大
学
热带医
学
和公共卫生
学
系生物防御(微生物)教研室
出处
《第二军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第6期612-618,共7页
基金
"艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治"科技重大专项"十二五"课题(2013ZX10004104)
国家自然科学基金(91331107)
上海市科委基础研究课题(12ZR1421200)~~
文摘
目的通过对埃博拉病毒2014年毒株基因组共102株序列的分析,研究其变异特征,探讨病毒基因组变异与其流行病学特征改变之间的关系。方法选取NCBI公共数据库中埃博拉病毒全基因组序列,应用Mummer3.0软件分析病毒基因组变异特征;使用MEGA5软件进行蛋白进化分析;应用CPHmodels和PyMOL软件,根据蛋白同源性模拟蛋白的三维构型。结果埃博拉病毒2014年毒株(扎伊尔型)基因组中,共有606个位点发生变异,其中有49个变异位点是2014年毒株特有的、并导致所编码的氨基酸发生非同义突变。特别是NP蛋白第128位、GP蛋白第82位和L蛋白第1 951位氨基酸,不仅在2014年之前所有的扎伊尔型毒株中是保守不变的,而且在其余埃博拉病毒亚型之间也是高度保守的,但在2014年毒株中却发生了特异性的变异。结论埃博拉病毒2014年毒株基因组具有独特的变异特征,使得NP、GP和L蛋白发生变异,特别是GP蛋白第82位氨基酸由丙氨酸突变为缬氨酸,将影响其所在的α螺旋的稳定性,这可能是2014年毒株致死能力减弱和传播能力增强的原因之一。基因组变异是否直接导致此次疫情中病毒流行病学特征改变,还需要进一步的实验研究证实。
关键词
埃博拉病毒
病毒基因组
变异(遗传学)
计算生物学
Keywords
Ebola virus
viral genome
variation（genetics）
computational biology
分类号
R373.9 [医药卫生—病原生物学]
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职称材料
题名
转录组测序深度对表达基因检出及表达量估计的影响
被引量：
7
2
作者
高原
王翌霞
张亮
窦同海
周雁
机构
复旦大
学
生命科
学
学
院微生物
学
与微生物工程系
上海
人类
基因组研究
中心
出处
《云南农业大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第5期642-647,共6页
文摘
基于第二代测序技术的转录组测序(RNA-seq)是目前基因表达分析的重要手段,其测序深度与检出的表达基因数量及基因表达量准确程度直接相关。为探索转录组测序深度对基因表达分析的影响,进而为不同实验需求选择合适的测序深度提供参考,本研究采用Hiseq2000高通量测序平台完成小鼠大脑转录组的深度测序,共产出38 M有效reads。从中随机抽取总量的25%,50%,75%和全部数据模拟建成4个不同测序深度的文库,并以相对表达量RPKM值的高低将表达基因划分为5组,比较分析不同测序深度下不同组别检出表达基因个数以及基因相对表达量(RPKM)的变化。结果表明,9.5 M reads的测序深度中可检出81.55%的总编码基因,而随测序深度增加新检出表达基因的数量逐步减少。基因表达量的分析中,中高表达量基因RPKM[30,+∞)、偏低表达基因RPKM[3,30)和低表达基因RPKM[1,3)的相对表达量分别在9.5 M,19 M和28.5 M有效reads的测序深度以上的文库中趋于稳定。由此可知,研究中高表达基因时,可参考的转录组测序量为9.5 M有效reads以上,而研究低表达基因时,测序量需为19 M有效reads或更高。
关键词
高通量测序技术
测序深度
基因检出个数
基因表达量
Keywords
high-throughput sequencing technology
RNA-seq
sequencing depth
number of detectived gene
gene expression value
分类号
Q786 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
利用高通量测序技术探究淞江鲈体表细菌的分类
被引量：
2
3
作者
王翌霞
罗武松
秦志浩
王金秋
周雁
机构
复旦大
学
生命科
学
学
院微生物
学
与微生物工程系
复旦大
学
生命科
学
学
院遗传
学
研究
所遗传
学
国家
重点
实验室
上海人类基因组研究中心上海市疾病与健康基因组学重点实验室
出处
《云南农业大学学报（自然科学版）》
CSCD
北大核心
2016年第1期87-94,共8页
基金
公益性行业(农业)科研专项经费(201203065)
国家高技术研究发展计划(863)课题(2012AA020409)
文摘
微生物引起的皮肤溃烂是淞江鲈（Trachidermus fasciatus Heckel）常见的慢性感染性疾病,也是人工养殖过程中导致其产量下降的重要因素之一。现代微生物群落的主要研究方法不依赖于分离培养,而采用DNA高通量测序技术。高通量测序技术中为了提高测序效率、区分不同样本,引入了“标签序列”（barcode）。本研究探索Illumina MiSeq平台双向测定淞江鲈表皮菌群样本16S rRNA基因的V1～V3区序列的可行性,并且考察barcode长度和测序量对细菌群落结构分析的影响。结果表明：双向测序的拼接成功率达93%,可以成功识别V1～V3区。不同长度的barcode对序列分库有较大影响,建议采用12 bp以上长度的barcode。样本中有效序列的数目对可操作分类单元（OTU）的划分影响很大,在测试的有效序列数范围内,OTU数随有效序列数线性增加。当测序量达到6 000～9 000时属及以上分类数曲线逐渐进入平台期,可覆盖样本中的大部分种属。结合测序和文献结果,可推测黄杆菌属（Flavobacterium）、希瓦氏菌属（Shewanella）、假单胞菌属（Pseudomonas）可能与淞江鲈皮肤溃烂相关。
关键词
淞江鲈
皮肤细菌
测序
分类
BARCODE
Keywords
roughskin sculpin （ Trachidermus fasciatus）
cutaneous bacteria
sequencing
classification
barcode
分类号
Q93 [生物学—微生物学]
S941.42 [农业科学—水产养殖]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
埃博拉病毒2014年毒株的基因组变异特征分析
朱永强
戚中田
王升跃
董辉
《第二军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
转录组测序深度对表达基因检出及表达量估计的影响
高原
王翌霞
张亮
窦同海
周雁
《云南农业大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2014
7
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
利用高通量测序技术探究淞江鲈体表细菌的分类
王翌霞
罗武松
秦志浩
王金秋
周雁
《云南农业大学学报（自然科学版）》
CSCD
北大核心
2016
2
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