上海市老年高血压患者中医证型与IL-10启动子rs1800871基因多态性的相关性分析 被引量：8

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作者 张少言 林赟霄 +9 位作者 赵外荣 刘春燕 袁文涛 陈浩 沈琳 陈昕琳 唐靖一 周端 施锦绣 王佑华 《中华中医药学刊》 CAS 北大核心 2017年第3期618-621,共4页

目的:分析上海市老年高血压病中医证型与炎症因子IL-10启动子区rs1800871基因多态性的相关性,探索老年高血压病中医证型发病的基因遗传变异。方法:收取900例体检老年高血压患者,利用Nano Drop技术进行基因分型,分析高血压中医证型与IL-1... 目的:分析上海市老年高血压病中医证型与炎症因子IL-10启动子区rs1800871基因多态性的相关性,探索老年高血压病中医证型发病的基因遗传变异。方法:收取900例体检老年高血压患者,利用Nano Drop技术进行基因分型,分析高血压中医证型与IL-10 rs1800871基因多态性的关系。结果:IL-10 rs1800871基因多态性符合Hardy-Weinberg遗传平衡法则。高血压各中医证型TT、TC、CC分布无显著性差异(P>0.05),经性别分层后,老年男性高血压患者高血压各中医证型中的分布具有显著差异,对老年男性高血压患者虚实证型变化具有显著影响。老年女性高血压患者高血压各中医证型中的分布不具有显著差异,虚实证型变化没有显著影响。结论:rs1800871基因多态性与老年男性高血压中医证型相关,与老年男性高血压虚实辨证相关。 展开更多

关键词 老年高血压病 中医证型 基因多态性 IL-10

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SUR1和KCNJ11基因多态性与磺脲类药物继发性失效的相关性研究 被引量：4

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作者 邵倩 班博 施锦绣 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第7期927-931,共5页

目的探讨磺脲类药物受体1(SUR1)基因的外显子16-3c/t、内向整流性钾通道(potassium inwardly-rectifying channel subfamily J,member 11,KCNJ11)基因的E23K变异与2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)患者磺脲类药物继发性失效(se... 目的探讨磺脲类药物受体1(SUR1)基因的外显子16-3c/t、内向整流性钾通道(potassium inwardly-rectifying channel subfamily J,member 11,KCNJ11)基因的E23K变异与2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)患者磺脲类药物继发性失效(secondary failure of sulfonylurea,SFS)的关系。方法选取山东地区T2DM患者200例,其中磺脲类药物有效者114例,SFS者86例,运用SNaPshot技术(ABI Biosystem,USA)对SUR1 16-3c/t、KCNJ11 E23K进行基因分型。结果 SUR1 16-3c/t和KCNJ11 E23K等位基因的发生频率均符合Hardy-Weinberg平衡;KCNJ11 E23K各基因型的分布在SFS组及有效组之间差异无统计学意义(P>0.05);SUR116-3c/t各基因型的分布在SFS组和有效组之间差异有统计学意义(P<0.01),且"t"等位基因的频率在SFS组明显增高[比值比(OR)=1.87,95%可信区间(CI)为1.23～2.85,P<0.01]。Logistic回归分析中,校正性别、年龄、BMI、F-C肽、TG、TC、HDL-C、LDL-C后,SUR1 16-3c/t的t/t基因型是SFS发生的独立危险因素[比值比(OR)=2.82,95%可信区间(CI)为1.57～5.07,P<0.01]。结论 SUR1外显子16-3c/t多态性可能与山东地区磺脲类药物继发性失效有明显相关性。 展开更多

关键词 2型糖尿病 磺脲类药物 基因多态性 SNaPshot技术 SUR1 KCNJ11

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埃博拉病毒2014年毒株的基因组变异特征分析 被引量：2

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作者 朱永强 戚中田 +1 位作者 王升跃 董辉 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期612-618,共7页

目的通过对埃博拉病毒2014年毒株基因组共102株序列的分析,研究其变异特征,探讨病毒基因组变异与其流行病学特征改变之间的关系。方法选取NCBI公共数据库中埃博拉病毒全基因组序列,应用Mummer3.0软件分析病毒基因组变异特征;使用MEGA5... 目的通过对埃博拉病毒2014年毒株基因组共102株序列的分析,研究其变异特征,探讨病毒基因组变异与其流行病学特征改变之间的关系。方法选取NCBI公共数据库中埃博拉病毒全基因组序列,应用Mummer3.0软件分析病毒基因组变异特征;使用MEGA5软件进行蛋白进化分析;应用CPHmodels和PyMOL软件,根据蛋白同源性模拟蛋白的三维构型。结果埃博拉病毒2014年毒株(扎伊尔型)基因组中,共有606个位点发生变异,其中有49个变异位点是2014年毒株特有的、并导致所编码的氨基酸发生非同义突变。特别是NP蛋白第128位、GP蛋白第82位和L蛋白第1 951位氨基酸,不仅在2014年之前所有的扎伊尔型毒株中是保守不变的,而且在其余埃博拉病毒亚型之间也是高度保守的,但在2014年毒株中却发生了特异性的变异。结论埃博拉病毒2014年毒株基因组具有独特的变异特征,使得NP、GP和L蛋白发生变异,特别是GP蛋白第82位氨基酸由丙氨酸突变为缬氨酸,将影响其所在的α螺旋的稳定性,这可能是2014年毒株致死能力减弱和传播能力增强的原因之一。基因组变异是否直接导致此次疫情中病毒流行病学特征改变,还需要进一步的实验研究证实。 展开更多

关键词 埃博拉病毒 病毒基因组 变异(遗传学) 计算生物学

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转录组测序深度对表达基因检出及表达量估计的影响 被引量：7

4

作者 高原 王翌霞 +2 位作者 张亮 窦同海 周雁 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期642-647,共6页

基于第二代测序技术的转录组测序(RNA-seq)是目前基因表达分析的重要手段,其测序深度与检出的表达基因数量及基因表达量准确程度直接相关。为探索转录组测序深度对基因表达分析的影响,进而为不同实验需求选择合适的测序深度提供参考,本... 基于第二代测序技术的转录组测序(RNA-seq)是目前基因表达分析的重要手段,其测序深度与检出的表达基因数量及基因表达量准确程度直接相关。为探索转录组测序深度对基因表达分析的影响,进而为不同实验需求选择合适的测序深度提供参考,本研究采用Hiseq2000高通量测序平台完成小鼠大脑转录组的深度测序,共产出38 M有效reads。从中随机抽取总量的25%,50%,75%和全部数据模拟建成4个不同测序深度的文库,并以相对表达量RPKM值的高低将表达基因划分为5组,比较分析不同测序深度下不同组别检出表达基因个数以及基因相对表达量(RPKM)的变化。结果表明,9.5 M reads的测序深度中可检出81.55%的总编码基因,而随测序深度增加新检出表达基因的数量逐步减少。基因表达量的分析中,中高表达量基因RPKM[30,+∞)、偏低表达基因RPKM[3,30)和低表达基因RPKM[1,3)的相对表达量分别在9.5 M,19 M和28.5 M有效reads的测序深度以上的文库中趋于稳定。由此可知,研究中高表达基因时,可参考的转录组测序量为9.5 M有效reads以上,而研究低表达基因时,测序量需为19 M有效reads或更高。 展开更多

关键词 高通量测序技术 测序深度 基因检出个数 基因表达量

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dCTP焦磷酸酶在胃癌组织中的表达和分布及其临床相关性研究 被引量：2

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作者 徐苓 夏立亮 +5 位作者 宋飞飞 季萍 王树军 张勇 沈立松 王颖 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期172-177,共6页

目的检测d CTP焦磷酸酶(DCTPP1)在胃癌组织中的表达和分布,分析其与临床胃癌病理特征的相关性,探讨DCTPP1参与胃癌发生与发展的可能机制。方法收集胃癌手术患者正常、癌旁和肿瘤组织,Western blotting比较DCTPP1蛋白在3类组织中的表达,... 目的检测d CTP焦磷酸酶(DCTPP1)在胃癌组织中的表达和分布,分析其与临床胃癌病理特征的相关性,探讨DCTPP1参与胃癌发生与发展的可能机制。方法收集胃癌手术患者正常、癌旁和肿瘤组织,Western blotting比较DCTPP1蛋白在3类组织中的表达,免疫组织化学法检测DCTPP1在胃癌肿瘤细胞中的表达和分布,探讨其与胃癌临床病理特征的相关性,分析DCTPP1在不同分期胃癌中的表达和分布。结果来自于同一患者的3类组织样本中,胃癌组织中DCTPP1的表达量明显高于同一个体正常组织和癌旁组织。组织学观察结果显示,DCTPP1在胃癌组织细胞的细胞质及细胞核中均有表达,并且胃癌分期越高,其在细胞核中的表达越多。在伴随淋巴结转移的胃癌样本中,DCTPP1的细胞核表达高于未发生转移的肿瘤样本。结论与正常和癌旁组织相比,DCTPP1在胃癌组织呈现高表达现象,并且其在肿瘤细胞核的富集表达与肿瘤的恶性程度和转移存在一定的统计学相关性。DCTPP1参与调节细胞内异常核苷酸的代谢,其在肿瘤细胞中的高表达和在细胞核中的聚集可能在胃癌的发生与发展过程中发挥重要作用。 展开更多

关键词 胃癌 dCTP焦磷酸酶 病理相关性 淋巴结转移

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AMETH_3452基因在拟无枝酸菌中的系统发育分析

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作者 唐标 吴静 +2 位作者 郑华军 赵维 杨华 《浙江农业科学》 2021年第4期763-767,共5页

AMETH_3452基因是拟无枝酸菌(Amycolatopsis)中发现的一个放线菌的保守基因,位于拟无枝酸菌属中的环形基因组中间位置。为进一步探究该基因的序列特征并挖掘该基因的应用潜力,本研究将该基因构建在pET28载体上,在大肠杆菌中进行表达,使... AMETH_3452基因是拟无枝酸菌(Amycolatopsis)中发现的一个放线菌的保守基因,位于拟无枝酸菌属中的环形基因组中间位置。为进一步探究该基因的序列特征并挖掘该基因的应用潜力,本研究将该基因构建在pET28载体上,在大肠杆菌中进行表达,使用蛋白预测网站进行了二级结构和保守区分析,对其直系同源基因在拟无枝酸菌属进行了系统发育分析。AMETH_3452蛋白在大肠杆菌的上清液中可溶性表达。该基因在拟无枝酸菌属的核酸同源性为79.23%~99.02%,在300~500 bp的序列一致性较高。该蛋白序列共269个氨基酸,作为分子标记在76个拟无枝酸菌中进行系统发育分析后发现,东方拟无枝酸菌分支和甲基拟无枝酸菌分支稳定性高,同时可将东方拟无枝酸菌分支分成AORIS和AMEDS 2个可稳定的分支。以上研究将为AMETH_3452基因作为检测环境、动物或临床上的放线菌或系统发育应用研究提供依据。 展开更多

关键词 AMETH_3452 拟无枝酸菌 系统发育

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GNAS基因新生突变致假性甲状旁腺功能减退症Ia型1例 被引量：3

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作者 沈珉 柳林 +3 位作者 刘阳 卢洪文 逄力男 褚迅 《临床儿科杂志》 CSCD 北大核心 2017年第8期601-604,共4页

目的鉴定导致假性甲状旁腺功能减退症(PHP)Ia型发病的GNAS基因突变。方法回顾分析1例PHP-Ia型患儿的临床资料。利用Sanger测序方法对患儿及其父母GNAS基因的13外显子进行检测。疑似致病突变在478例健康对照者中进行筛查,排除非致病性变... 目的鉴定导致假性甲状旁腺功能减退症(PHP)Ia型发病的GNAS基因突变。方法回顾分析1例PHP-Ia型患儿的临床资料。利用Sanger测序方法对患儿及其父母GNAS基因的13外显子进行检测。疑似致病突变在478例健康对照者中进行筛查,排除非致病性变异。利用深度测序方法对患儿及其父母外周静脉血的DNA进行测序,分析确定致病突变的起源。结果女性患儿,实验室检查结果示低血钙、高血磷及高甲状旁腺素(PTH);体格检查有Albright遗传性骨营养不良(AHO)畸形。临床表现符合PHP-Ia型特征。GNAS基因突变筛查发现1个尚未见报道的,位于6号外显子的错义突变(c.479G>C,p.R160P)。父母及健康对照均者未发现该突变。针对突变所在的GNAS基因6号外显子在患儿及其父母外周静脉血的DNA中进行深度测序,每个样本均获得8 000条左右的序列。患儿父母的所有序列中均筛查到该突变。患儿序列中,3 984条携带G等位基因,4 019条携带C等位基因,两者的数目大致相同。深度测序的结果提示,该突变是来源于母系生殖细胞的新发突变。结论发现一个导致PHP-Ia型发生的GNAS基因新突变(c.479G>C,p.R160P),推测该突变起源于母亲生殖细胞。 展开更多

关键词 假性甲状旁腺功能减退症Ia型 GNAS基因 新生突变

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基因的专利问题 被引量：8

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作者 李伟 傅刚 《医学与哲学》 1998年第11期578-581,共4页

基因专利是现代生物技术产业以及人类基因组计划的产物。在发现基因的方法中，ｃＤＮＡ测序由于其投资少、见效快的特点而受到世界各大制药公司的青睐，竞相投入资金进行ｃＤＮＡ测序，并对其产生的ＥＳＴｓ、ＳＮＰｓ和全长基因等申请... 基因专利是现代生物技术产业以及人类基因组计划的产物。在发现基因的方法中，ｃＤＮＡ测序由于其投资少、见效快的特点而受到世界各大制药公司的青睐，竞相投入资金进行ｃＤＮＡ测序，并对其产生的ＥＳＴｓ、ＳＮＰｓ和全长基因等申请专利保护。本文介绍了美国的基因相关的专利法，以及关于基因专利的争论。 展开更多

关键词 基因专利 专利法 生物制药产业

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抗H5N1禽流感病毒VHH抗体库的构建 被引量：8

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作者 严安 孙冰玉 +8 位作者 夏立亮 吴标 包文静 车小燕 孙志伟 金维荣 赵国屏 熊慧 王颖 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期44-49,共6页

目的:构建抗H5N1禽流感病毒的小羊驼免疫噬菌体重链可变区抗体库(VHH型抗体库),为抗H5N1的VHH抗体筛选奠定基础。方法:利用H5N1灭活疫苗免疫小羊驼,一定免疫时间后测定小羊驼外周血清中抗体中和活性,分离其外周淋巴细胞,利用RT-PCR方法... 目的:构建抗H5N1禽流感病毒的小羊驼免疫噬菌体重链可变区抗体库(VHH型抗体库),为抗H5N1的VHH抗体筛选奠定基础。方法:利用H5N1灭活疫苗免疫小羊驼,一定免疫时间后测定小羊驼外周血清中抗体中和活性,分离其外周淋巴细胞,利用RT-PCR方法得到VHH抗体片段。通过优化连接和电转化方法,将足量VHH片段与pCANTAB5E连接后电转入大肠杆菌TG1,获得VHH抗体基因库;检测基因库库容以及多样性,并采用血凝抑制试验对噬菌体抗体库进行初步功能性鉴定。结果:利用H5N1灭活疫苗免疫小羊驼四次后,其外周血清中抗体血清抑制效价可达1∶2 560,构建的VHH抗体基因库库容可达3×108,随机挑选14个抗体基因克隆进行测序鉴定,结果显示均为独立克隆,表明所建抗体库多样性好。上述基因库经辅助噬菌体拯救后,得到抗H5N1的噬菌体VHH型抗体初级库,对初级库进行血凝抑制试验,结果呈阳性,表明初级库中存在具有潜在中和活性的抗H5N1抗体。结论:结果表明,已成功构建抗H5N1禽流感病毒的小羊驼免疫噬菌体重链抗体库,为进一步筛选抗H5N1禽流感的重链抗体打下良好基础,并为H5N1的早期临床诊断和治疗提供新的手段。 展开更多

关键词 H5N1 噬菌体抗体库 重链可变区抗体 禽流感病毒

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利用高通量测序技术探究淞江鲈体表细菌的分类 被引量：2

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作者 王翌霞 罗武松 +2 位作者 秦志浩 王金秋 周雁 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2016年第1期87-94,共8页

微生物引起的皮肤溃烂是淞江鲈（Trachidermus fasciatus Heckel）常见的慢性感染性疾病,也是人工养殖过程中导致其产量下降的重要因素之一。现代微生物群落的主要研究方法不依赖于分离培养,而采用DNA高通量测序技术。高通量测序技术中... 微生物引起的皮肤溃烂是淞江鲈（Trachidermus fasciatus Heckel）常见的慢性感染性疾病,也是人工养殖过程中导致其产量下降的重要因素之一。现代微生物群落的主要研究方法不依赖于分离培养,而采用DNA高通量测序技术。高通量测序技术中为了提高测序效率、区分不同样本,引入了“标签序列”（barcode）。本研究探索Illumina MiSeq平台双向测定淞江鲈表皮菌群样本16S rRNA基因的V1～V3区序列的可行性,并且考察barcode长度和测序量对细菌群落结构分析的影响。结果表明：双向测序的拼接成功率达93%,可以成功识别V1～V3区。不同长度的barcode对序列分库有较大影响,建议采用12 bp以上长度的barcode。样本中有效序列的数目对可操作分类单元（OTU）的划分影响很大,在测试的有效序列数范围内,OTU数随有效序列数线性增加。当测序量达到6 000～9 000时属及以上分类数曲线逐渐进入平台期,可覆盖样本中的大部分种属。结合测序和文献结果,可推测黄杆菌属（Flavobacterium）、希瓦氏菌属（Shewanella）、假单胞菌属（Pseudomonas）可能与淞江鲈皮肤溃烂相关。 展开更多

关键词 淞江鲈 皮肤细菌 测序 分类 BARCODE

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抗H5N1禽流感病毒羊驼重链单域抗体的制备和功能鉴定 被引量：3

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作者 夏立亮 吴标 +3 位作者 程亚庭 包文静 赵国屏 王颖 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期137-141,160,共6页

目的:获得具有中和活性、高特异性和稳定性的抗H5N1禽流感病毒血凝素蛋白(HA)的羊驼重链单域(VHH)抗体。方法:利用pET-22b表达载体诱导表达抗H5N1禽流感病毒HA VHH抗体蛋白,以包涵体形式表达的VHH抗体蛋白采用最优复性方法进行复性后,... 目的:获得具有中和活性、高特异性和稳定性的抗H5N1禽流感病毒血凝素蛋白(HA)的羊驼重链单域(VHH)抗体。方法:利用pET-22b表达载体诱导表达抗H5N1禽流感病毒HA VHH抗体蛋白,以包涵体形式表达的VHH抗体蛋白采用最优复性方法进行复性后,获得高纯度的VHH抗体,分别采用ELISA法鉴定VHH抗体的亲和力和热稳定性,采用血凝抑制实验鉴定抗体的特异性和体外中和活性。结果:经复性的抗H5N1禽流感HA VHH抗体对H5N1禽流感病毒HA具有良好的特异性。通过对三种不同复性方法比较,利用柱上复性的VHH23抗体具有较好的热稳定性,亲和力为9.1×10-7mol/L,同时对H5N1禽流感病毒HA具有良好的体外中和活性。结论:实验结果表明通过原核表达获得具有较好中和活性、特异性及稳定性的抗H5N1禽流感病毒VHH抗体,为进一步开展抗体的体内病毒中和试验奠定良好基础。 展开更多

关键词 H5N1禽流感病毒 重链可变区抗体 包涵体复性 活性鉴定

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