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题名土壤微生物分子生态学研究中总DNA的提取
被引量：72
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作者
赵勇
周志华
李武
刘彬彬
潘迎捷
赵立平
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机构
南京农业大学微生物学系
上海交通大学生命科学技术学院微生物分子生态学与基因组学实验室
上海水产大学食品科学学院
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出处
《农业环境科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2005年第5期854-860,共7页
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基金
国家863计划(2001AA214131)
上海市农委资助项目(2002-4-4-2
2003-15-2)
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文摘
建立了一种土壤DNA提取方法。根据DNA产量和纯度2个评价指标,从3种手提土壤DNA方法中优选出方法B为手提DNA方法(Labmethod),它包括样品预处理,细胞裂解,粗DNA纯化,其中细胞裂解组合了玻璃珠击打,SDS裂解,溶菌酶裂解。进一步应用PCR-限制性片段长度多态性(Restrictionfragmentlengthpolymorphism,RFLP)技术及PCR-温度梯度凝胶电泳(Temperaturegradientgelelectrophoresis,TGGE)技术,结合DNA产量、纯度、片段大小以及所反映的微生物群落结构特性等指标评价了手提方法(Labmethod)得到的总DNA质量,并将这些结果与2种应用较广的商业试剂盒(MoBioUltraCleanSoilDNAKit和Bio101FastDNASPINKit(ForSoil))所得DNA的各种指标进行了比较。结果表明,手提方法(Labmethod)的粗DNA产量低于Bio101Kit的,但高于MoBioKit的。这些方法所得DNA的长度都在21kb左右,Labmethod提取的DNA没有严重被剪切现象,而2种试剂盒提取的DNA都有不同程度的剪切。手提方法得到的DNA经纯化后,应用细菌及真菌特异引物进行PCR扩增,均能获得目的片段,表明该方法能从土壤中同时有效提取细菌和真菌总基因组DNA。并且,手提方法所得DNA的细菌16SrDNA和真菌18SrDNA的PCR-RFLP图谱与两种商业试剂盒的图谱基本相似,但3种方法提取的DNA在细菌16SrDNAV3区和真菌28SrDNA片段的PCR-TGGE图谱上都存在一定差异,主要表现在一些弱势条带的有无或强弱上。这说明手提方法提取的总DNA与2种商业试剂盒一样,在一定程度上能反映微生物群落的多样性和组成。总之,手提DNA方法(Labmethod)所用试剂普通,价格便宜,能在4h以内获得够质够量的土壤DNA用于微生物分子生态学研究,较适合于广大普通实验室进行土壤DNA提取工作。
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关键词
土壤DNA提取
DNA质量
PCR扩增
限制性片段长度多态性分析
温度梯度凝胶电泳分析
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Keywords
soil DNA extraction
DNA quality
PCR amplification
restriction fragment length polymorphism （RFLP） analysis
temperature gradient gel electrophoresis （TGGE） analysis
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分类号
S151.9
[农业科学—土壤学]
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题名秸秆还田后土壤微生物群落结构变化的初步研究
被引量：38
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作者
赵勇
李武
周志华
张晓君
潘迎捷
赵立平
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机构
南京农业大学微生物学系
上海交通大学生命科学技术学院微生物分子生态学与基因组学实验室
上海水产大学食品科学学院
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出处
《农业环境科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2005年第6期1114-1118,共5页
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基金
国家863计划(2001AA214131)
上海市农委资助项目(2002-4-4-2
+2 种基金
2003-15-2)
上海市重点学科建设项目资助
项目编号:T1102
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文摘
通过实验室条件下的小麦秸秆粉和油菜秸秆粉的还土试验,结合常规的分析手段和基于DNA的分子技术(变性梯度凝胶电泳(DGGE)及测序技术),初步研究了秸秆粉还田后土壤物理化学特性及生物学特性的变化。结果表明,培养60d后,秸秆还田土壤的肥力明显提高,其纤维素酶活性明显增强。DGGE图谱表明,对照土壤(S)以及处理土壤(SW和SR),在培养过程中,β-Proteobacteria类细菌组成都在发生变化。对其中一个样品的DGGE条带进行了割胶测序,测序结果表明,大部分条带代表的微生物是未培养的或不可培养的。采用传统分离培养技术,从秸秆还田土壤中分离了2株纤维素降解菌。以上结果说明,秸秆还田具有良好的土壤综合效应。
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关键词
秸秆
纤维素酶活性
变性梯度凝胶电泳
β-Proteobacteria
纤维素降解菌
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Keywords
straw
cellulase activity
denaturing gradient gel electrophoresis
β-proteobacteria
cellulolytic bacteria
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分类号
Q938.1
[生物学—微生物学]
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题名土壤微生物在不同纤维素富集条件下的多样性
被引量：5
- 3
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作者
张晶
张晓君
张梦晖
陈小云
赵立平
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机构
上海交通大学生命科学技术学院
南京农业大学资环学院
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出处
《农业环境科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第4期1449-1453,共5页
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基金
上海市农委攻关项目(沪农科攻字(2003)第15-2号)
教育部留学回国人员科研启动基金资助项目
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文摘
应用PCR-DGGE分子技术并结合聚类分析、主成分分析(PCA)等统计分析方法,对土壤微生物在几种不同的纤维素富集培养条件下的多样性进行分析。结果发现,不同的纤维素富集培养条件对土壤微生物的多样性有不同程度的影响:CMC和PCS两种培养基在50℃时所回收的土壤微生物的菌群结构和组成比较相似;纤维素富集培养基(J培养基)同CMC两种培养基所回收的土壤微生物菌群结构和组成却有很大的差异;50℃条件下所回收的土壤微生物其菌群结构和组成同28℃、37℃两个温度相比也相差较大。这一结果表明,组合不同的纤维素富集培养条件,结合分子和统计分析,可以对土壤样品在不同纤维素富集培养条件下微生物的多样性进行检测和评估,同时还可以为分离目标菌时富集培养条件的选择提供很有价值的参考。
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关键词
土壤微生物
纤维素富集培养
DGGE
聚类分析
主成份分析(PCA)
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Keywords
soil microbe
cellulose enrichment conditions
DGGE
Cluster analysis
PCA
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分类号
S154.36
[农业科学—土壤学]
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题名仔猪粪样中大肠杆菌肠毒素基因的检测
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作者
孙磊
赵立平
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机构
上海交通大学生命科学技术学院微生物分子生态学与生态基因组学实验室
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出处
《动物医学进展》
CSCD
2003年第6期89-91,共3页
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文摘
本实验用针对大肠杆菌肠毒素基因 L T( heat-labile)、STa( heat-stable )、STb( heat-stable )的引物直接对从猪场采集的腹泻仔猪的粪便总 DNA进行扩增。结果表明只有 STb基因被检测到。把检测到的 DNA片段克隆测序 ,得到 1 75bp的片段 ,与 Gen Bank中大肠杆菌热稳定性肠毒素基因 STb 1 0 0 %同源。通过 South-ern blot,STb基因也能够被特异、准确、灵敏地检测出来。本实验直接检测仔猪粪样 DNA中的肠毒素基因的片段 ,为致病性大肠杆菌的检测提供了一种更快捷的方法。
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关键词
仔猪
粪样
大肠杆菌
肠毒素
基因检测
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Keywords
Escherichia coli enterotoxin gene
piglet
STb gene
fecal sample total DNA
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分类号
S858.28
[农业科学—临床兽医学]
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