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土壤微生物分子生态学研究中总DNA的提取 被引量：72
1
作者 赵勇 周志华 +3 位作者 李武 刘彬彬 潘迎捷 赵立平 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期854-860,共7页
建立了一种土壤DNA提取方法。根据DNA产量和纯度2个评价指标,从3种手提土壤DNA方法中优选出方法B为手提DNA方法(Labmethod),它包括样品预处理,细胞裂解,粗DNA纯化,其中细胞裂解组合了玻璃珠击打,SDS裂解,溶菌酶裂解。进一步应用PCR-限... 建立了一种土壤DNA提取方法。根据DNA产量和纯度2个评价指标,从3种手提土壤DNA方法中优选出方法B为手提DNA方法(Labmethod),它包括样品预处理,细胞裂解,粗DNA纯化,其中细胞裂解组合了玻璃珠击打,SDS裂解,溶菌酶裂解。进一步应用PCR-限制性片段长度多态性(Restrictionfragmentlengthpolymorphism,RFLP)技术及PCR-温度梯度凝胶电泳(Temperaturegradientgelelectrophoresis,TGGE)技术,结合DNA产量、纯度、片段大小以及所反映的微生物群落结构特性等指标评价了手提方法(Labmethod)得到的总DNA质量,并将这些结果与2种应用较广的商业试剂盒(MoBioUltraCleanSoilDNAKit和Bio101FastDNASPINKit(ForSoil))所得DNA的各种指标进行了比较。结果表明,手提方法(Labmethod)的粗DNA产量低于Bio101Kit的,但高于MoBioKit的。这些方法所得DNA的长度都在21kb左右,Labmethod提取的DNA没有严重被剪切现象,而2种试剂盒提取的DNA都有不同程度的剪切。手提方法得到的DNA经纯化后,应用细菌及真菌特异引物进行PCR扩增,均能获得目的片段,表明该方法能从土壤中同时有效提取细菌和真菌总基因组DNA。并且,手提方法所得DNA的细菌16SrDNA和真菌18SrDNA的PCR-RFLP图谱与两种商业试剂盒的图谱基本相似,但3种方法提取的DNA在细菌16SrDNAV3区和真菌28SrDNA片段的PCR-TGGE图谱上都存在一定差异,主要表现在一些弱势条带的有无或强弱上。这说明手提方法提取的总DNA与2种商业试剂盒一样,在一定程度上能反映微生物群落的多样性和组成。总之,手提DNA方法(Labmethod)所用试剂普通,价格便宜,能在4h以内获得够质够量的土壤DNA用于微生物分子生态学研究,较适合于广大普通实验室进行土壤DNA提取工作。 展开更多
关键词 土壤DNA提取 DNA质量 PCR扩增 限制性片段长度多态性分析 温度梯度凝胶电泳分析
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秸秆还田后土壤微生物群落结构变化的初步研究 被引量：38
2
作者 赵勇 李武 +3 位作者 周志华 张晓君 潘迎捷 赵立平 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第6期1114-1118,共5页
通过实验室条件下的小麦秸秆粉和油菜秸秆粉的还土试验,结合常规的分析手段和基于DNA的分子技术(变性梯度凝胶电泳(DGGE)及测序技术),初步研究了秸秆粉还田后土壤物理化学特性及生物学特性的变化。结果表明,培养60d后,秸秆还田土壤的肥... 通过实验室条件下的小麦秸秆粉和油菜秸秆粉的还土试验,结合常规的分析手段和基于DNA的分子技术(变性梯度凝胶电泳(DGGE)及测序技术),初步研究了秸秆粉还田后土壤物理化学特性及生物学特性的变化。结果表明,培养60d后,秸秆还田土壤的肥力明显提高,其纤维素酶活性明显增强。DGGE图谱表明,对照土壤(S)以及处理土壤(SW和SR),在培养过程中,β-Proteobacteria类细菌组成都在发生变化。对其中一个样品的DGGE条带进行了割胶测序,测序结果表明,大部分条带代表的微生物是未培养的或不可培养的。采用传统分离培养技术,从秸秆还田土壤中分离了2株纤维素降解菌。以上结果说明,秸秆还田具有良好的土壤综合效应。 展开更多
关键词 秸秆 纤维素酶活性 变性梯度凝胶电泳 β-Proteobacteria 纤维素降解菌
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土壤微生物在不同纤维素富集条件下的多样性 被引量：5
3
作者 张晶 张晓君 +2 位作者 张梦晖 陈小云 赵立平 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期1449-1453,共5页
应用PCR-DGGE分子技术并结合聚类分析、主成分分析(PCA)等统计分析方法,对土壤微生物在几种不同的纤维素富集培养条件下的多样性进行分析。结果发现,不同的纤维素富集培养条件对土壤微生物的多样性有不同程度的影响:CMC和PCS两种培养基... 应用PCR-DGGE分子技术并结合聚类分析、主成分分析(PCA)等统计分析方法,对土壤微生物在几种不同的纤维素富集培养条件下的多样性进行分析。结果发现,不同的纤维素富集培养条件对土壤微生物的多样性有不同程度的影响:CMC和PCS两种培养基在50℃时所回收的土壤微生物的菌群结构和组成比较相似;纤维素富集培养基(J培养基)同CMC两种培养基所回收的土壤微生物菌群结构和组成却有很大的差异;50℃条件下所回收的土壤微生物其菌群结构和组成同28℃、37℃两个温度相比也相差较大。这一结果表明,组合不同的纤维素富集培养条件,结合分子和统计分析,可以对土壤样品在不同纤维素富集培养条件下微生物的多样性进行检测和评估,同时还可以为分离目标菌时富集培养条件的选择提供很有价值的参考。 展开更多
关键词 土壤微生物 纤维素富集培养 DGGE 聚类分析 主成份分析(PCA)
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中长跑运动员胃肠菌群区系结构分布特征的微生态研究 被引量：14
4
作者 乔德才 刘瑾彦 +1 位作者 陈敬 赵立平 《中国运动医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第6期613-616,共4页
目的 :应用分子生物学的实验方法和技术研究中长跑运动员胃肠菌群区系结构分布特征。方法 :直接从运动员粪便样品中提取细菌总DNA ,并以此为模板进行PCR扩增 ,得到不同运动个体胃肠细菌基因指纹图 ;然后将 1名运动员的PCR产物用地高辛... 目的 :应用分子生物学的实验方法和技术研究中长跑运动员胃肠菌群区系结构分布特征。方法 :直接从运动员粪便样品中提取细菌总DNA ,并以此为模板进行PCR扩增 ,得到不同运动个体胃肠细菌基因指纹图 ;然后将 1名运动员的PCR产物用地高辛标记为探针 ,与其余 6名运动个体的胃肠细菌指纹图进行核酸印迹杂交 ;最后对目的基因片段进行克隆和测序。结果 :(1)不同运动个体胃肠菌群中既存在共有菌群 ,又存在个体特征菌群 ;(2 )普遍存在于运动员胃肠道中的某种特征菌群 ,在基因库中无与其同源的序列 ,可能是一种尚未被报道的新型菌群。 展开更多
关键词 中长跑运动员 胃肠菌群 区系结构 分布特征 微生态 细菌基因指纹图
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采用DNA指纹图谱技术分析中长跑运动员肠道菌群结构特征 被引量：22
5
作者 乔德才 陈敬 +2 位作者 魏桂芳 王凌华 赵立平 《中国运动医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第5期517-521,共5页
目的 :用DNA指纹图谱技术分析中长跑运动员肠道菌群区系结构的特征。方法 :对 7名中长跑运动员进行连续 6天的跟踪观察 ,直接从其粪便样品中提取出总DNA为模板 ,进行ERIC-PCR扩增 ,得到反映肠道微生物菌群结构特征的DNA指纹图。结果 :... 目的 :用DNA指纹图谱技术分析中长跑运动员肠道菌群区系结构的特征。方法 :对 7名中长跑运动员进行连续 6天的跟踪观察 ,直接从其粪便样品中提取出总DNA为模板 ,进行ERIC-PCR扩增 ,得到反映肠道微生物菌群结构特征的DNA指纹图。结果 :根据图谱多样性指数变化和相似性系数值的分布特征 ,受试运动员表现出两种类型 :一类菌群区系结构稳定 ,受运动负荷变化影响较小 ;另一类菌群区系结构随运动负荷的增减出现较大波动。结果表明 :运动员DNA指纹图谱特征存在明显个体差异 ;运动负荷的变化可能改变运动员肠道菌群区系结构。提示稳定的菌群结构可能是运动员在剧烈运动条件下保持良好机能状态的重要因素之一。 展开更多
关键词 肠道菌群 DNA指纹图谱 取出 改变 剧烈运动 观察 中长跑运动员 运动负荷 特征 技术分析
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对降解喹啉的厌氧生物反应器中重要功能菌群的鉴定 被引量：4
6
作者 刘彬彬 张峰 +3 位作者 冯晓西 刘勇弟 张晓君 赵立平 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期1390-1395,共6页
通过把微生物区系组成的分子水平的动态变化情况与微生物群落的整体功能变化相关联,鉴定重要的功能类群是微生物分子生态学研究的一个重要的策略。应用分子生物学的方法,对一个实验室规模的用于降解喹啉的厌氧反应器生物膜样品的微生物... 通过把微生物区系组成的分子水平的动态变化情况与微生物群落的整体功能变化相关联,鉴定重要的功能类群是微生物分子生态学研究的一个重要的策略。应用分子生物学的方法,对一个实验室规模的用于降解喹啉的厌氧反应器生物膜样品的微生物区系组成变化进行解析,找出可能的主要功能菌。通过DGGE对反应器的种子污泥和运行稳定的厌氧生物膜反应器的微生物区系组成进行了对比分析,并对主要的优势条带进行了分子鉴定。同时对以上两个样品构建16SrDNA克隆文库,通过统计学分析对克隆文库的有效性进行验证,并对文库进行测序分析。DGGE条带及克隆文库的序列分析均表明,在驯化过程中,GammaProteobacteria亚纲与Desulfobacterpostgatei种的微生物显著增加,这种动态变化表明这些细菌可能是在厌氧条件下对喹啉的降解起关键作用的微生物。 展开更多
关键词 生物膜 厌氧反应器 DGGE 16S rDNA克隆文库
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仔猪粪样中大肠杆菌肠毒素基因的检测
7
作者 孙磊 赵立平 《动物医学进展》 CSCD 2003年第6期89-91,共3页
本实验用针对大肠杆菌肠毒素基因 L T( heat-labile)、STa( heat-stable )、STb( heat-stable )的引物直接对从猪场采集的腹泻仔猪的粪便总 DNA进行扩增。结果表明只有 STb基因被检测到。把检测到的 DNA片段克隆测序 ,得到 1 75bp的片... 本实验用针对大肠杆菌肠毒素基因 L T( heat-labile)、STa( heat-stable )、STb( heat-stable )的引物直接对从猪场采集的腹泻仔猪的粪便总 DNA进行扩增。结果表明只有 STb基因被检测到。把检测到的 DNA片段克隆测序 ,得到 1 75bp的片段 ,与 Gen Bank中大肠杆菌热稳定性肠毒素基因 STb 1 0 0 %同源。通过 South-ern blot,STb基因也能够被特异、准确、灵敏地检测出来。本实验直接检测仔猪粪样 DNA中的肠毒素基因的片段 ,为致病性大肠杆菌的检测提供了一种更快捷的方法。 展开更多
关键词 仔猪 粪样 大肠杆菌 肠毒素 基因检测
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运动性胃肠综合征研究现状 被引量：23
8
作者 乔德才 刘谨彦 赵立平 《中国运动医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期73-75,103,共4页
关键词 运动性胃肠综合征 类型 性别 年龄 运动项目 胃肠道流动力
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一种快速的酸奶质量跟踪监测检验新方法 被引量：2
9
作者 李武 王凌华 +3 位作者 张晓君 庞小燕 赵立平 赵勇 《中国乳业》 2005年第9期44-47,共4页
分析酸奶中的菌种组成是酸奶质量控制的重要指标。本文用PCR-DGGE(denaturinggra-dientgelelectrophoresis,变性梯度凝胶电泳)指纹图谱技术对市售某品牌酸奶在1个月内进行了动态监测,共收集了6个生产批次的18个酸奶样品,通过建立16SrDN... 分析酸奶中的菌种组成是酸奶质量控制的重要指标。本文用PCR-DGGE(denaturinggra-dientgelelectrophoresis,变性梯度凝胶电泳)指纹图谱技术对市售某品牌酸奶在1个月内进行了动态监测,共收集了6个生产批次的18个酸奶样品,通过建立16SrDNAV3区PCR-DGGE分析、DGGE图谱条带割胶回收测序等一套完整的检测评价方法,结合常规分离培养方法,对样品微生物组成及其稳定性进行跟踪监测。结果显示,所有供试样品在整个动态监测期内DGGE指纹图谱都出现2条带,显示其微生物组成比较稳定,割胶回收测序结果表明其微生物组成与厂家标注完全一致,分别为Lacto-bacillusdelbrueckiisubsp.bulgaricus(保加利亚乳杆菌)和Streptococcusthermophilus(嗜热链球菌)。分离计数结果表明前者比后者低3个数量级,二者的DGGE条带亮度也有显著差别。本研究用菌种组成及其稳定性两个指标对酸奶样品质量进行评价,建立了DGGE评价方法,结果表明,该技术可以作为酸奶质量控制和动态监测的快速简便的新方法。 展开更多
关键词 酸奶 DGGE(denaturing gradient gel electrophoresis 变性梯度凝胶电泳)指纹图谱 分离培养 质量控制 跟踪监测 LACTOBACILLUS 指纹图谱技术
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