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基于生物医学大数据寻找不孕症关键致病基因及通路
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作者 魏佳乐 刘鑫奕 +2 位作者 陆绍永 芦雪峰 张健 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第10期1277-1282,共6页
目的·通过整合不孕症遗传因素大数据,挖掘突变规律及相关致病基因。方法·根据全球蛋白资源数据库(Universal Protein Resource,Uniprot)蛋白类别对搜集的人类不孕症致病基因进行分类,统计分析临床病例中每类基因的突变频数。... 目的·通过整合不孕症遗传因素大数据,挖掘突变规律及相关致病基因。方法·根据全球蛋白资源数据库(Universal Protein Resource,Uniprot)蛋白类别对搜集的人类不孕症致病基因进行分类,统计分析临床病例中每类基因的突变频数。针对功能异常的氧化还原酶这一重要致病因素,进行功能和通路分析,观察通路的相关情况。于小鼠基因数据库(Mouse Genome Informatics,MGI)获取人类类固醇激素生成通路的小鼠同源基因及致病信息,寻找规律并结合基因互作分析评估其中的潜在基因。结果·不孕症致病基因里氧化还原酶类基因突变最常见,可能最易发生突变;其聚集于类固醇激素生成通路,发现潜在相关突变基因,并发现此通路醛酮还原酶家族1成员C3(aldo-keto reductase family 1 member C3,AKR1C3)是其中最可能的人类不孕症的潜在致病基因。结论·主要产生类固醇激素的氧化还原酶类致病基因在不孕症中突变最常见,可能包括AKR1C3。 展开更多
关键词 不孕症 大数据 氧化还原酶 类固醇激素通路 AKR1C3
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SAE1与SAE2蛋白相互作用肽抑制剂的多种体外筛选体系的构建与评价
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作者 胡晨阳 陆绍永 杨秀岩 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期567-575,共9页
目的·构建用于发现小泛素样修饰蛋白(small ubiquitin-like modifier,SUMO)的活化酶亚基1(SUMO-activating enzyme subunit 1,SAE1)与亚基2(SUMO-activating enzyme subunit 2,SAE2)相互作用的肽抑制剂的多种体外筛选体系,并对不... 目的·构建用于发现小泛素样修饰蛋白(small ubiquitin-like modifier,SUMO)的活化酶亚基1(SUMO-activating enzyme subunit 1,SAE1)与亚基2(SUMO-activating enzyme subunit 2,SAE2)相互作用的肽抑制剂的多种体外筛选体系,并对不同筛选体系的优势与不足进行评价。方法·将编码SAE1和SAE2的目的基因分别插入pET-28a载体以构造原核蛋白表达质粒,在大肠埃希菌中表达并纯化人源SAE1和SAE2蛋白;利用纯化的蛋白先后构建等温滴定量热检测(isothermal titration calorimetry,ITC)实验、荧光偏振(fluorescence polarization,FP)实验、表面等离子共振(surface plasmon resonance,SPR)实验和基于SAE酶活的荧光实验等多种筛选体系。尝试利用不同的筛选体系检测候选多肽的抑制活性,基于检测结果,从灵敏度、稳定性、检测通量和检测成本等维度评价各筛选体系的优缺点与适用性。结果·经ITC测得SAE1和SAE2蛋白在体外相互作用的解离常数(K_(d))为0.96μmol/L,并将活性最好的多肽PEPT7改造为FP实验的示踪剂(tracer),但同SAE2的亲和力无法满足FP的要求;SPR测得SAE1和SAE2相互作用的K_(d)值为1.13μmol/L,与ITC数据接近;基于SAE酶活的荧光实验筛选得到抑制活性最强的多肽HP1B[半数抑制浓度(half-maximalinh ibitory concentration,IC_(50))达15.72μmol/L],SPR进一步确定其同SAE1的亲和力为34.4μmol/L。结论·尝试构建并比较了多种常见的蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)抑制剂的筛选体系。其中,ITC的检测通量低,且难以准确评估结合热不显著的低亲和力多肽;FP体系的可行性高度依赖于示踪剂同靶点蛋白之间的强亲和力,同样无法用于低亲和力多肽的筛选与优化;SPR检测的灵敏度高,但检测成本较高;酶活实验兼具高灵敏度、稳健性、高通量和可接受的检测成本,是最适宜的筛选方法。 展开更多
关键词 SUMO活化酶亚基1 SUMO活化酶亚基2 多肽抑制剂 药物筛选 等温滴定量热检测实验 荧光偏振实验 表面等离子共振实验 基于酶活的荧光实验
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二甲双胍对喹硫平致精神分裂症患者糖脂代谢紊乱的疗效 被引量:15
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作者 宋兵福 丁彬彬 +1 位作者 张晓丽 姚莉韵 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期776-780,共5页
目的·观察二甲双胍(metformin,MF)对喹硫平所致精神分裂症(schizophrenia,SZ)患者糖脂代谢紊乱的疗效。方法·纳入上海市虹口区精神卫生中心和上海市杨浦区精神卫生中心的83例SZ患者,随机分为治疗组(MF组)38例和对照组45例。... 目的·观察二甲双胍(metformin,MF)对喹硫平所致精神分裂症(schizophrenia,SZ)患者糖脂代谢紊乱的疗效。方法·纳入上海市虹口区精神卫生中心和上海市杨浦区精神卫生中心的83例SZ患者,随机分为治疗组(MF组)38例和对照组45例。对照组仅口服喹硫平治疗,MF组在喹硫平口服基础上,采用MF辅助治疗。于治疗前及治疗后第2、4、8周检测2组患者的葡萄糖(glucose,GLU)、总胆固醇(total cholesterol,TC)、三酰甘油(triacylglycerol,TAG)、低密度脂蛋白胆固醇(low-density lipoprotein cholesterol,LDL-C)、高密度脂蛋白胆固醇(high-density lipoprotein cholesterol,HDL-C)、小而密低密度脂蛋白胆固醇(small density low-density lipoprotein cholesterol,sd-LDL-C)和同型半胱氨酸(homocysteine,HCY)。结果·治疗前对照组与MF组比较,患者的年龄、病程、体质量指数、GLU、TC、TAG、HDL-C、LDL-C、sd-LDL-C和HCY检测结果差异均无统计学意义。治疗8周后,对照组所有实验室指标检测结果较治疗前均升高;MF组GLU、TC、TAG、LDL-C、sd-LDL-C和HCY水平较治疗前均下降,但HDL-C水平较治疗前升高。治疗8周后2组HDL-C水平的差异无统计学意义(P=0.247),其他实验室指标的组间差异均有统计学意义(P<0.05),MF组的降糖、降脂效果显著优于对照组。方差分析结果显示,治疗4、8周后,对照组HDL-C水平与治疗前比较显著升高,差异有统计学意义(P=0.005,P=0.003);对照组LDL-C水平在治疗2、4、8周后与治疗前比较显著升高(P=0.005,P=0.019,P=0.026);对照组其他实验室指标与治疗前比较差异均无统计学意义。治疗2、4、8周后,MF组GLU、TC、TAG和sd-LDL-C水平与治疗前比较显著下降;治疗4、8周后,MF组LDL-C和HCY水平与治疗前比较显著降低;治疗2周后MF组HDL-C水平与治疗前比较显著升高,但治疗4、8周后检测结果与治疗前比较差异无统计学意义。结论·对喹硫平治疗后致糖脂代谢紊乱的SZ患者实施MF辅助治疗,可显著降低患者血糖水平,改善患者血脂代谢。 展开更多
关键词 喹硫平 精神分裂症 糖脂代谢紊乱 二甲双胍
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开发用于肿瘤微环境成像的pH敏感荧光探针 被引量:1
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作者 王雨心 孙瑞琪 +1 位作者 刘坚华 何伟娜 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第7期875-884,共10页
目的·合成水溶性pH响应性花菁类近红外荧光探针,评估其光学性能,并将其应用于模拟肿瘤微环境的在体成像。方法·应用两步经典的化学反应,合成水溶性pH响应性近红外荧光探针R2S,同步合成脂溶性探针R2Z作为对照。应用磁共振氢谱... 目的·合成水溶性pH响应性花菁类近红外荧光探针,评估其光学性能,并将其应用于模拟肿瘤微环境的在体成像。方法·应用两步经典的化学反应,合成水溶性pH响应性近红外荧光探针R2S,同步合成脂溶性探针R2Z作为对照。应用磁共振氢谱、质谱及高效液相色谱验证探针的化学结构及纯度。利用紫外-可见、光致发光光谱学测试评价探针的pH响应性、响应可逆性、光稳定性及结构稳定性。利用细胞荧光共定位成像评价探针的细胞膜通透性,使用HCT-116细胞、HeLa细胞进行细胞毒性实验,使用BALB/c健康雌性小鼠进行小动物在体成像实验,评估探针的安全性。通过在小鼠背部左侧和右侧分别皮下注射pH 6.50和pH 7.40的PBS溶液模拟肿瘤微酸性环境和正常的细胞环境,随后注射探针R2S进行在体成像实验,比较R2S在pH 6.50侧和pH 7.40侧的荧光强度。结果·成功合成了水溶性pH响应性近红外荧光探针R2S及其脂溶性类似物R2Z。随着溶液酸性逐渐增强(从pH 11.10到pH 3.47),R2S的最大吸收波长由642 nm红移至774 nm,最大发射波长亦由794 nm红移至808 nm。探针R2S的酸解离常数(p Ka)值约为6.88。与脂溶性探针R2Z相比,R2S在保留了较好细胞膜通透性的前提下,展现出更大的斯托克斯位移、更好的响应可逆性、更高的稳定性。R2Z在12.5μmol/L浓度下,细胞相对存活率低于80%;而R2S在100μmol/L浓度下,仍未表现出明显的细胞生长抑制现象,表明其具有更高的生物安全性。R2S在模拟肿瘤微酸性环境的低pH组织和正常pH组织中的成像具有明显的区分度。结论·水溶性pH响应性花菁类近红外荧光探针R2S对pH变化响应灵敏、稳定,最佳响应范围与肿瘤所处微环境的pH相符,在肿瘤成像领域展现出了较强的在体成像应用潜力。 展开更多
关键词 肿瘤成像 近红外荧光探针 肿瘤微环境 花菁类染料 水溶性 PH敏感
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