全球成人糖尿病患病率逐年递增,其中以2型糖尿病(diabetes mellitus type 2,T2DM)为主。T2DM是由胰岛素抵抗和胰岛素分泌不足引起的伴随糖、蛋白质和脂肪代谢紊乱的一种慢性疾病。创面愈合障碍是T2DM的主要并发症之一。研究表明T2DM患...全球成人糖尿病患病率逐年递增,其中以2型糖尿病(diabetes mellitus type 2,T2DM)为主。T2DM是由胰岛素抵抗和胰岛素分泌不足引起的伴随糖、蛋白质和脂肪代谢紊乱的一种慢性疾病。创面愈合障碍是T2DM的主要并发症之一。研究表明T2DM患者创面愈合受巨噬细胞调控,并与其表型、活性和数量相关。不同表型的巨噬细胞在T2DM创面愈合的各个阶段扮演不同角色:M1型巨噬细胞参与创伤早期的炎症反应和病原体清除,M2型巨噬细胞在创面愈合后期发挥抗炎症作用并介导创面修复。巨噬细胞表型转换障碍影响创面炎症反应、皮肤细胞功能和细胞外基质(extracellular matrix,ECM)合成等过程,最终导致愈合障碍。目前,巨噬细胞代谢改变与表型转换之间的相互作用机制研究取得了显著进展,且这种动态关联可能通过协同调控参与T2DM创面的愈合进程。该文总结巨噬细胞在正常创面愈合与T2DM患者创面愈合中的功能特点,就病理环境下巨噬细胞糖代谢、脂质代谢和氨基酸代谢变化及这些变化对创面愈合的调控作用展开综述,并讨论靶向巨噬细胞代谢治疗创面愈合的应用前景。展开更多
目的·探究染色质组织调节框同源蛋白8(chromobox protein homolog 8,CBX8)在前列腺癌中的生物学功能,并通过转录组及表观修饰分析揭示CBX8在前列腺癌转移中的作用机制。方法·利用cBioPortal数据库对癌症基因组图谱(The Cancer...目的·探究染色质组织调节框同源蛋白8(chromobox protein homolog 8,CBX8)在前列腺癌中的生物学功能,并通过转录组及表观修饰分析揭示CBX8在前列腺癌转移中的作用机制。方法·利用cBioPortal数据库对癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)中前列腺腺癌(prostate adenocarcinoma,PRAD)患者样本数据集进行CBX家族蛋白mRNA表达分析。采用短发夹RNA技术敲低DU145前列腺癌细胞系中的CBX8,通过CCK-8和Transwell实验检测细胞增殖和侵袭水平的变化。使用RNA转录组测序(RNA-seq)分析敲低CBX8后影响的差异表达基因。对这些差异表达基因进行基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)、基因本体论(Gene Ontology,GO)功能分析以及京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路富集分析。通过染色质免疫沉淀测序(ChIPseq)观察和测定敲低CBX8后基因组H3K27me3甲基化水平的变化。结果·根据对TCGA-PRAD患者样本数据的分析,发现CBX8 mRNA在前列腺癌中高表达。在前列腺癌细胞系DU145中敲低CBX8后,细胞的增殖能力没有显著变化(P>0.05),但其侵袭能力却显著提高(P<0.05)。RNA-seq分析显示CBX8敲低导致750个基因表达上调,951个基因表达下调;其中,与多种肿瘤转移有关的支链氨基酸转氨酶1(branched-chain-amino-acid aminotransferase 1,BCAT1)在敲除CBX8后表达明显上升。GSEA显示表达水平受影响的基因与多梳蛋白复合体1(polycomb repressive complex 1,PRC1)的功能有关。同时,通过GO和KEGG信号通路富集分析发现受影响的生物过程包括转运RNA(transfer RNA,tRNA)氨酰化、DNA复制、氨酰基-tRNA连接酶活性变化以及钙黏蛋白的结合等;特别是在GO功能分析的细胞组分方面富集了与肿瘤转移有关的细胞-基底连接相关基因。利用ChIP-seq对表观修饰的研究显示,在敲低CBX8后全基因组的H3K27me3水平有所下降;并鉴定了97个位于CBX8敲低后转录上调基因附近的位点,其中包括BCAT1转录起始位点。结论·CBX8在人前列腺癌中高表达。CBX8具有抑制肿瘤细胞侵袭的功能。其机制可能是CBX8/PRC1复合体结合于BCAT1转录起始位点并抑制BCAT1转录。展开更多
目的·探讨小鼠睾丸中SUMO特异肽酶3(SUMO specific peptidase3,SENP3,又称SUMO特异蛋白酶3)对自噬的调控作用。方法·采用免疫荧光法对SENP3在睾丸生精细胞和支持细胞(Sertoli cells,简称Sertoli细胞)中的定位进行检测。对Senp...目的·探讨小鼠睾丸中SUMO特异肽酶3(SUMO specific peptidase3,SENP3,又称SUMO特异蛋白酶3)对自噬的调控作用。方法·采用免疫荧光法对SENP3在睾丸生精细胞和支持细胞(Sertoli cells,简称Sertoli细胞)中的定位进行检测。对Senp3野生型(Senp3+/+)小鼠和Senp3基因敲除杂合子(Senp3+/-)小鼠进行饥饿处理,诱导自噬的发生。提取小鼠的睾丸组织蛋白质,采用Western blotting检测自噬的程度。利用透射电子显微镜技术、免疫荧光法检测睾丸组织切片中的细胞自噬,并区分睾丸生精细胞和Sertoli细胞自噬的程度。结果·SENP3主要定位于Sertoli细胞核。与Senp3+/+小鼠相比,Senp3+/-小鼠饥饿后,Sertoli细胞自噬增加。结论·SENP3能够抑制营养缺乏时Sertoli细胞自噬,可能对细胞自噬的程度发挥控制作用。展开更多
目的·探索弥漫性大B细胞淋巴瘤(diffuse large B cell lymphoma,DLBCL)中差异表达的性别决定区Y框转录因子9(SRY-box transcription factor 9,SOX9)基因所起到的作用,尤其是在生发中心B细胞(germinal center B-cell,GCB)来源亚型...目的·探索弥漫性大B细胞淋巴瘤(diffuse large B cell lymphoma,DLBCL)中差异表达的性别决定区Y框转录因子9(SRY-box transcription factor 9,SOX9)基因所起到的作用,尤其是在生发中心B细胞(germinal center B-cell,GCB)来源亚型中对代谢重编程的调控作用。方法·选取NCICCR-DLBCL数据库中的481例DLBCL患者的临床信息和基因表达谱数据,使用R语言4.1.3版本进行数据分析与可视化,并基于RNA-seq测序表达量的细胞组织来源亚型(cell of origin subtype,COO)分类算法进行分类;使用ABC/GCB特征注释基因集,通过基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)对分类进行验证。以SOX9的表达量高低将ABC和GCB亚组分别二分类。使用DEseq2包进行差异分析。使用KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)与Hallmark注释集分析SOX9与DLBCL的代谢的关系。采用KaplanMeier方法绘制生存曲线。采用GEPIA2进行泛癌分析。采用ESTIMATE包进行微环境评分分析。结果·481例DLBCL患者样本中,481例均有RNA-seq的表达量数据,421例有临床分期,335例有国际预后指数(international prognostic index,IPI)评分,234例有生存数据。分类得出ABC亚型232例(48.2%)、GCB亚型173例(36.0%)、未分类76例(15.8%),与数据库声明的比例相符,经富集分析验证符合ABC/GCB表达谱特征。SOX9低表达量组与SOX9高表达量组相比,总生存期更短,预后分数更差。泛癌分析示该现象亦可见于其他类型肿瘤。差异分析显示,在GCB亚型中,与SOX9高表达量组相比,SOX9低表达量组中有上调基因156个、下调基因1826个。对于细胞代谢水平的变化,下调基因富集于糖酵解。结论·在ABC-DLBCL中,SOX9基因通过调控代谢重编程影响ABC-DLBCL的生物学特征。低表达SOX9的DLBCL,预示着肿瘤中糖酵解减少;其肿瘤基质细胞浸润程度更低,并且有着更差的预后。展开更多
文摘全球成人糖尿病患病率逐年递增,其中以2型糖尿病(diabetes mellitus type 2,T2DM)为主。T2DM是由胰岛素抵抗和胰岛素分泌不足引起的伴随糖、蛋白质和脂肪代谢紊乱的一种慢性疾病。创面愈合障碍是T2DM的主要并发症之一。研究表明T2DM患者创面愈合受巨噬细胞调控,并与其表型、活性和数量相关。不同表型的巨噬细胞在T2DM创面愈合的各个阶段扮演不同角色:M1型巨噬细胞参与创伤早期的炎症反应和病原体清除,M2型巨噬细胞在创面愈合后期发挥抗炎症作用并介导创面修复。巨噬细胞表型转换障碍影响创面炎症反应、皮肤细胞功能和细胞外基质(extracellular matrix,ECM)合成等过程,最终导致愈合障碍。目前,巨噬细胞代谢改变与表型转换之间的相互作用机制研究取得了显著进展,且这种动态关联可能通过协同调控参与T2DM创面的愈合进程。该文总结巨噬细胞在正常创面愈合与T2DM患者创面愈合中的功能特点,就病理环境下巨噬细胞糖代谢、脂质代谢和氨基酸代谢变化及这些变化对创面愈合的调控作用展开综述,并讨论靶向巨噬细胞代谢治疗创面愈合的应用前景。
文摘目的·探究染色质组织调节框同源蛋白8(chromobox protein homolog 8,CBX8)在前列腺癌中的生物学功能,并通过转录组及表观修饰分析揭示CBX8在前列腺癌转移中的作用机制。方法·利用cBioPortal数据库对癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)中前列腺腺癌(prostate adenocarcinoma,PRAD)患者样本数据集进行CBX家族蛋白mRNA表达分析。采用短发夹RNA技术敲低DU145前列腺癌细胞系中的CBX8,通过CCK-8和Transwell实验检测细胞增殖和侵袭水平的变化。使用RNA转录组测序(RNA-seq)分析敲低CBX8后影响的差异表达基因。对这些差异表达基因进行基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)、基因本体论(Gene Ontology,GO)功能分析以及京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路富集分析。通过染色质免疫沉淀测序(ChIPseq)观察和测定敲低CBX8后基因组H3K27me3甲基化水平的变化。结果·根据对TCGA-PRAD患者样本数据的分析,发现CBX8 mRNA在前列腺癌中高表达。在前列腺癌细胞系DU145中敲低CBX8后,细胞的增殖能力没有显著变化(P>0.05),但其侵袭能力却显著提高(P<0.05)。RNA-seq分析显示CBX8敲低导致750个基因表达上调,951个基因表达下调;其中,与多种肿瘤转移有关的支链氨基酸转氨酶1(branched-chain-amino-acid aminotransferase 1,BCAT1)在敲除CBX8后表达明显上升。GSEA显示表达水平受影响的基因与多梳蛋白复合体1(polycomb repressive complex 1,PRC1)的功能有关。同时,通过GO和KEGG信号通路富集分析发现受影响的生物过程包括转运RNA(transfer RNA,tRNA)氨酰化、DNA复制、氨酰基-tRNA连接酶活性变化以及钙黏蛋白的结合等;特别是在GO功能分析的细胞组分方面富集了与肿瘤转移有关的细胞-基底连接相关基因。利用ChIP-seq对表观修饰的研究显示,在敲低CBX8后全基因组的H3K27me3水平有所下降;并鉴定了97个位于CBX8敲低后转录上调基因附近的位点,其中包括BCAT1转录起始位点。结论·CBX8在人前列腺癌中高表达。CBX8具有抑制肿瘤细胞侵袭的功能。其机制可能是CBX8/PRC1复合体结合于BCAT1转录起始位点并抑制BCAT1转录。
文摘目的·探讨小鼠睾丸中SUMO特异肽酶3(SUMO specific peptidase3,SENP3,又称SUMO特异蛋白酶3)对自噬的调控作用。方法·采用免疫荧光法对SENP3在睾丸生精细胞和支持细胞(Sertoli cells,简称Sertoli细胞)中的定位进行检测。对Senp3野生型(Senp3+/+)小鼠和Senp3基因敲除杂合子(Senp3+/-)小鼠进行饥饿处理,诱导自噬的发生。提取小鼠的睾丸组织蛋白质,采用Western blotting检测自噬的程度。利用透射电子显微镜技术、免疫荧光法检测睾丸组织切片中的细胞自噬,并区分睾丸生精细胞和Sertoli细胞自噬的程度。结果·SENP3主要定位于Sertoli细胞核。与Senp3+/+小鼠相比,Senp3+/-小鼠饥饿后,Sertoli细胞自噬增加。结论·SENP3能够抑制营养缺乏时Sertoli细胞自噬,可能对细胞自噬的程度发挥控制作用。
文摘目的·探索弥漫性大B细胞淋巴瘤(diffuse large B cell lymphoma,DLBCL)中差异表达的性别决定区Y框转录因子9(SRY-box transcription factor 9,SOX9)基因所起到的作用,尤其是在生发中心B细胞(germinal center B-cell,GCB)来源亚型中对代谢重编程的调控作用。方法·选取NCICCR-DLBCL数据库中的481例DLBCL患者的临床信息和基因表达谱数据,使用R语言4.1.3版本进行数据分析与可视化,并基于RNA-seq测序表达量的细胞组织来源亚型(cell of origin subtype,COO)分类算法进行分类;使用ABC/GCB特征注释基因集,通过基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)对分类进行验证。以SOX9的表达量高低将ABC和GCB亚组分别二分类。使用DEseq2包进行差异分析。使用KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)与Hallmark注释集分析SOX9与DLBCL的代谢的关系。采用KaplanMeier方法绘制生存曲线。采用GEPIA2进行泛癌分析。采用ESTIMATE包进行微环境评分分析。结果·481例DLBCL患者样本中,481例均有RNA-seq的表达量数据,421例有临床分期,335例有国际预后指数(international prognostic index,IPI)评分,234例有生存数据。分类得出ABC亚型232例(48.2%)、GCB亚型173例(36.0%)、未分类76例(15.8%),与数据库声明的比例相符,经富集分析验证符合ABC/GCB表达谱特征。SOX9低表达量组与SOX9高表达量组相比,总生存期更短,预后分数更差。泛癌分析示该现象亦可见于其他类型肿瘤。差异分析显示,在GCB亚型中,与SOX9高表达量组相比,SOX9低表达量组中有上调基因156个、下调基因1826个。对于细胞代谢水平的变化,下调基因富集于糖酵解。结论·在ABC-DLBCL中,SOX9基因通过调控代谢重编程影响ABC-DLBCL的生物学特征。低表达SOX9的DLBCL,预示着肿瘤中糖酵解减少;其肿瘤基质细胞浸润程度更低,并且有着更差的预后。
