目的·检测Fas相关死亡结构域蛋白(Fas-associated protein with death domain,FADD)在头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)中的表达水平,并探究FADD促进HNSCC细胞增殖的分子机制。方法·利用GEPIA ...目的·检测Fas相关死亡结构域蛋白(Fas-associated protein with death domain,FADD)在头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)中的表达水平,并探究FADD促进HNSCC细胞增殖的分子机制。方法·利用GEPIA 2数据库分析肿瘤组织中FADD表达水平及其与预后的关系;通过对HNSCC组织进行免疫组织化学染色(immunohistochemistry staining,IHC),探究FADD在正常、不典型增生和肿瘤组织中的表达水平变化;构建稳定低表达FADD的人HNSCC Fadu、HSC3细胞株,并通过蛋白印迹实验和实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)方法进行验证;使用LiveCyte活细胞追踪系统、克隆形成、细胞活力检测等方法探究FADD对HNSCC细胞增殖水平的调控作用;使用免疫共沉淀串联质谱(co-immunoprecipitation mass spectrum,Co-IP/MS)鉴定与FADD发生相互作用的蛋白,并应用CRISPR/Cas9技术、LiveCyte活细胞追踪系统、蛋白印迹实验等方法对与FADD相互作用的蛋白进行进一步机制研究。结果·数据库分析显示FADD在头颈鳞癌中显著高表达,并与患者不良预后相关。免疫组化染色表明FADD在HNSCC患者正常组织、不典型增生及肿瘤组织中的表达水平呈现递增趋势。在HNSCC细胞中敲低FADD后,与对照组相比,细胞的增殖能力显著降低,形成克隆数减少。Co-IP/MS结果显示,FADD与CUT样同源盒1(CUT-like homeobox 1,CUX1)蛋白存在相互作用,敲低FADD后CUX1表达水平升高。同时,在HNSCC细胞中敲除CUX1能够显著促进肿瘤细胞增殖能力。敲除CUX1可部分逆转FADD低表达引起的增殖抑制。结论·FADD在HNSCC中具有显著促癌作用,并与不良预后相关。FADD可通过与CUX1发生相互作用降低其表达水平进一步调控肿瘤细胞的增殖能力。展开更多
目的·分析癌-睾丸抗原(cancer-testis antigen,CTA)家族成员SPANXB(sperm protein associated with the nucleus on the X chromosome B)在肝癌中的表达及其与肝癌患者预后之间的相关性,并探究SPANXB对肝癌细胞增殖的影响及其潜在...目的·分析癌-睾丸抗原(cancer-testis antigen,CTA)家族成员SPANXB(sperm protein associated with the nucleus on the X chromosome B)在肝癌中的表达及其与肝癌患者预后之间的相关性,并探究SPANXB对肝癌细胞增殖的影响及其潜在机制。方法·利用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中的肝癌样本数据,分析SPANXB在肝癌组织中的表达及其与患者生存期的相关性。构建稳定敲低SPANXB与稳定过表达SPANXB的肝癌细胞系,利用活细胞成像实验、EdU细胞增殖实验和平板克隆形成实验评估SPANXB对肝癌细胞增殖的影响。通过RNA测序(RNA-sequence,RNA-seq)探究SPANXB调控肝癌细胞增殖的相关通路,并利用细胞周期实验验证SPANXB对肝癌细胞周期的影响。采用免疫沉淀-质谱联用技术(immunoprecipitation-mass spectrometry,IP-MS)探索与SPANXB相互作用的蛋白,并使用免疫共沉淀(co-immunoprecipitation,Co-IP)进行验证。结果·SPANXB mRNA在肝癌组织中的表达高于正常组织(P=0.003),且与肝癌患者的生存期呈负相关。稳定敲低SPANXB可降低肝癌细胞的增殖能力、克隆形成能力,而稳定过表达SPANXB则可促进这些过程。RNA-seq的结果显示,SPANXB的敲低可下调DNA复制与G1/S细胞周期转换相关通路,细胞周期实验的结果显示SPANXB的敲低可导致肝癌细胞周期发生改变。IP-MS和Co-IP结果显示,SPAXNB与有丝分裂停滞缺陷2样蛋白1(mitotic arrest deficient 2-like protein 1,MAD2L1)、WD重复域蛋白5(WD repeat domain 5,WDR5)等细胞周期相关蛋白存在相互作用。结论·SPANXB的高表达与肝癌的预后呈负相关,其可能通过与MAD2L1、WDR5相互作用调控细胞周期并增强肝癌细胞的增殖活性。展开更多
目的·利用负染电镜技术分析人源核小体重塑及组蛋白去乙酰化酶复合物(nucleosome remodeling and deacetylase complex,NuRD复合物)结构,获得人源NuRD复合物的轮廓信息。方法·将C端带有3×Flag标签的MBD3(methyl-CpG bind...目的·利用负染电镜技术分析人源核小体重塑及组蛋白去乙酰化酶复合物(nucleosome remodeling and deacetylase complex,NuRD复合物)结构,获得人源NuRD复合物的轮廓信息。方法·将C端带有3×Flag标签的MBD3(methyl-CpG binding domain protein 3)和N端带有10×His标签的GATAD2A(GATA zinc finger domain containing 2A)克隆至pMLink表达载体中,采用聚乙烯亚胺瞬时转染过表达的方式在人源Expi293F悬浮细胞里表达NuRD复合物中的蛋白质组分;依次通过Ni-NTA亲和层析、Flag(DYKDDDDK)标签亲和层析和Superose 6 Increase 5/150凝胶过滤层析分离纯化NuRD复合物;利用蛋白质印迹法(Western blotting)和液相色谱-串联质谱法(liquid chromatography-tandem mass spectrometry,LC-MS/MS)对复合物进行组分鉴定;利用负染电镜技术结合单颗粒重构技术研究NuRD复合物的空间结构;通过UCSF Chimera软件将蛋白质数据库(Protein Data Bank,PDB)中已有亚复合物的原子结构模型(7AO9,5FXY)与生成的结构模型进行自动匹配及比对,预测多个蛋白组分在负染结构模型中的定位。结果·利用两步亲和层析,成功富集了带有纯化标签的MBD3、GATAD2A蛋白及其他内源蛋白组分,通过进一步的凝胶过滤层析分离得到了均一性良好的复合物;通过Western blotting和LC-MS/MS鉴定,确认纯化得到的复合物为组分完整的人源NuRD复合物。利用负染电镜技术及单颗粒重构技术初步解析了NuRD复合物的空间结构,其整体轮廓特征明显,呈现为不对称的长条形;通过进一步的三维优化处理,最终获得了人源NuRD复合物分辨率约为17A(1A=0.1 nm)的初步三维结构模型;已有的亚复合物原子结构模型(PDB:7AO9,5FXY)与NuRD复合物的初步三维结构模型自动匹配后,初步确定了MTA1/2/3(metastasis-associated protein 1/2/3)、HDAC1/2(histone deacetylase 1/2)、RBBP4/7(retinoblastoma-binding protein 4/7)及MBD2/3(methyl-CpG-binding domain protein 2/3)蛋白亚基在NuRD复合物负染结构模型中的定位。结论·利用单颗粒重构技术搭建了人源NuRD复合物的低分辨率负染结构模型。展开更多
文摘目的·检测Fas相关死亡结构域蛋白(Fas-associated protein with death domain,FADD)在头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)中的表达水平,并探究FADD促进HNSCC细胞增殖的分子机制。方法·利用GEPIA 2数据库分析肿瘤组织中FADD表达水平及其与预后的关系;通过对HNSCC组织进行免疫组织化学染色(immunohistochemistry staining,IHC),探究FADD在正常、不典型增生和肿瘤组织中的表达水平变化;构建稳定低表达FADD的人HNSCC Fadu、HSC3细胞株,并通过蛋白印迹实验和实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)方法进行验证;使用LiveCyte活细胞追踪系统、克隆形成、细胞活力检测等方法探究FADD对HNSCC细胞增殖水平的调控作用;使用免疫共沉淀串联质谱(co-immunoprecipitation mass spectrum,Co-IP/MS)鉴定与FADD发生相互作用的蛋白,并应用CRISPR/Cas9技术、LiveCyte活细胞追踪系统、蛋白印迹实验等方法对与FADD相互作用的蛋白进行进一步机制研究。结果·数据库分析显示FADD在头颈鳞癌中显著高表达,并与患者不良预后相关。免疫组化染色表明FADD在HNSCC患者正常组织、不典型增生及肿瘤组织中的表达水平呈现递增趋势。在HNSCC细胞中敲低FADD后,与对照组相比,细胞的增殖能力显著降低,形成克隆数减少。Co-IP/MS结果显示,FADD与CUT样同源盒1(CUT-like homeobox 1,CUX1)蛋白存在相互作用,敲低FADD后CUX1表达水平升高。同时,在HNSCC细胞中敲除CUX1能够显著促进肿瘤细胞增殖能力。敲除CUX1可部分逆转FADD低表达引起的增殖抑制。结论·FADD在HNSCC中具有显著促癌作用,并与不良预后相关。FADD可通过与CUX1发生相互作用降低其表达水平进一步调控肿瘤细胞的增殖能力。
文摘目的·分析癌-睾丸抗原(cancer-testis antigen,CTA)家族成员SPANXB(sperm protein associated with the nucleus on the X chromosome B)在肝癌中的表达及其与肝癌患者预后之间的相关性,并探究SPANXB对肝癌细胞增殖的影响及其潜在机制。方法·利用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中的肝癌样本数据,分析SPANXB在肝癌组织中的表达及其与患者生存期的相关性。构建稳定敲低SPANXB与稳定过表达SPANXB的肝癌细胞系,利用活细胞成像实验、EdU细胞增殖实验和平板克隆形成实验评估SPANXB对肝癌细胞增殖的影响。通过RNA测序(RNA-sequence,RNA-seq)探究SPANXB调控肝癌细胞增殖的相关通路,并利用细胞周期实验验证SPANXB对肝癌细胞周期的影响。采用免疫沉淀-质谱联用技术(immunoprecipitation-mass spectrometry,IP-MS)探索与SPANXB相互作用的蛋白,并使用免疫共沉淀(co-immunoprecipitation,Co-IP)进行验证。结果·SPANXB mRNA在肝癌组织中的表达高于正常组织(P=0.003),且与肝癌患者的生存期呈负相关。稳定敲低SPANXB可降低肝癌细胞的增殖能力、克隆形成能力,而稳定过表达SPANXB则可促进这些过程。RNA-seq的结果显示,SPANXB的敲低可下调DNA复制与G1/S细胞周期转换相关通路,细胞周期实验的结果显示SPANXB的敲低可导致肝癌细胞周期发生改变。IP-MS和Co-IP结果显示,SPAXNB与有丝分裂停滞缺陷2样蛋白1(mitotic arrest deficient 2-like protein 1,MAD2L1)、WD重复域蛋白5(WD repeat domain 5,WDR5)等细胞周期相关蛋白存在相互作用。结论·SPANXB的高表达与肝癌的预后呈负相关,其可能通过与MAD2L1、WDR5相互作用调控细胞周期并增强肝癌细胞的增殖活性。
文摘目的·利用负染电镜技术分析人源核小体重塑及组蛋白去乙酰化酶复合物(nucleosome remodeling and deacetylase complex,NuRD复合物)结构,获得人源NuRD复合物的轮廓信息。方法·将C端带有3×Flag标签的MBD3(methyl-CpG binding domain protein 3)和N端带有10×His标签的GATAD2A(GATA zinc finger domain containing 2A)克隆至pMLink表达载体中,采用聚乙烯亚胺瞬时转染过表达的方式在人源Expi293F悬浮细胞里表达NuRD复合物中的蛋白质组分;依次通过Ni-NTA亲和层析、Flag(DYKDDDDK)标签亲和层析和Superose 6 Increase 5/150凝胶过滤层析分离纯化NuRD复合物;利用蛋白质印迹法(Western blotting)和液相色谱-串联质谱法(liquid chromatography-tandem mass spectrometry,LC-MS/MS)对复合物进行组分鉴定;利用负染电镜技术结合单颗粒重构技术研究NuRD复合物的空间结构;通过UCSF Chimera软件将蛋白质数据库(Protein Data Bank,PDB)中已有亚复合物的原子结构模型(7AO9,5FXY)与生成的结构模型进行自动匹配及比对,预测多个蛋白组分在负染结构模型中的定位。结果·利用两步亲和层析,成功富集了带有纯化标签的MBD3、GATAD2A蛋白及其他内源蛋白组分,通过进一步的凝胶过滤层析分离得到了均一性良好的复合物;通过Western blotting和LC-MS/MS鉴定,确认纯化得到的复合物为组分完整的人源NuRD复合物。利用负染电镜技术及单颗粒重构技术初步解析了NuRD复合物的空间结构,其整体轮廓特征明显,呈现为不对称的长条形;通过进一步的三维优化处理,最终获得了人源NuRD复合物分辨率约为17A(1A=0.1 nm)的初步三维结构模型;已有的亚复合物原子结构模型(PDB:7AO9,5FXY)与NuRD复合物的初步三维结构模型自动匹配后,初步确定了MTA1/2/3(metastasis-associated protein 1/2/3)、HDAC1/2(histone deacetylase 1/2)、RBBP4/7(retinoblastoma-binding protein 4/7)及MBD2/3(methyl-CpG-binding domain protein 2/3)蛋白亚基在NuRD复合物负染结构模型中的定位。结论·利用单颗粒重构技术搭建了人源NuRD复合物的低分辨率负染结构模型。
