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儿童脓毒症预后相关长链非编码RNA筛选及竞争性内源RNA网络的构建
1
作者
刘田恬
赵奕琳
+2 位作者
宁菁菁
张育才
王春霞
《上海交通大学学报(医学版)》
北大核心
2025年第3期282-291,共10页
目的·基于基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)筛选儿童脓毒症预后相关长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA),并构建竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络,探索其在儿童脓毒症预后评估中的...
目的·基于基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)筛选儿童脓毒症预后相关长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA),并构建竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络,探索其在儿童脓毒症预后评估中的潜在应用价值。方法·基于GEO转录组学数据集(GSE4607、GSE26440、GSE26378和GSE9692),对比儿童脓毒症休克患儿存活组与非存活组中lncRNA的表达差异,利用多元线性回归和LASSO分析筛选潜在特征lncRNA,采用受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线分析其预后评估能力。预测lncRNA、微小RNA(microRNA,miRNA)和mRNA的互作,构建蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络,进行通路富集分析。结果·筛选出55个预后相关的差异表达lncRNA。LASSO回归分析明确6个潜在lncRNA,包括miR503宿主基因(miR503 host gene,MIR503HG)、TAPT1反义RNA1(TAPT1 antisense RNA 1,TAPT1-AS1)、膀胱癌细胞凋亡相关转录物(apoptosis associated transcript in bladder cancer,AATBC)、SBF2反义RNA1(SBF2 antisense RNA 1,SBF2-AS1)、MGC16275及宿主小核仁RNA基因15(small nucleolar RNA host gene 15,SNHG15),组成6-lncRNA特征(6-lncRNA signature,lncSig6);lncSig6预测儿童脓毒症休克预后内部验证及外部验证的ROC曲线下面积(area under the curve,AUC)分别为0.859(95%CI 0.722~0.996)和0.854(95%CI 0.687~1.000)。进一步构建基于差异表达MIR503HG,SNHG15和SBF2-AS1的lncRNA-miRNA-mRNA网络,根据核心蛋白PPI网络和GO/KEGG信号通路分析结果提示:lncRNA经海绵化miRNA调控靶基因,涉及叉头盒蛋白O(forkhead box O,FoxO)信号通路、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(phosphatidylinositol 3 kinase-protein kinase B,PI3K-AKT)信号通路、细胞衰老信号通路、胰岛素信号通路、缺氧诱导蛋白-1(hypoxia-inducible protein-1,HIF-1)信号通路,和晚期糖化终产物(advanced glycation end products,AGEs)及其受体(receptor of AGEs,RAGE)信号通路。结论·lncSig6可以作为预测儿童脓毒症休克预后的评估方法,构建的ceRNA分子网络可为信号通路研究提供依据。
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关键词
儿童脓毒症
长链非编码RNA
竞争性内源RNA
预后标志物
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题名
儿童脓毒症预后相关长链非编码RNA筛选及竞争性内源RNA网络的构建
1
作者
刘田恬
赵奕琳
宁菁菁
张育才
王春霞
机构
上海交通大学医学院
附属
儿童
医院
重症
医学
科
上海交通大学医学院附属儿童医院儿童感染免疫与重症医学研究院危重症转化医学研究室
出处
《上海交通大学学报(医学版)》
北大核心
2025年第3期282-291,共10页
基金
国家自然科学基金(82171729)
上海市自然科学基金(23ZR1453000)
上海交通大学医学院“双百人”项目(20171928)。
文摘
目的·基于基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)筛选儿童脓毒症预后相关长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA),并构建竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络,探索其在儿童脓毒症预后评估中的潜在应用价值。方法·基于GEO转录组学数据集(GSE4607、GSE26440、GSE26378和GSE9692),对比儿童脓毒症休克患儿存活组与非存活组中lncRNA的表达差异,利用多元线性回归和LASSO分析筛选潜在特征lncRNA,采用受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线分析其预后评估能力。预测lncRNA、微小RNA(microRNA,miRNA)和mRNA的互作,构建蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络,进行通路富集分析。结果·筛选出55个预后相关的差异表达lncRNA。LASSO回归分析明确6个潜在lncRNA,包括miR503宿主基因(miR503 host gene,MIR503HG)、TAPT1反义RNA1(TAPT1 antisense RNA 1,TAPT1-AS1)、膀胱癌细胞凋亡相关转录物(apoptosis associated transcript in bladder cancer,AATBC)、SBF2反义RNA1(SBF2 antisense RNA 1,SBF2-AS1)、MGC16275及宿主小核仁RNA基因15(small nucleolar RNA host gene 15,SNHG15),组成6-lncRNA特征(6-lncRNA signature,lncSig6);lncSig6预测儿童脓毒症休克预后内部验证及外部验证的ROC曲线下面积(area under the curve,AUC)分别为0.859(95%CI 0.722~0.996)和0.854(95%CI 0.687~1.000)。进一步构建基于差异表达MIR503HG,SNHG15和SBF2-AS1的lncRNA-miRNA-mRNA网络,根据核心蛋白PPI网络和GO/KEGG信号通路分析结果提示:lncRNA经海绵化miRNA调控靶基因,涉及叉头盒蛋白O(forkhead box O,FoxO)信号通路、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(phosphatidylinositol 3 kinase-protein kinase B,PI3K-AKT)信号通路、细胞衰老信号通路、胰岛素信号通路、缺氧诱导蛋白-1(hypoxia-inducible protein-1,HIF-1)信号通路,和晚期糖化终产物(advanced glycation end products,AGEs)及其受体(receptor of AGEs,RAGE)信号通路。结论·lncSig6可以作为预测儿童脓毒症休克预后的评估方法,构建的ceRNA分子网络可为信号通路研究提供依据。
关键词
儿童脓毒症
长链非编码RNA
竞争性内源RNA
预后标志物
Keywords
pediatric sepsis
long non-coding RNA
competing endogenous RNA
prognostic biomarker
分类号
R737.9 [医药卫生—肿瘤]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
儿童脓毒症预后相关长链非编码RNA筛选及竞争性内源RNA网络的构建
刘田恬
赵奕琳
宁菁菁
张育才
王春霞
《上海交通大学学报(医学版)》
北大核心
2025
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