目的·从原子层面探索KRAS^(G12D/R68G)突变诱发肿瘤细胞对MRTX1133耐药的机制。方法·从RCSB蛋白质数据库(Protein Data Bank,PDB)获取KRAS^(G12D)与MRTX1133相互作用复合物的晶体结构数据。使用PyMOL软件将KRAS第68位的精氨...目的·从原子层面探索KRAS^(G12D/R68G)突变诱发肿瘤细胞对MRTX1133耐药的机制。方法·从RCSB蛋白质数据库(Protein Data Bank,PDB)获取KRAS^(G12D)与MRTX1133相互作用复合物的晶体结构数据。使用PyMOL软件将KRAS第68位的精氨酸突变为甘氨酸(R68G),构建KRAS^(G12D)和KRAS^(G12D/R68G)分别与MRTX1133相互作用体系的初始构象。使用LEaP程序构建带有周期性边界的模拟体系,应用ff19SB力场计算KRAS中标准氨基酸的力场参数,应用GAFF(general AMBER force field)力场计算MRTX1133的力场参数,应用TIP3P(intermolecular potential three point)力场计算水分子的力场参数。使用Amber软件对体系进行能量最小化,体系升温至300 K后,进行等温等容平衡和等温等压运动的计算。使用cpptraj轨迹分析软件计算每个体系的均方根偏差(root mean square deviation,RMSD)、体系中每个氨基酸的均方根波动(root mean square fluctuation,RMSF),对轨迹进行主成分分析(principal component analysis,PCA),计算MRTX1133和GDP的溶剂可及表面积(solvent-accessible surface area,SASA)。测量区域之间氢键形成的数量,并计算氨基酸之间的动态交叉相关矩阵(dynamic cross-correlation matrix,DCCM)。结果·RMSD分析显示KRAS^(G12D/R68G)体系中KRAS的变化幅度大于KRAS^(G12D)体系。RMSF分析显示KRAS^(G12D/R68G)体系中KRAS的SwitchⅠ和SwitchⅡ区域的波动幅度明显大于KRAS^(G12D)体系。PCA分析提示KRAS^(G12D/R68G)体系中KRAS的SwitchⅠ和SwitchⅡ区域更多地处于向外打开的状态。两体系中SwitchⅠ与P-loop之间距离以及SwitchⅡ与P-loop之间距离的比较显示了KRAS^(G12D/R68G)体系中的GDP和MRTX1133的结合口袋与KRAS^(G12D)体系相比均显著扩大。SASA分析显示KRAS^(G12D/R68G)体系中的GDP和MRTX1133的溶剂暴露面积与KRAS^(G12D)体系相比均明显增加。DCCM分析显示KRAS^(G12D/R68G)体系中SwitchⅠ、SwitchⅡ和P-loop区域之间存在更多的分离运动。结论·KRAS^(G12D/R68G)突变破坏了SwitchⅠ和SwitchⅡ区域之间的相互作用,导致了SwitchⅠ和SwitchⅡ的分离,继而导致MRTX1133的结合口袋开放,增加了MRTX1133的溶剂暴露面积,从而加速了MRTX1133的解离,最终导致KRAS^(G12D/R68G)对MRTX1133耐药。展开更多
目的·比较二孔法腹腔镜辅助脑室腹腔分流术(laparoscopy-assisted ventriculoperitoneal shunt,LAVPS)与传统开腹脑室腹腔分流术(open ventriculoperitoneal shunt,OVPS)的临床疗效,探讨二孔法LAVPS中腹腔端分流管放置的临床实践...目的·比较二孔法腹腔镜辅助脑室腹腔分流术(laparoscopy-assisted ventriculoperitoneal shunt,LAVPS)与传统开腹脑室腹腔分流术(open ventriculoperitoneal shunt,OVPS)的临床疗效,探讨二孔法LAVPS中腹腔端分流管放置的临床实践与经验。方法·回顾性分析上海交通大学医学院附属仁济医院神经外科2016年1月—2018年12月收治的因脑积水行脑室腹腔分流术(ventriculoperitoneal shunt,VPS)的308例患者。其中,LAVPS治疗组(L组)90例,应用二孔法以及独创的线环法,将腹腔端分流管置入右肝膈间隙;传统OVPS治疗组(O组)218例,腹腔端分流管经剑突下正中切口置入左下腹。对比2种手术方式的手术时间和远端导管并发症等情况。结果·与O组相比,L组平均手术时间显著减少(54 min vs 90 min,P=0.000),远端导管并发症发生率也显著降低(0 vs 9.6%,P=0.002)。L组仅发生1例内脏损伤,1例远端导管移位,另发生1例近端导管堵塞;远端导管未有感染或堵塞,发生率均较O组显著降低(0 vs 4.6%,P=0.039;0 vs 5.0%,P=0.030)。O组则发生10例导管感染,11例导管堵塞,4例内脏损伤,2例切口疝。结论·经改良的以线圈引导、腹腔端分流管留置于右肝膈间隙的二孔法LAVPS是一种安全、经济和简便的手术方法,与传统OVPS相比,能够更为有效地治疗各种原因所致的脑积水。展开更多
文摘目的·从原子层面探索KRAS^(G12D/R68G)突变诱发肿瘤细胞对MRTX1133耐药的机制。方法·从RCSB蛋白质数据库(Protein Data Bank,PDB)获取KRAS^(G12D)与MRTX1133相互作用复合物的晶体结构数据。使用PyMOL软件将KRAS第68位的精氨酸突变为甘氨酸(R68G),构建KRAS^(G12D)和KRAS^(G12D/R68G)分别与MRTX1133相互作用体系的初始构象。使用LEaP程序构建带有周期性边界的模拟体系,应用ff19SB力场计算KRAS中标准氨基酸的力场参数,应用GAFF(general AMBER force field)力场计算MRTX1133的力场参数,应用TIP3P(intermolecular potential three point)力场计算水分子的力场参数。使用Amber软件对体系进行能量最小化,体系升温至300 K后,进行等温等容平衡和等温等压运动的计算。使用cpptraj轨迹分析软件计算每个体系的均方根偏差(root mean square deviation,RMSD)、体系中每个氨基酸的均方根波动(root mean square fluctuation,RMSF),对轨迹进行主成分分析(principal component analysis,PCA),计算MRTX1133和GDP的溶剂可及表面积(solvent-accessible surface area,SASA)。测量区域之间氢键形成的数量,并计算氨基酸之间的动态交叉相关矩阵(dynamic cross-correlation matrix,DCCM)。结果·RMSD分析显示KRAS^(G12D/R68G)体系中KRAS的变化幅度大于KRAS^(G12D)体系。RMSF分析显示KRAS^(G12D/R68G)体系中KRAS的SwitchⅠ和SwitchⅡ区域的波动幅度明显大于KRAS^(G12D)体系。PCA分析提示KRAS^(G12D/R68G)体系中KRAS的SwitchⅠ和SwitchⅡ区域更多地处于向外打开的状态。两体系中SwitchⅠ与P-loop之间距离以及SwitchⅡ与P-loop之间距离的比较显示了KRAS^(G12D/R68G)体系中的GDP和MRTX1133的结合口袋与KRAS^(G12D)体系相比均显著扩大。SASA分析显示KRAS^(G12D/R68G)体系中的GDP和MRTX1133的溶剂暴露面积与KRAS^(G12D)体系相比均明显增加。DCCM分析显示KRAS^(G12D/R68G)体系中SwitchⅠ、SwitchⅡ和P-loop区域之间存在更多的分离运动。结论·KRAS^(G12D/R68G)突变破坏了SwitchⅠ和SwitchⅡ区域之间的相互作用,导致了SwitchⅠ和SwitchⅡ的分离,继而导致MRTX1133的结合口袋开放,增加了MRTX1133的溶剂暴露面积,从而加速了MRTX1133的解离,最终导致KRAS^(G12D/R68G)对MRTX1133耐药。
文摘目的·比较二孔法腹腔镜辅助脑室腹腔分流术(laparoscopy-assisted ventriculoperitoneal shunt,LAVPS)与传统开腹脑室腹腔分流术(open ventriculoperitoneal shunt,OVPS)的临床疗效,探讨二孔法LAVPS中腹腔端分流管放置的临床实践与经验。方法·回顾性分析上海交通大学医学院附属仁济医院神经外科2016年1月—2018年12月收治的因脑积水行脑室腹腔分流术(ventriculoperitoneal shunt,VPS)的308例患者。其中,LAVPS治疗组(L组)90例,应用二孔法以及独创的线环法,将腹腔端分流管置入右肝膈间隙;传统OVPS治疗组(O组)218例,腹腔端分流管经剑突下正中切口置入左下腹。对比2种手术方式的手术时间和远端导管并发症等情况。结果·与O组相比,L组平均手术时间显著减少(54 min vs 90 min,P=0.000),远端导管并发症发生率也显著降低(0 vs 9.6%,P=0.002)。L组仅发生1例内脏损伤,1例远端导管移位,另发生1例近端导管堵塞;远端导管未有感染或堵塞,发生率均较O组显著降低(0 vs 4.6%,P=0.039;0 vs 5.0%,P=0.030)。O组则发生10例导管感染,11例导管堵塞,4例内脏损伤,2例切口疝。结论·经改良的以线圈引导、腹腔端分流管留置于右肝膈间隙的二孔法LAVPS是一种安全、经济和简便的手术方法,与传统OVPS相比,能够更为有效地治疗各种原因所致的脑积水。
