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基于基因及调控区进化保守性评估细胞和组织发育潜能的定量分析
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作者 王志明 童冉 +6 位作者 杨晨 焦慧媛 王一好 李林颖 王烨欣 张丰 李令杰 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期1384-1395,共12页
目的在DNA序列的保守度层面探讨物种进化与发育之间的关系及其内在规律。方法分析编码基因的氨基酸序列在100个物种中的保守程度,并建立保守率(conservation rate,CR)这一量化基因进化保守程度的指标,进一步使用胚胎干细胞通路特征基因... 目的在DNA序列的保守度层面探讨物种进化与发育之间的关系及其内在规律。方法分析编码基因的氨基酸序列在100个物种中的保守程度,并建立保守率(conservation rate,CR)这一量化基因进化保守程度的指标,进一步使用胚胎干细胞通路特征基因验证保守率与发育潜能的关系。分析早期三胚层(内胚层、中胚层、外胚层)及其对应的成熟器官(肝脏、心脏和大脑等)的转录组测序(RNA sequencing,RNA-seq)数据,寻找差异表达基因,研究其保守性特点。收集人类早期胚层和成熟器官H3组蛋白第27位赖氨酸乙酰化(histone H3 acetylated at lysine 27,H3K27ac)这一增强子表观遗传标志物的染色质免疫共沉淀测序(chromatin immunoprecipitation sequencing,ChIP-seq)数据,寻找增强子位点,使用ROSE程序鉴定各种细胞和组织中的超级增强子(super enhancer,SE)。使用基因通路富集分析研究超级增强子调控的基因与对应的细胞特征的身份相关性,以明确所鉴定的超级增强子是否符合已有研究报道的特点。使用PhastCons程序计算非编码调控区的DNA保守性评分(conservation score,CS),研究其与发育潜能的关系。结果在基因编码区,成功建立保守率这一对基因保守程度进行量化的指标。早期三胚层和成熟器官的基因表达数据分析显示:保守率越高的基因与干性和早期发育过程相关性越大,基因保守率指标能区分出发育前后的组织差异。在基因非编码区,发现调控区的保守性也与发育具有相关性:发育早期三胚层的超级增强子序列的保守性评分显著高于对应的成熟器官的超级增强子序列;但细胞特异的普通增强子(typical enhancer,TE)没有呈现出这样的趋势。结论随着发育进行,在基因编码区特异表达的基因在进化中的保守率下降,非编码调控区的超级增强子DNA保守性评分下降。 展开更多
关键词 胚胎发育 物种进化 超级增强子 发育遗传学 DNA保守性
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SMAD2和SMAD3在人胚胎干细胞分化过程中的不同调控作用
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作者 赵冰楠 马双羽 +1 位作者 胥春龙 王琼 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期443-454,共12页
目的·探究转化生长因子β(transforming growth factorβ,TGFβ)家族下游的关键转录因子SMAD蛋白(drosophila mothers against decapentaplegic protein)——SMAD2和SMAD3在人胚胎干细胞(human embryonic stem cell,hESC)体外分化... 目的·探究转化生长因子β(transforming growth factorβ,TGFβ)家族下游的关键转录因子SMAD蛋白(drosophila mothers against decapentaplegic protein)——SMAD2和SMAD3在人胚胎干细胞(human embryonic stem cell,hESC)体外分化过程中的不同作用。方法·在hESC中,通过蛋白质印迹法(Western blotting)检测SMAD2和SMAD3在分化过程中的蛋白表达水平。通过CRISPR/Cas9(clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated protein 9)技术构建SMAD2敲除(SMAD2 knockout,SMAD2KO)和SMAD3敲除(SMAD3 knockout,SMAD3KO)的细胞系。利用免疫荧光染色检测SMAD蛋白丢失对多能性因子八聚体结合转录因子4(octamer-binding transcription factor 4,OCT4)和性别决定区Y框蛋白2(sex determining region Y-box 2,SOX2),神经外胚层(neuroectoderm,NE)标志因子配对盒因子6(paired box 6,PAX6)和性别决定区Y框蛋白1(sex determining region Y-box 1,SOX1)以及中内胚层(mesendoderm,ME)标志因子SOX17的表达影响;同时使用流式细胞术鉴定SMAD2敲除或SMAD3敲除对NE标志因子PAX6以及ME标志因子SOX17、脱中胚蛋白(eomesodermin,EOMES)和C-X-C模体趋化因子受体4(C-X-C motif chemokine receptor 4,CXCR4)表达的影响。在SMAD2KO和SMAD3KO细胞中分别过表达SMAD2和SMAD3质粒,通过Western blotting检测SMAD2和SMAD3蛋白回补的效果,并利用实时定量PCR(real-time quantitative reverse transcription PCR,qRT-PCR)检测SMAD蛋白回补后对分化过程中的ME关键因子EOMES、叉头框转录因子A2(forkhead box A2,FOXA2)和GSC同源盒(goosecoid homeobox,GSC)表达的影响。结果·虽然SMAD2和SMAD3的蛋白序列较为相似,但是SMAD2才是hESC中主要表达的蛋白因子。免疫荧光染色结果表明,SMAD2敲除和SMAD3敲除并不会影响hESC多能性因子OCT4和SOX2的表达;同时流式细胞术发现,SMAD蛋白的缺失也不会影响NE标志因子PAX6和SOX1的表达。SMAD3敲除对hESC向ME分化没有显著的影响,而SMAD2敲除严重阻碍了hESC表达ME标志因子SOX17、EOMES和CXCR4。通过qRT-PCR检测显示在SMAD2KO细胞中过表达外源性SMAD2可以有效地恢复ME基因EOMES、FOXA2和GSC的表达,而在SMAD3KO细胞中回补SMAD3对这些ME基因的表达无影响。结论·SMAD2和SMAD3在hESC向ME分化过程中的调控作用不同。SMAD2而非SMAD3是决定hESC表达ME基因的关键。 展开更多
关键词 人胚胎干细胞 中内胚层分化 SMAD2 SMAD3
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小鼠输卵管上皮类器官的构建及表型验证 被引量:2
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作者 吴其谦 胡燕琴 +3 位作者 陈迦勒 李牧辰 赵有淦 伍静文 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期848-859,共12页
目的·构建野生型(wild type,WT)小鼠和miR-34b/c^(−/−)且miR-449^(−/−)双敲除(double knockout,dKO)小鼠输卵管上皮类器官的培养体系,并进行表型验证。方法·利用酶消化法和差速贴壁法分离纯化WT小鼠和dKO小鼠输卵管上皮细胞,... 目的·构建野生型(wild type,WT)小鼠和miR-34b/c^(−/−)且miR-449^(−/−)双敲除(double knockout,dKO)小鼠输卵管上皮类器官的培养体系,并进行表型验证。方法·利用酶消化法和差速贴壁法分离纯化WT小鼠和dKO小鼠输卵管上皮细胞,并利用免疫荧光法鉴定得到的输卵管上皮细胞的纯度;通过计数和直径测量比较WT小鼠和dKO小鼠输卵管上皮类器官数量、生长速度和生长大小;利用苏木精-伊红(hematoxylin-eosin,H-E)染色和透射电子显微镜(透射电镜)对输卵管上皮类器官进行形态和结构观察;采用免疫荧光法观察并统计纤毛细胞和分泌细胞在WT小鼠和dKO小鼠输卵管上皮类器官中的比例;采用免疫组织化学法、实时荧光定量PCR(RT-qPCR)和Western blotting检测分泌细胞、纤毛细胞相关基因在输卵管上皮类器官中的表达。结果·分离纯化得到的输卵管上皮细胞纯度较高。与WT小鼠相比,dKO小鼠输卵管上皮类器官生长更快,体积更大,数量也更多;但dKO小鼠输卵管上皮类器官发育较慢,于培养28 d时才出现上皮内陷,而WT小鼠的类器官于培养16 d时已经出现。H-E染色和透射电镜结果显示输卵管上皮类器官呈现出与在体输卵管类似的结构。免疫荧光检测显示dKO小鼠输卵管上皮类器官的纤毛细胞显著减少而分泌细胞显著增多(均P<0.05)。免疫组织化学法检测结果显示,dKO小鼠输卵管上皮类器官的分子表达模式与在体输卵管组织基本一致,即纤毛细胞标志物乙酰化微管蛋白α(Ac-α-tubulin)、叉头框J1(forkhead box J1,FOXJ1)表达减少,分泌细胞标志物配对盒8(paired box 8,PAX8)表达增加;RT-qPCR结果显示dKO小鼠输卵管上皮类器官中Foxj1和微管蛋白β4A(tubulinβclassⅣa,Tubb4a)的mRNA水平均降低(均P<0.05),而Pax8 mRNA水平升高(P<0.05);Western blotting结果显示,dKO小鼠类器官中FOXJ1的蛋白表达水平显著降低,PAX8表达显著升高(均P<0.05)。结论·研究成功构建WT小鼠和dKO小鼠的输卵管上皮类器官培养体系,该体系可模拟小鼠在体输卵管的表型。 展开更多
关键词 类器官 输卵管 上皮细胞 miR-34 miR-449 基因敲除
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黏蛋白1与肿瘤相关蛋白的调控网络研究 被引量:2
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作者 褚云开 廖春华 +1 位作者 邓华云 黄雷 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第8期1024-1033,共10页
目的·研究黏蛋白1(mucin1,MUC1)在不同肿瘤组织中的表达水平及其对患者生存期的影响;通过分析与MUC1存在相互作用的肿瘤相关蛋白的调控网络,预测MUC1参与肿瘤发生发展的可能机制。方法·使用GEPIA 2在线平台对MUC1在33种肿瘤中... 目的·研究黏蛋白1(mucin1,MUC1)在不同肿瘤组织中的表达水平及其对患者生存期的影响;通过分析与MUC1存在相互作用的肿瘤相关蛋白的调控网络,预测MUC1参与肿瘤发生发展的可能机制。方法·使用GEPIA 2在线平台对MUC1在33种肿瘤中的mRNA水平,以及其与患者生存期的关系进行分析。在HEK293T细胞中转染MUC1-HA质粒,用HA抗体进行免疫共沉淀(co-immunoprecipitation,Co-IP)实验,对MUC1结合蛋白进行液相色谱-串联质谱(liquid chromatography-tandem mass spectrometry,LCMS/MS)分析。使用String 11.5在线平台对MUC1结合蛋白的亚细胞定位、分子功能、涉及的疾病、参与的生物学过程以及这些蛋白之间的相互作用调控网络进行分析。结果·MUC1在乳腺癌、宫颈癌、弥漫性大B细胞瘤、多发性胶质细胞瘤、低级别脑胶质瘤、卵巢癌、胰腺癌、胸腺癌和子宫内膜癌等9种肿瘤中高表达;对这9种肿瘤中MUC1表达与生存期的关系分析发现,MUC1表达与生存期呈负相关,其中在乳腺癌、宫颈癌、多发性胶质细胞瘤、低级别脑胶质瘤、胰腺癌和胸腺癌等6种肿瘤中具有统计学意义。质谱分析共检测到526个MUC1结合蛋白,这些蛋白定位于细胞器、细胞质和膜结构最多;主要分子功能包括蛋白结合、离子结合和酶活性等;涉及的疾病有解剖实体性疾病、细胞增殖性疾病、代谢性疾病和癌症等;参与的生物学过程主要包括细胞应激、代谢、发育和生物合成等。MUC1结合蛋白主要参与代谢、癌症、cGMP-依赖cGMP的蛋白激酶(cGMP-dependent protein kinase,PKG)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)和细胞周期等信号通路;深入分析后发现,MUC1结合蛋白一方面大量参与到Wnt/β-catenin、Notch和cAMP等癌症相关信号通路,另一方面通过调控代谢、凋亡和细胞周期促进肿瘤的发生发展。结论·MUC1在多种肿瘤组织中高表达并与患者预后不良相关;MUC1通过蛋白相互作用参与调控细胞代谢和肿瘤相关信号通路。该研究创新性地发现多个新的MUC1结合蛋白,可为进一步研究MUC1生物学新功能奠定基础。 展开更多
关键词 黏蛋白1 肿瘤 生存分析 蛋白质组 信号通路
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靶向抑制CDK12/13在高级别胶质瘤中的体外治疗效果和作用分子机制探究 被引量:1
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作者 梅艳青 韩雨洁 +2 位作者 翁文筠 张蕾 唐玉杰 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期545-559,共15页
目的·筛选高级别胶质瘤(high-grade gliomas,HGGs)共有的表观转录靶向治疗新策略,并进行体外治疗效果的测试与相关分子机制的探究。方法·对HGGs中恶性程度和致死率均较高的多个胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)和弥漫性内生性... 目的·筛选高级别胶质瘤(high-grade gliomas,HGGs)共有的表观转录靶向治疗新策略,并进行体外治疗效果的测试与相关分子机制的探究。方法·对HGGs中恶性程度和致死率均较高的多个胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)和弥漫性内生性脑桥胶质瘤(diffuse intrinsic pontine glioma,DIPG)细胞系进行表观转录相关的靶向小分子药物库筛选和基于CRISPR-Cas9系统的功能基因组筛选,以寻找在GBM和DIPG中共同的表观转录靶向治疗新策略。然后针对筛选得到的目标表观转录调控因子,分别测试经CRISPR-Cas9方法敲除该基因以及对应的靶向小分子处理对GBM和DIPG细胞系的体外生长、细胞增殖与凋亡的影响。继而对靶向小分子处理的GBM和DIPG细胞系进行RNA-seq转录组分析,解析其抗肿瘤分子机制。基于此分析结果,通过实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,RT-qPCR)、蛋白质印迹法以及流式细胞术进一步验证目标表观转录调控因子的抗肿瘤分子机制。结果·针对表观转录调控因子的靶向小分子药物库筛选和功能基因组筛选鉴定出CDK12和CDK13(CDK12/13)是GBM和DIPG共同的潜在治疗新靶点。在多个GBM和DIPG细胞系中,通过CRISPR-Cas9方法敲除CDK12能够显著降低其体外细胞活性。CDK12/13抑制剂SR-4835或THZ531也均能够通过拮抗细胞增殖和促进细胞凋亡造成这2类HGGs细胞系的体外生长受到显著抑制。SR-4835处理GBM和DIPG细胞之后的RNA-seq转录组分析结果表明,HGGs细胞中受CDK12/13抑制剂作用而表达显著下调的基因主要富集在转录调控、DNA损伤反应(DNA damage response,DDR)通路、泛素-蛋白酶体通路以及细胞周期等生物学过程。进一步通过一系列实验方法验证了在DIPG和GBM中,靶向抑制CDK12/13显著下调DDR相关基因的转录进而引起DNA损伤的累积,并诱导细胞发生G2-M细胞周期阻滞。结论·CDK12/13是GBM和DIPG这2类HGGs共同的潜在表观转录靶向治疗靶标;该发现为后续体内模型验证、组合治疗测试提供了理论支持,也为未来进一步的临床转化应用奠定了基础。 展开更多
关键词 胶质母细胞瘤 弥漫性内生性脑桥胶质瘤 分子靶向治疗 抗肿瘤药物库筛选 CRISPR-Cas9 CDK12 CDK13
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