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不同表达谱芯片分析方法在药效机制研究中的应用被引量：2: 1; 作者刘建胜张善镇 +1 位作者姚志洪杜艳芝《计算机应用与软件》 CSCD 2015年第6期57-61,108,共6页; Affymetrix表达谱芯片技术是一种研究基因在不同条件下表达变化的高通量分析技术,当前在深度动态挖掘药物作用机制方面的芯片分析方法的应用研究仍比较少。以药物表达谱芯片数据为研究对象,运用不同的算法对芯片数据进行预处理,使用t检... 展开更多; 关键词表达谱芯片标准化聚类富集分析工具; 在线阅读下载PDF 职称材料

HDAC1基因决定涡虫成体干细胞的维持被引量：1: 2; 作者张振超曾安 +2 位作者韩晓帅李永芹荆清《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2013年第9期1202-1208,共7页; 目的分析涡虫HDAC1基因的表达谱,并研究HDAC1基因在涡虫稳态维持和再生中的功能及机制。方法利用cDNA末端快速扩增技术获得涡虫HDAC1基因的全长序列,利用全组织原位杂交技术和Western blotting技术分别检测HDAC1转录本和蛋白在涡虫中的... 展开更多; 关键词涡虫再生 HDAC1 成体干细胞; 在线阅读下载PDF 职称材料

Tex101条件性基因敲除小鼠模型的建立和表型鉴定被引量：1: 3; 作者冯贵莲舒洋 +2 位作者王保曼朱于非胡兰靛《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期1-6,共6页; 目的建立Tex101(Testis expressed gene 101)条件性基因敲除小鼠模型并进行表型鉴定。方法构建针对小鼠Tex101基因2、3号外显子的重组载体,通过电穿孔的方法转染胚胎干细胞(ES细胞),用正负筛选法筛选阳性ES细胞并进行PCR鉴定。利用显微... 展开更多; 关键词 Tex101 条件性基因敲除胚胎干细胞 EⅡa-Cre转基因小鼠; 在线阅读下载PDF 职称材料

FKBP12蛋白RNA干扰与回复表达细胞系的建立: 4; 作者陈思陈鑫 +2 位作者赵永旭李伟王毓美《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期301-307,共7页; 目的建立FKBP12蛋白(FK506 binding-protein 12,基因名FKBP1A)RNA干扰和回复表达的人肺癌细胞系A549,并初步探索FKBP12的功能。方法设计3条核心序列位于FKBP1A 3'UTR区域的siRNA,它们仅靶向内源性的FKBP12。利用p LKO.1-puro载体包... 展开更多; 关键词 FKBP12 SIRNA 敲低 MTOR信号通路 A549; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名不同表达谱芯片分析方法在药效机制研究中的应用被引量：2: 1; 作者刘建胜张善镇姚志洪杜艳芝; 机构上海交通大学医学院/中科院上海生命科学研究院健康科学研究所上海交通大学医学院附属仁济医院生殖医学中心上海市辅助生殖与优生重点实验室; 出处《计算机应用与软件》 CSCD 2015年第6期57-61,108,共6页; 基金国家自然科学基金项目(81170503); 文摘 Affymetrix表达谱芯片技术是一种研究基因在不同条件下表达变化的高通量分析技术,当前在深度动态挖掘药物作用机制方面的芯片分析方法的应用研究仍比较少。以药物表达谱芯片数据为研究对象,运用不同的算法对芯片数据进行预处理,使用t检验和基因芯片显著性分析的方法筛选差异表达的基因,利用凝集型层次聚类和CPP-SOM聚类的方法对差异表达的基因进行聚类分析,最后运用两类富集分析工具DAVID和GSEA对药效可能涉及的信号通路、生物学过程进行相关生物学功能的富集。结果表明,RMA算法处理药物芯片数据优于MAS5.0算法和GCRMA算法;CPP-SOM聚类方法挖掘的数据信息更丰富;GSEA富集分析工具更适合用于药效机制的研究。本研究为新药研发提供算法支持。; 关键词表达谱芯片标准化聚类富集分析工具; Keywords cDNA microarray Normalisation Clustering Enrichment analysis tools; 分类号 TP3 [自动化与计算机技术—计算机科学与技术]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名HDAC1基因决定涡虫成体干细胞的维持被引量：1: 2; 作者张振超曾安韩晓帅李永芹荆清; 机构上海交通大学医学院/中科院上海生命科学研究院健康科学研究所核酸分子医学研究组; 出处《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2013年第9期1202-1208,共7页; 基金国家自然科学基金重点项目(81130005) 国家重点基础研究发展计划(2010CB945600)~~; 文摘目的分析涡虫HDAC1基因的表达谱,并研究HDAC1基因在涡虫稳态维持和再生中的功能及机制。方法利用cDNA末端快速扩增技术获得涡虫HDAC1基因的全长序列,利用全组织原位杂交技术和Western blotting技术分别检测HDAC1转录本和蛋白在涡虫中的表达谱。通过RNA干扰技术干扰涡虫HDAC1基因的表达水平,并观察涡虫在组织稳态维持和再生过程中与对照组的区别,进一步利用免疫荧光实验检测对涡虫成体干细胞的影响。结果成功克隆了涡虫HDAC1基因的全长序列;全组织原位杂交和Western blotting结果显示HDAC1基因在涡虫成体干细胞中高表达;HDAC1基因干扰后涡虫正常稳态维持不能进行,再生过程受到明显抑制;干细胞分子标记的免疫荧光实验揭示涡虫成体干细胞数量严重降低。结论 HDAC1基因在涡虫成体干细胞维持和促进涡虫再生中起着重要作用。; 关键词涡虫再生 HDAC1 成体干细胞; Keywords planarian regeneration HDAC1 adult stem cells; 分类号 Q813 [生物学—生物工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名Tex101条件性基因敲除小鼠模型的建立和表型鉴定被引量：1: 3; 作者冯贵莲舒洋王保曼朱于非胡兰靛; 机构上海交通大学医学院/中科院上海生命科学研究院健康科学研究所分子遗传学研究组; 出处《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期1-6,共6页; 基金国家重点基础研究发展计划("973"计划)(2011CB510102)~~; 文摘目的建立Tex101(Testis expressed gene 101)条件性基因敲除小鼠模型并进行表型鉴定。方法构建针对小鼠Tex101基因2、3号外显子的重组载体,通过电穿孔的方法转染胚胎干细胞(ES细胞),用正负筛选法筛选阳性ES细胞并进行PCR鉴定。利用显微注射把发生正确同源重组的ES细胞注射进C57BL/6J小鼠囊胚,移入受体小鼠子宫。将得到的嵌合体小鼠与C57BL/6J雌鼠交配获得Tex101-LoxP转基因小鼠。该小鼠与EⅡa-Cre转基因小鼠杂交,通过子代自交获得Tex101条件性基因敲除(cKO)小鼠并进行初步分析。结果得到2只Tex101 cKO雄鼠。冰冻切片观察发现Tex101 cKO雄鼠睾丸形态和大小与野生型小鼠相比无明显差异。结论成功建立了Tex101条件性基因敲除小鼠模型,并初步验证了该基因对雄性小鼠睾丸大小和形态无明显影响,为进一步研究Tex101基因功能奠定了基础。; 关键词 Tex101 条件性基因敲除胚胎干细胞 EⅡa-Cre转基因小鼠; Keywords Tex101 conditional knockout embryonic stem cell E lI a-Cre transgenic mouse; 分类号 Q78 [生物学—分子生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名FKBP12蛋白RNA干扰与回复表达细胞系的建立: 4; 作者陈思陈鑫赵永旭李伟王毓美; 机构上海交通大学医学院/中科院上海生命科学研究院健康科学研究所干细胞和肿瘤信号转导研究组; 出处《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期301-307,共7页; 基金国家重点基础研究发展计划("973"计划)(2011CB510105)~~; 文摘目的建立FKBP12蛋白(FK506 binding-protein 12,基因名FKBP1A)RNA干扰和回复表达的人肺癌细胞系A549,并初步探索FKBP12的功能。方法设计3条核心序列位于FKBP1A 3'UTR区域的siRNA,它们仅靶向内源性的FKBP12。利用p LKO.1-puro载体包装相应的shRNA慢病毒感染A549,得到FKBP12表达调低的细胞系。使用带neo基因筛选标记的pc DNA3.1载体回复表达FKBP12,并筛选得到不受shRNA干扰的回复表达细胞系。用实时荧光定量PCR和Western blotting检测调低和回复表达效果,并初步分析细胞系表型。结果 FKBP12在mRNA和蛋白质水平上的表达均被抑制,干扰效率在75%以上(P<0.01)。FKBP12不影响A549的细胞形态和增殖效率,而下调m TORC1(mammalian target of Rapamycin complex 1)下游转录调控相关蛋白4E-BP1(e IF4E-binding protein 1)的表达。结论成功构建了FKBP12蛋白敲低和回复表达的A549细胞系,为后续探究FKBP12的功能奠定了基础。; 关键词 FKBP12 SIRNA 敲低 MTOR信号通路 A549; Keywords FKBP12 siRNA knockdown mTOR signaling pathway A549; 分类号 Q782 [生物学—分子生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	不同表达谱芯片分析方法在药效机制研究中的应用	刘建胜张善镇姚志洪杜艳芝	《计算机应用与软件》 CSCD	2015	2	在线阅读下载PDF 职称材料
2	HDAC1基因决定涡虫成体干细胞的维持	张振超曾安韩晓帅李永芹荆清	《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心	2013	1	在线阅读下载PDF 职称材料
3	Tex101条件性基因敲除小鼠模型的建立和表型鉴定	冯贵莲舒洋王保曼朱于非胡兰靛	《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心	2014	1	在线阅读下载PDF 职称材料
4	FKBP12蛋白RNA干扰与回复表达细胞系的建立	陈思陈鑫赵永旭李伟王毓美	《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心	2015	0	在线阅读下载PDF 职称材料