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类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞lncRNA-miRNA-mRNA网络构建及关键基因预测
被引量：
5
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作者
周新朋
金晔华
+1 位作者
张润润
何东仪
《中国医药导报》
CAS
2021年第9期12-16,F0003,共6页
目的探索类风湿关节炎(RA)成纤维样滑膜细胞(FLS)中长链非编码RNA(lncRNA)-微小RNA(miRNA)-mRNA网络及关键lncRNA,揭示lncRNA在RA中的作用。方法在美国国立生物技术信息中心的基因表达数据库(GEO)中获取相关的数据集GSE103578、GSE83147...
目的探索类风湿关节炎(RA)成纤维样滑膜细胞(FLS)中长链非编码RNA(lncRNA)-微小RNA(miRNA)-mRNA网络及关键lncRNA,揭示lncRNA在RA中的作用。方法在美国国立生物技术信息中心的基因表达数据库(GEO)中获取相关的数据集GSE103578、GSE83147、GSE128813,每个数据集中对照组含有3个健康人滑膜分离的FLS,RA组含有3个RA患者的FLS。使用R语言程序,idmap3包进行探针注释,limma包对数据进行标准化、去除批次效应及基因差异表达分析,以logFC>1.0且P<0.05作为差异表达的标准。对差异表达的lncRNA及mRNA进行相关性分析,在lncbase、starBase、miRcode数据库中,获得与lncRNA相关的miRNA,在miRWalk、TargetScan数据库中寻找与mRNA相关的miRNA,二者取交集,通过Cytoscape软件,构建lncRNA-miRNA-mRNA网络,将网络中的lncRNA作为关键lncRNA。结果GEO数据集进行标准化、去除批次效应及注释后,最终得到mRNA有14760条,lncRNA有5290条。与对照组比较,RA组上调的mRNA有31条,下调56条,lncRNA中上调的基因有9条,下调14条。以Pearson相关系数R>0.85且P<0.05作为lncRNA-mRNA共表达基因的标准,得到共表达lncRNA有18条,mRNA有51条。与共表达的lncRNA、mRNA有结合位点的miRNA有26条。构建的lncRNA-miRNA-mRNA共表达网络中lncRNA有13条,包括lncRNA XIST、NR2F2-AS1、LINC01018等,miRNA有26条,mRNA有46条。结论lncRNA XIST、NR2F2-AS1、LINC01018等13条lncRNA在RA-FLS中差异表达,并通过竞争内源性RNA机制调节miRNA及mRNA的表达,形成lncRNA-miRNA-mRNA调节网络,可作为进一步验证的目标lncRNA。
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关键词
类风湿关节炎
成纤维样滑膜细胞
长链非编码RNA
竞争内源性RNA
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题名
类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞lncRNA-miRNA-mRNA网络构建及关键基因预测
被引量：
5
1
作者
周新朋
金晔华
张润润
何东仪
机构
上海中医药大学
上海中医药大学附属光华医院关节内科
出处
《中国医药导报》
CAS
2021年第9期12-16,F0003,共6页
基金
国家自然科学基金资助项目(81774114)。
文摘
目的探索类风湿关节炎(RA)成纤维样滑膜细胞(FLS)中长链非编码RNA(lncRNA)-微小RNA(miRNA)-mRNA网络及关键lncRNA,揭示lncRNA在RA中的作用。方法在美国国立生物技术信息中心的基因表达数据库(GEO)中获取相关的数据集GSE103578、GSE83147、GSE128813,每个数据集中对照组含有3个健康人滑膜分离的FLS,RA组含有3个RA患者的FLS。使用R语言程序,idmap3包进行探针注释,limma包对数据进行标准化、去除批次效应及基因差异表达分析,以logFC>1.0且P<0.05作为差异表达的标准。对差异表达的lncRNA及mRNA进行相关性分析,在lncbase、starBase、miRcode数据库中,获得与lncRNA相关的miRNA,在miRWalk、TargetScan数据库中寻找与mRNA相关的miRNA,二者取交集,通过Cytoscape软件,构建lncRNA-miRNA-mRNA网络,将网络中的lncRNA作为关键lncRNA。结果GEO数据集进行标准化、去除批次效应及注释后,最终得到mRNA有14760条,lncRNA有5290条。与对照组比较,RA组上调的mRNA有31条,下调56条,lncRNA中上调的基因有9条,下调14条。以Pearson相关系数R>0.85且P<0.05作为lncRNA-mRNA共表达基因的标准,得到共表达lncRNA有18条,mRNA有51条。与共表达的lncRNA、mRNA有结合位点的miRNA有26条。构建的lncRNA-miRNA-mRNA共表达网络中lncRNA有13条,包括lncRNA XIST、NR2F2-AS1、LINC01018等,miRNA有26条,mRNA有46条。结论lncRNA XIST、NR2F2-AS1、LINC01018等13条lncRNA在RA-FLS中差异表达,并通过竞争内源性RNA机制调节miRNA及mRNA的表达,形成lncRNA-miRNA-mRNA调节网络,可作为进一步验证的目标lncRNA。
关键词
类风湿关节炎
成纤维样滑膜细胞
长链非编码RNA
竞争内源性RNA
Keywords
Rheumatoid arthritis
Fibroblast-like synoviocytes
long non-coding RNA
Competitive endogenous RNA
分类号
R593.22 [医药卫生—内科学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞lncRNA-miRNA-mRNA网络构建及关键基因预测
周新朋
金晔华
张润润
何东仪
《中国医药导报》
CAS
2021
5
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