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基于通路扰动相似性建模的抗类风湿关节炎药对分子协同组合发现及机制分析
1
作者
孙继佳
王睿瑞
+2 位作者
张磊
刘保成
吕爱平
《世界科学技术-中医药现代化》
CSCD
北大核心
2021年第6期2023-2035,共13页
目的类风湿关节炎(Rheumatoid Arthritis,RA)是一种发生在滑膜关节及其他器官系统的慢性进行性自身免疫性疾病,中医药治疗类风湿关节炎历史悠久,积累了丰富的临床应用经验,药对是中医临床遣药组方常用的配伍形式,如何从分子机制角度深...
目的类风湿关节炎(Rheumatoid Arthritis,RA)是一种发生在滑膜关节及其他器官系统的慢性进行性自身免疫性疾病,中医药治疗类风湿关节炎历史悠久,积累了丰富的临床应用经验,药对是中医临床遣药组方常用的配伍形式,如何从分子机制角度深入探索和发现药对中的不同成分之间的协同组合机制,目前还没有较为有效的定量研究方法。方法通过GEO差异基因分析筛选RA关键基因,并整合已知RA疾病相关靶点信息,利用STRING构建RA疾病PPI网络;选取两种经典药对:独活-桑寄生、黄柏-苍术,使用TCMID、ETCM数据库收集并整理两种药对的主要化学成分,预测并识别出药对中所有成分作用的潜在RA靶点;同时,提出基于通络扰动相似性的建模方法,挖掘药对中具有协同治疗作用的中药小分子组合,并对所作用靶点集进行GO功能注释与KEGG通路富集分析。结果通过GEO差异基因分析及TTD、DrugBank数据库收集与整理,共得到555个与RA相关的靶点基因;通过靶点预测与识别,获得独活-桑寄生药对53个成分及其作用的52个潜在RA靶点,黄柏-苍术药对得到32个成分及28个靶点;利用基于通路扰动相似性的计算方法,发现了独活-桑寄生中15对、黄柏-苍术中17对具有协同性的小分子组合。结论本文提出的基于通路扰动相似性的计算方法,能够阐明有效中药成分在治疗RA中存在的通路协同组合特征,从一个全新角度揭示了中药药对配伍的内在机制和规律,为后续深入研究打下扎实的基础。
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关键词
类风湿关节炎
中药药对
差异基因分析
PPI网络
分子指纹
GO功能
KEGG通路富集
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职称材料
基于网络药理学研究活血调脂方对糖尿病性脂肪肝糖脂代谢的作用
被引量：
4
2
作者
周涛涛
徐定昌
+3 位作者
平菁
张春枚
孙继佳
王雨秾
《中成药》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第6期1993-1999,共7页
目的 基于网络药理学分析活血调脂方对糖尿病性脂肪肝的通路调节机制,并通过体外实验对关键通路进行验证。方法 收集活血调脂方的化学成分并通过SwissADME筛选出有效成分,对有效成分进行靶点预测;从DisGeNET、DrugBank、OMIM、TTD获得...
目的 基于网络药理学分析活血调脂方对糖尿病性脂肪肝的通路调节机制,并通过体外实验对关键通路进行验证。方法 收集活血调脂方的化学成分并通过SwissADME筛选出有效成分,对有效成分进行靶点预测;从DisGeNET、DrugBank、OMIM、TTD获得与糖尿病性脂肪肝有关的疾病基因;构建有效成分-靶点-疾病网络图,对靶点基因进行GO功能和KEGG富集分析,并对关键成分和靶点进行分子对接验证。基于靶点基因在通路中的分布,用活血调脂方干预HepG2细胞疾病模型进行体外验证。结果 KEGG富集得到的非酒精性脂肪性肝病、胰岛素抵抗、PPAR信号通路与疾病关系最密切。分子对接显示关键成分和靶点结合稳固。体外实验显示,与模型组比较,活血调脂方能增加细胞葡萄糖消耗(P<0.05),改善胰岛素敏感性(P<0.05),降低TG水平(P<0.05),减少脂质沉积,降低p-IRS-1、SREBP-1C、SOCS-3蛋白表达(P<0.05),升高p-Akt、p-GSK-3β、Adiponectin、PPARγ蛋白表达(P<0.05)。结论 活血调脂方通过IRS-1/AKT/GSK-3β信号通路改善胰岛素信号传导,并且通过下调SREBP-1C、SOCS-3蛋白表达,上调Adiponectin、PPARγ蛋白表达调节糖脂代谢和改善胰岛素抵抗,进而达到治疗糖尿病性脂肪肝的作用。
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关键词
活血调脂方
糖尿病性脂肪肝
网络药理学
糖脂代谢
胰岛素抵抗
IRS-1/AKT/GSK-3β信号通路
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职称材料
题名
基于通路扰动相似性建模的抗类风湿关节炎药对分子协同组合发现及机制分析
1
作者
孙继佳
王睿瑞
张磊
刘保成
吕爱平
机构
上海中医药大学
中医
健康协同创新中心
上海中医药大学数学与物理教研室
上海中医药大学
中西医结合研究院
香港浸会
大学
中医药
学院
出处
《世界科学技术-中医药现代化》
CSCD
北大核心
2021年第6期2023-2035,共13页
基金
上海市卫计委员上海市中医药发展办公室上海市进一步加快中医药事业发展三年行动计划中医药传承创新平台建设子项目(ZY(2018-2020)-CCCX-2001-01):“互联网+中医健康服务”研究与转化平台,负责人:张磊
上海市卫健委中医药科研项目计划普通项目(2020JP002):基于计算建模方法的抗RA中药有效成分协同组合机制发现、优化及验证,负责人:孙继佳。
文摘
目的类风湿关节炎(Rheumatoid Arthritis,RA)是一种发生在滑膜关节及其他器官系统的慢性进行性自身免疫性疾病,中医药治疗类风湿关节炎历史悠久,积累了丰富的临床应用经验,药对是中医临床遣药组方常用的配伍形式,如何从分子机制角度深入探索和发现药对中的不同成分之间的协同组合机制,目前还没有较为有效的定量研究方法。方法通过GEO差异基因分析筛选RA关键基因,并整合已知RA疾病相关靶点信息,利用STRING构建RA疾病PPI网络;选取两种经典药对:独活-桑寄生、黄柏-苍术,使用TCMID、ETCM数据库收集并整理两种药对的主要化学成分,预测并识别出药对中所有成分作用的潜在RA靶点;同时,提出基于通络扰动相似性的建模方法,挖掘药对中具有协同治疗作用的中药小分子组合,并对所作用靶点集进行GO功能注释与KEGG通路富集分析。结果通过GEO差异基因分析及TTD、DrugBank数据库收集与整理,共得到555个与RA相关的靶点基因;通过靶点预测与识别,获得独活-桑寄生药对53个成分及其作用的52个潜在RA靶点,黄柏-苍术药对得到32个成分及28个靶点;利用基于通路扰动相似性的计算方法,发现了独活-桑寄生中15对、黄柏-苍术中17对具有协同性的小分子组合。结论本文提出的基于通路扰动相似性的计算方法,能够阐明有效中药成分在治疗RA中存在的通路协同组合特征,从一个全新角度揭示了中药药对配伍的内在机制和规律,为后续深入研究打下扎实的基础。
关键词
类风湿关节炎
中药药对
差异基因分析
PPI网络
分子指纹
GO功能
KEGG通路富集
Keywords
Rheumatoid arthritis
CMP
DEGs
PPI network
Molecular fingerprint
GO function enrichment
KEGG pathway enrichment
分类号
R2-031 [医药卫生—中西医结合]
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职称材料
题名
基于网络药理学研究活血调脂方对糖尿病性脂肪肝糖脂代谢的作用
被引量：
4
2
作者
周涛涛
徐定昌
平菁
张春枚
孙继佳
王雨秾
机构
上海中医药大学
基础医学院
上海中医药大学数学与物理教研室
出处
《中成药》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第6期1993-1999,共7页
基金
上海中医药大学科学技术处项目(A1-Z203020105)。
文摘
目的 基于网络药理学分析活血调脂方对糖尿病性脂肪肝的通路调节机制,并通过体外实验对关键通路进行验证。方法 收集活血调脂方的化学成分并通过SwissADME筛选出有效成分,对有效成分进行靶点预测;从DisGeNET、DrugBank、OMIM、TTD获得与糖尿病性脂肪肝有关的疾病基因;构建有效成分-靶点-疾病网络图,对靶点基因进行GO功能和KEGG富集分析,并对关键成分和靶点进行分子对接验证。基于靶点基因在通路中的分布,用活血调脂方干预HepG2细胞疾病模型进行体外验证。结果 KEGG富集得到的非酒精性脂肪性肝病、胰岛素抵抗、PPAR信号通路与疾病关系最密切。分子对接显示关键成分和靶点结合稳固。体外实验显示,与模型组比较,活血调脂方能增加细胞葡萄糖消耗(P<0.05),改善胰岛素敏感性(P<0.05),降低TG水平(P<0.05),减少脂质沉积,降低p-IRS-1、SREBP-1C、SOCS-3蛋白表达(P<0.05),升高p-Akt、p-GSK-3β、Adiponectin、PPARγ蛋白表达(P<0.05)。结论 活血调脂方通过IRS-1/AKT/GSK-3β信号通路改善胰岛素信号传导,并且通过下调SREBP-1C、SOCS-3蛋白表达,上调Adiponectin、PPARγ蛋白表达调节糖脂代谢和改善胰岛素抵抗,进而达到治疗糖尿病性脂肪肝的作用。
关键词
活血调脂方
糖尿病性脂肪肝
网络药理学
糖脂代谢
胰岛素抵抗
IRS-1/AKT/GSK-3β信号通路
分类号
R966 [医药卫生—药理学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于通路扰动相似性建模的抗类风湿关节炎药对分子协同组合发现及机制分析
孙继佳
王睿瑞
张磊
刘保成
吕爱平
《世界科学技术-中医药现代化》
CSCD
北大核心
2021
0
在线阅读
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职称材料
2
基于网络药理学研究活血调脂方对糖尿病性脂肪肝糖脂代谢的作用
周涛涛
徐定昌
平菁
张春枚
孙继佳
王雨秾
《中成药》
CAS
CSCD
北大核心
2022
4
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