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基于衰老视角的3种常见慢病共有机制与中药发现
被引量:
1
1
作者
崔春利
闫浩晨
+2 位作者
王敏
王川
孙继佳
《西安交通大学学报(医学版)》
北大核心
2025年第1期101-111,共11页
目的 通过生物信息学分析、机器学习算法和分子对接等方法和技术探讨非酒精性脂肪肝(NAFLD)、2型糖尿病(T2DM)和动脉粥样硬化(AS)3种常见慢病和衰老基因相关的共有机制和潜在治疗药物。方法 从AgingAtlas、CellAge、GenAge和MSigDB等数...
目的 通过生物信息学分析、机器学习算法和分子对接等方法和技术探讨非酒精性脂肪肝(NAFLD)、2型糖尿病(T2DM)和动脉粥样硬化(AS)3种常见慢病和衰老基因相关的共有机制和潜在治疗药物。方法 从AgingAtlas、CellAge、GenAge和MSigDB等数据库中收集和整理与衰老相关的基因。将从CTD、DisGeNET、GeneCards、OMIM、PharmGKB和TTD等数据库中获得与NAFLD、T2DM、AS相关的基因和基于GEO差异基因分析得到的基因集取交集后,得到这3种常见慢性疾病的相关疾病基因集。利用clusterProfiler包对衰老基因集、3种疾病相关基因集进行KEGG通路富集分析并取交集。将筛选得到的KEGG通路上的富集基因合并后,导入STRING数据库并构建PPI网络,利用MCODE工具分析得到PPI网络中的核心子模块,计算其中每个节点、模块的重要值Nim和Cim。同时,采用Lasso回归模型、Boruta算法以及随机森林模型等3种机器学习模型进行特征基因筛选。利用HIT2.0数据库查找关键特征基因相关的靶向中药小分子。利用SwissADME和ADMETlab 3.0在线系统对小分子进行ADMET评价和分析。利用分子对接方法对关键作用靶点和筛选到的小分子进行对接。结果 总共获得1 325、616、78、597个与衰老、NAFLD、T2DM、AS相关的基因。衰老和3种疾病的KEGG通路富集分析结果取交集后得到2条共有交集通路,共包含243个基因。构建PPI网络,3个核心子模块中Cluster 2的Cim值最高。根据特征基因筛选结果,结合PPI网络模块分析结果,找到4个与衰老相关的特征基因:CDK6、CDKN1A、MYC、PTEN。这4个靶点具有94个潜在中药小分子候选药物,其中,白藜芦醇(resveratrol, RSV)是这4个靶点共有的中药小分子。ADMET评价显示,其具有良好的成药性。PTEN靶点具有较高的Nim值,RSV与PTEN进行分子对接,显示有较好的结合稳定性。结论 从衰老的角度来看,发现了一种潜在的中药小分子RSV,它可能通过调节关键基因PTEN来预防和治疗NAFLD、T2DM和AS这3种常见的慢性疾病。
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关键词
衰老相关基因
生物信息学分析
老年慢性疾病
机器学习算法
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职称材料
基于群组专家知识集成的中医临床症候评价方法研究
被引量:
2
2
作者
孙继佳
周明眉
+2 位作者
胡义扬
苟小军
苏式兵
《中华中医药学刊》
CAS
北大核心
2018年第2期403-407,共5页
目的:提出一种基于群组专家知识的乙肝中医临床症候评价模型。方法:根据所收集到的883例慢性乙型病毒性肝炎临床资料为依据,建立乙肝中医症候专家评价表,通过专家打分,得到3种不同证型下的112种相关临床指标专家评价结果,利用聚类分...
目的:提出一种基于群组专家知识的乙肝中医临床症候评价模型。方法:根据所收集到的883例慢性乙型病毒性肝炎临床资料为依据,建立乙肝中医症候专家评价表,通过专家打分,得到3种不同证型下的112种相关临床指标专家评价结果,利用聚类分析和相对熵集结模型建立评价模型。结果:通过模型计算,对与肝胆湿热证、肝郁脾虚证、肝肾阴虚证等3种证型密切相关的临床指标进行了系统分析,同时,建立了这3种基本证型的综合评价模型。结论:所提出乙肝中医临床评价方法能够符合中医临床评价要求,并且对其他疾病的中医临床研究具有一定的参考和借鉴。
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关键词
乙型病毒性肝炎
中医辨证
综合集成
群组决策
聚类分析
相对熵集结模型
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职称材料
基于信息熵的乙肝后肝硬化证素提取及病机分析
被引量:
8
3
作者
郭志忠
魏滨
+2 位作者
孙继佳
王文海
苏式兵
《世界中医药》
CAS
2016年第10期2172-2175,2179,共5页
目的:提取乙肝后肝硬化证候要素(证素)并分析其组成及分布规律,探讨肝硬化的病机特点。方法:收集294例病毒性乙型肝炎(乙肝)后肝硬化患者的四诊资料,采用基于信息熵的复杂系统划分方法(信息熵法)提取证候要素(证素),确定症状贡献度,并...
目的:提取乙肝后肝硬化证候要素(证素)并分析其组成及分布规律,探讨肝硬化的病机特点。方法:收集294例病毒性乙型肝炎(乙肝)后肝硬化患者的四诊资料,采用基于信息熵的复杂系统划分方法(信息熵法)提取证候要素(证素),确定症状贡献度,并通过诊断阈值,分析乙肝后肝硬化证素组成及分布规律。结果:乙肝后肝硬化患者存在着脾虚、肾气虚、肝阴虚、痰湿、气滞、肝郁、湿热7个主要证素,并有1个至多个证素存在,其中脾虚、气滞、湿热出现频率较高。结论:信息熵法可以用于乙肝后肝硬化证候要素的提取。乙肝后肝硬化的病机复杂,其中脾虚、气滞、湿热可能是其主要的病机因素。
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关键词
证素
辨证
信息熵
病机
乙肝后肝硬化
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职称材料
基于关联规则的老年人脂肪肝相关危险因素研究
被引量:
9
4
作者
常琴雪
王肖萌
+6 位作者
王淳
王柯云
刘媛媛
李长平
孙继佳
崔壮
马骏
《中国卫生统计》
CSCD
北大核心
2022年第4期558-561,共4页
目的研究上海地区老年人健康体检数据,分析与老年人脂肪肝患病相关的因素以及多个因素间潜在的交互作用。方法选取2017年上海某社区60岁及以上老年人体检的临床健康数据作为研究对象,脂肪肝影响因素的筛选先采用LASSO回归进行降维和消...
目的研究上海地区老年人健康体检数据,分析与老年人脂肪肝患病相关的因素以及多个因素间潜在的交互作用。方法选取2017年上海某社区60岁及以上老年人体检的临床健康数据作为研究对象,脂肪肝影响因素的筛选先采用LASSO回归进行降维和消除变量之间的多重共线性,再采用逐步回归法构建logistic回归模型。关联规则建模并提取与脂肪肝患病相关的规则。结果在所有6252例研究对象中,病例组3345例,该社区老年人脂肪肝患病率为53.50%,为高患病率。性别、BMI、高脂血症、白蛋白、谷丙转氨酶、谷草转氨酶、平均红细胞体积、红细胞压积、尿素、平均血红蛋白含量、血小板、单核细胞数、血小板容积、肌酐、总胆固醇、葡萄糖含量、低密度脂蛋白、甘油三酯、尿酸为老年人患脂肪肝的独立影响因素。关联规则提示性别、BMI、高血压、低密度脂蛋白等变量关联在一起时,一定程度上增加脂肪肝发生的风险。结论分析与脂肪肝患病相关的因素以及多个因素间潜在的交互作用,能够为脂肪肝的早期预防与控制提供信息参考,从而更好地预防脂肪肝的发生。
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关键词
机器学习
脂肪肝
LASSO回归
LOGISTIC回归
关联规则
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职称材料
题名
基于衰老视角的3种常见慢病共有机制与中药发现
被引量:
1
1
作者
崔春利
闫浩晨
王敏
王川
孙继佳
机构
陕西
中医药大学
药学院
西北
大学
数学
学院
陕西
中医药大学
第二附属医院心内一科
上海中医药大学中药学院数理教研室
出处
《西安交通大学学报(医学版)》
北大核心
2025年第1期101-111,共11页
基金
国家自然科学基金面上项目(No.82374077)
陕西省科技厅重点研发计划一般项目(No.2023-YBSF-376)。
文摘
目的 通过生物信息学分析、机器学习算法和分子对接等方法和技术探讨非酒精性脂肪肝(NAFLD)、2型糖尿病(T2DM)和动脉粥样硬化(AS)3种常见慢病和衰老基因相关的共有机制和潜在治疗药物。方法 从AgingAtlas、CellAge、GenAge和MSigDB等数据库中收集和整理与衰老相关的基因。将从CTD、DisGeNET、GeneCards、OMIM、PharmGKB和TTD等数据库中获得与NAFLD、T2DM、AS相关的基因和基于GEO差异基因分析得到的基因集取交集后,得到这3种常见慢性疾病的相关疾病基因集。利用clusterProfiler包对衰老基因集、3种疾病相关基因集进行KEGG通路富集分析并取交集。将筛选得到的KEGG通路上的富集基因合并后,导入STRING数据库并构建PPI网络,利用MCODE工具分析得到PPI网络中的核心子模块,计算其中每个节点、模块的重要值Nim和Cim。同时,采用Lasso回归模型、Boruta算法以及随机森林模型等3种机器学习模型进行特征基因筛选。利用HIT2.0数据库查找关键特征基因相关的靶向中药小分子。利用SwissADME和ADMETlab 3.0在线系统对小分子进行ADMET评价和分析。利用分子对接方法对关键作用靶点和筛选到的小分子进行对接。结果 总共获得1 325、616、78、597个与衰老、NAFLD、T2DM、AS相关的基因。衰老和3种疾病的KEGG通路富集分析结果取交集后得到2条共有交集通路,共包含243个基因。构建PPI网络,3个核心子模块中Cluster 2的Cim值最高。根据特征基因筛选结果,结合PPI网络模块分析结果,找到4个与衰老相关的特征基因:CDK6、CDKN1A、MYC、PTEN。这4个靶点具有94个潜在中药小分子候选药物,其中,白藜芦醇(resveratrol, RSV)是这4个靶点共有的中药小分子。ADMET评价显示,其具有良好的成药性。PTEN靶点具有较高的Nim值,RSV与PTEN进行分子对接,显示有较好的结合稳定性。结论 从衰老的角度来看,发现了一种潜在的中药小分子RSV,它可能通过调节关键基因PTEN来预防和治疗NAFLD、T2DM和AS这3种常见的慢性疾病。
关键词
衰老相关基因
生物信息学分析
老年慢性疾病
机器学习算法
Keywords
ageing-related gene
bioinformatics analysis
chronic disease in the elderly
machine learning algorithm
分类号
R541 [医药卫生—心血管疾病]
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职称材料
题名
基于群组专家知识集成的中医临床症候评价方法研究
被引量:
2
2
作者
孙继佳
周明眉
胡义扬
苟小军
苏式兵
机构
上海中医药大学中药学院数理教研室
上海中医药大学
中医
方证与系统生物学研究
中
心
上海中医药大学
附属曙光医院肝病研究所
上海
市宝山区
中
西医结合医院
中
心实验室
出处
《中华中医药学刊》
CAS
北大核心
2018年第2期403-407,共5页
基金
国家自然科学基金项目(81473475)
文摘
目的:提出一种基于群组专家知识的乙肝中医临床症候评价模型。方法:根据所收集到的883例慢性乙型病毒性肝炎临床资料为依据,建立乙肝中医症候专家评价表,通过专家打分,得到3种不同证型下的112种相关临床指标专家评价结果,利用聚类分析和相对熵集结模型建立评价模型。结果:通过模型计算,对与肝胆湿热证、肝郁脾虚证、肝肾阴虚证等3种证型密切相关的临床指标进行了系统分析,同时,建立了这3种基本证型的综合评价模型。结论:所提出乙肝中医临床评价方法能够符合中医临床评价要求,并且对其他疾病的中医临床研究具有一定的参考和借鉴。
关键词
乙型病毒性肝炎
中医辨证
综合集成
群组决策
聚类分析
相对熵集结模型
Keywords
hepatitis B
TCM syndrome differentiation
Meta Synthesis
Group Decision
clustering analysis
REM
分类号
R512.62 [医药卫生—内科学]
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职称材料
题名
基于信息熵的乙肝后肝硬化证素提取及病机分析
被引量:
8
3
作者
郭志忠
魏滨
孙继佳
王文海
苏式兵
机构
上海中医药大学
中医
复杂系统研究
中
心
河南
中医
学院
第二附属医院肿瘤内科
上海中医药大学中药学院数理教研室
上海中医药大学
附属第七人民医院肿瘤科
出处
《世界中医药》
CAS
2016年第10期2172-2175,2179,共5页
基金
国家自然科学基金重点项目(编号:81330084)
上海市中医临床重点学科建设项目(编号:ZYXK202010)
浦东新区卫生系统重点学科群建设项目(编号:PWZxq2014-12)
文摘
目的:提取乙肝后肝硬化证候要素(证素)并分析其组成及分布规律,探讨肝硬化的病机特点。方法:收集294例病毒性乙型肝炎(乙肝)后肝硬化患者的四诊资料,采用基于信息熵的复杂系统划分方法(信息熵法)提取证候要素(证素),确定症状贡献度,并通过诊断阈值,分析乙肝后肝硬化证素组成及分布规律。结果:乙肝后肝硬化患者存在着脾虚、肾气虚、肝阴虚、痰湿、气滞、肝郁、湿热7个主要证素,并有1个至多个证素存在,其中脾虚、气滞、湿热出现频率较高。结论:信息熵法可以用于乙肝后肝硬化证候要素的提取。乙肝后肝硬化的病机复杂,其中脾虚、气滞、湿热可能是其主要的病机因素。
关键词
证素
辨证
信息熵
病机
乙肝后肝硬化
Keywords
Syndrome element
Pattern identification
Entropy
Pathogenesis
Hepatitis B-caused cirrhosis
分类号
R241 [医药卫生—中医诊断学]
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职称材料
题名
基于关联规则的老年人脂肪肝相关危险因素研究
被引量:
9
4
作者
常琴雪
王肖萌
王淳
王柯云
刘媛媛
李长平
孙继佳
崔壮
马骏
机构
天津医科
大学
公共卫生
学院
流行病与卫生统计学系
上海中医药大学中药学院数理教研室
出处
《中国卫生统计》
CSCD
北大核心
2022年第4期558-561,共4页
文摘
目的研究上海地区老年人健康体检数据,分析与老年人脂肪肝患病相关的因素以及多个因素间潜在的交互作用。方法选取2017年上海某社区60岁及以上老年人体检的临床健康数据作为研究对象,脂肪肝影响因素的筛选先采用LASSO回归进行降维和消除变量之间的多重共线性,再采用逐步回归法构建logistic回归模型。关联规则建模并提取与脂肪肝患病相关的规则。结果在所有6252例研究对象中,病例组3345例,该社区老年人脂肪肝患病率为53.50%,为高患病率。性别、BMI、高脂血症、白蛋白、谷丙转氨酶、谷草转氨酶、平均红细胞体积、红细胞压积、尿素、平均血红蛋白含量、血小板、单核细胞数、血小板容积、肌酐、总胆固醇、葡萄糖含量、低密度脂蛋白、甘油三酯、尿酸为老年人患脂肪肝的独立影响因素。关联规则提示性别、BMI、高血压、低密度脂蛋白等变量关联在一起时,一定程度上增加脂肪肝发生的风险。结论分析与脂肪肝患病相关的因素以及多个因素间潜在的交互作用,能够为脂肪肝的早期预防与控制提供信息参考,从而更好地预防脂肪肝的发生。
关键词
机器学习
脂肪肝
LASSO回归
LOGISTIC回归
关联规则
分类号
R575.5 [医药卫生—消化系统]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于衰老视角的3种常见慢病共有机制与中药发现
崔春利
闫浩晨
王敏
王川
孙继佳
《西安交通大学学报(医学版)》
北大核心
2025
1
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职称材料
2
基于群组专家知识集成的中医临床症候评价方法研究
孙继佳
周明眉
胡义扬
苟小军
苏式兵
《中华中医药学刊》
CAS
北大核心
2018
2
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下载PDF
职称材料
3
基于信息熵的乙肝后肝硬化证素提取及病机分析
郭志忠
魏滨
孙继佳
王文海
苏式兵
《世界中医药》
CAS
2016
8
在线阅读
下载PDF
职称材料
4
基于关联规则的老年人脂肪肝相关危险因素研究
常琴雪
王肖萌
王淳
王柯云
刘媛媛
李长平
孙继佳
崔壮
马骏
《中国卫生统计》
CSCD
北大核心
2022
9
在线阅读
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
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引证文献
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