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基于SNP分子标记的福建玳瑁山脉茶树种质遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建
1
作者
贵文静
于文涛
+6 位作者
刘玲玉
罗华标
罗钦
朱艳宇
王攀
蔡春平
叶乃兴
《南方农业学报》
北大核心
2025年第1期160-168,共9页
【目的】分析福建玳瑁山脉茶树种质资源的亲缘关系和遗传多样性,并构建其DNA指纹图谱,为玳瑁山脉茶树种质资源的保护、鉴定和利用提供参考依据。【方法】利用SNP分子标记对83份玳瑁山脉茶树种质资源进行亲缘关系和遗传多样性分析。利用G...
【目的】分析福建玳瑁山脉茶树种质资源的亲缘关系和遗传多样性,并构建其DNA指纹图谱,为玳瑁山脉茶树种质资源的保护、鉴定和利用提供参考依据。【方法】利用SNP分子标记对83份玳瑁山脉茶树种质资源进行亲缘关系和遗传多样性分析。利用GenAlEx 6.503计算遗传距离,并进行主坐标分析(PCoA)。运用MEGA 5.05和DARwin 6.0构建层次聚类树。利用Structure 2.3.4进行群体结构分析,使用Clumpp 1.1.2和Distruct 1.1绘制种群结构图,并构建DNA指纹图谱。【结果】从83份玳瑁山茶树种质资源中筛选出51个多态性高的SNP位点,用于鉴定玳瑁山脉茶树种质资源的基因分型。83份玳瑁山茶树种质资源的Shannon’s信息指数(I)平均为0.530,观测杂合度(Ho)平均为0.312,期望杂合度(He)平均为0.352,固定指数(F)平均为0.122,次等位基因频率(MAF)平均为0.261。83份玳瑁山脉茶树种质资源可分为4个产区,基本上每个产区茶树种质均可单独聚为组群,新罗产区和漳平产区的茶树种质各自较独立聚集,上杭产区和连城产区的茶树种质交流较密切。不同产区种群间遗传分化系数(F_(st))为0.090~0.165,属于中度遗传分化,上杭产区与漳平产区的茶树群体间F_(st)最大,为0.165,遗传距离最大,为0.189,茶树基因型差异最大,亲缘关系较远,种群间分化较明显;上杭产区与连城产区的茶树群体间遗传距离最小,为0.082,F_(st)最小,为0.090,茶树种质基因型最相近,遗传物质交流最频繁。通过51个有效SNP位点的基因分型,将其扩增位点信息连锁编码构建的DNA指纹图谱,可有效对玳瑁山脉茶树种质资源进行区分。【结论】玳瑁山脉茶树种质资源具有丰富的遗传多样性,利用筛选出的SNP分子标记可有效鉴定玳瑁山脉茶树种质资源的亲缘关系,可用于玳瑁山脉茶树种质资源鉴定及保护。
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关键词
茶树
遗传多样性
SNP分子标记
亲缘关系
玳瑁山脉
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职称材料
题名
基于SNP分子标记的福建玳瑁山脉茶树种质遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建
1
作者
贵文静
于文涛
刘玲玉
罗华标
罗钦
朱艳宇
王攀
蔡春平
叶乃兴
机构
福建农林大学园艺学院
福州海关技术
中心
/福建省检验检疫技术研究重点实验室
上杭县古田镇乡村振兴服务中心
连城县农业农村局
福建省农业科学院农业质量标准与检测技术研究所
出处
《南方农业学报》
北大核心
2025年第1期160-168,共9页
基金
海关总署科研项目(2020HK187)
福建省农业科技引导性项目(2021N0024)
+1 种基金
中国乌龙茶产业协同创新中心开放研究基金项目(2024W01)
福建张天福茶叶发展基金会科技创新基金项目(FJZTF01)。
文摘
【目的】分析福建玳瑁山脉茶树种质资源的亲缘关系和遗传多样性,并构建其DNA指纹图谱,为玳瑁山脉茶树种质资源的保护、鉴定和利用提供参考依据。【方法】利用SNP分子标记对83份玳瑁山脉茶树种质资源进行亲缘关系和遗传多样性分析。利用GenAlEx 6.503计算遗传距离,并进行主坐标分析(PCoA)。运用MEGA 5.05和DARwin 6.0构建层次聚类树。利用Structure 2.3.4进行群体结构分析,使用Clumpp 1.1.2和Distruct 1.1绘制种群结构图,并构建DNA指纹图谱。【结果】从83份玳瑁山茶树种质资源中筛选出51个多态性高的SNP位点,用于鉴定玳瑁山脉茶树种质资源的基因分型。83份玳瑁山茶树种质资源的Shannon’s信息指数(I)平均为0.530,观测杂合度(Ho)平均为0.312,期望杂合度(He)平均为0.352,固定指数(F)平均为0.122,次等位基因频率(MAF)平均为0.261。83份玳瑁山脉茶树种质资源可分为4个产区,基本上每个产区茶树种质均可单独聚为组群,新罗产区和漳平产区的茶树种质各自较独立聚集,上杭产区和连城产区的茶树种质交流较密切。不同产区种群间遗传分化系数(F_(st))为0.090~0.165,属于中度遗传分化,上杭产区与漳平产区的茶树群体间F_(st)最大,为0.165,遗传距离最大,为0.189,茶树基因型差异最大,亲缘关系较远,种群间分化较明显;上杭产区与连城产区的茶树群体间遗传距离最小,为0.082,F_(st)最小,为0.090,茶树种质基因型最相近,遗传物质交流最频繁。通过51个有效SNP位点的基因分型,将其扩增位点信息连锁编码构建的DNA指纹图谱,可有效对玳瑁山脉茶树种质资源进行区分。【结论】玳瑁山脉茶树种质资源具有丰富的遗传多样性,利用筛选出的SNP分子标记可有效鉴定玳瑁山脉茶树种质资源的亲缘关系,可用于玳瑁山脉茶树种质资源鉴定及保护。
关键词
茶树
遗传多样性
SNP分子标记
亲缘关系
玳瑁山脉
Keywords
tea tree
genetic diversity
SNP molecular marker
genetic relationship
Daimao Mountain
分类号
S571.1 [农业科学—茶叶生产加工]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于SNP分子标记的福建玳瑁山脉茶树种质遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建
贵文静
于文涛
刘玲玉
罗华标
罗钦
朱艳宇
王攀
蔡春平
叶乃兴
《南方农业学报》
北大核心
2025
0
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