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大肠杆菌OmpC响应银胁迫初探及生物信息学分析
1
作者
沈舒楚
吴钰煌
+5 位作者
蔡丹
安皓月
伍中宝
王君
杜幼芹
邹黎黎
《中国测试》
北大核心
2025年第4期100-108,共9页
通过同源重组技术敲除大肠杆菌(Escherichia coli,E.coli)外膜孔蛋白C(outer membrane porin channel C,OmpC)编码基因ompC、OmpF编码基因ompF和PhoE编码基因phoE。连续监测ompC缺失株的生长及其对银离子的敏感性;运用生物信息学分析Omp...
通过同源重组技术敲除大肠杆菌(Escherichia coli,E.coli)外膜孔蛋白C(outer membrane porin channel C,OmpC)编码基因ompC、OmpF编码基因ompF和PhoE编码基因phoE。连续监测ompC缺失株的生长及其对银离子的敏感性;运用生物信息学分析OmpC的生物学特性。结果显示ompC、ompF和phoE缺失株构建成功,ompC、ompF和phoE缺失并不影响E.coli的生长代谢。相比于其他孔蛋白,OmpC蛋白缺失可显著提高E.coli抵御银离子胁迫的能力,与耐抗生素存在差异。生物信息学分析结果表示,OmpC的分子式为C1795H2676N482O577S4,由367个氨基酸组成,相对分子质量为40368.12,原子总数为5534,等电点为4.58;含有跨膜域,定位于细胞外膜中;二级结构中α-螺旋占比18.80%,β-折叠占比29.16%,β-转角占比6.81%,无规则卷曲占比45.23%;与银离子进行分子对接预测显示无对接位点。这为OmpC主要作为银离子入胞通道提供更多证据,可为解析E.coli应对银离子胁迫的机制奠定基础。
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关键词
大肠杆菌
λRed同源重组技术
银离子
OMPC
生物信息学分析
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职称材料
和厚朴酚靶向ArgR抗MRSA活性初步验证及生物信息学预测
2
作者
李君桐
邓凯红
+2 位作者
戈丽莎
王君
邹黎黎
《中国测试》
北大核心
2025年第10期63-70,共8页
与甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌(MSSA)引起的感染相比,耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)感染伴随着死亡率、发病率和住院时间的增加。生物膜形成是MRSA感染与耐药的重要原因,迫切需要新的药物来根除难以治疗的MRSA生物被膜感染。该文运用...
与甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌(MSSA)引起的感染相比,耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)感染伴随着死亡率、发病率和住院时间的增加。生物膜形成是MRSA感染与耐药的重要原因,迫切需要新的药物来根除难以治疗的MRSA生物被膜感染。该文运用基础实验和生物信息学手段分析金黄色葡萄球菌精氨酸抑制因子ArgR蛋白的生物学特性。通过连续监测MRSA野生株和argR缺失株的生长活性,采用96孔板微量肉汤稀释法、结晶紫半定量实验和实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测和厚朴酚(Honokiol,HL)对MRSA JE2野生株(WT)和MRSA JE2argR缺失株(MRSA JE2ΔargR)生长及生物膜形成的影响。利用生物信息学预测ArgR的生物学特征,包括其基本性质、空间结构及蛋白互作关系等。连续检测生长曲线显示ArgR的缺失并不影响MRSA的生长代谢;ArgR的缺失显著削弱HL对MRSA菌株生长及生物膜的抑制作用。ArgR蛋白由149个氨基酸残基组成,分子式为C_(788)H_(1243)N_(199)O_(232)S_(5),相对分子质量约17377.03,无跨膜域,无信号肽,是一种亲水性、可溶性的稳定胞内蛋白;存在10个丝氨酸磷酸化位点和10个苏氨酸磷酸化位点,二级结构中α-螺旋占比最大,约为53.02%。该文通过实验验证了ArgR可能是HL的潜在抗菌靶点,利用生物信息学预测了ArgR的理化性质、空间结构及催化位点,确定了该蛋白在基因水平上的可操作性,后期可通过蛋白水平相关实验验证ArgR作为开发抗MRSA新型抗生素的潜在靶标。
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关键词
金黄色葡萄球菌
生物膜
精氨酸抑制因子
生物信息学分析
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职称材料
题名
大肠杆菌OmpC响应银胁迫初探及生物信息学分析
1
作者
沈舒楚
吴钰煌
蔡丹
安皓月
伍中宝
王君
杜幼芹
邹黎黎
机构
三峡大学
基础
医学院
肿瘤微环境与免疫治疗湖北省重点实验室
三峡大学基础医学院感染与炎症损伤研究所
三峡大学
第一临床
医学院
出处
《中国测试》
北大核心
2025年第4期100-108,共9页
基金
湖北省自然科学基金项目(2024AFD145,2025AFD256)。
文摘
通过同源重组技术敲除大肠杆菌(Escherichia coli,E.coli)外膜孔蛋白C(outer membrane porin channel C,OmpC)编码基因ompC、OmpF编码基因ompF和PhoE编码基因phoE。连续监测ompC缺失株的生长及其对银离子的敏感性;运用生物信息学分析OmpC的生物学特性。结果显示ompC、ompF和phoE缺失株构建成功,ompC、ompF和phoE缺失并不影响E.coli的生长代谢。相比于其他孔蛋白,OmpC蛋白缺失可显著提高E.coli抵御银离子胁迫的能力,与耐抗生素存在差异。生物信息学分析结果表示,OmpC的分子式为C1795H2676N482O577S4,由367个氨基酸组成,相对分子质量为40368.12,原子总数为5534,等电点为4.58;含有跨膜域,定位于细胞外膜中;二级结构中α-螺旋占比18.80%,β-折叠占比29.16%,β-转角占比6.81%,无规则卷曲占比45.23%;与银离子进行分子对接预测显示无对接位点。这为OmpC主要作为银离子入胞通道提供更多证据,可为解析E.coli应对银离子胁迫的机制奠定基础。
关键词
大肠杆菌
λRed同源重组技术
银离子
OMPC
生物信息学分析
Keywords
Escherichia coli
λRed homologous recombination technology
silver ions
OmpC
bioinformatics analysis
分类号
TB9 [机械工程—测试计量技术及仪器]
R378.21 [医药卫生—病原生物学]
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职称材料
题名
和厚朴酚靶向ArgR抗MRSA活性初步验证及生物信息学预测
2
作者
李君桐
邓凯红
戈丽莎
王君
邹黎黎
机构
三峡大学
肿瘤微环境与免疫治疗湖北省重点实验室
三峡大学基础医学院感染与炎症损伤研究所
宜昌市中心人民医院
出处
《中国测试》
北大核心
2025年第10期63-70,共8页
基金
国家自然科学基金(32170191)。
文摘
与甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌(MSSA)引起的感染相比,耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)感染伴随着死亡率、发病率和住院时间的增加。生物膜形成是MRSA感染与耐药的重要原因,迫切需要新的药物来根除难以治疗的MRSA生物被膜感染。该文运用基础实验和生物信息学手段分析金黄色葡萄球菌精氨酸抑制因子ArgR蛋白的生物学特性。通过连续监测MRSA野生株和argR缺失株的生长活性,采用96孔板微量肉汤稀释法、结晶紫半定量实验和实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测和厚朴酚(Honokiol,HL)对MRSA JE2野生株(WT)和MRSA JE2argR缺失株(MRSA JE2ΔargR)生长及生物膜形成的影响。利用生物信息学预测ArgR的生物学特征,包括其基本性质、空间结构及蛋白互作关系等。连续检测生长曲线显示ArgR的缺失并不影响MRSA的生长代谢;ArgR的缺失显著削弱HL对MRSA菌株生长及生物膜的抑制作用。ArgR蛋白由149个氨基酸残基组成,分子式为C_(788)H_(1243)N_(199)O_(232)S_(5),相对分子质量约17377.03,无跨膜域,无信号肽,是一种亲水性、可溶性的稳定胞内蛋白;存在10个丝氨酸磷酸化位点和10个苏氨酸磷酸化位点,二级结构中α-螺旋占比最大,约为53.02%。该文通过实验验证了ArgR可能是HL的潜在抗菌靶点,利用生物信息学预测了ArgR的理化性质、空间结构及催化位点,确定了该蛋白在基因水平上的可操作性,后期可通过蛋白水平相关实验验证ArgR作为开发抗MRSA新型抗生素的潜在靶标。
关键词
金黄色葡萄球菌
生物膜
精氨酸抑制因子
生物信息学分析
Keywords
Staphylococcus aureus
biofilm
arginine inhibitor
bioinformatics analysis
分类号
TB9 [机械工程—测试计量技术及仪器]
R378.11 [医药卫生—病原生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
大肠杆菌OmpC响应银胁迫初探及生物信息学分析
沈舒楚
吴钰煌
蔡丹
安皓月
伍中宝
王君
杜幼芹
邹黎黎
《中国测试》
北大核心
2025
0
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职称材料
2
和厚朴酚靶向ArgR抗MRSA活性初步验证及生物信息学预测
李君桐
邓凯红
戈丽莎
王君
邹黎黎
《中国测试》
北大核心
2025
0
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职称材料
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