目的基于生物信息学与实验研究探讨卷曲相关蛋白(Frizzled-related protein 1 FRZB)参与调控Wnt信号通路对肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)预后的影响。方法(1)通过(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库获取HCC的RNA-Seq数据...目的基于生物信息学与实验研究探讨卷曲相关蛋白(Frizzled-related protein 1 FRZB)参与调控Wnt信号通路对肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)预后的影响。方法(1)通过(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库获取HCC的RNA-Seq数据和临床资料,运用R软件分析FRZB mRNA在泛癌和肝癌中的表达差异。(2)选取石河子大学第一附属医院肝癌和正常肝脏石蜡包埋组织样本,通过免疫组化分析FRZB蛋白在两组间的表达差异。(3)分析FRZB与HCC临床特征的相关性,通过Kaplan-Meier生存分析评估FRZB的表达量与肝癌患者的预后关系。(4)基于TCGA数据库和(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)数据库获取Wnt通路相关基因,使用LASSO-Cox回归法构建肝癌预后模型并验证模型的预测效能,同时利用HCCDB数据库进行外部独立验证。(5)探讨FRZB与预后模型中基因的相关性。结果TCGA数据库分析发现,FRZB mRNA在HCC组织中显著高表达,差异具有统计学意义(P<0.001);免疫组化显示其蛋白表达在HCC组织中同样显著上调;临床特征分析表明,FRZB与HCC患者的TN M分期、病理分级以及Child-pugh分级显著相关,FRZB高表达的HCC患者总生存期更长;通过LASSO-Cox回归得到并构建7个预后相关基因(CACYBP、FRAT2、PLCB3、RAC1、RAC3、RUVBL1、BL1XR1L)的风险预测模型,K-M生存分析表明高风险组患者的总生存期明显低于低风险组(P<0.05),ROC曲线显示该模型具有良好的预测能力;通过Spearman分析揭示FRZB与RAC3、CACYBP、RUVBL1负相关(P<0.05),与PLCB3正相关(P<0.05)。结论FRZB可能通过调控Wnt信号通路相关基因对HCC预后产生影响,可能可以作为检测HCC患者预后的潜在生物标志物,为改善HCC的预后提供新的理论依据。展开更多
文摘目的基于生物信息学与实验研究探讨卷曲相关蛋白(Frizzled-related protein 1 FRZB)参与调控Wnt信号通路对肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)预后的影响。方法(1)通过(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库获取HCC的RNA-Seq数据和临床资料,运用R软件分析FRZB mRNA在泛癌和肝癌中的表达差异。(2)选取石河子大学第一附属医院肝癌和正常肝脏石蜡包埋组织样本,通过免疫组化分析FRZB蛋白在两组间的表达差异。(3)分析FRZB与HCC临床特征的相关性,通过Kaplan-Meier生存分析评估FRZB的表达量与肝癌患者的预后关系。(4)基于TCGA数据库和(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)数据库获取Wnt通路相关基因,使用LASSO-Cox回归法构建肝癌预后模型并验证模型的预测效能,同时利用HCCDB数据库进行外部独立验证。(5)探讨FRZB与预后模型中基因的相关性。结果TCGA数据库分析发现,FRZB mRNA在HCC组织中显著高表达,差异具有统计学意义(P<0.001);免疫组化显示其蛋白表达在HCC组织中同样显著上调;临床特征分析表明,FRZB与HCC患者的TN M分期、病理分级以及Child-pugh分级显著相关,FRZB高表达的HCC患者总生存期更长;通过LASSO-Cox回归得到并构建7个预后相关基因(CACYBP、FRAT2、PLCB3、RAC1、RAC3、RUVBL1、BL1XR1L)的风险预测模型,K-M生存分析表明高风险组患者的总生存期明显低于低风险组(P<0.05),ROC曲线显示该模型具有良好的预测能力;通过Spearman分析揭示FRZB与RAC3、CACYBP、RUVBL1负相关(P<0.05),与PLCB3正相关(P<0.05)。结论FRZB可能通过调控Wnt信号通路相关基因对HCC预后产生影响,可能可以作为检测HCC患者预后的潜在生物标志物,为改善HCC的预后提供新的理论依据。
基金江苏省2015年度普通高校研究生科研创新计划项目(No KYZZ15-0274)The People Programme(Marie Curie Actions)of the European Union’s Seventh Framework Programme FP7/2007-2013/under REA grant agreement n°PIR SES-GA-2013-612589)+1 种基金江苏省优势学科和江苏省自然科学基金项目(No BK20131415)国家自然科学基金资助项目(No 81503374)
