旨在了解近年来我国猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)的分子流行病学特征和遗传变异情况。本研究选取GenBank数据库中168个国内(收录于2017—2023年)和9个国外PCV3基因组序列,利用生物信息学软件对其进行系统发育树构建...旨在了解近年来我国猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)的分子流行病学特征和遗传变异情况。本研究选取GenBank数据库中168个国内(收录于2017—2023年)和9个国外PCV3基因组序列,利用生物信息学软件对其进行系统发育树构建、核苷酸同源性比对、氨基酸序列比对、抗原表位预测以及基因重组等分析,以期阐明PCV3在我国的传播及遗传进化规律。结果显示,我国PCV3的基因型可被划分为两个亚型,即PCV3a和PCV3b,且PCV3a和PCV3b均可进一步划分为不同的基因簇:PCV3a-1~PCV3a-3和PCV3b-1~PCV3b-5,其中PCV3a-1和PCV3b-2数量最多,占比最高;177个PCV3的全基因组序列相似性在98.3%~100%之间,其ORF2基因编码的氨基酸序列存在3个主要的点突变区,无碱基缺失和插入等情况。此外,基因重组分析表明,这些PCV3全基因组序列之间仅存在1个可能的重组事件,说明目前我国PCV3流行的基因型处于一个相对稳定的阶段。综上,本研究通过严格标准界定寻找到一种未来很可能被广泛认可的基因分型方法,且基于这种基因分型方法再对2017—2023年我国PCV3的遗传变异情况进行分析时所得到的结果较为可靠,这一结果不仅为未来PCV3的遗传变异分析研究提供了统一框架,更为进一步揭示PCV3的分子流行病学特征、遗传多样性和疫苗设计及防控策略的制定提供了基础资料。展开更多
文摘旨在了解近年来我国猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)的分子流行病学特征和遗传变异情况。本研究选取GenBank数据库中168个国内(收录于2017—2023年)和9个国外PCV3基因组序列,利用生物信息学软件对其进行系统发育树构建、核苷酸同源性比对、氨基酸序列比对、抗原表位预测以及基因重组等分析,以期阐明PCV3在我国的传播及遗传进化规律。结果显示,我国PCV3的基因型可被划分为两个亚型,即PCV3a和PCV3b,且PCV3a和PCV3b均可进一步划分为不同的基因簇:PCV3a-1~PCV3a-3和PCV3b-1~PCV3b-5,其中PCV3a-1和PCV3b-2数量最多,占比最高;177个PCV3的全基因组序列相似性在98.3%~100%之间,其ORF2基因编码的氨基酸序列存在3个主要的点突变区,无碱基缺失和插入等情况。此外,基因重组分析表明,这些PCV3全基因组序列之间仅存在1个可能的重组事件,说明目前我国PCV3流行的基因型处于一个相对稳定的阶段。综上,本研究通过严格标准界定寻找到一种未来很可能被广泛认可的基因分型方法,且基于这种基因分型方法再对2017—2023年我国PCV3的遗传变异情况进行分析时所得到的结果较为可靠,这一结果不仅为未来PCV3的遗传变异分析研究提供了统一框架,更为进一步揭示PCV3的分子流行病学特征、遗传多样性和疫苗设计及防控策略的制定提供了基础资料。
