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基于Toy模型蛋白质折叠预测的多种群微粒群优化算法研究 被引量:5
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作者 张晓龙 李婷婷 芦进 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2008年第10期230-235,共6页
基于Toy模型的蛋白质折叠结构预测问题是一个典型的NP问题。提出了多种群微粒群优化算法用于计算蛋白质能量最小值。该算法采用了一种新的算法结构,在该结构中,每一代的种群被分为精英子种群、开采子种群和勘探子种群三部分,通过改善种... 基于Toy模型的蛋白质折叠结构预测问题是一个典型的NP问题。提出了多种群微粒群优化算法用于计算蛋白质能量最小值。该算法采用了一种新的算法结构,在该结构中,每一代的种群被分为精英子种群、开采子种群和勘探子种群三部分,通过改善种群的局部开采能力和全局勘探能力来提高算法的性能。分别采用Fibonacci蛋白质测试序列和真实蛋白质序列进行了折叠结构预测的仿真实验。实验结果表明该算法能够更精确地进行蛋白质折叠结构预测,为生物科学研究提供了一条有效途径。 展开更多
关键词 蛋白质折叠 Toy模型 多种群微粒群优化算法(MPSO)
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Toy模型蛋白质折叠问题的随机扰动粒子群解法 被引量:1
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作者 周洪斌 吕强 温炜 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2011年第18期234-236,248,共4页
Toy模型蛋白质折叠问题是一个计算生物学中典型的NP难题。提出了一种随机扰动粒子群结合爬山优化的算法,应用二维Toy模型进行蛋白质折叠结构预测,在Fibonacci测试序列及真实蛋白质序列上的测试结果验证了算法的良好性能。
关键词 粒子群优化算法 爬山算法 Toy模型蛋白质折叠
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改进的模拟退火算法在蛋白质结构预测中的应用
3
作者 朱均燕 温永仙 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2013年第2期176-178,共3页
在传统的模拟退火算法基础上,对于产生新解边界值的处理给出一种新方法,并将它应用到二维Toy模型.对4条Fibonacci序列进行了结构预测,结果表明该算法可行有效.
关键词 模拟退火算法 蛋白质结构预测 Toy模型 FIBONACCI序列
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引力Toy模型的Tsallis统计
4
作者 黄霞 《南京师大学报(自然科学版)》 CAS CSCD 2002年第3期64-69,共6页
利用Tsallis熵分析并讨论引力Toy模型粒子的统计性质,突出参数q所描述的引力系统的非广延性(nonextensivity)和长程相互作用性.对参数q取不同的值的Toy模型的能量和温度的关系进行了研究,并对比热(specific heat)进行了讨论.
关键词 引力Toy模型 Tsalis统计 TSALLIS熵 非广延性 长程相互作用性 引力系统 统计力学
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