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RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM(RFLP) ANALYSIS OF GENOMIC DNA OF 5 STRAINS OF TRICHINELLA SPIRALIS IN CHINA
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作者 王虹 张月清 +1 位作者 劳为德 吴赵永 《Chinese Medical Sciences Journal》 CAS CSCD 1995年第3期131-135,共5页
Five restriction endonucleases were used to digest genomic DNA from 5 isolates of Trichinella spiralis obtained from Changchun, Tianjin, Xian, Henan and Yunnan. All the isolates were secured from pigs except the Chang... Five restriction endonucleases were used to digest genomic DNA from 5 isolates of Trichinella spiralis obtained from Changchun, Tianjin, Xian, Henan and Yunnan. All the isolates were secured from pigs except the Changchun strain which came from dog. The DNA fragments digested by endonuclease were separated by agarose gel electrophoresis. The Changchun isolate had a EcoRI band at 1. 12kb and a DraI band at 1. 97kb which were unique to this isolate. A cloned specific repetitive DNA sequence (1. 12kb) from the Changchun strain was selected to prepare a probe for the Southern blotting of EcoRI restriction DNA fragments for the 5 isolates. The 1.12kb hybridizing band did not appear except in the Changchun isolate.These results seem to indicate that there are differences between the isolates obtained from hosts in different geographical regions. 展开更多
关键词 TRICHINELLA restriction fragment length polymorphisms Southern blot
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POLYMORPHISMS OF THE HUMAN LIPOPROTEIN LIPASE GENE:POSSIBLE ASSOCIATION WITH LIPID LEVELS IN PATIENTS WITH CORONARY HEART DISEASE IN BEIJING AREA 被引量:7
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作者 叶平 裴兰 王士雯 《Chinese Medical Sciences Journal》 CAS CSCD 1996年第3期157-161,共5页
The polymorphisms(Pvu Ⅱand Hind Ⅲ) on the lipoprotein lipase(LPL) gene locus was investigated in a sample of 100 patients surviving previous myocardial infarction and 100 age matched healthy individuals selected fro... The polymorphisms(Pvu Ⅱand Hind Ⅲ) on the lipoprotein lipase(LPL) gene locus was investigated in a sample of 100 patients surviving previous myocardial infarction and 100 age matched healthy individuals selected from Han Chinese of Beijing area.In patient group a strong association was found between H+allele of Hind Ⅲ polymorphism and raised TG levels(P<0.01).In control group P-P-genotype was observed to be associated with higher TG levels compared with P+P genotype of Pvu Ⅱ polymorphism(P<0.05).Combination of H+H+ genotype with P-P-genotype showed the highest TG levels among all nine kinds of genotype combinations in patient group(P<0.01).However,comparison of distribution of alleles and genotypes of these polymorphisms between patient group and control group demonstrated no significant difference. Our data suggest that the polymorphisms at the LPL gene,as the linkage markers with an aetiologic mutation at or around LPL gene,may constitute one of the genetic determinants for the population variation in plasma TG levels,as well as for the common dyslipidemia in Chinese population. 展开更多
关键词 restriction fragment length polymorphism coronary heart disease lipoprotein lipase
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Association between estrogen receptor β gene Rsa1 polymorphism and depressive disorder in peri-menopausal and menopausal women 被引量:3
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作者 于学文 任永惠 +4 位作者 李学成 高成阁 李芬 韩蓁 李旭 《Journal of Medical Colleges of PLA(China)》 CAS 2005年第2期102-105,共4页
Objective: To investigate estrogen receptor β (ERβ) gene Rsa1 polymorphism and concentration of estrogen, FSH and LH in serum in peri-menopausal and menopausal women with depressive disorder. Methods: Seventy-four p... Objective: To investigate estrogen receptor β (ERβ) gene Rsa1 polymorphism and concentration of estrogen, FSH and LH in serum in peri-menopausal and menopausal women with depressive disorder. Methods: Seventy-four peri-menopausal and menopausal women with depressive disorder met ICD-10 and CCMD-3 assessment criteria for depressive disorder were recruited. ERβ gene Rsa1 polymorphism was analyzed with PCR-RFLP. Serum levels of estrogen, FSH and LH were measured by magnetism-ELISA. Results: The respective frequency of ERβ gene Rsa1 polymorphism was no significant difference between women with depressive disorder and the healthy women (χ 2=1.106,P>0.05). The serum level of estrogen was lower in women with depressive disorder than in the healthy women (P<0.05). No difference was found for FSH and LH between two groups. Conclusion: ERβ gene Rsa1 polymorphism may be not associated with depressive disorder in the peri-menopausal and menopausal women. The serum level of estrogen is associated with depressive disorder in the peri-menopausal and menopausal women. 展开更多
关键词 depressive disorder ESTROGEN estrogen receptor β (ERβ) restriction fragment length polymorphism (RFLP)
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Analysis of Rb gene Xba Ⅰ polymorphism in Shaanxi aged atherosclerosis population
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作者 刘军 舒青 +2 位作者 郑强荪 杜日映 张宁仔 《Journal of Medical Colleges of PLA(China)》 CAS 2000年第3期224-226,共3页
Objective:To investigate variable number tandem repeat (VNTR) polymorphism of the 17th intron of Rb gene in Shaanxi aged population and the relationship between the polymorphism of Rb gene and atherosclerosis(AS) gene... Objective:To investigate variable number tandem repeat (VNTR) polymorphism of the 17th intron of Rb gene in Shaanxi aged population and the relationship between the polymorphism of Rb gene and atherosclerosis(AS) genetic suscepti- bility. Methods: VNTR polymorphism of the 17th intron of Rb gene were examined in 100 Shaanxi aged AS patients and 100 Shaanxi aged control individuals by PCR-Rb-Xba Ⅰ-RFLP. Results::Two alleles were found both in AS group and control group, which were separately 945 bp(S1) and 630bp + 315bp(S2). S1S2 genotype was the most frequent one in the two populations. Significant difference in allele frequency was not found between AS group and control group, and allele frequency was no significant difference between Chinese and Caucasian. Conclusion: Xba Ⅰ enzyme site of Rb gene could have been certainly stable in AS population, and it was inferred that the polymorphism locus was not liable to cause mutation, which might not implicated in the formation of AS. 展开更多
关键词 ATHEROSCLEROSIS RB gene Xba restrict fragment length polymorphism
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T-RFLP快速鉴定生鲜肉中牛羊成分的研究 被引量:7
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作者 田金辉 李宝明 +2 位作者 尉婷媛 周占琴 武会娟 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2011年第3期84-86,共3页
试验旨在建立快速检测生鲜肉中牛、羊成分的定性分析方法。通过T-RFLP法,上游引物的5′端用6-FAM进行荧光标记,下游引物5′端用ROX进行荧光标记,PCR结束后选择限制性内切酶HinfⅠ、BlnⅠ进行酶切消化,在测序仪上通过毛细管电泳即可检测... 试验旨在建立快速检测生鲜肉中牛、羊成分的定性分析方法。通过T-RFLP法,上游引物的5′端用6-FAM进行荧光标记,下游引物5′端用ROX进行荧光标记,PCR结束后选择限制性内切酶HinfⅠ、BlnⅠ进行酶切消化,在测序仪上通过毛细管电泳即可检测荧光标记的两个末端的限制性片段。利用不同物种产生的不同峰谱达到对物种快速定性的目的。该法能够对生鲜肉中牛、羊肉进行定性鉴定分析,不同物种产生不同峰谱,限制性内切酶HinfⅠ酶切牛肉样品所产生的限制性末端片段长度为46和373 bp,限制性内切酶BlnⅠ酶切羊肉样品所产生的限制性末端片段长度为203和515 bp。 展开更多
关键词 COⅠ PCR 末端限制性片段长度多态性
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T-RFLP技术及其在动物胃肠道微生物群落多样性研究中的应用 被引量:3
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作者 于萍 王加启 +2 位作者 卜登攀 邓露芳 刘开朗 《乳业科学与技术》 2008年第6期294-296,共3页
随着分子生物学技术的飞速发展,越来越多的新兴研究手段应用于胃肠道微生态系统的研究之中。介绍了末端限制性片段长度多态性技术(T-RFLP)的基本原理、操作流程和优缺点,并总结了该技术在动物胃肠道微生态研究中的应用现状。
关键词 末端限制性片段长度多态性 微生物多样性 胃肠道微生态
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T-RFLP技术在厌氧氨氧化菌群结构分析中的应用 被引量:4
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作者 储昭瑞 李相昆 +1 位作者 孟令威 张杰 《哈尔滨工业大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第2期26-30,共5页
为实现对样品中厌氧氨氧化菌群落组成的快速分析,提出一种基于末端限制性片段长度多态性技术(T-RFLP)分析环境样品中厌氧氨氧化菌群结构的方法.通过对SILVA(R108)SSU Ref数据库中已知厌氧氨氧化菌16S rD-NA序列的模拟PCR和酶切分析,选... 为实现对样品中厌氧氨氧化菌群落组成的快速分析,提出一种基于末端限制性片段长度多态性技术(T-RFLP)分析环境样品中厌氧氨氧化菌群结构的方法.通过对SILVA(R108)SSU Ref数据库中已知厌氧氨氧化菌16S rD-NA序列的模拟PCR和酶切分析,选取合适的PCR引物(Amx368f-Amx820r)和限制性内切酶(MspI和RsaI),使得不同厌氧氨氧化菌属对应不同末端片段长度(T-RFs),从而完成对厌氧氨氧化菌群落组成的快速分析.重复性和灵敏性检验结果表明,该方法能够有效、稳定地应用于环境样品中厌氧氨氧化菌群落组成的快速分析. 展开更多
关键词 厌氧氨氧化 末端限制性片段长度多态性技术 菌群结构分析 模拟聚合酶链式反应 环境样品
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牦牛乳蛋白多态性对奶酪凝乳特性的影响 被引量:2
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作者 谈婷 罗毅皓 +1 位作者 孙万成 孙祥祥 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期40-49,共10页
为了检测青海部分地区7家不同牧场牦牛乳κ-酪蛋白和αs1-酪蛋白基因多态性,作者分析了基因多态性对奶酪凝乳特性的影响。通过提取牦牛乳体细胞,采用限制性片段长度多态性聚合酶链式反应(polymerase chain reaction-restrition fragment... 为了检测青海部分地区7家不同牧场牦牛乳κ-酪蛋白和αs1-酪蛋白基因多态性,作者分析了基因多态性对奶酪凝乳特性的影响。通过提取牦牛乳体细胞,采用限制性片段长度多态性聚合酶链式反应(polymerase chain reaction-restrition fragment length polymophism,PCR-RFLP)分析技术,对提取的DNA进行PCR扩增及酶切,对电泳条带进行基因分型;提取牦牛乳蛋白,采用高效液相色谱法(high performance liquid chromatography,HPLC)分析各样品与标准品色谱图,对出峰时间和出峰形状进行基因分型。利用流变仪测定不同基因型牦牛乳凝乳过程中流变特性,记录奶酪凝乳时间,计算奶酪得率。牦牛乳κ-酪蛋白基因有AA型、AB型和BB型3种基因型,3种基因型与凝乳特性的分析表明,在凝乳时间方面A等位基因为有利等位基因。牦牛乳αs1-酪蛋白存在AA型、AB型和BB型3种类型,3种基因型与凝乳特性的分析表明,在凝乳时间、奶酪得率、最大动力黏度和最大剪切速率方面B等位基因为有利等位基因。以上结果表明,青海7家牧场牦牛乳κ-酪蛋白和αs1-酪蛋白均存在基因多态性,κ-酪蛋白A等位基因和αs1-酪蛋白B等位基因是影响牦牛乳凝乳特性的主效基因。 展开更多
关键词 牦牛乳 蛋白质多态性 高效液相色谱法 限制性片段长度多态性聚合酶链式反应 凝乳特性
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PCR-RFLP鉴定隐孢子虫种类研究 被引量:23
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作者 张龙现 蒋金书 +3 位作者 刘群 宁长申 赵金凤 刘红英 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第5期555-559,共5页
为快速、准确鉴别人畜隐孢子虫种类,建立了巢式PCR扩增隐孢子虫18SrRNA基因的特殊区域,扩增片段测序结果表明:安徽牛源分离株(Cryptosporidiummuris)781bp;北京鸡源分离株(C.baileyi)776bp;北京牛源分离株(C.muris)781bp;河南牛源分离株... 为快速、准确鉴别人畜隐孢子虫种类,建立了巢式PCR扩增隐孢子虫18SrRNA基因的特殊区域,扩增片段测序结果表明:安徽牛源分离株(Cryptosporidiummuris)781bp;北京鸡源分离株(C.baileyi)776bp;北京牛源分离株(C.muris)781bp;河南牛源分离株(C.muris)725bp;长春牛源分离株(C.muris)776bp;宁夏鸡源分离株(C.baileyi)725bp,该片段位于18SrRNA全序列271~1103bp之间。使用Ssp 限制性内切酶消化发现C.muris产生418~420bp和305~363bp两个片段,C.baileyi产生544~545bp和185~231bp两个片段。所检测的6个分离株可以显著区分为C.muris和C.baileyi两个种,所建立的PCR-RFLP可以有效鉴别隐孢子虫种类。 展开更多
关键词 隐孢子虫 种类鉴定 PCR-RFLP 人兽共患病
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TRFLP在微生物群落结构与动态分析中的应用 被引量:23
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作者 任南琪 赵阳国 +1 位作者 高崇洋 王爱杰 《哈尔滨工业大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第4期552-556,共5页
介绍了末端限制性片段长度多态性技术(TRFLP)的基本原理和操作要点,综述了该技术在土壤、肠道、受污染环境以及污染物处理工艺微生物群落结构、动态分析中的应用.由于技术整合了自动测序仪的高分辨率和高通量特征,对分析复杂群落的结构... 介绍了末端限制性片段长度多态性技术(TRFLP)的基本原理和操作要点,综述了该技术在土壤、肠道、受污染环境以及污染物处理工艺微生物群落结构、动态分析中的应用.由于技术整合了自动测序仪的高分辨率和高通量特征,对分析复杂群落的结构较其它指纹技术更具有明显优势和广阔的应用前景.对于无法将特异条带进行测序分析及原位杂交的缺点,可通过与克隆文库序列进行比较,并采用软件将多酶切的末端限制性片段(TRFs)与现有数据库进行叠加比较的方式加以弥补. 展开更多
关键词 微生物群落 群落动态 末端限制性片段长度多态性 rDNA克隆文库 末端限制性片段图谱
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施肥对设施菜地氨氧化细菌群落和丰度的影响 被引量:18
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作者 王亚男 曾希柏 +4 位作者 俄胜哲 白玲玉 李莲芳 苏世鸣 沈灵凤 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第12期2425-2432,共8页
以甘肃武威设施菜地为对象,采用amoA基因末端限制性片段多态性分析(PCR-TRFLP)技术与实时荧光定量PCR(Real-time PCR)相结合的方法,研究了不同施肥处理下土壤中氨氧化细菌群落组成和丰度的变化。结果表明:设施菜地中氨氧化细菌的... 以甘肃武威设施菜地为对象,采用amoA基因末端限制性片段多态性分析(PCR-TRFLP)技术与实时荧光定量PCR(Real-time PCR)相结合的方法,研究了不同施肥处理下土壤中氨氧化细菌群落组成和丰度的变化。结果表明:设施菜地中氨氧化细菌的优势种群均为Nitrosospira cluster 3属,亦含有少量Nitrosomanas cluster 7属。定量PCR分析发现在当地农民习惯施肥用量一半的处理下(1/2MNPK),0~20cm和20~40cm土层中氨氧化细菌的丰度最大值分别为每克干土9.95×107、6.65×107拷贝数,比不施肥处理增加了105.0%和315.3%。施肥类型、土壤层次均是导致氨氧化细菌群落结构和丰度变化的重要因素。研究结果对进一步探讨设施栽培条件下氨氧化细菌的功能、环境适应机理及其在土壤氮素循环中的作用等,均具有较大的参考意义。 展开更多
关键词 氨氧化细菌 施肥 群落结构 t-rflp 实时荧光定量PCR
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交河故城古车师人的线粒体DNA分析 被引量:11
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作者 崔银秋 段然慧 +4 位作者 季朝能 朱泓 李惟 毛裕民 周慧 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2002年第8期1510-1514,共5页
从距今 2 0 0 0~ 2 5 0 0年左右的交河故城古代人骨中提取古 DNA,用 4对重叠引物对线粒体基因组的调控区 (3 63 bp)进行了扩增及测序 .线粒体基因组编码区的扩增片段用于限制性片段多样性分析 .结果显示4个个体中具有 3个 DNA序列 ,其... 从距今 2 0 0 0~ 2 5 0 0年左右的交河故城古代人骨中提取古 DNA,用 4对重叠引物对线粒体基因组的调控区 (3 63 bp)进行了扩增及测序 .线粒体基因组编码区的扩增片段用于限制性片段多样性分析 .结果显示4个个体中具有 3个 DNA序列 ,其中来自不同墓穴的两个个体的序列相同 ,说明这两者间有密切的母系遗传关系 .系统发育分析表明古车师的这 4个个体分散分布在现代新疆维吾尔人的序列之中 .从这些结果可以初步得出结论 ,即古车师人群并不是一个同源群体 ,在早期铁器时代 。 展开更多
关键词 交河矿城 古车师人 线粒体 DNA 测序 限制性片段多样性分析 系统发育分析 古人类学
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氨胁迫对猪粪厌氧消化性能的影响 被引量:13
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作者 高文萱 张克强 +3 位作者 梁军锋 宋香育 韩冰雅 杜连柱 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第10期1997-2003,共7页
以猪粪为原料,采用批式试验方法,研究不同氨氮添加量(0、400、800、1600、2400、3200、4000 mg·L-1)对厌氧消化产气效果的影响。结果表明:随着氨氮添加量的增加,总产气量和CH4产率均呈现先升高后降低的变化趋势,氨氮添加量≥2400 m... 以猪粪为原料,采用批式试验方法,研究不同氨氮添加量(0、400、800、1600、2400、3200、4000 mg·L-1)对厌氧消化产气效果的影响。结果表明:随着氨氮添加量的增加,总产气量和CH4产率均呈现先升高后降低的变化趋势,氨氮添加量≥2400 mg·L-1时,厌氧消化过程受到显著抑制;不同处理中猪粪挥发性固体(VS)的CH4产率分别为328.5、338.1、323.2、304.9、276.2、124.9、56.1 m L·g-1。氨氮添加量为0~800 mg·L-1时,最大VS产CH4速率分别为18.3、18.4、17.1 m L·g-1·d-1;氨氮添加量为2400 mg·L-1时,产气高峰推迟,产CH4速率明显降低;氨氮添加量≥400 mg·L-1时,厌氧消化30 d底物的生物转化产CH4效率随氨氮添加量的增加逐渐降低,分别为56.7%、54.5%、52.4%、30.6%、1.6%和1.3%;氨氮添加量为400~2400 mg·L-1时,乙酸利用型产甲烷菌Methanosaeta的相对丰度总体随氨氮质量浓度的增加而降低,而氢利用型产甲烷菌Methanosarcina和Methanococcus具有相反的变化规律。 展开更多
关键词 厌氧消化 氨氮 猪粪 末端限制性酶切片段长度多态性 产甲烷菌
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16S rDNA-RFLP技术鉴定西藏地区乳制品中的乳杆菌 被引量:16
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作者 于洁 孙志宏 +5 位作者 张家超 艾日登才次克 张彦斌 杨梅 孙天松 张和平 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期804-810,共7页
将16S rDNA PCR技术和RFLP技术相结合,对分离自乳制品中的乳杆菌进行分类和鉴定。从我国西藏地区传统发酵乳中分离出51株乳杆菌,采用通用引物扩增16S rDNA,利用限制性内切酶AluI,HaeⅢ和HinfⅠ将16S rDNA扩增产物进行酶切后,经聚丙烯酰... 将16S rDNA PCR技术和RFLP技术相结合,对分离自乳制品中的乳杆菌进行分类和鉴定。从我国西藏地区传统发酵乳中分离出51株乳杆菌,采用通用引物扩增16S rDNA,利用限制性内切酶AluI,HaeⅢ和HinfⅠ将16S rDNA扩增产物进行酶切后,经聚丙烯酰胺凝胶电泳图谱将菌种鉴定到种的水平。根据16S rDNA-RFLP的结果从中选出8株有代表性的菌株进行生理生化实验和16S rDNA序列的测定,实验结果与RFLP鉴定结果相吻合,表明此方法是一种快速、准确的可用于大量乳杆菌分类和鉴定的方法。 展开更多
关键词 乳杆菌 鉴定 限制性片段长度多态性(RFLP) 16S RDNA序列
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中国部分地区绵羊肺炎支原体的基因多态性分析 被引量:11
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作者 许健 储岳峰 +4 位作者 赵萍 高鹏程 贺英 剡根强 逯忠新 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期1295-1301,共7页
为了解绵羊肺炎支原体(Mycoplasma ovipneumoniae,Mo)在我国部分地区的流行病学特征,采用随机扩增多态性DNA(RAPD)及限制性片段长度多态性(RFLP)方法对26株Mo基因多态性进行了研究,并利用NTsys-2.10e软件对获得的多态性图谱进行了聚类... 为了解绵羊肺炎支原体(Mycoplasma ovipneumoniae,Mo)在我国部分地区的流行病学特征,采用随机扩增多态性DNA(RAPD)及限制性片段长度多态性(RFLP)方法对26株Mo基因多态性进行了研究,并利用NTsys-2.10e软件对获得的多态性图谱进行了聚类分析。结果在相似系数为0.70时,26株Mo可分成6个RAPD群或6个RFLP群;相似系数为0.90时,分成18个RAPD群或18个RFLP群;相似系数为1.00时,分成25个RAPD群或26个RFLP群。结果表明,我国Mo存在高度的基因多态性,这种多态性与地域差异相关,与宿主来源也具有一定的相关性。研究结果为了解我国Mo的分子流行病学特征打下了基础,也为建立有效的Mo诊断方法和疫苗研制提供了参考依据。 展开更多
关键词 绵羊肺炎支原体 随机扩增多态性DNA 限制性片段长度多态性 基因多态性 流行病学
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利用12S rRNA基因的限制性酶切末端片段长度多态性鉴定动物种类 被引量:9
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作者 汪琦 张昕 +3 位作者 赵大贺 马海萍 陈广全 张惠媛 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第2期214-219,共6页
目的:建立一种精确可靠的鉴定常见的10种动物(猪、狗、牛、山羊、绵羊、马、鸡、鼠、三文鱼和鹿)的方法。方法:利用12SrRNA基因的限制性酶切末端片段长度多态性(terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)鉴别动物种... 目的:建立一种精确可靠的鉴定常见的10种动物(猪、狗、牛、山羊、绵羊、马、鸡、鼠、三文鱼和鹿)的方法。方法:利用12SrRNA基因的限制性酶切末端片段长度多态性(terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)鉴别动物种类。将线粒体12S rRNA基因通过引物的5'端用FAM荧光标记,从基因组DNA中扩增450bp的目的片段。引物对1(下游引物FAM标记,上游引物不标记)扩增的PCR产物用限制性内切酶AluⅠ酶切。引物对2(上游引物FAM标记,下游引物不标记)扩增的PCR产物用限制性内切酶Tru9Ⅰ酶切。得到的酶切产物分别在遗传分析仪ABI3100上进行毛细管电泳,片段大小用Peak Scanner 1.0软件分析。结果:根据AluⅠ酶切图谱能够区分鸡、马、猪和三文鱼,而鹿和牛、山羊和绵羊、鼠和狗因酶切图谱相同无法分开。根据Tru9Ⅰ酶切图谱,能够进一步将鹿和牛、山羊和绵羊、鼠和狗分开。同一种动物不同个体的酶切图谱完全相同,结果具有可重复性。没有出现物种内多态的现象。大多数情况下,实际得到的末端片段长度与理论值非常接近,只存在2~5bp的差异。结论:该方法操作简单、结果精确,适用于鉴定动物种类。 展开更多
关键词 限制性酶切末端片段长度多态性T—RFLP 种类鉴定 12S RRNA
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土壤微生物分子生态学研究中总DNA的提取 被引量:72
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作者 赵勇 周志华 +3 位作者 李武 刘彬彬 潘迎捷 赵立平 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期854-860,共7页
建立了一种土壤DNA提取方法。根据DNA产量和纯度2个评价指标,从3种手提土壤DNA方法中优选出方法B为手提DNA方法(Labmethod),它包括样品预处理,细胞裂解,粗DNA纯化,其中细胞裂解组合了玻璃珠击打,SDS裂解,溶菌酶裂解。进一步应用PCR-限... 建立了一种土壤DNA提取方法。根据DNA产量和纯度2个评价指标,从3种手提土壤DNA方法中优选出方法B为手提DNA方法(Labmethod),它包括样品预处理,细胞裂解,粗DNA纯化,其中细胞裂解组合了玻璃珠击打,SDS裂解,溶菌酶裂解。进一步应用PCR-限制性片段长度多态性(Restrictionfragmentlengthpolymorphism,RFLP)技术及PCR-温度梯度凝胶电泳(Temperaturegradientgelelectrophoresis,TGGE)技术,结合DNA产量、纯度、片段大小以及所反映的微生物群落结构特性等指标评价了手提方法(Labmethod)得到的总DNA质量,并将这些结果与2种应用较广的商业试剂盒(MoBioUltraCleanSoilDNAKit和Bio101FastDNASPINKit(ForSoil))所得DNA的各种指标进行了比较。结果表明,手提方法(Labmethod)的粗DNA产量低于Bio101Kit的,但高于MoBioKit的。这些方法所得DNA的长度都在21kb左右,Labmethod提取的DNA没有严重被剪切现象,而2种试剂盒提取的DNA都有不同程度的剪切。手提方法得到的DNA经纯化后,应用细菌及真菌特异引物进行PCR扩增,均能获得目的片段,表明该方法能从土壤中同时有效提取细菌和真菌总基因组DNA。并且,手提方法所得DNA的细菌16SrDNA和真菌18SrDNA的PCR-RFLP图谱与两种商业试剂盒的图谱基本相似,但3种方法提取的DNA在细菌16SrDNAV3区和真菌28SrDNA片段的PCR-TGGE图谱上都存在一定差异,主要表现在一些弱势条带的有无或强弱上。这说明手提方法提取的总DNA与2种商业试剂盒一样,在一定程度上能反映微生物群落的多样性和组成。总之,手提DNA方法(Labmethod)所用试剂普通,价格便宜,能在4h以内获得够质够量的土壤DNA用于微生物分子生态学研究,较适合于广大普通实验室进行土壤DNA提取工作。 展开更多
关键词 土壤DNA提取 DNA质量 PCR扩增 限制性片段长度多态性分析 温度梯度凝胶电泳分析
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载脂蛋白A1、B基因多态性对非创伤性股骨头坏死发生的影响 被引量:12
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作者 汪晓燕 牛晓红 +4 位作者 陈卫衡 林娜 宋剑南 陈冰 金红 《中国骨伤》 CAS 2008年第2期99-102,共4页
目的:探讨载脂蛋白A1、B基因多态性对非创伤性股骨头坏死(avascular necrosis of the femoral head,ANFH)发生的影响。方法:应用聚合酶链反应对中国北方汉族143例ANFH患者和92例正常人分别扩增含ApoA1基因启动子-75bp和第一内含子+83bp... 目的:探讨载脂蛋白A1、B基因多态性对非创伤性股骨头坏死(avascular necrosis of the femoral head,ANFH)发生的影响。方法:应用聚合酶链反应对中国北方汉族143例ANFH患者和92例正常人分别扩增含ApoA1基因启动子-75bp和第一内含子+83bp及ApoB基因EcoRI、XbaI和3'!VNTR的DNA片段,限制性内切酶酶切扩增产物,琼脂糖凝胶电泳分离基因多态性。结果:ApoA1基因启动子-75bp处,ANFH患者中A/A基因型频率明显高于正常组(P<0.01),而G/A基因型频率明显低于正常组(P<0.01)。ApoA1内含子+83bp位点,ApoB基因EcoRI、XbaI位点和3'!VNTR区域ANFH患者组和正常组基因型及等位基因频率分布无统计学差异。结论:ApoA1基因启动子区域-75bp位点A/A型可能是非创伤性股骨头坏死易感基因之一,但未能发现ApoA1第一内含子+83bp位点及ApoB基因EcoRI、XbaI和3'!VNTR位点多态性与非创伤性股骨头坏死发生有明显的关系。 展开更多
关键词 股骨头坏死 载脂蛋白A1 载脂蛋白B类 基因多态性 限制性片段长度
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动脉硬化性脑梗死患者载脂蛋白A5基因多态性研究 被引量:9
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作者 朱名安 丁妍 +2 位作者 周有利 周作华 毛达勇 《中华老年心脑血管病杂志》 CAS 北大核心 2006年第3期154-157,共4页
目的研究载脂蛋白A5基因-1131T>C多态性位点各基因型及等位基因分布频率及其与动脉硬化性脑梗死(arteriosclerotic cerebral infarction,ACI)的关系。方法选择221例湖北地区汉族人群(对照组)及90例ACI患者(ACI组),应用聚合酶链反应... 目的研究载脂蛋白A5基因-1131T>C多态性位点各基因型及等位基因分布频率及其与动脉硬化性脑梗死(arteriosclerotic cerebral infarction,ACI)的关系。方法选择221例湖北地区汉族人群(对照组)及90例ACI患者(ACI组),应用聚合酶链反应限制性片段长度多态性对每个个体的基因型进行鉴定。同时,采用酶法和免疫比浊法对研究对象血脂进行检测。结果2组间除性别、年龄、体重指数无显著差异外,其他各项指标(吸烟、收缩压、舒张压、胆固醇、高密度脂蛋白胆固醇、低密度脂蛋白胆固醇、载脂蛋白A1及载脂蛋白B)均有显著差异(P<0.05);ACI组稀有等位基因C携带者甘油三酯水平明显高于C非携带者,2组中TT、TC、CC 3种基因型甘油三酯水平差异有显著性意义(P<0.05);ACI组稀有等位基因C的频率明显高于对照组(χ2=5.568,P=0.018)。结论apoA5-1131C等位基因与ACI患者甘油三酯水平升高有关,其不同基因型及等位基因在湖北汉族人群及ACI患者中的分布不同,可能与该地区人群ACI危险性有关。 展开更多
关键词 动脉硬化 脑梗塞 载脂蛋白类 多态性 限制性片段长度
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PCR-TRFLP研究托盘包装冷却猪肉冷藏过程中的菌相变化 被引量:5
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作者 江芸 高峰 +2 位作者 徐幸莲 叶可萍 周光宏 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期565-572,共8页
应用PCR-末端限制性片段长度多态性分析(PCR-TRFLP),结合16S rRNA基因克隆文库和序列分析,研究托盘包装冷却猪肉在4℃贮藏过程中的菌相变化.结果表明:在整个贮藏过程的肉样TRFLP图谱中共产生35种谱带,表明冷却肉中微生物组成十分复杂;... 应用PCR-末端限制性片段长度多态性分析(PCR-TRFLP),结合16S rRNA基因克隆文库和序列分析,研究托盘包装冷却猪肉在4℃贮藏过程中的菌相变化.结果表明:在整个贮藏过程的肉样TRFLP图谱中共产生35种谱带,表明冷却肉中微生物组成十分复杂;对应于假单胞菌(Pseudomonas)的谱带峰在贮藏过程中变化明显,其相对峰面积由0 d的5.7%至贮藏末期达到83.4%,表明贮藏末期主要优势腐败菌为假单胞菌. 展开更多
关键词 冷却猪肉 托盘包装 菌相组成 PCR-末端限制性片段长度多态性分析
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