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湖南沙子岭猪SLA-DR基因克隆及生物信息学分析 被引量：8
1
作者 唐医亚 邢晓为 +2 位作者 薛立群 黄生强 王维 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2007年第12期1491-1496,共6页
为了克隆湖南沙子岭猪SLA-DRA和SLA-DRB基因,分析SLA基因特性和抗原多态性,评价湖南沙子岭猪在异种移植中的应用前景奠定基础。应用RT-PCR分别扩增湖南沙子岭猪SLA-DRA和SLA-DRB基因,鉴定后克隆到PUCm-T载体并进行测序,用NCBI中的BLAST... 为了克隆湖南沙子岭猪SLA-DRA和SLA-DRB基因,分析SLA基因特性和抗原多态性,评价湖南沙子岭猪在异种移植中的应用前景奠定基础。应用RT-PCR分别扩增湖南沙子岭猪SLA-DRA和SLA-DRB基因,鉴定后克隆到PUCm-T载体并进行测序,用NCBI中的BLAST和ExPASY中相关软件进行生物信息学分析。得到的湖南沙子岭猪SLA-DRA和SLA-DRB基因特异性基因片段,大小分别为1 177 bp和909 bp。生物信息学分析发现,所扩增的SLA-DRA和SLA-DRB基因片段均包含完整的开放阅读框,分别编码252和266个氨基酸残基。将湖南沙子岭猪SLA-DRA和SLA-DRB基因在GenBank登录,登录号分别为EF143987和EF143988。同源性分析发现,湖南沙子岭猪SLA-DRA和SLA-DRB与人类相应的DRA、DRB相比,核苷酸序列同源性分别为83%和83%,编码氨基酸同源性分别为83%和79%。与GenBank登录的其他猪种相比,SLA-DRA基因同源性最高可达100%,而SLA-DRB基因具有多态性。 展开更多
关键词 猪白细胞抗原 沙子岭猪 基因克隆 异种移植
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版纳微型猪近交系133家系SLA-DQ cDNA的克隆和序列分析 被引量：15
2
作者 曾嵘 苗永旺 +2 位作者 霍金龙 潘伟荣 曾养志 《中国实验动物学报》 CAS CSCD 2005年第4期215-221,共7页
目的阐明版纳微型猪近交系133家系(BMI-133)免疫相关基因及其可能在猪-人异种器官移植中的作用。方法提取外周血总RNA,通过反转录、cDNA合成及转化,最终获得了具有完整阅读框架的SLA-DQA和SLA-DQBcDNA克隆。结果序列分析表明,所获得的DQ... 目的阐明版纳微型猪近交系133家系(BMI-133)免疫相关基因及其可能在猪-人异种器官移植中的作用。方法提取外周血总RNA,通过反转录、cDNA合成及转化,最终获得了具有完整阅读框架的SLA-DQA和SLA-DQBcDNA克隆。结果序列分析表明,所获得的DQAcDNA长度为830bp,编码255个氨基酸残基;DQBcDNA长度为1103bp,编码262个氨基酸残基。结论和其他已报道的小型猪比较,本研究克隆的序列无论在核苷酸还是氨基酸水平上都与之存在差异,由此确定这是BMI-133的两个特有的新等位基因。另外,通过与人的相应序列对比发现,BMI-133与人类相应基因相比具有较高的同源性。随着研究的深入,BMI-133家系极有可能成为供异种器官移植的专用近交系猪群。 展开更多
关键词 版纳微型猪 近交系 主要组织相容性复合物 sla—DQ基因
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猪SLA-Ⅱ类基因的研究概况 被引量：3
3
作者 潘伟荣 张清政 +3 位作者 霍金龙 查星琴 牛自兵 曾养志 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期759-763,共5页
猪主要组织相容性复合体又称SLA,即为猪白细胞抗原,其编码基因位于猪的第7号染色体上,是一组紧密连锁、高度多态的基因群,包括多个不同位点,是编码移植抗原,控制免疫细胞各亚群间协同作用的一个基因复合体。它不仅与移植排斥有关,而且... 猪主要组织相容性复合体又称SLA,即为猪白细胞抗原,其编码基因位于猪的第7号染色体上,是一组紧密连锁、高度多态的基因群,包括多个不同位点,是编码移植抗原,控制免疫细胞各亚群间协同作用的一个基因复合体。它不仅与移植排斥有关,而且广泛参与免疫应答的诱导和调节,在遗传、进化、行为、保护及生态等方面都具有重要的科学意义。就SLA-Ⅱ类区域基因目前的研究现状,对它的位置、分类、功能、多态、表达及应用等方面进行了系统阐述。 展开更多
关键词 猪 MHC sla 移植排斥 免疫应答 sla-Ⅱ类基因
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猪5个群体SLA微卫星遗传多样性 被引量：1
4
作者 于辉 刘荣辉 +3 位作者 李华 左启祯 李岩 吴珍芳 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期1427-1433,共7页
文章旨在比较广东地方猪、华南野猪(S.s.chirodontus)和引入品种白细胞抗原复合体(Swine leukocyteantigen complex,SLA)的遗传多样性,为猪的抗病选育提供理论依据。在SLA区域内选取18个多态性丰富的微卫星(SLA-MS),分别对皮特兰、杜洛... 文章旨在比较广东地方猪、华南野猪(S.s.chirodontus)和引入品种白细胞抗原复合体(Swine leukocyteantigen complex,SLA)的遗传多样性,为猪的抗病选育提供理论依据。在SLA区域内选取18个多态性丰富的微卫星(SLA-MS),分别对皮特兰、杜洛克、大花白、蓝塘猪以及华南野猪进行遗传分型。结果表明,SLA不同区域平均遗传多样性高低依次为SLAⅡ(He=0.628,PIC=0.581)>SLAⅠ(He=0.530,PIC=0.474)>SLAⅢ(He=0.526,PIC=0.458);5个群体间分子多样性指数(MDI)依次为华南野猪(0.716)>蓝塘猪(0.614)>大花白(0.559)>皮特兰(0.550)>杜洛克(0.507)。总体看来,SLA-MS的遗传多样性高低依次为华南野猪>广东地方猪>引入品种。基于Garza-Williamson指数(GWI)分析,杜洛克和大花白相较于华南野猪瓶颈效应严重;遗传距离分析表明蓝塘猪和华南野猪首先聚为一类,然后与大花白聚为一大类,而皮特兰和杜洛克则单独聚为一支。文章为广东地方猪种质资源的保护、抗病选育和配套系的生产提供了理论基础。 展开更多
关键词 猪白细胞抗原复合体 微卫星 遗传多样性
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湖南大围子猪SLA-DR基因克隆及其生物信息学分析 被引量：5
5
作者 王燕 邢晓为 +3 位作者 薛立群 黄生强 吴晓丽 王维 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第9期770-773,共4页
目的:研究湖南大围子猪SLA-DR基因特性,评价该猪种在异种器官移植中是否具有应用前景。方法:应用RT-PCR扩增大围子猪SLA-DRA和SLA-DRB基因,插入pUCM-T载体,双向测序,用NCBI中的BLAST和ExPASY软件进行生物信息学分析。结果:大围子猪SLA-... 目的:研究湖南大围子猪SLA-DR基因特性,评价该猪种在异种器官移植中是否具有应用前景。方法:应用RT-PCR扩增大围子猪SLA-DRA和SLA-DRB基因,插入pUCM-T载体,双向测序,用NCBI中的BLAST和ExPASY软件进行生物信息学分析。结果:大围子猪SLA-DRA和SLA-DRB基因扩增片段大小分别为1177bp和909bp,均包含完整的开放阅读框,分别编码252和266个氨基酸残基。生物信息学分析结果表明,大围子猪SLA-DRA和SLA-DRB与人类相应的DRA、DRB相比,氨基酸同源性分别为82%和73%。SLADRα链与人CD4分子结合部位介于第124至136位氨基酸,大围子猪SLA-DRA在该结合区域与人类相应的DRA存在两个氨基酸差异,即:第127位(lle→Val),第136位(Ser→Thr);SLADRβ链与人CD4分子结合部位位于第134至148位氨基酸,大围子猪SLA-DRB在该结合区域与人类相应的DRB相比氨基酸序列完全相同。与国际GenBank已登录的许多猪种相比,SLA-DRA基因同源性高达100%,而SLA-DRB基因在各猪种之间具有很高的多态性。结论:克隆湖南大围子猪SLA-DRA和SLA-DRB基因,该基因与人类相应的HLA-DRA和HLA-DRB基因高度同源,提示该猪种有望作为异种移植的候选供体。 展开更多
关键词 sla-DR基因 湖南大围子猪 基因克隆 异种移植
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实验用SPF大白猪和长白猪SLAⅡ类基因多态性研究 被引量：3
6
作者 江新杰 权金强 +4 位作者 李昌文 路小野 陈洪岩 杨春文 高彩霞 《中国实验动物学报》 CSCD 北大核心 2017年第4期404-413,共10页
目的研究实验用SPF大白猪和长白猪SLA II类基因的多态性。方法分别采集15头SPF大白猪和22头长白猪抗凝血,分离外周血淋巴细胞,提取总RNA,反转录后RT-PCR扩增DQB1、DRB1和DQA基因并进行测序,分析获得的SLA II类等位基因序列多态性。结果 ... 目的研究实验用SPF大白猪和长白猪SLA II类基因的多态性。方法分别采集15头SPF大白猪和22头长白猪抗凝血,分离外周血淋巴细胞,提取总RNA,反转录后RT-PCR扩增DQB1、DRB1和DQA基因并进行测序,分析获得的SLA II类等位基因序列多态性。结果 3个基因共获得25个等位基因,包括8个DQB1,10个DRB1和7个DQA,全部获得ISAG SLA命名委员会的官方命名,其中3个等位基因首次提交完整序列,命名为DQB1*02:12(KU754590)、DQB1*02:03(KU754591)和DRB1*06:07(KU754601),3个DQA等位基因为新发现等位基因。SPF大白猪和长白猪DQB1等位基因与外源性抗原结合的15个氨基酸中,共有5个氨基酸具有高度保守性;DRB1等位基因的16个外源性抗原识别位点中,仅1个位点高度保守;DQA等位基因19个抗原结合位点中,有11个高度保守。SLA II类基因氨基酸序列分子进化树表明,3个基因分别聚为两大类,与国外Yucatan小型猪具有较近的亲缘关系,而与其他猪种未表现明显遗传距离相隔。结论成功鉴定了大白猪和长白猪的25个SLA II类等位基因,发现其具有较为丰富的多态性,所获得SLA II类等位基因在其他品种猪也广泛分布,具有多样性,这一研究结果对大白猪和长白猪发展为经典实验动物模型具有重要作用。 展开更多
关键词 猪白细胞抗原 SPF大白猪 SPF长白猪 sla II类等位基因 多态性
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GGTA1^(-/-)五指山小型猪SLAI类基因分子特征及与HLA相似性分析
7
作者 蒋应弟 曾国敏 +4 位作者 石宁宁 李西睿 纪慧丽 潘登科 滚双宝 《中国实验动物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期375-380,共6页
目的明晰α-1,3半乳糖基转移酶基因敲除(GGTA1-/-)的五指山小型猪SLA经典I类基因分子结构特征及其与人HLA的相似性,对研究异种器官移植细胞性排斥反应具有重要意义。方法采集6头祖代GGTA1-/-五指山小型猪耳组织,利用RT-PCR对SLA I类基因... 目的明晰α-1,3半乳糖基转移酶基因敲除(GGTA1-/-)的五指山小型猪SLA经典I类基因分子结构特征及其与人HLA的相似性,对研究异种器官移植细胞性排斥反应具有重要意义。方法采集6头祖代GGTA1-/-五指山小型猪耳组织,利用RT-PCR对SLA I类基因(SLA-1、SLA-3、SLA-2)扩增、克隆及测序,对序列进行BLAST分析,并采用生物信息学方法对SLA I类基因分子结构特征及其与人HLA的同源性进行分析。结果测序分析表明,共获得6条等位基因序列,其中4条为已公布的等位基因(SLA-1*0703、SLA-2*1102、SLA-3*0401、SLA-3*0403),另2条为新等位基因(SLA-1*0401wz01、SLA-2*11wz01)。五指山小型猪与人HLA同源性为70.5%~72.1%。SLA-1*0401wz01、SLA-1*0703、SLA-2*11wz01、SLA-2*1102和SLA-3*0401的CD8+分子识别的关键结合域与人HLA氨基酸序列比对,均仅在位点225、228处发生了突变(T→S、T→M),其他位点高度保守。SLA-2*11wz01和SLA-2*1102与人HLA I类基因NK细胞抑制性受体(killer inhibitory receptor,KIR)结合区氨基酸同源性较高,在NKTA-1亚型结合域内仅有1个氨基酸差异,而在NKTA-2和NKTA-3亚型结合域内有2个氨基酸差异。结论从免疫细胞介导的异种排斥反应角度出发,GGTA1-/-五指山小型猪SLA I类基因氨基酸序列与人HLA高度相似,可作为未来猪-人异种器官移植的良好供体之一。 展开更多
关键词 GGTA1-/- 五指山小型猪 sla 异种移植 免疫排斥
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中国猪种DQA新等位基因的克隆和分析 被引量：11
8
作者 陈福祥 谢晋 +2 位作者 张勇 沈佰华 周光炎 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第2期111-116,共6页
目的 :克隆和序列分析中国猪种DQA基因cDNA ,为猪异种器官移植的免疫识别机理的研究提供基础。方法 :采用RT PCR方法扩增广西巴马猪 (GXP)、贵州香猪 (GZP)及云南小耳猪 (YNP)DQA基因cDNA ,克隆入测序载体 ,然后进行测序及其序列分析。... 目的 :克隆和序列分析中国猪种DQA基因cDNA ,为猪异种器官移植的免疫识别机理的研究提供基础。方法 :采用RT PCR方法扩增广西巴马猪 (GXP)、贵州香猪 (GZP)及云南小耳猪 (YNP)DQA基因cDNA ,克隆入测序载体 ,然后进行测序及其序列分析。结果 :获得具有阅读框架的 3个结构和已有序列不同的DQA新等位基因 (GXPDQA、GZPDQA和YNPDQA) ,基因序列号分别为AY10 2 4 73,AY10 2 4 74和AY10 2 4 75 ,其长度分别为 76 5、76 8和 76 8个核苷酸 ,除末端终止密码外 ,分别编码2 5 4、2 5 5和 2 5 5个氨基酸残基。结论 :发现了 3个猪DQA新等位基因 ,同时发现中国猪种DQA基因及其推导的氨基酸与人相应基因的同源性明显高于小鼠。 展开更多
关键词 猪白细胞抗原DQA 主要组织相容性复合体 异种移植
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甘肃合作猪白细胞抗原经典Ⅱ类分子DR基因克隆及生物信息学分析 被引量：5
9
作者 莫斯科 房永祥 +1 位作者 冯海燕 景志忠 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第11期1662-1668,共7页
为了克隆甘肃合作猪白细胞抗原(SLA)DRA和DRB基因,分析SLA-DR基因特性和抗原多态性,首次研究了甘肃合作猪在异种移植等研究领域中的应用前景。应用RT-PCR分别扩增合作猪SLA-DRA和SLA-DRB基因并进行测序,将所获得基因序列登录GenBank(登... 为了克隆甘肃合作猪白细胞抗原(SLA)DRA和DRB基因,分析SLA-DR基因特性和抗原多态性,首次研究了甘肃合作猪在异种移植等研究领域中的应用前景。应用RT-PCR分别扩增合作猪SLA-DRA和SLA-DRB基因并进行测序,将所获得基因序列登录GenBank(登录号分别为FJ905823和FJ9058258),再用NCBI中的BLAST和ExPASy等相关软件进行生物信息学分析。发现在猪-人异种移植中,近亲繁殖的合作猪种在与人类主要组织相容性复合体遗传基因水平相似性方面有一定优势,也可作为备选猪种对相关基因进行必要的修饰和改造。 展开更多
关键词 猪白细胞抗原 合作猪 RT-PCR 生物信息学
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猪肾上皮细胞SLA-1基因的克隆及分子结构特征分析
10
作者 王宝宝 金行 +2 位作者 鲜钰涵 冯宏盛 高凤山 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2022年第5期1671-1678,共8页
【目的】利用猪肾上皮细胞15(PK15)建立系统的猪白细胞抗原1(SLA-1)抗原表位筛选系统。【方法】提取PK15细胞总RNA,设计特异性引物,应用RT-PCR方法扩增SLA-1基因(SLA-1*PK15),将该基因克隆到pMD18-T载体上,并进行双酶切及测序鉴定;利用D... 【目的】利用猪肾上皮细胞15(PK15)建立系统的猪白细胞抗原1(SLA-1)抗原表位筛选系统。【方法】提取PK15细胞总RNA,设计特异性引物,应用RT-PCR方法扩增SLA-1基因(SLA-1*PK15),将该基因克隆到pMD18-T载体上,并进行双酶切及测序鉴定;利用DNAMAN 5.2.2、Mega 5.0、Multalin及同源建模进行系统进化树、二级结构、三级结构分析。【结果】RT-PCR扩增获得约1400 bp条带,质粒提取和酶切鉴定结果表明SLA-1成功插入pMD18-T载体;测序结果证实该基因共1419 bp,其中2-1087 bp为编码区,共编码361个氨基酸,信号肽为21个氨基酸,符合SLA-1基因特征。进化树分析结果显示,SLA-1*PK15与SLA-1*wxd(中国梅山猪)和SLA-1*0401(中国巴马小型猪)进化关系最近,而与SLA-1*lr02(丹麦长白猪)及SLA-1*0509(中国西藏野猪)进化关系较远。胞外区氨基酸比较分析表明,PK15细胞SLA-1基因与其他SLA-1基因胞外区主要变异位点存在于α1区和α2区,α3区的变异位点较少,无特征性氨基酸变异位点。PK15细胞SLA-1蛋白的二级结构主要以α-螺旋和β-折叠为主。同源建模结果显示,SLA-1蛋白具有SLA classⅠ典型的三级结构,α1区和α2区构成抗原多肽结合区。【结论】SLA-1基因稳定存在于PK15细胞,PK15细胞具有作为SLA-1抗原表位筛选系统的潜在应用价值。 展开更多
关键词 猪肾上皮细胞15(PK15) 猪白细胞抗原1(sla-1) 克隆 生物信息学分析 同源模建
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