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目标起始密码子多态性(SCoT)分子标记技术在花生属中的应用 被引量：77
1
作者 熊发前 蒋菁 +5 位作者 钟瑞春 韩柱强 贺梁琼 李忠 庄伟建 唐荣华 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第12期2055-2061,共7页
花生属分子标记领域的研究远落后于其他物种,而栽培种花生因其遗传基础狭窄,用大多数分子标记技术都难以检测到丰富的分子标记,因此限制了花生属野生种在改良花生栽培种方面的利用以及建立花生分子标记辅助育种技术体系。本文分别对花生... 花生属分子标记领域的研究远落后于其他物种,而栽培种花生因其遗传基础狭窄,用大多数分子标记技术都难以检测到丰富的分子标记,因此限制了花生属野生种在改良花生栽培种方面的利用以及建立花生分子标记辅助育种技术体系。本文分别对花生属4个区组的16份种质资源和8份花生栽培种资源采用与功能基因相关的SCoT分子标记技术研究了花生属种间和栽培种内遗传多样性和亲缘关系。23条SCoT引物在花生属试材基因组中的扩增位点共194个,其中多态性位点130个,多态性达67.01%,通过聚类分析研究了它们之间的亲缘关系;在栽培种内筛选出19条多态性引物,在8份试材基因组中扩增位点198个,其中多态性位点67个,多态性为33.84%,表明SCoT分子标记技术能在花生栽培种内检测出一定程度的DNA多态性。 展开更多
关键词 花生 目标起始密码子多态性 分子标记 遗传多样性
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多倍体枇杷SCoT分析体系的建立与优化 被引量：33
2
作者 韩国辉 汪卫星 +5 位作者 向素琼 边禹 郭启高 何桥 李晓林 梁国鲁 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期433-437,共5页
以软条白沙枇杷三倍体株系为试材,采用L25(56)正交设计方法,对影响枇杷SCoT-PCR反应的Mg2+、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶及模板DNA用量等因素进行优化筛选,并对最适退火温度进行了探讨。建立了适于不同倍性枇杷分析的SCoT-PCR扩增体系,... 以软条白沙枇杷三倍体株系为试材,采用L25(56)正交设计方法,对影响枇杷SCoT-PCR反应的Mg2+、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶及模板DNA用量等因素进行优化筛选,并对最适退火温度进行了探讨。建立了适于不同倍性枇杷分析的SCoT-PCR扩增体系,即20μL的优化体系中含有:Mg2+1.5 mmol·L-1,dNTPs 0.35 mmol·L-1,引物0.5μmol·L-1,Taq酶0.5 U,模板DNA 50 ng。引物最适退火温度为51.8℃。应用优化的反应体系,对32个SCoT引物和3个枇杷品种(泸州六号:2x,3x,4x,5x;龙泉1号:2x,3x,4x;早红3号:2x,3x,4x)的10个不同倍性株系进行扩增,获得了条带清晰,稳定可靠的电泳结果。 展开更多
关键词 枇杷 多倍体 目标起始密码子多态性 正交优化
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SCoT分子标记在植物研究中的应用进展 被引量：57
3
作者 龙治坚 范理璋 +2 位作者 徐刚 胡尚连 韩国辉 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期336-343,共8页
SCo T是一种新型的目的基因分子标记,该标记不仅能获得与性状联系紧密的目的基因,而且能对性状进行跟踪,已被广泛应用于多种植物的研究。本文概述了SCo T标记的原理、引物设计方法及特点,并从PCR反应体系建立与优化、种质资源遗传多样... SCo T是一种新型的目的基因分子标记,该标记不仅能获得与性状联系紧密的目的基因,而且能对性状进行跟踪,已被广泛应用于多种植物的研究。本文概述了SCo T标记的原理、引物设计方法及特点,并从PCR反应体系建立与优化、种质资源遗传多样性与亲缘关系分析、种质鉴定与指纹图谱构建、基因差异表达与分子遗传连锁图谱构建等方面总结了SCo T标记的应用进展。同时,对其存在的问题进行了讨论,并展望了该标记的发展应用前景。 展开更多
关键词 scot 种质鉴定 遗传多样性 图谱构建 基因差异表达
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贵州桃种质资源遗传多样性的SCoT分析 被引量：14
4
作者 陈红 杨鑫 安华明 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第8期1559-1564,共6页
应用SCoT分子标记技术对71份贵州桃种质进行遗传多样性分析,以期从分子水平上揭示其遗传多样性及资源间的遗传关系,为科学保存与利用贵州桃种质资源提供依据。结果表明：（1）16条引物共检测出192个位点,其中多态性位点数156个,多态性... 应用SCoT分子标记技术对71份贵州桃种质进行遗传多样性分析,以期从分子水平上揭示其遗传多样性及资源间的遗传关系,为科学保存与利用贵州桃种质资源提供依据。结果表明：（1）16条引物共检测出192个位点,其中多态性位点数156个,多态性比例为81.25%,平均每条引物扩增位点为12个;供试材料Nei’s遗传多样性指数（H）为0.265 0±0.186 1,Shannon’s信息指数（I）为0.400 3±0.254 3,遗传相似系数变幅为0.400 0-0.852 5。（2）UPGMA聚类分析显示,在相似系数0.65处可将71份桃资源分成6类,其中2份白花桃资源、2份血桃资源、2份青桃资源分别为同名异物。研究认为贵州桃种质具有较丰富的遗传多样性,采用该分子标记技术区分了同名异物的桃资源。 展开更多
关键词 桃 遗传多样性 亲缘关系 目标起始密码子多态性(scot)
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基于SCoT标记的陕西茶树种质资源遗传多样性分析 被引量：7
5
作者 王令 李佼 +4 位作者 席彦军 吴军舰 郭明星 李秀峰 张羽 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期244-252,共9页
为了明确陕西省本地群体种茶树种质资源的遗传多样性,为茶树育种提供依据。采用正交设计和单因素分析方法,对茶树SCoT-PCR体系进行优化。结果表明:20μL最佳反应体系为Mg2+2.5mmol/L,Taq酶0.75U,引物0.7μmol/L,dNTPs 0.25mmol/L,模板DN... 为了明确陕西省本地群体种茶树种质资源的遗传多样性,为茶树育种提供依据。采用正交设计和单因素分析方法,对茶树SCoT-PCR体系进行优化。结果表明:20μL最佳反应体系为Mg2+2.5mmol/L,Taq酶0.75U,引物0.7μmol/L,dNTPs 0.25mmol/L,模板DNA 30ng。利用该体系对22份陕南茶树地方品种材料进行分析,扩增条带多且清晰,22条引物共检测出241个等位位点,其中多态性位点228个,多态性比率为94.6%,位点的PIC值为0.57~0.92。供试材料之间的遗传相似系数为0.58~0.89,平均值达到0.72。基于SCoT标记的聚类与茶树叶片形态有很大的相关性。研究表明茶树SCoT体系结果稳定,重复性好,为后续研究茶树资源遗传多样性提供技术支撑。 展开更多
关键词 茶树 scot标记 遗传多样性
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甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系优化与引物筛选 被引量：3
6
作者 徐刚红 姜子德 +2 位作者 沈万宽 罗明珠 饶得花 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期33-39,共7页
以甘蔗黑穗病菌(Sporisorium scitamineum)交配型菌株基因组DNA为模板,在单因素优化试验的基础上,采用L16(45)正交试验设计,对影响甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系的Mg2+、dNTPs、引物、r Taq DNA聚合酶和模板用量5个因素进行优化,建立优... 以甘蔗黑穗病菌(Sporisorium scitamineum)交配型菌株基因组DNA为模板,在单因素优化试验的基础上,采用L16(45)正交试验设计,对影响甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系的Mg2+、dNTPs、引物、r Taq DNA聚合酶和模板用量5个因素进行优化,建立优化的甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系:DNA模板12.50ng、dNTPs 0.17mmol/L、引物0.46μmol/L、Mg2+1.7 mmol/L、r Taq DNA聚合酶0.85U、1×Buffer(Mg2+free),总体积25μL。应用优化体系从30条SCoT引物中筛选扩增条带清晰且多态性丰富的10条引物,并利用这10条引物对10份地理来源和寄主来源不同的甘蔗黑穗病菌交配型菌株基因组DNA进行SCoT标记,结果共扩增出86条带,多态性比率为58.67%,平均每条引物扩增8.60条。UPGMA聚类分析结果表明:在遗传相似系数为0.75的水平上,可将10个菌株分为3类,聚类结果与菌株的地理来源有一定的相关性。 展开更多
关键词 甘蔗黑穗病菌 scot标记 体系优化 UPGMA聚类分析
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地黄SCoT分子标记体系的建立和指纹图谱的构建 被引量：19
7
作者 杨珂 周延清 +1 位作者 段红英 郭萌萌 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期608-614,共7页
该研究采用L_(25)(5~6)正交设计和单因素两种方法,对影响地黄SCoT-PCR反应的5个因素(模板DNA浓度,引物浓度,ddH_2O和Mix的用量以及退火温度)进行了优化。结果表明:优化后的反应体系总体积为25μL,含有8μL ddH_2O,1μL模板DNA(80 ng... 该研究采用L_(25)(5~6)正交设计和单因素两种方法,对影响地黄SCoT-PCR反应的5个因素(模板DNA浓度,引物浓度,ddH_2O和Mix的用量以及退火温度)进行了优化。结果表明:优化后的反应体系总体积为25μL,含有8μL ddH_2O,1μL模板DNA(80 ng·μL^(-1)),1μL引物(8μmol·L^(-1))和15μL Mix,退火温度为45℃。运用30份地黄种质材料,对优化的SCoT-PCR正交体系进行多次重复验证,获得了多态性丰富、条带清晰的扩增图谱,证明该反应体系稳定可靠。利用该体系对32条SCoT引物进行两次筛选,得到14个扩增产物清晰、重复性好且多态性条带相对较高的引物。利用SCoT_4等5条引物构建了上述地黄2个种共30份种质的SCoT指纹图谱。利用这5个SCoT引物指纹图谱可将7个地黄常用栽培品种区分开。这表明SCoT分子标记体系适用于地黄主要品种亲缘关系及遗传多样性的研究,所构建的指纹图谱也为地黄常见的7个栽培品种的区分提供参考依据。 展开更多
关键词 目标起始密码子多态性(scot) 单因素试验 正交设计 引物筛选 品种鉴定
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一个花生新SSR标记的开发
8
作者 尹亮 许梦琦 +4 位作者 任艳 石延茂 王辉 李双铃 袁美 《山东农业科学》 2014年第11期8-11,14,共5页
本研究利用SCoT12引物对8个不同花生品种扩增产物中的一个长度多态性片段SCoT12-800进行克隆和测序分析,该序列登录号为KM200036。结果表明,该片段多态性是由于其含有一段TC简单重复序列（Simple Sequence Repeat,SSR）,根据该片段序列... 本研究利用SCoT12引物对8个不同花生品种扩增产物中的一个长度多态性片段SCoT12-800进行克隆和测序分析,该序列登录号为KM200036。结果表明,该片段多态性是由于其含有一段TC简单重复序列（Simple Sequence Repeat,SSR）,根据该片段序列,利用Primer 5.0软件设计出一对适合SSR分子标记检测的引物,命名为SCoT12-SSR,该引物的扩增产物大小为164-178 bp,在花生栽培种中可检测到5个等位变异,可用于花生的遗传多样性、品种鉴定、基因定位和遗传图谱的构建等研究。 展开更多
关键词 花生 分子标记 scot SSR
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金线莲资源遗传多样性分析及耐热性评价 被引量：2
9
作者 李和平 张树河 +2 位作者 林江波 邹晖 戴艺民 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2023年第12期2498-2505,共8页
金线莲(Anoectochilus roburghii)是具有极高经济价值的珍稀濒危兰科药用植物,高温是制约其广泛生产栽培的首要限制因子,选育耐热品种是抵御高温热害最经济有效的措施之一。本研究利用目标起始密码子多态性(SCoT)分子标记技术对24份金... 金线莲(Anoectochilus roburghii)是具有极高经济价值的珍稀濒危兰科药用植物,高温是制约其广泛生产栽培的首要限制因子,选育耐热品种是抵御高温热害最经济有效的措施之一。本研究利用目标起始密码子多态性(SCoT)分子标记技术对24份金线莲种质资源进行遗传多样性分析,并利用多元统计分析的方法对其中20份样本进行耐热性评价。遗传多样性分析结果显示:在遗传系数0.602水平上,可以把金线莲种质分成I和II两大类,I类分成A和B两个亚群,台湾金线莲(TJ)与其他资源遗传距离较远,单独归为II类;A亚群中除了W来源于云南,其他均为福建西北部收集的资源;B亚群主要来自闽南地区和广西。通过对20份金线莲资源5个生理参数测定,发现热处理后叶绿素含量和SOD活性明显下降,相对电导率明显升高,而丙二醛和可溶性蛋白含量热处理后各资源表现不一。利用多元统计分析方法进行耐热性初步评价,结果显示,TL、L1、A20、GZ1等4份资源较为耐热,TJ、HX、L、M、A21等5份资源不耐热。 展开更多
关键词 金线莲 scot 遗传多样性 耐热性
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