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利用最小二乘法判断同位素标记肽的假阳性
1
作者
宋培明
张扬
+4 位作者
颜志国
骆建华
刘银坤
杨芃原
陈先
《上海交通大学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2009年第1期15-18,24,共5页
提出了1种判别标记肽假阳性的方法,根据同位素分布的概率原理计算出不同标记效率下的理论同位素分布,利用最小二乘法拟合得到标记肽的标记效率,根据标记肽的假阳性阈值来判断标记肽的假阳性,并使用本方法判断了比较蛋白质组试验中的3个...
提出了1种判别标记肽假阳性的方法,根据同位素分布的概率原理计算出不同标记效率下的理论同位素分布,利用最小二乘法拟合得到标记肽的标记效率,根据标记肽的假阳性阈值来判断标记肽的假阳性,并使用本方法判断了比较蛋白质组试验中的3个标记肽.结果表明,在这3个标记肽中有2个阳性标记肽结果,1个假阳性标记肽,说明此方法简单可靠,可用于判定标记肽的假阳性,衡量标记肽和正常肽之间的相似性,判断质谱峰型的变化,排除标记肽假阳性对蛋白质定量的影响.
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关键词
最小二乘法
同位素分布
比较蛋白质组
氨基酸同位素标记定量
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职称材料
稳定同位素标记氨基酸细胞培养联合质谱绝对定量技术在5、7、55型腺病毒鉴定中的应用
2
作者
朱文清
李恒
+1 位作者
张妍
徐忠伟
《化学世界》
CAS
2023年第6期445-452,共8页
利用稳定同位素标记肽段的质谱绝对定量(AQUA)技术,实现了对5、7和55型人腺病毒的准确鉴定。采用细胞培养条件下稳定同位素代谢标记(SILAC)技术培养细胞至大肠杆菌生长至对数生长期,1 mmol/L异丙基硫代-β-D-半乳糖苷(IPTG)低温诱导蛋...
利用稳定同位素标记肽段的质谱绝对定量(AQUA)技术,实现了对5、7和55型人腺病毒的准确鉴定。采用细胞培养条件下稳定同位素代谢标记(SILAC)技术培养细胞至大肠杆菌生长至对数生长期,1 mmol/L异丙基硫代-β-D-半乳糖苷(IPTG)低温诱导蛋白表达,提取并利用谷胱甘肽S转移酶(GST)纯化富集相应标记的腺病毒六邻体蛋白。通过胶消化分别消化三种不同标记策略(非标记、中度标记和重度标记)的纯化蛋白,消化肽段等量混合脱盐后经纳流液相色谱-串联质谱(Nano HPLC-MS/MS)进行定量蛋白分析。通过SILAC实现大肠杆菌的完整代谢标记,诱导表达腺病毒六邻体蛋白,通过AQUA技术实现对非标记、中度标记、重度标记六邻体蛋白标志性肽段鉴定。成功实现SILAC三种不同标记策略条件下大肠杆菌中5、7、55型人腺病毒六邻体蛋白的完整标记,为5、7、55型人腺病毒感染的快速分型检测提供了新的鉴定策略。
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关键词
人腺病毒
质谱绝对定量技术
稳定同位素标记氨基酸细胞培养技术
病原体检测
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职称材料
题名
利用最小二乘法判断同位素标记肽的假阳性
1
作者
宋培明
张扬
颜志国
骆建华
刘银坤
杨芃原
陈先
机构
上海交通大学生命科学技术学院
复旦大学生物医学研究院
出处
《上海交通大学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2009年第1期15-18,24,共5页
基金
上海市科委国际合作项目(06SR07109)
国家(“十五”)科技攻关项目资助(2002BAC11A11,2004BA711A19)
+1 种基金
国家自然科学基金资助项目(20328508,30670574)
国家高科技研究发展计划(863)项目资助(2006AA020805)
文摘
提出了1种判别标记肽假阳性的方法,根据同位素分布的概率原理计算出不同标记效率下的理论同位素分布,利用最小二乘法拟合得到标记肽的标记效率,根据标记肽的假阳性阈值来判断标记肽的假阳性,并使用本方法判断了比较蛋白质组试验中的3个标记肽.结果表明,在这3个标记肽中有2个阳性标记肽结果,1个假阳性标记肽,说明此方法简单可靠,可用于判定标记肽的假阳性,衡量标记肽和正常肽之间的相似性,判断质谱峰型的变化,排除标记肽假阳性对蛋白质定量的影响.
关键词
最小二乘法
同位素分布
比较蛋白质组
氨基酸同位素标记定量
Keywords
least-square method
isotope distribution
comparative proteomies
stable isotope
labeling
with
amino
acids
in
cell
culture
（
silac
）
分类号
Q657.63 [生物学—生物物理学]
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职称材料
题名
稳定同位素标记氨基酸细胞培养联合质谱绝对定量技术在5、7、55型腺病毒鉴定中的应用
2
作者
朱文清
李恒
张妍
徐忠伟
机构
武警部队后勤学院卫生勤务系
出处
《化学世界》
CAS
2023年第6期445-452,共8页
基金
国家自然科学基金(No.81673651)
武警部队自主科研研究(No.ZZKY20222308)
武警部队后勤学院基础研究(Nos.WHJ201906,WHJ202012)资助项目。
文摘
利用稳定同位素标记肽段的质谱绝对定量(AQUA)技术,实现了对5、7和55型人腺病毒的准确鉴定。采用细胞培养条件下稳定同位素代谢标记(SILAC)技术培养细胞至大肠杆菌生长至对数生长期,1 mmol/L异丙基硫代-β-D-半乳糖苷(IPTG)低温诱导蛋白表达,提取并利用谷胱甘肽S转移酶(GST)纯化富集相应标记的腺病毒六邻体蛋白。通过胶消化分别消化三种不同标记策略(非标记、中度标记和重度标记)的纯化蛋白,消化肽段等量混合脱盐后经纳流液相色谱-串联质谱(Nano HPLC-MS/MS)进行定量蛋白分析。通过SILAC实现大肠杆菌的完整代谢标记,诱导表达腺病毒六邻体蛋白,通过AQUA技术实现对非标记、中度标记、重度标记六邻体蛋白标志性肽段鉴定。成功实现SILAC三种不同标记策略条件下大肠杆菌中5、7、55型人腺病毒六邻体蛋白的完整标记,为5、7、55型人腺病毒感染的快速分型检测提供了新的鉴定策略。
关键词
人腺病毒
质谱绝对定量技术
稳定同位素标记氨基酸细胞培养技术
病原体检测
Keywords
human adenovirus(HAdV)
absolute quantification(AQUA)
stable-isotope
labeling
by
amino
acids
in
cell
culture
(
silac
)
pathogen detection
分类号
Q816 [生物学—生物工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
利用最小二乘法判断同位素标记肽的假阳性
宋培明
张扬
颜志国
骆建华
刘银坤
杨芃原
陈先
《上海交通大学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2009
0
在线阅读
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职称材料
2
稳定同位素标记氨基酸细胞培养联合质谱绝对定量技术在5、7、55型腺病毒鉴定中的应用
朱文清
李恒
张妍
徐忠伟
《化学世界》
CAS
2023
0
在线阅读
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职称材料
已选择
0
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引证文献
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