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空间转录组技术在植物研究中的应用及前景
1
作者
梅曼
王晨璨
+3 位作者
蔺宏霞
张玉倩
丁文静
赵媛媛
《植物研究》
北大核心
2025年第1期3-14,共12页
空间转录组(spatial transcriptomics,ST)是一种用于从空间层面上解析RNA-seq数据的技术,利用该技术解析单个组织切片中的所有mRNA。空间条形码逆转录oligo(dT)引物在显微镜载玻片表面的有序附着,使得在mRNA样品处理和后续测序过程中编...
空间转录组(spatial transcriptomics,ST)是一种用于从空间层面上解析RNA-seq数据的技术,利用该技术解析单个组织切片中的所有mRNA。空间条形码逆转录oligo(dT)引物在显微镜载玻片表面的有序附着,使得在mRNA样品处理和后续测序过程中编码和获取位置信息成为可能。与传统的转录组技术相比,空间转录组技术能获得细胞在组织原位环境下真实的基因表达特征,以及与微环境的关系,为基因表达提供高精度、高分辨率原位的空间信息。近年来,空间转录组技术取得了重要进展,检测的细胞通量、转录本数量和质量不断提高,空间定位信息更加准确全面,并已在拟南芥(Arabidopsis thaliana)、水稻(Oryza sativa)、杨树(Populus)等植物中展开研究。该文阐述了空间转录组技术在植物动态发育轨迹、不同组织和细胞类型差异分析、解码植物与微生物群相互作用等研究中的成功应用,讨论了空间转录组测序在植物组织原位测序中存在的问题和挑战,揭示了其在植物研究中的巨大潜力,为相关领域的进一步研究和应用提供了新的视角。
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关键词
空间转录组技术
空间分布模式
发育谱系
细胞类型鉴定
细胞间相互作用
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职称材料
海南省体育旅游空间优化及其发展模式
被引量:
16
2
作者
姜付高
曹莉
《山东体育学院学报》
CSSCI
北大核心
2017年第3期15-18,共4页
海南是我国首个全域旅游创建省,旅游资源丰富,生态环境优越,资源导向型体育旅游发展特征明显。运用文献资料法、案例分析法,梳理海南体育旅游资源,确立体育旅游发展原则,优化海南体育旅游空间布局,明晰体育旅游发展模式,为我国滨海体育...
海南是我国首个全域旅游创建省,旅游资源丰富,生态环境优越,资源导向型体育旅游发展特征明显。运用文献资料法、案例分析法,梳理海南体育旅游资源,确立体育旅游发展原则,优化海南体育旅游空间布局,明晰体育旅游发展模式,为我国滨海体育旅游发展提供参考。
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关键词
海南省
体育旅游
空间优化
发展模式
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职称材料
桥山林区麻栎种群不同发育阶段空间格局及关联性
被引量:
22
3
作者
薛文艳
杨斌
+1 位作者
张文辉
于世川
《生态学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第10期3375-3384,共10页
为探究麻栎种群不同发育阶段的空间分布特征及关联性,以黄土高原南部桥山林区麻栎天然次生林为研究对象,用L(r)函数对麻栎种群不同发育阶段空间分布特征及关联性进行分析。结果表明:(1)样地内麻栎种群各发育阶段数量结构均为不规则倒&qu...
为探究麻栎种群不同发育阶段的空间分布特征及关联性,以黄土高原南部桥山林区麻栎天然次生林为研究对象,用L(r)函数对麻栎种群不同发育阶段空间分布特征及关联性进行分析。结果表明:(1)样地内麻栎种群各发育阶段数量结构均为不规则倒"J"型,种群结构稳定,能实现持续更新。(2)麻栎种群总体的空间分布特征受生境异质性影响较大,纯林样地中,种群在0—10 m尺度上表现为高强度聚集分布,5—35 m尺度表现为低强度聚集;混交林样地中,0—5 m尺度上表现为高强度聚集分布,5—35 m尺度上则表现为低强度聚集分布。(3)随着种群的发育及尺度的增大,麻栎种群空间聚集强度减弱,纯林样地内,麻栎幼苗在0—6 m的小尺度表现为聚集分布,6—12 m尺度上表现为随机分布;幼树在各尺度上均表现为聚集分布;中龄树与成龄树在各尺度上均表现为随机分布。混交林样地中,仅幼苗在0—6 m尺度上表现为聚集分布,其余各阶段在各尺度下均趋于随机分布。(4)种群不同发育阶段不同尺度空间关联性不同,纯林样地中,幼苗与幼树在1—2 m小尺度上呈负相关,幼树与中龄树在8 m尺度呈正相关,其余各生长阶段之间在任意尺度上均无关联性;混交林样地中,幼树与中龄树在2—12 m尺度上表现为正相关,其余各生长阶段之间在各尺度上均无关联。在未来的森林经营中,应对不同发育阶段、不同生境的种群进行不同抚育措施,促进种群良性发育。
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关键词
麻栎
空间格局
空间关联
发育阶段
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职称材料
太白山红桦种群不同发育阶段的空间格局与关联性
被引量:
28
4
作者
郭垚鑫
胡有宁
+3 位作者
李刚
王得祥
杨吉健
杨改河
《林业科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2014年第1期9-14,共6页
以太白山1 hm2红桦林样地资料为基础,运用点格局分析方法中的单变量O-ring函数和双变量O-ring函数对红桦种群不同发育阶段的空间格局及关联性进行分析。结果表明:太白山红桦林多为成熟林和过熟林,林下幼苗、幼树极少,而受到一定砍伐干...
以太白山1 hm2红桦林样地资料为基础,运用点格局分析方法中的单变量O-ring函数和双变量O-ring函数对红桦种群不同发育阶段的空间格局及关联性进行分析。结果表明:太白山红桦林多为成熟林和过熟林,林下幼苗、幼树极少,而受到一定砍伐干扰的林下红桦更新较好;红桦不同发育阶段的分布格局各异,幼树的聚集性最强,中树表现出一定的聚集性,而大树主要表现为随机分布;红桦幼树与大树在0~15 m尺度空间内多呈负关联,幼树与中树及中树与大树空间分布上总体无显著关联性。以上结果表明:红桦种群强烈依赖于干扰进行斑块集群更新,其更新不仅受种间竞争的影响,同样受种内竞争的制约,最终导致成熟的红桦林更新极差,呈现衰退趋势。选择性择伐大树或者枯树可以促进红桦种群的局部稳定性。
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关键词
红桦
发育阶段
点格局分析
分布格局
关联性
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职称材料
东阿拉善不同发育阶段沙冬青种群的空间分布格局
被引量:
8
5
作者
刘晓婷
王铁娟
+3 位作者
苏日古嘎
张丽
李晓田
刘雅洁
《草地学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第10期3157-3166,共10页
为了揭示国家二级保护植物沙冬青(Ammopiptanthus mongolicus)种群在发展过程中的空间分布格局及变化规律,本研究选择东阿拉善荒漠的沙冬青作为研究对象,采用大小结构法将沙冬青植株分为3个等级,运用成对相关函数g(r)对3个发育阶段沙冬...
为了揭示国家二级保护植物沙冬青(Ammopiptanthus mongolicus)种群在发展过程中的空间分布格局及变化规律,本研究选择东阿拉善荒漠的沙冬青作为研究对象,采用大小结构法将沙冬青植株分为3个等级,运用成对相关函数g(r)对3个发育阶段沙冬青种群进行分析。结果表明:年轻的增长型、成熟的稳定型和衰退的下降型种群在空间上交错分布。在增长型和稳定型种群中,沙冬青幼龄(Ⅰ级)个体呈现小尺度聚集,中、大尺度随机分布,中龄(Ⅱ级)个体呈现小尺度均匀分布,中尺度聚集性增加,大尺度随机分布。从稳定型到下降型种群,沙冬青老龄个体(Ⅲ级)在小尺度上均匀分布加大,其他尺度以随机分布为主。沙冬青在中、小尺度上Ⅰ级与Ⅱ级植株存在正关联,小尺度上Ⅲ级植株对另两个级的植株存在显著负关联。研究结果为该种的保育提供理论依据。
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关键词
沙冬青
发育阶段
空间分布格局
空间关联性
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职称材料
长江中游黄石江段三种不同类型河道中仔鱼空间分布研究
被引量:
5
6
作者
胡兴坤
高雷
+3 位作者
杨浩
刘绍平
段辛斌
陈大庆
《淡水渔业》
CSCD
北大核心
2017年第6期65-73,共9页
2016年6月10-15日对长江中游黄石江段三种不同类型河道(分汊型、顺直型和弯曲型)中仔鱼的空间格局进行了研究。共采集仔鱼12 331尾,隶属于5目7科25种,优势种为贝氏(Hemiculter bleekeri)(占仔鱼总数的89.4%)、鳊(Parabramis pekinensis)...
2016年6月10-15日对长江中游黄石江段三种不同类型河道(分汊型、顺直型和弯曲型)中仔鱼的空间格局进行了研究。共采集仔鱼12 331尾,隶属于5目7科25种,优势种为贝氏(Hemiculter bleekeri)(占仔鱼总数的89.4%)、鳊(Parabramis pekinensis)(占4.6%)和吻虾虎鱼属(Rhinogobius sp.)(占1.6%)。弯曲型河道仔鱼平均密度最大,为(2.34±1.10)ind/m^3;分汊型河道次之,为(1.97±2.03)ind/m^3,顺直型河道最低,为(1.79±1.19)ind/m^3。三种河道类型的仔鱼总体空间分布特征相似,在水平分布上,近岸处仔鱼密度最高(3.06±1.54)ind/m^3,江心最低(1.16±0.94)ind/m^3;垂直分布上,仔鱼密度表层(3.20±2.51)ind/m^3最高,其次为中层(1.69±1.35)ind/m^3,底层最低(1.20±1.20)ind/m^3。不同发育阶段的仔鱼分布呈现一定规律,总体上仔鱼从卵黄吸尽期开始倾向于分布在近岸处浅水区。本研究表明分汊型和弯曲型河道中的近岸水域是鱼类育幼场的主要分布区,在航道整治等涉水工程的建设中应该予以重点保护。
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关键词
仔鱼
空间分布
类
发育期
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职称材料
题名
空间转录组技术在植物研究中的应用及前景
1
作者
梅曼
王晨璨
蔺宏霞
张玉倩
丁文静
赵媛媛
机构
北京林业大学生物科学与技术学院
北京林业大学生物科学与技术学院林木遗传育种全国重点实验室
北京林业大学树木与基因编辑研究院
北京林业大学林木育种与生态修复国家工程研究中心
河北省农林科学院植物保护研究所
出处
《植物研究》
北大核心
2025年第1期3-14,共12页
基金
中国林木种子集团合作项目(2024-HXFW-168)
北京林业大学“5?5工程”科研创新团队项目(BLRC2023C06)。
文摘
空间转录组(spatial transcriptomics,ST)是一种用于从空间层面上解析RNA-seq数据的技术,利用该技术解析单个组织切片中的所有mRNA。空间条形码逆转录oligo(dT)引物在显微镜载玻片表面的有序附着,使得在mRNA样品处理和后续测序过程中编码和获取位置信息成为可能。与传统的转录组技术相比,空间转录组技术能获得细胞在组织原位环境下真实的基因表达特征,以及与微环境的关系,为基因表达提供高精度、高分辨率原位的空间信息。近年来,空间转录组技术取得了重要进展,检测的细胞通量、转录本数量和质量不断提高,空间定位信息更加准确全面,并已在拟南芥(Arabidopsis thaliana)、水稻(Oryza sativa)、杨树(Populus)等植物中展开研究。该文阐述了空间转录组技术在植物动态发育轨迹、不同组织和细胞类型差异分析、解码植物与微生物群相互作用等研究中的成功应用,讨论了空间转录组测序在植物组织原位测序中存在的问题和挑战,揭示了其在植物研究中的巨大潜力,为相关领域的进一步研究和应用提供了新的视角。
关键词
空间转录组技术
空间分布模式
发育谱系
细胞类型鉴定
细胞间相互作用
Keywords
spatial
transcriptome technology
spatial
distribution
pattern
s
development
al lineages
cell type identification
cell-to-cell interactions
分类号
Q33 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
海南省体育旅游空间优化及其发展模式
被引量:
16
2
作者
姜付高
曹莉
机构
曲阜师范大学体育教学部(日照)
曲阜师范大学体育科学学院
出处
《山东体育学院学报》
CSSCI
北大核心
2017年第3期15-18,共4页
基金
国家社科基金"我国滨海体育旅游平衡发展与可持续发展"部分成果(项目编号:10CTY009)
曲阜师范大学体育人文社会学"泰山学者"建设工程
曲阜师范大学研究生学位论文创新基金资助
文摘
海南是我国首个全域旅游创建省,旅游资源丰富,生态环境优越,资源导向型体育旅游发展特征明显。运用文献资料法、案例分析法,梳理海南体育旅游资源,确立体育旅游发展原则,优化海南体育旅游空间布局,明晰体育旅游发展模式,为我国滨海体育旅游发展提供参考。
关键词
海南省
体育旅游
空间优化
发展模式
Keywords
Hainan province
sports tourism
spatial
optimization
development
al
pattern
分类号
G80-052 [文化科学—运动人体科学]
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职称材料
题名
桥山林区麻栎种群不同发育阶段空间格局及关联性
被引量:
22
3
作者
薛文艳
杨斌
张文辉
于世川
机构
西北农林科技大学陕西省林业综合实验室
出处
《生态学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第10期3375-3384,共10页
基金
国家林业局全国森林经营基础研究项目(1692016-03)
黄土高原松栎林多功能近自然经营作业法及其效益监测研究项目(1692016-03)
文摘
为探究麻栎种群不同发育阶段的空间分布特征及关联性,以黄土高原南部桥山林区麻栎天然次生林为研究对象,用L(r)函数对麻栎种群不同发育阶段空间分布特征及关联性进行分析。结果表明:(1)样地内麻栎种群各发育阶段数量结构均为不规则倒"J"型,种群结构稳定,能实现持续更新。(2)麻栎种群总体的空间分布特征受生境异质性影响较大,纯林样地中,种群在0—10 m尺度上表现为高强度聚集分布,5—35 m尺度表现为低强度聚集;混交林样地中,0—5 m尺度上表现为高强度聚集分布,5—35 m尺度上则表现为低强度聚集分布。(3)随着种群的发育及尺度的增大,麻栎种群空间聚集强度减弱,纯林样地内,麻栎幼苗在0—6 m的小尺度表现为聚集分布,6—12 m尺度上表现为随机分布;幼树在各尺度上均表现为聚集分布;中龄树与成龄树在各尺度上均表现为随机分布。混交林样地中,仅幼苗在0—6 m尺度上表现为聚集分布,其余各阶段在各尺度下均趋于随机分布。(4)种群不同发育阶段不同尺度空间关联性不同,纯林样地中,幼苗与幼树在1—2 m小尺度上呈负相关,幼树与中龄树在8 m尺度呈正相关,其余各生长阶段之间在任意尺度上均无关联性;混交林样地中,幼树与中龄树在2—12 m尺度上表现为正相关,其余各生长阶段之间在各尺度上均无关联。在未来的森林经营中,应对不同发育阶段、不同生境的种群进行不同抚育措施,促进种群良性发育。
关键词
麻栎
空间格局
空间关联
发育阶段
Keywords
Quercus acutissima
spatial
pattern
spatial
association
development
al stages
分类号
S718.5 [农业科学—林学]
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职称材料
题名
太白山红桦种群不同发育阶段的空间格局与关联性
被引量:
28
4
作者
郭垚鑫
胡有宁
李刚
王得祥
杨吉健
杨改河
机构
西北农林科技大学农学院
陕西省循环农业工程技术研究中心
西北农林科技大学林学院
西北农林科技大学生命科学学院
出处
《林业科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2014年第1期9-14,共6页
基金
科技部科技基础性工作专项(2007FY110800)
文摘
以太白山1 hm2红桦林样地资料为基础,运用点格局分析方法中的单变量O-ring函数和双变量O-ring函数对红桦种群不同发育阶段的空间格局及关联性进行分析。结果表明:太白山红桦林多为成熟林和过熟林,林下幼苗、幼树极少,而受到一定砍伐干扰的林下红桦更新较好;红桦不同发育阶段的分布格局各异,幼树的聚集性最强,中树表现出一定的聚集性,而大树主要表现为随机分布;红桦幼树与大树在0~15 m尺度空间内多呈负关联,幼树与中树及中树与大树空间分布上总体无显著关联性。以上结果表明:红桦种群强烈依赖于干扰进行斑块集群更新,其更新不仅受种间竞争的影响,同样受种内竞争的制约,最终导致成熟的红桦林更新极差,呈现衰退趋势。选择性择伐大树或者枯树可以促进红桦种群的局部稳定性。
关键词
红桦
发育阶段
点格局分析
分布格局
关联性
Keywords
Betula albosinensis
development
al stages
point
pattern
analysis
distribution
pattern
spatial
association
分类号
S718.5 [农业科学—林学]
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职称材料
题名
东阿拉善不同发育阶段沙冬青种群的空间分布格局
被引量:
8
5
作者
刘晓婷
王铁娟
苏日古嘎
张丽
李晓田
刘雅洁
机构
内蒙古师范大学生命科学与技术学院、内蒙古自治区高等学校生物多样性保护与可持续利用重点实验室
出处
《草地学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第10期3157-3166,共10页
基金
内蒙古自治区科技计划项目(2020GG0124)
内蒙古师范大学基本科研业务费专项资金资助(2022 JBXC016)
内蒙古师范大学研究生科研创新基金资助项目(CXJJS22126)资助。
文摘
为了揭示国家二级保护植物沙冬青(Ammopiptanthus mongolicus)种群在发展过程中的空间分布格局及变化规律,本研究选择东阿拉善荒漠的沙冬青作为研究对象,采用大小结构法将沙冬青植株分为3个等级,运用成对相关函数g(r)对3个发育阶段沙冬青种群进行分析。结果表明:年轻的增长型、成熟的稳定型和衰退的下降型种群在空间上交错分布。在增长型和稳定型种群中,沙冬青幼龄(Ⅰ级)个体呈现小尺度聚集,中、大尺度随机分布,中龄(Ⅱ级)个体呈现小尺度均匀分布,中尺度聚集性增加,大尺度随机分布。从稳定型到下降型种群,沙冬青老龄个体(Ⅲ级)在小尺度上均匀分布加大,其他尺度以随机分布为主。沙冬青在中、小尺度上Ⅰ级与Ⅱ级植株存在正关联,小尺度上Ⅲ级植株对另两个级的植株存在显著负关联。研究结果为该种的保育提供理论依据。
关键词
沙冬青
发育阶段
空间分布格局
空间关联性
Keywords
Ammopiptanthus mongolicus
development
al stages
spatial
distribution
pattern
spatial
association
分类号
Q145.1 [生物学—生态学]
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职称材料
题名
长江中游黄石江段三种不同类型河道中仔鱼空间分布研究
被引量:
5
6
作者
胡兴坤
高雷
杨浩
刘绍平
段辛斌
陈大庆
机构
华中农业大学水产学院
中国水产科学研究院长江水产研究所
出处
《淡水渔业》
CSCD
北大核心
2017年第6期65-73,共9页
基金
国家自然科学基金(51579247
31602161)
农业部项目"长江中上游重要渔业水域主要经济物种产卵场及洄游通道调查"
文摘
2016年6月10-15日对长江中游黄石江段三种不同类型河道(分汊型、顺直型和弯曲型)中仔鱼的空间格局进行了研究。共采集仔鱼12 331尾,隶属于5目7科25种,优势种为贝氏(Hemiculter bleekeri)(占仔鱼总数的89.4%)、鳊(Parabramis pekinensis)(占4.6%)和吻虾虎鱼属(Rhinogobius sp.)(占1.6%)。弯曲型河道仔鱼平均密度最大,为(2.34±1.10)ind/m^3;分汊型河道次之,为(1.97±2.03)ind/m^3,顺直型河道最低,为(1.79±1.19)ind/m^3。三种河道类型的仔鱼总体空间分布特征相似,在水平分布上,近岸处仔鱼密度最高(3.06±1.54)ind/m^3,江心最低(1.16±0.94)ind/m^3;垂直分布上,仔鱼密度表层(3.20±2.51)ind/m^3最高,其次为中层(1.69±1.35)ind/m^3,底层最低(1.20±1.20)ind/m^3。不同发育阶段的仔鱼分布呈现一定规律,总体上仔鱼从卵黄吸尽期开始倾向于分布在近岸处浅水区。本研究表明分汊型和弯曲型河道中的近岸水域是鱼类育幼场的主要分布区,在航道整治等涉水工程的建设中应该予以重点保护。
关键词
仔鱼
空间分布
类
发育期
Keywords
fish larvae
spatial
distribution
river
pattern
s
development
al phase
分类号
S932.4 [农业科学—渔业资源]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
空间转录组技术在植物研究中的应用及前景
梅曼
王晨璨
蔺宏霞
张玉倩
丁文静
赵媛媛
《植物研究》
北大核心
2025
0
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职称材料
2
海南省体育旅游空间优化及其发展模式
姜付高
曹莉
《山东体育学院学报》
CSSCI
北大核心
2017
16
在线阅读
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职称材料
3
桥山林区麻栎种群不同发育阶段空间格局及关联性
薛文艳
杨斌
张文辉
于世川
《生态学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017
22
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职称材料
4
太白山红桦种群不同发育阶段的空间格局与关联性
郭垚鑫
胡有宁
李刚
王得祥
杨吉健
杨改河
《林业科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2014
28
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职称材料
5
东阿拉善不同发育阶段沙冬青种群的空间分布格局
刘晓婷
王铁娟
苏日古嘎
张丽
李晓田
刘雅洁
《草地学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
8
在线阅读
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职称材料
6
长江中游黄石江段三种不同类型河道中仔鱼空间分布研究
胡兴坤
高雷
杨浩
刘绍平
段辛斌
陈大庆
《淡水渔业》
CSCD
北大核心
2017
5
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职称材料
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