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一种5重real-time PCR筛查转基因水稻方法的建立 被引量:6
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作者 董立明 杨帆 +4 位作者 邢珍娟 李葱葱 闫伟 龙丽坤 李飞武 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第24期329-334,共6页
以转基因水稻中最常用的CaMV35S启动子、NOS终止子、Cry1Ab/Ac基因、HPT基因及SPS水稻内标基因为研究对象,利用5种不同的荧光信号(FAM、HEX、Taxas Red、Cy5、Cy5.5)进行多重实时聚合酶链式反应(realtime polymerase chain reaction,rea... 以转基因水稻中最常用的CaMV35S启动子、NOS终止子、Cry1Ab/Ac基因、HPT基因及SPS水稻内标基因为研究对象,利用5种不同的荧光信号(FAM、HEX、Taxas Red、Cy5、Cy5.5)进行多重实时聚合酶链式反应(realtime polymerase chain reaction,real-time PCR)检测方法的研究。通过引物组合筛选、反应体系优化、特异性测试、灵敏度测试、适用性测试等一系列实验,建立了5重real-time PCR方法,灵敏度可达0.032%。此方法具有灵敏度高、结果准确、通量大等优点,可实现水稻中转基因成分的快速、高效检测。 展开更多
关键词 转基因水稻 筛查元件 单一实时聚合酶链式反应 5重实时聚合酶链式反应 高通量检测方法
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核酸适配体筛选中单链DNA制备方法的研究进展
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作者 顾华杰 蔡涵 +7 位作者 李雨欣 沈家明 陈锦辉 陈耔含 朱召娣 王璐君 杨倩倩 杨皓宇 《食品安全质量检测学报》 CAS 2024年第19期215-227,共13页
核酸适配体是人工合成的短链核酸,作为分子识别元件,能够与各类靶标物质高特异性、高亲和力的结合,分为单链DNA和RNA两种类型。其中单链DNA适配体由于其稳定性比RNA适配体更好而更受欢迎,因此得到广泛应用。核酸适配体筛选通常是通过配... 核酸适配体是人工合成的短链核酸,作为分子识别元件,能够与各类靶标物质高特异性、高亲和力的结合,分为单链DNA和RNA两种类型。其中单链DNA适配体由于其稳定性比RNA适配体更好而更受欢迎,因此得到广泛应用。核酸适配体筛选通常是通过配体指数富集系统进化技术(systematic evolution of ligands by exponential enrichment,SELEX)实现的,筛选能否成功在很大程度上取决于其最关键的单链制备步骤,即将双链DNA转化为相应的单链DNA。目前,存在许多方法可以制备单链DNA,包括热变性法、生物素-链霉亲和素亲和分离法、变性胶电泳分离法、核酸外切酶消化法、不对称聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)法等。本文在总结文献报道的基础上,具体阐述了各种单链DNA制备方法的原理、优缺点及近5年的应用情况,并对这些单链DNA制备方法进行了比较和展望,以期能为成功筛选各类靶标的核酸适配体提供参考。 展开更多
关键词 核酸适配体 单链DNA制备 热变性法 生物素-链霉亲和素亲和分离法 变性胶电泳分离法 核酸外切酶消化法 不对称聚合酶链式反应
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一种可绝对定量核酸的数字PCR微流控芯片 被引量:17
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作者 朱强远 杨文秀 +6 位作者 高一博 于丙文 邱琳 周超 金伟 金钦汉 牟颖 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2013年第3期545-550,共6页
构建了一种新型的可进行核酸单分子扩增和核酸绝对定量的数字聚合酶链式反应(数字PCR)微流控芯片.应用多层软光刻技术,以聚二甲基硅氧烷(PDMS)作为芯片材料,盖玻片作为基底制作了具有3层结构以及微阀控制功能的微流控芯片.芯片的大小与... 构建了一种新型的可进行核酸单分子扩增和核酸绝对定量的数字聚合酶链式反应(数字PCR)微流控芯片.应用多层软光刻技术,以聚二甲基硅氧烷(PDMS)作为芯片材料,盖玻片作为基底制作了具有3层结构以及微阀控制功能的微流控芯片.芯片的大小与载玻片相当,可同时检测4个样品,每个样品通入芯片后平均分配到640个反应小室,每个小室的体积为6 nL.以从肺癌细胞A549中提取的18sRNA为样品检测了该芯片的可行性.将样品稀释数倍后通入芯片,核酸分子随机分布在640个小室中并扩增.核酸分子在芯片中的分布符合泊松分布原理,当样品中待测核酸分子平均拷贝数低于0.5个/小室时,则每个反应小室包含0个或1个分子.经过PCR扩增后,有模板分子的小室检测结果为阳性反应,而无模板分子的小室为阴性反应,最后通过计数阳性反应室的个数,可绝对定量原始待测样品中的目标DNA分子拷贝数.实验结果表明,该数字PCR芯片可实现DNA单分子反应和核酸绝对定量,具有成本低、灵敏度高、节省时间和试剂以及操作简单等优点,为数字PCR方法在普通实验室的应用提供了一种新途径,可用于癌症及感染性疾病的早期诊断、单细胞分析、产前诊断以及各种细菌病毒的核酸检验等研究. 展开更多
关键词 数字聚合酶链式反应 微流控芯片 单分子扩增 核酸定量 绝对定量
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石蒜属植物SCoT-PCR反应体系构建及优化 被引量:12
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作者 姜小凤 高燕会 +1 位作者 童再康 黄春红 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期444-452,共9页
建立并优化了石蒜属Lycoris植物的目标起始密码子多态性-聚合酶链式反应(SCoT-PCR)反应体系,为研究石蒜属种质资源的遗传多样性、亲缘关系及遗传改良提供新的思路。采用L25(56)正交试验和单因素试验2种方法优化石蒜属植物SCoT-PCR体系... 建立并优化了石蒜属Lycoris植物的目标起始密码子多态性-聚合酶链式反应(SCoT-PCR)反应体系,为研究石蒜属种质资源的遗传多样性、亲缘关系及遗传改良提供新的思路。采用L25(56)正交试验和单因素试验2种方法优化石蒜属植物SCoT-PCR体系。得出石蒜属植物SCoT-PCR最佳反应体系:DNA模板2.0 mg.L-1,引物0.125μmol.L-1,三磷酸碱基脱氧核苷酸(dNTPs)0.2 mmol.L-1,镁离子(Mg2+)3.0 mmol.L-1,Taq DNA聚合酶1.0×16.67nkat。对优化的反应体系进行通用性、稳定性及可靠性检测,结果均能获得丰富、稳定、清晰的DNA谱带。最后可知SCoT新型标记在石蒜属植物中应用效果良好,可为石蒜属植物以后的研究提供基础条件。 展开更多
关键词 植物学 石蒜属 目标起始密码子多态性 PCR反应体系 正交设计 单因素试验
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鄂西北地区汉族人群CD40基因单核苷酸多态性分析 被引量:5
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作者 田彩霞 李艳 +2 位作者 秦维超 郑卫东 刘堂鑫 《生物医学工程与临床》 CAS 2011年第1期74-77,共4页
目的研究CD40-E1SNP和E4SNP单核苷酸多态性在鄂西北部地区汉族人群中的分布,并探讨CD40基因单核苷酸多态性与血浆可溶性CD40水平的关系。方法 318例汉族人,其中男性187例,女性131例;平均年龄31.2岁。应用聚合酶链反应-限制性片段长度多... 目的研究CD40-E1SNP和E4SNP单核苷酸多态性在鄂西北部地区汉族人群中的分布,并探讨CD40基因单核苷酸多态性与血浆可溶性CD40水平的关系。方法 318例汉族人,其中男性187例,女性131例;平均年龄31.2岁。应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)及测序的方法,CD40-E1SNP和E4SNP并计算其基因型频率及等位基因频率,酶联免疫吸附分析检测血浆可溶性CD40浓度,并与文献报道不同种族人群比较。结果鄂西北地区汉族人群CD40-E1SNP基因型频率:CC型29.2%,CT型54.1%,TT型16.7%,C、T等位基因频率分别为56.3%、43.7%,这种多态性分布在男女间差异无统计学意义(P>0.05),与英国、波兰比较,发现不同种族间CD40-E1SNP基因型分布及等位基因频率差异均存在统计学意义(P<0.01);CD40-E1SNP各基因表型之间可溶性CD40含量分别为:CC(57.3±6.6)pg/mL,CT(34.2±4.5)pg/mL,TT(28.8±4.2)pg/mL,差异存在统计学意义(P<0.01)。在实验中未检测到CD40-E4SNP单核苷酸多态性。结论鄂西北地区汉族人群中存在CD40-E1SNP单核苷酸多态性,其基因型在不同种族间存在较大的差异,并且可能影响CD40的表达,而不存在CD40-E4SNP单核苷酸多态性。 展开更多
关键词 CD40 单核苷酸多态性 聚合酶链反应 种族 基因型
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白细胞介素18基因多态性与不明原因复发性流产的关系 被引量:5
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作者 王丹 王晨 +2 位作者 郑灵芝 朱敏 朱依敏 《浙江大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期448-452,共5页
目的:探讨人白细胞介素18(IL-18)基因位点多态性与不明原因复发性流产(URSA)的关系。方法:选取207例URSA患者和144例健康妊娠妇女进行研究。通过PCR联合DNA测序技术分析两组人群IL—18基因rs187238(-137G/C)、rs360718(-119A... 目的:探讨人白细胞介素18(IL-18)基因位点多态性与不明原因复发性流产(URSA)的关系。方法:选取207例URSA患者和144例健康妊娠妇女进行研究。通过PCR联合DNA测序技术分析两组人群IL—18基因rs187238(-137G/C)、rs360718(-119A/C)、rs360717(-105G/A)位点多态性分布情况。结果:URSA组rs187238(-137G/C)位点GG、GC+CC基因型分布频率分别为77.3%、22.7%,与对照组GG、GC+CC基因型分布频率(95.8%、4.2%)比较,差异有统计学意义(χ^2=22.767,P〈0.001);URSA组rs187238(-137G/C)位点C等位基因频率为13.04%,与对照组C等位基因频率2.1%比较,差异亦有统计学意义(χ^2=26.102,P〈0.001);等位基因频率相对风险率分析发现,C等位基因携带者其自然流产的风险是G等位基因携带者的7.050倍(OR=7.050,95%CI:2.990~16.622)。rs360718、rs360717位点基因型分布与对照组差异均无统计学意义(χ^2=1.497、0.858,P=0.221、0.354);两组间rs360718、rs360717位点等位基因分布频率的差异亦均无统计学意义(均P〉0.05)。结论:IL-18基因启动子rs187238(-137G/C)位点GC+CC基因型可能是复发性流产易感基因型,C等位基因可能是URSA发病的遗传易感基因之一;IL-18基因rs360718、rs360717位点多态性与URSA可能无相关性。 展开更多
关键词 流产 习惯性 白细胞介素18/遗传学 多态性 单核苷酸 等位基因 聚合酶链反应
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四引物扩增受阻突变体系聚合酶链反应在SNP基因分型中的研究 被引量:16
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作者 刘兴顺 程牛亮 +1 位作者 梁小波 赵彩虹 《山西医科大学学报》 CAS 2008年第6期483-485,共3页
目的探讨四引物扩增受阻突变体系聚合酶链反应(tetra-primer amplification refractory mutation system-polymerase chain reaction,tetra-primer ARMS-PCR)在SNP基因分型中的应用。方法利用人EXO1基因第10外显子C49T单核苷酸多态性为... 目的探讨四引物扩增受阻突变体系聚合酶链反应(tetra-primer amplification refractory mutation system-polymerase chain reaction,tetra-primer ARMS-PCR)在SNP基因分型中的应用。方法利用人EXO1基因第10外显子C49T单核苷酸多态性为研究对象,以tetra-primer ARMS-PCR的原理设计四种引物进行扩增,从而对Mg2+浓度、dNTP浓度、Taq酶用量及内外引物浓度比例4个因素进行优化。结果当反应体系的退火温度为51℃,Mg2+浓度、dNTP浓度分别为2.0mmol/L、0.1mmol/L,Taq酶用量为0.5U,内/外引物浓度为1/0.2μmol/L时,tetra-primer ARMS-PCR应用于该SNP位点的基因分型结果最佳。结论四引物扩增受阻突变体系聚合酶链反应是SNP基因分型的一种可行方法,但在应用时需对反应条件进行必要的优化。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性 聚合酶链反应 核酸外切酶1
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甘蓝型油菜抗苯磺隆突变体ALS基因分析与SNP标记 被引量:17
8
作者 孙妍妍 曲高平 +3 位作者 黄谦心 吕金洋 郭媛 胡胜武 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期589-595,共7页
为筛选新型甘蓝型油菜抗苯磺隆除草剂的等位基因特异分子标记,以EMS诱变的甘蓝型油菜中双9号M2群体(约30 000单株)为材料,通过苯磺隆喷药处理筛选到3株抗除草剂突变体(分别记为K1、K4、K5)。利用PCR技术克隆到抗性突变体相应的Bn ALS1、... 为筛选新型甘蓝型油菜抗苯磺隆除草剂的等位基因特异分子标记,以EMS诱变的甘蓝型油菜中双9号M2群体(约30 000单株)为材料,通过苯磺隆喷药处理筛选到3株抗除草剂突变体(分别记为K1、K4、K5)。利用PCR技术克隆到抗性突变体相应的Bn ALS1、Bn ALS2、Bn ALS3基因,序列分析结果表明,K1和K4的Bn ALS3基因序列发生碱基突变,其中第+535位C碱基突变为T,导致其编码的Bn ALS3蛋白第197位氨基酸由Pro突变为Ser;而K5的Bn ALS1基因序列第+544位C突变为T,导致其编码的Bn ALS1蛋白发生了Pro197Ser的改变(均以拟南芥ALS氨基酸序列为准)。其中K5抗性位点Bn ALS1∶Pro197Ser的改变属于首次报道。基于突变的基因序列设计了8对等位基因特异性PCR引物组合,有6对能用于区分抗性突变体和野生型材料,其中可检测K5的Bn ALS1基因SNP位点的引物有2对,可检测K1、K4突变体Bn ALS3基因SNP位点的引物有4对。 展开更多
关键词 油菜 抗除草剂突变体 苯磺隆 乙酰乳酸合成酶 等位基因特异PCR 单核苷酸多态性
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桂北地区汉族体检人群代谢综合征调查及脂联素基因多态性研究 被引量:6
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作者 汪琳姣 于健 +3 位作者 叶瑶 黄漓莉 李争明 刘晓玲 《中华老年心脑血管病杂志》 CAS 北大核心 2013年第11期1133-1138,共6页
目的探讨桂林北部(桂北)地区体检人群代谢综合征(MS)的患病情况及流行特征,并分析脂联素基因多态性与MS的相关性。方法采用整群抽样的方法对2012年6~12月桂北地区汉族体检的成人5318例进行问卷调查和相关检查,分析MS患病率,并行多因素l... 目的探讨桂林北部(桂北)地区体检人群代谢综合征(MS)的患病情况及流行特征,并分析脂联素基因多态性与MS的相关性。方法采用整群抽样的方法对2012年6~12月桂北地区汉族体检的成人5318例进行问卷调查和相关检查,分析MS患病率,并行多因素logistic回归分析。筛选150例MS患者作为MS组和150例健康者作为对照组,应用聚合酶链反应-限制性内切酶片段长度多态性技术,分析2组脂联素基因-11377C/G位点基因型和等位基因频率差异。结果该人群MS患病率为12.8%,男性患病率明显高于女性(15.2%vs 10.0%,P<0.01);超重和(或)肥胖患病率最高(36.9%);性别、年龄、尿酸和脂肪肝均为MS的危险因素;MS组与对照组基因型和等位基因频率比较,差异均无统计学意义(P>0.05);2组不同基因型的体重指数、空腹血糖、血压、血脂和尿酸水平比较,均无显著差异(P>0.05)。结论桂北地区汉族体检人群MS的患病率明显增加,应加强综合防治,以降低心血管病的发生;脂联素基因-11377C/G位点多态性与该体检人群MS发病可能无明显相关性。 展开更多
关键词 代谢疾病 脂联素 聚合酶链反应 多态性 单核苷酸 基因型 危险因素 体格检查
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MTHFR的基因多态性与原因不明复发性流产的相关性分析 被引量:6
10
作者 黄山鹰 唐国玲 +2 位作者 刘庆芝 姚吉龙 姚秀华 《国际生殖健康/计划生育杂志》 CAS 2017年第5期382-384,共3页
目的:探讨原因不明复发性流产(URSA)与5,10-亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)基因多态性的关系。方法:采用荧光定量聚合酶链反应(PCR)技术,对83例URSA患者(URSA组)和90例健康育龄期妇女(对照组)行MTHFR基因C667T、A1298C位点单核苷酸多态性... 目的:探讨原因不明复发性流产(URSA)与5,10-亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)基因多态性的关系。方法:采用荧光定量聚合酶链反应(PCR)技术,对83例URSA患者(URSA组)和90例健康育龄期妇女(对照组)行MTHFR基因C667T、A1298C位点单核苷酸多态性分析,比较2组患者基因型、等位基因频率分布情况,并评估不同基因型致URSA发生的风险。结果:2组患者MTHFR基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡。2组患者MTHFR C677T基因型、等位基因频率分布比较差异有统计学意义(均P<0.05);MTHFR A1298C基因型、等位基因频率分布比较差异无统计学意义(均P>0.05)。URSA组TT纯合子出现频率高于对照组(30.1%vs.13.3%,χ~2=7.237,P=0.007)。TT纯合子基因型发生URSA的风险是CC纯合子基因型的3.289倍(OR=3.289,95%CI:1.342~8.063)。结论:MTHFR C677T位点基因多态性与URSA的发生有关,TT纯合子基因型可增加患病风险。 展开更多
关键词 流产 习惯性 5 10-亚甲基四氢叶酸还原酶(FADH2) 多态性 单核苷酸 聚合酶链反应
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慢性阻塞性肺疾病患者ADAM33基因单核苷酸多态性的研究 被引量:2
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作者 迟翔宇 肖伟 +3 位作者 王建平 姜洪娟 王来城 王静 《山东医药》 CAS 北大核心 2011年第49期1-3,共3页
目的检测ADAM33基因S2位点多态性在慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者中的分布频率,探讨S2位点单核苷酸多态性与COPD的相关性,寻找COPD发病的易感基因,为COPD高危人群的筛选、早期预防和临床治疗提供理论依据。方法采用等位基因特异性聚合酶... 目的检测ADAM33基因S2位点多态性在慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者中的分布频率,探讨S2位点单核苷酸多态性与COPD的相关性,寻找COPD发病的易感基因,为COPD高危人群的筛选、早期预防和临床治疗提供理论依据。方法采用等位基因特异性聚合酶链反应(AS-PCR)技术及DNA测序的方法,对112例COPD患者(COPD组)及105例健康人(对照组)进行ADAM33基因S2位点单核苷酸多态性分析。结果 ADAM33基因S2位点COPD组和对照组中基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律;ADAM33基因S2位点3种基因型CC、CG、GG在COPD组的分布为54.5%、34.8%、10.7%,在对照组的分布为69.5%、26.7%、3.8%,两组比较P均<0.05。COPD组ADAM33基因S2位点等位基因C和G的频率分别为0.719、0.281;对照组ADAM33基因S2位点等位基因C和G频率分别为0.829、0.171。COPD组与对照组C及G等位基因频率比较P均<0.05。结论 ADAM33基因S2位点存在CC、CG、GG多态性;ADAM33基因S2位点多态性与COPD有明显相关性。 展开更多
关键词 肺疾病 慢性阻塞性 ADAM33 多态性 单核苷酸 聚合酶链反应
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湖北地区汉族健康人群白细胞介素-1β基因5号外显子+3953C/T位点多态性的研究 被引量:5
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作者 徐朴 李艳 张平安 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第3期156-158,共3页
目的 了解白细胞介素 1β基因 (IL 1B) 5号外显子 +395 3位点的单核苷酸多态性 (SNP)在中国湖北地区汉族健康人群中的分布及其与不同种族比较的特点。方法 采用聚合酶链反应 限制性片段长度多态性 (PCR RFLP)的方法 ,对 2 5 1名湖... 目的 了解白细胞介素 1β基因 (IL 1B) 5号外显子 +395 3位点的单核苷酸多态性 (SNP)在中国湖北地区汉族健康人群中的分布及其与不同种族比较的特点。方法 采用聚合酶链反应 限制性片段长度多态性 (PCR RFLP)的方法 ,对 2 5 1名湖北地区汉族健康者IL 1B(+395 3)位点的SNP进行了检测 ,计算其基因型和等位基因频率 ,并结合文献进行了不同种族间的分析比较。结果 湖北地区汉族健康人群CC基因型频率最高 ,CT基因型次之 ,没有发现TT基因型 ;CC和CT基因型频率分别为 0 96和 0 0 4。与德国、西班牙等欧洲人群相比 ,湖北地区汉族健康人群C等位基因频率明显偏高 ,T等位基因频率明显偏低 (P <0 0 0 5 ) ,而与亚洲日本人群相似 (P >0 0 5 )。结论 湖北地区汉族健康人群IL 1B(+395 3)位点碱基突变率极低 。 展开更多
关键词 白细胞介素—1β 单核苷酸多态性 聚合酶链反应 湖北地区 汉族 健康人群
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三磷酸腺苷结合盒转运子A1基因多态性与冠心病及缺血性脑卒中的关系研究 被引量:4
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作者 曹小丽 尹瑞兴 +4 位作者 吴东峰 秦超 郑金瓯 邹东华 蓝玉 《中华老年心脑血管病杂志》 CAS 北大核心 2014年第2期124-128,共5页
目的探讨三磷酸腺苷结合盒转运子A1(ATP-binding cassette transporter A1,ABCA1)基因多态性与广西汉族人群冠心病(CHD)及缺血性脑卒中(IS)易感的相关性。方法选择住院患者1134例,根据诊断分为CHD组565例、IS组569例,同时选择年龄、性... 目的探讨三磷酸腺苷结合盒转运子A1(ATP-binding cassette transporter A1,ABCA1)基因多态性与广西汉族人群冠心病(CHD)及缺血性脑卒中(IS)易感的相关性。方法选择住院患者1134例,根据诊断分为CHD组565例、IS组569例,同时选择年龄、性别匹配的健康人群541例作为对照组,进行临床资料分析,采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性检测ABCA1基因的单核苷酸多态性(SNP)位点rs2066715和rs2740483的基因分型,探讨其与CHD及IS易感的相关性。结果 3组rs2066715基因型及等位基因频率差异无统计学意义(P>0.05),该SNP与CHD及IS的易感无相关性(P>0.05);与对照组比较,CHD组和IS组rs2740483等位基因和基因型频率分布差异均有统计学意义(P<0.05,P<0.01);该SNP与CHD及IS的易感有相关性(P<0.05)。结论 ABCA1rs2740483与广西汉族CHD和IS易感相关,携带野生型等位基因的个体有更高的罹患风险。 展开更多
关键词 ATP结合匣式转运子 冠心病 卒中 聚合酶链反应 多态性 限制性片段长度 多态性 单核苷酸 等位基因
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SELEX技术中ssDNA文库PCR扩增条件的优化 被引量:5
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作者 曹立亭 许李丽 +2 位作者 万向 王秋菊 马跃 《安徽农业科学》 CAS 2012年第6期3241-3242,3297,共3页
[目的]对SELEX技术中ssDNA文库的PCR扩增条件进行优化。[方法]采用L16(45)正交试验设计在4个水平上对影响单链随机DNA文库PCR反应体系的Mg2+浓度、dNTP浓度、TaqDNA聚合酶含量、引物浓度和随机单链DNA文库量5个重要因素进行了优化,同时... [目的]对SELEX技术中ssDNA文库的PCR扩增条件进行优化。[方法]采用L16(45)正交试验设计在4个水平上对影响单链随机DNA文库PCR反应体系的Mg2+浓度、dNTP浓度、TaqDNA聚合酶含量、引物浓度和随机单链DNA文库量5个重要因素进行了优化,同时对PCR反应的退火温度和循环次数进行了优化,确立最优反应体系和扩增程序。[结果]20μlPCR反应体系及反应程序中各因素优化组合为:10×Buffer2.0μl,随机ssDNA文库0.5ng,Mg2+2.5mmol/L,dNTP Mixture0.25mmol/L,上下游引物各0.6μmol/L,Taq DNA聚合酶1.5U;退火温度为68℃,最佳循环数为12。此反应系统下,随机ssDNA文库PCR扩增谱带清晰、稳定、特异性高。[结论]为SELEX技术中筛选到特异性更强的适配子奠定了基础。 展开更多
关键词 随机单链DNA文库 正交试验设计 PCR 体系优化
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白介素13基因多态性与哮喘发病易感性的关系 被引量:1
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作者 席素雅 陈树珍 +2 位作者 刘建强 张玲 王少颖 《山东医药》 CAS 2014年第29期18-20,共3页
目的探讨白介素13(IL-13)基因内含子区+1923C/T多态性与哮喘发病易感性的关系。方法采用聚合酶链反应—限制性片段长度多态性技术对150例哮喘患者(哮喘组)和150例健康对照者(对照组)IL-13基因内含子区+1923C/T单核苷酸多态性进行检测,... 目的探讨白介素13(IL-13)基因内含子区+1923C/T多态性与哮喘发病易感性的关系。方法采用聚合酶链反应—限制性片段长度多态性技术对150例哮喘患者(哮喘组)和150例健康对照者(对照组)IL-13基因内含子区+1923C/T单核苷酸多态性进行检测,比较其基因型和等位基因分布频率。结果对照组IL-13基因内含子区+1923C/T基因型CC、CT和TT的分布频率分别为41.33%(62/150)、44.00%(66/150)和14.67%(22/150),在哮喘组分别为21.33%(32/150)、41.33%(62/150)和37.34%(56/150),两组各基因型分布频率比较差异有统计学意义(χ2=24.52,P<0.01)。CT、TT基因型者患哮喘的危险性高于CC基因型者(χ2=27.38,P<0.01)。结论 IL-13基因内含子区+1923C/T多态性是影响哮喘发病的重要候选基因,T等位基因与哮喘易感性相关。 展开更多
关键词 哮喘 白细胞介素13 多态性 单核苷酸 聚合酶链反应-限制性片断长度多态性技术 INTERLEUKIN-13
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陕西人群环氧化酶-2(COX-2)启动子区基因多态性及与结直肠癌易感性的关联研究 被引量:3
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作者 李红霞 郭秦乐 +1 位作者 周博 和水祥 《西安交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期522-526,550,共6页
目的 探讨陕西人群环氧化酶-2(COX-2)基因启动子区的rs20417 G/C及rs2745557 G/A 2个位点的基因多态性并分析其与结直肠癌(CRC)发病风险及病理参数的相关性.方法 采用病例-对照研究,利用聚合酶链式反应和限制性片段长度多态性(PCR-... 目的 探讨陕西人群环氧化酶-2(COX-2)基因启动子区的rs20417 G/C及rs2745557 G/A 2个位点的基因多态性并分析其与结直肠癌(CRC)发病风险及病理参数的相关性.方法 采用病例-对照研究,利用聚合酶链式反应和限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术,对198例CRC患者和200例健康人(入组者均长期居住在陕西省西安市及周边县、市)的COX-2基因的2个位点的多态性进行检测,并运用SPSS 19.0软件统计分析各位点的基因型分布和等位基因频率.分析其与CRC发病风险及病理参数的相关性.结果 在陕西人群中,COX-2 rs20417 G/C位点多态性的GC或CC基因型频率与对照组的差异无统计学意义,而GC+ CC基因型频率在病例组的频率显著高于对照组(OR=1.61;95% CI:1.02~2.56).病例组含有C等位基因的GC或CC基因型的淋巴结转移以及肿瘤分期与GG基因型比较,差异有统计学意义(P<0.01及P<0.01);两个等位基因频率分布均与发病部位无显著相关性.而COX-2rs2745557 G/A位点多态性结果显示:GA基因型在病例组的频率较对照组显著增高(OR=1.98,95% CI:1.15~3.40),AA基因型在病例组中的频率亦较对照组高(OR-1.87,95% CI:1.09~3.19),A等位基因携带者在病例组中的频率高于对照组(OR=1.92,95%CI:1.18~3.13).含有A等位基因的GA或AA基因型相对于GG基因型,淋巴结转移以及肿瘤分期差异均有统计学意义(P均<0.01);两个等位基因频率分布均与发病部位无显著相关性.结论 相同环境条件下,陕西人群中携带COX-2 rs20417 C等位基因型的个体和rs2745557 A等位基因型的个体患CRC的风险增加,rs20417 C等位基因频率、rs2745557的A等位基因频率与CRC发生发展及淋巴结转移密切相关.两个基因位点的各等位基因频率与CRC的发生部位均无明显相关性. 展开更多
关键词 结直肠癌 环氧化酶-2 限制性片段长度多态性 单核苷酸多态性 陕西人群
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分拣蛋白相关受体L1基因异常甲基化在晚发散发性阿尔茨海默病中的研究 被引量:2
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作者 蔡晓平 贾建军 高丽 《中华老年心脑血管病杂志》 CAS 北大核心 2012年第6期616-618,共3页
目的研究分拣蛋白相关受体L1(sortilin-related receptor 1,SORL1)基因启动子区异常甲基化与阿尔茨海默病(AD)发生的相关性。方法选择晚发散发性AD(SAD)患者40例为SAD组,另选择健康体检者8例为对照组。提取外周血DNA,设计硫化测序PCR引... 目的研究分拣蛋白相关受体L1(sortilin-related receptor 1,SORL1)基因启动子区异常甲基化与阿尔茨海默病(AD)发生的相关性。方法选择晚发散发性AD(SAD)患者40例为SAD组,另选择健康体检者8例为对照组。提取外周血DNA,设计硫化测序PCR引物以及甲基化特异性PCR引物,进行PCR扩增以及测序分析。结果对照组3例和SAD组3例经硫化修饰以及PCR扩增,对照组SORL1基因甲基化率分别为1.5%、1.0%、1.0%,SAD组SORL1基因甲基化率分别为74.0%、70.5%、73.0%。甲基化特异性PCR分析结果显示,SORL1基因在8例健康人中呈完全非甲基化状态,在40例SAD患者中其甲基化阳性例数为21例,甲基化阳性率为52.5%(P<0.05)。结论 SORL1基因启动子区异常甲基化可能参与SAD的发生,为疾病的早期监测提供可能的分子理论依据。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 DNA甲基化 聚合酶链反应 淀粉样Β蛋白 多态性 单核苷酸 基因表达调控
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PGC-1α基因Gly482Ser多态性与广西地区汉族人群妊娠期糖尿病的相关性分析 被引量:1
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作者 庞静 颜晓东 +2 位作者 莫晓云 王琳 路文盛 《山东医药》 CAS 2012年第39期21-23,共3页
目的探讨过氧化物酶增殖物激活受体-γ辅助激活因子-1α(PGC-1α)基因Gly482Ser的多态性与广西地区汉族人群妊娠期糖尿病(GDM)的关系。方法研究对象为我院产科住院分娩的234例孕妇,其中GDM患者84例(病例组),糖耐量正常者150例(对照组)... 目的探讨过氧化物酶增殖物激活受体-γ辅助激活因子-1α(PGC-1α)基因Gly482Ser的多态性与广西地区汉族人群妊娠期糖尿病(GDM)的关系。方法研究对象为我院产科住院分娩的234例孕妇,其中GDM患者84例(病例组),糖耐量正常者150例(对照组)。采用PCR-RFLP法检测两组PGC-1α基因Gly482Ser多态性,并分析其与GDM的相关性。结果两组PGC-1α基因Gly482Ser的基因型频率及等位基因分布均无统计学差异。结论PGC-1α基因Gly482Ser多态性与广西汉族地区汉族人群GDM的发病无明显相关性。 展开更多
关键词 过氧化物酶增殖物激活受体-γ 辅助激活因子-1α基因 Gly482Ser 单核苷酸多态性 聚合酶链式反应 妊娠期糖尿病
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原发性肝癌拓扑异构酶Ⅱα的表达及其与P53基因突变之间的关系 被引量:2
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作者 丁磊 陈孝平 +1 位作者 张志伟 靖凯 《肝胆外科杂志》 2006年第3期222-225,共4页
目的研究原发性肝癌拓扑异构酶Ⅱα(Topoisom eraseⅡ,αToPoⅡα)的表达及临床意义,并探讨其与p53基因突变之间的关系。方法免疫组织化学法和W estern B lotting方法检测57例未经化疗过的原发性肝癌肿瘤组织和32例肝硬化组织ToPoⅡα... 目的研究原发性肝癌拓扑异构酶Ⅱα(Topoisom eraseⅡ,αToPoⅡα)的表达及临床意义,并探讨其与p53基因突变之间的关系。方法免疫组织化学法和W estern B lotting方法检测57例未经化疗过的原发性肝癌肿瘤组织和32例肝硬化组织ToPoⅡα蛋白的表达,并用聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)分析p53基因7、8外显子的突变。结果To-PoⅡα蛋白在肝癌组织中阳性率为87.7%(50/57),在肝硬化组织中阳性率为50%(16/32),两者有显著差异(P<0.05)。蛋白印迹结果显示肝癌组织中ToPoⅡα蛋白表达显著高于肝硬化组织(P<0.05),高分化肿瘤与中、低分化的肿瘤组织之间有显著差异(P<0.05),有转移的病人高于无转移者(P<0.05).等级相关分析显示ToPoⅡα蛋白的表达与p53基因突变呈正相关(r=0.914,P=0.001)。p53基因突变组ToPoⅡ蛋白的表达显著高于野生型组(P<0.01)。结论ToPoⅡα的检测可作为肝癌分化程度的特异指标,同时p53基因突变可能诱导ToPoⅡα蛋白的表达。 展开更多
关键词 拓扑异构酶Ⅱα 原发性肝癌 P53 基因 PCR-SSCP
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慢性乙型肝炎HBV前C区基因突变的临床研究 被引量:2
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作者 赵龙凤 贾因棠 《山西医科大学学报》 CAS 2002年第5期409-410,共2页
采用聚合酶链反应 (PCR)及单链构象多态分析 (SSCP)银染技术检测了 32例HBVDNA阳性慢性乙型肝炎患者及乙肝病毒携带者的前C区基因变异。结果表明有前C区基因突变株感染者 8例 ,突变株感染者检出率为 2 5 .0 % ;突变株的检出率以慢性乙... 采用聚合酶链反应 (PCR)及单链构象多态分析 (SSCP)银染技术检测了 32例HBVDNA阳性慢性乙型肝炎患者及乙肝病毒携带者的前C区基因变异。结果表明有前C区基因突变株感染者 8例 ,突变株感染者检出率为 2 5 .0 % ;突变株的检出率以慢性乙肝重度最高 ,其次是慢性乙肝中度、轻度患者 ,乙肝病毒携带者最低 ;抗 -HBe阳性患者前C区突变株检出率高于HBeAg阳性患者。提示HBV前C区突变与病情轻重及e系统血清标志有关。 展开更多
关键词 慢性乙型肝炎 HBV 前C区基因突变 临床研究
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