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青贮玉米品质相关性状的全基因组关联分析 被引量:2
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作者 刘鹏飞 王栋 +5 位作者 陈泽辉 郭向阳 吴迅 王安贵 涂亮 祝云芳 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期65-74,共10页
为了初步揭示玉米粗蛋白含量、淀粉含量、中性洗涤纤维(neutral detergent fiber,NDF)含量、酸性洗涤纤维(acid detergent fiber,ADF)含量、可溶性糖含量和体外干物质消化率等性状的遗传规律,按照随机区组设计将183份自交系为材料种植... 为了初步揭示玉米粗蛋白含量、淀粉含量、中性洗涤纤维(neutral detergent fiber,NDF)含量、酸性洗涤纤维(acid detergent fiber,ADF)含量、可溶性糖含量和体外干物质消化率等性状的遗传规律,按照随机区组设计将183份自交系为材料种植于贵阳,测定玉米粗蛋白含量、淀粉含量、NDF含量、ADF含量、可溶性糖含量和体外干物质消化率,利用Maize SNP 50芯片对供试材料进行基因分型,采用混合线性模型进行全基因组关联分析,结果显示,分别鉴定出31、61、11、36、20和42个与粗蛋白、淀粉、NDF、ADF、可溶性糖及体外干物质消化率显著相关的单核苷酸多态性位点(SNP)(P<0.001),对表型变异的解释率分别为5.80%~11.40%、5.78%~11.38%、5.78%~7.85%、5.81%~10.37%、5.78%~7.35%和5.79%~11.33%。同时,发现SYN6712、PHM1190.3、SYN7541和PZE-104072386属于一因多效位点;其中,6号染色体上的SYN6712、PHM1190.3和SYN7541同时与淀粉、体外干物质消化率显著关联,4号染色体上的PZE-104072386同时与ADF、可溶性糖显著关联,经过等位变异鉴定发现T/T基因型是SYN6712和PHM1190.3的优异等位变异,并挖掘到了Zm00001d037272、Zm00001d037386、Zm00001d037532和Zm00001d051166等候选基因。 展开更多
关键词 青贮玉米 品质性状 全基因组关联分析 单核苷酸多态性位点 优异等位变异 候选基因
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白介素-16基因多态性与膝骨性关节炎的易感性研究 被引量:2
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作者 罗世兴 张均锦 +3 位作者 龙光华 董桂甫 苏伟 秦雪 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第7期951-955,共5页
目的:探讨汉族人群中白介素-16(interleukin-16,IL-16)基因单核苷酸多态性与膝关节骨性关节炎knee osteoarthritis,KOA)的相关性。方法:采用“病例-对照”研究方法,纳入150例汉族KOA患者与147例非KOA受试者,其年龄、性别、体... 目的:探讨汉族人群中白介素-16(interleukin-16,IL-16)基因单核苷酸多态性与膝关节骨性关节炎knee osteoarthritis,KOA)的相关性。方法:采用“病例-对照”研究方法,纳入150例汉族KOA患者与147例非KOA受试者,其年龄、性别、体质指数相匹配。采用苯酚氯仿法提取外周血白细胞基因组DNA,聚合酶链反应限制性片段长度多态性的方法检测IL-16基因rs11556218、rs4072111和rs47788893个位点与KOA的遗传易感相关性,并用基因测序验证结果。结果:病例组和对照组中3个位点基因型分布均符合Hardy—Weinberg平衡。KOA组rsll556218的T/G基因型频率高于非KOA的人群(OR=2.06,95%CI=1.26~3.35,P=0.005),G/G也明显增加发病风险(OR=2.52,95%CI=1.10—5.74,P=0.005),rs4072111的C/T基因型KOA的发病风险较C/C基因型明显增加(OR=2.45,95%CI=1.42~4.22,P=0.000),T/T也明显增加发病风险(OR=4.04,95%CI=1.06—15.37,P=0.000);rsll556218与rs4778889存在连锁不平衡关系(D’=0.63,R。=0.236),单倍型TTT增加KOA的发病风险(OR=3.70,95%CI=1.57—8.72,P=-0.003),GCC也增加了KOA的发病风险(OR=6.22,95%CI=2.37—16.33,P=0.000)。结论:汉族人群中IL—16基因多态性可能与KOA易感性有关。 展开更多
关键词 骨性关节炎 多态性 单核苷酸 白介素-16
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ABCA1启动子区及7外显子基因突变对汉族人群高密度脂蛋白胆固醇水平的影响 被引量:2
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作者 祁莉萍 严晓伟 +2 位作者 叶平 党爱民 方全 《中华老年心脑血管病杂志》 CAS 北大核心 2010年第5期431-433,共3页
目的研究汉族人群ABCA1启动子区-565C/T及7外显子G1051A基因多态性对HDL-C水平的影响。方法应用连接酶检测反应法对519例冠心病患者(冠心病组)及541例同期住院或体检者(对照组)测试-565C/T及G1051A基因型,生化检测HDL-C水平,分析HDL-C... 目的研究汉族人群ABCA1启动子区-565C/T及7外显子G1051A基因多态性对HDL-C水平的影响。方法应用连接酶检测反应法对519例冠心病患者(冠心病组)及541例同期住院或体检者(对照组)测试-565C/T及G1051A基因型,生化检测HDL-C水平,分析HDL-C水平与不同基因型的关系。结果 -565C/T的CC、CT、TT不同基因型的HDL-C水平分别为(1.19±0.81)mmol/L、(1.14±0.28)mmol/L和(1.12±0.28)mmol/L,无显著差异(P=0.44);G1051A的GG+GA、AA不同基因型的HDL-C水平分别为(1.18±0.61)mmol/L和(1.29±0.27)mmol/L,无显著差异(P=0.52);logistic回归模型分析显示,校正年龄、性别、吸烟后,A等位基因系冠心病保护性因素(OR=0.428,95% CI:0.227~0.603,P=0.009)。结论 ABCA1-565C/T及G1051A 2种单核苷酸多态性与HDL-C水平无相关性;G1051A的A等位基因系冠心病保护性因素。 展开更多
关键词 胆固醇 HDL 突变 冠心病 基因型 多态性 单核苷酸 基因频率
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PD-L1基因3’UTR单核苷酸多态性与膀胱尿路上皮癌关系的病例对照研究 被引量:1
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作者 刘静 王永华 +3 位作者 于仑 牛海涛 刘勇 孙立江 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第7期762-766,共5页
目的:探讨免疫关卡点分子程序性死亡配体1(programmed death ligand 1,PD-L1)基因3’端非翻译区(3’untranslated region,3’UTR)单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与膀胱尿路上皮癌(bladder urothelial carcinoma,B... 目的:探讨免疫关卡点分子程序性死亡配体1(programmed death ligand 1,PD-L1)基因3’端非翻译区(3’untranslated region,3’UTR)单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与膀胱尿路上皮癌(bladder urothelial carcinoma,BUC)发病风险及临床病理特征之间的关系。方法:采用病例-对照研究方法,PCR-LDR技术分别检测2013年6月至2015年12月在青岛大学附属医院泌尿外科住院手术治疗的213例BUC患者和251例同期健康体检者PD-L1基因3’UTR的rs4143815位点和rs2297136位点基因型分布频率,采用卡方检验和非条件多因素Logistic回归分析不同基因型与BUC发病风险以及临床病理特征之间的关系。结果:BUC组PD-L1基因3’UTR的rs4143815位点基因型分布频率与对照组相比存在明显差异,GG基因型个体发生BUC的风险是CC基因型的2.83倍(95%CI:1.82~4.64,P<0.01),携带G突变基因(CG/GG基因型)个体BUC发病风险是CC型基因个体的1.53倍(95%CI:1.01~2.24,P<0.01),同时BUC组rs4143815位点携带G突变基因频率与BUC病理分级和临床分期具有相关性(P<0.05或P<0.01);而在rs2297136位点,BUC组和对照组基因型分布频率无显著差异,CC、CT及TT基因型个体之间发生BUC的风险亦无显著差异(均P>0.05)。结论:PD-L1基因3’UTR的rs4143815位点SNP与BUC的发病风险和恶性进展可能具有相关性。 展开更多
关键词 膀胱肿瘤 程序性死亡配体1 3’端非翻译区 单核苷酸多态性
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EGFR基因rs1024750多态性显著影响钙加维生素D干预绝经后白人妇女的血钙水平(英文) 被引量:1
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作者 王萍 徐潇静 +3 位作者 卜锋啸 周宇 叶安 周伯庭 《中国临床药理学与治疗学》 CAS CSCD 2014年第7期772-779,共8页
目的:考察EGFR基因多态性对钙加维生素D连续4年干预绝经后白人妇女血钙等人体成分的影响。方法:本研究共招募美国中西部农村地区201名绝经后白人妇女,每日三次服用钙剂(乳酸钙1 400mg/d或碳酸钙1 500mg/d)加维生素D(1 100IU/d),170名受... 目的:考察EGFR基因多态性对钙加维生素D连续4年干预绝经后白人妇女血钙等人体成分的影响。方法:本研究共招募美国中西部农村地区201名绝经后白人妇女,每日三次服用钙剂(乳酸钙1 400mg/d或碳酸钙1 500mg/d)加维生素D(1 100IU/d),170名受试者完成了4年的临床试验。用Haploview软件4.2版挑选EGFR基因35个目标SNP并基因分型。每年对受试者的人体成分进行测试,分析目标SNP与人体成分的相关性。结果:在人体成分中,仅有血钙基础水平与EGFR基因rs1024750位点基因多态性显著相关(P<0.05),血钙水平AA型>GA型>GG型。进行钙加维生素D干预后,血钙每年的变化值与该位点多态性显著相关,血钙变化值GG型>GA型>AA型。结论:EGFR基因rs1024750位点多态性与钙加维生素D干预绝经后白人妇女体内的血钙水平变化值显著相关。 展开更多
关键词 EGFR 基因 单核苷酸多态性 维生素D
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中国汉族TGF-β1基因-800G>A多态性与脑梗死的相关性(英文)
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作者 谢逸群 曾凯敏 +1 位作者 王依宁 许宏伟 《中南大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2009年第12期1166-1170,共5页
目的:探讨转化生长因子β1(transforming growth factorβ1,TGF-β1)基因多态性与脑梗死的关系。方法:利用多聚酶链反应-限制性片段长度多态性分析法检测247例脑梗死(cerebral infarction,CI)患者及167例性别、年龄匹配的健康体检者-800... 目的:探讨转化生长因子β1(transforming growth factorβ1,TGF-β1)基因多态性与脑梗死的关系。方法:利用多聚酶链反应-限制性片段长度多态性分析法检测247例脑梗死(cerebral infarction,CI)患者及167例性别、年龄匹配的健康体检者-800G>A多态位点的基因型,并计算出各等位基因频率在组中的频率分布。结果:中国湖南汉族人群中存在-800G>A位点多态性。-800G>A基因型在两个人群中的分布符合Hardy-Weinberg平衡,脑梗死组与对照组相比,基因型及等位基因频率分布无统计学差异(P>0.05),Logistic回归分析未发现某种基因型增加或者降低脑梗死发生的风险。结论:TGF-β1-800G>A基因多态性与中国湖南地区汉族人群脑梗死无明显相关性。 展开更多
关键词 脑梗死 转化生长因子Β1 基因多态性 单核苷酸多态性
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猪锚蛋白重复序列和SOCS盒蛋白基因4与生长因子受体结合蛋白基因10的克隆及印迹状态分析
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作者 周洋 朱江 +3 位作者 焦明霞 王加强 孔庆然 刘忠华 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2013年第8期1-7,共7页
本试验采用单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)直接测序法检测猪锚蛋白重复序列和SOCS盒蛋白基因4(ankyrin repeat and SOCS box containing protein 4,Asb4)与生长因子受体结合蛋白基因10(growth factor recep-tor-bo... 本试验采用单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)直接测序法检测猪锚蛋白重复序列和SOCS盒蛋白基因4(ankyrin repeat and SOCS box containing protein 4,Asb4)与生长因子受体结合蛋白基因10(growth factor recep-tor-bound protein 10,Grb10)在不同组织器官中的印迹状态。首先,克隆得到了1350bp的Asb4基因cDNA序列及1811bp的Grb10基因cDNA序列,然后进行了SNP直接测序法检测。结果发现,Asb4在1月龄仔猪所有检测组织器官中均为双等位基因表达,而Grb10在1月龄仔猪的舌、肾脏、胃、小肠和脑中为父源等位基因表达,在其他组织器官中为双等位基因表达。实时定量PCR结果表明,Grb10在10种组织器官中的表达量存在显著性差异(P<0.05),其中在肺脏组织中的表达量最高,在小肠和脑中表达量最低。上述结果表明,Grb10可能是猪父源表达的印迹基因,而Asb4则属于猪非印迹基因。 展开更多
关键词 锚蛋白重复序列和SOCS盒蛋白基因4 生长因子受体结合蛋白基因10 单核苷酸多态性 印迹基因
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