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基于SMRT技术的水杉全长转录组分析及基因功能注释 被引量:2
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作者 刘小红 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期27-32,共6页
以水杉原生种为材料,提取其幼嫩植株的根、茎和叶的总RNA,经mRNA纯化、反转录、全长转录组文库构建等过程,再采用SMRT技术测定其全长转录本序列,运用生物信息学对获得的原始转录组数据进行分析。结果显示:提取的总RNA符合建库要求;全长... 以水杉原生种为材料,提取其幼嫩植株的根、茎和叶的总RNA,经mRNA纯化、反转录、全长转录组文库构建等过程,再采用SMRT技术测定其全长转录本序列,运用生物信息学对获得的原始转录组数据进行分析。结果显示:提取的总RNA符合建库要求;全长转录组测序共获得了包含5914711个亚读段(subreads)的14.0 Gb的数据,质量控制处理后包括236130个全长非嵌合读段(reads)和97626个一致性reads;转录本经去冗余处理后共获得61057个全长一致性读段(unigenes),其中有54099个被成功注释到7个数据库中,注释比达88.60%;对水杉unigenes作CDS(coding sequence)长度分布及转录因子分析,其CDS长度范围为144~6477 nt,平均长度约为679 nt;共检测到2386个转录因子,这些转录因子可以归类为29个家族。 展开更多
关键词 水杉 单分子测序技术 全长转录组 基因 功能注释
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单分子实时测序技术的原理与应用 被引量:44
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作者 柳延虎 王璐 于黎 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期259-268,共10页
单分子DNA测序技术是近10年发展起来的新一代测序技术,也称为第三代测序技术,包括单分子实时测序、真正单分子测序、单分子纳米孔测序等技术。文章介绍了单分子实时(Single-molecule real-time,SMRT)测序技术的基本原理、性能以及应用。... 单分子DNA测序技术是近10年发展起来的新一代测序技术,也称为第三代测序技术,包括单分子实时测序、真正单分子测序、单分子纳米孔测序等技术。文章介绍了单分子实时(Single-molecule real-time,SMRT)测序技术的基本原理、性能以及应用。与Sanger测序法和下一代测序技术相比,SMRT测序具有超长读长、测序周期短、无需模板扩增和直接检测表观修饰位点等特点,为研究人员提供了新选择。同时,SMRT测序的低准确率备受争议(约85%),其中约93%的错误是插入缺失,因此,其数据应用于基因组组装前需先对数据进行纠错处理。目前,SMRT测序在小型基因组从头测序和完整组装中已有良好应用,并且已经或将在表观遗传学、转录组学、大型基因组组装等领域发挥其优势,促进基因组学的研究。 展开更多
关键词 单分子测序 pacbio smrt测序
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婴儿肠道菌群中乳酸菌的分离鉴定及其多样性分析 被引量:3
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作者 周彦宏 李虹甫 +5 位作者 陈思涵 林官根 刘昕宇 满朝新 徐红华 姜毓君 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2018年第19期96-100,108,共6页
结合传统培养方法与基于PacBio Sequel平台的单分子实时(Single-molecule real-time,SMRT)三代测序技术,对中国婴儿肠道菌群中的乳酸菌进行分离鉴定并分析其多样性,同时探究抗生素治疗对婴儿肠道乳酸菌多样性的影响。采用稀释涂布法培... 结合传统培养方法与基于PacBio Sequel平台的单分子实时(Single-molecule real-time,SMRT)三代测序技术,对中国婴儿肠道菌群中的乳酸菌进行分离鉴定并分析其多样性,同时探究抗生素治疗对婴儿肠道乳酸菌多样性的影响。采用稀释涂布法培养分离粪便样品菌落,运用生理生化试验及16S rDNA序列比对鉴定菌株,并分析不同菌株间的系统发育关系。同时提取整体粪便样品的基因组DNA进行16S rDNA全长SMRT测序,利用QIIME、Mothur等生物信息学分析软件进行细菌群落结构和多样性分析。结果表明:中国婴儿肠道菌群中乳酸菌丰度及多样性普遍较低,传统培养方法分离出7种共32株乳酸菌,经鉴定为Lactobacillus rhamnosus、Enterococcus faecalis、L.gasseri、L.plantarum、L.casei、Pediococcus pentosaceus与Bifidobacterium longum; SMRT测序技术共获得11种乳酸菌,分别为L. rhamnosus、E.faecalis、L. gasseri、L. casei、P. pentosaceus、L. paracasei、L. salivarius、L. paraplantarum、L. porcinae、B. pseudocatenulatum、B.longum。其中,抗生素组仅分离检测到2种乳酸菌,分别为L.porcinae和E.faecalis。传统培养方法与SMRT测序技术对婴儿肠道菌群中乳酸菌多样性的分析存在差异,且抗生素的使用会降低婴儿肠道菌群中乳酸菌的多样性。 展开更多
关键词 婴儿肠道菌群 乳酸菌 多样性分析 抗生素 单分子实时测序
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基于实时定量测序和分离培养技术分析不同绍兴黄酒酒药中的功能微生物 被引量:1
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作者 杨晨 刘双平 +3 位作者 赵禹宗 朱莹 韩笑 毛健 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期232-238,共7页
酒药是传统黄酒酿造过程中重要的动力源,具有糖化和发酵的双重作用,绍兴酒药赋予绍兴酒独特的品质。为探究绍兴地区不同酒厂酒药微生物组成、理化指标及其特性,首先通过单分子实时定量测序技术(single molecule real time sequencing,SM... 酒药是传统黄酒酿造过程中重要的动力源,具有糖化和发酵的双重作用,绍兴酒药赋予绍兴酒独特的品质。为探究绍兴地区不同酒厂酒药微生物组成、理化指标及其特性,首先通过单分子实时定量测序技术(single molecule real time sequencing,SMRT-seq)研究酒药的微生物组成,然后测定酒药水分含量、酸度及酶活性等相关理化指标,最后筛选鉴定酒药中核心微生物并研究其功能特性。微生物群落结构分析结果表明,不同酒厂酒药细菌群落种类及相对丰度差异较大,以戊糖片球菌(Pediococcus pentosaceus)、食窦魏斯氏菌(Weissella cibaria)、肠杆菌属为主(Enterococcus);真菌较为稳定,以扣囊复膜酵母(Saccharomycopsis fibuligera)为主。理化指标结果显示,JH酒厂酒药水分含量(14.52%)显著高于其他酒厂样品(P<0.05),TP和JH酒厂的酒药酸度(33.14和35.49 g/kg)和液化力(1.4和1.31 U/g)显著高于其他酒厂样品(P<0.05),SYH酒厂酒药的酸性蛋白酶活力最高,为190.08 U/g(P<0.05)。不同厂区酒药存在一定差异,但在核心功能性微生物组成及特性方面具有一致性,筛选得到71株微生物,功能分析结果显示扣囊复膜酵母对酒药酵母的淀粉酶和蛋白酶活性贡献最大,异常威克汉姆酵母可能是潜在的风味贡献者。该研究为未来酒药机械化生产提供理论依据,筛选获得的功能微生物能够为机械化黄酒风味提升提供菌种。 展开更多
关键词 酒药 实时定量测序技术(smrt-seq) 理化因子 群落结构 功能分析
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应用单分子实时测序技术解析酱香型白酒高温大曲制作过程细菌多样性 被引量:11
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作者 谢丹 吴成 +7 位作者 程平言 黄魏 毕远林 张健 李岭卓 汪地强 尤小龙 胡峰 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2022年第19期58-64,共7页
应用单分子实时测序(single molecule real-time sequencing,SMRT)技术解析酱香型白酒高温机械制曲和人工曲发酵过程中细菌群落结构多样性。结果表明:在门水平上,整个发酵过程2种大曲中的优势菌门一致,皆以Firmicutes为主导;在属水平上... 应用单分子实时测序(single molecule real-time sequencing,SMRT)技术解析酱香型白酒高温机械制曲和人工曲发酵过程中细菌群落结构多样性。结果表明:在门水平上,整个发酵过程2种大曲中的优势菌门一致,皆以Firmicutes为主导;在属水平上的优势细菌属共20个,包括Weissella、Kroppenstedtia、Thermoastinomyces等。其中,曲坯入房环节的优势菌属均为Weissella;在一次翻曲环节,人工曲以Thermoastinomyces为优势菌属,机械曲则以Weissella、Scopulibacillus、Bacillus为优势菌属;在二次翻曲环节,人工曲以Lentibacillus为主要菌属,机械曲以Weissella为主要菌属;在拆曲环节细菌多样性降低,人工曲和机械曲均以Kroppenstedtia为主要菌属。表明2种大曲在发酵过程中优势菌群存在一定的差异性,但随着发酵进行最终演替为相同的优势菌群。相关性结果表明,多数细菌属之间呈显著正相关调节机制,机械曲和人工曲之间的相互性进一步揭示了高温大曲制作过程中细菌群落间存在的复杂相互作用关系。该研究为明确酱香型白酒高温大曲发酵机理提供了基础数据。 展开更多
关键词 酱香型白酒 高温大曲 单分子实时测序(pacbio smrt) 机械制曲 人工制曲 细菌多样性
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