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Panax ginseng-specific sequence characterized amplified region (SCAR) marker for testing medicinal products 被引量:1
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作者 蒋秋桃 刘丽 +6 位作者 肖炳燚 李文莉 罗晖明 聂平 丁野 李洁 李文章 《Journal of Central South University》 SCIE EI CAS CSCD 2018年第5期1052-1062,共11页
To screen genetic polymorphisms of Panax ginseng, as well as those of Panax quinquefolium and Panax notoginseng, analysis of random amplified polymorphic DNA (RAPD) was performed using 120 random primers. Of the suc... To screen genetic polymorphisms of Panax ginseng, as well as those of Panax quinquefolium and Panax notoginseng, analysis of random amplified polymorphic DNA (RAPD) was performed using 120 random primers. Of the successful amplicons obtained, the Panax ginseng-specific RAPD marker C-12 was cloned into a TA vector and sequenced (Genl3ank access number KU553472). Based on the sequence analysis results, a pair of primers specific to C-12 was designed. Finally, a SCAR marker-based identification system for Panax ginseng was developed after optimization of the reaction conditions. Using this method, two positive bands were stably observed at 300 bp and 130 bp in 33 batches of Panax ginseng samples tested, while negative results were obtained for another 101 batches of samples, including Panax quinquefolium, Panax notoginseng, adulterants, and other medicinal herbs. Thus, we successfully developed a PCR-based method for rapid and effective identification of Panax ginseng, which can be effectively used for the protection and utilization of germplasm resources and identification of the origins of Panax ginseng samples. 展开更多
关键词 Panax ginseng random amplified polymorphic DNA (RAPD) sequence characterized amplified regions(scar molecular identification
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基于SCAR标记和DNA条形码技术的苍术基原鉴别研究
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作者 陈研 冯露露 +1 位作者 黄荣 齐伟辰 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2024年第2期490-501,共12页
目的开发出能同时鉴别北苍术和关苍术的分子标记方法,并探究不同种质资源苍术的遗传进化关系。方法对不同地区北苍术Atractylodes chinensis(Bunge)Koidz及关苍术A.japonica Koidz.ex Kitam基因组DNA的差异片段进行测序,结合SRAP、ISSR... 目的开发出能同时鉴别北苍术和关苍术的分子标记方法,并探究不同种质资源苍术的遗传进化关系。方法对不同地区北苍术Atractylodes chinensis(Bunge)Koidz及关苍术A.japonica Koidz.ex Kitam基因组DNA的差异片段进行测序,结合SRAP、ISSR、DAMD分子标记方法,优化PCR反应体系,筛选并转换成特异性标记,同时,采用条形码方法分析种间序列差异。结果通过SRAP、ISSR、DAMD三种分子标记方法的PCR扩增,共筛选出198对能稳定扩增且重现性好的引物,转换出7对能稳定、快速鉴别北苍术和关苍术的SCAR引物。条形码方法检测出北苍术ITS2序列长度为454 bp,关苍术ITS2序列长度为453 bp,与其他苍术属植物之间遗传距离较远。NJ树结果显示,北苍术、关苍术及其他苍术属植物均各自聚为一支,表现出良好的单系性。依据ITS2二级结构,4种苍术属植物在螺旋区的茎环数目、大小、位置均有明显差异,可以直观地进行区分。结论所开发的特异性SCAR标记为苍术属植物优良品种的筛选提供了新方法,DNA条形码能稳定、准确鉴别北苍术。 展开更多
关键词 北苍术 关苍术 Internal transcribed spacer 2(ITS2) sequence-related amplified polymorphism(SRAP) Inter-simple sequence repeat(ISSR) Direct amplification of minisatellite region DNA(DAMD) sequence characterized amplified regions(scar)
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玉米对生性状两个显性基因SCAR分子标记 被引量:22
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作者 谢传晓 朱苏文 +2 位作者 李培金 程备久 余增亮 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2002年第8期38-41,共4页
把与玉米对生叶突变体对生性状两个显性位点紧密连锁的RAPD标记S312 3 77与S36 0 60 2 成功地转化成SCAR标记CBJ1与CBJ2。对RAPD片段的纯化、T A克隆、SCARPCR引物的设计等SCAR标记转化进行了探讨 ,并对CBJ1与CBJ2进行了验证 ,为对生玉... 把与玉米对生叶突变体对生性状两个显性位点紧密连锁的RAPD标记S312 3 77与S36 0 60 2 成功地转化成SCAR标记CBJ1与CBJ2。对RAPD片段的纯化、T A克隆、SCARPCR引物的设计等SCAR标记转化进行了探讨 ,并对CBJ1与CBJ2进行了验证 ,为对生玉米的分子标记辅助选择与定位克隆奠定了基础。 展开更多
关键词 显性基因 分子标记 玉米 对生性状 scar标记 对生叶突变体 育手中 遗传学
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抗 SMV 栽培大豆种质资源的 SCAR 标记指纹图谱分析 被引量:9
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作者 张志永 张劲松 +4 位作者 巩学千 陈受宜 盖钧镒 胡蕴珠 智海剑 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 1998年第10期49-53,共5页
依据与SMV(SoybeanMosaicVirus)抗性基因紧密连锁的共显性SCAR标记SCW—05660的序列测定结果,合成了两对SCAR(SequenceCharacterizedAmplifiedRe-gion... 依据与SMV(SoybeanMosaicVirus)抗性基因紧密连锁的共显性SCAR标记SCW—05660的序列测定结果,合成了两对SCAR(SequenceCharacterizedAmplifiedRe-gions)标记特异引物,对30个栽培大豆品种进行了指纹图谱分析。结果表明,较短的片段S—5600和S—05660是抗病品种的特征性条带;而较长的片段S—51000和S—51600是感病品种的特征性条带。Southern杂交结果表明,这两对引物扩增出的条带具有同源性。 展开更多
关键词 scar 抗病品种 指纹图谱 大豆分子标记
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洋葱细胞质雄性不育基因RAPD及SCAR分子标记研究 被引量:13
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作者 陈沁滨 侯喜林 +2 位作者 陈晓峰 张静宜 薛萍 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期16-19,共4页
对洋葱雄性不育系101A及其保持系101B基因组DNA进行RAPD分析,共使用了200条随机引物,其中有188条引物在两系之间都得到了扩增产物,68条引物扩增结果在两系之间表现出了遗传多态性。在其不育系中获得了1条稳定扩增的片段AK151400,序列测... 对洋葱雄性不育系101A及其保持系101B基因组DNA进行RAPD分析,共使用了200条随机引物,其中有188条引物在两系之间都得到了扩增产物,68条引物扩增结果在两系之间表现出了遗传多态性。在其不育系中获得了1条稳定扩增的片段AK151400,序列测定结果表明,AK151400序列全长为1 360 bp,其编码的氨基酸序列与水稻(O ryza sativaL.)的GA3(AP005256.3,G I:50508703)序列有59%的同源性和75%的相似性。根据序列测定结果设计了1对特异引物,将AK151400转化为更稳定的SCAR标记。 展开更多
关键词 洋葱 细胞质雄性不育 RAPD scar
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中国舞毒蛾六个地理种群的RAPD分析及SCAR标记构建 被引量:11
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作者 张浩 陈乃中 李正西 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期714-721,共8页
舞毒蛾Lymantria disparL.是世界性农林害虫,包含不同的亚种,其中亚洲舞毒蛾的雌蛾具有较强的飞行能力,已成为国际性的重要检疫性有害生物。然而,不同舞毒蛾亚种及种群间形态难辨,因此采用传统的手段鉴别舞毒蛾亚种种群是很困难的。本... 舞毒蛾Lymantria disparL.是世界性农林害虫,包含不同的亚种,其中亚洲舞毒蛾的雌蛾具有较强的飞行能力,已成为国际性的重要检疫性有害生物。然而,不同舞毒蛾亚种及种群间形态难辨,因此采用传统的手段鉴别舞毒蛾亚种种群是很困难的。本研究首先采用RAPD标记分析了中国舞毒蛾6个地理种群的遗传多态性。结果表明,所检测的舞毒蛾种群的遗传分化系数Gst为0.7571,由此推算出的平均有效迁移数(基因流参数)Nem为0.1604,说明不同舞毒蛾种群间的遗传分化程度较高,缺乏广泛的基因流动。本研究在RAPD遗传分析基础之上,筛选出了4个舞毒蛾种群的特异性遗传位点,然后对这些特异性位点进行了克隆测序、序列分析和位点特异性引物设计。结果表明,其中2个舞毒蛾种群的位点特异性引物可产生序列特征性扩增区域(SCAR)标记。经验证,这些标记可被用来鉴别特定的舞毒蛾地理种群,因此有助于对这些舞毒蛾地理种群的分布与扩散进行监测。 展开更多
关键词 舞毒蛾 地理种群 RAPD标记 scar标记
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香菇135菌株特异SCAR标记的分布和遗传特性 被引量:6
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作者 张美彦 尚晓冬 +2 位作者 谭琦 陈明杰 潘迎捷 《食用菌学报》 2008年第4期1-10,共10页
用香菇(Lentinula edodes)135菌株的特异SCAR(Sequence Characterized Amplified Region)引物135F/R(扩增601bp的条带)对135菌株的58个原生质体单核体和97个孢子单核体的基因组DNA进行扩增.检验此特异标记在单核体中的分布和遗传规律。... 用香菇(Lentinula edodes)135菌株的特异SCAR(Sequence Characterized Amplified Region)引物135F/R(扩增601bp的条带)对135菌株的58个原生质体单核体和97个孢子单核体的基因组DNA进行扩增.检验此特异标记在单核体中的分布和遗传规律。原生质体单核体分为两种交配型A1B1和A2B2,此标记仅存在于后一种核中;另外,此标记在四种交配型的孢子单核体后代中随机分布,显示这个SCAR标记可以稳定遗传到后代,而且与交配型A、B因子之间没有连锁关系。 展开更多
关键词 遗传规律 香菇 交配型 特异scar标记
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1个与卡瓦胡椒特异的SCAR标记的获得 被引量:1
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作者 施江 辛莉 +1 位作者 谭琳 郑学勤 《热带作物学报》 CSCD 2007年第2期50-53,共4页
采用6份卡瓦胡椒材料、21份栽培胡椒和野生胡椒材料、1份不同属的草胡椒材料共计28份试验材料,在对它们进行了RAPD研究的基础上,进行了SCAR分子标记研究。设计1对卡瓦胡椒特异SCAR引物P8.1和P8.2,用这对特异引物对本次试验的28份材料进... 采用6份卡瓦胡椒材料、21份栽培胡椒和野生胡椒材料、1份不同属的草胡椒材料共计28份试验材料,在对它们进行了RAPD研究的基础上,进行了SCAR分子标记研究。设计1对卡瓦胡椒特异SCAR引物P8.1和P8.2,用这对特异引物对本次试验的28份材料进行PCR扩增,结果只有6份卡瓦胡椒材料扩增出了预期大小355bp的特异带,其它材料均无任何扩增。这说明引物P8.1和P8.2为卡瓦胡椒特异SCAR引物,这对卡瓦胡椒种质资源的鉴定有一定帮助。 展开更多
关键词 卡瓦胡椒 胡椒 RAPD scar
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23株酿酒酵母ISSR指纹图谱分析及SCAR标记的建立
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作者 栾春艳 李晓玲 +2 位作者 郑国斌 姚娟 王健 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第3期163-167,共5页
目的:构建酿酒酵母菌株的简单重复序列间多态性指纹图谱数据库并建立序列特异性扩增区(sequence characterized amplifi ed region,SCAR)标记技术,为酿酒酵母菌株的分类、遗传亲缘关系鉴定及菌种专利保护提供可靠的DNA分子标记技术依据... 目的:构建酿酒酵母菌株的简单重复序列间多态性指纹图谱数据库并建立序列特异性扩增区(sequence characterized amplifi ed region,SCAR)标记技术,为酿酒酵母菌株的分类、遗传亲缘关系鉴定及菌种专利保护提供可靠的DNA分子标记技术依据。方法:在简单重复序列间多态性(inter-simple sequence repeat,ISSR)指纹数据分析基础上进行聚类分析并对菌种进行分类鉴定,同时将酿酒酵母菌株9号和15号中扩增获得的ISSR特异性DNA带转化为可以直接用于菌株快速鉴定的SCAR分子标记。结果:构建23株酿酒酵母的ISSR指纹图谱,并在相似系数为0.85水平上将23个供试菌株分为3大类,其中,1、2、4、7、15、16、17、19、20、21、23聚为第一类;10、11、12、13、14、18号菌株聚为第二类且10号和11号菌为同一菌株;3、5、6、8、9、22号菌聚为第三类且属于同一菌株。此外,利用所获得的2个特异性条带成功转化为序列特异性扩增区分子标记。结论:在生产上酿酒酵母菌株遗传背景差异不大,常存在同物异名现象,而采用ISSR指纹及其SCAR分子标记技术快速鉴定酿酒酵母菌株在工业生产上具有重要意义。 展开更多
关键词 酿酒酵母菌 简单重复序列间多态性 DNA指纹图谱 序列特异性扩增区
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假松口蘑的SCAR特异性分子标记
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作者 兰西 吴松权 +1 位作者 金美玉 全雪丽 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2015年第4期906-909,共4页
由于假松口蘑与松口蘑外观与口感相似,常被混入松口蘑中销售,严重影响松口蘑品质。本研究基于SRAP分子标记从300对引物组合中筛选出1对假松口蘑具有特异性的引物,并将这对引物的扩增产物进行克隆、测序以及重新设计引物,成功构建了假松... 由于假松口蘑与松口蘑外观与口感相似,常被混入松口蘑中销售,严重影响松口蘑品质。本研究基于SRAP分子标记从300对引物组合中筛选出1对假松口蘑具有特异性的引物,并将这对引物的扩增产物进行克隆、测序以及重新设计引物,成功构建了假松口蘑的SCAR特异性分子标记(502 bp)。通过进一步验证,该SCAR标记只在假松口蘑个体中出现,表明所建立的SCAR标记可在分子水平上快速、准确地鉴定出假松口蘑。 展开更多
关键词 松口蘑 假松口蘑 SRAP scar
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不结球白菜Pol胞质雄性不育系和其保持系的RAPD分析及分子标记的筛选 被引量:8
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作者 邓晓辉 张蜀宁 +1 位作者 侯喜林 陈沁滨 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期19-22,共4页
对不结球白菜Pol胞质雄性不育系(CMS)及其保持系基因组DNA进行RAPD分析,共使用了386条随机引物,其中有346条引物在两系之间都得到了扩增产物,64条引物扩增结果在两系之间表现出了遗传多态性。在其不育系中获得了1条稳定扩增的片段OPAY10... 对不结球白菜Pol胞质雄性不育系(CMS)及其保持系基因组DNA进行RAPD分析,共使用了386条随机引物,其中有346条引物在两系之间都得到了扩增产物,64条引物扩增结果在两系之间表现出了遗传多态性。在其不育系中获得了1条稳定扩增的片段OPAY1000,序列测定结果表明,OPAY序列全长为1 053 bp,在GenBank中的登录号为DQ320101。根据序列测定结果设计了1对特异引物,将OPAY1000转化为更稳定的SCAR标记。 展开更多
关键词 不结球白菜 RAPD 序列特定扩增区域(scar)
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小麦大穗材料西农9814外源物质的分子细胞遗传学检测
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作者 闫林 王辉 +4 位作者 武军 孙道杰 李学军 冯毅 闵东红 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2009年第5期94-98,共5页
【目的】检测小麦品种西农9814的外源物质,分析其遗传基础,为西农9814的进一步改良及应用提供依据。【方法】以中国春为对照,以西农9814及其亲本临旱957和西农1718为供试材料,采用基因组原位杂交(GISH)、SCAR标记和微卫星(SSR)技术进行... 【目的】检测小麦品种西农9814的外源物质,分析其遗传基础,为西农9814的进一步改良及应用提供依据。【方法】以中国春为对照,以西农9814及其亲本临旱957和西农1718为供试材料,采用基因组原位杂交(GISH)、SCAR标记和微卫星(SSR)技术进行外源物质检测。【结果】通过GISH分析,推测西农9814是1BL-1RS或6BL-1RS的小麦-黑麦易位系;SCAR分析检测发现,西农9814和其亲本西农1718均含有黑麦1.5kb的1RS特征条带,通过SSR分析发现,在黑麦和西农9814中,1BS上的2对引物未扩增出1BS条带,而6BS上的2条引物扩增出了6BS条带,证实西农9814为黑麦的1BL/1RS易位系,而且为1RS的整臂易位。【结论】小麦品种西农9814为黑麦的1BL/1RS易位系。 展开更多
关键词 小麦 1BL/1RS易位 基因组原位杂交 scar标记 SSR
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利用小麦SSR标记追踪大赖草染色体Lr.2、Lr.7、Lr.14及其片段 被引量:3
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作者 吴彬 周波 陈佩度 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期1-6,共6页
定位于小麦 7个部分同源群上的 337对SSR引物中有 113对SSR引物可检测到大赖草与普通小麦基因组间多态性 ,对小麦大赖草Lr 2、Lr 7和Lr 14的异附加系和易位系的进一步分析表明 ,小麦 7BL上的SSR引物 gwm112在大赖草染色体Lr 2上具有特... 定位于小麦 7个部分同源群上的 337对SSR引物中有 113对SSR引物可检测到大赖草与普通小麦基因组间多态性 ,对小麦大赖草Lr 2、Lr 7和Lr 14的异附加系和易位系的进一步分析表明 ,小麦 7BL上的SSR引物 gwm112在大赖草染色体Lr 2上具有特异扩增位点 ,可用来追踪Lr 2 ;5AS上的SSR引物 gwm2 0 5、 5AL的 gwm15 6和 5DL上的gwm2 12在Lr 7和Lr 14中均有特异扩增产物 ,可用于追踪Lr 7和Lr 14 ;而 7AL上的SSR引物 gwm6 3仅在大赖草染色体Lr 7上具有扩增位点。这不仅揭示了Lr 7可能存在第 5和第 7部分同源群染色体重排 ,而且也表明将引物gwm2 0 5、gwm15 6、gwm2 12与 gwm6 3相结合可分别追踪大赖草Lr 7和Lr 14染色体及其片段。利用这些SSR引物可追踪同一植株中不同的大赖草染色体 ;与簇毛麦染色体 6V上的SCAR标记相结合 。 展开更多
关键词 小麦 大赖草 簇毛麦 简单重复序列 特异序列扩增区域标记 染色体
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