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海南本地抗病小米辣响应象耳豆根结线虫侵染的miRNA鉴定及其靶基因预测
1
作者 高畅 张志远 +3 位作者 刘子记 陈梅红 朱婕 曹振木 《热带作物学报》 北大核心 2025年第7期1571-1583,共13页
象耳豆根结线虫(Meloidogyneenterolobii)是一种对辣椒生产危害较大的病原物,使用抗病品种是防治该病害最为经济、环保的手段。深入理解根结线虫抗性调控机理将有利于加速抗病育种进程。本课题组前期研究中对海南本地抗病小米辣种质CF2... 象耳豆根结线虫(Meloidogyneenterolobii)是一种对辣椒生产危害较大的病原物,使用抗病品种是防治该病害最为经济、环保的手段。深入理解根结线虫抗性调控机理将有利于加速抗病育种进程。本课题组前期研究中对海南本地抗病小米辣种质CF25进行了接种前后的转录组数据分析,挖掘了与根结线虫抗性相关的代谢通路。为进一步探索抗性表达调控机理,本研究对CF25接种前后sRNA文库进行了高通量测序,共检测到133个差异表达miRNAs。以P≤0.05和|log2(FC)|≥3为筛选标准,鉴定出33个显著差异表达的miRNAs,其中包括19个已知miRNAs和14个新发现miRNAs。对33个显著差异表达的miRNAs进行靶基因预测,共得到373个靶基因,其中miR5658-z预测靶基因数量最多。GO功能和KEGG代谢通路富集分析显示靶基因主要富集于植物-病原菌互作、信号转导等通路,推测miRNA介导的信号转导及植物防御反应可能是CF25抗象耳豆根结线虫的重要原因。为初步验证差异表达miRNA和靶基因间的调控关系,选取6个差异表达miRNAs及其靶基因进行qRT-PCR表达验证,得出miRNA与靶基因的表达差异趋势与高通量测序结果一致,基本符合miRNA负向调控靶基因表达的规律。以上研究结果表明miRNA可能在辣椒对根结线虫的防御反应中起到了重要作用,为后续深入解析miRNA介导的根结线虫抗性机理奠定基础。 展开更多
关键词 灌木辣椒 抗象耳豆根结线虫 srna测序 miRNA 靶基因
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基于高通量测序筛选分枝(瓜)列当甜瓜寄生体系中的转移miRNA
2
作者 孙畅 姚兆群 +3 位作者 曹小蕾 卞鹏轩 刘倩倩 赵思峰 《石河子大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2022年第2期156-165,共10页
吸器是瓜列当从甜瓜维管束获得养分的通道,同时也是瓜列当与甜瓜进行sRNAs、病毒、糖类、蛋白质等物质交换的场所,但miRNA是否能够通过吸器在列当和寄主之间转移尚不清楚。本研究以分枝(瓜)列当甜瓜寄生体系为研究对象,分别选取寄生有... 吸器是瓜列当从甜瓜维管束获得养分的通道,同时也是瓜列当与甜瓜进行sRNAs、病毒、糖类、蛋白质等物质交换的场所,但miRNA是否能够通过吸器在列当和寄主之间转移尚不清楚。本研究以分枝(瓜)列当甜瓜寄生体系为研究对象,分别选取寄生有瓜列当的甜瓜根系、瓜列当寄生于甜瓜的寄生部位和寄生点上方2~3 cm列当茎秆为处理,以未接种列当的甜瓜根部为对照,对4个样本进行取样及sRNA测序,共产生56 832 594条clean reads,鉴定得到216种miRNA,其中包括69个已知的保守miRNA及147个新miRNA。在被瓜列当寄生后,甜瓜中35个miRNA差异性表达,其中,17个miRNA显著下调表达,主要参与寄主的防御相关信号转导;18个miRNA显著上调表达,主要参与DCL酶的合成和诱导防御相关基因的表达。GO分析表明这些差异表达的miRNA主要参与了分子功能条目,共计5个类别;KEGG分析表明它们主要参与了16种不同的途径。利用实时荧光定量PCR验证了13个差异表达miRNA的表达趋势,其趋势与sRNA测序结果相符,表明sRNA测序结果可信。另外筛选鉴定到3个已知甜瓜miRNA转移至瓜列当,这些转移miRNA主要参与miRNA的生物合成、RNA的转运和活性氧的清除;3个新瓜列当miRNA转移至甜瓜,其功能主要参与mRNA的合成、胞吞作用和信号传导,表明miRNA在瓜列当寄生寄主时存在双向转移。本研究结果为揭示瓜列当与甜瓜互作的分子机制提供了一定理论基础,也为瓜列当的防治提供了新思路。 展开更多
关键词 分枝(瓜)列当 甜瓜 寄生体系 srna测序 MIRNA
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分枝(瓜)列当寄生烟草过程中转移miRNA筛选及其功能预测
3
作者 孙畅 姚兆群 +3 位作者 刘倩倩 卞鹏轩 张学坤 赵思峰 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期1279-1288,共10页
旨在明确分枝列当(Phelipanche aegyptiaca Pers.)与寄主之间是否存在miRNA转移,同时筛选出转移的miRNA并对其功能进行预测。以分枝列当-普通烟(Nicotiana tabacum Linn.)为研究体系,分别对寄生有分枝列当的烟草根部、寄生接触点和列当... 旨在明确分枝列当(Phelipanche aegyptiaca Pers.)与寄主之间是否存在miRNA转移,同时筛选出转移的miRNA并对其功能进行预测。以分枝列当-普通烟(Nicotiana tabacum Linn.)为研究体系,分别对寄生有分枝列当的烟草根部、寄生接触点和列当茎秆取样进行sRNA测序和分析。结果表明,烟草在被分枝列当寄生后,与对照相比,产生49个差异miRNA,包括17个已知miRNA和32个新预测的miRNA,其中30个miRNA显著下调表达,靶mRNA主要参与植物根系的生长和水杨酸的合成,19个miRNA显著上调表达,靶mRNA主要参与矿质元素吸收和积累及脱落酸的表达。筛选鉴定到3个烟草miRNA转移至分枝列当,靶基因主要参与植物抗逆和过敏性坏死反应;筛选鉴定到2个miRNA由分枝列当转移至烟草,其靶基因功能主要与水杨酸的产生和植物根系生长有关。表明miRNA在分枝列当寄生寄主时存在双向转移,从miRNA角度为分枝列当与烟草互作的分子机制研究提供了候选,也为分枝列当的防治提供了新思路。 展开更多
关键词 分枝列当 烟草 srna测序 MIRNA
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当阳鱼腥草花叶病病原分子鉴定
4
作者 周洁 吴方华 +3 位作者 燕飞 齐传东 郭凤领 吴金平 《中国瓜菜》 CAS 北大核心 2024年第9期54-58,共5页
明确当阳鱼腥草花叶病致病菌种类,为当阳鱼腥草花叶病的田间防治提供依据。采集鱼腥草花叶叶片提取当阳鱼腥草典型病样的总RNA,利用sRNA深度测序,结合生物信息学分析初步确定病原菌,利用该病毒外壳蛋白(CP)特异性引物进行RT-PCR检测,所... 明确当阳鱼腥草花叶病致病菌种类,为当阳鱼腥草花叶病的田间防治提供依据。采集鱼腥草花叶叶片提取当阳鱼腥草典型病样的总RNA,利用sRNA深度测序,结合生物信息学分析初步确定病原菌,利用该病毒外壳蛋白(CP)特异性引物进行RT-PCR检测,所得序列进行BLAST比对和系统进化树构建,以进一步确定病原菌种类。利用sRNA深度测序和生物信息学初步确定鱼腥草花叶病致病菌为黄瓜花叶病毒(CMV),特异性引物扩增得到878 bp特异性条带,经BLAST比对发现其与已发表的CMV序列高度同源,相似性最高达97.84%。通过CMV病毒CP基因的核苷酸序列构建系统进化树可得鱼腥草花叶病病毒属于CMV亚组Ⅱ。引起鱼腥草花叶病的病原属于黄瓜花叶病毒Ⅱ亚组,研究结果为鱼腥草花叶病防治提供了理论基础。 展开更多
关键词 鱼腥草 黄瓜花叶病毒 srna深度测序 RT-PCR
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内蒙古赤峰地区辣椒病毒种类鉴定及其遗传进化特征
5
作者 周艳芳 王秀芝 +5 位作者 张晓梅 罗香文 刘泽红 崔聪聪 孟令强 孙军玲 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期819-825,共7页
【目的】系统检测内蒙古赤峰市辣椒主产区病毒发生种类,并分析病毒的遗传分化情况,以期为该地区辣椒病毒病精准防控提供理论依据。【方法】从内蒙古赤峰地区4个辣椒主产区采集疑似病毒侵染的辣椒样本47份,采用sRNA高通量测序技术结合生... 【目的】系统检测内蒙古赤峰市辣椒主产区病毒发生种类,并分析病毒的遗传分化情况,以期为该地区辣椒病毒病精准防控提供理论依据。【方法】从内蒙古赤峰地区4个辣椒主产区采集疑似病毒侵染的辣椒样本47份,采用sRNA高通量测序技术结合生物信息学分析,以及常规RT-PCR检测,明确侵染辣椒的病毒种类及复合侵染情况;采用常规Sanger测序测定常规RT-PCR扩增片段序列,进行遗传进化分析。【结果】内蒙古赤峰地区4个辣椒主产区辣椒混合病样的sRNA高通量测序,共检测到6种病毒,常规RT-PCR共验证到其中4种病毒;4个地区病毒种类存在明显差异,松山区城子乡优势种类为蚕豆萎蔫病毒2(Broad bean wilt virus 2,BBWV2)和马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY),喀喇沁旗锦山镇为PVY和辣椒轻斑驳病毒(Pepper mild mottle virus,PMMoV);宁城县和喀喇沁旗西桥镇为BBWV2;复合侵染类型以2种病毒复合侵染为主,复合侵染率最高达61.54%。对测定的序列系统发育分析表明,赤峰地区4个辣椒产区的PMMoV和BBWV2存在遗传分化,PVY可能出现了新的遗传型。【结论】内蒙古赤峰地区不同辣椒主产区发生的病毒种类、检出率和病毒复合侵染种类均存在明显差异。 展开更多
关键词 内蒙古赤峰地区 辣椒病毒病 srna高通量测序 RT-PCR 复合侵染 系统发育分析
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内蒙古籽用西葫芦病毒病病原鉴定 被引量：5
6
作者 岳建英 韦学锋 +2 位作者 郑红丽 李正男 赵明敏 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2021年第2期61-67,共7页
【目的】对内蒙古自治区籽用西葫芦病毒病进行病原鉴定,并确定其分类地位,为该地区籽用西葫芦病毒病的防治提供理论依据。【方法】以采自内蒙古土默特左旗具有典型花叶症状的籽用西葫芦叶片为材料,对其进行sRNA深度测序和RT-PCR检测,并... 【目的】对内蒙古自治区籽用西葫芦病毒病进行病原鉴定,并确定其分类地位,为该地区籽用西葫芦病毒病的防治提供理论依据。【方法】以采自内蒙古土默特左旗具有典型花叶症状的籽用西葫芦叶片为材料,对其进行sRNA深度测序和RT-PCR检测,并对所得序列进行一致性分析和构建系统发育进化树。【结果】对具有典型花叶症状的籽用西葫芦叶片的sRNA测序结果进行拼接,在数据库中比对共注释到14种病毒,其中西瓜花叶病毒(Watermelon mosaic virus,WMV)、小西葫芦黄化花叶病毒(Zuchhini yellow mosaic virus,ZYMV)和黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)所占比例较高,分别为59.48%,20.70%和13.70%,这说明内蒙古自治区籽用西葫芦病毒病为多种病毒混合侵染引起。RT-PCR扩增除了检测到WMV、ZYMV和CMV外,还检测到马蹄莲潜隐病毒(Calla lily latent virus,CLLV)的外壳蛋白特异性条带。系统进化树分析显示,2个籽用西葫芦ZYMV分离物(MK002236和MK002237)与伊朗蚜虫ZYMV分离物(KU528623)聚合在同一支;籽用西葫芦Z1样品WMV分离物(MK015646)与意大利柑橘WMV分离物(FJ823122)亲缘关系最近,而Z2样品WMV分离物(MK015645)则与法国甜瓜WMV分离物、法国未知作物WMV分离物、法国西葫芦WMV分离物以及Z1样品WMV分离物(MK015646)和意大利柑橘WMV分离物形成一个大分支。【结论】内蒙古籽用西葫芦病毒病主要病原为WMV、ZYMV和CMV,自然条件下常发生复合侵染。籽用西葫芦上最初的WMV和ZYMV可能由媒介昆虫或人从其他作物上传播而来,也可能是通过籽用西葫芦种子进口、国内调运而传播到本地的。 展开更多
关键词 籽用西葫芦 西葫芦病毒病 病原鉴定 srna深度测序 内蒙古
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海南文心兰切花品种病毒病的分子鉴定 被引量：1
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作者 闫钟荣 谢承智 +1 位作者 宋希强 王洪星 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期53-62,共10页
【目的】文心兰切花产业占我国70%的市场,已经成为海南省重要的热带花卉支柱产业之一。文心兰生长过程中易受病毒的侵染,严重影响其植株生长、叶片发育、花形花色,同时降低其观赏价值,开展海南文心兰切花品种叶片病毒病的系统性分子鉴... 【目的】文心兰切花产业占我国70%的市场,已经成为海南省重要的热带花卉支柱产业之一。文心兰生长过程中易受病毒的侵染,严重影响其植株生长、叶片发育、花形花色,同时降低其观赏价值,开展海南文心兰切花品种叶片病毒病的系统性分子鉴定有助于病害防治。【方法】本研究以海口、文昌、乐东、三亚、五指山、保亭、琼海、儋州8个主产区县市采集的12个品种共178份文心兰疑似病毒感染样品为试验材料,通过RT-PCR及小RNA(sRNA)深度测序技术进行病原分子鉴定,克隆其CP基因并进行生物信息学分析。【结果】1)海南文心兰疑似病毒感染样品叶片呈现褪绿状斑或条纹、黄化雾状斑、皱缩、黑色坏色斑等症状,且不同品种间存在差异,主要侵染病毒为建兰花叶病毒(Cymbidium mosaic virus, CymMV)和齿兰环斑病毒(Odontoglossum ringspot virus, ORSV);2)建兰花叶病毒海南分离物CymMV-HN和齿兰环斑病毒海南分离物ORSV-HN的CP基因核酸序列长度分别为672和477 bp,编码223和158个氨基酸,与已报道的病毒CP基因序列具有较高的同源性,表明在进化过程中具有较高的保守性;3)s RNA深度测序共获得26 976 941条raw reads,过滤后得到26 039 391条clean reads,拼接后获得1 256个Contigs,在Nr等数据库中共同注释到66个contigs,在CymMV和ORSV基因组数据库中分别注释到56和39个contigs,表明海南文心兰病毒病主要由CymMV和ORSV侵染而导致。【结论】CymMV和ORSV是海南文心兰感病的主要病毒类型。 展开更多
关键词 海南文心兰 病毒 RT-PCR CP基因 srna深度测序
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