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四种核酸快提法提取藻华微藻核酸效果的对比研究
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作者 赵启宇 陈振帆 +3 位作者 刘超 孙璐 甄毓 张清春 《海洋科学》 CSCD 北大核心 2024年第11期32-45,共14页
近年来,世界近海海域微藻藻华频发,藻华藻种多样化,应用特异性的分子生物学方法进行藻华现场检测和监测迫在眉睫。快速、简便和高效地提取藻华微藻核酸物质是实现藻华现场分子检测的前提。本研究采用重组酶聚合酶扩增(recombinase polym... 近年来,世界近海海域微藻藻华频发,藻华藻种多样化,应用特异性的分子生物学方法进行藻华现场检测和监测迫在眉睫。快速、简便和高效地提取藻华微藻核酸物质是实现藻华现场分子检测的前提。本研究采用重组酶聚合酶扩增(recombinase polymerase amplification,RPA)和聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)作为检测方法,对比分析了4种核酸快速提取方法对藻华微藻核酸的提取效果。实验发现本研究研制的二甲基亚砜(dimethyl sulfoxide,DMSO)-曲拉通(Triton X100)核酸快提液及其提取的DNA溶液对RPA和PCR反应均无抑制效应,该核酸快提液在37℃条件中裂解10 min可实现对多种藻华微藻DNA的有效提取,通过模拟野外实验发现该核酸快提液具有不错的抗环境杂质干扰能力。总体而言,DMSO-Triton X100核酸快提法具有对分子反应无抑制、操作简单、裂解条件温和、核酸提取效率高等优点,可快速提取藻华微藻核酸,有助于藻华现场分子检测方法的研发和应用,也有望推广至其他研究领域核酸的快速提取。 展开更多
关键词 有害藻华 核酸快速提取 分子检测 重组酶聚合酶扩增 聚合酶链式反应
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非洲猪瘟病毒多基因家族成员MGF360-12L RPA检测方法的建立 被引量:9
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作者 吴映彤 王西西 +3 位作者 吴竞 陈鸿军 朱鸿飞 郭晓宇 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2020年第2期20-25,共6页
为建立一种简便、快速的针对非洲猪瘟病毒(ASFV)多基因家族成员MGF360-12L的分子检测方法,基于MGF360-12L基因序列,设计并合成引物,建立重组酶聚合酶扩增(RPA)等温检测方法。结果表明,于35℃恒温反应30 min,即可实现对目的片段的稳定扩... 为建立一种简便、快速的针对非洲猪瘟病毒(ASFV)多基因家族成员MGF360-12L的分子检测方法,基于MGF360-12L基因序列,设计并合成引物,建立重组酶聚合酶扩增(RPA)等温检测方法。结果表明,于35℃恒温反应30 min,即可实现对目的片段的稳定扩增;以含有MGF360-12L基因的重组质粒为模板,RPA反应的检测限达到10~3个拷贝,同普通PCR方法检测限一致;此外,该RPA方法仅特异性扩增非洲猪瘟病毒MGF360-12L基因,对PEDV、FMDV、CSFV、PRRSV、PRV 和 PCV-2基因组cDNA或DNA没有扩增。本研究建立的RPA方法操作简单、反应快速、检测成本低,能够为ASFV相关基因缺失毒株的鉴别诊断提供一定技术支持。 展开更多
关键词 非洲猪瘟病毒 MGF360-12L RPA
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犬细小病毒实时荧光RPA检测方法的建立 被引量:2
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作者 熊炜 薛俊欣 +5 位作者 王楷宬 蒋静 黄保续 田桢干 林颖峥 李健 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2020年第2期48-54,共7页
由犬细小病毒(CPV)引起的犬细小病毒病是我国出入境口岸宠物检疫的重要疫病。为了提高检疫效率,本研究拟建立检测CPV的实时荧光重组酶聚合酶扩增(RPA)方法并进行评价。本研究根据CPV衣壳蛋白基因序列设计RPA引物,以GB/T 27533-2011中的... 由犬细小病毒(CPV)引起的犬细小病毒病是我国出入境口岸宠物检疫的重要疫病。为了提高检疫效率,本研究拟建立检测CPV的实时荧光重组酶聚合酶扩增(RPA)方法并进行评价。本研究根据CPV衣壳蛋白基因序列设计RPA引物,以GB/T 27533-2011中的PCR方法作为参照,通过检测其他4种犬病毒和3种其他种属的细小病毒来分析实时荧光RPA的特异性、检测不同浓度的模板分析实时荧光RPA的灵敏度、检测CPV阳性或阴性犬的不同组织、血液、尿、粪便等样本以及7株CPV野毒株来分析实时荧光RPA的稳定性。结果显示,本研究建立的实时荧光RPA特异性好、灵敏度高,检测临床组织、体液、粪便样本以及野毒株时都具有良好的稳定性。结果表明,本研究建立的实时荧光RPA可满足CPV快速检测要求。 展开更多
关键词 犬细小病毒 实时荧光RPA 快速诊断
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柑橘衰退病毒RT-RPA-LFD可视化检测方法的建立及应用 被引量:5
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作者 申世凯 曾婷 +3 位作者 乔兴华 陈力 任杰群 周彦 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期2652-2660,共9页
【目的】柑橘衰退病由柑橘衰退病毒(citrus tristeza virus,CTV)引起,是一种世界性的重要柑橘病害。为实现CTV的田间快速检测,建立一种准确、快速且可视化的检测方法。【方法】以CTV外壳蛋白(CP)的保守区域为靶标,设计3对特异性引物和探... 【目的】柑橘衰退病由柑橘衰退病毒(citrus tristeza virus,CTV)引起,是一种世界性的重要柑橘病害。为实现CTV的田间快速检测,建立一种准确、快速且可视化的检测方法。【方法】以CTV外壳蛋白(CP)的保守区域为靶标,设计3对特异性引物和探针,通过引物筛选,以及优化引物浓度、反应时间和反应温度等条件,建立CTV的反转录-重组酶聚合酶扩增-侧流层析试纸条(RT-RPA-LFD)快速检测方法,明确其灵敏度,并用于田间疑似样品的检测。【结果】建立了CTV的RT-RPA-LFD检测方法:最佳检测引物为RPA-1F/R,对应探针为RPA-P,最佳反应条件为40℃,25 min,且与其他5种柑橘病毒无交叉反应。该方法的灵敏度是RT-PCR的100倍,最低可检测到2.12×10^(1)拷贝·μL^(-1)的CTV核酸,与RT-qPCR相当。采用RT-RPA-LFD法在67份田间样品中检测出CTV阳性样品41份,与RT-PCR法检测结果一致。【结论】建立的CTV RT-RPA-LFD法具有操作简单、快速、结果可视等优点,适合基层植保工作者对田间样品开展快速检测。 展开更多
关键词 柑橘 柑橘衰退病毒 反转录-重组酶聚合酶扩增-侧流层析试纸条 快速检测
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