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基于RPA-CRISPR/Cas12a的杰克贝尔氏粉蚧可视化快速检测体系建立 被引量:1
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作者 陈燕婷 史梦竹 +4 位作者 胡美玲 陈彦 杨秀娟 赵建伟 李建宇 《昆虫学报》 北大核心 2025年第6期830-839,共10页
【目的】本研究旨在利用重组酶聚合酶等温扩增(recombinase polymerase amplification,RPA)-CRISPR/Cas12a技术建立一套对杰克贝尔氏粉蚧Pseudococcus jackbeardsleyi进行快速、灵敏、便捷和可视化的荧光检测和侧向流层析检测(lateral f... 【目的】本研究旨在利用重组酶聚合酶等温扩增(recombinase polymerase amplification,RPA)-CRISPR/Cas12a技术建立一套对杰克贝尔氏粉蚧Pseudococcus jackbeardsleyi进行快速、灵敏、便捷和可视化的荧光检测和侧向流层析检测(lateral flow assay)体系,以实现在田间或者口岸等资源受限场所的现场实时检测。【方法】基于杰克贝尔氏粉蚧28S rDNA基因序列设计RPA特异性引物和crRNA,分别对杰克贝尔氏粉蚧与其他9种粉蚧(木瓜秀粉蚧Paracoccus marginatus、石蒜绵粉蚧Phenacoccus solani、扶桑绵粉蚧Phenacoccus solenopsis、柑橘臀纹粉蚧Planococcus citri、南洋臀纹粉蚧Planococcus lilacinus、新菠萝灰粉蚧Dysmicoccus neobrevipes、大洋臀纹粉蚧Planococcus minor、柑橘棘粉蚧Pseudococcus cryptus和奥德曼粉蚧Pseudococcus odermatti)进行RPA和CRISPR/Cas12a检测,验证该体系的特异性。对RPA-CRISPR/Cas12a检测体系进行条件优化,包括RPA反应时间、Cas12a和crRNA的浓度比及其浓度、荧光报告分子FQ Reporter的浓度、试纸条报告分子LF Reporter的浓度以及CRISPR/Cas12a体系反应时间,筛选获得最佳检测体系。【结果】利用设计的RPA特异性引物的RPA体系可扩增出一条201 bp的杰克贝尔氏粉蚧28S rDNA基因片段,结合CRISPR/Cas12a反应体系,可特异性地将杰克贝尔氏粉蚧与其他9种粉蚧区分开,并呈现可视化结果。通过条件优化建立的对杰克贝尔氏粉蚧的最适RPA-CRISPR/Cas12a检测体系中,RPA反应时间为20 min,Cas12a和crRNA浓度比为1∶1且在体系中的浓度均为50 nmol/L,LF Reporter浓度为500 nmol/L,LF Reporter浓度为800 nmol/L,荧光检测体系和侧向流层析检测体系的反应时间分别为5和20 min。【结论】本研究建立了一套杰克贝尔氏粉蚧RPA-CRISPR/Cas12a检测体系,具有高特异性、快速(25~40 min)、不依赖仪器设备且结果可视化的优点。该检测体系在入侵粉蚧的早期识别和现场检测具有重要的应用价值,为制定合理的管理策略提供了指导。 展开更多
关键词 杰克贝尔氏粉蚧 重组酶聚合酶扩增 CRISPR/Cas12a检测 荧光检测 侧向流层析检测
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基于RPA辅助增强荧光偏振的沙门氏菌检测
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作者 薛鹏鹏 陈伟 +2 位作者 徐建国 涂佳 屈玮 《食品与机械》 北大核心 2025年第6期44-50,共7页
[目的]提出一种新型荧光偏振(FP)检测策略,通过整合重组酶聚合酶扩增(RPA)技术,实现对沙门氏菌(Salmonella)的高灵敏度检测。[方法]该检测机制依赖于靶标DNA与特异性引物的同源序列识别:当沙门氏菌靶标存在时,引物与靶DNA结合并触发链... [目的]提出一种新型荧光偏振(FP)检测策略,通过整合重组酶聚合酶扩增(RPA)技术,实现对沙门氏菌(Salmonella)的高灵敏度检测。[方法]该检测机制依赖于靶标DNA与特异性引物的同源序列识别:当沙门氏菌靶标存在时,引物与靶DNA结合并触发链置换反应,进而启动DNA扩增过程。为提高检测灵敏度,系统采用两项关键设计:在引物5'端修饰6-羧基荧光素(6-FAM)作为荧光报告基团;引入核酸外切酶Ⅰ(ExoⅠ)选择性水解未结合的引物。[结果]在RPA扩增过程中,由于扩增产物的相对分子质量显著增加,6-FAM标记的DNA复合物的旋转自由度受到限制,导致荧光偏振信号显著增强。经条件优化后,该方法对沙门氏菌的检测限可达11 CFU/mL,且表现出优异的特异性。[结论]该方法可高效检测沙门氏菌,其模块化设计原理还可拓展应用于其他食源性病原体的快速诊断。 展开更多
关键词 沙门氏菌 重组酶聚合酶扩增(RPA) 引物修饰 荧光偏振 定量检测
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新型番鸭细小病毒荧光RPA恒温检测方法的建立
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作者 陈炜 梁齐章 +7 位作者 张佳雪 焦文龙 林永强 刘荣昌 傅秋玲 傅光华 朱婷 黄瑜 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期1044-1050,共7页
【目的】建立新型番鸭细小病毒(New-genotype muscovy duck parvovirus,N-MDPV)荧光RPA恒温检测方法,为基层提供可视化快速检测技术手段。【方法】以N-MDPV的VP3基因保守片段为靶点,使用EXO荧光探针特定结合VP3基因保守片段,设计特异的... 【目的】建立新型番鸭细小病毒(New-genotype muscovy duck parvovirus,N-MDPV)荧光RPA恒温检测方法,为基层提供可视化快速检测技术手段。【方法】以N-MDPV的VP3基因保守片段为靶点,使用EXO荧光探针特定结合VP3基因保守片段,设计特异的RPA扩增引物并利用重组酶聚合酶扩增技术扩增目的基因,从而建立一种荧光RPA恒温检测N-MDPV的方法,确定反应体系的最佳反应时间和温度,分析该方法特异性和灵敏性;对收集的病料进行核酸检测,并与传统PCR和病毒分离鉴定方法检测结果进行比较。【结果】建立的荧光RPA恒温检测方法最佳反应温度为39℃,最佳反应时间为30 min;灵敏性高,最低核酸检测限度可达10 fg·μL^(−1);对新型番鸭细小病毒核酸进行特异性扩增,结果显示对鸭腺病毒3型(Duck adenovirus type 3,DAdV-3)、禽腺病毒4型(Fowl adenovirus serotype 4,FAdV-4)、鸭圆环病毒(Duck circovirus,DuCV)、鸭瘟病毒(Duck plague virus,DPV)、鸭病毒性肝炎病毒(Duck hepatitis virus,DHV)、鸭坦布苏病毒(Duck tembusu virus,DTMUV)和新型鸭呼肠孤病毒(Novel duck reovirus,NDRV)的核酸均未有发生交叉反应,特异性良好。利用本研究建立的RPA快检方法、传统PCR方法以及病毒分离鉴定方法对收集的38份鸭组织病料核酸样品进行检测,结果显示阳性率分别为36.8%(14/38)、36.8%(14/38)和31.6%(12/38);RPA检测后呈阳性的样品经PCR方法检测与病毒分离鉴定方法检测均呈现阳性,阳性符合率为100%。【结论】该方法可以很好地应用于缺乏相应检测设备的基层进行新型番鸭细小病毒的大规模临床样本检测,为新型番鸭细小病毒的可视化快速检测提供技术手段。 展开更多
关键词 新型番鸭细小病毒 RPA恒温检测 重组酶聚合酶扩增技术
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塞尼卡谷病毒重组酶聚合酶扩增技术(RPA)实时荧光检测方法的建立 被引量:18
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作者 樊晓旭 哈登楚日亚 +7 位作者 王英丽 王姣 刘春菊 迟田英 赵永刚 张志诚 吴晓东 王志亮 《中国动物检疫》 CAS 2017年第8期81-86,共6页
塞尼卡谷病毒(Seneca valley virus,SVV)可感染猪,引起类似口蹄疫病毒感染造成的水疱性病变,新生仔猪病死率达30%~70%。本研究利用重组酶聚合酶扩增技术(RPA),针对SVV 3D基因设计了引物和探针,并进行筛选、反应条件优化以及敏感性、特... 塞尼卡谷病毒(Seneca valley virus,SVV)可感染猪,引起类似口蹄疫病毒感染造成的水疱性病变,新生仔猪病死率达30%~70%。本研究利用重组酶聚合酶扩增技术(RPA),针对SVV 3D基因设计了引物和探针,并进行筛选、反应条件优化以及敏感性、特异性和重复性试验,建立了实时荧光RPA方法。结果显示,本方法在40℃、10 min内检测的最低浓度为28拷贝/μL;与口蹄疫病毒、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒无交叉反应;通过3次重复试验检测2.8×10~6~2.8×10~1拷贝/μL的6个稀释度样品,在荧光强度达1500 mV所需时间变异系数范围在2.44%~14.95%。该等温、快速扩增方法为猪群出现水疱性疾病的鉴别诊断提供了技术支持,对及时采取适当防控措施具有重要意义。 展开更多
关键词 塞尼卡谷病毒 实时 荧光 重组酶聚合酶扩增
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非洲猪瘟病毒实时荧光重组酶聚合酶扩增技术(RPA)检测方法的建立 被引量:23
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作者 哈登楚日亚 樊晓旭 +6 位作者 赵永刚 王淑娟 张志诚 戈胜强 李林 吴晓东 王志亮 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第11期3270-3277,共8页
非洲猪瘟(African swine fever,ASF)是由非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)感染引起的一种急性、热性、高度接触性传染病,给养猪业造成了严重的经济损失。本研究利用重组酶聚合酶扩增技术(RPA),针对ASFVB646L(p72)基因设计... 非洲猪瘟(African swine fever,ASF)是由非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)感染引起的一种急性、热性、高度接触性传染病,给养猪业造成了严重的经济损失。本研究利用重组酶聚合酶扩增技术(RPA),针对ASFVB646L(p72)基因设计了3组引物和探针,并进行筛选、反应条件优化、灵敏性、特异性和重复性试验,建立了实时荧光RPA方法。结果显示,该方法在39℃、20 min内即可检测10个拷贝的DNA分子,且与猪瘟病毒、猪圆环病毒2型、猪细小病毒、猪伪狂犬病病毒均无交叉反应,检测5.5×106至5.5×100拷贝/μL共7个稀释度样品在各时间点的荧光强度,变异系数范围在0.38%~28.30%。该等温、快速扩增方法可用于ASFV的定性检测,为中国ASFV感染的早期诊断提供技术支持,对疫情暴发后相应控制方案的制定具有重要意义。 展开更多
关键词 非洲猪瘟病毒(ASFV) 实时荧光重组酶聚合酶扩增(RPA) 灵敏性 特异性 重复性
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犬瘟热病毒实时荧光RT-RPA检测方法的建立及应用 被引量:4
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作者 张启龙 傅彩霞 +6 位作者 张玮 高晓龙 王林 程敏姮 郑雪莹 刘海莹 周德刚 《动物医学进展》 北大核心 2020年第11期19-23,共5页
为建立犬瘟热病毒(CDV)临床快速检测方法,针对CDV保守N基因依据重组酶聚合酶等温扩增(RPA)引物设计原理进行RPA引物探针设计,通过反应条件优化、敏感性试验、特异性试验和临床样品检测,建立了CDV实时荧光RT-RPA检测方法。结果显示,反应... 为建立犬瘟热病毒(CDV)临床快速检测方法,针对CDV保守N基因依据重组酶聚合酶等温扩增(RPA)引物设计原理进行RPA引物探针设计,通过反应条件优化、敏感性试验、特异性试验和临床样品检测,建立了CDV实时荧光RT-RPA检测方法。结果显示,反应体系中M-MLV反转录酶最适浓度为4 U/μL,所建CDV实时荧光RT-RPA检测方法特异性较好,敏感性最低可检测到5.68×102 copies/μL,高于国标RT-PCR(GB/T 27532-2011)检测方法。建立的CDV实时荧光RT-RPA检测方法具有较高的敏感性和特异性、操作简便、20 min内判定结果,可用于临床犬瘟热快速诊断,对犬瘟热的防控具有重要意义。 展开更多
关键词 犬瘟热病毒 实时荧光 反转录-重组酶聚合酶等温扩增 检测
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建立仙台病毒实时荧光重组酶等温扩增检测方法 被引量:2
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作者 冯丽萍 熊炜 +1 位作者 高诚 魏晓锋 《中国比较医学杂志》 CAS 北大核心 2019年第12期94-97,121,共5页
目的国标标准规定清洁级和SPF级小鼠必须排除仙台病毒(Sendai virus,SeV)。为了提升效率,简化操作步骤,本研究建立了一种新型分子检测方法——实时荧光重组酶等温扩增技术(real-time RPA)用于检测SeV。方法针对SeV融合蛋白编码基因的保... 目的国标标准规定清洁级和SPF级小鼠必须排除仙台病毒(Sendai virus,SeV)。为了提升效率,简化操作步骤,本研究建立了一种新型分子检测方法——实时荧光重组酶等温扩增技术(real-time RPA)用于检测SeV。方法针对SeV融合蛋白编码基因的保守序列,设计特异性扩增引物及探针并建立检测方法,并评价该检测方法的特异性、敏感性、稳定性和可靠性。最后将该检测方法和团标PCR方法进行优势比较。结果该方法具有很好的特异性,与小鼠肝炎病毒等六种病原微生物无交叉反应。其敏感性、稳定性和可靠性均可,并能够在25 min内完成,远远快于PCR方法。结论本研究建立的SeV实时荧光RPA是一种操作简单,高效直观且特异性好的检测方法。 展开更多
关键词 实时荧光重组酶等温扩增 仙台病毒 快速可视化监测
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