期刊文献+
共找到52篇文章
< 1 2 3 >
每页显示 20 50 100
16S-rRNA测序技术分析早产儿肠道细菌基因组指导新生儿坏死性小肠结肠炎手术时机选择的研究
1
作者 翟刚 《中国医药科学》 2024年第11期130-133,共4页
目的探讨16S-rRNA测序技术分析早产儿肠道细菌基因组指导新生儿坏死性小肠结肠炎(NEC)手术时机选择。方法前瞻性选择2021年1月至2022年6月百色市人民医院需要手术治疗的NEC患儿30例为观察组,选择同期内科保守治疗的Ⅰ期15例和Ⅱa期15例... 目的探讨16S-rRNA测序技术分析早产儿肠道细菌基因组指导新生儿坏死性小肠结肠炎(NEC)手术时机选择。方法前瞻性选择2021年1月至2022年6月百色市人民医院需要手术治疗的NEC患儿30例为观察组,选择同期内科保守治疗的Ⅰ期15例和Ⅱa期15例患者为对照组。采用HiSeq测序平台,借助双端测序模式进行高通量二代测序,比较两组多样性指数、优势均属丰度及不同优势菌比值等;绘制受试者操作特征(ROC)曲线,分析16S-rRNA测序技术的指导价值。结果60例患者60份样本中共获得细菌84个,且两组样品均为副杆状菌属最高,其次为Ruminococcus、Blautia、Aeromonas和Fusobacterium;两组肠道菌群上述菌门丰度存在差异(P<0.05);从粪便标本中共获得有效序列7347481条,人均130857条,测序平均覆盖度为(92.15±5.61)%;观察组手术治疗的NEC患儿中香农-维纳(Shannon)及辛普森多样性(Simpson)指数低于对照组内科保守治疗患儿,差异有统计学意义(P<0.05);ROC曲线结果表明,16S-rRNA测序技术在NEC患儿手术时机选择中的指导AUC为0.846,指导灵敏度为87.51%,特异度为83.16%。结论NEC患儿常伴有肠道细菌基因组改变,且菌群结构的变化与患儿病情严重程度有关,通过16S-rRNA测序技术能指导NEC患儿手术治疗时机。 展开更多
关键词 新生儿坏死性小肠结肠炎 16S rrna测序技术 肠道细菌基因 手术时机
在线阅读 下载PDF
基于16S rRNA测序分析正常与腹泻牦牛犊牛粪便细菌区系组成 被引量:15
2
作者 张玉莹 刘书杰 +2 位作者 冯宇哲 张晓卫 崔占鸿 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2021年第9期3293-3302,共10页
试验旨在比较分析放牧条件下正常与腹泻牦牛犊牛粪便微生物区系组成与基因功能预测,筛选出作为腹泻评价依据的细菌,为下一步牦牛犊牛益生菌制剂的开发提供理论依据。在放牧条件下分别采集青海玉树地区正常与腹泻牦牛犊牛粪便样本各7份... 试验旨在比较分析放牧条件下正常与腹泻牦牛犊牛粪便微生物区系组成与基因功能预测,筛选出作为腹泻评价依据的细菌,为下一步牦牛犊牛益生菌制剂的开发提供理论依据。在放牧条件下分别采集青海玉树地区正常与腹泻牦牛犊牛粪便样本各7份并提取DNA,利用16S rRNA测序技术研究两组牦牛犊牛肠道微生物区系的OTUs聚类、门水平和属水平相对丰度差异性、Alpha多样性、Beta多样性、功能预测水平信息。结果显示,在门水平上,正常组和腹泻组的优势菌门有拟杆菌门和厚壁菌门,且腹泻组的梭杆菌门显著高于正常组(P<0.05);在属水平上,正常组犊牛粪便中优势细菌相对丰度从高到低为:拟杆菌属、拟普雷沃菌属和未分类的瘤胃菌属;腹泻组犊牛粪便中优势细菌相对丰度从高到低为:拟杆菌属、梭杆菌属、未分类的肠杆菌属和未分类的瘤胃菌属,且腹泻组的梭杆菌属显著高于正常组(P<0.05);在功能预测水平上,腹泻组的聚糖生物合成与代谢、运输和分解代谢、老化、分类和降解、脂代谢显著高于正常组(P<0.05),正常组的氨基酸代谢、信号转导、细胞运动、遗传信息显著高于腹泻组(P<0.05)。通过分析放牧牦牛犊牛正常组和腹泻组之间的优势菌群差异表明,犊牛腹泻是由梭杆菌属引起的。 展开更多
关键词 牦牛犊牛 腹泻 粪便 细菌区系 16S rrna测序
在线阅读 下载PDF
基于16S rRNA测序技术对不同年龄放牧公牦牛肠道细菌区系的比较分析 被引量:5
3
作者 郭文杰 刘书杰 +1 位作者 崔占鸿 孙璐 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2021年第10期3614-3624,共11页
试验旨在比较分析不同年龄放牧公牦牛肠道细菌区系特征,为牦牛肠道微生物功能调控规律提供理论基础。采集青海省玉树州歇武镇0.5(Ac组)、1.5(Bc组)、2.5(Cc组)、3.5岁(Dc组)放牧公牦牛直肠粪便,采用16S rRNA测序技术对不同年龄牦牛肠道... 试验旨在比较分析不同年龄放牧公牦牛肠道细菌区系特征,为牦牛肠道微生物功能调控规律提供理论基础。采集青海省玉树州歇武镇0.5(Ac组)、1.5(Bc组)、2.5(Cc组)、3.5岁(Dc组)放牧公牦牛直肠粪便,采用16S rRNA测序技术对不同年龄牦牛肠道细菌区系进行测序分析。使用Qiime软件进行Alpha多样性和Beta多样性分析,用R软件绘制PCoA图,使用Anosim函数进行组间差异显著性检验,利用Mothur方法与SILVA132的SSUrRNA数据库进行物种注释分析,并利用Tax4Fun对肠道细菌进行功能预测。结果表明,年龄对肠道细菌区系操作分类单元(OTUs)数目和Simpson指数有显著影响(P<0.05),Simpson指数在Cc组最低;Beta多样性分析结果显示,Cc分别与Ac、Dc组之间、Ac与Dc组之间有显著差异(P<0.05)。在门水平上,各组厚壁菌门所占丰度最高,拟杆菌门居于第二。Bc和Cc组厚壁菌门相对丰度显著高于Ac和Dc组(P<0.05),疣微菌门相对丰度在各年龄组之间有显著差异(P<0.05),且Cc组最高;在属水平上,随着年龄的增加,拟普雷沃菌属丰度逐渐增加(P<0.05),一些非优势菌属罗姆布茨菌属、颤杆菌属、艾克曼菌属和Mailhella在组间存在显著差异(P<0.05);功能预测结果表明,牦牛肠道细菌区系的代谢功能显示出最高的相对丰度,在各组中相对丰度均超过44%。Cc组氨基酸代谢、信号转导和细胞运动功能基因表达丰度显著高于Ac和Dc组(P<0.05),Ac、Bc和Dc组之间功能基因表达丰度无显著差异(P>0.05)。综上,随着年龄增长,放牧公牦牛肠道细菌区系多样性发生变化;2.5岁牦牛肠道细菌区系的变化提示此阶段牦牛的蛋白质消化代谢和免疫能力较高,为育肥饲养提供了良好的基础。 展开更多
关键词 16S rrna测序 放牧牦牛 肠道细菌区系 功能预
在线阅读 下载PDF
基于16S rRNA测序揭示杜洛克猪早期体重与肠道微生物的关系 被引量:6
4
作者 司景磊 黄叶 +11 位作者 陈奎蓉 吕冬玲 程峰 田威龙 刘笑笑 梁靓 李月月 奉玲丽 高久昱 莫家远 梁晶 兰干球 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2021年第1期190-199,共10页
本研究旨在探讨肠道微生物与杜洛克猪早期体重的关系。从91头80日龄杜洛克公猪中根据个体体重排序选择体重较轻(lighter body weight,LBW)的9头猪和体重较重(heavier body weight,HBW)的9头猪。通过对16S rRNA基因V3-V4区测序,分析了HBW... 本研究旨在探讨肠道微生物与杜洛克猪早期体重的关系。从91头80日龄杜洛克公猪中根据个体体重排序选择体重较轻(lighter body weight,LBW)的9头猪和体重较重(heavier body weight,HBW)的9头猪。通过对16S rRNA基因V3-V4区测序,分析了HBW和LBW组猪粪便中微生物多样性、组成和预测功能。结果显示,HBW和LBW组之间微生物的Alpha多样性无显著差异(P>0.05)。杜洛克仔猪肠道微生物的核心菌门为厚壁菌门(HBW和LBW组分别为65.62%和66.57%)和拟杆菌门(HBW和LBW组分别为30.87%和29.80%),核心菌属为普雷沃菌属(HBW和LBW组分别为23.82%和20.84%)、乳杆菌属(HBW和LBW组分别为9.11%和16.55%)、未分类的瘤胃菌科(HBW和LBW组分别为10.32%和9.98%)和未分类的毛螺菌科(HBW和LBW组分别为6.33%和4.53%)。PCoA分析显示,肠道微生物在杜洛克仔猪个体之间差异较小,但两组间在微生物组成上存在一些显著差异的菌属。在属水平上,HBW组猪中北里孢菌属、g_norank_o_Tremblayales、未命名的丹毒丝菌属、未分类的普雷沃氏菌科和粪芽孢菌属的丰度显著高于LBW组(P<0.05),棒状杆菌属在LBW组中的丰度显著高于HBW组(P<0.05)。此外,KEGG通路差异分析发现,倍半萜类化合物生物合成、胰岛素信号通路、抗坏血酸和醛酸代谢及安沙霉素类合成的途径显著富集于HBW组(P<0.05),分泌系统途径显著富集于LBW组(P<0.05)。本研究结果有助于理解猪早期肠道微生物与宿主间的相互作用和猪的健康养殖。 展开更多
关键词 肠道微生物 断奶仔猪 体重 16S rrna测序
在线阅读 下载PDF
基于16S rRNA测序分析PRRSV感染仔猪肺和肠道中微生物菌群的变化 被引量:1
5
作者 陆梦琪 杨文杰 +6 位作者 李萍 余鹏 董翎 牛晓玉 杨克礼 邹维华 宋卉 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期1664-1678,共15页
本试验旨在探究猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)感染对仔猪肺、肠道中的菌群影响以及肺和肠道的组织学变化。试验选取35日龄断奶健康仔猪14头,适应性饲养7 d,随机分为感染组(n=7)... 本试验旨在探究猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)感染对仔猪肺、肠道中的菌群影响以及肺和肠道的组织学变化。试验选取35日龄断奶健康仔猪14头,适应性饲养7 d,随机分为感染组(n=7)和对照组(n=7),感染组仔猪接种2 mL 1×10^(5) TCID 50·mL^(-1) PRRSV-JTS毒株病毒液,对照组仔猪接种2 mL DMEM培养基。感染组3头仔猪分别于10、12和19 d死亡,将存活的感染组与对照组仔猪于21 d后处死,并取肺、不同肠段组织样品以及肠道内容物。采用免疫组化染色和HE染色观察肺和肠道组织病理学变化,并基于16S rRNA基因的高通量测序分析仔猪肺和各肠段菌群结构。结果表明,感染组仔猪肺部和肠道均有病毒分布;与对照组仔猪相比,感染组仔猪肺部和肠道均存在明显的炎症反应。微生物组成结构及多样性分析显示,感染组仔猪Chao1、ACE指数在肺中上升,在仔猪各肠段中下降,Shannon、Simpon指数在肺中升高,在大多数肠道中下降。在门水平上,感染仔猪肠道变形菌门等有害微生物比例增加,而厚壁菌门等有益微生物比例下降;在科水平上,感染组肺、空肠中巴斯德菌科,十二指肠乳杆菌科,回肠肠杆菌科,盲肠、结肠、直肠中的瘤胃菌科相对比例有明显的下降,假单胞菌科在肺和十二指肠中的比例明显上升;在属水平上,感染组有益菌属乳酸菌属水平显著下降,β多样性证明小肠与大肠聚类效果具有一致性。综上,PRRSV致仔猪肺部病变和肠道炎症,影响肺部和肠道菌群组成、丰度和功能。 展开更多
关键词 繁殖与呼吸综合征病毒 肺部微生物 肠道微生物 16S rrna基因
在线阅读 下载PDF
不同16S rRNA引物在溺死组织气单胞菌检测中的性能评估
6
作者 宁浩冉 代昌海 +6 位作者 种法国 王建鑫 王雅萱 胡洋洋 王业全 张磊磊 张国安 《济宁医学院学报》 2025年第1期8-11,共4页
目的 分析16S rRNA V3区引物、V4区引物和V3-V4区引物检测溺死组织中气单胞菌的差异。方法 采用PCR-扩增子测序方法,评估3种16S rRNA引物在5例溺死者的11个脏器中检测细菌DNA的能力,特别是气单胞菌DNA的检测效果。结果 相比于其他2个引... 目的 分析16S rRNA V3区引物、V4区引物和V3-V4区引物检测溺死组织中气单胞菌的差异。方法 采用PCR-扩增子测序方法,评估3种16S rRNA引物在5例溺死者的11个脏器中检测细菌DNA的能力,特别是气单胞菌DNA的检测效果。结果 相比于其他2个引物,V3引物在检测细菌分类操作单元(Operational Taxonomic Unit, OTU)方面更具优势,检测到的细菌OTU数量更多。测序结果分析表明,V3引物能够检测更丰富的细菌门(Phylum)和科(Family),以及更多的气单胞菌。结论 16S rRNA V3引物在检测溺死脏器中的气单胞菌可能更具优势,对溺死诊断具有潜在应用价值。 展开更多
关键词 溺死 16S rrna测序 气单胞菌
在线阅读 下载PDF
基于UPLC-Q-Orbitrap HRMS代谢组学和16S rRNA基因测序探讨骨疏丹补肾机制
7
作者 佟琳 冯啟圣 +4 位作者 张静 陆晴 石伟 赵龙山 熊志立 《沈阳药科大学学报》 CAS CSCD 2024年第6期675-685,698,共12页
目的 整合代谢组学和肠道微生物组学的研究策略探讨骨疏丹(Gushudan, GSD)预防氢化可的松诱导的肾阳虚证(kidney-yang deficiency syndrome, KYDS)大鼠的补肾作用机制。方法 分别采用超高效液相色谱-四级杆/静电场轨道阱高分辨质谱(UPLC... 目的 整合代谢组学和肠道微生物组学的研究策略探讨骨疏丹(Gushudan, GSD)预防氢化可的松诱导的肾阳虚证(kidney-yang deficiency syndrome, KYDS)大鼠的补肾作用机制。方法 分别采用超高效液相色谱-四级杆/静电场轨道阱高分辨质谱(UPLC-Q-Orbitrap HRMS)的非靶向代谢组学和16S rRNA基因测序分析的肠道微生物组学方法,分析正常对照组、肾阳虚证模型组、骨疏丹给药组和阳性对照组大鼠粪便代谢物谱与肠道菌群组成,采用Pearson相关分析探讨内源性差异代谢物与差异菌群之间的相关性。结果 基于UPLC-Q-Orbitrap HRMS的代谢组学方法在正负离子模式下共发现骨疏丹参与调控肾阳虚症的22种差异代谢物,如色氨酸、鹅去氧胆酸、肌酐和油酸酰胺等,主要涉及氨基酸代谢、胆汁酸代谢、能量代谢和脂质代谢。基于16S rRNA测序分析发现骨疏丹在属水平显著上调普雷沃氏菌(Prevotellaceae)的相对丰度(P<0.05),显著下调颤杆菌(Oscillibacter)的相对丰度(P<0.05)。相关性分析结果表明甘胆酸和鹅去氧胆酸与在属水平显著改变的普雷沃氏菌(Prevotellaceae)显著正相关(P<0.05),而与考拉杆菌(Phascolarctobacterium)显著负相关(P<0.05)。二十二碳六烯酸与毛螺菌(Lachnospiraceae)显著负相关(P<0.05)。结论 骨疏丹通过良性调节内源性代谢和肠道菌群结构发挥补肾作用,为中药通过肠-肾轴治疗疾病提供新的思路和方法。 展开更多
关键词 肾阳虚证 骨疏丹 代谢组学 肠道菌群 UPLC-Q-Orbitrap HRMS 16S rrna基因
在线阅读 下载PDF
基于16S rRNA基因测序探讨加味交泰丸对腹泻型肠易激综合征患者肠道菌群的影响 被引量:2
8
作者 许琰杰 沈文 +3 位作者 臧海洋 徐逸 刘丽娜 杨芳 《安徽中医药大学学报》 CAS 2023年第5期20-26,共7页
目的 探究加味交泰丸对腹泻型肠易激综合征(diarrhea-predominant irritable bowel syndrome, IBS-D)患者肠道菌群的影响。方法 将60例IBS-D患者随机分为中药组和西药组,每组30例。另选健康者10例作为健康对照组。中药组采用加味交泰丸... 目的 探究加味交泰丸对腹泻型肠易激综合征(diarrhea-predominant irritable bowel syndrome, IBS-D)患者肠道菌群的影响。方法 将60例IBS-D患者随机分为中药组和西药组,每组30例。另选健康者10例作为健康对照组。中药组采用加味交泰丸治疗,西药组采用地衣芽孢杆菌治疗。采用IBS严重程度评分系统(irritable bowel syndrome-severity scoring system, IBS-SSS)评估两组患者临床疗效,采用16S rRNA基因测序法检测肠道菌群。结果 两组患者治疗前IBS-SSS评分比较,差异无统计学意义(P>0.05);治疗4周后,两组患者的IBS-SSS评分均较治疗前显著下降(P<0.05),且中药组评分降低程度更显著(P<0.05)。与健康对照组比较,IBS-D患者的肠道菌群α多样性显著降低(P<0.05),β多样性也有显著差异(P<0.05),但中药及西药治疗对肠道菌群的多样性无显著影响;在属水平上,加味交泰丸治疗显著增加了优势菌Eubacterium_eligens_group、Flavonifractor及Lachnospira,降低了优势菌Eysipelotrichaceae_UCG-007、Scardovia及Senegalimassilia的相对丰度;地衣芽孢杆菌治疗显著增加了优势菌Peptoclostridium,降低了优势菌Collinsella、Lactococcus及Streptococcus的相对丰度。LDA Effect Size分析显示:加味交泰丸及地衣芽孢杆菌治疗都显著改变了肠道菌群的结构,但两者改变的菌群不同,且治疗后的菌群也与健康对照组有所差异。结论 加味交泰丸可改善IBS-D患者临床症状,其对IBS-D患者肠道菌群多样性无显著影响,但可以改变肠道菌群的结构和组成,并且与地衣芽孢杆菌有所差异;加味交泰丸治疗无法逆转IBS-D引起的肠道菌群的失调。 展开更多
关键词 腹泻型肠易激综合征 肠道菌群 中医药疗法 16S rrna测序
在线阅读 下载PDF
饲料和水草饲喂对团头鲂肠道微生物菌群组成和丰度的影响
9
作者 袁子昊 喻淋 +3 位作者 刘新明 王卫民 高泽霞 刘寒 《淡水渔业》 北大核心 2025年第1期31-39,共9页
为了研究饲料和水草对团头鲂(Megalobrama amblycephala)肠道微生物菌群组成和丰度的影响,用饲料和水草分别饲喂团头鲂8周后,基于16S rRNA高通量测序对其肠道内容物微生物多样性进行分析。主成分分析结果显示,饲料组团头鲂肠道微生物组... 为了研究饲料和水草对团头鲂(Megalobrama amblycephala)肠道微生物菌群组成和丰度的影响,用饲料和水草分别饲喂团头鲂8周后,基于16S rRNA高通量测序对其肠道内容物微生物多样性进行分析。主成分分析结果显示,饲料组团头鲂肠道微生物组成和水草组不同,明显聚成两个簇。菌群组成与丰度分析发现,水草组团头鲂肠道微生物菌群丰度高于饲料组。其中在门水平上,相对丰度最高的前四种菌群分别是变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)。在属水平上,两组肠道微生物菌群组成和丰度也有所差别,水草组团头鲂主要优势菌群是鲸杆菌属(Cetobacterium),饲料组团头鲂主要优势菌群是芽殖杆菌属(Gemmobacter),这两个属在两组中的差异极显著。另外,水草饲喂组纤维素消化菌群的相对丰度是饲料组的2倍。结果表明,饲料和水草分别饲喂团头鲂8周后,对团头鲂肠道内容物中微生物菌群多样性和丰富度产生影响,同时改变了肠道微生物群落中优势菌群及特定功能菌群(纤维素消化菌)的种类和相对丰度。 展开更多
关键词 团头鲂(Megalobrama amblycephala) 肠道微生物 16S rrna测序 相对丰度
在线阅读 下载PDF
华重楼根茎内生细菌群落多样性及其功能预测
10
作者 洪春桃 黄宗兴 +2 位作者 张玲菊 魏斌 章建红 《浙江农业科学》 2020年第11期2236-2240,2244,共6页
内生菌广泛存在于植物组织内部,是植物微生态系统的重要组成部分。为了解华重楼根茎内生细菌的群落组成和其潜在的生物学功能,采用高通量16S rRNA测序技术分析了2年生华重楼根茎内生细菌群落多样性,并通过PICRUSt分析,评价了其内生细菌... 内生菌广泛存在于植物组织内部,是植物微生态系统的重要组成部分。为了解华重楼根茎内生细菌的群落组成和其潜在的生物学功能,采用高通量16S rRNA测序技术分析了2年生华重楼根茎内生细菌群落多样性,并通过PICRUSt分析,评价了其内生细菌的潜在功能。结果表明,5个华重楼根茎共获得112267条16S rRNA V3-V4区高质量序列片段,内生细菌群落的α-多样性Chao1指数、Observed species指数、PD whole tree指数和Shannon指数的平均值分别为3417.7、748.0、40.7和8.3;其优势门为厚壁菌门和放线菌门,优势变形菌纲为γ-变形菌纲和α-变形菌纲,优势菌属为Dubosiella(占比为5.61%)。16S rRNA功能预测结果显示,华重楼根茎内生细菌功能主要涉及膜运输、能量代谢、碳水化合物代谢、氨基酸代谢和辅酶因子、维生素代谢等。华重楼根茎内生细菌群落多样性丰富,具有大量代谢相关的有益菌。 展开更多
关键词 华重楼 根状茎 内生菌 16S rrna测序技术
在线阅读 下载PDF
高胆红素血症足月儿的肠道菌群变化分析
11
作者 闫俊梅 闫静 +4 位作者 刘松林 索峰 缑灵山 李倩倩 袁振亚 《罕少疾病杂志》 2024年第7期109-111,共3页
目的探讨高胆红素血症与非高胆红素血症足月儿肠道菌群分布组成和变化。方法取2022年1月至2023年1月于徐州市妇幼保健院出生的207例足月新生儿为研究对象,其中107例非高胆红素血症健康足月新生儿作为对照组(Control组),高胆红素血症组(J... 目的探讨高胆红素血症与非高胆红素血症足月儿肠道菌群分布组成和变化。方法取2022年1月至2023年1月于徐州市妇幼保健院出生的207例足月新生儿为研究对象,其中107例非高胆红素血症健康足月新生儿作为对照组(Control组),高胆红素血症组(Jaundice组)100例。分别取两组新生儿出生后第一次胎便样本,随后采集高胆红素血症高峰期的粪便,同时取相同日龄的对照组粪便样本,对粪便样本进行16S rRNA基因测序。结果对Control组和Jaundice组粪便中肠道菌群属水平进行比较,发现两组间出生后第一次胎便中3种肠道菌群丰度具有统计学差异(P<0.05),其中Enterococcus的丰度高于Control组,Streptococcus及Lactobacillus丰度低于对照组。高胆红素血症高峰期两组间6种肠道菌群丰度差异具有统计学意义(P<0.05),与Control组进行比较,Jaundice组Klebsiella、Enterococcus、Lactobacillales丰度明显较高(P<0.05),而Bifidobacterium、Bacteroides、Escherichia-Shigella丰度明显偏低(P<0.05)。另外,Jaundice组第一次胎便与高峰期粪便中肠道菌群的构成具有差异,高胆红素血症高峰期粪便中Klebsiella丰度明显高于第一次胎便(P<0.05),而Enterococcus及Escherichia-Shigella丰度明显偏低(P<0.05)。结论高胆红素血症与健康足月新生儿儿出生后第一次胎便及高胆红素血症高峰期粪便中肠道菌群分布均存在明显差异,且高胆红素血症患儿第一次胎便与高胆红素血症高峰期粪便中肠道菌群组成具有显著差异,肠道菌群检测可能有助于高胆红素血症的风险预测及临床诊断。 展开更多
关键词 高胆红素血症 16S rrna测序 肠道菌群 足月儿
在线阅读 下载PDF
基于16S rRNA基因的不同基原、不同产地甘草微生物群落特征分析 被引量:1
12
作者 李海燕 白雯静 +2 位作者 尹盼盼 彭腾腾 石晓峰 《食品安全质量检测学报》 CAS 北大核心 2023年第19期225-234,共10页
目的探究4批不同基原、不同产地的甘草微生物群落信息。方法参照《中国药典》2020年版四部,对甘草药材中的需氧菌总数、霉菌和酵母菌总数、耐热菌总数以及控制菌进行检查,并对致病菌平板上的菌落进行革兰染色,同时进行甘草药材的16S rRN... 目的探究4批不同基原、不同产地的甘草微生物群落信息。方法参照《中国药典》2020年版四部,对甘草药材中的需氧菌总数、霉菌和酵母菌总数、耐热菌总数以及控制菌进行检查,并对致病菌平板上的菌落进行革兰染色,同时进行甘草药材的16S rRNA基因测序及数据分析。结果甘草药材中的需氧菌总数、霉菌和酵母菌总数、耐热菌总数对数值分别为4.15~4.95、2.40~4.85、1.67~3.15;经热处理(100℃、30 min)后发现其需氧菌总数对数值的下降百分比分别为100.00%、24.10%、40.20%、66.26%;各甘草中耐胆盐革兰阴性菌可能总数较高,但均未检测到大肠埃希菌和沙门菌。16S rRNA基因测序共获得19 phylum、40 class、68 order、137 family、236 genus,其中GC-2获得最多的phylum(18)、class(36)、order(58),GC-1和GC-3获得最多的family(121),GC-1获得最多的genus(162)。多样性分析结果表明,甘草药材中污染微生物主要分布于3个门、3个属,不同基原、不同产地的甘草药材中优势菌属同时具有相似性和差异性,优势菌属均为布丘氏菌属(Buttiauxella)、假单胞菌属(Pseudomonas)和藻类(Streptophyta)。结论甘草药材中微生物污染较为严重,并随基原、产地的不同而存在差异。 展开更多
关键词 甘草 微生物群落特征 革兰染色 16S rrna基因
在线阅读 下载PDF
浙江地区中温大曲贮存过程细菌群落多样性及功能预测分析 被引量:4
13
作者 陈乐乐 王乙伊 +1 位作者 汪怡宁 虞敏 《中国酿造》 CAS 北大核心 2023年第1期109-114,共6页
利用16S rRNA高通量测序和理化分析技术分别解析浙江地区中温大曲贮存过程中细菌群落多样性和理化特征演替,并结合生物信息学方法预测菌群功能。结果表明,大曲贮存90 d后,pH和含水量显著降低(P<0.05),酸度显著升高(P<0.05),且贮... 利用16S rRNA高通量测序和理化分析技术分别解析浙江地区中温大曲贮存过程中细菌群落多样性和理化特征演替,并结合生物信息学方法预测菌群功能。结果表明,大曲贮存90 d后,pH和含水量显著降低(P<0.05),酸度显著升高(P<0.05),且贮存前后细菌群落多样性和结构组成差异显著(P<0.05)。乳酸杆菌属(Lactobacillus)和魏斯式菌属(Weissella)是大曲贮存期间的绝对优势属,其相对丰度范围分别为47.56%~63.44%和25.16%~42.77%。魏斯式菌属相对丰度与含水量和pH呈正相关,而酸度与乳酸杆菌属、醋酸杆菌属(Acetobacter)和克罗彭斯特菌属(Kroppenstedtia)相对丰度呈正相关。此外,功能预测结果表明中温大曲贮存期间的基因功能主要与代谢、遗传信息处理和环境信息处理等功能相关。 展开更多
关键词 浙江地区中温大曲 16S rrna高通量 细菌群落 多样性 理化指标 功能预
在线阅读 下载PDF
反复种植失败患者阴道菌群特征研究 被引量:1
14
作者 张荣雪 王苗苗 +1 位作者 贾媛媛 薛惠英 《国际生殖健康/计划生育杂志》 CAS 2024年第2期89-94,共6页
目的:探讨反复种植失败(repeated implantation failure,RIF)患者的阴道菌群特征。方法:纳入49例接受冻融胚胎移植(frozen-thawed embryo transfer,FET)患者。其中观察组患者(n=29)有RIF病史且本次FET周期妊娠失败;对照组患者(n=20)首次... 目的:探讨反复种植失败(repeated implantation failure,RIF)患者的阴道菌群特征。方法:纳入49例接受冻融胚胎移植(frozen-thawed embryo transfer,FET)患者。其中观察组患者(n=29)有RIF病史且本次FET周期妊娠失败;对照组患者(n=20)首次行FET且成功妊娠。2组均采取人工周期准备内膜、移植第5天优质囊胚。于FET日收集患者阴道分泌物,通过16S rRNA测序对2组阴道菌群多样性、群落组成以及差异菌属进行分析。用受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线评估阴道乳杆菌属丰度诊断RIF的效能。结果:α多样性分析显示,观察组阴道菌群多样性(Shannon指数:P=0.0498)和丰富度(Chao指数:P=0.0471)均显著高于对照组。β多样性分析显示,2组阴道菌群结构差异有统计学意义(P=0.016)。在属水平上,2组阴道的优势菌均为乳杆菌属,与对照组相比,观察组乳杆菌属丰度显著降低,而不动杆菌属和假单胞菌属丰度显著增加(LDA>3,P<0.05)。阴道乳杆菌属丰度诊断RIF的最佳截断值为70%,曲线下面积(area under curve,AUC)为0.77。结论:RIF患者阴道菌群显示差异,以乳杆菌属丰度降低为主要特征。阴道乳杆菌属低丰度可能与RIF相关。 展开更多
关键词 反复种植失败 阴道 阴道菌群 16S rrna测序 高通量
在线阅读 下载PDF
无佐剂卵清蛋白致敏BALB/c小鼠的肠道菌群变化
15
作者 孟潇 刘成龙 +3 位作者 陈晨 谢强 付文慧 薛文通 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期14-25,共12页
研究无佐剂条件下卵清蛋白(ovalbumin,OVA)致敏BALB/c小鼠的肠道菌群变化,挖掘与OVA过敏关联的特征肠道菌群。构建OVA致敏小鼠模型,采用过敏症状评分、血清免疫球蛋白E (immunoglobulin E,IgE)水平检测及结肠组织形态学观察评估小鼠过... 研究无佐剂条件下卵清蛋白(ovalbumin,OVA)致敏BALB/c小鼠的肠道菌群变化,挖掘与OVA过敏关联的特征肠道菌群。构建OVA致敏小鼠模型,采用过敏症状评分、血清免疫球蛋白E (immunoglobulin E,IgE)水平检测及结肠组织形态学观察评估小鼠过敏反应。通过16S rRNA扩增子测序法进行肠道菌群分析,包括多样性分析、物种组成分析和功能预测。结果表明,OVA致敏组过敏症状评分、血清总IgE、OVA特异性IgE及结肠组织HE染色结果均出现显著变化,表明模型构建成功。肠道菌群分析结果显示:致敏组菌科水平的Pseudomonadaceae丰度显著上升,Lachnospirales-Lachnospiraceae与Desulfovibrionales-Desulfovibrionaceae丰度显著下降;菌属水平的Pseudomonas丰度显著上升,Lachnospiraceae NK4A136 group丰度显著下降,推测Bacteroidales可作为OVA过敏的特征菌群。 展开更多
关键词 食物过敏 卵清蛋白 16S rrna测序 肠道菌群
在线阅读 下载PDF
牛诺如病毒感染相关腹泻犊牛粪便菌群的特征分析
16
作者 赵清梅 崔省委 +3 位作者 郭仕辉 余永涛 梁泰宇 李欢语 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期3484-3494,共11页
[目的]比较哺乳期健康犊牛和感染牛诺如病毒(Bovine norovirus,BNoV)的腹泻犊牛粪便菌群多样性和物种组成,初步揭示BNoV感染的腹泻犊牛粪便菌群特征。[方法]首先应用PCR和RT-PCR法对健康和腹泻犊牛粪便中的腹泻相关病原进行检测,然后采... [目的]比较哺乳期健康犊牛和感染牛诺如病毒(Bovine norovirus,BNoV)的腹泻犊牛粪便菌群多样性和物种组成,初步揭示BNoV感染的腹泻犊牛粪便菌群特征。[方法]首先应用PCR和RT-PCR法对健康和腹泻犊牛粪便中的腹泻相关病原进行检测,然后采用16S rRNA扩增子测序技术对病原检测阴性的健康犊牛粪便(H组)和仅BNoV检测阳性的腹泻犊牛粪便(BNoV组)的微生物多样性、菌群组成和功能进行比较分析。[结果]与H组相比,BNoV组粪便菌群操作分类单元(OTUs)数量和Chao1指数显著升高(P<0.05),Shannon和Simpson指数极显著降低(P<0.01)。与H组相比,BNoV组粪便变形菌门、埃希-志贺属、丁酸球菌属丰度极显著升高(P<0.01),放线菌门、柯林斯菌属、巨球型菌属、厄氏菌属、双歧杆菌属、粪杆菌属等丰度极显著或显著降低(P<0.01;P<0.05)。双歧杆菌属、柯林斯菌属、巨球型菌属、厄氏菌属、粪杆菌属等在H组显著富集,而丁酸球菌属、埃希-志贺属、脆弱拟杆菌、梭菌属等在BNoV组显著富集。与H组相比,BNoV组粪便菌群胞内过程和信号传导、脂质代谢、新陈代谢、异生物质生物降解与代谢、萜类和聚酮类化合物代谢等显著或极显著上调(P<0.05;P<0.01),而膜转运、复制与修复、翻译、核苷酸代谢、遗传信息处理等显著或极显著下调(P<0.05;P<0.01)。[结论]感染BNoV的腹泻犊牛粪便菌群丰富度、多样性、物种组成和功能与健康犊牛显著不同,提示BNoV感染犊牛处于肠道菌群紊乱状态。 展开更多
关键词 牛诺如病毒(BNoV) 犊牛腹泻 粪便菌群 16S rrna扩增子
在线阅读 下载PDF
干旱胁迫下2个扁蓿豆品种根际细菌多样性及土壤灭菌对其生长的影响
17
作者 邢静 范文强 +1 位作者 王佳妮 石凤翎 《草业学报》 CSCD 北大核心 2024年第12期147-159,共13页
干旱作为一种严重影响植物生长发育和作物生产的环境因素之一,需要一种高效但不会对环境造成影响的方法来缓解其对植物带来的危害。通常土壤微生物被认为可以与植物进行互作从而改善环境带来的不良影响,但仍需验证在植物受到干旱胁迫时... 干旱作为一种严重影响植物生长发育和作物生产的环境因素之一,需要一种高效但不会对环境造成影响的方法来缓解其对植物带来的危害。通常土壤微生物被认为可以与植物进行互作从而改善环境带来的不良影响,但仍需验证在植物受到干旱胁迫时土壤微生物是否可以发挥关键性作用?通过对蒙农2号、蒙农1号扁蓿豆进行灭菌和未灭菌处理,测定其生长表型与生理特性的变化,以揭示土壤微生物在扁蓿豆应对胁迫时所发挥的作用,同时对正常浇水及干旱胁迫后的根际土壤进行16S rRNA高通量测序分析,以期明晰品种介导的扁蓿豆根际微生物对干旱胁迫的响应变化规律,并探究发挥关键作用的菌群。结果表明,干旱胁迫下未灭菌处理显著提高了蒙农2号和蒙农1号扁蓿豆的株高增量、地上干重、地下干重,同时显著降低了脯氨酸(Pro)与丙二醛(MDA)含量,增强了过氧化氢酶(CAT)活性。正常浇水条件下,蒙农2号与蒙农1号扁蓿豆其根际细菌中变形菌门占比分别为72.83%、67.65%,根瘤菌占比分别为5.28%、3.65%;干旱胁迫后蒙农2号与蒙农1号扁蓿豆根际细菌中变形菌门相对丰度下降了8.42%、4.76%,而根瘤菌相对丰度增加了1.69%和2.35%。同时推测根瘤菌为扁蓿豆抗旱相关的核心微生物,并且蒙农2号扁蓿豆在水分充足的情况下根际富集了比蒙农1号更多的根瘤菌,这使得其在受到干旱胁迫时能够更加快速地做出反应。总而言之,研究证明土壤微生物在植物抵抗干旱胁迫中发挥了积极作用,根际微生物可以提高扁蓿豆对干旱胁迫的耐受能力,微生物组成和丰度受干旱胁迫和植物宿主的调节,且各自效果差异较大,进一步说明微生物的富集过程与植物基因型密切相关。 展开更多
关键词 扁蓿豆 干旱胁迫 根际细菌 植物-微生物相互作用 16S rrna测序
在线阅读 下载PDF
大豆和猪肉来源的高蛋白饮食对小鼠肥胖及肠道菌群的影响 被引量:3
18
作者 王涛 季珊珊 +4 位作者 汤鑫磊 李倩 王恒鹏 孟祥忍 姜松松 《食品科学技术学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第2期120-130,共11页
肥胖是一种复杂的代谢性疾病,与肠道菌群有一定的联系。为分析大豆和猪肉来源的高蛋白饮食对小鼠肥胖的干预作用及对肠道菌群结构的影响,采用高脂膳食诱导构建C57BL/6J小鼠肥胖模型,随后将肥胖小鼠按体质量随机分为4组,高脂饮食(HF)组... 肥胖是一种复杂的代谢性疾病,与肠道菌群有一定的联系。为分析大豆和猪肉来源的高蛋白饮食对小鼠肥胖的干预作用及对肠道菌群结构的影响,采用高脂膳食诱导构建C57BL/6J小鼠肥胖模型,随后将肥胖小鼠按体质量随机分为4组,高脂饮食(HF)组、普通恢复(NR)组、高大豆蛋白饮食(HSP)组和高猪肉蛋白饮食(HPP)组,进行为期12周的膳食干预,同时设置空白对照(NC)组,通过对炎症因子及脂肪结构等指标的检测,分析大豆和猪肉来源的高蛋白饮食对肥胖小鼠的干预作用;同时,取盲肠内容物通过16S rRNA高通量测序技术分析各组小鼠肠道菌群的差异性。与NR组相比,HSP组及HPP组小鼠体质量和血清脂多糖水平、肿瘤坏死因子α质量浓度均有不同程度的下降;同时,肝脏苏木精-伊红染色和油红O染色结果显示,HSP组和HPP组小鼠肝脏脂肪沉积明显减轻(P<0.05)。高脂饮食和高蛋白饮食显著降低了小鼠肠道菌群物种丰富度及进化关系的多样性,而对物种多样性与均匀度无显著影响(P>0.05)。高蛋白饮食改善了小鼠的肥胖,并改变了肥胖小鼠的肠道菌群结构。研究旨在为通过饮食干预调控肠道菌群预防和改善肥胖提供新的见解。 展开更多
关键词 高蛋白饮食 16S rrna基因 肥胖 小鼠 肠道菌群
在线阅读 下载PDF
东海近远岸浮游细菌多样性比较及其影响因素研究
19
作者 解鹏飞 王作春 +5 位作者 徐嘉泉 保瑞雪 田晓清 杨桥 杨希 张晓玲 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2024年第6期723-732,共10页
浮游细菌是海洋微食物环的重要组成部分,在地球水体生态系统物质循环、蓝碳、藻菌互作及维持海洋生态平衡等过程中发挥着关键驱动作用。为探究东海不同海域浮游细菌的分布特征及其影响因素,利用16S rRNA高通量测序技术,解析了冬季东海... 浮游细菌是海洋微食物环的重要组成部分,在地球水体生态系统物质循环、蓝碳、藻菌互作及维持海洋生态平衡等过程中发挥着关键驱动作用。为探究东海不同海域浮游细菌的分布特征及其影响因素,利用16S rRNA高通量测序技术,解析了冬季东海近远岸11个站位的浮游细菌丰度差异及对其主要影响环境因素。结果表明,调查海域的近岸浮游细菌种类主要包括变形菌门、拟杆菌门、放线菌门和厚壁菌门,其中2个优势属(丰度>5%)为假交替单胞菌属(22.33%)和盐单胞菌属(5.09%)。而其远岸浮游细菌类群则主要由变形菌门、拟杆菌门和放线菌门组成,其5个优势属为假交替单胞菌属(12.30%)、食链菌属(9.98%)、弧菌属(8.67%)、海水单胞菌属(6.09%)及假单胞菌属(5.73%)。多样性指数分析结果表明,调查海域近岸浮游细菌丰度明显高于远岸海域;离岸距离、海水盐度及溶氧量是影响调查海域浮游细菌群落多样性差异的主要环境因素。在所解析的5个属的标志细菌物种中,其中4个属即盐单胞菌属(Halomonas)、极地杆菌属(Polaribacter)、Krokinobacter属和Fluviicola属的物种丰度与离岸距离和盐度均呈正相关(P<0.05),而与溶氧量呈负相关(P<0.01);而小红卵菌属(Rhodovulum)的物种丰度与离岸距离(P<0.05)和盐度(P<0.01)均呈负相关,与溶氧量呈正相关(P<0.001)。研究结果可为进一步探究东海浮游细菌的生态学功能提供科学参考。 展开更多
关键词 东海 浮游细菌 物种多样性 环境因素 16S rrna高通量
在线阅读 下载PDF
仔猪不同发育阶段结肠微生物菌群特征分析 被引量:17
20
作者 郭晓红 郭玉龙 +7 位作者 刘亚丹 刘娟 史文倩 董磊 蔡春波 曹果清 李步高 高鹏飞 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1561-1576,共16页
旨在通过高通量测序技术比较马身猪与晋汾白猪不同生长发育阶段结肠微生物菌群结构与特征的差异。本研究以马身猪和晋汾白猪为试验对象,分别在仔猪1、28和70日龄3个阶段随机挑选体重相近的3头公猪,采用16S rRNA高通量测序技术对结肠微... 旨在通过高通量测序技术比较马身猪与晋汾白猪不同生长发育阶段结肠微生物菌群结构与特征的差异。本研究以马身猪和晋汾白猪为试验对象,分别在仔猪1、28和70日龄3个阶段随机挑选体重相近的3头公猪,采用16S rRNA高通量测序技术对结肠微生物多样性进行研究。通过菌群分类学分析发现,两个品种仔猪肠道微生物分布于15个门、28个纲、59个目、100个科、290个属。厚壁菌门和拟杆菌门为优势菌门,平均所占比例分别为49.03%、31.94%。仔猪刚出生时品种间肠道微生物多样性差异不显著,随着仔猪生长发育,各品种微生物多样性出现极显著升高,在晋汾白猪仔猪保育阶段(28~70 d)基本趋于稳定。两品种仔猪不同阶段的特异菌群随着日龄增加出现显著差异。关联分析发现,肠道菌群与血清中内毒素(LPS)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白细胞介素-6(IL-6)浓度之间存在显著相关性(P<0.05),而与二胺氧化酶(DAO)和D-乳酸(D-LA)浓度相关性不显著(P>0.05)。不同品种间,与LPS、TNF-α、IL-6显著相关的结肠微生物菌群存在差异。综上表明,仔猪结肠微生物菌群结构与组成在不同品种、不同生长发育阶段均存在显著差异,对仔猪免疫性能具有重要作用。 展开更多
关键词 结肠 肠道微生物多样性 16S rrna测序
在线阅读 下载PDF
上一页 1 2 3 下一页 到第
使用帮助 返回顶部