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基于16S rRNA基因扩增子测序技术研究云南野生小型哺乳动物肠道菌群多样性 被引量：3
1
作者 苏佳 何锴 +2 位作者 连春盎 张雪 余珂 《北京大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第2期326-336,共11页
以生活在同一生境,但具有不同进化关系和不同食性的野生哺乳类动物(鼠科、猬科和鼩鼱科)为研究对象,通过16S rRNA基因扩增子测序,分析和比较其肠道菌群。共识别出5378个操作分类单位(OTUs),主要隶属Firmicutes(40.55%),Proteobacteria(3... 以生活在同一生境,但具有不同进化关系和不同食性的野生哺乳类动物(鼠科、猬科和鼩鼱科)为研究对象,通过16S rRNA基因扩增子测序,分析和比较其肠道菌群。共识别出5378个操作分类单位(OTUs),主要隶属Firmicutes(40.55%),Proteobacteria(34.60%)和Bacteroidetes(13.67%)。Firmicutes和Bacteroidetes是鼠科的优势菌门,Proteobacteria是猬科和鼩鼱科的优势菌门。多样性分析表明,鼠科、猬科与鼩鼱科的肠道微生物多样性及群落结构具有显著性差异;LEfSe分析表明,鼠科中存在更多与复杂碳水化合物发酵相关的细菌,猬科和鼩鼱科中含较多氨基酸发酵菌;益生菌(如Lactobacillus和Lactococcus等)共存于这3类野生小型哺乳类动物中,起调控宿主健康的作用。研究结果揭示,宿主食性与进化关系影响着野生小型哺乳动物肠道菌群结构,而肠道菌群可能在多种方面对宿主起益生作用。 展开更多
关键词 野生小型哺乳动物 肠道菌群 16S rrna基因扩增子测序 宿主饮食
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基于16S rRNA基因测序研究YCFA培养基对山羊瘤胃细菌富集培养的有效性
2
作者 郭萌萌 景若曦 《家畜生态学报》 北大核心 2025年第4期51-57,共7页
为了筛选利用YCFA培养基体外富集可培养的山羊瘤胃微生物菌种,为瘤胃微生物的体外培养提供可用的潜在培养基,该试验利用YCFA培养基在37℃温度下,对山羊瘤胃中的微生物分别进行厌氧和有氧条件下的富集培养,取富集的菌落提取DNA进行16S r... 为了筛选利用YCFA培养基体外富集可培养的山羊瘤胃微生物菌种,为瘤胃微生物的体外培养提供可用的潜在培养基,该试验利用YCFA培养基在37℃温度下,对山羊瘤胃中的微生物分别进行厌氧和有氧条件下的富集培养,取富集的菌落提取DNA进行16S rRNA基因测序,分析可富集培养的细菌类型。研究表明,YCFA培养基在厌氧条件下可潜在富集培养的山羊瘤胃微生物主要包括Veillonella、Streptococcus、Anaerovibrio、Selenomonas_1、Prevotella_1、Prevotellaceae_YAB2003_group、Selenomonas_1、Schwartzia、Phocaeicola;在有氧条件下可潜在富集培养的山羊瘤胃微生物主要包括Mannheimia、Bacteroides、Bacillus、Actinobacillus。该试验表明在YCFA培养基中可以培养部分山羊瘤胃中的有效微生物菌种,为山羊瘤胃细菌菌种的培养提供参考。 展开更多
关键词 山羊瘤胃菌群 16S rrna基因测序 YCFA培养基 富集培养
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扩增子与宏基因组策略在猴痘病毒全基因组测序考核中的应用比较 被引量：1
3
作者 黄枝妙 翁育伟 +4 位作者 陈炜 游丽斌 王金章 俞婷婷 林琦 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期944-949,共6页
目的比较扩增子与宏基因组测序在猴痘病毒全基因组测序考核中的应用效果,为猴痘病毒测序溯源与疫情防控提供技术参考。方法扩增子测序:对猴痘DNA先进行全基因组靶向扩增,再对扩增产物进行二代测序;宏基因组测序:对猴痘DNA直接进行二代... 目的比较扩增子与宏基因组测序在猴痘病毒全基因组测序考核中的应用效果,为猴痘病毒测序溯源与疫情防控提供技术参考。方法扩增子测序:对猴痘DNA先进行全基因组靶向扩增,再对扩增产物进行二代测序;宏基因组测序:对猴痘DNA直接进行二代测序。获得序列后使用CLC、IGV等软件分析2种不同测序方法的有效数据百分比、测序深度及不同测序深度下的病毒全基因组测序覆盖度等质量参数,评估测序质量。使用Nextclade进行病毒分型、序列突变及缺失情况分析,比较2种测序方法所获得序列的一致性及完整性。结果使用猴痘参比毒株MPXV-M5312_HM12_Rivers全基因序列(GenBank登录号:NC_063383.1)进行拼接后,扩增子测序和宏基因测序所获得有效数据百分比分别为99.72%和7.54%,测序深度范围分别为0×~334839×和44×~1000×,测序深度10×以上的位点覆盖度分别为90.3%和100%。通过IGV查看全基因组在不同测序深度下的覆盖情况发现,宏基因测序的全基因组位点测序深度覆盖均匀,而扩增子测序的全基因组位点测序深度覆盖不均、差异明显。病毒分型及序列一致性分析显示,2种方法所获得序列均为猴痘病毒IIb B.1分支,与参比序列相比宏基因测序结果存在73个突变位点,扩增子测序存在68个突变位点,深入分析发现扩增子测序有7个IIb B.1分支的共有突变位点未测到,还存在2个假阳性私有突变位点。结论在猴痘病毒全基因测序中可灵活使用扩增子测序或宏基因组测序方法,其中扩增子测序可以获得更多的有效数据量,而宏基因组测序在序列覆盖的均一性和准确性方面较好,本研究旨在为提高猴痘病毒全基因组测序成功率提供一点启发与技术参考。 展开更多
关键词 猴痘病毒 全基因组测序 扩增子测序 宏基因测序
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植物内生菌16S rRNA基因扩增子高通量测序中降低宿主污染的方法 被引量：1
4
作者 程丹丹 杨嘉麒 +1 位作者 王牧 赵菁 《安全与环境工程》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期212-220,共9页
植物内生菌能够帮助植物生长,增强其抗逆性与抗病性,研究植物内生菌对了解植物入侵机制、保护生态环境与农业的健康发展具有重要意义。通过阅读相关文献,总结归纳了降低植物内生菌16S rRNA基因扩增子高通量测序(16S-seq)中宿主基因污染... 植物内生菌能够帮助植物生长,增强其抗逆性与抗病性,研究植物内生菌对了解植物入侵机制、保护生态环境与农业的健康发展具有重要意义。通过阅读相关文献,总结归纳了降低植物内生菌16S rRNA基因扩增子高通量测序(16S-seq)中宿主基因污染的4种方法,即:①寻找特异性错配引物用来扩增细菌16S rRNA基因;②添加特异性阻断物用来抑制宿主16S rRNA基因扩增,如PNA-PCR和LNA-RCR钳位技术;③在文库构建过程中剪切宿主细胞器的16S rRNA基因,如Cas-16S-seq方法;④改变PCR扩增流程,如巢式PCR技术。了解上述各种方法的特点,有助于在植物内生菌16S-seq中选择合适的方法,避免或者减少宿主基因的污染,更准确地进行植物内生细菌群落的研究。 展开更多
关键词 植物内生菌 16S rrna基因扩增子高通量测序 宿主基因污染 Cas-16S-seq 微生物组 PCR钳位技术 特异性引物
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微生物扩增子高通量测序技术在水产品加工与贮藏中的应用 被引量：13
5
作者 王伟 冷凯良 +2 位作者 刘均忠 郝建华 孙谧 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2017年第10期263-268,共6页
简介了微生物扩增子高通量测序技术,简述该技术在水产品加工与贮藏研究中的应用现状。在发酵水产品、水产品低温加工和保鲜防腐等方向,众多研究以高通量方法测定细菌和古菌的16S rRNA基因片段,准确获得水产品中微生物的种类和数量信息... 简介了微生物扩增子高通量测序技术,简述该技术在水产品加工与贮藏研究中的应用现状。在发酵水产品、水产品低温加工和保鲜防腐等方向,众多研究以高通量方法测定细菌和古菌的16S rRNA基因片段,准确获得水产品中微生物的种类和数量信息。微生物扩增子高通量测序技术优于传统的可培养法,也优于许多非培养分析技术。同时还指出了该技术的存在问题及对策,并探讨了该技术的发展方向和应用前景。 展开更多
关键词 扩增子高通量测序 16S rrna基因 水产品加工与贮藏 微生物检测
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应用rRNA基因间隔区碱基测序对中药(大黄)进行鉴定 被引量：17
6
作者 姬可平 李啸红 +1 位作者 李应东 张西玲 《世界科学技术-中药现代化》 2002年第4期44-47,共4页
目的:对大黄种子中提取的DNA中rRNA基因内转录间隔区进行PCR扩增,对于PCR扩增,并对PCR扩增产物进行碱基序列测定,以期从分子水平建立对中草药的鉴定标准。方法:常规提取当归、大黄种子DNA,利用合成的特异性引物对其DNA中rRNA基因内转录... 目的:对大黄种子中提取的DNA中rRNA基因内转录间隔区进行PCR扩增,对于PCR扩增,并对PCR扩增产物进行碱基序列测定,以期从分子水平建立对中草药的鉴定标准。方法:常规提取当归、大黄种子DNA,利用合成的特异性引物对其DNA中rRNA基因内转录间隔区进行套式PCR扩增,将扩增产物以四色荧光标记的双脱氧末端终止循环法进行碱基序列测定。结果:经琼脂糖凝胶电泳证实大黄种子中rRNA基因内转录间隔区PRC基因内转录间隔区的完整碱基序列。RRNA基因内转录间隔区的碱基序列可作为分子水平鉴定植物中药材的又一有效途径。 展开更多
关键词 大黄 套式PRC DNA测序 rrna基因 中药鉴定
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基于高通量测序技术分析中国荷斯坦奶牛瘤胃纤毛虫的物种多样性
7
作者 何金英 徐勤辉 +5 位作者 王宇嘉 江奕希 黄一菲 李曼 熊杰 冯金梅 《河南师范大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第4期132-140,I0019,共10页
瘤胃纤毛虫是反刍动物瘤胃微生态系统的重要组成部分,在调控瘤胃微环境及参与其宿主动物的生理功能等方面具有重要作用.然而,家养反刍动物瘤胃中的瘤胃纤毛虫物种多样性及不同动物个体间瘤胃纤毛虫群落结构的差异仍不清楚.采用基于18S r... 瘤胃纤毛虫是反刍动物瘤胃微生态系统的重要组成部分,在调控瘤胃微环境及参与其宿主动物的生理功能等方面具有重要作用.然而,家养反刍动物瘤胃中的瘤胃纤毛虫物种多样性及不同动物个体间瘤胃纤毛虫群落结构的差异仍不清楚.采用基于18S rRNA基因的高通量测序技术,解析了中国荷斯坦奶牛瘤胃内纤毛虫的物种多样性和宿主不同个体间的差异.选取3头成年健康中国荷斯坦奶牛共采集了9个瘤胃液样品,提取样品总DNA后,采用瘤胃纤毛虫18S rRNA基因V5~V8区特异性引物进行扩增,扩增产物使用Ion S5^(TM)XL平台测序.去除低质量序列和嵌合体后,共获得721250条高质量有效序列,基于97%的序列一致性聚类获得38个操作分类单元(operational taxonomic units,OTU).不同个体样品间在α多样性Chao1、ACE、Shannon和Simpson指数上,差异不显著.OTUs的物种分布属于纤毛门裂口纲毛口亚纲.在属水平分类上,它们主要分布于10个已知的瘤胃纤毛虫的属,其中内毛属是相对丰度最高的属,同时还检测到一些未被分类和鉴定的瘤胃纤毛虫.同一牧场同一饲喂条件下的不同个体之间,瘤胃纤毛虫的物种多样性没有显著差异,但不同个体之间在均匀度上存在一定的差异.研究结果将为瘤胃纤毛虫的高通量测序分析和综合分类学研究提供参考. 展开更多
关键词 瘤胃纤毛虫 原生生物 多样性 18S rrna基因测序 分类学
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岩溶湖泊微生物群落结构及功能基因预测
8
作者 梁丽营 杨景媛 +5 位作者 牟春霞 杜军 欧宇翔 李炫漫 刘细祥 刘艳 《安全与环境学报》 北大核心 2025年第2期767-778,共12页
为揭示岩溶泉上覆水的水化学特征,总结分析微生物多样性、群落组成特征及潜在功能基因预测结果,挖掘微生物与环境因子的相互作用关系,采集灵水岩溶泉的上覆水,并采用地球水化学法、16S rRNA基因的高通量测序法测定分析样品中的水化学特... 为揭示岩溶泉上覆水的水化学特征,总结分析微生物多样性、群落组成特征及潜在功能基因预测结果,挖掘微生物与环境因子的相互作用关系,采集灵水岩溶泉的上覆水,并采用地球水化学法、16S rRNA基因的高通量测序法测定分析样品中的水化学特征、微生物多样性、群落结构特征和测定功能基因。结果显示,在细菌域中,检测出40个门、106个纲、251个目、424个科、822个属,灵水泉上覆水不同采样点中优势菌门、菌属种类相似,但相对丰度有所差异。在门水平上,排名前3的优势菌门为变形菌门、厚壁菌门、放线菌门。冗余分析(Redundancy analysis,RDA)分析表明,NO3-和Chl a是显著影响灵水泉微生物群落组成的环境因子。通过PICRUSt功能预测分析发现了6个一级功能和45个二级功能,表明细菌群落的潜在功能代谢比较活跃。灵水泉中存在丰富的新陈代谢基因,其中氨基酸代谢基因最高,其次为碳水化合物代谢基因,辅助因子和维生素的代谢基因丰度相对较高。代谢功能分析共获得182条代谢途径,灵水岩溶泉细菌代谢途径丰富,主要为能量代谢途径、碳水化合物代谢途径,通过参与生态系统中的能量和碳循环,有益于水体健康。研究阐述了岩溶湖泊中微生物群落的分布及其代谢途径,为岩溶湖泊水生态系统的健康发展提供了基础数据和科学依据。 展开更多
关键词 环境工程学 岩溶泉水 微生物多样性 群落结构 16S rrna高通量测序 功能基因
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rRNA基因内转录间隔区测序分析在中草药鉴定中的应用 被引量：2
9
作者 姬可平 李啸红 +1 位作者 李应东 刘丽莎 《中医药学刊》 2002年第5期629-630,共2页
目的 :研究rRNA基因内转录间隔区 (internaltranscribdedspacer ,ITS)PCR扩增及碱基测序分析对中草药进行鉴定的方法 ,并探讨该方法的科学性及其应用价值。方法 :应用PCR—碱基测序法对所提取的植物性中药材DNA中的rRNA基因内转录间隔... 目的 :研究rRNA基因内转录间隔区 (internaltranscribdedspacer ,ITS)PCR扩增及碱基测序分析对中草药进行鉴定的方法 ,并探讨该方法的科学性及其应用价值。方法 :应用PCR—碱基测序法对所提取的植物性中药材DNA中的rRNA基因内转录间隔区进行PCR扩增和序列测定 ,以获得不同植物性中药材rRNA基因内转录间隔区扩增产物电泳图谱和碱基序列 ,以此作为中药材的分子鉴定标记。结果 :不同中草药rRNA基因内转录间隔区电泳条带 ,碱基序列组成 ,长度各不相同。结论 :不同植物性中药材rRNA基因内转录间隔区可作为分子生物学水平鉴定中草药的靶基因之一。 展开更多
关键词 rrna基因 内转录间隔区 碱基测序 中草药 鉴定
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黄芪种子rRNA基因间隔区序列测定及分析
10
作者 牛宪立 吴群 姬可平 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2010年第24期13162-13163,共2页
[目的]通过对黄芪种子进行rRNA基因内转录间隔区碱基序列的测定,建立其分子水平的鉴定标记。[方法]以改良CTAB法提取黄芪种子DNA,利用合成的通用引物对其rRNA基因内转录间隔区进行nPCR扩增,将扩增产物进行碱基序列测定。[结果]琼脂糖凝... [目的]通过对黄芪种子进行rRNA基因内转录间隔区碱基序列的测定,建立其分子水平的鉴定标记。[方法]以改良CTAB法提取黄芪种子DNA,利用合成的通用引物对其rRNA基因内转录间隔区进行nPCR扩增,将扩增产物进行碱基序列测定。[结果]琼脂糖凝胶电泳证实黄芪种子中rRNA基因内转录间隔区PCR扩增产物存在,经测序后得到了黄芪种子rRNA基因内转录间隔区的碱基序列。[结论]rRNA基因内转录间隔区碱基测序技术可作为分子水平鉴定植物性中药材的又一有效途径。 展开更多
关键词 黄芪 rrna基因 nPCR 测序 分子鉴定
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分析方法对细菌群落16S rRNA基因扩增测序分析结果的影响 被引量：6
11
作者 钟辉 刘亚军 +2 位作者 王滨花 和梦洁 吴兰 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期81-92,共12页
细菌16S rRNA基因扩增测序是当前环境微生物组学研究中应用最为广泛的方法之一。然而,测序序列最小分类单元的划分有多种方式,其对微生物多样性下游分析结果的影响还有待进一步探究。本研究通过提取5组环境样本(森林、农田、湿地土壤、... 细菌16S rRNA基因扩增测序是当前环境微生物组学研究中应用最为广泛的方法之一。然而,测序序列最小分类单元的划分有多种方式,其对微生物多样性下游分析结果的影响还有待进一步探究。本研究通过提取5组环境样本(森林、农田、湿地土壤、湖泊沉积物和水体)的DNA进行16S rRNA基因扩增测序,对测序结果同时采用5种最小分类单元的划分方式(基于97%、98%、99%和100%序列相似性聚类的OTU以及基于DADA2算法得到的ASV)进行划分,比较分析最小分类单元划分方法对微生物群落多样性、组成、以及其与环境因子关联性分析造成的影响。结果表明,提高分类分辨率,能够获得更高的群落α多样性(Chao1和Shannon)和β多样性(P < 0.05),而相对于按序列相似性聚类的OTU,ASV方法会在一定程度上降低Chao1和PD指数。对于群落组成,分类单元的划分方式主要影响微生物组一些低丰度属(< 0.2%)的占比,而对较高的分类学水平(门水平)组成的影响较小。此外,冗余分析的结果表明,提高分类分辨率水平,能够使得环境因子对微生物群落能够获得更高的解释度,同时也会影响各环境因子对群落组成的解释度排序。总之,本研究明晰了最小分类单元的不同划分方式会对微生物组多样性、组成以及与环境因子的关联性造成的影响,为后续环境微生物组学研究提供了理论指导。 展开更多
关键词 环境微生物组 高通量测序 16S rrna基因 最小分类单元 细菌多样性
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扩增子测序检测SNP位点与子宫内膜异位症的发病风险
12
作者 刘居莉 李海志 +6 位作者 余蕾 胡亚欣 王碧 肖子文 罗新 潘卫 杨国珍 《实用妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期684-687,共4页
目的:探索外周血单核苷酸多态性(SNP)多态位点的检测与子宫内膜异位症(简称内异症)的发病风险的关系。方法:选择内异症患者66例,对照组34例,采集受试者子宫内膜组织做病理活检HE染色;取外周血,提取DNA,构建文库,按照筛选出的SNP位点进... 目的:探索外周血单核苷酸多态性(SNP)多态位点的检测与子宫内膜异位症(简称内异症)的发病风险的关系。方法:选择内异症患者66例,对照组34例,采集受试者子宫内膜组织做病理活检HE染色;取外周血,提取DNA,构建文库,按照筛选出的SNP位点进行扩增子测序检测。结果:在筛选出的21个位点中,7p15.2(rs12700667)(p=0.170×10^(-10),OR=1.26)、CDKN2BAS基因16号内含子内的rs10965235(p=0.35×10^(-11),OR=1.39)、WNT4的rs16826658(p=0.110×10^(-9),OR=1.18)的SNP在内异症患者与对照组中比较,差异有统计学意义。结论:外周血样本SNP位点7p15.2(rs12700667)、WNT4(rs16826658)、CDKN2BAS(rs10965235)可能与内异症的发病风险有关。 展开更多
关键词 扩增子测序 子宫内膜异位症 易感基因
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16S rRNA基因测序技术在肝脓疡细菌鉴定中的作用(英文) 被引量：2
13
作者 宋伦圭 Yun Gyu Song +11 位作者 Sang Gun Shim Kwang Min Kim Dae Soo Kim Sang Haeng Choi Jae Young Song Kon Ho Lee Hyung-Lyun Kang Seung-Chul Baik Woo-Kon Lee Myung Je Cho Kwang Ho Rhee Dong Hae Lee 《介入放射学杂志》 CSCD 北大核心 2014年第10期906-912,共7页
目的评价16S核糖体RNA(rRNA)基因测序在肝脓疡中细菌鉴定中的应用价值。方法2012年1月—2013年12月间共20例肝脓疡行经皮置管引流的患者,分别行脓液培养,血培养和16S rRNA基因测序。利用454 GS Junior System对脓液基因组DNA行PCR和16S ... 目的评价16S核糖体RNA(rRNA)基因测序在肝脓疡中细菌鉴定中的应用价值。方法2012年1月—2013年12月间共20例肝脓疡行经皮置管引流的患者,分别行脓液培养,血培养和16S rRNA基因测序。利用454 GS Junior System对脓液基因组DNA行PCR和16S rRNA基因测序。脓液培养,血液培养和16S rRNA基因测序结果进行分别评价。结果脓液和血液培养阳性的患者分别是9例(45%)和4例(20%)。16S rRNA基因测序细菌鉴定率为90%,明显高于传统的培养方法。结论 16S rRNA基因测序方法较传统的培养方法能更准确和有效对肝脓疡进行细菌鉴定。 展开更多
关键词 肝脓疡 脓肿培养 宏基因组学 16S rrna基因测序
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基于16S rRNA基因序列分析家蚕肠道细菌的多样性 被引量：24
14
作者 许刚 孙振丽 +3 位作者 胡小龙 薛仁宇 曹广力 贡成良 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期641-649,共9页
家蚕肠道菌群与蚕体对营养物质的消化吸收及健康性密切相关。为了解家蚕肠道细菌的多样性及雌、雄个体间肠道细菌类群的差异,通过应用454焦磷酸测序技术检测细菌16S rRNA基因序列的方法分析家蚕5龄第3天雌、雄幼虫中肠内容物中的细菌类... 家蚕肠道菌群与蚕体对营养物质的消化吸收及健康性密切相关。为了解家蚕肠道细菌的多样性及雌、雄个体间肠道细菌类群的差异,通过应用454焦磷酸测序技术检测细菌16S rRNA基因序列的方法分析家蚕5龄第3天雌、雄幼虫中肠内容物中的细菌类群,共发现5 578个分类操作单元(operational taxonomic units),包括14个门、21个纲、30个目、71个科、120个属的细菌,雌、雄个体在上述分类阶元共有的肠道细菌菌群分别为8、9、20、38和46种。在属水平上对细菌菌群构成的分析显示,雄蚕肠道中的主要优势细菌为代尔夫特菌属Delftia、橙单胞菌属Aurantimonas、肠球菌属Enterococcus、嗜糖假单胞菌属Pelomonas、青枯菌属Ralstonia、台湾温单胞菌属Tepidimonas、假单胞菌属Pseudomonas、阿斯普罗单胞菌属Aspromonas、甲基杆菌属Methylobacterium和葡萄球菌属Staphylococcus;雌蚕肠道中的主要优势细菌为代尔夫特菌属Delftia、橙单胞菌属Aurantimonas、假单胞菌属Pseudomonas、嗜糖假单胞菌属Pelomonas、佩特罗菌属Petrobacter、肠球菌属Enterococcus、台湾温单胞菌属Tepidimonas、狭义的梭菌属Clostridium sensu stricto、阿斯普罗单胞菌属Aspromonas。其中,雄蚕肠道中有23个属的细菌丰度是雌蚕的1.5倍以上,在雌蚕肠道中有7个属的细菌丰度是雄蚕的1.5倍以上,表明雌性与雄性家蚕肠道细菌类群的组成和比率存在明显差异。基于16S rRNA基因序列的聚类分析显示,家蚕肠道中的优势细菌属可分为2个大类。家蚕肠道细菌的多样性研究结果可作为探讨雌蚕和雄蚕经济性状差异的新线索。 展开更多
关键词 家蚕肠道 细菌类群 多样性 性别差异 16S rrna基因序列 454焦磷酸测序
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结合宏基因组末端随机测序和16S rDNA技术分析温室黄瓜根围土壤细菌多样性 被引量：11
15
作者 赵志祥 罗坤 +4 位作者 陈国华 杨宇红 茆振川 刘二明 谢丙炎 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第14期3849-3857,共9页
土壤细菌在温室土壤环境中具有十分重要的生态功能,与温室作物以及微生物内部存在互作关系。研究土壤细菌的群落结构组成,有助于了解土地利用变化与生态环境效应之间的关系。结合16S rRNA基因克隆文库和宏基因组末端测序对温室黄瓜根围... 土壤细菌在温室土壤环境中具有十分重要的生态功能,与温室作物以及微生物内部存在互作关系。研究土壤细菌的群落结构组成,有助于了解土地利用变化与生态环境效应之间的关系。结合16S rRNA基因克隆文库和宏基因组末端测序对温室黄瓜根围土壤细菌的多样性进行了分析。在16S文库中,根据97%的序列相似性水平划分OTU,共有35个OTU,其中优势菌群是γ-Proteobacteria,其次为Firmicutes,Bacillus为优势细菌。在纲分类水平上,16S文库和宏基因组末端测序结果均包含γ-Proteobacteria、α-Proteobacteria、δ-Proteobacteria、β-Proteobacteria、Actinomycetales和Firmicutes,各纲比例有差别;在优势种群属水平上,末端测序的结果包含的属多于16S文库(40>35);在优势细菌种类上,两者反映的结果一致,均为Bacillus。但是,宏基因组末端测序包含了大多数的弱势种群,更能反映细菌多样性的真实水平。与露地土壤细菌16S文库相比较,土壤细菌多样性降低,这可能与温室多年连作,种植蔬菜种类单一直接相关。 展开更多
关键词 土壤细菌多样性 末端测序 16S rrna基因克隆文库 宏基因组文库
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基于16s rRNAs高通量测序分析糖尿病足骨髓炎感染骨组织中的病原微生物 被引量：9
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作者 胡萍 邹梦晨 +5 位作者 曹瑛 潘彦伶 罗祥蓉 蒋娅 薛耀明 高方 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第11期1448-1455,共8页
目的利用16s rRNA高通量测序技术分析糖尿病足骨髓炎(DFO)感染骨组织中病原微生物特点,为临床感染病原菌的鉴定及治疗提供快速、准确的方法。方法收取2016年9月~2017年4月于本科室住院的16例DFO患者清创术中获取的感染骨标本,分别利用16... 目的利用16s rRNA高通量测序技术分析糖尿病足骨髓炎(DFO)感染骨组织中病原微生物特点,为临床感染病原菌的鉴定及治疗提供快速、准确的方法。方法收取2016年9月~2017年4月于本科室住院的16例DFO患者清创术中获取的感染骨标本,分别利用16s rRNA高通量测序技术和血培养分析仪进行病原微生物的鉴定,分析16s rRNA测序结果中DFO的菌群特点,并与培养结果相比较。结果 16s rRNA测序显示DFO骨组织病原微生物多样性较大,分布较为均匀,共获得优势菌属20种,占所有菌属的87.00%,其中Prevotella是丰度最大的菌属。两种鉴定方法结果均显示DFO病原菌以革兰氏阴性菌为主。与培养法相比,16s rRNA测序阳性率较高(100%vs 88.24%),平均每个样本病原菌数较多(12.56 vs 1.50),革兰氏阴性菌所占的比例较高(67.16% vs 50.00%)。此外,16s rRNA测序结果覆盖了除Escherichia coli、Serratia marcescens及Enterobacter cloaca外的所有培养病原菌结果,甚至有高达13种菌属不存在于培养结果,其中Anaerococcus、Veillonella、Bacteroides、Fusobacterium、Porphyromonas、Finegoldia、Prevotella、Peptostreptococcus、Parvimonas、Peptoniphilus和Bulleidia均为专性厌氧菌或严格厌氧菌,而培养结果中并无厌氧菌的出现。但培养结果显示,DFO中多重耐药菌的比例高达58.33%。结论 16s rRNA高通量测序能较好展示DFO骨组织中菌群微生态的多样性及丰度特点。DFO骨组织病原微生物多样性大,分布均匀,但优势菌属分布离散,以革兰氏阴性菌为主。与培养法相比,16s rRNA测序对病原菌的鉴定简单而准确,尤其在对革兰氏阴性菌和厌氧菌鉴定方面有显著的优势,可快速而准确地指导DFO感染治疗。 展开更多
关键词 糖尿病足骨髓炎 16s rrna基因 高通量测序技术 培养 病原菌
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河豚鱼16S rRNA基因部分DNA序列分析及应用 被引量：5
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作者 陈文炳 翁国柱 +4 位作者 陈融斌 缪婷玉 邵碧英 江树勋 彭娟 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第21期140-144,共5页
应用16S rRNA基因聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）扩增通用引物,对3属13种福建省搜集的河豚鱼样品与9个未知物种的河豚鱼样品的16S rRNA基因序列中的部分片段进行PCR扩增与脱氧核糖核酸（deoxyribonucleic acid,DNA）... 应用16S rRNA基因聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）扩增通用引物,对3属13种福建省搜集的河豚鱼样品与9个未知物种的河豚鱼样品的16S rRNA基因序列中的部分片段进行PCR扩增与脱氧核糖核酸（deoxyribonucleic acid,DNA）碱基序列测定,各物种序列长度在611~614 bp之间。应用DNAMAN V6软件进行样品间DNA序列同源性比对分析,建立样品间系统关系同源树。供试13个样品被划分为4个类群组,群间的同源率为87%,群内同源率为94%~100%。根据序列同源性分析结果,9个未知种名的样品被归类到3个类群组中,推测9个未知种名的样品为东方鲀属或腹刺鲀属。探讨了16S rRNA基因部分DNA序列测试及同源性分析技术在河豚鱼种属鉴别中应用的可能性。 展开更多
关键词 河豚鱼 聚合酶链式反应 16S rrna基因 DNA测序 物种鉴定
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应用16SrRNA基因序列分析与细菌生化反应鉴定膝关节脓液分离的念珠状链杆菌 被引量：7
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作者 张伟铮 邓光远 +3 位作者 屈平华 陈文科 林冬玲 陈茶 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2014年第11期1814-1817,共4页
目的:对我院一名患者左膝关节脓液中分离到的1株少见病原菌进行16S rRNA基因测序鉴定,探讨该方法在临床病原菌鉴定方面的意义。方法:采用16S rRNA基因序列的测定、细菌形态学以及商品化的Vitek 2全自动细菌鉴定药敏系统、API 20NE、API ... 目的:对我院一名患者左膝关节脓液中分离到的1株少见病原菌进行16S rRNA基因测序鉴定,探讨该方法在临床病原菌鉴定方面的意义。方法:采用16S rRNA基因序列的测定、细菌形态学以及商品化的Vitek 2全自动细菌鉴定药敏系统、API 20NE、API 20E与API 50CH系统的生化实验进行细菌的表型鉴定。结果:该菌在血平板和巧克力平板生长缓慢,麦康凯平板不生长;血平板上菌落形态呈1~2 mm"油煎蛋"圆形凸起,边缘光滑、半透明、湿润;镜下革兰染色阴性,呈链状排列,菌体1~3μm,呈圆形、卵圆形或梭形等;Vitek 2 GN-13、API 20NE、API 20E均为不能鉴定的细菌;16S rRNA基因序列分析的结果显示该菌与念珠状链杆菌的相似度为100%。结论:该膝关节脓液分离出的病原菌为念珠状链杆菌,16S rRNA基因序列分析能提供有力的遗传学证据,结合细菌的生化反应可准确地鉴定该菌。 展开更多
关键词 念珠状链杆菌 生化反应 16S rrna 基因测序鉴定
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16S rRNA基因序列法对30例泪囊炎致病细菌的鉴定 被引量：9
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作者 安娜 刘先宁 +1 位作者 兰雅娴 陶沙 《中华实验眼科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第9期867-869,共3页
背景泪囊炎是眼科常见的感染性疾病，对泪囊炎致病菌检测的金标准为培养法，在培养法的基础上结合分子生物学的检测方法可以更精确地鉴定出致病菌的种属，但目前眼科领域类似的研究资料比较缺乏。目的采用PCR法扩增细菌核糖体16SrRNA基... 背景泪囊炎是眼科常见的感染性疾病，对泪囊炎致病菌检测的金标准为培养法，在培养法的基础上结合分子生物学的检测方法可以更精确地鉴定出致病菌的种属，但目前眼科领域类似的研究资料比较缺乏。目的采用PCR法扩增细菌核糖体16SrRNA基因序列鉴定泪囊炎病原细菌的种属。方法取10例质控标准菌样本，利用PCR的加热过程使细菌核酸释放，扩增出细菌16SrRNA基因序列，测序后与GenBank中的基因序列进行比对，鉴定出细菌的种属信息，与生化鉴定法结果进行对比，确定16SrRNA基因检测方法的可靠性。取30例泪囊炎患者泪囊分泌物培养出的细菌，利用上述方法进行病原菌鉴定。结果10例质控标准菌样本经PCR扩增后其产物序列的鉴定结果与生化鉴定法结果完全一致。30例泪囊炎病原细菌标本中，16SrRNA基因序列法鉴定结果为表皮葡萄球菌13例，沃氏葡萄球菌2例，人葡萄球菌1例，麦氏棒杆菌5例，肺炎链球菌3例，蜡状芽孢杆菌2例，藤黄微球菌1例；卡他莫拉菌1例，奥斯陆莫拉菌1例，铜绿假单胞菌1例。结论通过PCR扩增细菌核糖体16SrRNA基因序列鉴定泪囊炎病原细菌种属的方法准确性高，特异性强。 展开更多
关键词 泪囊炎 多聚酶链反应 16S rrna 基因测序 细菌
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宏基因组靶向测序分析皮肤表面微生物群落方法优化 被引量：1
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作者 姚雪 刘文丽 +2 位作者 裴广倩 童贻刚 罗亚平 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第11期137-143,共7页
通过实验设计和数据分析,筛选出尽可能真实反映含量较低的皮肤微生物群落的高通量测序分析方法。使用多因素多水平完全随机实验设计,分析DNA提取、PCR扩增、样品采集、测序过程中各种实验因素对微生物群落组成特征分析结果的影响。结果... 通过实验设计和数据分析,筛选出尽可能真实反映含量较低的皮肤微生物群落的高通量测序分析方法。使用多因素多水平完全随机实验设计,分析DNA提取、PCR扩增、样品采集、测序过程中各种实验因素对微生物群落组成特征分析结果的影响。结果显示,在样品采集方面,筛选出了最佳的采集拭子与采集液体;在DNA提取方面,筛选出了最佳的前处理方法及试剂盒种类;在PCR反应方面,筛选出了最佳的模板浓度及退火温度;在测序方面,筛选出了合适的测序深度。通过一系列的实验条件筛选,确定了适合分析低含量细菌群落结构组成特征的方法,并成功地应用于人类手掌面皮肤。 展开更多
关键词 皮肤表面微生物群落 宏基因组靶向测序 16S rrna基因
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