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16S rRNA基因序列分析法鉴定病原细菌 被引量：96
1
作者 朱飞舟 陈利玉 陈汉春 《中南大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2013年第10期1035-1041,共7页
目的:运用16S rRNA基因序列分析法鉴定14种细菌,为该方法的临床应用奠定基础。方法:提取细菌DNA,采用通用引物PCR扩增16S rRNA基因片段并测序。将测序结果用Blastn在线软件在Nucleotide数据库中进行序列同源性比对,根据序列同源性鉴定... 目的:运用16S rRNA基因序列分析法鉴定14种细菌,为该方法的临床应用奠定基础。方法:提取细菌DNA,采用通用引物PCR扩增16S rRNA基因片段并测序。将测序结果用Blastn在线软件在Nucleotide数据库中进行序列同源性比对,根据序列同源性鉴定病原细菌。结果:12种细菌可以鉴定到"种",2种细菌可以鉴定到"属"。结论:16SrRNA基因序列分析是一种有效的病原细菌鉴定方法。 展开更多
关键词 16S rrna 病原细菌 基因序列分析
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板桥党参基因组DNA提取方法的改进及其18S rRNA基因序列分析 被引量：1
2
作者 罗洪斌 袁德培 《辽宁中医杂志》 CAS 北大核心 2010年第9期1778-1781,共4页
目的:为研究道地药材板桥党参Codonopsis tangshen Oliv.的遗传多样性、种类鉴定等,提取高质量的基因组DNA;探讨板桥党参18S rRNA基因的序列特征,为板桥党参分子鉴定提供分子依据。方法:以板桥党参鲜嫩叶片为材料,采用自行改进的CTAB法... 目的:为研究道地药材板桥党参Codonopsis tangshen Oliv.的遗传多样性、种类鉴定等,提取高质量的基因组DNA;探讨板桥党参18S rRNA基因的序列特征,为板桥党参分子鉴定提供分子依据。方法:以板桥党参鲜嫩叶片为材料,采用自行改进的CTAB法提取出基因组DNA;采用PCR直接测序技术测定板桥党参的18S rRNA基因序列,并分析其序列组成。结果:使用改进的CTAB法从鲜叶中提取板桥党参的基因组DNA浓度较高;以其基因组DNA为模板对18S rRNA基因进行PCR克隆并测序,获得了板桥党参18S rRNA基因序列特征。结论:改进的CTAB法提取板桥党参基因组DNA效果较好;DNA测序技术可作为板桥党参基原鉴定准确而有效的分子鉴定方法。 展开更多
关键词 板桥党参 DNA提取 改进CTAB法 18S rrna基因 序列分析
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12种石鲈科鱼类线粒体16S rRNA基因的部分序列分析 被引量：14
3
作者 任岗 章群 +2 位作者 钱开诚 徐忠能 林小涛 《热带海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期48-52,共5页
分析了5属12种石鲈科鱼类的线粒体16S rRNA基因部分序列特征,并参照RNA二级结构模型区分配对区和非配对区。结果表明,配对区对G有偏好(33.5%),非配对区对A有偏好(38.5%);与配对区相比,非配对区存在更多的变异和系统发育信息。从序列的Ju... 分析了5属12种石鲈科鱼类的线粒体16S rRNA基因部分序列特征,并参照RNA二级结构模型区分配对区和非配对区。结果表明,配对区对G有偏好(33.5%),非配对区对A有偏好(38.5%);与配对区相比,非配对区存在更多的变异和系统发育信息。从序列的Jukes-Cantor遗传距离结果看,石鲈科胡椒鲷属Plectorhynchus、矶鲈属Parapristipoma、石鲈属Hapalogenys、髭鲷属Pomadasys、Haemulon属5个属属间的差异水平都接近或超过了其与外类群科间的差异水平。从构建的ME系统发育树结果看,石鲈科鱼类分成二大分支,未能形成单一类群。在亲缘关系上,胡椒鲷属和矶鲈属较近,石鲈属和Haemulon属较近,髭鲷属与其它4个属较远,髭鲷属在鲈亚目中的分类地位可能应提高到科的水平。初步确定研究中选用的16S rRNA基因片段基本适用于石鲈科属间和属内种间关系的研究。 展开更多
关键词 石鲈科 线粒体16S rrna基因 RNA二级结构 序列分析 系统发育
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猪附红细胞体16S rRNA基因的序列测定和系统进化分析 被引量：23
4
作者 张浩吉 谢明权 +3 位作者 张健騑 覃宗华 顾万军 蔡建平 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第6期596-601,共6页
从确诊为猪附红细胞体感染的猪场,无菌采集血样,抽提猪附红细胞体基因组DNA,采用真细菌的通用引物进行16S rRNA基因扩增,对扩增产物进行克隆和测序。从3 个地理位置不同的猪场均成功地扩增出长度为1 469 bp的核苷酸序列。系统进化分析表... 从确诊为猪附红细胞体感染的猪场,无菌采集血样,抽提猪附红细胞体基因组DNA,采用真细菌的通用引物进行16S rRNA基因扩增,对扩增产物进行克隆和测序。从3 个地理位置不同的猪场均成功地扩增出长度为1 469 bp的核苷酸序列。系统进化分析表明,3个猪场样品所测序列一致性达99 52%以上,具有相同的基因型,但与国外报道的猪附红细胞体Illinois株同源性为95%,属于同一基因群,但基因型不同;所有种类的附红细胞体和血巴尔通氏体组成同一进化分支,这类血营养菌与支原体科,支原体属的病原最靠近(75%),而与立克次氏体目的病原较远(70%)。上述研究证实,广东所流行的猪附红细胞体是一种新基因型的猪附红细胞体,建议命名为猪附红细胞体广东株型;为反映进化关系,猪附红细胞体和其它血营养菌应划归于支原体科的支原体属。 展开更多
关键词 猪附红细胞体 系统进化分析 rrna基因 16S 序列测定 附红细胞体感染 基因组DNA 核苷酸序列 立克次氏体 支原体 基因型 通用引物 基因扩增 扩增产物 地理位置 进化关系 猪场 真细菌 分析表 一致性 同源性 基因群 体组成
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泥鳅和黄鳝18S rRNA基因的克隆与序列分析 被引量：5
5
作者 张际峰 蒋磊 +2 位作者 牛坤 汪承润 程滨 《吉林大学学报（理学版）》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期846-851,共6页
通过自行设计引物,扩增且测定了泥鳅和黄鳝18S rRNA基因部分序列,并讨论了后生动物18S rRNA基因的碱基含量变化情况.结果表明,泥鳅和黄鳝的18S rRNA基因部分序列长度均为1204 bp,泥鳅该基因序列GC含量为53.74%,黄鳝该基因序列GC skew为0... 通过自行设计引物,扩增且测定了泥鳅和黄鳝18S rRNA基因部分序列,并讨论了后生动物18S rRNA基因的碱基含量变化情况.结果表明,泥鳅和黄鳝的18S rRNA基因部分序列长度均为1204 bp,泥鳅该基因序列GC含量为53.74%,黄鳝该基因序列GC skew为0.082,两条序列同源性为99.67%.将它们和大西洋鲑3个物种的18S rRNA基因与其线粒体12S rRNA,16S rRNA,Cytb和D-loop区4基因进行序列比较,发现核18S rRNA最保守,而线粒体D-loop区基因进化速率最快.从GenBank中选择已测定的4种鱼纲动物和11种脊索动物的同源序列,分别运用NJ法、MP和ML法,构建6种鱼纲动物和13种脊索动物的分子系统树,结果均显示,在鱼纲动物系统树中,6种鱼纲动物被分为软骨鱼类和硬骨鱼类两大支;在脊索动物的系统树中,鱼纲与脊椎动物的四足类形成姐妹群,表明它们在系统发育过程中具有同等重要地位. 展开更多
关键词 泥鳅 黄鳝 18S rrna基因 序列分析
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浅色黄姑鱼线粒体16S rRNA基因片段序列特征分析 被引量：9
6
作者 童馨 杜博 +4 位作者 喻达辉 龚世园 郭奕惠 黄桂菊 李莉好 《海洋水产研究》 CSCD 北大核心 2007年第3期85-91,共7页
PCR扩增100个浅色黄姑鱼个体的线粒体16SrRNA基因片段序列,得到大约620bp的扩增产物。将其中5个个体的扩增产物进行测序和同源比对,得到468bp可供比对分析的片段。比对结果表明,5条序列包括两个单倍型,两个单倍型之间有1个碱基突变。PCR... PCR扩增100个浅色黄姑鱼个体的线粒体16SrRNA基因片段序列,得到大约620bp的扩增产物。将其中5个个体的扩增产物进行测序和同源比对,得到468bp可供比对分析的片段。比对结果表明,5条序列包括两个单倍型,两个单倍型之间有1个碱基突变。PCR-RFLP分析结果显示,两个种群的100个样品中98%的个体为其中一种单倍型,只有2%的个体呈另一种单倍型,表明这两个种群的遗传多样性较低。两个单倍型平均碱基组成为:T22.0%,C26.3%,A29.8%,G21.9%,GC含量平均为48.2%。与GenBank中石首鱼科7属9种的11条同源序列比对,得到429个比对位点,其中包括69个简约信息位点、55个单突变子和16个插入/缺失位点。聚类分析显示,浅色黄姑鱼与黄姑鱼亲缘关系较近,与形态分类相符。 展开更多
关键词 浅色黄姑鱼 线粒体16S rrna基因 序列分析 RFLP
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55株芽孢杆菌16S rRNA基因序列测定与系统发育学分析 被引量：9
7
作者 程池 刘光全 +1 位作者 李金霞 姚粟 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2006年第10期20-24,共5页
采用16S rRNA基因序列分析法对中国工业微生物菌种保藏管理中心(CCIC)保藏的55株枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)进行复核鉴定。菌株经纯化培养,以改良CTAB法提取总DNA,采用细菌16S rRNA通用引物、TD-PCR方法(touchdown-PCR)进行16S r... 采用16S rRNA基因序列分析法对中国工业微生物菌种保藏管理中心(CCIC)保藏的55株枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)进行复核鉴定。菌株经纯化培养,以改良CTAB法提取总DNA,采用细菌16S rRNA通用引物、TD-PCR方法(touchdown-PCR)进行16S rRNA基因序列扩增,PCR产物纯化后直接进行序列测定,序列经人工校对后用Clustal X进行比对分析,最后用MEGA3.1软件构建系统发育树。系统发育分析结果表明:55株枯草芽孢杆菌中有52株菌种与原鉴定结果一致,有3株菌种与原鉴定结果存在差异,其中2株鉴定结果为巨大芽孢杆菌(B.megaterium),另1株鉴定结果为地衣芽孢杆菌(B.licheniformis)。 展开更多
关键词 枯草芽孢杆菌 16S rrna基因 TD-PCR 序列分析 系统发育树
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鸭疫里氏杆菌广西分离株16S rRNA基因序列的测定和系统进化分析 被引量：16
8
作者 陈泽祥 潘艳 +3 位作者 禤雄标 谢永平 许力干 郑列丰 《广西农业科学》 CSCD 2007年第2期205-208,共4页
选取3株不同血清型的鸭疫里氏杆菌广西分离株GXRA 01、GXRA 07和GXRA 09,利用细菌通用引物,通过PCR方法成功扩增出16S rRNA的部分基因片段,通过克隆、序列测定获得3个分离株16S rRNA基因的核苷酸序列,并与G enB ank中注册的一些菌株的16... 选取3株不同血清型的鸭疫里氏杆菌广西分离株GXRA 01、GXRA 07和GXRA 09,利用细菌通用引物,通过PCR方法成功扩增出16S rRNA的部分基因片段,通过克隆、序列测定获得3个分离株16S rRNA基因的核苷酸序列,并与G enB ank中注册的一些菌株的16S rRNA基因序列进行比较、系统进化关系分析发现:3株RA分属两个基因群,I群(GXRA 01)与AY 871818和AY 871819的16S rRNA序列的同源性达99.9%,Ⅱ群(GXRA 07、GXRA 09)与G enB ank中16S rRNA序列的同源性达99.3%-99.6%,GXRA 07与GXRA 09之间的同源性为100%,表明这3株菌株应为鸭疫里氏杆菌。 展开更多
关键词 RA分离菌株 16S rrna基因 序列分析
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温氏附红细胞体部分16S rRNA基因的序列测定和分析 被引量：3
9
作者 张浩吉 谢明权 +5 位作者 张健騑 蒲文君 覃宗华 王政富 顾万军 蔡建平 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期152-155,共4页
从确诊为附红细胞体感染的黄牛无菌采集血样,抽提附红细胞体基因组DNA,用实验设计的能扩增多种动物血营养菌部分16SrRNA基因的通用引物进行PCR扩增,结果扩增出大小约为370bp的DNA片段。PCR产物序列测定和系统进化分析显示,实验获得的核... 从确诊为附红细胞体感染的黄牛无菌采集血样,抽提附红细胞体基因组DNA,用实验设计的能扩增多种动物血营养菌部分16SrRNA基因的通用引物进行PCR扩增,结果扩增出大小约为370bp的DNA片段。PCR产物序列测定和系统进化分析显示,实验获得的核苷酸序列为温氏附红细胞体的16SrRNA基因,与国外报道的温氏附红细胞体的同源性为97%。反映出不同地理株的温氏附红细胞体存在一定的遗传差异,为牛附红细胞体病的诊断和分子流行病学研究提供科学依据。 展开更多
关键词 温氏附红细胞体 16S rrna基因 序列分析
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5种经济海胆线粒体16S rRNA基因片段的序列分析 被引量：8
10
作者 刘晓慧 黄佳琪 +1 位作者 周遵春 董颖 《水产科学》 CAS 北大核心 2007年第6期331-334,共4页
对光棘球海胆、中间球海胆、马粪海胆,海刺猬和紫海胆线粒体DNA 16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和测序,得到395 bp的可信片段。通过ClustalX 1.83和Mega 3.0软件对所得线粒体16SrRNA片段序列进行比较,共检测到118个碱基变异,其中简约信... 对光棘球海胆、中间球海胆、马粪海胆,海刺猬和紫海胆线粒体DNA 16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和测序,得到395 bp的可信片段。通过ClustalX 1.83和Mega 3.0软件对所得线粒体16SrRNA片段序列进行比较,共检测到118个碱基变异,其中简约信息位点为33个。应用Mega 3.0计算各种间的相对遗传距离,以糙海参为外类群,得到NJ系统树和MP系统树,系统树各分支的置信度由“Bootstrap”1000次循环检验。结果表明,马粪海胆与光棘球海胆的亲缘关系较近,其次为中间球海胆,而紫海胆、海刺猬与这3种海胆的关系相对较远。 展开更多
关键词 光棘球海胆 中间球海胆 海刺猬 马粪海胆 紫海胆 线粒体DNA 16S rrna基因 序列分析
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云南省东方蜜蜂线粒体16S rRNA基因的扩增及序列分析 被引量：4
11
作者 谭宏伟 董霞 和绍禹 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期403-407,共5页
扩增、测定和分析了云南省东方蜜蜂16个地理居群线粒体16S rRNA基因部分序列,并结合从GenBank获得的蜜蜂科3个其它种的16S rRNA序列,以离颚细蜂科的Vanhornia eucnemidarum为外群,利用邻接法、最大简约法和最大似然法重构了它们的种系... 扩增、测定和分析了云南省东方蜜蜂16个地理居群线粒体16S rRNA基因部分序列,并结合从GenBank获得的蜜蜂科3个其它种的16S rRNA序列,以离颚细蜂科的Vanhornia eucnemidarum为外群,利用邻接法、最大简约法和最大似然法重构了它们的种系发生关系。结果显示,云南省东方蜜蜂16S RNA基因部分序列很保守,不同地理居群均得到435 bp完全一致的基因序列;通过对蜜蜂科4个种的种系发生关系分析发现,东方蜜蜂与西方蜜蜂位于一个姊妹枝,而熊蜂与无刺蜂位于一个进化枝,4个种得到了有效的区分。因此,16SrRNA可以作为一个理想的分子遗传标记用于蜜蜂科种间鉴定和种系发生关系分析。 展开更多
关键词 东方蜜蜂 线粒体DNA 16S rrna基因 序列分析
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鸡传染性法氏囊病病毒基因组A片段cDNA序列分析 被引量：2
12
作者 刘小军 陈楠 +1 位作者 陈立栋 陈永福 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第1期85-88,共4页
用鸡胚成纤维细胞繁殖鸡传染性法氏囊病病毒 (IBDV)天水毒株。用提纯的病毒颗粒提取基因组RNA。根据已报道的英国 5 2 /70株的序列设计引物 ,用反转录 聚合酶链式反应 (RT PCR)进行cDNA扩增 ,获得 15 5 8bp和 15 90bp两个部分重叠的片... 用鸡胚成纤维细胞繁殖鸡传染性法氏囊病病毒 (IBDV)天水毒株。用提纯的病毒颗粒提取基因组RNA。根据已报道的英国 5 2 /70株的序列设计引物 ,用反转录 聚合酶链式反应 (RT PCR)进行cDNA扩增 ,获得 15 5 8bp和 15 90bp两个部分重叠的片段。结果表明 ,所克隆片段为 30 99的IBDV大开放读框。经与已报道的多个毒株相应序列比较后发现 ,核苷酸同源性介于 97 4%～ 99 8%之间 ,推导的氨基酸同源性介于 98 1%～ 99 5 %。 展开更多
关键词 鸡 传染性法氏病毒 基因组A片段 序列分析
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羊泰勒虫吉林省分离株18SrRNA基因的克隆和序列分析 被引量：1
13
作者 田万年 薛书江 +2 位作者 刘冰 丁德 张守发 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2008年第6期8-10,共3页
为分析羊泰勒虫吉林省分离株的18S rRNA基因序列,根据羊泰勒虫18S rRNA基因的保守区序列设计1对引物,对吉林省的绵羊血液基因组DNA进行PCR扩增,结果扩增出长度为459 bp的基因片段,并成功地将该基因克隆到pMD18-T载体。将经纯化、筛选及... 为分析羊泰勒虫吉林省分离株的18S rRNA基因序列,根据羊泰勒虫18S rRNA基因的保守区序列设计1对引物,对吉林省的绵羊血液基因组DNA进行PCR扩增,结果扩增出长度为459 bp的基因片段,并成功地将该基因克隆到pMD18-T载体。将经纯化、筛选及酶切鉴定和PCR鉴定为阳性的重组质粒进行测序,与已发表的羊泰勒虫基因序列进行比较。序列分析显示,羊泰勒虫吉林省分离株与羊泰勒虫China 1的同源性为100%。 展开更多
关键词 羊泰勒虫 18S rrna基因 PCR 克隆 序列分析
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高体革鯻线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段的克隆与序列分析 被引量：1
14
作者 张龙岗 安丽 +2 位作者 董学飒 孟庆磊 付佩胜 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2010年第35期20115-20117,共3页
[目的]为高体革鯻的遗传资源、物种间的亲缘关系和系统进化等研究提供一定的生物学依据。[方法]采用PCR扩增和序列测定等技术,对高体革鯻线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段进行初步研究。[结果]经PCR扩增和测序,分别得到16S rRNA和COI基... [目的]为高体革鯻的遗传资源、物种间的亲缘关系和系统进化等研究提供一定的生物学依据。[方法]采用PCR扩增和序列测定等技术,对高体革鯻线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段进行初步研究。[结果]经PCR扩增和测序,分别得到16S rRNA和COI基因片段的碱基序列,其中16SrRNA基因片段的大小为791 bp,碱基A、T、G、C的含量分别为31.6%、21.4%、20.4%和26.7%;COI基因片段的大小为631 bp,碱基A、T、G、C含量分别为27.7%、23.6%、29.8%和18.9%。在这2个基因片段中,GC含量均低于AT含量,AT/GC分别为1.13和1.05。[结论]通过对高体革鯻16S rRNA和COI2个基因片段遗传特征的研究,发现其种内变异比较低,在3个样本中16S rRNA基因片段序列完全一样,COI基因片段也完全一样,说明高体革鯻的这2个基因都非常保守。 展开更多
关键词 高体革鯻 16S rrna和COI基因 序列分析
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多浆旱生植物霸王18S rRNA基因的克隆及序列分析 被引量：1
15
作者 胡静 谢俊仁 王锁民 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第9期1369-1373,共5页
为探讨多浆旱生植物霸王(Zygophyllum xanthoxylum)的生物进化历程及与其他植物的亲缘关系,本研究以霸王叶基因组DNA为模板,使用通用引物扩增其18SrRNA基因片段,并克隆到pGEM-T载体,阳性克隆经鉴定后进行测序。核苷酸序列分析结果表明,... 为探讨多浆旱生植物霸王(Zygophyllum xanthoxylum)的生物进化历程及与其他植物的亲缘关系,本研究以霸王叶基因组DNA为模板,使用通用引物扩增其18SrRNA基因片段,并克隆到pGEM-T载体,阳性克隆经鉴定后进行测序。核苷酸序列分析结果表明,该片段长1808bp,所得序列与GenBank中注册的18SrRNA基因序列的同源性均在96%以上。可见,高等植物18SrRNA的基因非常保守。同源性分析与Blast比较结果表明,霸王与小盘木(Galearia filiformis)、驱虫苋(Cnidoscolus aconitifolius)及橡胶树(Hevea brasiliensis)同源性最高。系统进化树分析表明,霸王与三七(Panax notoginseng)的亲缘关系最近。 展开更多
关键词 霸王 18S rrna基因 克隆 序列分析
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桑黄化型萎缩病病原体16SrRNA基因的序列分析 被引量：17
16
作者 夏志松 难波成任 《蚕业科学》 CAS CSCD 2004年第2期204-206,共3页
用PCR法克隆了中国桑黄化型萎缩病病原植原体的 16SrRNA基因 ,并进行了序列分析。结果表明 :克隆的基因大小为 1372bp ,与日本桑萎缩病病原植原体 16SrRNA的同源性高达 99 85 % ,只存在个别碱基的突变。Blastj检索结果显示与中国桑黄化... 用PCR法克隆了中国桑黄化型萎缩病病原植原体的 16SrRNA基因 ,并进行了序列分析。结果表明 :克隆的基因大小为 1372bp ,与日本桑萎缩病病原植原体 16SrRNA的同源性高达 99 85 % ,只存在个别碱基的突变。Blastj检索结果显示与中国桑黄化型萎缩病病原体 16SrRNA的基因同源性高达 99%的有来源于玉米、洋葱、土豆等5 0多种其它植物的植原体 16SrRNA基因 ,表明植物萎缩病病原体 16SrRNA基因具高度保守性。 展开更多
关键词 桑树 桑黄化型萎缩病 植原体 16S rrna基因 序列分析
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米尔顿姬小蜂线粒体16S rRNA与COⅠ基因片段序列测定及分析 被引量：1
17
作者 黄蓬英 林玲玲 +1 位作者 洪钦阳 廖富荣 《生物安全学报》 2012年第2期159-162,共4页
【背景】米尔顿姬小蜂是一种入侵我国台湾地区的植食性小蜂,能够严重影响水果的产量和食用价值。目前在我国大陆没有分布,由于其个体微小,与近似种区别较小,通过传统的形态学分类方法难以鉴定,因此有必要研究其基因片段序列,探讨分子鉴... 【背景】米尔顿姬小蜂是一种入侵我国台湾地区的植食性小蜂,能够严重影响水果的产量和食用价值。目前在我国大陆没有分布,由于其个体微小,与近似种区别较小,通过传统的形态学分类方法难以鉴定,因此有必要研究其基因片段序列,探讨分子鉴定方法。【方法】利用PCR方法扩增并测定了米尔顿姬小蜂线粒体16SrRNA和COⅠ基因的部分序列,并对各序列的碱基组成进行了分析。然后根据COⅠ基因部分序列,利用DNAMAN的Maximum Likelihood方法构建了米尔顿姬小蜂与膜翅目其他科的系统发育树。【结果】16SrRNA基因的PCR扩增产物为426bp,COⅠ基因的PCR扩增产物为488bp。通过测序获得米尔顿姬小蜂16SrRNA和COⅠ基因部分序列,序列分析表明,16SrRNA和COⅠ基因的A+T含量均较高,存在较强的A+T偏向性。系统发育树显示,米尔顿姬小蜂与蚜小蜂科的Encarsia berlesei亲缘关系最近,与姬小蜂科的Chrysocharis nautius、C.eurynota亲缘关系较远。【结论与意义】本研究为米尔顿姬小蜂的分子鉴定提供了依据。 展开更多
关键词 米尔顿姬小蜂 16S rrna基因 COⅠ基因 序列分析 分子鉴定
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郭霍原则与16S rRNA基因序列分析在确定病原微生物中的应用
18
作者 金东(综述) 徐建国(审校) 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期552-555,共4页
19世纪郭霍提出了关于某种微生物是否是病原的理论，这一理论后来被称为郭霍原则。郭霍原则包括以下3点：1．某种微生物在某种疾病的所有病人中存在，包括那些有疑问的以及发生病理改变的病人。2．在其他疾病的病人中不能发现这种微生物... 19世纪郭霍提出了关于某种微生物是否是病原的理论，这一理论后来被称为郭霍原则。郭霍原则包括以下3点：1．某种微生物在某种疾病的所有病人中存在，包括那些有疑问的以及发生病理改变的病人。2．在其他疾病的病人中不能发现这种微生物。3．从病人中分离的微生物可以纯培养，并能引起同样的疾病。如果满足这3个条件，郭霍认为：“在某种疾病中出现的微生物不是偶然的，而是这种疾病的病原。” 展开更多
关键词 病原微生物 基因序列分析 rrna 16S 应用 病理改变 疾病 纯培养
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绿头鸭线粒体12S rRNA基因序列测定及分析
19
作者 涂剑锋 邢秀梅 +1 位作者 杨颖 杨福合 《特产研究》 2008年第4期24-27,共4页
对4只绿头鸭线粒体12S RNA基因进行了测定和分析。结果显示:4只绿头鸭125 rRNA基因序列完全一致,其全长为9SSbp。碱基A、G、T、C含量分别为31.47%、21.12%、19.09%和28.32%。以白额雁和潜鸭为外群,分别用邻近法和最小进化法构建了系统... 对4只绿头鸭线粒体12S RNA基因进行了测定和分析。结果显示:4只绿头鸭125 rRNA基因序列完全一致,其全长为9SSbp。碱基A、G、T、C含量分别为31.47%、21.12%、19.09%和28.32%。以白额雁和潜鸭为外群,分别用邻近法和最小进化法构建了系统进化树,结果表明:绿头鸭与斑嘴鸭和北京鸭关系密切,三者共享1个单倍型,它们之间可能存在较为广泛的基因交流。除此之外,绿头鸭与绿翅鸭关系较近,与琵嘴鸭关系较远,罗纹鸭与赤颈鸭关系较近,河鸭属与潜鸭属的亲缘关系要近于与雁属的亲缘关系。 展开更多
关键词 绿头鸭 线粒体12S rrna基因 序列分析
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81株铜绿假单胞菌16S rRNA基因序列测定及系统发育学分析 被引量：7
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作者 曾晓琮 周露 +2 位作者 苏妙贞 韩志杰 陈丹霞 《食品与机械》 CSCD 北大核心 2016年第11期21-24,89,共5页
采用16SrRNA基因序列分析法对2015年7-9月广东省食品检验所桶装水专项抽检中筛查所得的81株铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）进行复核鉴定。菌株经纯化培养后提取总DNA,采用细菌16SrRNA通用引物进行16SrRNA基因序列扩增,PCR扩增... 采用16SrRNA基因序列分析法对2015年7-9月广东省食品检验所桶装水专项抽检中筛查所得的81株铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）进行复核鉴定。菌株经纯化培养后提取总DNA,采用细菌16SrRNA通用引物进行16SrRNA基因序列扩增,PCR扩增产物经2%琼脂糖凝胶电泳后,进行序列测定,序列经人工校对后用Clustal X进行比对分析,最后用MEGA5.1软件构建系统发育树。系统发育分析结果 表明：81株铜绿假单胞菌与原鉴定结果一致。其中,编号24-3-QY、100-5-JM、106-3-JM菌株形成一个分支,28-1-WD单独为一支,其余77株野生菌和铜绿假单胞菌标准菌株ATCC27853聚为一群。该研究是2015年5月24日中国开始实施GB 19298—2014《食品安全国家标准包装饮用水》以来,广东省首次对水源性铜绿假单胞菌进行的研究,为下一步菌种污染朔源等研究提供依据。 展开更多
关键词 铜绿假单胞菌 16S rrna基因 序列分析 系统发育树
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