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基于PacBio平台的16S全长测序技术对不同年龄羚牛肠道菌群结构及功能的研究
1
作者
贾康胜
索丽娟
+4 位作者
罗晓斌
李斐然
雷颖虎
高更更
唐婕
《中国草食动物科学》
2025年第6期9-19,共11页
动物肠道微生物组作为宿主-微生物互作形成的动态平衡共生体系,其群落结构与功能对宿主的能量代谢、免疫调控、生态适应及健康评估具有重要的生物学作用。本研究以我国易危物种秦岭羚牛(Budorcas taxicolor bedfordi)为研究对象,基于Pac...
动物肠道微生物组作为宿主-微生物互作形成的动态平衡共生体系,其群落结构与功能对宿主的能量代谢、免疫调控、生态适应及健康评估具有重要的生物学作用。本研究以我国易危物种秦岭羚牛(Budorcas taxicolor bedfordi)为研究对象,基于PacBio平台的16S rRNA全长测序技术,对陕西省珍稀野生动物救护基地14头圈养个体(幼年4头,成年5头,老年5头)的肠道微生物进行高通量测序。结果显示,不同年龄组羚牛的肠道微生物Alpha多样性指数间无显著差异(P>0.05)。但基于weighted_unifrac距离的NMDS分析结果显示,肠道群落结构组间存在显著差异(P=0.01)。在饲粮组成均质化条件下,厚壁菌门、拟杆菌门和变形菌门构成圈养羚牛的核心菌门,它们的相对丰度因年龄而异。成年组的厚壁菌门(Firmicutes)丰度显著高于老年组和幼年组(P<0.05);幼年组的拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度最高,老年组的变形菌门(Proteobacteria)丰度最高。属水平上,拟杆菌属(Bacteroides)在幼年组显著富集,老年组的比伯斯坦杆菌属(Bibersteinia)丰度最高。LEfSe分析确定了不同年龄组特征的菌属标记物,其中成年组最多,为14个,幼年组为12个,老年组最少,为6个。PICRUSt功能预测表明,羚牛肠道微生物参与全局和概述图谱(Global and overview maps)、碳水化合物代谢(Carbohydrate metabolism)、氨基酸代谢(Amino acid metabolism)、膜转运(Membrane transport)及翻译(Translation)等通路。在Level 2水平上,老年组和幼年组有5条代谢通路具有显著性差异(P<0.001)。本研究对不同年龄羚牛肠道微生物的组成和潜在功能进行了初步探讨,为制定羚牛的保护和管理策略提供了重要参考。
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关键词
肠道微生物
秦岭羚牛
16S
rrna全长测序
功能预
测
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职称材料
题名
基于PacBio平台的16S全长测序技术对不同年龄羚牛肠道菌群结构及功能的研究
1
作者
贾康胜
索丽娟
罗晓斌
李斐然
雷颖虎
高更更
唐婕
机构
秦岭大熊猫研究中心
出处
《中国草食动物科学》
2025年第6期9-19,共11页
基金
陕西省林业科学院科技创新计划(SXLK2021-0222)。
文摘
动物肠道微生物组作为宿主-微生物互作形成的动态平衡共生体系,其群落结构与功能对宿主的能量代谢、免疫调控、生态适应及健康评估具有重要的生物学作用。本研究以我国易危物种秦岭羚牛(Budorcas taxicolor bedfordi)为研究对象,基于PacBio平台的16S rRNA全长测序技术,对陕西省珍稀野生动物救护基地14头圈养个体(幼年4头,成年5头,老年5头)的肠道微生物进行高通量测序。结果显示,不同年龄组羚牛的肠道微生物Alpha多样性指数间无显著差异(P>0.05)。但基于weighted_unifrac距离的NMDS分析结果显示,肠道群落结构组间存在显著差异(P=0.01)。在饲粮组成均质化条件下,厚壁菌门、拟杆菌门和变形菌门构成圈养羚牛的核心菌门,它们的相对丰度因年龄而异。成年组的厚壁菌门(Firmicutes)丰度显著高于老年组和幼年组(P<0.05);幼年组的拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度最高,老年组的变形菌门(Proteobacteria)丰度最高。属水平上,拟杆菌属(Bacteroides)在幼年组显著富集,老年组的比伯斯坦杆菌属(Bibersteinia)丰度最高。LEfSe分析确定了不同年龄组特征的菌属标记物,其中成年组最多,为14个,幼年组为12个,老年组最少,为6个。PICRUSt功能预测表明,羚牛肠道微生物参与全局和概述图谱(Global and overview maps)、碳水化合物代谢(Carbohydrate metabolism)、氨基酸代谢(Amino acid metabolism)、膜转运(Membrane transport)及翻译(Translation)等通路。在Level 2水平上,老年组和幼年组有5条代谢通路具有显著性差异(P<0.001)。本研究对不同年龄羚牛肠道微生物的组成和潜在功能进行了初步探讨,为制定羚牛的保护和管理策略提供了重要参考。
关键词
肠道微生物
秦岭羚牛
16S
rrna全长测序
功能预
测
Keywords
gut microbiota
Qinling takin(Budorcas taxicolor bedfordi)
16S
rrna
full-length sequencing
function prediction
分类号
S864.1 [农业科学]
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题名
作者
出处
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被引量
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1
基于PacBio平台的16S全长测序技术对不同年龄羚牛肠道菌群结构及功能的研究
贾康胜
索丽娟
罗晓斌
李斐然
雷颖虎
高更更
唐婕
《中国草食动物科学》
2025
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