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6种红菇的形态学及rDNA-ITS测序鉴定 被引量:1
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作者 田慧敏 刘铁志 《食用菌》 2019年第5期10-17,共8页
利用形态学和rDNA-ITS序列分析相结合的鉴定方法对采自赛罕乌拉自然保护区六个未知红菇进行鉴定,结果显示,标本CFSZ13020鉴定为Russula atroglauca Einhell.,CFSZ 10356鉴定为佩拉妮娅红菇Russula pelargonia Niolle.,CFSZ 10391鉴定为... 利用形态学和rDNA-ITS序列分析相结合的鉴定方法对采自赛罕乌拉自然保护区六个未知红菇进行鉴定,结果显示,标本CFSZ13020鉴定为Russula atroglauca Einhell.,CFSZ 10356鉴定为佩拉妮娅红菇Russula pelargonia Niolle.,CFSZ 10391鉴定为非白红菇Russula exalbicans Melzer&Zvára.,苋菜红菇Russula depallens Fr.,CFSZ 13005鉴定为菱红菇Russula vesca Fr.,CFSZ11336香红菇Russula odorata Romagn。非白红菇R.exalbicans Melzer&Zvára.和苋菜红菇R.depallens Fr.为内蒙古新记录种,其中R.atroglauca Einhell.和佩拉妮娅红菇R.pelargonia Niolle.为中国新记录种。 展开更多
关键词 红菇属 形态学鉴定 rdna-its测序鉴定 中国新记录
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利用高通量测序分析冷鲜羊肉优势腐败菌群及相关抑菌剂效价评定
2
作者 温蕾 马艳丽 +6 位作者 柳尧波 王维婷 杜鹏飞 胡鹏 曹建芳 李永生 贺红军 《食品研究与开发》 2025年第4期149-154,共6页
为研究天然抑菌剂对冷鲜羊肉优势腐败菌的抑菌效力并筛选靶向抑菌剂,首先采用高通量测序法分析冷鲜羊肉在4℃贮藏过程中腐败菌的演替规律,然后针对性的选择两种醛类(柠檬醛和肉桂醛)天然抑菌剂,通过测定抑菌圈大小、最小抑菌浓度对比其... 为研究天然抑菌剂对冷鲜羊肉优势腐败菌的抑菌效力并筛选靶向抑菌剂,首先采用高通量测序法分析冷鲜羊肉在4℃贮藏过程中腐败菌的演替规律,然后针对性的选择两种醛类(柠檬醛和肉桂醛)天然抑菌剂,通过测定抑菌圈大小、最小抑菌浓度对比其对冷鲜羊肉腐败菌的抑制效果。结果表明,主要腐败菌为嗜冷假单胞菌(Pseudomonas psychrophila)、热杀索丝菌(Brochothrix thermosphacta)、溶酪葡萄球菌(Macrococcus caseolyticus)、不动杆菌(Acinetobacter)、养料嗜冷杆菌(Psychrobacter cibarius)。肉桂醛对各受试菌的抑菌能力更加显著,最小抑菌浓度为0.08~2.50 mg/mL。 展开更多
关键词 冷鲜羊肉 高通量 菌株鉴定 优势腐败菌 柠檬醛 肉桂醛
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猪轮状病毒G9P[7]型云南株的分离鉴定及VP4和VP7基因测序分析
3
作者 王修武 邓可辉 +5 位作者 马沐林 关金连 韩淑杰 郭智轩 孙守湖 贺东生 《动物医学进展》 北大核心 2024年第8期1-7,共7页
为确定云南省某猪场仔猪腹泻的病原,对送检腹泻病仔猪小肠组织样品进行猪急性腹泻综合征冠状病毒(SADS-CoV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪丁型冠状病毒(PDCoV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪轮状病毒(PoRV)RT-PCR检测,将PoRV检测阳性... 为确定云南省某猪场仔猪腹泻的病原,对送检腹泻病仔猪小肠组织样品进行猪急性腹泻综合征冠状病毒(SADS-CoV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪丁型冠状病毒(PDCoV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪轮状病毒(PoRV)RT-PCR检测,将PoRV检测阳性样品处理后接种至MA-104细胞进行PoRV分离;对分离毒株进行间接免疫荧光、电镜观察、胶体金检测和VP4、VP6、VP7基因测序及遗传进化分析。结果显示,仔猪肠道组织样品经终浓度20μg/mL的胰酶在37℃孵育2 h,能在MA-104细胞上增殖传代,第3代出现稳定的细胞病变,盲传20代,每隔5代进行PoRV的检测;间接免疫荧光试验可见特异性荧光,胶体金和RT-PCR检测均为PoRV阳性,电镜观察可见病毒粒子直径约为65 nm,呈车轮状,符合PoRV粒子典型形态特征,将该分离株命名为PoRV YN-A株。基因同源性比较和遗传进化树分析显示,YN-A株的VP6基因序列与国内A群GD株的同源性为99.93%,VP7与中国G9型NJ2012株的同源性为99.12%,VP4与美国P[7]型OSU株的同源性为98.91%,确定该分离株为猪A群轮状病毒G9P[7]型。YN-A株VP7序列在9个氨基酸位点存在点突变,即aa9(I→V)、aa16(V/T→I)、aa44(A→V)、aa100(D/E→N)、aa212(T/A→K)、aa221(N→S)、aa225(V→A)、aa271(I→V)、aa267(D→E)。首次从云南地区的腹泻仔猪小肠组织中成功分离到1株G9P[7]型的新基因型PoRV毒株,为PoRV的致病性、分子生物学特性研究及PoRV G9优势基因型新疫苗研发奠定了基础。 展开更多
关键词 猪A群轮状病毒 分离鉴定 G9基因型 基因 电镜观察
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广东部分地区鹅星状病毒的分离鉴定、全基因组测序及遗传进化分析
4
作者 喻复心 吴斯宇 +6 位作者 余界石 张晓爱 俞婷 董博 李建波 王蕾 魏文康 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期2633-2643,共11页
【目的】了解鹅星状病毒(Goose astrovirus, GAstV)在广东部分地区的流行及遗传变异情况,阐明其遗传进化与全基因组的特征,为GAstV的防控提供理论基础。【方法】使用GAstV特异性引物对2021―2022年广东地区养鹅场内出现疑似痛风的36份... 【目的】了解鹅星状病毒(Goose astrovirus, GAstV)在广东部分地区的流行及遗传变异情况,阐明其遗传进化与全基因组的特征,为GAstV的防控提供理论基础。【方法】使用GAstV特异性引物对2021―2022年广东地区养鹅场内出现疑似痛风的36份鹅病料进行PCR检测,选取4份具有代表性的GAstV强阳性样品,利用鹅细小病毒、坦布苏病毒、禽流感病毒、新城疫病毒的特异性引物进行检测,以排除病料中存在其他常见的外源性病毒;在此基础上利用鹅胚及鸡肝癌细胞系(leghorn male hepatoma, LMH)对4份GAstV样品进行病毒的分离和纯化,使用透射电镜对病毒粒子的形态进行观察;设计7对特异性引物对4株GAstV进行全基因组扩增和测序,运用DNAStar软件对序列进行整理与拼接以获取GAstV的全基因组序列,利用MegAlign软件进行核苷酸相似性比对,并对关键氨基酸位点的变异情况进行分析,应用Mega-X软件对全基因及单个ORF基因(ORF1a、ORF1b、ORF2)进行系统进化树构建。【结果】经PCR鉴定发现被检样品中共有30份是GAstV阳性,选取的4份代表性GAstV阳性样品均不存在其他外源性病毒感染,利用鹅胚及LMH细胞成功分离出了该4株GAstV病毒,并获得了4株全长均为7 131 bp的GAstV基因组序列,包括18 bp的5′-UTR和184 bp的3′-UTR、3个阅读开放框(ORF1a、ORF1b和ORF2基因),其中ORF1a、ORF1b和ORF2基因分别长3 255、1 551和2 115 bp,与报道的GAstV全基因组特征基本一致。相似性分析显示,4株GAstV之间的核苷酸相似性在99.4%~99.8%之间,与GenBank收录的其他19株GAstV的核苷酸相似在57.6%~99.6%之间。全基因组及3个ORF基因的遗传进化分析显示,获得的4株GAstV均属于GAstV-Ⅱ型。氨基酸序列分析显示,4株GAstV的氨基酸存在22处位置上的突变,其中ORF1a基因有8处突变,ORF2基因有14处突变。【结论】分离的4株GAstV均为GAstV-Ⅱ型毒株,与中国其他地区流行的基因型基本一致,该4株病毒的氨基酸突变主要发生在ORF1a和ORF2区域,为后续疫苗研发、流行病学调查及致病机理等方面提供参考依据。 展开更多
关键词 鹅星状病毒 分离鉴定 全基因组 遗传进化分析 突变位点分析
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血清学检测和基因分型在ABO疑难血型鉴定中的性能评价 被引量:2
5
作者 关茵 张国平 +2 位作者 刘文超 裴垚昶 郭超群 《河南医学研究》 CAS 2024年第7期1250-1253,共4页
目的分析血清学检测和基因分型在ABO疑难血型鉴定中的应用。方法对106例ABO疑难血型实施血清学检测(吸收放散试验)等,同时对其实施基因分型检测(荧光定量PCR试验),以基因测序结果为金标准,评估血清学检测和基因分型所得结果与基因测序... 目的分析血清学检测和基因分型在ABO疑难血型鉴定中的应用。方法对106例ABO疑难血型实施血清学检测(吸收放散试验)等,同时对其实施基因分型检测(荧光定量PCR试验),以基因测序结果为金标准,评估血清学检测和基因分型所得结果与基因测序一致性,比较两种检查方式灵敏度、特异度。结果以基因测序为金标准,血清学检测所得结果一致性为中度,基因分型检测所得结果一致性很好。通过比较血清学检测和基因分型灵敏度、特异度可知,两种检查方式所得特异度、灵敏度差异有统计学意义,基因分型灵敏度、特异度更高(P<0.05)。结论基因分型检测和血清学检测有各自的优缺点,但总体上来说,基因分型检测具有更高的准确性和可靠性,更快速、高效。 展开更多
关键词 血型鉴定 ABO疑难血型 基因分型 血清学检 基因
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松材线虫rDNA-ITS2的Taq Man探针实时荧光PCR检测 被引量:23
6
作者 王明旭 朱水芳 +2 位作者 罗宽 周李华 赵文军 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2005年第2期82-85,共4页
以松材线虫rDNA -ITS2为靶区 ,建立松材线虫的TaqMan探针实时荧光PCR检测方法。对松材线虫大量DNA和单条线虫的检测结果表明 ,探针检测松材线虫和拟松材线虫时 ,前者产生明显的荧光信号 ,后者无荧光信号 ,表明探针具有高度的特异性 ;探... 以松材线虫rDNA -ITS2为靶区 ,建立松材线虫的TaqMan探针实时荧光PCR检测方法。对松材线虫大量DNA和单条线虫的检测结果表明 ,探针检测松材线虫和拟松材线虫时 ,前者产生明显的荧光信号 ,后者无荧光信号 ,表明探针具有高度的特异性 ;探针检测到最低模板浓度为 1pg·μL- 1 。 展开更多
关键词 TAQMAN探针 rdna-its2 实时荧光PCR检方法 荧光信号 拟松材线虫 DNA 结果 模板浓度 特异性
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16S rDNA测序快速鉴定废水生物处理系统目标细菌 被引量:23
7
作者 李永峰 任南琪 +3 位作者 杨传平 陈瑛 郑国香 胡立杰 《哈尔滨工程大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2005年第6期806-810,共5页
在废水生物处理系统中建立分子生物学技术快速鉴定有关微生物,具有十分重要的意义.以发酵法生物制氢系统的活性污泥分离培养的厌氧发酵细菌为研究对象,采用16S rDNA碱基测序分子生物学技术,通过生物信息学数据库NCBI将DNA序列输入、比对... 在废水生物处理系统中建立分子生物学技术快速鉴定有关微生物,具有十分重要的意义.以发酵法生物制氢系统的活性污泥分离培养的厌氧发酵细菌为研究对象,采用16S rDNA碱基测序分子生物学技术,通过生物信息学数据库NCBI将DNA序列输入、比对,可以直接鉴定从废水生物处理系统中分离培养的细菌进行种属科的系统发育学地位的判定,从而简化了细菌鉴定程序.通过16S rDNA测序技术,进行了分离产氢细菌的分子生物学鉴定,发现生物制氢厌氧活性污泥中所分离的细菌可能存在的菌属有:Lactobacillus,Clostridium,Klebsiella,Propionibacter-ium和可能新发现的1个新属Biohydrogenbacterium等5个菌属的菌种,其中新属Biohydrogenbacterium的菌种都以利用碳水化合物生产氢气为其主要特征.16S rDNA测序技术为废水生物处理系统的细菌学研究提供了方便、准确和经济的技术基础. 展开更多
关键词 废水生物处理 16S rDNA 目标细菌 生物信息学技术 分子鉴定
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基于SSR标记检测与重测序技术的3个李品种鉴定与遗传背景简析 被引量:5
8
作者 宋海岩 孙淑霞 +5 位作者 李靖 涂美艳 王玲利 徐子鸿 陈栋 江国良 《中国南方果树》 北大核心 2023年第3期94-101,共8页
“玉带李”“青脆李”“蜂糖李”是熟期或外观相近的四川省主栽青皮李品种。为探索快速区分这3个青皮李品种的方法,对其果实成熟期与外观特征进行比较,采用前人公布的李属种质资源77对SSR标记进行分型,并使用基因组重测序技术简析其遗... “玉带李”“青脆李”“蜂糖李”是熟期或外观相近的四川省主栽青皮李品种。为探索快速区分这3个青皮李品种的方法,对其果实成熟期与外观特征进行比较,采用前人公布的李属种质资源77对SSR标记进行分型,并使用基因组重测序技术简析其遗传背景。结果表明,29号引物和UDP98-021可以作为区分“蜂糖李”的分子标记,ASS R71可以作为区分“青脆李”的分子标记,再结合“玉带李”果实成熟期更晚和具水渍带状缝合线的特点,可以成功区分出这3个李品种。基于重测序技术的SNP、InDel变异检测及可视化分析结果表明,“玉带李”与其他两个品种的遗传背景差异较大,“青脆李”“蜂糖李”遗传背景高度相似。“玉带李”可以作为“青脆李”“蜂糖李”的配套授粉品种,是李品种改良的优良亲本。 展开更多
关键词 SSR标记 技术 遗传背景 品种鉴定
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利用小RNA深度测序技术鉴定上海地区‘红美人’柑橘病毒种类 被引量:2
9
作者 张丽勍 管丽琴 +3 位作者 蒋飞 方献平 李水根 张学英 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期102-108,114,共8页
为明确上海地区‘红美人’柑橘的病毒种类,2020年4月在崇明、金山、奉贤、嘉定、闵行和浦东采集疑似病毒感染的叶片样品11份,采用小RNA深度测序技术结合RT-PCR对不同来源的混合样品进行病毒种类鉴定。结果表明,样品中含有柑橘衰退病毒Ci... 为明确上海地区‘红美人’柑橘的病毒种类,2020年4月在崇明、金山、奉贤、嘉定、闵行和浦东采集疑似病毒感染的叶片样品11份,采用小RNA深度测序技术结合RT-PCR对不同来源的混合样品进行病毒种类鉴定。结果表明,样品中含有柑橘衰退病毒Citrus tristeza virus(CTV)、柑橘黄化脉明病毒Citrus yellow vein clearing virus(CYVCV)、柑橘树皮裂纹类病毒Citrus bark cracking viroid(CBCVd)和柑橘类病毒ⅤCitrus viroid V(CVd-Ⅴ)。同时发现,上海地区‘红美人’柑橘病毒复合侵染现象普遍。基于CTV和CYVCV的CP全长基因及CBCVd和CVd-Ⅴ全基因组序列系统进化分析结果表明:除了CYVCV的分离物与地理来源具有明显的相关性外,其余病毒及类病毒均没有严格的地域相关性。研究结果为开展‘红美人’柑橘种苗病毒检测及病毒病的防治奠定基础。 展开更多
关键词 柑橘 小RNA深度 病毒鉴定
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基于PCR及焦磷酸测序技术的单孢子虫鉴定技术研究与应用 被引量:2
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作者 王彩霞 林祥梅 +1 位作者 邓俊花 吴绍强 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2011年第5期92-96,共5页
为适应口岸单孢子虫快速、准确、高通量检测的需求,建立一种基于PCR及焦磷酸测序技术平台的单孢子虫鉴定方法。以OIE推荐的PCR扩增方法获得单孢子虫特异基因,根据此基因的保守序列利用焦测序软件PyroMarkQ96ID设计专用引物进行PCR扩增... 为适应口岸单孢子虫快速、准确、高通量检测的需求,建立一种基于PCR及焦磷酸测序技术平台的单孢子虫鉴定方法。以OIE推荐的PCR扩增方法获得单孢子虫特异基因,根据此基因的保守序列利用焦测序软件PyroMarkQ96ID设计专用引物进行PCR扩增及焦磷酸测序,测得序列经比对分析确定为单孢子虫序列。同时采用PCR焦磷酸测序方法和OIE推荐的PCR方法对牡蛎样品进行检测。结果表明,所建立的检测方法可从基因序列水平上准确鉴定牡蛎样品中的单孢子虫,且检测结果与OIE方法的检测结果一致。 展开更多
关键词 尼氏单孢子虫 牡蛎 聚合酶链反应 焦磷酸 鉴定
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基于全基因组重测序技术鉴定转基因大豆插入位点的方法
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作者 郭兵福 郭勇 +1 位作者 洪慧龙 邱丽娟 《大豆科技》 2020年第1期47-48,共2页
明确的插入位点及其旁侧序列是转基因材料进入生物安全评价更高阶段的必要条件。传统的插入位点鉴定方法以基于已知外源序列的PCR扩增技术为基础,主要有TAIL-PCR和Genome walk ing等。大豆是一个古四倍体农作物,近75%的基因以多拷贝或... 明确的插入位点及其旁侧序列是转基因材料进入生物安全评价更高阶段的必要条件。传统的插入位点鉴定方法以基于已知外源序列的PCR扩增技术为基础,主要有TAIL-PCR和Genome walk ing等。大豆是一个古四倍体农作物,近75%的基因以多拷贝或复杂拷贝的形式存在,因此,传统的以PCR为基础的插入位点鉴定方法在转基因大豆中工作效率并不高。 展开更多
关键词 转基因大豆 生物安全评价 旁侧 插入位点 PCR扩增技术 技术鉴定 全基因组重 鉴定方法
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基于培养鉴定法和高通量测序技术分析郫县豆瓣微生物群落结构演替 被引量:16
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作者 杨林子 卢云浩 何强 《中国调味品》 CAS 北大核心 2020年第6期63-68,共6页
结合传统培养鉴定法和Illumina MiSeq测序技术分析郫县豆瓣不同发酵阶段的微生物群落演替。结果表明,辣椒发酵阶段细菌以Gracilibacillus sp.,Bacillus sp.,Staphylococcus sp.,Oceanobacillus sp.为主,真菌以Candida sp.,Zygosaccharom... 结合传统培养鉴定法和Illumina MiSeq测序技术分析郫县豆瓣不同发酵阶段的微生物群落演替。结果表明,辣椒发酵阶段细菌以Gracilibacillus sp.,Bacillus sp.,Staphylococcus sp.,Oceanobacillus sp.为主,真菌以Candida sp.,Zygosaccharomyces sp.,Aspergillus sp.为优势菌属;蚕豆发酵阶段具有较高的微生物菌落总数,混合发酵阶段展现了丰富的微生物多样性,这两个阶段细菌均以Bacillus sp.丰度最高,而真菌以Candida sp.,Zygosaccharomyces sp.为优势菌属。研究结果可为郫县豆瓣的控制发酵和品质提升提供科学支撑。 展开更多
关键词 郫县豆瓣 微生物 演替 传统培养鉴定 高通量
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基于高通量测序与分离鉴定方法解析奉节和巫山鲊广椒微生物多样性 被引量:1
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作者 张振东 李学富 +4 位作者 肖秋杨 詹捷 赵慧君 郭壮 王玉荣 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2023年第24期178-185,共8页
为解析重庆地区鲊广椒微生物菌群结构特点,结合高通量测序技术与分离鉴定方法,对重庆地区巫山与奉节采集的鲊广椒菌群进行了分析。结果发现,这两个地区的鲊广椒的优势属有11个,其中乳杆菌属(Lactobacillus),促生乳杆菌属(Levilactobacil... 为解析重庆地区鲊广椒微生物菌群结构特点,结合高通量测序技术与分离鉴定方法,对重庆地区巫山与奉节采集的鲊广椒菌群进行了分析。结果发现,这两个地区的鲊广椒的优势属有11个,其中乳杆菌属(Lactobacillus),促生乳杆菌属(Levilactobacillus),迟缓乳杆菌属(Lentilactobacillus),伴生乳杆菌属(Companilactobacillus),魏斯氏菌属(Weissella)和普雷沃菌属(Prevotella)含量大于5%。值得注意的是,从巫山鲊广椒检测到了丰度较高的普雷沃菌属和梭菌属(Clostridium)。基于线性判别分析效应值(linear discriminant analysis effect size,LEfSe),普雷沃菌属和塔特姆菌属(Tatumella)分别作为巫山和奉节鲊广椒的生物标志属。通过分离鉴定,从重庆地区鲊广椒中分离到了18株乳酸菌,鉴定为8个菌属。结合高通量测序技术与分离鉴定方法,可将重庆地区鲊广椒的优势属促生乳杆菌属和迟缓乳杆菌属分别鉴定为短促生乳杆菌(Levilactobacillus brevis)和布氏迟缓乳杆菌(Lentilactobacillus buchneri)。该研究预期能为鲊广椒的产业化发展提供菌株资源与数据支撑。 展开更多
关键词 鲊广椒 细菌多样性 高通量 分离鉴定 乳酸菌
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基于高通量测序技术鉴定酸浆水中的微生物 被引量:4
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作者 张斌 王晓闻 《中国调味品》 CAS 北大核心 2020年第4期77-80,共4页
利用高通量测序技术和传统的分离纯化相结合的方法,以及API 50CHL乳杆菌鉴定试剂盒对酸浆水中的微生物群落组成进行分析,结果表明:酸浆水中的优势菌群为乳酸杆菌;从酸浆水中分离出66株乳酸菌,其中好氧菌36株,厌氧或兼性厌氧菌30株;经试... 利用高通量测序技术和传统的分离纯化相结合的方法,以及API 50CHL乳杆菌鉴定试剂盒对酸浆水中的微生物群落组成进行分析,结果表明:酸浆水中的优势菌群为乳酸杆菌;从酸浆水中分离出66株乳酸菌,其中好氧菌36株,厌氧或兼性厌氧菌30株;经试剂盒生化鉴定,得到3种乳酸杆菌L1、L2、L3,其中L1为乳明串珠菌(Leuconostoc lactis),有27株;L2为德氏乳杆菌(Lactobacillus delbrueckii subsp.lactis),有13株;L3为植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum),有26株。 展开更多
关键词 酸浆水 高通量 乳酸菌 分离纯化 鉴定
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枸杞nrDNA ITS测序鉴定的初步研究 被引量:11
15
作者 石志刚 安巍 +3 位作者 樊云芳 焦恩宁 赵建华 王亚军 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2008年第16期6687-6688,6690,共3页
[目的]对枸杞nrDNA ITS(核糖体DNA基因内转录间隔区)序列进行分析,从而在分子水平对枸杞做出鉴定。[方法]采用改良CTAB法提取枸杞叶片DNA,利用合成的特异引物对其DNA中nrDNA ITS区进行扩增、克隆,对目的片段测序分析。[结果]克隆到枸杞n... [目的]对枸杞nrDNA ITS(核糖体DNA基因内转录间隔区)序列进行分析,从而在分子水平对枸杞做出鉴定。[方法]采用改良CTAB法提取枸杞叶片DNA,利用合成的特异引物对其DNA中nrDNA ITS区进行扩增、克隆,对目的片段测序分析。[结果]克隆到枸杞nrDNA ITS片段并获得其碱基序列,成功找到3个供试枸杞种质材料的nrDNA ITS序列差异。[结论]枸杞nrDNAITS区的扩增和测序可以在分子水平对枸杞不同种质进行鉴别。 展开更多
关键词 枸杞属 ITS DNA 鉴定
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利用小RNA测序鉴定江西奉新猕猴桃病毒种类
16
作者 王赛博 张凯东 +4 位作者 刘冰 熊桂红 李庚花 涂贵庆 蒋军喜 《中国南方果树》 北大核心 2023年第6期183-186,共4页
为探明江西省奉新县猕猴桃感染病毒的情况,2020年5月从该县山口、农合和新西蓝3个主要猕猴桃种植区共采集23份疑似病毒病叶片样品,利用小RNA深度测序技术对混合样品进行病毒检测,并通过RT-PCR和测序验证。结果共检测出4种病毒,分别是猕... 为探明江西省奉新县猕猴桃感染病毒的情况,2020年5月从该县山口、农合和新西蓝3个主要猕猴桃种植区共采集23份疑似病毒病叶片样品,利用小RNA深度测序技术对混合样品进行病毒检测,并通过RT-PCR和测序验证。结果共检测出4种病毒,分别是猕猴桃病毒A(Actinidia virus A,AcVA)、猕猴桃病毒B(Actinidia virus B,AcVB)、猕猴桃褪绿环斑相关病毒(Actinidia chlorotic ringspots associated virus,AcCRaV)和柑桔叶斑驳病毒(Citrus leaf blotch virus,CLBV),在23份样品中的检出率依次为87.0%、56.5%、65.2%和60.9%,多数样品存在病毒复合侵染,复合侵染率81.8%。表明引起奉新县猕猴桃病毒病的毒原主要有AcVA、AcVB、AcCRaV和CLBV 4种,优势毒原为AcVA,病毒复合侵染发生普遍。 展开更多
关键词 猕猴桃病毒病 小RNA深度 RT-PCR检 病毒鉴定
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一种鉴定菜用枸杞的新方法——nrDNA ITS测序法 被引量:3
17
作者 石志刚 安巍 +2 位作者 焦恩宁 赵建华 王亚军 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2008年第20期8486-8487,共2页
[目的]拟从分子水平对菜用枸杞进行鉴定。[方法]利用nrDNA ITS(核糖体DNA基因内转录间隔区)碱基序列测定的方法对5份菜用枸杞资源进行碱基序列测定并分析序列差异。[结果]首次获得5种菜用枸杞nrDNA ITS区碱基序列,整个ITS序列长度变... [目的]拟从分子水平对菜用枸杞进行鉴定。[方法]利用nrDNA ITS(核糖体DNA基因内转录间隔区)碱基序列测定的方法对5份菜用枸杞资源进行碱基序列测定并分析序列差异。[结果]首次获得5种菜用枸杞nrDNA ITS区碱基序列,整个ITS序列长度变异范围为628~632 bp,平均为630 bp,共有79个变异位点,占12.5%,保守位点553,占87.5%。基于nrDNA ITS序列差异的品种聚结果与依据形态指标的是划分结果相符。[结论]nrDNA ITS区测序分析可作为分子水平鉴定菜用枸杞不同种质来源的又一途径。 展开更多
关键词 枸杞属 ITS DNA 鉴定
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多靶位基因测序快速鉴定脓肿分枝杆菌复合群 被引量:1
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作者 刘永萍 刘雁 +1 位作者 刘伟 沈瑶杰 《浙江临床医学》 2019年第3期296-298,共3页
目的 探讨和评价多靶位基因测序联合分析的方法用于脓肿分枝杆菌复合群的快速菌种鉴定.方法 收集经PNB/TCH鉴别培养基表型鉴定和16S rRNA基因测序鉴定为脓肿分枝杆菌复合群的临床分离株,再应用hsp65和rpoB基因测序的联合分析进行种/亚... 目的 探讨和评价多靶位基因测序联合分析的方法用于脓肿分枝杆菌复合群的快速菌种鉴定.方法 收集经PNB/TCH鉴别培养基表型鉴定和16S rRNA基因测序鉴定为脓肿分枝杆菌复合群的临床分离株,再应用hsp65和rpoB基因测序的联合分析进行种/亚种的鉴定.结果 经表型鉴定为非结核分枝杆菌的52株临床分离菌株,16S rRNA基因测序比对分析与脓肿分枝杆菌的同源性高达100%.最后经hsp65和rpoB测序及16S rRNA基因序列的联合分析鉴定40株菌株为脓肿分枝杆菌脓肿亚种,10株为脓肿分枝杆菌马赛亚种以及2株脓肿分枝杆菌bolletii亚种.结论 16S rRNA、hsp65和rpoB三个靶位基因测序联合分析的方法能够快速将脓肿分枝杆菌复合群分离株鉴定至亚种的水平. 展开更多
关键词 脓肿分枝杆菌复合群 16S RRNA HSP65 RPOB 基因 菌种鉴定
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基于宏基因测序及分箱技术的复合乳酸菌发酵乳菌种鉴定及定量
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作者 程坤 赵婷 +5 位作者 刘蕊 周立光 冯会粉 于学健 李宏 姚粟 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2022年第13期42-47,共6页
复合乳酸菌发酵乳产品的菌种组成与定量是产品质量的关键。以3款市售复合乳酸菌发酵乳产品为研究对象,利用宏基因组测序和分箱分析、平均核苷酸一致性(average nucleotide identity,ANI)分析等技术,研究复合乳酸菌发酵乳产品中菌种种水... 复合乳酸菌发酵乳产品的菌种组成与定量是产品质量的关键。以3款市售复合乳酸菌发酵乳产品为研究对象,利用宏基因组测序和分箱分析、平均核苷酸一致性(average nucleotide identity,ANI)分析等技术,研究复合乳酸菌发酵乳产品中菌种种水平鉴定及相对定量。结果表明,产品A和产品C分箱获得的3个bin通过ANI分析鉴定为嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)、德氏乳杆菌(Lactobacillus delbrueckii)和动物双歧杆菌(Bifidobacterium animalis),与产品声称添加菌种一致,产品A中3个物种的相对丰度分别为96.85%、0.12%和3.02%,产品C中3个物种的相对丰度分别为99.55%、0.18%和0.14%。产品B分箱获得的3个bin通过ANI分析鉴定为嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)、干酪乳酪杆菌(Lacticaseibacillus casei)和乳酸乳球菌(Lactococcus lactis),与产品声称添加菌种部分一致,3个物种的相对丰度分别为99.43%、0.27%和0.21%。该研究对复合乳酸菌发酵乳产品的质量控制和行业监管具有重要参考意义。 展开更多
关键词 乳酸菌 发酵乳 宏基因组 分箱 鉴定 定量
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全基因组测序后质粒的组装与鉴定研究进展 被引量:1
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作者 苟秋凤 代富英 +2 位作者 曹康 谢拥军 潘渠 《成都医学院学报》 CAS 2022年第4期525-529,共5页
全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)从1977年发展至今,已成为一种快速、低成本获取生物体全基因组的方法[1]。WGS可发现基因组变异,在微生物的分类鉴定中应用广泛[2]。WGS经历了三代技术革新,二代测序和三代测序的结合已成为目... 全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)从1977年发展至今,已成为一种快速、低成本获取生物体全基因组的方法[1]。WGS可发现基因组变异,在微生物的分类鉴定中应用广泛[2]。WGS经历了三代技术革新,二代测序和三代测序的结合已成为目前最广泛的杂交测序方法[3-4]。杂交测序一方面使用长读长跨越重复序列或缺口,另一方面使用短读长纠正测序中错误的碱基[5]。GenBank数据库中完成WGS的菌株越来越多,用传统的DNA文库或PCR扩增的方法无法获得的质粒可由WGS数据进行组装,但组装质粒的正确性和完整性需要进一步鉴定和分析。 展开更多
关键词 全基因组 基因组 读长 质粒 组装 鉴定
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