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肾形肾状线虫个体间rDNA内转录间隔区的变异 被引量:2
1
作者 邓艳凤 徐红兵 +1 位作者 田忠玲 郑经武 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期252-260,共9页
利用DNA序列分析技术对我国浙江、福建和重庆3个地区的肾形肾状线虫(Rotylenchulus reniformis,RN)种内群体及群体内个体间核糖体RNA基因(rDNA)内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列进行PCR扩增及序列变异分析。结... 利用DNA序列分析技术对我国浙江、福建和重庆3个地区的肾形肾状线虫(Rotylenchulus reniformis,RN)种内群体及群体内个体间核糖体RNA基因(rDNA)内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列进行PCR扩增及序列变异分析。结果显示不同的群体间均获得2种PCR产物,标记为变异类型Ⅰ(RN_VAR1)和变异类型Ⅱ(RN_VAR2)。基于每个群体内2条雌虫分别挑取各变异类型的5个克隆测序,共得到60个克隆序列。经序列比对分析,发现肾形肾状线虫rDNA基因2种类型的ITS区变异很大,其中变异类型Ⅰ序列长度为705-712bp,鸟嘌呤和胞嘧啶(guanine and cytosine content,GC)含量为45.1%-46.7%;变异类型Ⅱ序列长度为854-860bp,GC含量为48.4%-50.0%。2种类型的ITS相似度(包括5.8SRNA基因)仅为62.1%-65.6%,而各rDNA变异类型内部各个克隆序列也存在差异,变异类型Ⅰ内个体间相似度为89.9%-100%;变异类型Ⅱ内个体间相似度为91.4%-99.8%。系统进化分析表明2种变异序列明显分成2支,同时通过ITS序列分析无法将3个地方群体区分开来。经实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)检测发现RN_VAR1含量稍大于RN_VAR2,分别占保守18S基因的rDNA重复单位含量的56%和40%。同时,还发现肾形肾状线虫的2种rDNA-ITS变异类型与已报道的2种18SRNA基因变异类型相对应,表明肾形肾状线虫存在2种rDNA变异类型。 展开更多
关键词 肾形肾状线虫 rdna 转录间隔 序列变异
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甘蔗近缘属种23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列分析 被引量:1
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作者 吴杨 周会 李杨瑞 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期185-190,共6页
【目的】探讨叶绿体23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列在甘蔗近缘属种系统进化中的应用,为深入研究甘蔗近缘属种系统进化提供参考。【方法】以14个甘蔗近缘属种材料为研究对象,测序分析其23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列,并应用BLAST... 【目的】探讨叶绿体23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列在甘蔗近缘属种系统进化中的应用,为深入研究甘蔗近缘属种系统进化提供参考。【方法】以14个甘蔗近缘属种材料为研究对象,测序分析其23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列,并应用BLAST分析其在禾本科中的变异情况。【结果】23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列在14个甘蔗近缘属种材料间的同源性为100%,属于高度保守区域,但在禾本科各亚科间表现出一定的变异,且在各亚科中都存在其特异的变异位点。【结论】23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列在甘蔗近缘属种间属于高度保守的区域,不适合用于甘蔗近缘属种间系统进化的分析,但可为禾本科亚科系统进化的分析提供有用的信息。 展开更多
关键词 甘蔗近缘属种 23S-4 5S-5S rdna 转录间隔序列 变异
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16S-23S rDNA内转录间隔区序列寡核苷酸探针鉴定分支杆菌菌种的研究 被引量:9
3
作者 李国利 庄玉辉 +3 位作者 赵铭 王国冶 陈保文 沈小兵 《中国防痨杂志》 CAS 北大核心 2002年第z1期12-16,共5页
目的 研究以16S-23S rDNA 内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列为靶基因设计分支杆菌菌种寡核苷酸探针,应用PCR-反向杂交技术快速鉴定分支杆菌菌种。方法 应用PCR-反向杂交技术检测26种36株分支杆菌标准株,24株分支杆菌... 目的 研究以16S-23S rDNA 内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列为靶基因设计分支杆菌菌种寡核苷酸探针,应用PCR-反向杂交技术快速鉴定分支杆菌菌种。方法 应用PCR-反向杂交技术检测26种36株分支杆菌标准株,24株分支杆菌临床分离株。结果 分支杆菌标准株和临床分离株经PCR扩增,依菌种不同可见一条约340bp-450bp范围DNA片段。探针特异性试验表明,21种寡核苷酸探针除草分支杆菌探针。MPH与微黄分支杆菌亦杂交外,其余探针均为特异的。5株结核分支杆菌临床分离株鉴定为结核分支杆菌复合群,19株非结核分支杆菌临床分离株鉴定至种水平。结论 16S-23S rDNA ITS PCR-反向杂交鉴定分支杆菌菌种简便、快速、准确,具有较高应用价值。 展开更多
关键词 分支杆菌 鉴定 16S-23S rdna转录间隔 寡核苷酸探针 聚合酶链反应-反向杂交
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兔痒螨和水牛痒螨第二转录间隔区(ITS-2)基因序列分析 被引量:8
4
作者 贾小勇 杨光友 +1 位作者 古小彬 赖松家 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期545-550,共6页
为了探讨水牛痒螨株和兔痒螨株的分类地位,采用PCR技术扩增了四川水牛痒螨株和四川兔痒螨株的第二内部转录间隔区(ITS-2)基因,并与GenBank中注册的5个国外痒螨株的同源基因进行了比较。序列分析发现:兔痒螨株和水牛痒螨株的序列长度分别... 为了探讨水牛痒螨株和兔痒螨株的分类地位,采用PCR技术扩增了四川水牛痒螨株和四川兔痒螨株的第二内部转录间隔区(ITS-2)基因,并与GenBank中注册的5个国外痒螨株的同源基因进行了比较。序列分析发现:兔痒螨株和水牛痒螨株的序列长度分别为277bp和281bp,两序列间存在多处转换、颠换和缺失。四川水牛痒螨株同四川兔痒螨株间及国外痒螨分离株间的ITS-2基因同源性较低(87.1%~88.0%);而四川兔痒螨株与国外痒螨分离株的同源性较高(95.5%~100.0%)。用痒螨ITS-2基因构建的MP,NJ,ME及UPGM树中,兔痒螨株和水牛痒螨株在不同的系统树中其位置比较固定,且两者相距均较远。根据痒螨ITS-2基因同源性分析和系统树构建结果以及其他已报道的相关证据,作者认为:兔痒螨株和水牛痒螨株可能为痒螨属Psoroptes中两个不同的种,兔痒螨分离株为马痒螨P.equi;而水牛痒螨株与来自兔、山羊、绵羊和黄牛等痒螨株亲缘关系较远,可能为痒螨属中的另一个独立有效种。 展开更多
关键词 痒螨 痒螨株 分类地位 水牛 第二内部转录间隔(ITS-2) 系统发育
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香蕉枯萎病菌4个生理小种核糖体DNA内转录间隔区的RFLP分析 被引量:1
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作者 舒灿伟 曾蕊 +1 位作者 杨媚 周而勋 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期52-56,共5页
【目的】明确香蕉枯萎病菌Fusarium oxysporum f.sp.cubense 4个生理小种的系统发育关系。【方法】利用PCR扩增该病菌4个生理小种的核糖体DNA内转录间隔区(Internal transcribed spacer,ITS),利用AIu I、Hpa II和Taq I 3种限制性内切酶... 【目的】明确香蕉枯萎病菌Fusarium oxysporum f.sp.cubense 4个生理小种的系统发育关系。【方法】利用PCR扩增该病菌4个生理小种的核糖体DNA内转录间隔区(Internal transcribed spacer,ITS),利用AIu I、Hpa II和Taq I 3种限制性内切酶对这些小种的ITS产物进行RFLP分析。【结果】PCR扩增结果表明:来自4个生理小种的8个菌株均可扩增得到568 bp的ITS单一片段,但这些生理小种间的片段没有明显的多态性;对这些生理小种ITS产物进行RFLP分析发现,不同生理小种之间的差异很小。【结论】PCR-RFLP技术不适用香蕉枯萎病菌生理小种的分析鉴定。 展开更多
关键词 香蕉枯萎病菌 生理小种 内部转录间隔 聚合酶链式反应 限制性片段长度多态性
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我国人源蛔虫和猪源蛔虫核糖体第一内转录间隔区的扩增克隆及序列分析 被引量:5
6
作者 靳元春 李芬 +2 位作者 刘进辉 刘梦婷 吴昌义 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2018年第5期6-9,共4页
本研究旨为研究人蛔虫和猪蛔虫核糖体第一内转录间隔区(ITS-1 r DNA)的遗传变异,应用聚合酶链式反应(PCR)对人蛔虫和猪蛔虫分离株ITS-1 r DNA序列进行扩增、克隆、测序,将获得的序列用Clustal X 1.83程序进行比对分析,再用Phy ML 3.0程... 本研究旨为研究人蛔虫和猪蛔虫核糖体第一内转录间隔区(ITS-1 r DNA)的遗传变异,应用聚合酶链式反应(PCR)对人蛔虫和猪蛔虫分离株ITS-1 r DNA序列进行扩增、克隆、测序,将获得的序列用Clustal X 1.83程序进行比对分析,再用Phy ML 3.0程序中的最大似然树法(ML)绘制种系进化树。本结果显示,人蛔虫和猪蛔虫的ITS-1 r DNA序列长度分别为447~448 bp和447~451 bp;人蛔虫和猪蛔虫ITS-1 r DNA序列的差异性为0.4%~1.6%。种系发育树表明,人蛔虫和猪蛔虫分离株位于两个不同分支。本研究结果支持人蛔虫和猪蛔虫可能为同一个种不同基因型的结论。 展开更多
关键词 人蛔虫 猪蛔虫 核糖体DNA 第一内转录间隔(ITS-1 rdna) 序列分析
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PCR为基础的反向线点杂交及16S~23S rDNA间区测序分析5种少见类型奴卡菌 被引量:2
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作者 王晓彦 孔繁荣 连石 《首都医科大学学报》 CAS 北大核心 2011年第4期469-475,共7页
目的探讨5种新出现的奴卡菌种16S~23S rDNA内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)DNA基因序列的多态性,筛查特异的奴卡菌种逆向线点杂交(reverse line blot,RLB)探针。方法对6例奴卡菌标本进行ITS基因扩增、克隆、测序,设计... 目的探讨5种新出现的奴卡菌种16S~23S rDNA内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)DNA基因序列的多态性,筛查特异的奴卡菌种逆向线点杂交(reverse line blot,RLB)探针。方法对6例奴卡菌标本进行ITS基因扩增、克隆、测序,设计奴卡菌种特异探针及ITS间区rDNA基因特异的探针,进行以PCR为基础的RLB(PCR/RLB)杂交试验,不同的RLB型进行ITS基因测序分析,以鉴别不同的奴卡菌种及种内分型。结果发现2个Nocardia beijingensis菌株ITS间区有8个基因序列型,4个RLB型;N.thailandica有4个基因序列型及RLB型;N.blacklockiae有5个基因序列型,3个RLB型,其中N-bla RLBⅢ型与所有Nbla-ITS探针杂交没有信号;N.elegans有5个基因序列型,3个RLB型;N.vinacea有5个基因序列型,2个RLB型。结论通过PCR/RLB试验,准确的ITS基因测序认识了新出现的菌种,即N.beijingensis,N.blacklockiae,N.elegans,N.thailandica及N.vinacea。同时建立了可以大量筛查奴卡菌种的PCR/RLB方法,以进行快速临床诊断及流行病学研究。 展开更多
关键词 奴卡菌 16S^23S rdna基因内转录间隔 转录间隔基因序列型 逆向线点杂交 转录逆向线点杂交型
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真菌rDNA的特点及在外生菌根菌鉴定中的应用 被引量:58
8
作者 林晓民 李振岐 王少先 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期120-125,共6页
核糖体DNA(rDNA)是真菌基因组中的一类中度或高度重复序列,每一重复单位包括高度保守、中度保守和不保守三类区段,在真菌的系统发育分析和分类鉴定中,rDNA是很重要的靶序列。本文主要评述了真菌rDNA的结构特点及应用,特别是内转录间隔区... 核糖体DNA(rDNA)是真菌基因组中的一类中度或高度重复序列,每一重复单位包括高度保守、中度保守和不保守三类区段,在真菌的系统发育分析和分类鉴定中,rDNA是很重要的靶序列。本文主要评述了真菌rDNA的结构特点及应用,特别是内转录间隔区(ITS)在外生菌根菌鉴定上的应用,并对一些名词概念进行了讨论。 展开更多
关键词 外生菌根菌 rdna 真菌 应用 定中 高度重复序列 系统发育分析 转录间隔 结构特点 基因组 核糖体 靶序列
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鸡异刺线虫ITS rDNA的PCR扩增、克隆及序列分析 被引量:16
9
作者 吕召宏 徐广庭 +2 位作者 林瑞庆 宋慧群 朱兴全 《中国畜牧兽医》 CAS 2005年第8期41-44,共4页
应用PCR方法用保守引物NC5及NC2,扩增了从广州地区鸡体分离的鸡异刺线虫rDNA的第一、第二内转录间隔区(ITS-1,ITS-2)及5.8S基因。将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-TEasy载体,用菌落PCR及酶切鉴定阳性菌落,对阳性菌落进行测序。试验... 应用PCR方法用保守引物NC5及NC2,扩增了从广州地区鸡体分离的鸡异刺线虫rDNA的第一、第二内转录间隔区(ITS-1,ITS-2)及5.8S基因。将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-TEasy载体,用菌落PCR及酶切鉴定阳性菌落,对阳性菌落进行测序。试验结果表明,ITS-1长为428bp,ITS-2长为386bp。通过与网上发表的来自澳大利亚的鸡异刺线虫基因序列比较结果表明,广州鸡体内的异刺线虫和澳大利亚鸡异刺线虫的ITS-2序列是完全一样的,ITS-1序列有微小差异,广州鸡的2个不同虫体样本的ITS序列完全一致。本项研究结果为鸡异刺线虫的进一步分子生物学研究奠定了基础,并为寄生虫分子系统学研究提供了资料。 展开更多
关键词 鸡异刺线虫 转录间隔 rdna PCR 序列分析
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鸡蛔虫ITS rDNA的PCR扩增克隆及序列分析 被引量:15
10
作者 林瑞庆 蔡天城 +2 位作者 吴桂英 宋慧群 朱兴全 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2008年第3期24-25,共2页
关键词 PCR扩增克隆 鸡蛔虫 ITS 序列分析 rdna 转录间隔 生物进化过程 感染强度
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四个红菇科菌株的rDNA ITS序列分析和系统发育研究 被引量:19
11
作者 付立忠 李海波 +3 位作者 魏海龙 吴庆其 吴大丰 吴学谦 《食用菌学报》 2007年第2期23-32,共10页
以采自浙江省丽水山区的4个红菇科菌株作为研究材料,进行rDNAITS(Internal Transcribed Spacer)区段克隆测序和序列特征比较分析,并对ITS序列进行核酸序列数据库GenBank同源性检索比对,将从GenBank检索获得的15个最相似物种的ITS序列连... 以采自浙江省丽水山区的4个红菇科菌株作为研究材料,进行rDNAITS(Internal Transcribed Spacer)区段克隆测序和序列特征比较分析,并对ITS序列进行核酸序列数据库GenBank同源性检索比对,将从GenBank检索获得的15个最相似物种的ITS序列连同4个红菇科菌株的ITS序列一起用于系统发育分析。序列比较结果表明,4个红菇科菌株的rDNAITS序列长度为673bp^766bp,GC含量为47.4%~49.48%,其中2个红菇属(Russula)菌株R32和R57间的ITS序列长度和GC含量差异极小,而与血红乳菇(Lactarius sanguifluus)菌株L37间的ITS序列长度和GC含量差异较大。系统发育分析表明,R57为花盖红菇(R.cyanoxantha)的一个菌株,红菇属的赭盖红菇(R.mustelina)、绿菇(R.virescens)和青灰红菇(R.parazurea)三者间的序列差异较小,亲缘关系较近;乳菇属(Lactarius)的血红乳菇同鲑色乳菇(L.salmonicolor)种间的序列差异较小,亲缘关系较近。 展开更多
关键词 红菇 rdna转录间隔(ITS) 序列分析 系统发育 大型真菌
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基于5.8S rDNA和ITS序列探讨亚洲瓠瓜的地理分化 被引量:6
12
作者 周先治 陈阳 +2 位作者 陈晟 吴宇芬 赵依杰 《中国蔬菜》 北大核心 2011年第6期49-53,共5页
基于5.8S rDNA及ITS序列对23份来自中国、泰国和日本的亚洲瓠瓜品种进行了地理分化研究。结果发现,23份瓠瓜材料的ITS1+5.8S rDNA+ITS2序列的长度在611~627bp之间,G+C含量在54.17%~63.26%之间,信息位点数65个,占总碱基数的11.09%;源... 基于5.8S rDNA及ITS序列对23份来自中国、泰国和日本的亚洲瓠瓜品种进行了地理分化研究。结果发现,23份瓠瓜材料的ITS1+5.8S rDNA+ITS2序列的长度在611~627bp之间,G+C含量在54.17%~63.26%之间,信息位点数65个,占总碱基数的11.09%;源自日本的2份瓠瓜品种的序列长度短于其他21份瓠瓜品种,G+C含量也明显低于其他瓠瓜品种。从5.8S rDNA及ITS序列构建的系统树可以看出,源自日本的瓠瓜品种与源自中国和泰国的瓠瓜品种存在地理分化现象,分属于不同的分支,支持率达到99%。序列间的同质性检验结果显示,2份源自日本的瓠瓜品种与源自中国和泰国的瓠瓜品种差异显著。 展开更多
关键词 5.8S rdna 亚洲瓠瓜 转录间隔 地理分化
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库布齐沙漠生物结皮蓝藻和绿藻物种多样性及分子生物学鉴定
13
作者 刘悦 徐杰 +4 位作者 杜玲 何玉萍 刘雪锋 尹强 孟元发 《生态环境学报》 北大核心 2025年第3期421-431,共11页
人工培育生物结皮技术是荒漠化防治的一项新技术,优良藻种选育为构建人工生物结皮的关键。采集库布齐沙漠生物结皮蓝藻门、绿藻门的物种进行形态鉴定,采用计数法统计不同植被、不同季节生物结皮蓝藻和绿藻物种的丰富度及优势藻组成,运... 人工培育生物结皮技术是荒漠化防治的一项新技术,优良藻种选育为构建人工生物结皮的关键。采集库布齐沙漠生物结皮蓝藻门、绿藻门的物种进行形态鉴定,采用计数法统计不同植被、不同季节生物结皮蓝藻和绿藻物种的丰富度及优势藻组成,运用分子生物学方法验证20个纯化藻株的系统发育位置,为库布齐沙漠人工构建生物结皮优良藻种的筛选提供理论基础。结果显示,1)库布齐沙漠生物结皮共有蓝、绿藻14科27属78种,其中蓝藻5科10属40种,绿藻9科17属38种,不同植被和季节生物结皮藻类物种丰富度存在显著差异。人工修复植被藻类物种丰富度显著高于自然发育植被,围封植被藻类物种丰富度显著低于未围封植被,冬季藻类物种丰富度显著低于春、夏、秋季。2)库布齐沙漠生物结皮优势藻在属水平上基本相似,蓝藻主要为鞘丝藻属(Lyngbya)、颤藻属(Oscillatoria)、微鞘藻属(Microcolus)等,绿藻为小球藻属(Chlorella)、衣藻属(Chlamydomonas)、栅藻属(Scenedesmus)等。其中,蓝藻栖藓鞘丝藻(Lyngbya mucicola)、柔细颤藻(Oscillatoria subtilissima)、具鞘微鞘藻(Microcolus vaginatus)、微鞘藻(Microcolus sp.)和绿藻小球藻(Chlorella vulgaris)、马拉蒙衣藻(Chlamydomonas maramuresensis)、爪哇栅藻(Scenedesmus javaensis)和扁盘栅藻(Scenedesmus platydiscus)为库布齐沙漠优势藻。3)对20个纯化藻株进行了形态特征描述和核糖体内部转录间隔区(ITS)测序,并基于检测数据构建了2株蓝藻和18株绿藻系统发育树,验证了其系统发育的位置。 展开更多
关键词 库布齐沙漠 生物结皮 优势藻 形态 核糖体内部转录间隔(ITS)
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浙江地区不同寄主来源的炭疽菌ITS序列PCR-RFLP多态性分析 被引量:4
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作者 刘诗胤 邱海萍 +7 位作者 姜华 张震 柴荣耀 毛雪琴 王教瑜 杜新法 王艳丽 孙国昌 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2012年第1期61-65,共5页
应用核糖体DNA(ribo-somal DNAr,DNA)的ITS(internal transcribed spacer,ITS)区的RFLP序列的多态性,分析32个不同寄主来源的炭疽菌株的遗传多样性。利用ITS1及ITS4通用引物对扩增各菌株的rD-NA的内转录间隔区(ITS1-5.8S-ITS2)获得长约6... 应用核糖体DNA(ribo-somal DNAr,DNA)的ITS(internal transcribed spacer,ITS)区的RFLP序列的多态性,分析32个不同寄主来源的炭疽菌株的遗传多样性。利用ITS1及ITS4通用引物对扩增各菌株的rD-NA的内转录间隔区(ITS1-5.8S-ITS2)获得长约600 bp片段。ITS-RFLP共迁带UPGMA聚类分析的结果表明所有来自不同寄主的炭疽菌菌株(含福建及云南菌株)都以较高的相似系数(>0.60)聚为一类,具有较近的亲缘关系;同时试验中所有酶切位点的综合Gst系数达到0.82,说明不同菌株间的ITS具有丰富的多态性。 展开更多
关键词 炭疽菌 rdna 转录间隔 PCR-RELP 亲缘关系
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烟台海域暴发浒苔ITS及5.8S rDNA的克隆及序列分析 被引量:3
15
作者 宁璇璇 纪灵 +5 位作者 王刚 刘艳 于道德 宋培高 唐海田 伯云台 《海洋通报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期91-95,共5页
以烟台海域引发"绿潮"的浒苔为研究对象,采用PCR技术扩增出浒苔的ITS-1、5.8SrDNA及ITS-2片段,将扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-TEasy载体,筛选阳性克隆进行序列测定。结果表明,浒苔的ITS-1序列长度为195bp,5.8S序列为155bp,I... 以烟台海域引发"绿潮"的浒苔为研究对象,采用PCR技术扩增出浒苔的ITS-1、5.8SrDNA及ITS-2片段,将扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-TEasy载体,筛选阳性克隆进行序列测定。结果表明,浒苔的ITS-1序列长度为195bp,5.8S序列为155bp,ITS-2序列为181bp,该序列与浒苔属的多种物种ITS序列具有很高的同源性,在ITS-1区、5.8SrDNA区和ITS-2区仅存在4个转换/颠换位点。结合GenBank注册序列和本研究的结果发现,单纯依靠ITS序列并不能对浒苔属种类进行有效的分类鉴定。 展开更多
关键词 浒苔 转录间隔(ITS) 5.8S rdna 序列分析
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鸭粪中环孢子虫18S rDNA部分基因和ITS-1基因的克隆与分析 被引量:2
16
作者 程家林 李国清 +3 位作者 岳彩铃 徐前明 高振永 刘霞 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2010年第4期6-10,共5页
应用PCR技术对在鸭粪中发现的疑似环孢子虫的18 S rDNA部分基因和ITS-1+基因进行了扩增,将扩增出的片段纯化后连接至pMD-18T载体上,选取阳性克隆进行序列测定,并利用NCBI在线BLAST程序和MEGA 4软件对测序结果进行了同源性比较和系统发... 应用PCR技术对在鸭粪中发现的疑似环孢子虫的18 S rDNA部分基因和ITS-1+基因进行了扩增,将扩增出的片段纯化后连接至pMD-18T载体上,选取阳性克隆进行序列测定,并利用NCBI在线BLAST程序和MEGA 4软件对测序结果进行了同源性比较和系统发育树构建。结果显示,测得的18 SrDNA序列与环孢子虫的相似性最高(98%),且在系统树中位于同一分支上;测得的ITS-1序列高度特异,在GenBank中未发现同源性序列,可以确定其为环孢子虫的一个新种,暂命名为鸭源环孢子虫。 展开更多
关键词 鸭源环孢子虫 形态学 18S rdna 转录间隔-Ⅰ
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M13分子标记快速区分树木溃疡病原真菌的种类 被引量:1
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作者 王庆灵 崔建州 赵嘉平 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期74-79,共6页
树木溃疡病菌具有寄主多样性、危害症状复杂且分布广泛的特点,快速简便地区分真菌类别是杨树溃疡病研究及防治中需要解决的重要问题。在对树木溃疡病菌的遗传多样性研究,发现以M13为引物的PCR扩增可以在不同的种类之间产生稳定分化的带... 树木溃疡病菌具有寄主多样性、危害症状复杂且分布广泛的特点,快速简便地区分真菌类别是杨树溃疡病研究及防治中需要解决的重要问题。在对树木溃疡病菌的遗传多样性研究,发现以M13为引物的PCR扩增可以在不同的种类之间产生稳定分化的带型。因此,本研究分离了43株18种树木溃疡病相关真菌,并且对这些菌株进行rDNA-ITS序列测定及M13-PCR。结果显示,M13带型差异与真菌的特定种类相对应。因此,认为M13分子标记可以准确快速地鉴定、区分树木溃疡病菌。 展开更多
关键词 树木溃疡病 引物M13 分子标记 rdna转录间隔
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长爪沙鼠源肺孢子虫ITS1-5.8S rDNA-ITS2序列测定及分析 被引量:1
18
作者 李自慧 冯宪敏 +3 位作者 卢思奇 张帆 王凤云 黄松 《首都医科大学学报》 CAS 2006年第1期135-136,共2页
关键词 长爪沙鼠 肺孢子虫 5.8S核糖体RNA基因(5.8S rdna) 转录间隔(ITS)
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长爪沙鼠和新西兰白兔源肺孢子虫ITS1-5.8S rDNA-ITS2序列的测定与分析
19
作者 李自慧 卢思奇 +3 位作者 冯宪敏 张帆 王凤云 黄松 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第10期975-977,共3页
目的测定长爪沙鼠及新西兰白兔源肺孢子虫的ITS1-5.8S rDNA-ITS2序列,并与大鼠源肺孢子虫的相应序列进行比较分析。方法用地塞米松免疫抑制法诱导长爪沙鼠和新西兰白兔感染肺孢子虫;制作肺印片进行瑞-姬氏复合染色,通过镜检初步了解感... 目的测定长爪沙鼠及新西兰白兔源肺孢子虫的ITS1-5.8S rDNA-ITS2序列,并与大鼠源肺孢子虫的相应序列进行比较分析。方法用地塞米松免疫抑制法诱导长爪沙鼠和新西兰白兔感染肺孢子虫;制作肺印片进行瑞-姬氏复合染色,通过镜检初步了解感染情况;提取肺孢子虫总DNA,设计合成引物进行PCR扩增;纯化扩增产物后克隆测序;与登录Gen-Bank的大鼠源肺孢子虫相关序列进行比较分析。结果长爪沙鼠源肺孢子虫的ITS1、5.8S rDNA和ITS2基因序列长分别为158、157和172bp,新西兰白兔源肺孢子虫的相应序列分别为129、158和178bp。结论本实验测得的长爪沙鼠及新西兰白兔源肺孢子虫的ITS1-5.8S rDNA-ITS2序列以往未曾报道,此结果为肺孢子虫的遗传学研究提供了新的资料。 展开更多
关键词 肺孢子虫 转录间隔(ITS) 5.8S核糖体RNA基因(5.8S rdna)
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头似辐首线虫的形态观察及rDNA-ITS序列分析 被引量:1
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作者 胡丽莉 孙彦 +1 位作者 张悦 卜艳珍 《动物医学进展》 北大核心 2018年第12期32-36,共5页
为了探讨头似辐首线虫(Gyalocephalus capitatus)的形态和分子序列特征,应用数码显微镜和分子生物学技术对该线虫进行形态观察和分子序列测定分析,然后用MEGA 5.0软件,采用最大似然法(Maximum likelihood,ML)。构建圆线虫的系统发育树... 为了探讨头似辐首线虫(Gyalocephalus capitatus)的形态和分子序列特征,应用数码显微镜和分子生物学技术对该线虫进行形态观察和分子序列测定分析,然后用MEGA 5.0软件,采用最大似然法(Maximum likelihood,ML)。构建圆线虫的系统发育树。研究表明,头似辐首线虫中等大小,口囊短而宽,囊壁前宽后窄,外叶冠由90个~95个小叶组成,内叶冠由30个~40个小叶组成,食道前端膨大,呈漏斗状,雄虫生殖锥较长,上面分布着1对指形附属物,雌虫尾部细长,尾尖呈圆锥形;所测核糖体DNA内部转录间隔区(rDNA-ITS)序列总长867bp,其中ITS1长380bp,5.8S长153bp,ITS2长334bp,ITS1区的G+C含量(46.6%)明显高于ITS2区(42.0%);系统进化分析显示,头似辐首线虫与盅口亚科线虫的亲缘关系较近,而与圆线亚科线虫的亲缘关系较远。首次报道头似辐首线虫的ITS序列,为该线虫的进一步研究奠定了基础。 展开更多
关键词 头似辐首线虫 形态观察 核糖体DNA内部转录间隔 系统发育关系
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