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一株赤潮甲藻转录单元内间隔区(ITS)和5.8S rDNA序列的克隆 被引量：6
1
作者 张宝玉 王广策 +4 位作者 张炎 吕颂辉 齐雨藻 邹景忠 曾呈奎 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2004年第12期49-53,共5页
为解决分子生物学方法中因纯化的新鲜材料不足而限制实验进展的情况,采用改进的克隆方法将目的DNA片断保存在菌株中。首先应用改进的DNA提取方法从赤潮甲藻塔玛亚历山大藻(Alexandriumtamarense)中提取总核酸,以提取的DNA为模板,优化PC... 为解决分子生物学方法中因纯化的新鲜材料不足而限制实验进展的情况,采用改进的克隆方法将目的DNA片断保存在菌株中。首先应用改进的DNA提取方法从赤潮甲藻塔玛亚历山大藻(Alexandriumtamarense)中提取总核酸,以提取的DNA为模板,优化PCR扩增条件,获得转录单元内间隔区(ITS)片段。将获得的ITS片段经SalI和PstI双酶切后与同样经过双酶切后的质粒载体pBluscriptSK+连接,转化受体菌XL1-Blue,克隆该DNA片段。该克隆方法简单易行,克隆效率完全可以满足一般实验要求。该克隆技术的应用为随时获得目的DNA提供一条途径。 展开更多
关键词 赤潮 塔玛亚历山大藻(Alexandrium tamatense) 转录单元内间隔区(ITS) 5.8S PCR 克隆
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肾形肾状线虫个体间rDNA内转录间隔区的变异 被引量：2
2
作者 邓艳凤 徐红兵 +1 位作者 田忠玲 郑经武 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期252-260,共9页
利用DNA序列分析技术对我国浙江、福建和重庆3个地区的肾形肾状线虫（Rotylenchulus reniformis,RN）种内群体及群体内个体间核糖体RNA基因（rDNA）内转录间隔区（internal transcribed spacer,ITS）序列进行PCR扩增及序列变异分析。结... 利用DNA序列分析技术对我国浙江、福建和重庆3个地区的肾形肾状线虫（Rotylenchulus reniformis,RN）种内群体及群体内个体间核糖体RNA基因（rDNA）内转录间隔区（internal transcribed spacer,ITS）序列进行PCR扩增及序列变异分析。结果显示不同的群体间均获得2种PCR产物,标记为变异类型Ⅰ（RN_VAR1）和变异类型Ⅱ（RN_VAR2）。基于每个群体内2条雌虫分别挑取各变异类型的5个克隆测序,共得到60个克隆序列。经序列比对分析,发现肾形肾状线虫rDNA基因2种类型的ITS区变异很大,其中变异类型Ⅰ序列长度为705-712bp,鸟嘌呤和胞嘧啶（guanine and cytosine content,GC）含量为45.1%-46.7%;变异类型Ⅱ序列长度为854-860bp,GC含量为48.4%-50.0%。2种类型的ITS相似度（包括5.8SRNA基因）仅为62.1%-65.6%,而各rDNA变异类型内部各个克隆序列也存在差异,变异类型Ⅰ内个体间相似度为89.9%-100%;变异类型Ⅱ内个体间相似度为91.4%-99.8%。系统进化分析表明2种变异序列明显分成2支,同时通过ITS序列分析无法将3个地方群体区分开来。经实时荧光定量PCR（quantitative real-time PCR,qPCR）检测发现RN_VAR1含量稍大于RN_VAR2,分别占保守18S基因的rDNA重复单位含量的56%和40%。同时,还发现肾形肾状线虫的2种rDNA-ITS变异类型与已报道的2种18SRNA基因变异类型相对应,表明肾形肾状线虫存在2种rDNA变异类型。 展开更多
关键词 肾形肾状线虫 rdna 内转录间隔区 序列变异
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金焰笛鲷rDNA基因转录间隔区ITS-1序列分析 被引量：2
3
作者 徐田军 刘楚吾 +1 位作者 刘丽 吴勇 《南方水产》 CAS 2006年第5期61-64,共4页
以持异性引物扩增了金焰笛鲷(Lutjamts fulviflamma)的核糖体第一转录间隔区(ITS-1),扩增产物经克隆后测序,测得 ITS-1长度为566 bp。其中 A、T、G、C 4种碱基的含量分别为14.1%、16.1%、30.2%、39.6%,G+C(69.8%)含量明显高于 A+T 含量(... 以持异性引物扩增了金焰笛鲷(Lutjamts fulviflamma)的核糖体第一转录间隔区(ITS-1),扩增产物经克隆后测序,测得 ITS-1长度为566 bp。其中 A、T、G、C 4种碱基的含量分别为14.1%、16.1%、30.2%、39.6%,G+C(69.8%)含量明显高于 A+T 含量(30.2%)。将此引物在笛鲷属其他4种鱼类中扩增,发现该对引物有很好的通用性;比较发现在不同种中 ITS-1存在着较大的差异,适合将其应用于分子系统学和种质资源方面的研究。 展开更多
关键词 金焰笛鲷 内转录间隔区(ITS-1) 序列分析
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甘蔗近缘属种23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列分析 被引量：1
4
作者 吴杨 周会 李杨瑞 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期185-190,共6页
【目的】探讨叶绿体23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列在甘蔗近缘属种系统进化中的应用,为深入研究甘蔗近缘属种系统进化提供参考。【方法】以14个甘蔗近缘属种材料为研究对象,测序分析其23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列,并应用BLAST... 【目的】探讨叶绿体23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列在甘蔗近缘属种系统进化中的应用,为深入研究甘蔗近缘属种系统进化提供参考。【方法】以14个甘蔗近缘属种材料为研究对象,测序分析其23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列,并应用BLAST分析其在禾本科中的变异情况。【结果】23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列在14个甘蔗近缘属种材料间的同源性为100%,属于高度保守区域,但在禾本科各亚科间表现出一定的变异,且在各亚科中都存在其特异的变异位点。【结论】23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列在甘蔗近缘属种间属于高度保守的区域,不适合用于甘蔗近缘属种间系统进化的分析,但可为禾本科亚科系统进化的分析提供有用的信息。 展开更多
关键词 甘蔗近缘属种 23S-4 5S-5S rdna 内转录间隔区序列 变异
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16S-23S rDNA内转录间隔区序列寡核苷酸探针鉴定分支杆菌菌种的研究 被引量：9
5
作者 李国利 庄玉辉 +3 位作者 赵铭 王国冶 陈保文 沈小兵 《中国防痨杂志》 CAS 北大核心 2002年第z1期12-16,共5页
目的 研究以16S-23S rDNA 内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列为靶基因设计分支杆菌菌种寡核苷酸探针,应用PCR-反向杂交技术快速鉴定分支杆菌菌种。方法 应用PCR-反向杂交技术检测26种36株分支杆菌标准株,24株分支杆菌... 目的 研究以16S-23S rDNA 内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列为靶基因设计分支杆菌菌种寡核苷酸探针,应用PCR-反向杂交技术快速鉴定分支杆菌菌种。方法 应用PCR-反向杂交技术检测26种36株分支杆菌标准株,24株分支杆菌临床分离株。结果 分支杆菌标准株和临床分离株经PCR扩增,依菌种不同可见一条约340bp-450bp范围DNA片段。探针特异性试验表明,21种寡核苷酸探针除草分支杆菌探针。MPH与微黄分支杆菌亦杂交外,其余探针均为特异的。5株结核分支杆菌临床分离株鉴定为结核分支杆菌复合群,19株非结核分支杆菌临床分离株鉴定至种水平。结论 16S-23S rDNA ITS PCR-反向杂交鉴定分支杆菌菌种简便、快速、准确,具有较高应用价值。 展开更多
关键词 分支杆菌 鉴定 16S-23S rdna内转录间隔区 寡核苷酸探针 聚合酶链反应-反向杂交
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二种淡水微囊藻rDNA16S-235基因间隔区的序列测定与分析 被引量：12
6
作者 陈月琴 何家菀 +2 位作者 庄丽 曾陇梅 屈良鹄 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 1999年第1期41-46,共6页
本研究采用ＰＣＲ及序列测定的方法，对我国淡水铜绿微囊藻有毒株（Ｍ８６４１）和另一低毒的种类惠氏微囊藻（Ｍ５７４）ｒＤＮＡ１６Ｓ－２３Ｓ基因间隔区进行了序列的测定和分析，结果表明：ｒＤＮＡ１６Ｓ－２３Ｓ基因间隔区可以作... 本研究采用ＰＣＲ及序列测定的方法，对我国淡水铜绿微囊藻有毒株（Ｍ８６４１）和另一低毒的种类惠氏微囊藻（Ｍ５７４）ｒＤＮＡ１６Ｓ－２３Ｓ基因间隔区进行了序列的测定和分析，结果表明：ｒＤＮＡ１６Ｓ－２３Ｓ基因间隔区可以作为一个精细且稳定的指标，用于微囊藻的分类和鉴定。并从分子水平提出了铜绿微囊藻与惠氏微囊藻在种系发生上有较近缘的关系。本文首次对微囊藻属Ｍｉｃｒｏｃｙｓｔｉｓ　ｒＤＮＡ基因间隔区全序列作了报道，为微囊藻属的鉴定及系统学研究提供了分子基础。 展开更多
关键词 铜绿微囊藻 惠氏微囊藻 rdna 基因间隔区
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金荞麦内转录间隔区(ITS)的扩增及序列分析 被引量：20
7
作者 吴琦 曾子贤 +2 位作者 邵继荣 陈惠 唐宇 《草业学报》 CSCD 2007年第5期127-132,共6页
以2份金荞麦为材料，对其内转录间隔区ITS区序列进行PCR扩增，均获得长约700bp的特异性产物。测序结果表明，金荞麦1号样品包含ITS序列660bp，金荞麦2号样品包含ITS序列646bp，在Genebank中的登录号分别为DQ780602和DQ780600。对现有金... 以2份金荞麦为材料，对其内转录间隔区ITS区序列进行PCR扩增，均获得长约700bp的特异性产物。测序结果表明，金荞麦1号样品包含ITS序列660bp，金荞麦2号样品包含ITS序列646bp，在Genebank中的登录号分别为DQ780602和DQ780600。对现有金荞麦ITS的序列比对表明，其同源率为80．2％～93．1％，变异位点主要在ITS1，表现出较丰富的遗传多样性。采用邻接法构建了金荞麦的系统进化树。 展开更多
关键词 金荞麦 内转录间隔区(ITS)序列 PCR 序列分析
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16S-23S rDNA间隔区在奶牛乳房炎诊断中的应用 被引量：13
8
作者 曹随忠 杜立新 赵兴绪 《中国畜牧兽医》 CAS 2005年第2期26-27,共2页
以 16 S- 2 3S r DNA间隔区为扩增靶序列的 PCR技术是近年来发展的细菌分类和鉴定新方法 ,具有快速、敏感和特异性高的优点。作者综述了细菌 16 S- 2 3S r DNA间隔区序列的特性及其在奶牛乳房炎病原诊断中的应用等研究进展。
关键词 16S-23S rdna间隔区 乳房炎 奶牛 PCR
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赤潮铜绿微囊藻rDNA基因间隔区的序列分析以及与淡水微囊藻的比较 被引量：4
9
作者 陈月琴 庄丽 +3 位作者 屈良鹄 郑天凌 王大志 王艳丽 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 1999年第1期48-50,共3页
采用ＰＣＲ及序列测定的方法，对在厦门西港海域采集的赤潮铜绿微囊藻１６Ｓ和 ２３５ｒＤＮＡ基因间隔区Ｉｎｔｅｒｇｅｎｉｃ Ｓｐａｃｅｒ Ｒｅｇｉｏｎ （ＩＳＲ）区进行了序列测定和分析，并通过与两 种淡水微囊藻的比较，找出了... 采用ＰＣＲ及序列测定的方法，对在厦门西港海域采集的赤潮铜绿微囊藻１６Ｓ和 ２３５ｒＤＮＡ基因间隔区Ｉｎｔｅｒｇｅｎｉｃ Ｓｐａｃｅｒ Ｒｅｇｉｏｎ （ＩＳＲ）区进行了序列测定和分析，并通过与两 种淡水微囊藻的比较，找出了其特征性核苷酸作为专一性分子探针设计的靶序列，为该藻 种以及微囊藻属的快速鉴定及系统学研究提供了分子基础。 展开更多
关键词 赤潮铜绿微囊藻 rdna基因间隔区 序列分析
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用内转录间隔区通用引物的聚合酶链反应快速测定念珠菌菌种 被引量：13
10
作者 王英 顾军 刘维达 《临床皮肤科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第2期69-71,共3页
目的:应用内转录间隔区(ITS)通用引物建立一种较为快速、简便的检测和鉴定念珠菌的聚合酶链反应(PCR)方法。方法:采用两对ITS通用引物ITS1、ITS4和ITS86、ITS4对7种(8株)念珠菌菌悬液进行PCR扩增。结果:两对引物3.5h内对7种念珠菌的菌... 目的:应用内转录间隔区(ITS)通用引物建立一种较为快速、简便的检测和鉴定念珠菌的聚合酶链反应(PCR)方法。方法:采用两对ITS通用引物ITS1、ITS4和ITS86、ITS4对7种(8株)念珠菌菌悬液进行PCR扩增。结果:两对引物3.5h内对7种念珠菌的菌悬液扩增出种特异的DNA条带,而第2对引物其种特异性更强。结论:采用ITS通用引物结合快速PCR检测法,可快速、简便、特异、敏感地检测出念珠菌,并能同时鉴定到种,这将在今后念珠菌病的早期诊断和治疗上有潜在的应用价值。 展开更多
关键词 内转录间隔区 念珠菌 聚合酶链反应 引物 微生物检验
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四种臂尾轮虫rDNA16S-23S基因间隔区的序列测定与分析 被引量：8
11
作者 席贻龙 陈月琴 +1 位作者 诸葛燕 黄祥飞 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第4期427-430,共4页
关键词 轮虫 萼花臂尾轮虫 双棘臂尾轮虫 裂足臂尾轮虫 角突臂尾轮虫 rdna 基因间隔区
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兔痒螨和水牛痒螨第二转录间隔区(ITS-2)基因序列分析 被引量：8
12
作者 贾小勇 杨光友 +1 位作者 古小彬 赖松家 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期545-550,共6页
为了探讨水牛痒螨株和兔痒螨株的分类地位,采用PCR技术扩增了四川水牛痒螨株和四川兔痒螨株的第二内部转录间隔区(ITS-2)基因,并与GenBank中注册的5个国外痒螨株的同源基因进行了比较。序列分析发现:兔痒螨株和水牛痒螨株的序列长度分别... 为了探讨水牛痒螨株和兔痒螨株的分类地位,采用PCR技术扩增了四川水牛痒螨株和四川兔痒螨株的第二内部转录间隔区(ITS-2)基因,并与GenBank中注册的5个国外痒螨株的同源基因进行了比较。序列分析发现:兔痒螨株和水牛痒螨株的序列长度分别为277bp和281bp,两序列间存在多处转换、颠换和缺失。四川水牛痒螨株同四川兔痒螨株间及国外痒螨分离株间的ITS-2基因同源性较低(87.1%～88.0%);而四川兔痒螨株与国外痒螨分离株的同源性较高(95.5%～100.0%)。用痒螨ITS-2基因构建的MP,NJ,ME及UPGM树中,兔痒螨株和水牛痒螨株在不同的系统树中其位置比较固定,且两者相距均较远。根据痒螨ITS-2基因同源性分析和系统树构建结果以及其他已报道的相关证据,作者认为:兔痒螨株和水牛痒螨株可能为痒螨属Psoroptes中两个不同的种,兔痒螨分离株为马痒螨P.equi;而水牛痒螨株与来自兔、山羊、绵羊和黄牛等痒螨株亲缘关系较远,可能为痒螨属中的另一个独立有效种。 展开更多
关键词 痒螨 痒螨株 分类地位 兔 水牛 第二内部转录间隔区(ITS-2) 系统发育
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福木假尾孢菌Pseudocercospora elaeodendri的转录间隔区序列分析 被引量：5
13
作者 谢婉凤 郭文硕 +1 位作者 冯丽贞 黄秀萍 《福建林学院学报》 CSCD 北大核心 2010年第4期293-296,共4页
PCR扩增福木假尾孢菌的转录间隔区序列(ITS)并测序,获得的基因序列长度为581bp,相似性分析发现其与假尾孢属不同种之间的ITS序列相似度极高。进一步对相似度高的不同种、属菌的ITS序列采用Neighbor-joining法构建系统进化树。遗传距离... PCR扩增福木假尾孢菌的转录间隔区序列(ITS)并测序,获得的基因序列长度为581bp,相似性分析发现其与假尾孢属不同种之间的ITS序列相似度极高。进一步对相似度高的不同种、属菌的ITS序列采用Neighbor-joining法构建系统进化树。遗传距离分析结果发现,试验菌株仅与同源性为100%的未知种名的假尾孢菌聚为一类。比较不同种的ITS碱基序列,结果表明,试验菌株与其它种之间的差异碱基分布于ITS1和ITS2区域,说明ITS能够体现假尾孢属的种间变异。 展开更多
关键词 福木假尾孢 转录间隔区 系统发育 分子鉴定
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基于16S-23S rDNA间隔区序列(ITS)、REP序列的基因指纹图谱及UPGMA聚类法的拟诺卡菌属分类方法 被引量：4
14
作者 石楠 张利平 张晓 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期40-47,共8页
拟诺卡菌属(Nocardiopsis)是拟诺卡菌科(Nocardiopsaceae)的唯一属.该属内进行物种鉴别时通常是在多相分类方法基础上,以全基因组杂交同源性在70%以下的为不同物种,此为国际公认的定种标准;但在进行大量菌株的比对时操作比较复杂,于是... 拟诺卡菌属(Nocardiopsis)是拟诺卡菌科(Nocardiopsaceae)的唯一属.该属内进行物种鉴别时通常是在多相分类方法基础上,以全基因组杂交同源性在70%以下的为不同物种,此为国际公认的定种标准;但在进行大量菌株的比对时操作比较复杂,于是多种基于DNA的基因图谱技术发展起来.本实验利用适宜引物,对拟诺卡菌属15株基准株基因组DNA的16S-23S rDNA间隔区序列(ITS)和REP序列进行了扩增,获得了两种基因指纹图谱,同时根据UPGMA聚类法构建了相应的进化距离树图.结果表明,对于拟诺卡菌属中不同物种的区分,两种基因图谱技术的分辨力相当,均可以较好的呈现物种间差异,可以作为拟诺卡菌属菌株多相分类的组成部分,应用于物种水平的分类与鉴定. 展开更多
关键词 拟诺卡菌属 REP-PCR 16S-23S rdna间隔区序列
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16SrRNA基因与16S-23SrRNA转录单元内间隔区序列分析及其在节旋藻和螺旋藻分类鉴定中的应用 被引量：7
15
作者 茅云翔 杨官品 +1 位作者 张宝红 张学成 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2001年第6期12-18,共7页
测定了节旋藻属 3个品系和螺旋藻属 1个品系的全长 1 6SrRNA基因和 1 6S 2 3SrRNA转录单元内间隔区序列 (ITS) ,分析了已知的节旋藻、螺旋藻和相关品系的相应序列的同源性 ,构建了系统发生树 ,并评价了这两段DNA序列在节旋藻、螺旋藻种... 测定了节旋藻属 3个品系和螺旋藻属 1个品系的全长 1 6SrRNA基因和 1 6S 2 3SrRNA转录单元内间隔区序列 (ITS) ,分析了已知的节旋藻、螺旋藻和相关品系的相应序列的同源性 ,构建了系统发生树 ,并评价了这两段DNA序列在节旋藻、螺旋藻种属分类和种质鉴定中的意义。结果表明 :( 1 ) 1 6SrRNA基因序列和ITS序列均可用于节旋藻属和螺旋藻属的属间分类 ,以两序列为基础的系统学分析结果一致 ;( 2 )ITS序列变异程度高于 1 6SrDNA序列 ,适用于节旋藻和螺旋藻属内品系或种质鉴定 ;( 3)节旋藻属可明确界定 ,1 6SrRNA基因序列相似性大于 98% ,ITS序列相似性大于 88% ;( 4 )螺旋藻属某些品系间 1 6SrDNA序列和ITS序列相似性较低 ,与不同属间的序列相似性程度为同一水平。 展开更多
关键词 16SRRNA基因 16S-23SrRNA转录单元内间隔区 聚类分析 节旋藻属 螺旋藻属 鉴定 养殖 形态学分类
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金鱼核糖体转录间隔区(ITS-1)的克隆和序列分析 被引量：4
16
作者 牟希东 白俊杰 +1 位作者 汪学杰 罗建仁 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2008年第1期74-76,43,共4页
对金鱼（Carassius auratus）核糖体转录间隔区（ITS-1）进行了克隆测序，并对ITS-1序列进行了分析。结果显示，克隆的金鱼ITS-1区序列长度为294bp，其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为17．0％、14．6％、33．0％、35．4％；与从GenBan... 对金鱼（Carassius auratus）核糖体转录间隔区（ITS-1）进行了克隆测序，并对ITS-1序列进行了分析。结果显示，克隆的金鱼ITS-1区序列长度为294bp，其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为17．0％、14．6％、33．0％、35．4％；与从GenBank中检索到的12种鱼的核糖体DNA序列比较显示，其与12种鱼的ITS-1序列同源性较低，在26．0％～61．6％之间；根据金鱼与其他12种鱼的ITS-1序列的同源性构建进化树，所得的分类结果与传统的分类结果基本一致。 展开更多
关键词 金鱼(Carassius auratus) 核糖体 转录间隔区1(ITS-1) 基因克隆 基因序列
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黑龙江野鲤核糖体内转录间隔区1(ITS-1)的克隆及二级结构的预测与分析 被引量：3
17
作者 钟立强 张成锋 +3 位作者 蔡生力 刘红 李冰 朱健 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2010年第4期778-783,共6页
黑龙江野鲤是中国北方重要的养殖鱼类,分析和了解其遗传结构对鲤鱼种质资源的保护和遗传性状的改良具有重要的意义。该研究对黑龙江野鲤(Cyprinus carpio haematopterus)核糖体内转录间隔区1(ITS-1)进行了克隆测序,并对ITS-1序列进行了... 黑龙江野鲤是中国北方重要的养殖鱼类,分析和了解其遗传结构对鲤鱼种质资源的保护和遗传性状的改良具有重要的意义。该研究对黑龙江野鲤(Cyprinus carpio haematopterus)核糖体内转录间隔区1(ITS-1)进行了克隆测序,并对ITS-1序列进行了分析。结果显示:所克隆的黑龙江野鲤ITS-1序列长度为365 bp,其中A、T、G、C 4种碱基的含量分别为21.4%、12.3%、34.0%和32.3%;与从GenBank中检索到的6种鲤科鱼类的ITS-1序列相比较,相似性较低,介于24.9%至59.5%之间;同时利用最小自由能原理预测7种鲤科鱼类ITS-1序列的二级结构,并分析了其结构特点。根据鲤鱼与其他6种鲤科鱼类的ITS-1序列的同源性构建NJ系统进化树,与根据该保守序列形成的发夹结构的相似性构建的进化树大致相同,所得的分类结果与传统的分类结果基本一致。因此,一、二级结构相结合将是研究物种分子系统学的重要手段。 展开更多
关键词 黑龙江野鲤 内转录间隔区1(ITS-1) 基因克隆 二级结构
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两种毛首线虫核糖体DNA内转录间隔Ⅱ(rDNA ITS2)序列研究 被引量：4
18
作者 斯健 童新华 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第8期779-783,共5页
目的利用形态学鉴定方法结合rDNAITS2序列分析对取自重庆市动物园阿拉伯狒狒和松鼠猴的两种毛首线虫成虫进行分类学研究,分析其分类地位,并探讨毛首线虫属和其分子生物学分类体系可行性。方法先用形态学分类方法对两种毛首线虫定种,再... 目的利用形态学鉴定方法结合rDNAITS2序列分析对取自重庆市动物园阿拉伯狒狒和松鼠猴的两种毛首线虫成虫进行分类学研究,分析其分类地位,并探讨毛首线虫属和其分子生物学分类体系可行性。方法先用形态学分类方法对两种毛首线虫定种,再提取其DNA扩增ITS2片段,通过测序确认两种毛首线虫ITS2序列,结合其它6种已知毛首线虫ITS2序列信息计算8种毛首线虫同一性和同源性并构建毛首线虫属同源树及分子种系发生树,探讨构建毛首线虫属分子生物学分类体系的可行性。结果形态学鉴定表明两种毛首线虫分别为T.cynocephalus皮翼毛首线虫和T.rhinopiptherox-ella sp.nov川金丝猴新种毛首线虫,二者形态学差异明显。获取两种ITS2序列连同6种已知ITS2做同一性分析,显示差异均在48.2%～62.7%之间,分属不同虫种;8种毛首线虫中T.leporis和T.skrjabini同源性最高,为91%;T.arvicolae和T.muris次之,为87%;提自松鼠猴的毛首线虫和T.suis为61%。T.ovis与T.leporis和T.skrjabini组同源性为65%,而提自阿拉伯狒狒的毛首线虫与提自松鼠猴的毛首线虫和T.suis组,为39%;构建同源树及分子种系发生树。结论本研究表明ITS2同一性分析能够对8个虫种进行有效甄别,作为辅助手段有望解决形态学分类中的同种异名问题。ITS2作为单一基因序列能部分反映8种毛首线虫同源性及分子进化中的关系,有助于探讨毛首线虫属的分子生物学分类体系的构建。 展开更多
关键词 毛首线虫属 分类学 同源性 内转录间隔区Ⅱ
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香蕉枯萎病菌4个生理小种核糖体DNA内转录间隔区的RFLP分析 被引量：1
19
作者 舒灿伟 曾蕊 +1 位作者 杨媚 周而勋 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期52-56,共5页
【目的】明确香蕉枯萎病菌Fusarium oxysporum f.sp.cubense 4个生理小种的系统发育关系。【方法】利用PCR扩增该病菌4个生理小种的核糖体DNA内转录间隔区(Internal transcribed spacer,ITS),利用AIu I、Hpa II和Taq I 3种限制性内切酶... 【目的】明确香蕉枯萎病菌Fusarium oxysporum f.sp.cubense 4个生理小种的系统发育关系。【方法】利用PCR扩增该病菌4个生理小种的核糖体DNA内转录间隔区(Internal transcribed spacer,ITS),利用AIu I、Hpa II和Taq I 3种限制性内切酶对这些小种的ITS产物进行RFLP分析。【结果】PCR扩增结果表明:来自4个生理小种的8个菌株均可扩增得到568 bp的ITS单一片段,但这些生理小种间的片段没有明显的多态性;对这些生理小种ITS产物进行RFLP分析发现,不同生理小种之间的差异很小。【结论】PCR-RFLP技术不适用香蕉枯萎病菌生理小种的分析鉴定。 展开更多
关键词 香蕉枯萎病菌 生理小种 内部转录间隔区 聚合酶链式反应 限制性片段长度多态性
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粗毛淫羊藿内转录间隔区序列扩增条件的优化 被引量：1
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作者 李牡丹 石旭 关萍 《贵州农业科学》 CAS 北大核心 2009年第8期22-24,共3页
用CTAB法提取粗毛淫羊藿叶片DNA,进行内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列PCR扩增试验,通过单因子试验研究了退火温度、Mg2+浓度、TapDNA聚合酶浓度、dNTP浓度对ITS-PCR反应的影响,并通过各因子的组合研究,建立了适宜于... 用CTAB法提取粗毛淫羊藿叶片DNA,进行内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列PCR扩增试验,通过单因子试验研究了退火温度、Mg2+浓度、TapDNA聚合酶浓度、dNTP浓度对ITS-PCR反应的影响,并通过各因子的组合研究,建立了适宜于粗毛淫羊藿ITS分析的扩增体系:25μL体系中2.5μL 10×buffer、1μL模板DNA、1.0 mmol/LMgCl2、1.5 mmol/L dNTP、1.25 UTaq酶、0.4μmol/L ITS 4、ITS 5。PCR反应程序为95℃5 min;94℃30 s,52℃45 s,72℃1 min,共35个循环;72℃7 min。粗毛淫羊藿ITS扩增条件的优化,可以为淫羊藿属遗传多样性的研究及分子鉴定奠定基础。 展开更多
关键词 淫羊藿 内转录间隔区(ITS) 聚合酶链反应(PCR) 扩增条件 优化
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