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基于16S rDNA扩增子分析柑橘黄龙病植株叶片中脉内生细菌菌群
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作者 张利平 刘顺民 +2 位作者 蒲占湑 朱莉 吕佳 《浙江农业科学》 2025年第2期440-444,共5页
文章以黄龙病菌亚洲种为样本分析柑橘黄龙病植株叶片中脉的内生细菌种群,通过对发病样本(HLB)总共24个,空白样本(HC)12个,进行16S rDNA V3-V4区扩增子测序,通过生物信息学分析得到60种有注释的微生物OTU(可认为是60种微生物),发现HC组... 文章以黄龙病菌亚洲种为样本分析柑橘黄龙病植株叶片中脉的内生细菌种群,通过对发病样本(HLB)总共24个,空白样本(HC)12个,进行16S rDNA V3-V4区扩增子测序,通过生物信息学分析得到60种有注释的微生物OTU(可认为是60种微生物),发现HC组有54种OTU,HLB组只有38种OTU,其中HC组注释到属水平的有38个属,HLB组有30个属,在HLB组中,黄龙病菌(Candidatus Liberibacter)是优势菌群,平均占比达到81.35%,而在HC组中并未发现黄龙病菌。通过t-test分析发现,发病组和健康组中的Cadidatus Liberibacter和Roseburia2个微生物的占比在属水平上具有显著差异;根据Spearman秩相关性分析发现黄龙病菌与拟杆菌属(Bacteroides)、梭形杆菌属(Fusobacterium)及罗氏菌属(Roseburia)3个属呈正相关,与鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、放线菌属(Amnibacterium)、甲基杆菌属(Methylobacterium)及Beijerinckiaceae 1174-901-12这4个属呈负相关。 展开更多
关键词 柑橘黄龙病 16S rdna 内生细菌
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基于28S rDNA序列的鲤科鱼类寄生指环虫属分子系统发育及协同进化分析
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作者 田瀚吉 徐俊东 +3 位作者 贾婷 徐伟江 范丽仙 孟飞燕 《四川动物》 北大核心 2025年第6期624-634,共11页
单殖吸虫Monogenea具有极高的物种多样性及宿主特异性,是研究寄生虫-宿主协同进化的理想模型。本研究基于28S rDNA基因序列对指环虫科Dactylogyridae的53种物种进行系统发育分析,并结合云南地区宿主-寄生虫数据进行协同进化重建。结果显... 单殖吸虫Monogenea具有极高的物种多样性及宿主特异性,是研究寄生虫-宿主协同进化的理想模型。本研究基于28S rDNA基因序列对指环虫科Dactylogyridae的53种物种进行系统发育分析,并结合云南地区宿主-寄生虫数据进行协同进化重建。结果显示:(1)指环虫属Dactylogyrus为非单系群,中国与国外的鲤科Cyprinidae寄生类群分别形成独立分支;(2)贝叶斯系统发育树表明,寄生于鲤亚科Cyprininae的指环虫属单殖吸虫起源最早,其分化同时存在宿主内成种和宿主转移2种模式;(3)协同进化分析显示,宿主转移的发生频率显著高于宿主内成种,提示其可能是物种形成的主要驱动力。研究表明,云南地区鲤科鱼类寄生指环虫属物种形成的主要方式是宿主转移,且其进化模式受宿主亲缘关系、地理分布及寄生虫适应性共同影响,这为理解单殖吸虫-宿主协同进化机制提供了新证据。 展开更多
关键词 指环虫属 28S rdna序列 系统发育 协同进化
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基于16S rDNA测序的硅沉着病小鼠肺部和肠道菌群特征分析
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作者 杨思思 唐小翠 +2 位作者 赵晓航 王娜 姚武 《郑州大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第2期158-161,共4页
目的:探讨硅沉着病小鼠肺部和肠道菌群特征。方法:将20只雄性C57BL/6N小鼠随机分为对照组和SiO_(2)组,每组10只,SiO_(2)组采用吸入式气管滴注SiO_(2)悬液法构建硅沉着病模型。于第56天处死小鼠,采用实时荧光定量PCR法检测肺组织中IL-6、... 目的:探讨硅沉着病小鼠肺部和肠道菌群特征。方法:将20只雄性C57BL/6N小鼠随机分为对照组和SiO_(2)组,每组10只,SiO_(2)组采用吸入式气管滴注SiO_(2)悬液法构建硅沉着病模型。于第56天处死小鼠,采用实时荧光定量PCR法检测肺组织中IL-6、IL-1β、TNF-α、α-SMA、COL1A1和TGF-βmRNA的表达,采用Western blot法检测肺组织中α-SMA蛋白的表达;收集肺泡灌洗液和粪便样本,采用16S rDNA测序方法检测肺部和肠道菌群的丰度和α多样性。结果:与对照组相比,SiO_(2)组小鼠肺组织中IL-6、IL-1β、TNF-α、COL1A1、TGF-β、α-SMA mRNA表达水平和α-SMA蛋白表达水平均升高(P<0.05)。两组小鼠肺部和肠道菌群存在共同的差异菌群且变化相反,α多样性指标比较差异无统计学意义(P>0.05)。SiO_(2)组小鼠疣微菌门、阿克曼菌属和阿克曼菌等在肠道减少而在肺部增加(P<0.05)。结论:硅沉着病小鼠肺部和肠道菌群发生变化并影响硅沉着病的发生发展。 展开更多
关键词 硅沉着病 肺纤维化 肺部菌群 肠道菌群 16S rdna测序 小鼠
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贵州省黄精和多花黄精45S rDNA位点的分析
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作者 程靖雯 丁龙雨 +8 位作者 李沛铌 余珺 赵丹 张密密 王顺林 王文斌 王娟 武海燕 李鹏飞 《植物科学学报》 北大核心 2025年第4期494-501,共8页
本研究利用常规压片法和荧光原位杂交技术,分析黄精(Polygonatum sibiricum Red.)和多花黄精(P.cyrtonema Hua)的染色体核型及其45S rDNA的物理定位。结果显示:(1)黄精的核型公式为2n=2x=24=2m+8sm+14st(2SAT),核型属于3B型,具有2对45S ... 本研究利用常规压片法和荧光原位杂交技术,分析黄精(Polygonatum sibiricum Red.)和多花黄精(P.cyrtonema Hua)的染色体核型及其45S rDNA的物理定位。结果显示:(1)黄精的核型公式为2n=2x=24=2m+8sm+14st(2SAT),核型属于3B型,具有2对45S rDNA位点,分别位于3号染色体长臂和6号染色体短臂上。(2)多花黄精核型公式为2n=2x=22=6m+12sm(2SAT)+4st(2SAT),核型属于3B型,具有3对45S rDNA位点,分别位于1、5、10号染色体长臂上。本研究为黄精、多花黄精染色体核型和45S rDNA位点的数目、分布位置提供了新信息,有利于黄精属物种的遗传进化研究。 展开更多
关键词 黄精 多花黄精 染色体核型 荧光原位杂交 rdna
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基于16S rDNA和28S rDNA D2基因序列与形态特征联合分析的中国角顶叶蝉亚科系统发育研究(半翅目:叶蝉科)(英文) 被引量:4
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作者 戴仁怀 陈学新 李子忠 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第10期1055-1064,共10页
首次在国内利用28S rDNA D2区段和16S rDNA基因序列,结合50个形态特征对角顶叶蝉亚科(Deltocephalinae)[半翅目(Hemiptera):叶蝉科(Cicadellidae)]19个属进行系统发育分析研究。从无水乙醇浸泡保存的标本中提取基因组DNA并扩增了19个内... 首次在国内利用28S rDNA D2区段和16S rDNA基因序列,结合50个形态特征对角顶叶蝉亚科(Deltocephalinae)[半翅目(Hemiptera):叶蝉科(Cicadellidae)]19个属进行系统发育分析研究。从无水乙醇浸泡保存的标本中提取基因组DNA并扩增了19个内群和1种外群Typhlocybinae[半翅目(Hemiptera):叶蝉科(Cicadellidae)]种类的28S rDNA D2基因片段并测序,同时扩增了16SrDNA基因片段并测序11条,采用了GenBank中1个种类的16S rDNA同源序列。采用PAUP*4.0和MrBayes3.0两个分析软件和3种建树方法,利用同源28S D2 rDNA和16S rDNA两个基因序列与形态特征结合进行系统发育分析研究。分析结果表明,二叉叶蝉族Macrostelini是一个单系,并在角顶叶蝉亚科的系统发育中处于基部的位置,是内群中最原始的族;角顶叶蝉族Deltocephalini中除了纹翅叶蝉属Nakaharanus,其余各属构成单系;殃叶蝉族Euscelini内属的归属比较混乱,可能是一个并系群,属间差异有待进一步研究。隆额叶蝉族Paralimnini与顶带叶蝉族Athysanini是姐妹群。带叶蝉属Scaphoideus与纹翅叶蝉属Nakaharanus是姐妹群,二者与木叶蝉属Phlogotettix的关系最近,三者构成一个单系,建议将三者归为带叶蝉族Scaphoideini。研究结果还表明,小眼叶蝉族Xestocephalini和Balcluthini的系统发育位置不明,有待进一步研究。 展开更多
关键词 半翅目 叶蝉科 角顶叶蝉亚科 16Srdna 28S D2rdna 形态特征 系统发育
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以16S和16S—23S rDNA间区为靶区建立副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)PCR快速检测技术 被引量:4
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作者 邓先余 王智学 +1 位作者 陈晓艳 何建国 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期555-562,共8页
提要应用BLAST程序和DNAstar软件,比较分析了5株副溶血弧菌和其他细菌的16S—23S rDNA间区序列,选取IGSIA作为扩增靶区,结合相邻的16S rDNA序列,设计合成了一对特异性引物,通过优化扩增条件,建立了快速检测副溶血弧菌的PCR方法,对其特... 提要应用BLAST程序和DNAstar软件,比较分析了5株副溶血弧菌和其他细菌的16S—23S rDNA间区序列,选取IGSIA作为扩增靶区,结合相邻的16S rDNA序列,设计合成了一对特异性引物,通过优化扩增条件,建立了快速检测副溶血弧菌的PCR方法,对其特异性和敏感性进行了探讨,并初步进行了应用研究。结果表明,新建的PCR方法能特异性地扩增出大小为306bp和552bp的2条带,分别对应于副溶血弧菌的IGS0和IGSIA,检测灵敏度为5.6×102CFU/ml,半个工作日即可得到准确的结果,能有效检测出在杂色鲍、凡纳滨对虾和各种水质中的副溶血弧菌,适用于海洋水产动物副溶血弧菌病的早期快速诊断、水产品的检疫及水质环境的监测。 展开更多
关键词 副溶血弧菌 16S rdna 16S-23S rdna PCR检测 应用
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利用16S rDNA部分序列聚类分析鉴定乳球菌 被引量:7
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作者 付晓艳 霍贵成 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2005年第8期7-9,共3页
在表型鉴定的基础上,应用已发表的16S rDNA序列设计引物,扩增L.sp.F001菌株16S rDNA基因,并进行测序,将结果与同属及非同属的乳酸菌进行同源性比较。结果表明,L.sp.F001菌株与同属的乳酸乳球菌同源性为99%以上,尤其与乳酸乳球菌叶蝉亚种... 在表型鉴定的基础上,应用已发表的16S rDNA序列设计引物,扩增L.sp.F001菌株16S rDNA基因,并进行测序,将结果与同属及非同属的乳酸菌进行同源性比较。结果表明,L.sp.F001菌株与同属的乳酸乳球菌同源性为99%以上,尤其与乳酸乳球菌叶蝉亚种NC-DO 2181T同源性为100%,与不同属的肉明串珠菌、漫游球菌、嗜盐四联球菌同源性分别为77.0%,82.1%,78.2%。结论:菌株L.sp.F001为乳酸乳球菌。 展开更多
关键词 16S rdna 聚类分析 乳酸球菌 16Srdna 乳酸乳球菌 分析鉴定 序列设计 同源性比较 聚类
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16S rDNA技术在刺参养殖池塘水质生态调控中的应用
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作者 刘双连 刘永兴 +3 位作者 宋晓阳 李林晗 方珍 段盛文 《中国水产》 2025年第6期35-36,共2页
微生物检测法有利于改善水环境,也能在一定程度上增强刺参机体免疫力。在刺参养殖池塘中构建微生态系统,最基本的工作条件就是对池塘水体环境和底质环境中的微生物检测与监测。当前,传统的微生物检测方法已无法满足快速检测需要,16S rDN... 微生物检测法有利于改善水环境,也能在一定程度上增强刺参机体免疫力。在刺参养殖池塘中构建微生态系统,最基本的工作条件就是对池塘水体环境和底质环境中的微生物检测与监测。当前,传统的微生物检测方法已无法满足快速检测需要,16S rDNA基因测序技术较一代、二代等传统基因测序技术来说在微生物生态学、农业等多个领域的应用日益广泛。本文介绍了16S rDNA基因测序技术在刺参养殖池塘水质生态调控中的应用,以期为其将来在水产养殖细菌生态系统构建与水质控制领域的应用提供参考借鉴。 展开更多
关键词 刺参养殖 16S rdna技术 水质生态调控
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六斑月瓢虫模板DNA的制备及16SrDNA序列扩增 被引量:7
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作者 庞虹 《昆虫天敌》 CSCD 2001年第2期55-59,共5页
本文对酒精浸泡的六斑月瓢虫Menochilus sexmaculata Fabricius)标本进行基因组DNA的提取,用线粒体16 SrDNA引物扩增出长度约为500bp的PCR产物,为进一步开展瓢虫的分子系统学研... 本文对酒精浸泡的六斑月瓢虫Menochilus sexmaculata Fabricius)标本进行基因组DNA的提取,用线粒体16 SrDNA引物扩增出长度约为500bp的PCR产物,为进一步开展瓢虫的分子系统学研究打下基础。 展开更多
关键词 瓢虫科 六斑月瓢虫 PCR rdna 线粒体16Srdna序列 扩增
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12个竹种的45S rDNA和5S rDNA分布特性比较 被引量:4
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作者 徐川梅 王子晗 +4 位作者 谢峰 金旭胤 吴心妍 陈荣 黄坚钦 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第7期93-102,共10页
【目的】分析12个竹种的45S rDNA和5S rDNA分布特征,并调查这些竹种的染色体数目和结构,为竹类植物系统分类和染色体结构等研究提供相应的细胞遗传学资料,为相关的染色体识别提供相应的染色体物理标记。【方法】以毛竹、花毛竹、龟甲竹... 【目的】分析12个竹种的45S rDNA和5S rDNA分布特征,并调查这些竹种的染色体数目和结构,为竹类植物系统分类和染色体结构等研究提供相应的细胞遗传学资料,为相关的染色体识别提供相应的染色体物理标记。【方法】以毛竹、花毛竹、龟甲竹、早竹、金镶玉竹、白哺鸡竹、紫竹、斑竹、黄秆乌哺鸡竹、人面竹、大明竹和茶秆竹为材料,以45S rDNA和5S rDNA为探针,采用双色荧光原位杂交技术分析45S rDNA和5S rDNA在这些竹种染色体上的分布。【结果】1)12个竹种的染色体数目均为2 n=48,45S rDNA在12个竹种染色体上展现出一定的多态性分布。①毛竹、花毛竹、龟甲竹、早竹、黄秆乌哺鸡竹和斑竹均具有2个45S rDNA位点,且2个45S rDNA位点信号强度和分布位置表现一致。②茶秆竹、人面竹、白哺鸡竹和金镶玉竹也具有2个45S rDNA位点,其中1个位点较为稳定,位于染色体末端,另外1个位点断裂严重,经常脱离分布位置。③紫竹和大明竹具有2个45S rDNA位点,这对位点在信号强度上存在较大差异,特别是紫竹表现更明显。2)5S rDNA在12个竹种染色体上展现出了一定的多态性分布。①毛竹、花毛竹和龟甲竹的5S rDNA分布模式相似,具有2对信号强度不同的5S rDNA位点,其中1对5S rDNA位点信号很强,位于染色体末端,另外1对5S rDNA位点信号微弱,位于染色体近中间区域。②早竹、白哺鸡竹和黄秆乌哺鸡竹的5S rDNA分布模式较为相似,具有2对较强的5S rDNA信号,且2对信号强度差异不大,以成对形式位于2对同源染色体近中间区域。③金镶玉竹、紫竹和大明竹的5S rDNA分布模式比较特殊,均有3个位点,明显不对称,其中紫竹的3个5S rDNA位点,2个位于染色体末端,1个位于染色体近中间区域,金镶玉竹的3个5S rDNA,2个强弱不同的信号位于染色体中间,还有1个位于染色体末端,而大明竹的3个5S rDNA均位于染色体近中间区域。④斑竹与人面竹的5S rDNA分布模式非常相似,具有2对5S rDNA位点,且信号较弱,均位于染色体近中间区域。⑤茶秆竹具有1对较弱的5S rDNA位点,位于染色体短臂近着丝粒区域。【结论】1)根据45S rDNA和5S rDNA在金镶玉竹、紫竹、人面竹、白哺鸡竹、大明竹和茶秆竹染色体上的分布特征,推测这些竹种的染色体可能发生过断裂、易位、删除或插入等遗传重组。2)毛竹、花毛竹和龟甲竹3个竹种的45S rDNA和5S rDNA分布模式非常相似,该分布模式与3个竹种系统分类地位具有一定的一致性。 展开更多
关键词 竹类植物 染色体 荧光原位杂交 5S rdna 45S rdna
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家蚕幼虫中肠细菌群落多样性的PCR-DGGE和16S rDNA文库序列分析 被引量:57
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作者 相辉 李木旺 +3 位作者 赵勇 赵立平 张月华 黄勇平 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期222-233,共12页
采用基于16S rDNA的变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)和16S rDNA文库序列分析的手段,研究了重要经济昆虫家蚕Bombyxmori2个品系——专食性品系C108和广食性品系SCN2幼虫中肠内的细菌群落多样性,同时还... 采用基于16S rDNA的变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)和16S rDNA文库序列分析的手段,研究了重要经济昆虫家蚕Bombyxmori2个品系——专食性品系C108和广食性品系SCN2幼虫中肠内的细菌群落多样性,同时还探讨了食料对家蚕中肠内细菌群落结构的影响。文库序列分析表明,PCR扩增得到的16S rDNA基因代表了家蚕中肠内的41种细菌系统发育型(phylotype),大多数属于Proteobacteria,其次是Lactobacillales。此外,还有少数属于Deinococcus-Thermus、Bacillales、Clostridiales和Actinobacteria,尚有5种系统发育型不能确定其所属类型。家蚕的这2个品系中,肠球菌属Enterococcus是其中肠细菌的优势菌群,栖热菌属Thermus是次优势菌群。优势菌肠球菌属的组成在品系和不同食料喂养条件下有着一定的变化,无桑饲料喂养条件下SCN2品系中肠内还出现了新的次优势菌葡萄球菌(Staphylococcus)。DGGE图谱显示家蚕低龄幼虫和高龄幼虫肠道细菌格局存在差异,推测可能与其发育期生理状态的差异有关。本研究结果提示家蚕肠道特殊菌群的出现可能与其特殊的食性有一定的关系,食料改变、生长受阻后肠道微生态平衡也发生变化。 展开更多
关键词 家蚕 专食性 广食性 中肠细菌 变性梯度凝胶电泳 16S rdna文库分析
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应用16S rDNA序列探讨斑腿蝗科的单系性及其亚科的分类地位 被引量:22
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作者 刘殿锋 蒋国芳 +2 位作者 时号 孙正莉 霍光明 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期759-769,共11页
本文测定了斑腿蝗科10亚科20种蝗虫和其他蝗科3种蝗虫的线粒体16SrDNA部分序列,并从GenBank中下载了15种蝗亚目昆虫的16SrRNA基因相应序列片段。比对后的序列长度是397bp,其中有196个变异位点,157个简约信息位点,A+T平均含量为71.7%,C+... 本文测定了斑腿蝗科10亚科20种蝗虫和其他蝗科3种蝗虫的线粒体16SrDNA部分序列,并从GenBank中下载了15种蝗亚目昆虫的16SrRNA基因相应序列片段。比对后的序列长度是397bp,其中有196个变异位点,157个简约信息位点,A+T平均含量为71.7%,C+G平均含量为28.3%。以序列差异比值为横坐标,以碱基转换数和颠换数为纵坐标作散点图,结果表明颠换多于转换,且随着差异程度的增加,转换明显出现了饱和。以蚱总科的日本蚱Tetrixjaponica和卡尖顶蚱Teredoruscarmichaeli作外群,用ME、等权MP、加权MP及贝叶斯法重建系统发生树。分子系统树表明,斑腿蝗科并非是一单系群,该科的切翅蝗亚科与稻蝗亚科也均不是一单系群;卵翅蝗、伪稻蝗和稻蝗三者有很近的亲缘关系;支持将黑蝗亚科和秃蝗亚科合为一个亚科——秃蝗亚科;现行的稻蝗亚科并非一单系群,而是一多系群。分子系统学研究结果和传统的基于形态特征的斑腿蝗科的分类体系有很大的不同。 展开更多
关键词 蝗亚目 斑腿蝗科 16S rdna 单系性 系统发生 分类地位
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天目山毛竹入侵阔叶林后土壤细菌群落16S rDNA V3区片段PCR的DGGE分析 被引量:46
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作者 王奇赞 徐秋芳 +1 位作者 姜培坤 秦华 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期662-669,共8页
天目山国家级自然保护区是公认的基因库。毛竹入侵天然林并替代原天然林,导致地上植物多样性下降。为了解毛竹入侵天然林后地下土壤微生物多样性的变化,分别采集了毛竹纯林、竹阔混交林和原始天然阔叶林下的土壤样品,应用建立于16S rDNA... 天目山国家级自然保护区是公认的基因库。毛竹入侵天然林并替代原天然林,导致地上植物多样性下降。为了解毛竹入侵天然林后地下土壤微生物多样性的变化,分别采集了毛竹纯林、竹阔混交林和原始天然阔叶林下的土壤样品,应用建立于16S rDNA V3区片段的变性梯度凝胶电泳(DGGE)和克隆测序比对来研究土壤细菌结构的变化。结果表明,3块林地土壤16S rDNA V3区片段高达30条以上,不同林分下土壤16SrDNAV3区片段的DGGE带谱差异不大,但各有特征条带。毛竹林与阔叶林土壤的细菌结构相似度高于其与竹阔混交林的相似度。通过DGGE条带的克隆测序比对发现,调查区土壤细菌主要属于变形菌门(Proteobacterium)、厚壁菌门(Firmicutes)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线细菌属(Actinobacterium)和一些未命名的菌种,并且多数属无法纯培养的物种。本试验结论为:天目山自然保护区内土壤细菌多样性丰富,不同林分下的土壤细菌有各自的特征种,但非优势种;毛竹入侵未导致土壤细菌结构以及多样性发生显著变化。 展开更多
关键词 天目山 毛竹入侵 土壤 细菌 16S rdna DGGE
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我国部分兰属植物菌根真菌rDNA ITS序列分析 被引量:24
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作者 李潞滨 胡陶 +4 位作者 唐征 庄彩云 刘振静 杨凯 彭镇华 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第2期160-164,共5页
rDNA internal transcribed spacer analysis(rDNA ITS)was used to study diversity of 12 representative mycorrhizal Rhizoctonia strains,which were isolated from Chinese orchids(Cymbidium)distributed in different sites and... rDNA internal transcribed spacer analysis(rDNA ITS)was used to study diversity of 12 representative mycorrhizal Rhizoctonia strains,which were isolated from Chinese orchids(Cymbidium)distributed in different sites and belonged to different ecologic types.The Blast results indicated that all these strains belonged to Epulorhiza or Tulasnella,which was fully consistent with identification as Epulorhiza with morphological method.Additionally,based on rDNA ITS sequence cluster analysis,dendrogram of Cymbidium mycorrhizal strains showed that the distributed environments and orchids species were two crucial factors that affected the specificity-relation between Chinese orchids(Cymbidium)symbiotic mycorrhizae and hosts. 展开更多
关键词 兰属植物 菌根真菌 rdna ITS分析 瘤菌根菌 胶膜菌属
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45SrDNA和5SrDNA在南瓜、丝瓜和冬瓜染色体上的比较定位 被引量:32
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作者 徐延浩 杨飞 +3 位作者 程有林 马璐 王建波 李立家 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2007年第5期614-620,共7页
首次利用荧光原位杂交和双色荧光原位杂交技术对45S和5SrDNA在南瓜(Cucurbita moschata Duch)、丝瓜(Luffa cylindrical Roem)、冬瓜(Benincasa hispida Cogn)的有丝分裂中期染色体上进行了物理定位分析。南瓜有5对45SrDNA位点,2对5SrDN... 首次利用荧光原位杂交和双色荧光原位杂交技术对45S和5SrDNA在南瓜(Cucurbita moschata Duch)、丝瓜(Luffa cylindrical Roem)、冬瓜(Benincasa hispida Cogn)的有丝分裂中期染色体上进行了物理定位分析。南瓜有5对45SrDNA位点,2对5SrDNA位点;丝瓜具有5对45SrDNA位点,1对5SrDNA位点;冬瓜具有2对45SrDNA位点,1对5SrDNA位点,5SrDNA位点与其中一对45SrDNA位点都位于7号染色体短臂上,并在物理位置上紧密相邻。45SrDNA在这3种作物染色体上数目变化较大,但在染色体上都倾向分布在短臂末端,其分布模式较为一致。5SrDNA在这3种作物染色体上数目相对保守,但在染色体上分布的位置变化较大。文中讨论了45SrDNA和5SrDNA在植物基因组中不同的进化趋势。 展开更多
关键词 葫芦科 荧光原位杂交 rdna 核型进化
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三种稻飞虱体内类酵母共生菌18S rDNA和ITS-5.8S rDNA序列克隆及进化分析 被引量:1
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作者 周岩岩 董胜张 +1 位作者 白旭 俞晓平 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期482-487,共6页
为研究水稻3种主要害虫灰飞虱Laodelphax striatellus、褐飞虱Nilaparvata lugens和白背飞虱Sogatella furcifera体内类酵母共生菌(yeast-like symbiotes,YLS)的种属地位及与寄主的进化关系,测定了其体内YLS的18S rDNA及ITS-5.8Sr DNA... 为研究水稻3种主要害虫灰飞虱Laodelphax striatellus、褐飞虱Nilaparvata lugens和白背飞虱Sogatella furcifera体内类酵母共生菌(yeast-like symbiotes,YLS)的种属地位及与寄主的进化关系,测定了其体内YLS的18S rDNA及ITS-5.8Sr DNA的全长序列。基于3种稻飞虱体内YLS的18SrDNA序列比对表明,褐飞虱YLS和白背飞虱YLS的一致性比其与灰飞虱YLS的高(褐飞虱YLS和白背飞虱YLS为98.91%,灰飞虱YLS和褐飞虱YLS为95.74%,灰飞虱YLS和白背飞虱YLS为96.02%),而基于ITS-5.8SrDNA序列比对,灰飞虱YLS和白背飞虱YLS的一致性比其与褐飞虱YLS的要高(白背飞虱YLS和灰飞虱YLS为99.57%,灰飞虱YLS和褐飞虱YLS为91.91%,白背飞虱YLS和褐飞虱YLS为90.46%)。基于真菌18SrDNA和ITS-5.8SrDNA的系统发育树均表明,3种稻飞虱体内YLS与其他已知真菌进化关系较远。本研究证实了昆虫真菌类共生菌与寄主形成了长期的进化关系,从而形成了不同于已知真菌的分类地位。 展开更多
关键词 稻飞虱 灰飞虱 褐飞虱 白背飞虱 酵母类共生菌 18Srdna ITS-5.8S rdna 系统发育分析
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利用16S rDNA结合gyrA和gyrB基因对生防芽孢杆菌R31的快速鉴定 被引量:57
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作者 喻国辉 牛春艳 +2 位作者 陈远凤 陈燕红 杨紫红 《中国生物防治》 CSCD 北大核心 2010年第2期160-166,共7页
克隆16S rDNA、DNA促旋酶A亚基编码基因gyrA和B亚基编码基因gyrB对分离自石斛兰(Dendrobiumsp.)叶片的广谱抗真菌生防芽孢杆菌R31进行鉴定。首先通过生理生化测定和克隆16S rDNA序列,分析显示其属于芽孢杆菌属(Bacillus),但不能准确鉴... 克隆16S rDNA、DNA促旋酶A亚基编码基因gyrA和B亚基编码基因gyrB对分离自石斛兰(Dendrobiumsp.)叶片的广谱抗真菌生防芽孢杆菌R31进行鉴定。首先通过生理生化测定和克隆16S rDNA序列,分析显示其属于芽孢杆菌属(Bacillus),但不能准确鉴定到种;然后分别利用克隆的gyrA基因和gyrB基因以及其BLAST分析结果构建系统发育树,最终将该菌株确定为枯草芽孢杆菌(B.subtilis)。结果显示利用16S rDNA与gyrA基因组合可以快速鉴定枯草芽孢杆菌,利用16S rDNA与gyrB基因组合可以快速鉴定枯草芽孢杆菌及其近缘种。 展开更多
关键词 芽孢杆菌 16S rdna GYRA基因 gyrB基因 鉴定
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16S rDNA测序快速鉴定废水生物处理系统目标细菌 被引量:23
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作者 李永峰 任南琪 +3 位作者 杨传平 陈瑛 郑国香 胡立杰 《哈尔滨工程大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2005年第6期806-810,共5页
在废水生物处理系统中建立分子生物学技术快速鉴定有关微生物,具有十分重要的意义.以发酵法生物制氢系统的活性污泥分离培养的厌氧发酵细菌为研究对象,采用16S rDNA碱基测序分子生物学技术,通过生物信息学数据库NCBI将DNA序列输入、比对... 在废水生物处理系统中建立分子生物学技术快速鉴定有关微生物,具有十分重要的意义.以发酵法生物制氢系统的活性污泥分离培养的厌氧发酵细菌为研究对象,采用16S rDNA碱基测序分子生物学技术,通过生物信息学数据库NCBI将DNA序列输入、比对,可以直接鉴定从废水生物处理系统中分离培养的细菌进行种属科的系统发育学地位的判定,从而简化了细菌鉴定程序.通过16S rDNA测序技术,进行了分离产氢细菌的分子生物学鉴定,发现生物制氢厌氧活性污泥中所分离的细菌可能存在的菌属有:Lactobacillus,Clostridium,Klebsiella,Propionibacter-ium和可能新发现的1个新属Biohydrogenbacterium等5个菌属的菌种,其中新属Biohydrogenbacterium的菌种都以利用碳水化合物生产氢气为其主要特征.16S rDNA测序技术为废水生物处理系统的细菌学研究提供了方便、准确和经济的技术基础. 展开更多
关键词 废水生物处理 16S rdna测序 目标细菌 生物信息学技术 分子鉴定
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应用16S rDNA克隆文库技术研究长期稻草还田对水稻土细菌多样性的影响 被引量:21
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作者 王霞 陈哲 +4 位作者 袁红朝 吴敏娜 魏文学 吴金水 秦红灵 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第14期3865-3874,共10页
利用中国科学院桃源农业生态试验站施肥制度长期定位试验田对照(CK)和稻草还田(OM)施肥处理的土壤样品,应用16S rDNA克隆文库技术直接提取土壤微生物总DNA,分别构建细菌16S rDNA克隆文库,并进行序列测定和分析。结果表明,与对照(CK)相比... 利用中国科学院桃源农业生态试验站施肥制度长期定位试验田对照(CK)和稻草还田(OM)施肥处理的土壤样品,应用16S rDNA克隆文库技术直接提取土壤微生物总DNA,分别构建细菌16S rDNA克隆文库,并进行序列测定和分析。结果表明,与对照(CK)相比,稻草还田(OM)后土壤细菌群落结构发生了显著改变,土壤细菌多样性和均匀度均有所降低。对照(CK)和稻草还田(OM)两个施肥处理的优势种群均为变形菌,酸杆菌次之;稻草还田减少了变形菌、疣微菌、绿弯菌和绿菌的分布,而增加了硝化螺旋菌的分布。16S rDNA系统发育分析则表明,稻草还田对酸杆菌群落结构影响最大,其次是疣微菌和δ-变形菌。 展开更多
关键词 16S rdna 水稻土 长期施肥 细菌多样性 系统发育分析
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养殖鱼类链球菌病病原的分离鉴定及其16S rDNA分析 被引量:31
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作者 周素明 李安兴 +1 位作者 马跃 刘瑞明 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期68-71,共4页
从患病的海水网箱养殖鱼中分离到5株链球菌,分别命名为HD-1、HD-2、HD-3、HD-4和HD-50。常规生化结果表明,其中4株即HD-1、HD-2、HD-3和HD-4为海豚链球菌(Streptococcus iniae);另外1株即HD-50为停乳链球菌(Streptococcus dysgalactiae... 从患病的海水网箱养殖鱼中分离到5株链球菌,分别命名为HD-1、HD-2、HD-3、HD-4和HD-50。常规生化结果表明,其中4株即HD-1、HD-2、HD-3和HD-4为海豚链球菌(Streptococcus iniae);另外1株即HD-50为停乳链球菌(Streptococcus dysgalactiae)。分别对上述分离菌株的16S rDNA进行PCR扩增和测序,并与NC-BI中收录的其它链球菌的16S rDNA序列一起进行聚类分析并构建了系统发生树,确定其分类地位。分子分析结果与生化鉴定结果一致。攻毒实验表明以上4株S.iniae均能引起罗非鱼发病,呈现典型的链球菌病症状,并能从发病的罗非鱼脑、心、肝肾和血液中成功回收S.iniae。以上生化和分子生物学鉴定以及罗非鱼攻毒实验结果表明养殖鱼类链球菌病的主要病原为S.iniae,这与国外有关鱼类链球菌病病原的研究报道一致。 展开更多
关键词 链球菌病 16S rdna 海豚链球菌 系统发生树
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