棉花纤维品质SNP标记研究进展

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作者 冯常辉 李林 +4 位作者 张友昌 王琼珊 张教海 王孝刚 夏松波 《湖北农业科学》 2024年第S1期5-9,13,共6页

综述了近10年来基于连锁分析和关联分析的棉花主要纤维品质性状相关SNP标记鉴定的研究进展。QTL定位和分析的研究结果显示,QTL簇、一因多效位点以及QTL互作是纤维品质性状遗传的重要特点。在棉花纤维品质性状上精细定位的QTL和基因数量... 综述了近10年来基于连锁分析和关联分析的棉花主要纤维品质性状相关SNP标记鉴定的研究进展。QTL定位和分析的研究结果显示,QTL簇、一因多效位点以及QTL互作是纤维品质性状遗传的重要特点。在棉花纤维品质性状上精细定位的QTL和基因数量不足以开展优质棉全基因组分子设计育种。随着新一代测序技术的发展应用,利用SNP标记增加遗传图谱标记密度可为棉花纤维品质QTL精细定位以及优异等位基因挖掘提供有利条件。在分子标记辅助育种中,与表型贡献大、稳定的QTL紧密连锁的SNP标记一般可以提高优良纤维品质性状选择的准确性和效率。SNP标记在棉花分子设计育种上深入应用将缩短优质高产棉花新品种的培育周期。 展开更多

关键词 棉花 单核苷酸多态性(SNP)标记 数量性状位点 纤维品质

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基于SNP标记的玉米株高及穗位高QTL定位 被引量：52

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作者 郑德波 杨小红 +4 位作者 李建生 严建兵 张士龙 贺正华 黄益勤 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期549-556,共8页

为进一步明确玉米株高和穗位高的遗传机制,为育种生产提供服务,本研究以K22×CI7、K22×Dan340的F2群体为作图群体,利用覆盖玉米10条染色体的SNP标记构建了2个连锁图谱。并将这2个F2群体衍生的分别含237和218个家系的F2:3群体... 为进一步明确玉米株高和穗位高的遗传机制,为育种生产提供服务,本研究以K22×CI7、K22×Dan340的F2群体为作图群体,利用覆盖玉米10条染色体的SNP标记构建了2个连锁图谱。并将这2个F2群体衍生的分别含237和218个家系的F2:3群体用于田间性状的鉴定。用复合区间作图模型对2个群体的株高、穗位高表型进行QTL定位分析。结果显示,在广西南宁和湖北武汉两种环境条件下共定位到21个株高QTL和27个穗位高QTL;单个QTL表型变异贡献率的变幅为4.9%～17.9%;株高和穗位高QTL的作用方式以加性和部分显性为主;第7染色体上可能存在控制株高和穗位高的主效QTL。 展开更多

关键词 SNP 数量性状位点(QTL) 连锁图谱 株高 穗位高 玉米

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高粱千粒重全基因组关联分析和候选基因预测 被引量：2

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作者 邹桂花 丁延庆 +5 位作者 徐建霞 曹宁 陈合云 刘合芹 郑学强 张立异 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期2124-2136,共13页

千粒重是作物产量构成的三要素之一。增加粒重是提高作物产量的重要途径。为阐明高梁千粒重的遗传机理,本试验以主要来自于我国16个高粱种植省份的242份高粱品种(系)组成的关联群体为研究材料,借助覆盖全基因组的2015850个高质量SNPs标... 千粒重是作物产量构成的三要素之一。增加粒重是提高作物产量的重要途径。为阐明高梁千粒重的遗传机理,本试验以主要来自于我国16个高粱种植省份的242份高粱品种(系)组成的关联群体为研究材料,借助覆盖全基因组的2015850个高质量SNPs标记,采用多位点分析软件mrMLM 4.0 R软件包中的mrMLM、FASTmrMLM、FASTmrEMMA、ISIS EM-BLASSO、pLARmEB、pKWmEB 6种模型,对2018—2020年贵州贵阳、浙江杭州、海南乐东、海南陵水3年4点7个环境的高梁千粒重进行全基因组关联分析。结果表明,7个环境的高梁千粒重均表现连续正态分布,呈现明显的数量性状遗传特性,变异范围于10~50 g之间。利用6个模型共检测到323个与千粒重显著关联的数量性状核苷酸位点(QTNs),这些位点不均匀地分布在10条染色体上。单个QTN可解释0.4%~26.6%的表型变异。不同模型检测到的位点数目不同,FASTmrMLM模型最多,然后依次是pKWmEB模型、pLARmEB模型、mrMLM模型、ISIS EM-BLASSO模型和FASTmrEMMA模型。合并共同QTNs后得到96个显著影响千粒重的QTNs,其中4个QTNs与前人报道的高粱基因位点重叠,另有4个QTNs包含与水稻中克隆的粒重相关基因qGW7/GL7、BG2、OsARF4、RSR1、TGW6等同源的基因。本研究结果为探究高粱千粒重性状分子遗传机理和高粱分子设计育种提供了科学依据。 展开更多

关键词 高粱 千粒重 多位点全基因组关联分析 数量性状核苷酸(qtns) 候选基因

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利用双向回交导入系定位水稻苗期耐亚铁毒和锌毒的QTL 被引量：2

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作者 张建 Aijaz Ahmed SOOMRO +5 位作者 柴路 崔彦茹 王小倩 郑天清 徐建龙 黎志康 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第10期1754-1765,共12页

铁和锌是水稻生长必需的微量元素,但在低洼或酸性土壤中,过量的二价铁和锌对水稻生长具毒害作用,最终造成生物量和产量下降。为探讨水稻苗期耐亚铁毒、锌毒的遗传机制,利用优质粳稻品种Lemont和高产籼稻品种特青为亲本构建的高代双向回... 铁和锌是水稻生长必需的微量元素,但在低洼或酸性土壤中,过量的二价铁和锌对水稻生长具毒害作用,最终造成生物量和产量下降。为探讨水稻苗期耐亚铁毒、锌毒的遗传机制,利用优质粳稻品种Lemont和高产籼稻品种特青为亲本构建的高代双向回交导入系和308个在染色体上均匀分布的SNP标记剖析耐亚铁毒、锌毒相关的QTL。从双向导入系共检测到42个影响耐亚铁毒、锌毒相关性状如苗高、苗干重、根干重以及胁迫与对照相对值的QTL,多数位点增强亚铁毒、锌毒抗性的有利等位基因来自Lemont。其中同时在2个背景下表达的QTL有4个,占定位QTL总数的9.52%,说明大多数QTL的表达具有明显的遗传背景效应。同一遗传背景下同时影响耐亚铁毒和锌毒的QTL有9个,其中QSdw5在2个背景中均被检测到,其效应大小和方向一致,说明水稻苗期耐亚铁毒、锌毒之间存在遗传重叠位点。因此,通过分子标记辅助选择从Lemont中导入或聚合有利的遗传重叠区域,可以提高特青对亚铁毒、锌毒的抗性水平。 展开更多

关键词 耐亚铁毒害 耐锌毒害 QTL SNP 水稻

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玉米苗期耐盐性状的QTL分析 被引量：1

5

作者 张宁 李冬冬 +4 位作者 陈阳松 任蒙蒙 王瑞 张凌霄 郑军 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期1536-1542,共7页

为探究玉米苗期耐盐性状的遗传调控机理,以耐盐的热带自交系CML298与盐敏感的温带自交系Zong31构建得到200份F2:3家系的初定位群体为试验材料,结合Illumina Maize 6K芯片获取相应的基因型数据,通过调查苗期盐胁迫处理前后的株高比率(SHR... 为探究玉米苗期耐盐性状的遗传调控机理,以耐盐的热带自交系CML298与盐敏感的温带自交系Zong31构建得到200份F2:3家系的初定位群体为试验材料,结合Illumina Maize 6K芯片获取相应的基因型数据,通过调查苗期盐胁迫处理前后的株高比率(SHR)、株高差值(SHD)、鲜重比率(SFWR)、鲜重差值(SFWD)4个耐盐指标,对玉米苗期的耐盐性进行评价。结果表明,共检测到2个与SHR相关的QTL位点q SHR4、q SHR8,分别解释7.08%和9.40%的表型变异;2个与SHD相关的QTL位点q SHD4、q SHD8,分别解释7.87%、9.21%的表型变异;3个与SFWR相关的QTL位点q SFWR3-1、q SFWR3-2和q SFWR9,分别解释6.15%、11.14%和6.27%的表型变异;2个与SFWD相关的QTL位点q SFWD4与q SFWD7,分别解释6.89%和6.04%的表型变异。其中,在第4号染色体129 c M位置与第8号染色体8c M位置都定位到了与SHR、SHD相关的QTL位点。本研究结果为玉米苗期耐盐相关基因的挖掘奠定了理论基础。 展开更多

关键词 玉米 耐盐性 QTL SNP

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猪肉pHI和pHU相关SNP-QTL检测

6

作者 蒋隽 马海明 +3 位作者 柳小春 黄生强 何俊 张细权 《湖南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期203-205,共3页

以1个丹麦家猪家系为试验材料，对猪全基因组单核苷酸多态性（SNP）标记筛选与猪肉pHI和pHU值有关的QTL．结果发现在6号染色体上存在一个显著影响pHI和pHU值的QTL，与pHI显著相关的QTL的效应为2．6％～8．5％，其中单倍型FLJ30670的贡... 以1个丹麦家猪家系为试验材料，对猪全基因组单核苷酸多态性（SNP）标记筛选与猪肉pHI和pHU值有关的QTL．结果发现在6号染色体上存在一个显著影响pHI和pHU值的QTL，与pHI显著相关的QTL的效应为2．6％～8．5％，其中单倍型FLJ30670的贡献率最高，为8．5％，与pHU显著相关的QTL中效应为2．1％~4．3％，都低于pHI有关的效应，其中效应最大的单倍型为FUT1，贡献率为4．3％，估计是猪肉24h酸度变化受外界其他因素的影响更多． 展开更多

关键词 猪肉 pH值 单核甘酸多态性 数量性状位点

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利用SNP高密度遗传连锁图谱定位甘蓝型油菜种子硫苷含量的QTL(英文) 被引量：7

7

作者 荐红举 魏丽娟 +3 位作者 李加纳 徐新福 谌利 刘列钊 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第8期1386-1391,共6页

种子硫苷在甘蓝型油菜中有着重要的生物学作用和经济价值。本文旨在通过复合区间作图法利用高密度SNP 遗传连锁图谱定位种子硫苷的 QTL。用近红外扫描获得种子硫苷含量,每株系扫描3次,取平均值。所用的高密度SNP遗传图谱包含2795个SNP... 种子硫苷在甘蓝型油菜中有着重要的生物学作用和经济价值。本文旨在通过复合区间作图法利用高密度SNP 遗传连锁图谱定位种子硫苷的 QTL。用近红外扫描获得种子硫苷含量,每株系扫描3次,取平均值。所用的高密度SNP遗传图谱包含2795个SNP多态性标记位点,图谱总长1832.9 cM,相邻标记间平均距离为0.66 cM。定位了2年的种子硫苷含量QTL,其中有5个QTL在2年内被重复检测到,分别分布在A03、A09和C02染色体上, LOD阈值在2.90～10.40之间。这些QTL在2011和2012年试验中分别解释了56.9%和55.1%的表型变异。另外有5个QTL仅在其中一年被检测到,这些QTL能够解释4.1%～7.9%的表型变异, QTL阈值在2.53～3.83之间。 展开更多

关键词 甘蓝型油菜 单核苷酸多态性 数量性状位点 种子硫苷含量

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刺参(Apostichopus japonicus)重要经济性状相关SNP标记的验证分析 被引量：6

8

作者 刘安然 廖梅杰 +5 位作者 李彬 王印庚 荣小军 张正 范瑞用 陈贵平 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2019年第1期101-109,共9页

本研究在前期构建的刺参(Apostichopus japonicus)高密度遗传连锁图谱和QTL分析的基础上,筛选出26个与体长、体重、体宽、棘刺总数、抗病力相关的SNP位点,设计出可用于HRM检测的SNP扩增引物13对。在扩大群体中利用HRM小片段法对这13个... 本研究在前期构建的刺参(Apostichopus japonicus)高密度遗传连锁图谱和QTL分析的基础上,筛选出26个与体长、体重、体宽、棘刺总数、抗病力相关的SNP位点,设计出可用于HRM检测的SNP扩增引物13对。在扩大群体中利用HRM小片段法对这13个刺参重要经济性状相关的候选SNP位点进行分型和多态性检测,并结合扩大群体的相关性状数据进行了QTL位点验证。多态性结果显示,13个位点中有3个单态性位点,其余10个多态性位点中有3个位点为低等位多态性,7个位点为中等位多态性。10个多态性位点的最小等位基因频率(MAF)介于0.016(SNP113)～0.332(SNP160)之间,平均值为0.173;各位点的观测杂合度(Ho)介于0.031(SNP113)～0.818(SNP9)之间,平均值为0.433;期望杂合度(H_o)介于0.031(SNP113)～0.834(SNP9)之间,平均值为0.402;多态信息含量(PIC)介于0.030(SNP113)～0.393(SNP160)之间,平均为0.248,有6个位点偏离HardyWeinberg平衡。QTL验证结果表明,SNP40和SNP160位点为与生长(体长、体重、体宽)相关的位点,各位点的优势基因型分别为SNP40(CC)和SNP160(AA);SNP88、SNP112和SNP126这3个位点为与抗病力相关的位点,各位点的优势基因型为SNP88(CC)、SNP112(AA)和SNP126(TT)。基于这5个位点构建生长和抗病二倍型,发现二倍型K_1(CC AA TT)抗病力最强,S_1(CC AA)、S_3(CC AC)在生长方面优势显著,相关研究结果可为分子标记辅助育种在生产中应用提供基础数据。 展开更多

关键词 刺参 QTL位点 SNP 高分辨率熔解曲线 验证

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全基因组关联分析SGRQ遗传变异与吸烟的关系(英文) 被引量：1

9

作者 郝心颖 朱军 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期431-439,共9页

慢性阻塞性肺病作为人类第四大疾病,它的遗传倾向和性别影响一直是热门话题,而吸烟被认为是肺疾病的主要危险因素.本文基于从dbGaP下载的数据,运用我们提出的混合线性模型方法和关联分析软件QTLNetwork,分析了慢性阻塞性肺病复杂性状的... 慢性阻塞性肺病作为人类第四大疾病,它的遗传倾向和性别影响一直是热门话题,而吸烟被认为是肺疾病的主要危险因素.本文基于从dbGaP下载的数据,运用我们提出的混合线性模型方法和关联分析软件QTLNetwork,分析了慢性阻塞性肺病复杂性状的遗传变异.运用全基因组关联条件定位的方法,检测到与吸烟无关的8个基因(CSMD1,CAPN8,TNS1,LOC643037,LRFN2,DGKH,FOXL1,DNAH11)、被吸烟诱导的6个基因(CSMD1,CNTNAP5,DGKH,MACROD2,CNIH3,DNAH11)和被吸烟抑制的5个基因(GSDMC,DGKH,LINC00426,METTL4,BMP2)及1对上位基因(CSMD1,LOC643037).其中,具有显著的高遗传性的基因有TNS1,DGKH,MACROD2,CNIH3,LINC00426,METTL4和GSDMC.讨论了吸烟及性别对SGRQ疾病基因表达的影响. 展开更多

关键词 慢性阻塞性肺病 全基因组关联分析 混合线性模型 条件基因定位 数量性状单核苷酸多态性

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吸烟和性别对身体质量指数遗传结构的影响(英文) 被引量：2

10

作者 张斌 朱军 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期421-430,共10页

采用基于混合线性模型的关联分析方法,检测了身体质量指数(BMI)的相关基因及其相互作用,分析了吸烟和性别对身体质量指数的影响.研究的基因型和表型数据取自慢性阻塞性肺病研究数据库.结果检测到与身体质量指数有关的20个基因以及2对上... 采用基于混合线性模型的关联分析方法,检测了身体质量指数(BMI)的相关基因及其相互作用,分析了吸烟和性别对身体质量指数的影响.研究的基因型和表型数据取自慢性阻塞性肺病研究数据库.结果检测到与身体质量指数有关的20个基因以及2对上位性基因,并发现了受吸烟影响及与性别有关的特定基因及其作用方式.检测到与吸烟无关的9个基因,对BMI有较大影响(遗传率为31.23%),并且影响肥胖、糖尿病等7种疾病.吸烟导致的5个基因都能增加BMI,但并不导致肥胖、糖尿病等疾病.生物信息学分析揭示了与身体质量指数相关的基因存在复杂的遗传网络.研究结果表明,吸烟等生活行为的个性化检测对肥胖等复杂疾病的预防及治疗至关重要. 展开更多

关键词 慢性阻塞性肺病 全基因组关联分析 混合线性模型 条件分析 数量性状单岳苷酸多态性 身体质量指教

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利用单核苷酸多态性标记定位玉米叶夹角主效QTL

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作者 张沁斌 秦永田 +3 位作者 许蒙蒙 陈永强 李卫华 付志远 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期157-160,共4页

对EMS诱变获得的平展叶夹角突变体M 87-1的遗传规律进行了标记分析。结果表明,在豫82背景影响下,M 87-1与豫82组配的分离群体的叶夹角表现典型的数量性状遗传。在3 072个单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNPs)标记中,... 对EMS诱变获得的平展叶夹角突变体M 87-1的遗传规律进行了标记分析。结果表明,在豫82背景影响下,M 87-1与豫82组配的分离群体的叶夹角表现典型的数量性状遗传。在3 072个单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNPs)标记中,共检测到1 254个SNPs在双亲间存在多态性。通过简化的数量性状位点(Quantitative trait locus,QTLs)分析方法,对BC1((豫82×M 87-1)×M 87-1)分离群体的叶夹角性状进行遗传定位,共检测到3个主效QTLs,分别位于第1,2,7染色体上,其中位于第7染色体上的QTL与叶夹角表型拟合程度最高,可能包含EMS诱变的突变位点。 展开更多

关键词 玉米 叶夹角 主效QTL 单核苷酸多态性

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