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DNA实验室人源性DNA污染TaqMan qPCR检测方法的建立及应用
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作者 沈高芳 周咏松 +4 位作者 张健球 嵇世有 吴应锋 尚昊 朱波峰 《法医学杂志》 北大核心 2025年第1期66-73,共8页
目的基于实时定量PCR(real time quantitative PCR,qPCR)技术,建立一种灵敏度高、特异性好的人源性DNA检测方法,以实现对DNA实验室中潜在DNA污染源的快速检测。方法以人18S rRNA基因的参考序列为模板,用Primer ExpressTM设计引物和探针... 目的基于实时定量PCR(real time quantitative PCR,qPCR)技术,建立一种灵敏度高、特异性好的人源性DNA检测方法,以实现对DNA实验室中潜在DNA污染源的快速检测。方法以人18S rRNA基因的参考序列为模板,用Primer ExpressTM设计引物和探针,用矩阵法筛选最优引物-探针组合。用人18S rRNA基因靶标序列的PCR扩增产物构建质粒,并用质粒标准品绘制qPCR体系的标准曲线。参照《实时定量PCR实验发表的最少信息要求指南》(the MIQE guidelines)要求,评估qPCR体系的特异性、灵敏度、重复性及应用效果。结果建立的qPCR体系的分析灵敏度为5.3×10^(-5) ng/μL,对人源性DNA样本具有较好的特异性。qPCR体系的相关系数为-0.999,扩增效率为100%,批次内和批次间变异系数均小于2%。结论建立的人源性DNA qPCR检测方法的特异性好、灵敏度高、稳定性好,可用于DNA实验室污染的快速检测和实验室环境中累积的人源性DNA的日常监控。 展开更多
关键词 法医遗传学 DNA污染 实验室 实时定量pcr(qpcr) TAQMAN探针 法医DNA分析
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基于核酸适配体的SYBR Green I qPCR法检测鳗弧菌(Vibrio anguillarum)
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作者 谭英 赵玲敏 +5 位作者 翁齐彪 黄力行 鄢庆枇 黄将远 白月 郑江 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期942-950,共9页
鳗弧菌(Vibrio anguillarum)可感染鲈鱼、鳗鲡等多种水产养殖动物,是水产养殖中的重要病原菌,对其进行快速检测是病害防控的基础。利用鳗弧菌与其核酸适配体间较强的亲和特异性,通过核酸适配体来识别、结合鳗弧菌,然后以结合的核酸适配... 鳗弧菌(Vibrio anguillarum)可感染鲈鱼、鳗鲡等多种水产养殖动物,是水产养殖中的重要病原菌,对其进行快速检测是病害防控的基础。利用鳗弧菌与其核酸适配体间较强的亲和特异性,通过核酸适配体来识别、结合鳗弧菌,然后以结合的核酸适配体为模板,进行SYBR Green I实时荧光定量PCR(qPCR)扩增,通过Ct值来定量检测鳗弧菌的浓度,从而建立了鳗弧菌的适配体-qPCR定量检测方法。从特异性、标准曲线、灵敏度、重复性和应用效果对该方法进行分析,表明该方法具有很强的特异性,能特异性地扩增鳗弧菌,且对哈维氏弧菌、溶藻弧菌、变形假单胞菌、大肠杆菌、嗜水气单胞菌和迟钝爱德华氏菌均无扩增;在10^(3)~10^(11) CFU/L的检测范围内有较好的线性关系,可用于鳗弧菌的定量检测;同时,该方法有较高的灵敏度和稳定性,其最低检测限为10^(3) CFU/L,组内和组间变异系数分别小于0.17%和1.98%;最后采用该方法对鱼体组织样品进行了应用检测,证明了该方法具有较好的可行性和应用性,可用于水产品或食品中鳗弧菌的定量检测。 展开更多
关键词 鳗弧菌 核酸适配体 实时荧光定量pcr 检测限
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猫传染性腹膜炎病毒SYBR Green实时荧光定量PCR检测方法的建立与临床应用
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作者 李星颖 谢梓民 +11 位作者 原耀贤 孙铭澮 江文康 赵明明 何诗 何静 赖健仪 白银山 陈胜锋 陈志胜 马骏 王丙云 《中国兽医杂志》 北大核心 2025年第3期44-49,共6页
为了提高猫传染性腹膜炎(FIP)的临床检出率,本试验根据猫传染性腹膜炎病毒(FIPV)M基因设计特异性引物,将扩增的目的基因连接到p MD19-T载体上,获得重组质粒并作为标准阳性模板,建立针对FIPV的SYBR Green实时荧光定量PCR(q PCR)检测方法... 为了提高猫传染性腹膜炎(FIP)的临床检出率,本试验根据猫传染性腹膜炎病毒(FIPV)M基因设计特异性引物,将扩增的目的基因连接到p MD19-T载体上,获得重组质粒并作为标准阳性模板,建立针对FIPV的SYBR Green实时荧光定量PCR(q PCR)检测方法,并对其特异性、敏感性、重复性和临床检出率进行验证。结果显示,本方法梯度稀释的标准品与Ct值呈良好的线性关系,R^(2)=0.999 9,扩增效率为92.4%;与其他猫常见病毒未发生交叉反应;最低检测限为3.48×10^(2) copies/μL,敏感性是普通PCR检测方法的100倍;该方法重复性好,批内和批间变异系数均小于2.4%;应用该方法对临床阳性样本的检出率为100%,阴性样本检出率为0。结果表明,本试验建立的SYBR Green q PCR检测方法特异性强、敏感性高、重复性好、临床检测效果佳,可用于FIPV的临床诊断。 展开更多
关键词 猫传染性腹膜炎病毒 M基因 SYBR Green 实时荧光定量pcr(qpcr)
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基于PMA-qPCR检测青枯菌5号生理小种活菌的方法 被引量:8
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作者 曹梦琪 王旭东 +2 位作者 王俊 盛晟 吴福安 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期1004-1010,共7页
青枯菌5号生理小种(Ralstonia solanacearum race 5)是引发桑青枯病的病原菌。为了改进常规PCR方法不能对活体病原菌进行准确鉴别和定量分析的不足,建立叠氮溴化丙锭(PMA)预处理结合荧光定量PCR(q PCR)检测青枯菌5号生理小种活菌的方法... 青枯菌5号生理小种(Ralstonia solanacearum race 5)是引发桑青枯病的病原菌。为了改进常规PCR方法不能对活体病原菌进行准确鉴别和定量分析的不足,建立叠氮溴化丙锭(PMA)预处理结合荧光定量PCR(q PCR)检测青枯菌5号生理小种活菌的方法。该方法首先将待检测样品的病原菌细胞用质量浓度为15 ng/μL的PMA暗孵育10 min后,在卤钨灯下曝光5min,以消除死菌细胞DNA的PCR扩增信号。用PMA-q PCR方法对含青枯菌5号生理小种活菌和死菌的混合样本的检测结果表明,死菌的存在不会对活菌细胞DNA的扩增产生影响。建立的PMA-q PCR标准曲线显示,在菌液浓度为103~107CFU/m L的范围内,qPCR循环阈值(Ct)与菌液浓度的对数值之间呈良好的线性关系,线性方程为y=-3.477x+47.489,R^2=0.997。建立的PMA-q PCR方法能更为准确地检测复杂样本中的青枯菌5号生理小种活菌数量,有助于对桑树青枯病的早期诊断和及时制定病害防控措施。 展开更多
关键词 桑树青枯病 青枯菌5号生理小种 叠氮溴化丙锭 荧光定量pcr 活细胞
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qPCR快速定量检测泡结球甘蓝发酵过程中优势细菌的数量变化 被引量:3
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作者 汪冬冬 宋亚谊 +9 位作者 陈功 李恒 申文熹 伍亚龙 王勇 唐垚 章宇丹 张伟 朱翔 张其圣 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期124-129,共6页
目的:为快速准确定量检测泡菜发酵过程优势细菌的动态变化。方法:本实验采用实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,qPCR)技术,以植物乳杆菌、芽孢杆菌属、葡萄球菌属和大肠埃希氏菌为目标菌,建立了一种快速定量检测泡菜样品中细... 目的:为快速准确定量检测泡菜发酵过程优势细菌的动态变化。方法:本实验采用实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,qPCR)技术,以植物乳杆菌、芽孢杆菌属、葡萄球菌属和大肠埃希氏菌为目标菌,建立了一种快速定量检测泡菜样品中细菌数量的方法。结果:本方法标准曲线相关系数R^2≥0.98、扩增效率90%~110%,加标回收率80%~100%,符合qPCR检测基本要求。结论:本实验建立的qPCR方法适用于泡菜中植物乳杆菌、芽孢杆菌属、葡萄球菌属和大肠埃希氏菌的快速定量检测。 展开更多
关键词 即时荧光定量pcr 植物乳杆菌 芽孢杆菌属 葡萄球菌属 大肠埃希氏菌 泡莱
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牛呼吸疾病综合征七病原联合检测多重qPCR方法的建立 被引量:8
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作者 徐恩红 祁明普 +5 位作者 项志杰 胡长敏 陈颖钰 陈建国 陈曦 郭爱珍 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期38-47,共10页
为了提高牛呼吸疾病综合征多病原混合感染的临床诊断效率,以牛支原体(Mycoplasma bovis,M.b)oppD/F基因、多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,P.m)ompH基因、溶血性曼氏杆菌(Mannheimia haemolytica,M.h)gcp基因、牛传染性鼻气管炎病... 为了提高牛呼吸疾病综合征多病原混合感染的临床诊断效率,以牛支原体(Mycoplasma bovis,M.b)oppD/F基因、多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,P.m)ompH基因、溶血性曼氏杆菌(Mannheimia haemolytica,M.h)gcp基因、牛传染性鼻气管炎病毒(infectious bovine rhinotracheitis virus,IBRV)gB基因、牛呼吸道合胞体病毒(bovine respiratory syncytial virus,BRSV)以及牛副流感病毒(bovine parainfluenza virus type,BPIV) 3型a和c基因型(BPIV-3a,-3c)的N基因等为检测靶标,分别设计特异性引物和Taqman探针,通过优化反应条件,采用3管7联的组合方式建立了7种病原体的多联实时荧光定量PCR检测方法。结果显示,该方法仅对本试验的7种病原有特异性反应,与其他常见病原无交叉反应。对M.b、P.m、M.h、IBRV、BRSV、BPIV-3a和BPIV-3c质粒标准品的最低检测限分别为102、102、101、102、102、102和101拷贝/μL。组内变异系数小于2.5%,组间变异系数小于5.5%。平行应用该方法和常规PCR方法对临床采集的115份有呼吸道症状牛的鼻拭子进行检测,P.m阳性率36.65%,M.b阳性率27.83%,M.h阳性率25.22%,IBRV阳性率11.30%,BPIV-3c阳性率8.57%,BRSV阳性率0.95%;其中混合感染率为26.1%。共检测到11种混合感染模式,主要由M.b与其他病原体的混合感染,占72.7%(8/11);M.b/P.m混合感染的检出率最高,占60%(18/30);M.b、P.m、M.h在混合感染中出现率排前三,其占比分别为73.3%(22/30)、73.3%(22/30)和43.3%(13/30);其次为IBRV,占26.7%(8/30);BPIV-3c占13.3%(4/30)。以上结果表明,该方法具有较高的分析敏感性和特异性,可用于牛呼吸疾病综合征多病原感染的联合检测。 展开更多
关键词 多联实时荧光定量pcr方法 牛呼吸疾病综合征 混合感染 牛支原体 多杀性巴氏杆菌 牛溶血性曼氏杆菌 多病原联合检测
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柑橘黄龙病常规PCR与qPCR检测体系的比较 被引量:1
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作者 邹剑锋 郝晨星 汤丹 《湖南农业科学》 2022年第3期1-5,12,共6页
为促进湖南省柑橘产业的可持续发展,加强对柑橘黄龙病(Huanglongbing,HLB)的监测预警,根据黄龙病菌耐热性亚洲种“Candidatus Liberibacter asiaticus”(CLas)DNA不同保守区域设计了8组引物,分别采用常规PCR和qPCR进行检测,比较2种方法... 为促进湖南省柑橘产业的可持续发展,加强对柑橘黄龙病(Huanglongbing,HLB)的监测预警,根据黄龙病菌耐热性亚洲种“Candidatus Liberibacter asiaticus”(CLas)DNA不同保守区域设计了8组引物,分别采用常规PCR和qPCR进行检测,比较2种方法的灵敏度。结果表明:常规PCR供试的4组引物中,In1/In2引物未扩增出目的条带,其他3组引物的灵敏度由高到低排列依次为OI1/OI2>LB1/LB2=OL1/OL2,OI1/OI2这组引物对HLB菌的检测下限为98 pg/μL;qPCR供试的4组引物的灵敏度由高到低排列依次为LJ900f/LJ900r>Las-I-f/Las-I-r>HLBas/HLBr>Las-O-f/Las-O-r(根据可检测到最低浓度样本的Ct值排序),其中LJ900f/LJ900r这组引物对HLB菌的检测下限为9.8 pg/μL。另外,以湖南省郴州市汝城县农业局提供的11个柑橘HLB疑似样品为材料进行检测,引物LJ900r/LJ900f进行的qPCR检测,检出率为72.7%;引物OI1/OI2进行的常规PCR,检出率为45.5%;表明引物LJ900r/LJ900f结合qPCR方法对于HLB菌的检测效率更高。 展开更多
关键词 柑橘黄龙病 分子生物学 实时荧光定量pcr 常规pcr 引物设计
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qPCR快速检测金黄色葡萄球菌及MRSA方法的建立及评价 被引量:4
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作者 窦宇红 梁鸿 +4 位作者 何玥 刘和录 刘琼 马彩凤 李玉霞 《中国感染控制杂志》 CAS 北大核心 2018年第9期764-769,共6页
目的建立q PCR法快速检测金黄色葡萄球菌及其mec A基因,以期快速精准诊断金黄色葡萄球菌感染及初步判断耐药情况。方法从NCBI数据库下载金黄色葡萄球菌nuc、atl、ica B、fnb A、hla、srap基因序列用于鉴定标志筛选,mec A基因序列用于MRS... 目的建立q PCR法快速检测金黄色葡萄球菌及其mec A基因,以期快速精准诊断金黄色葡萄球菌感染及初步判断耐药情况。方法从NCBI数据库下载金黄色葡萄球菌nuc、atl、ica B、fnb A、hla、srap基因序列用于鉴定标志筛选,mec A基因序列用于MRSA标志筛选;经DNA MAN比对后,选择各基因保守区分别设计1~2套引物、探针,建立单重及双重q PCR,用临床分离株及标准菌株筛选出检测性能最好的基因片段作为检测标志物,建立金黄色葡萄球菌鉴定和耐药双重q PCR检测方法,并进行性能评价。结果经筛选,金黄色葡萄球菌atl基因(CP009361.1:1010217~1010341)、mec A基因(KF058908.1:1715~1843)两片段检测性能最优,将其作为标志物建立双重q PCR法。该方法的检测下限均低至4 copies/反应;扩增线性范围均达2.0×102~8copies/m L。335份金黄色葡萄球菌(含94份MRSA)培养阳性的患者样本中,q PCR法分别检出SA 335份,MRSA 94份;95份金黄色葡萄球菌培养阴性的患者样本中,q PCR法分别检出SA 17份,MRSA 4份,经PCR产物测序,与标准菌株同源性均≥90%。双重q PCR法从样品处理到报告结果≤2.0 h。结论 q PCR法方法简便、快速、灵敏度高、特异性好,可望提高金黄色葡萄球菌感染的诊断能力并实现快速检测,为尽早精准治疗赢得时间。 展开更多
关键词 金黄色葡萄球菌 MRSA atl基因 MECA基因 精准诊断 qpcr
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鸭坦布苏病毒TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立
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作者 陈平平 嵇辛勤 +5 位作者 阮涌 王晗晗 罗晓宇 安而立 龙丹丹 段志强 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2024年第10期75-80,共6页
为了建立一种有效、快速、准确的鸭坦布苏病毒(DTMUV)TaqMan探针实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法,本试验针对NCBI发布的DTMUV E基因保守序列设计特异性引物和探针,建立qPCR反应体系。通过制备的标准质粒建立标准曲线,评估该方法的特异性... 为了建立一种有效、快速、准确的鸭坦布苏病毒(DTMUV)TaqMan探针实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法,本试验针对NCBI发布的DTMUV E基因保守序列设计特异性引物和探针,建立qPCR反应体系。通过制备的标准质粒建立标准曲线,评估该方法的特异性、敏感性和重复性,并使用该方法对临床样本进行检测。结果显示,所建立的标准曲线相关系数为0.999 5,有良好的线性关系;该方法可特异检测DTMUV;对标准质粒的最低检测限为2.72×10^(2) copies/μL,是普通PCR的100倍;CT值组内变异系数为0.97%~1.32%,组间变异系数为1.24%~1.79%;人工感染DTMUV的20份鸭胚成纤维细胞样本以及12份人工攻毒2 d的雏鸭脾脏组织样本和12份泄殖腔棉拭子样本阳性率为100%(44/44);疑似感染的12份活鸭泄殖腔棉拭子阳性率为25.00%(3/12),14份病死鸭脾脏组织样本阳性率为28.57%(4/14)。结果表明,本试验建立的TaqMan探针qPCR方法有良好的敏感性、准确性和重复性,能特异检测DTMUV,适用于临床快速检测,为DTMUV的分子流行病学调查和临床疾病诊断提供了技术支撑。 展开更多
关键词 鸭坦布苏病毒(DTMUV) TAQMAN探针 实时荧光定量pcr(qpcr)
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一种山茶刺盘孢Colletotrichum camelliae实时荧光定量PCR快速检测方法的建立 被引量:2
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作者 张晓阳 程淑媛 +11 位作者 蒋军喜 陈艳 黄纪刚 刘爽 刘克东 邱慧芳 江武 叶茵 袁倩 余玉华 单崇蕾 刘家鑫 《生物灾害科学》 2024年第1期134-141,共8页
【目的】建立一种快速检测茶树炭疽病病原菌山茶刺盘孢(Colletotrichumcamelliae)的实时荧光定量PCR检测方法。【方法】以茶树炭疽病病原菌山茶刺盘孢(C. camelliae)为检测目标,根据刺盘孢属ApMat基因片段设计特异性引物,建立q PCR检测... 【目的】建立一种快速检测茶树炭疽病病原菌山茶刺盘孢(Colletotrichumcamelliae)的实时荧光定量PCR检测方法。【方法】以茶树炭疽病病原菌山茶刺盘孢(C. camelliae)为检测目标,根据刺盘孢属ApMat基因片段设计特异性引物,建立q PCR检测技术体系,验证引物特异性,测试反应的灵敏度,绘制标准曲线,并采集田间病叶测试检测效果。【结果】设计的四组引物对中,引物对CcF/CcR特异性最好,扩增效率最高;用于定量检测C. camelliae的灵敏度为10 pg/μL,DNA浓度的对数(X)与Ct值(Y)之间的线性关系为Y=-3.529 6X+36.938(R^(2)=0.9957,E=92.01);该体系检测C.camelliae溶解曲线对应的特异峰值Tm为(85.5±0.5)℃;用该体系在人工接种C. camelliae的病斑组织和田间病叶中检测到了C. camelliae的存在。【结论】建立的q PCR反应体系可特异性定量检测C. camelliae,并可应用于田间病害的早期诊断。 展开更多
关键词 茶炭疽病 山茶刺盘孢 实时荧光定量pcr 快速检测
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猫传染性腹膜炎病毒实时荧光定量PCR(冻干型)检测方法的建立 被引量:1
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作者 柯丽婷 宋丹丹 +5 位作者 王菲 侯广争 曹鹏程 丁艳磊 刘琪琦 范云鹏 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2024年第10期61-67,共7页
为了建立一种灵敏度高、无需冷链运输、操作简便的猫传染性腹膜炎病毒(FIPV)检测方法,本试验以FIPV的N基因序列为靶基因,进行体外转录制备阳性参考品;筛选特异性引物和探针;对反应体系和条件进行优化;筛选适宜的冻干保护剂并对本试验方... 为了建立一种灵敏度高、无需冷链运输、操作简便的猫传染性腹膜炎病毒(FIPV)检测方法,本试验以FIPV的N基因序列为靶基因,进行体外转录制备阳性参考品;筛选特异性引物和探针;对反应体系和条件进行优化;筛选适宜的冻干保护剂并对本试验方法的特异性、灵敏度和重复性进行评估;对冻干体系进行稳定性试验,预测室温条件下的有效期;利用本试验方法和商品试剂盒对临床采集的11份确诊FIPV感染病料进行检测,对比二者检出率;绘制接受者操作特征(ROC)曲线,计算曲线下面积,评估本试验方法的诊断效果,计算Cut off值。结果显示,本试验方法可特异性检出FIPV;最低检测限为43 copies/mL;组内和组间重复试验变异系数分别为0.12%~1.67%和0.03%~1.62%;室温有效期至少可达567 d;本试验方法的检出率为100%,市售试剂盒的检出率为91%;ROC曲线下面积为1,Cut off值为39.40。结果表明,本试验建立的FIPV实时荧光定量PCR(冻干型)检测方法具有灵敏度高,方便运输且易于贮藏的优势,可为FIPV的临床检测和流行病学调查提供技术支持。 展开更多
关键词 猫传染性腹膜炎(FIP) N基因 TAQMAN 实时荧光定量pcr(RT-qpcr) 冻干体系
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白斑综合征病毒和对虾内参基因双重荧光定量PCR检测方法的建立
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作者 李海平 葛辉 +7 位作者 温凭 吴丽云 李慧耀 巫旗生 张哲 杨求华 何丽斌 徐春燕 《渔业研究》 2024年第6期572-579,共8页
【背景】白斑综合征病毒(WSSV)是一种高度传染性和致命性的病原体,对全球虾类养殖业构成重大威胁。WSSV可通过水平传播和垂直传播迅速扩散,虾在感染WSSV 3~10 d内累积死亡率最高可达到100%。由于缺乏有效的预防和治疗措施,开发快速、准... 【背景】白斑综合征病毒(WSSV)是一种高度传染性和致命性的病原体,对全球虾类养殖业构成重大威胁。WSSV可通过水平传播和垂直传播迅速扩散,虾在感染WSSV 3~10 d内累积死亡率最高可达到100%。由于缺乏有效的预防和治疗措施,开发快速、准确和敏感的WSSV检测技术对及时诊断和实施控制措施至关重要。【目的】建立一种WSSV和对虾内参基因双重荧光定量PCR检测方法,提高WSSV检测的灵敏度和特异性。【方法】首先,基于WSSV基因组保守序列设计合成特异性引物和TaqMan探针,建立WSSV单重荧光定量PCR检测体系,经特异性和重复性试验证实,该方法对WSSV具有良好的特异性和重复性。在此基础上,设计合成凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)内参基因引物和探针,并对引物碱基进行优化替换,建立WSSV-对虾内参基因双重荧光定量PCR检测体系。【结果】敏感性试验结果显示,该双重检测体系对WSSV的检测下限可达15拷贝·μL^(-1),在6.6~6.6×10^(5)拷贝·μL^(-1)范围内,WSSV质粒标准品的起始模板量对数值与循环阈值(Ct值)呈良好的线性关系(R^(2)=0.9930)。同时,内参基因的引入可有效地区分样本中由核酸提取或操作问题引起的假阴性结果。【结论】综上所述,本研究建立的WSSV-对虾内参基因双重荧光定量PCR检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,可为WSSV的快速诊断及流行病学调查提供可靠的技术手段,对控制WSSV的暴发流行、保障对虾养殖业的可持续发展具有重要意义。 展开更多
关键词 白斑综合征病毒(WSSV) 荧光定量pcr TAQMAN探针 病毒检测 水产养殖
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猫杯状病毒实时荧光定量逆转录PCR检测方法的建立
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作者 李静怡 熊雷 +4 位作者 黄莉璎 刘晓鹏 杨盛奋 金京勋 王弋 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2024年第12期64-72,共9页
为了建立可快速检测猫杯状病毒(FCV)的方法,本试验采用肽核酸(PNA)设计分子信标荧光探针,优化反应体系和条件,建立了FCV实时荧光定量逆转录PCR(RT-qPCR)检测方法,对该方法的敏感性、特异性和重复性进行验证,并进行临床样本检测。结果显... 为了建立可快速检测猫杯状病毒(FCV)的方法,本试验采用肽核酸(PNA)设计分子信标荧光探针,优化反应体系和条件,建立了FCV实时荧光定量逆转录PCR(RT-qPCR)检测方法,对该方法的敏感性、特异性和重复性进行验证,并进行临床样本检测。结果显示,建立的RT-qPCR检测FCV参考株具有良好的线性关系(R^(2)=0.9995),最低检测限为1×10^(2)TCID_(50)/mL,对其他相关病毒无有效响应,组内变异系数和组间变异系数均小于1%。应用该方法检测33份临床样本,阳性率为51.5%。由此可见,本试验建立的RT-qPCR敏感性、特异性和重复性均良好,可为FCV的早期快速诊断和疫病防控等提供检测手段。 展开更多
关键词 猫杯状病毒(FCV) 肽核酸(PNA) 分子信标荧光探针 实时荧光定量逆转录pcr(RT-qpcr) 开放阅读框(ORF)
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检测施马伦贝格病毒核酸的荧光定量RT-PCR方法 被引量:3
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作者 张永宁 吴绍强 +5 位作者 吕继洲 冯春燕 王彩霞 邓俊花 袁向芬 林祥梅 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期1824-1829,共6页
根据施马伦贝格病毒(Schmallenberg virus,SBV)S基因节段设计一对引物和TaqMan探针,建立了检测SBV核酸的荧光定量RT-PCR方法。通过优化反应体系和反应条件,该方法对101~107半数组织培养感染量(TCID50)的SBV核酸呈现良好的线性关系。利... 根据施马伦贝格病毒(Schmallenberg virus,SBV)S基因节段设计一对引物和TaqMan探针,建立了检测SBV核酸的荧光定量RT-PCR方法。通过优化反应体系和反应条件,该方法对101~107半数组织培养感染量(TCID50)的SBV核酸呈现良好的线性关系。利用德国FLI制备和保存的SBV核酸阳性(n=140)、SBV核酸阴性(n=132)和辛波血清群相关病毒核酸样品(n=16),对该方法的敏感性、特异性和重复性进行了验证。结果表明,所建立方法与FLI研制的SBV荧光定量RT-PCR具有相近的敏感性,两者对140份SBV核酸阳性样品的检测符合率达96.4%(135/140);可灵敏地检测出1TCID50的SBV RNA,并具有良好的重复性;除道格拉斯病毒(Douglas virus)外,与辛波血清群相关病毒核酸无交叉反应。用该方法对采自内蒙古呼和浩特市某养殖场的绵羊血清(n=47)和澳大利亚进口绵羊血清(n=47)的RNA进行了检测,结果未发现SBV核酸阳性样品。SBV荧光定量RTPCR检测方法的建立为应对施马伦贝格病提供了有效的检测手段。 展开更多
关键词 施马伦贝格病毒 核酸 引物 TAQMAN探针 荧光定量RT-pcr
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建鲤IL–1β和IL–8基因实时荧光定量RT–PCR检测方法的建立 被引量:3
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作者 曾东 肖拉 倪学勤 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期627-632,共6页
根据Gen Bank上的基因序列,在保守区设定并合成特异性引物,选择β–actin作为内参基因,采用SYBR Green I染料法,进行熔解曲线分析和标准曲线的制作。熔解曲线表明,β–actin、IL–1β、IL–8的基因产物均为特异性产物,其Tm值分别为86、8... 根据Gen Bank上的基因序列,在保守区设定并合成特异性引物,选择β–actin作为内参基因,采用SYBR Green I染料法,进行熔解曲线分析和标准曲线的制作。熔解曲线表明,β–actin、IL–1β、IL–8的基因产物均为特异性产物,其Tm值分别为86、82.5和84℃;标准曲线表明,各基因Ct值的检测范围为12~32,扩增效率分别为96.3%,103.2%和102.6%,具有良好的线性关系,且r2均大于0.990;组内变异系数分别为0.14%~0.86%,0.18%~0.93%和0.13%~0.86%;用建立的方法检测健康建鲤头、肾组织中IL–1β、IL–8的表达情况,相对表达量分别为1.09和1.71。综合分析,建立的建鲤IL–1β、IL–8基因实时荧光定量PCR方法具有检测范围广,扩增效率高,特异性强,重复性高的特点,可用于建鲤IL–1β、IL–8基因的表达测定。 展开更多
关键词 建鲤 IL-1β、IL-8 实时荧光定量RT-pcr
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实时荧光定量PCR技术在SPF鸡四种垂直传播疾病监测中的应用 被引量:1
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作者 王静 陈冬妮 +4 位作者 欧芷华 袁文 邓庆丽 陆勇军 张钰 《中国比较医学杂志》 2012年第8期6-14,共9页
目的探讨荧光定量PCR检测技术对SPF鸡四种垂直传播病毒的检测应用。方法采集60份SPF鸡及70份普通鸡群蛋清、泄殖腔试子样品,提取样品核酸,分别进行ARV、REV、CAV、ALV四种病毒实时荧光定量PCR检测,根据标准曲线及溶解曲线分析判读样品... 目的探讨荧光定量PCR检测技术对SPF鸡四种垂直传播病毒的检测应用。方法采集60份SPF鸡及70份普通鸡群蛋清、泄殖腔试子样品,提取样品核酸,分别进行ARV、REV、CAV、ALV四种病毒实时荧光定量PCR检测,根据标准曲线及溶解曲线分析判读样品病毒拷贝数。结果 SPF鸡ALV 2份阳性,检出率3.3%,其余病毒检测均为阴性;普通鸡样品REV检测2份阳性,检出率2.9%,ALV 10份阳性,检出率14.3%。结论荧光定量PCR检测方法最低可检测到100个拷贝核酸,检测灵敏度较高,有望应用于SPF鸡临床样品的病原检测。 展开更多
关键词 实时荧光定量pcr 禽网状内皮增生症病毒 鸡传染性贫血病毒 禽白血病病毒 禽呼肠孤病毒 SPF鸡
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乳品检测中实时荧光定量PCR仪的研制
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作者 彭年才 苏明权 张镇西 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2007年第5期62-64,共3页
完成了荧光检测系统、PCR热循环扩增系统、DNA核酸定量分析诊断系统等仪器关键技术研究,针对乳品检验及临床应用要求,在国家权威部门完成了仪器性能检测、使用验证、临床试验等全过程,实现了产品化和应用示范,并达到了准确性、安全性和... 完成了荧光检测系统、PCR热循环扩增系统、DNA核酸定量分析诊断系统等仪器关键技术研究,针对乳品检验及临床应用要求,在国家权威部门完成了仪器性能检测、使用验证、临床试验等全过程,实现了产品化和应用示范,并达到了准确性、安全性和有效性的要求。 展开更多
关键词 乳品检验 荧光pcr 快速检测
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血液样本中DNA与RNA提取效率的研究
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作者 宿星蕾 路平 +3 位作者 彭俊杰 汪滋民 宋萍 韩达 《上海交通大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第4期476-486,共11页
目的·全面评估不同试剂盒及不同方法对血液样本中DNA与RNA提取的效率。方法·收集来自阿尔茨海默病(20例)、纤维化(5例)、结直肠癌患者(108例)及健康个体(12例)的血液样本,共145例。采用柱法试剂盒(Kit A)和核酸提取仪来提取... 目的·全面评估不同试剂盒及不同方法对血液样本中DNA与RNA提取的效率。方法·收集来自阿尔茨海默病(20例)、纤维化(5例)、结直肠癌患者(108例)及健康个体(12例)的血液样本,共145例。采用柱法试剂盒(Kit A)和核酸提取仪来提取血液中白细胞的基因组DNA(genomic DNA,gDNA)。使用5种试剂盒(Kit B~F),通过柱法(Kit B、E)或磁珠法(Kit C、D、F)对血浆中的游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)和游离RNA(cell-free RNA,cfRNA)进行提取。对Kit B提取过程进行优化,包括增加血浆上样体积和延长洗脱孵育时间,并且采用该方案对100例结直肠癌患者血浆样本cfDNA进行提取。使用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)对提取出的DNA和RNA进行定量分析,比较提取的DNA或RNA分子的数量以评估提取效率,并结合成本及操作时间等进行综合评价。结果·在gDNA提取中,尽管核酸提取仪缩短了操作时间,但Kit A(柱法)提取的DNA分子数的中位数是其25.36倍(P<0.001)。对于cfDNA提取,3种试剂盒(Kit B~D)的总体效率相近,但Kit B(柱法)在低浓度样本中的表现较为突出,其DNA提取量的平均值分别是基于磁珠法的Kit D和Kit C的4.24倍和1.18倍。提取步骤优化后的Kit B进一步提高了cfDNA的提取效率。对比3例样本在不同血浆上样体积下的cfDNA提取量,结果显示大上样体积提取的cfDNA量分别为小上样体积的3.98倍、2.38倍和3.82倍;对100例结直肠癌患者血浆样本cfDNA提取结果表明,该提取方案可在临床样本中稳定提取足够量的cfDNA。在cfRNA提取方面,Kit E(柱法)因其高效、便捷且经济性好,被广泛推荐;其提取的cfRNA含量中位数是Kit F(磁珠法)的5.01倍。比较血浆中cfDNA与cfRNA的拷贝数,结果显示每毫升血浆中cfRNA的拷贝数平均数是cfDNA的27.65倍。结论·Kit A、Kit B和Kit E分别在白细胞gDNA、血浆cfDNA以及血浆cfRNA提取方面表现出更高的效率。然而,尽管Kit E在提取效率和成本上具有优势,其安全性仍需进一步评估。 展开更多
关键词 核酸提取 血浆游离DNA 血浆游离RNA 提取试剂盒 实时荧光定量pcr
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叠氮溴化丙锭结合实时荧光定量PCR技术检测发酵乳中植物乳杆菌P-8活菌数 被引量:8
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作者 韩之皓 郭帅 +5 位作者 黄天 郑岩 王月娇 白梅 王记成 张和平 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期183-189,共7页
采用叠氮溴化丙锭(propidium monoazide,PMA)结合实时荧光定量PCR对乳制品中活菌DNA进行定量分析,建立一种快速而准确检测发酵乳品中植物乳杆菌P-8(Lactobacillus plantarum P-8)活菌数的新方法。通过对影响PMA作用的浓度、暗孵育和曝... 采用叠氮溴化丙锭(propidium monoazide,PMA)结合实时荧光定量PCR对乳制品中活菌DNA进行定量分析,建立一种快速而准确检测发酵乳品中植物乳杆菌P-8(Lactobacillus plantarum P-8)活菌数的新方法。通过对影响PMA作用的浓度、暗孵育和曝光时间等因素进行试验,确定最佳PMA处理方案。结果表明:L. plantarum P-8经80℃处理60 s,即为膜损伤菌;当PMA质量浓度为40μg/m L,暗孵育时间10 min,曝光时间为20 min时,PMA既不影响活菌DNA的PCR扩增,又能渗透进入细胞膜受损的死菌并抑制其PCR扩增;通过制备L.plantarum P-8质粒标准品并建立标准曲线,其表现出良好的线性关系,相关系数(R2)为0. 992 9,最低检测限为103CFU/m L,特异性良好。该方法为完善发酵乳产品益生菌活菌数的检测奠定了基础。 展开更多
关键词 植物乳杆菌 叠氮溴化丙锭(propidium monoazide PMA) 实时荧光定量pcr
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运用实时荧光定量PCR法研究榨菜腌制过程中细菌和真菌数量变化 被引量:6
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作者 李凤珠 张玉礼 杨吉霞 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2019年第18期58-64,共7页
为突破部分微生物在榨菜高盐环境难培养的局限,建立一种准确定量榨菜腌制过程中细菌和真菌数量的方法,并探讨动态变化过程。植物乳杆菌ATCC 8014的16S rRNA基因和酿酒酵母ATCC 9763的ITS基因分别与质粒载体连接作为标准参照物构建标准曲... 为突破部分微生物在榨菜高盐环境难培养的局限,建立一种准确定量榨菜腌制过程中细菌和真菌数量的方法,并探讨动态变化过程。植物乳杆菌ATCC 8014的16S rRNA基因和酿酒酵母ATCC 9763的ITS基因分别与质粒载体连接作为标准参照物构建标准曲线,建立实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,qPCR)方法,检测3个腌制时期腌制汁液中的细菌和真菌数量,同时检测理化指标。结果表明,所得qPCR标准曲线相关系数R^2>0.99,扩增效率E均在95%~105%。腌制过程中,细菌和真菌分别在10^8.10~10^10.43和10^5.29~10^7.75 copies/μL内变化,细菌在3个腌制阶段都有明显增殖,真菌仅在第3腌制阶段有明显增殖;腌制汁液中,pH值不断下降,NaCl的质量浓度和酸度主要在第2、3阶段先升高后下降。该结果为榨菜微生物过程控制提供参考数据。 展开更多
关键词 榨菜 实时荧光定量pcr 细菌 真菌
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