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色谱保留时间在蛋白质组研究中的应用 被引量:6
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作者 邵晨 高友鹤 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期128-134,共7页
液相色谱与串联质谱联用(LC-MS/MS)技术是蛋白质组学研究中的常见方法。保留时间作为独立于质谱信息的参数已经被用于蛋白质的鉴定和定量工作中。在多肽鉴定领域,多肽的色谱保留时间预测与常规的二级串联质谱数据库搜索算法结合可以提... 液相色谱与串联质谱联用(LC-MS/MS)技术是蛋白质组学研究中的常见方法。保留时间作为独立于质谱信息的参数已经被用于蛋白质的鉴定和定量工作中。在多肽鉴定领域,多肽的色谱保留时间预测与常规的二级串联质谱数据库搜索算法结合可以提高鉴定的可信度。鉴定的灵敏度也可以通过匹配多次LC-MS实验中具有相同精确质量数和保留时间的峰而提高。另一方面,由于色谱条件的微小改变即会引起保留时间的变化,因此对多次实验结果进行保留时间比对是进行非标记定量的不可或缺的步骤。另外,联合保留时间偏移和质量数信息还可以进行蛋白质翻译后修饰(post-translational modification,PTM)的鉴定。 展开更多
关键词 液相色谱-串联质谱 保留时间预测 保留时间比对 多肽鉴定 非标记定量 翻译后修饰 蛋白质组学
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组蛋白H3赖氨酸27和36位甲基化修饰的鉴定 被引量:1
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作者 王国娟 张锴 +1 位作者 何锡文 张玉奎 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期514-517,共4页
采用液相色谱-质谱联用技术结合生物信息学分析手段,研究Hela细胞组蛋白H3赖氨酸(Lysine(K))K27和K36位点带有甲基化和二甲基化修饰的多肽鉴定,通过二级质谱碎片解析和二级碎片丰度分析,对组蛋白H3赖氨酸K27和K36上甲基化和二甲基化修... 采用液相色谱-质谱联用技术结合生物信息学分析手段,研究Hela细胞组蛋白H3赖氨酸(Lysine(K))K27和K36位点带有甲基化和二甲基化修饰的多肽鉴定,通过二级质谱碎片解析和二级碎片丰度分析,对组蛋白H3赖氨酸K27和K36上甲基化和二甲基化修饰进行了鉴定和分析。 展开更多
关键词 液相色谱 质谱 组蛋白 翻译后修饰 定量蛋白质组学
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智能聚合物基材料富集磷酸化肽和糖肽的研究进展 被引量:2
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作者 郑鑫彤 王雪 +3 位作者 张福生 张旭阳 赵艳艳 卿光焱 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期15-25,共11页
翻译后修饰是蛋白质组学研究的前沿和重点,它不仅调节着蛋白质的折叠、状态、活性、定位以及蛋白质间的相互作用,也能帮助科学家更全面地了解生物体的生命过程,为疾病的预测、诊断和治疗提供更加强大的支撑和依据。翻译后修饰产物(例如... 翻译后修饰是蛋白质组学研究的前沿和重点,它不仅调节着蛋白质的折叠、状态、活性、定位以及蛋白质间的相互作用,也能帮助科学家更全面地了解生物体的生命过程,为疾病的预测、诊断和治疗提供更加强大的支撑和依据。翻译后修饰产物(例如磷酸化肽和糖肽)丰度很低,且存在着强烈的背景干扰,很难直接用质谱进行分析,因此迫切需要开发高效的富集材料和技术来选择性富集翻译后修饰产物。近年来,智能聚合物基材料通过外部物理、化学或生物刺激可逆地改变其结构和功能,实现对磷酸化肽和糖肽高度可控的吸附和脱附,进而衍生开发出一系列新颖的富集方法,极大地吸引研究者们的兴趣。一方面,智能聚合物基材料的响应变化包括材料疏水性的增加或减少、形状和形貌的改变、表面电荷的重新分布以及亲和配体的暴露或隐藏等特性。这些特性使得目标物和智能聚合物基材料之间的亲和力可以通过简单改变外部条件(如温度、pH值、溶剂极性和生物分子等)实现更可控和更智能的精细调节。另一方面,智能聚合物基材料为集成功能模块提供了便捷的可扩展平台,例如特定的识别组件,显著提高了目标物质的分离选择性。智能聚合物基材料在分离方面展现出巨大的潜力,这为蛋白质翻译后修饰产物的分析和研究带来了希望。围绕上述主题,该文依据Web of Science近20年来近50篇代表性文献,概述了智能聚合物基材料在磷酸化肽和糖肽分离及富集中的发展方向。 展开更多
关键词 蛋白质组学 富集 翻译后修饰 智能聚合物 磷酸化肽 糖肽 综述
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蛋白质组学及蛋白质翻译后修饰在畜牧领域中的应用研究进展 被引量:10
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作者 王欣悦 张莉 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第4期1063-1073,共11页
蛋白质组学是一门全方位研究生命结构功能、生理功能及生命活动规律的新兴学科,已成为后基因组时代研究的重要内容,在很多领域得到广泛关注,同时为畜牧科学的发展与创新提供了全新的研究思路和技术手段。目前,蛋白质组学在畜禽生长发育... 蛋白质组学是一门全方位研究生命结构功能、生理功能及生命活动规律的新兴学科,已成为后基因组时代研究的重要内容,在很多领域得到广泛关注,同时为畜牧科学的发展与创新提供了全新的研究思路和技术手段。目前,蛋白质组学在畜禽生长发育、繁殖、营养、疾病、肉质等方面均有涉及,并通过各种研究手段发掘出一批与畜禽重要经济性状相关的蛋白质,对生产有重要的理论指导意义。蛋白质翻译后修饰(post-translation modifications,PTMs)作为蛋白质组学研究的一个重要分支,在增加蛋白质多样性和进行复杂生理学调控过程中发挥着重要的作用,能更好地揭示生命现象的本质与规律。作者对蛋白质组学及PTMs在畜牧领域中的应用研究进展进行了综述。 展开更多
关键词 蛋白质组学 畜牧 蛋白质翻译后修饰(ptms)
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翻译后修饰蛋白质组学分离方法的研究进展 被引量:3
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作者 许静静 刘幸 周虎 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2016年第12期1199-1205,共7页
蛋白质翻译后修饰(PTMs)是调节细胞内生理活动的重要途径。该文总结了近年来PTMs蛋白质组学相关的分离方法,包括反相(RP)色谱法、离子交换(IEX)色谱法、亲水相互作用色谱(HILIC)法、多孔石墨化碳(PGC)色谱法、毛细管电泳(CE)法及分子筛... 蛋白质翻译后修饰(PTMs)是调节细胞内生理活动的重要途径。该文总结了近年来PTMs蛋白质组学相关的分离方法,包括反相(RP)色谱法、离子交换(IEX)色谱法、亲水相互作用色谱(HILIC)法、多孔石墨化碳(PGC)色谱法、毛细管电泳(CE)法及分子筛色谱(SEC)法等。这些新方法为磷酸化、乙酰化、糖基化等PTM肽段或蛋白质的鉴定提供了更高的分离度和灵敏度。此外,该文也介绍了蛋白质领域其他重要分离方法的研究进展,这些方法可能被进一步应用于PTMs蛋白质组学的研究中。 展开更多
关键词 翻译后修饰 蛋白质组学 反相色谱 离子交换色谱 亲水相互作用色谱 多孔石墨化碳色谱 毛细管电泳
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两性离子双功能化超亲水金属有机框架纳米复合材料的制备及其用于糖肽的选择性富集 被引量:5
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作者 李大鹏 谢光珊 +2 位作者 谢佩斯 朱林 蔡宗苇 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期205-210,共6页
蛋白糖基化是生物体中普遍发生且重要的生物学过程,其参与多种分子生物学的功能和途径,是临床诊断重要的生物标志物。但是,糖肽因其丰度低、离子化效率低、糖链异质性等难点,使糖蛋白分析一直面临巨大的挑战。因此,研究合成了一种新型... 蛋白糖基化是生物体中普遍发生且重要的生物学过程,其参与多种分子生物学的功能和途径,是临床诊断重要的生物标志物。但是,糖肽因其丰度低、离子化效率低、糖链异质性等难点,使糖蛋白分析一直面临巨大的挑战。因此,研究合成了一种新型的两性离子双功能化纳米金(AuGC)修饰的超亲水性沸石咪唑骨架(ZIF-8)纳米复合材料(AuGC/ZIF-8),并建立了亲水相互作用色谱(HILIC)和基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)联用选择性富集糖肽的分析方法。谷胱甘肽和半胱氨酸双功能化的协同作用,使MOF具有超亲水性和低空间位阻,为糖肽选择性富集提供了更多的亲和位点。研究以辣根过氧化物酶(HRP)为模式糖蛋白,通过AuGC/ZIF-8富集后,MALDI-TOF MS分析。结果表明,AuGC/ZIF-8对HRP糖肽的富集能力高达250μg/mg,且在与牛血清白蛋白(BSA)混合溶液中(HRP-BSA(1∶200,质量比))显示出对HRP糖肽的高选择性,以及极低含量下(0.3 ng/μL)的高灵敏度。因此,在复杂生物样品糖蛋白的富集分离中具有很大的应用潜力。 展开更多
关键词 金属有机框架 亲水相互作用色谱 基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱 选择性富集 翻译后修饰 糖肽
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奇异变形杆菌中赖氨酸-2-羟基异丁酰化蛋白的分析
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作者 董瀚阳 郭振昌 +2 位作者 田姗姗 翟贵金 张锴 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2016年第12期1215-1218,共4页
蛋白质的赖氨酸修饰广泛参与基因调控、转录、代谢等重要的生物过程。在真核细胞组蛋白上发现了一种新的赖氨酸修饰——2-羟基异丁酰化,这种修饰对于生殖细胞分化具有调控功能。该研究旨在探索这种修饰在原核生物非组蛋白中的特征。通... 蛋白质的赖氨酸修饰广泛参与基因调控、转录、代谢等重要的生物过程。在真核细胞组蛋白上发现了一种新的赖氨酸修饰——2-羟基异丁酰化,这种修饰对于生殖细胞分化具有调控功能。该研究旨在探索这种修饰在原核生物非组蛋白中的特征。通过亲和富集、高效液相色谱-串联质谱鉴定和生物信息学分析,在奇异变形杆菌中鉴定到大量未见报道的2-羟基异丁酰化蛋白及其位点,进而考察了原核生物中2-羟基异丁酰化修饰蛋白的分布特征、分子网络和通路特点。研究表明,赖氨酸-2-羟基异丁酰化在原核生物中具有广泛的分布,其生物学意义值得进一步研究。 展开更多
关键词 高效液相色谱-串联质谱 翻译后修饰 2-羟基异丁酰化 赖氨酸 奇异变形杆菌
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尺寸排阻-反相液相色谱-质谱联用技术在大鼠肾脏翻译后修饰蛋白质鉴定中的应用 被引量:2
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作者 李健民 卓越 +2 位作者 张毅达 李娜 伍建林 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期87-95,共9页
LC-MS联用技术在蛋白质组学研究中具有重要的作用,但是在复杂的生物体系中,由于样品的高度复杂性和其中蛋白质含量的巨大差异,执行全面且无倾向的蛋白质组分析是一项挑战。因此,在液相色谱分离中采用基于不同原理的色谱分离方法来降低... LC-MS联用技术在蛋白质组学研究中具有重要的作用,但是在复杂的生物体系中,由于样品的高度复杂性和其中蛋白质含量的巨大差异,执行全面且无倾向的蛋白质组分析是一项挑战。因此,在液相色谱分离中采用基于不同原理的色谱分离方法来降低蛋白质样本的复杂度,并对微量蛋白质进行富集,对后续采用质谱方法进行信息的采集和深入分析至关重要。在这里我们开发了一种基于尺寸排阻色谱(SEC)与反相液相色谱(RPLC)结合的新方法来进行复杂体系蛋白质的分离和鉴定,特别是对于微量蛋白质的分析。首先使用SEC对蛋白质进行分离和富集,并酶解成多肽,再通过RPLC-MS联用的方法对酶解后的多肽进行分离和鉴定。结果显示使用上述方法可以有效降低蛋白质样本的复杂度,并有效提高微量蛋白质的鉴定能力,可从大鼠肾脏鉴定出23621个肽段及1345个蛋白质,比常规的二维强阳离子交换-反相液相色谱法(2D SCX-RPLC)鉴定到的肽段及蛋白质分别多出69%及27%。此外,该方法对肾脏翻译后修饰(PTM)蛋白质的鉴定显示出更多的优势,翻译后修饰的多肽鉴定率显著增加,特别是磷酸化肽段的鉴定效率可达到靶向富集策略的水平。在此展示的SEC-RPLC-MS可以更好地了解蛋白质翻译后修饰对肾脏的影响,最终将有助于增加我们对正常的生理性肾功能以及病理过程机制的理解。 展开更多
关键词 蛋白质组学 尺寸排阻色谱 翻译后修饰
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蛋白质腺苷化修饰研究进展
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作者 胡阳 丁明 《科技创新与应用》 2021年第16期61-64,共4页
蛋白质腺苷化修饰是指腺苷化酶以ATP为底物将腺苷一磷酸通过磷酸二脂键共价结合到特定的肽段上,从而对蛋白质的功能进行调节的一种蛋白质翻译后修饰。相对于其他研究比较成熟的蛋白质翻译后修饰,科学家们对腺苷化修饰的了解还比较匮乏... 蛋白质腺苷化修饰是指腺苷化酶以ATP为底物将腺苷一磷酸通过磷酸二脂键共价结合到特定的肽段上,从而对蛋白质的功能进行调节的一种蛋白质翻译后修饰。相对于其他研究比较成熟的蛋白质翻译后修饰,科学家们对腺苷化修饰的了解还比较匮乏。文章主要对腺苷化修饰的生物学意义及其现有的检测方法进行了综述。 展开更多
关键词 腺苷化酶 腺苷化修饰 翻译后修饰
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