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利用生物信息学方法寻找作物中潜在的胞外ATP受体蛋白质
1
作者 桑鹤天 张悦婧 +1 位作者 石珍珍 冯汉青 《兰州大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第1期76-83,共8页
为分析作物中的胞外ATP受体蛋白质,通过NCBI数据库获取拟南芥外ATP受体蛋白质L-型凝集素受体样激酶1.9(lecRK-1.9)和L-型凝集素受体样激酶1.5(lecRK-1.5)的氨基酸序列,通过BLAST比对和同源树构建,以油菜和玉米为例,在两种作物中筛选与le... 为分析作物中的胞外ATP受体蛋白质,通过NCBI数据库获取拟南芥外ATP受体蛋白质L-型凝集素受体样激酶1.9(lecRK-1.9)和L-型凝集素受体样激酶1.5(lecRK-1.5)的氨基酸序列,通过BLAST比对和同源树构建,以油菜和玉米为例,在两种作物中筛选与lecRK-1.9和lecRK-1.5亲缘关系相近的蛋白质;使用ExPASy ProtParam、Cell-PLoc、MEME等工具对这些蛋白质进行理化分析、亚细胞定位和二级结构预测.结果显示,油菜、玉米中的12个候选蛋白质的理论等电点为6.52~8.91,大多为疏水蛋白质;12个蛋白质中有6个蛋白质在质膜上具有定位,12个蛋白质二级结构比例均与拟南芥lecRK-1.9、lecRK-1.5相似,其中有8个蛋白质在保守结构域的位置及顺序上与拟南芥lecRK-1.9、lecRK-1.5具有较高的相似性.这些在油菜、玉米中与拟南芥lecRK-1.9、lecRK-1.5蛋白质在理化性质、亚细胞定位、二级结构以及保守结构域具有高相似性的蛋白质,可作为油菜、玉米中胞外ATP受体蛋白质的参选蛋白质. 展开更多
关键词 生物信息学 胞外ATP受体 蛋白质亲缘分析
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吉林省PCV3野毒株遗传进化分析及其Cap蛋白对巨噬细胞自噬的影响
2
作者 闫佳慧 韩建男 +3 位作者 孙浩 李文龙 苗丽娟 刘东旭 《中国动物检疫》 2025年第2期114-119,共6页
为了探究吉林省PCV3野毒株的起源及其衣壳蛋白(Cap蛋白)是否可以引起巨噬细胞自噬,对10株吉林省PCV3野毒株(JL-1~10)全基因组序列进行遗传进化分析,并通过Western blot和qPCR检测Cap蛋白转染巨噬细胞后其自噬相关基因和蛋白表达量的变... 为了探究吉林省PCV3野毒株的起源及其衣壳蛋白(Cap蛋白)是否可以引起巨噬细胞自噬,对10株吉林省PCV3野毒株(JL-1~10)全基因组序列进行遗传进化分析,并通过Western blot和qPCR检测Cap蛋白转染巨噬细胞后其自噬相关基因和蛋白表达量的变化。结果显示:所有PCV3参考毒株与2018年在日本发现的蝙蝠圆环病毒株LC456718均在524~598 nt位置发生重组,但在JL-1~10中并未观察到该重组现象;JL-1~10与其他宿主来源圆环病毒在不同的分支中聚集;ORF1与其他圆环病毒基因组表现出明显的保守性,但ORF2没有表现出明显的保守性;JL-10和JL-5最近的共同祖先株起源时间为1978年,其他8株的共同祖先株起源时间为1979年;Cap蛋白转染巨噬细胞后,LC3-Ⅱ表达量增加,p62表达量减少;Beclin-1和LC3蛋白基因转录水平极显著升高(P<0.01),Atg7的转录水平显著升高(P<0.05)。结果表明:10株吉林省PCV3野毒株大约起源于40年前(依据参考毒株年份推断),与其他宿主来源圆环病毒的起源不同;Cap蛋白可以促进巨噬细胞自噬,引起自噬相关基因转录水平的升高。 展开更多
关键词 PCV3 进化分析 自噬 CAP蛋白
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6株禽源滑液囊支原体分离株的分子生物学鉴定及MSPB蛋白原核表达 被引量：1
3
作者 孙佳琳 司朵朵 +3 位作者 王建东 李继东 李生虎 何生虎 《动物医学进展》 北大核心 2024年第2期22-28,共7页
从分子水平对6株禽源滑液囊支原体(Mycoplasma synoviae,MS)分离株进行鉴定,探讨MS宁夏本地株膜蛋白MSPB的生物学功能。通过PCR技术扩增分离株的16S rRNA和MSPB基因序列,并构建分子进化树,对6株MS分离株进行同源性分析;用生物信息学工具... 从分子水平对6株禽源滑液囊支原体(Mycoplasma synoviae,MS)分离株进行鉴定,探讨MS宁夏本地株膜蛋白MSPB的生物学功能。通过PCR技术扩增分离株的16S rRNA和MSPB基因序列,并构建分子进化树,对6株MS分离株进行同源性分析;用生物信息学工具对MSPB在蛋白水平进行分析,预测其亚细胞定位,探究MSPB的理化性质。构建pET-30a-MSPB重组表达载体,在大肠埃希氏菌BL 21(DE3)中进行表达,用镍柱亲和层析纯化并用蛋白质免疫印迹验证其反应原性。结果6株MS分离株在16S rRNA基因序列上与MS参考菌株具有同源性;MSPB等电点低,疏水性氨基酸占比较高;成功对MSPB进行表达,大小约为70 ku,纯化所得MSPB蛋白能与MS阳性血清特异结合。结果表明,6株菌株为MS,而MSPB具有反应原性,可以作为候选抗原应用于MS的诊断或防控。 展开更多
关键词 禽滑液囊支原体 16S rRNA MSPB蛋白 系统进化树 序列分析 反应原性
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辣椒NRT基因家族的系统鉴定、进化与表达分析 被引量：1
4
作者 牛佳斌 唐凯 +4 位作者 夏迎萌 刘同坤 孙小川 段伟科 黄志楠 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期653-664,共12页
[目的]本研究旨在鉴定辣椒硝酸盐转运蛋白(NRT)基因家族成员,分析其基本性质、染色体定位、进化关系以及在不同组织、不同果实发育阶段和不同非生物胁迫下的表达特征。[方法]利用生物信息学方法在辣椒‘遵辣1号’基因组中鉴定NRT基因家... [目的]本研究旨在鉴定辣椒硝酸盐转运蛋白(NRT)基因家族成员,分析其基本性质、染色体定位、进化关系以及在不同组织、不同果实发育阶段和不同非生物胁迫下的表达特征。[方法]利用生物信息学方法在辣椒‘遵辣1号’基因组中鉴定NRT基因家族并分析其理化性质、基因结构、染色体定位、共线性、顺式作用元件分布和进化关系等;利用转录组数据分析辣椒NRT(CaNRT)基因在不同组织和不同果实发育阶段中的表达特征,并利用RT-qPCR技术分析在不同非生物胁迫下的表达模式。[结果]辣椒中共包含73个CaNRT基因,不均匀分布在10条染色体上。系统进化分析表明,CaNRT基因可分为3个亚家族,同一亚家族具有相似基因结构和保守基序。顺式作用元件分析结果表明CaNRT可能受光、激素、逆境胁迫等多种因素调控。CaNRT1亚家族成员主要在根、茎、叶中表达量较高,CaNRT2亚家族在任何时期表达量都较低,CaNRT3亚家族存在组织表达差异性,主要在根中高表达。逆境胁迫数据表明,CaNRT1.18、CaNRT3.3、CaNRT3.1、CaNRT2.1、CaNRT1.23在低温、高温、干旱、盐和氧化处理下明显响应,所有CaNRT基因在低温处理时均有不同程度的正向响应。[结论]在辣椒基因组中共鉴定获得73个CaNRT基因,筛选出多个在辣椒生长发育和逆境胁迫中具有重要作用的关键基因。 展开更多
关键词 辣椒 硝酸盐转运蛋白(NRT) 系统进化 表达分析 非生物胁迫
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芥菜SRO基因家族全基因组鉴定与表达分析
5
作者 杨巍 赵丽芬 +7 位作者 唐兵 周麟笔 杨娟 莫传园 张宝会 李飞 阮松林 邓英 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期129-141,共13页
【目的】SRO基因家族是植物特有的一类转录因子,在植物生长发育与胁迫响应中具有重要作用,研究芥菜SRO基因家族,为解析芥菜SRO基因功能与遗传改良提供理论依据。【方法】利用生物信息学鉴定油用芥菜与菜用芥菜基因组中的SRO基因家族成员... 【目的】SRO基因家族是植物特有的一类转录因子,在植物生长发育与胁迫响应中具有重要作用,研究芥菜SRO基因家族,为解析芥菜SRO基因功能与遗传改良提供理论依据。【方法】利用生物信息学鉴定油用芥菜与菜用芥菜基因组中的SRO基因家族成员,运用TBtools、MEGA、Cytoscape、NCBI、STRING、EggNOG等软件与数据库进行理化性质、序列特征、进化关系、调控网络等分析以及RT-qPCR分析盐胁迫下的表达模式。【结果】两种类型芥菜SRO基因家族成员数量存在差异,并分属A与B两大类,其中A类SRO蛋白含有WWE、PARP及RST结构域,而B类蛋白则缺少WWE结构域,SRO基因启动子区域含有多种非生物胁迫响应与激素响应的顺式作用元件,microRNA-BjuSRO-靶基因构建复杂调控网络,参与了细胞凋亡、根系形态建成、免疫应答、异源刺激的细胞反应、对活性氧的反应等生物学过程,油用芥菜BjuOSRO基因与甘蓝SRO基因具有较近的进化关系,RT-qPCR结果显示,在盐胁迫下BjuVA1a、BjuVA1e、BjuVA2a、BjuVA3a、BjuVB1b、BjuVA2a显著上调表达。【结论】芥菜SRO基因家族具有功能多样性,BjuVA1a、BjuVA1e、BjuVA2a、BjuVA3a、BjuVB1b、BjuVA2a与盐胁迫响应密切相关,可作为培育耐盐型芥菜新品种的候选基因。 展开更多
关键词 芥菜 SRO转录因子 生物信息学 MICRORNA调控 蛋白互作 GO富集分析 进化分析 基因表达分析
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油莎豆水通道蛋白基因CeTIP2;1的克隆与分析 被引量：1
6
作者 邹智 郑玉皎 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2024年第8期1552-1559,共8页
油莎豆起源于非洲和地中海沿岸,是一种在块茎中高水平积累油脂的新型草本油料作物。水分平衡对于块茎的发育与代谢至关重要。液泡膜内在蛋白(TIP)是一类液泡膜定位并具有高效水分转运活性的水通道蛋白,包含TIP1~5等5个亚类。本研究基于... 油莎豆起源于非洲和地中海沿岸,是一种在块茎中高水平积累油脂的新型草本油料作物。水分平衡对于块茎的发育与代谢至关重要。液泡膜内在蛋白(TIP)是一类液泡膜定位并具有高效水分转运活性的水通道蛋白,包含TIP1~5等5个亚类。本研究基于油莎豆的基因组和转录组数据,采用RT-PCR技术对1个块茎高水平表达的TIP基因CeTIP2;1进行克隆。序列分析表明:CeTIP2;1的基因全长3323 bp,含有2个内含子,编码区长747 bp,编码248个氨基酸,理论分子量为24.73 kDa,等电点为5.09,总平均疏水指数为0.948,脂肪族指数为114.60,不稳定系数为21.76,属于稳定的酸性疏水型蛋白,与其液泡膜定位一致;该蛋白含有保守的MIP结构域,其中包括6个跨膜螺旋、2个半螺旋以及2个典型的NPA基序。CeTIP2;1与AtTIP2;1的序列相似性高达87.20%,远高于与SoPIP2;1的46.23%。进化分析进一步证实,CeTIP2;1隶属于TIP2亚类,是AtTIP2;1的直系同源基因。进化分析同时显示TIP2亚类早在单、双子叶植物分化之前就已经进化出2个小组。表达分析显示:CeTIP2;1在叶片、叶鞘、根、芽尖、匍匐茎、块茎等主要组织中均有较高水平的表达,丰度最高的是块茎和匍匐茎,最低的为芽尖;在块茎的发育过程中,呈现先升后降的钟形趋势,峰值出现在膨大中期,最低的为成熟期。此外,CeTIP2;1还在块茎的蛋白组中被检测到,表明其功能的重要性。这些结果为进一步揭示油莎豆的块茎水分平衡机制奠定坚实的基础。 展开更多
关键词 油料作物 块茎 液泡膜内在蛋白 进化分析 表达模式
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贵州不同地区烟草花叶病毒的系统发育分析 被引量：1
7
作者 李昊熙 安宣鲜 +3 位作者 杨江敏 张诗萌 杨莎莎 石洁 《山地农业生物学报》 2024年第6期65-69,共5页
为探明贵州烟区烟草普通花叶病毒(TMV)的差异性和多样性,本研究在贵州省贵阳市、毕节市和安顺市的4个地点收集了11个仅感染TMV的烟叶样品,并经过总RNA提取、逆转录、PCR扩增获得11个TMV样品的外壳蛋白完整序列。利用TMV外壳蛋白序列为靶... 为探明贵州烟区烟草普通花叶病毒(TMV)的差异性和多样性,本研究在贵州省贵阳市、毕节市和安顺市的4个地点收集了11个仅感染TMV的烟叶样品,并经过总RNA提取、逆转录、PCR扩增获得11个TMV样品的外壳蛋白完整序列。利用TMV外壳蛋白序列为靶标,结合系统发育分析方法,分析了贵州烟草主产烟区以及与国内主要烟区TMV之间的多样性和系统发育关系。研究结果表明:贵州烟区的TMV与国内其他省份的TMV样品之间核苷酸序列一致性为96.667%~100%,氨基酸序列一致性为98.113%~100%,存在着不同程度的亲缘关系,并存在着独特的TMV种群;贵州烟区内的TMV多样性比较明显,各主产烟区TMV之间存在着不同程度差异的遗传分化现象。本研究可为贵州不同烟区烟草普通花叶病的防治提供参考。 展开更多
关键词 烟草 TMV 外壳蛋白 系统发育分析
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蜡质芽孢杆菌aiiA基因的克隆及融合表达 被引量：9
8
作者 黄天培 杨梅 +4 位作者 姚帆 黄张敏 俞晓敏 黄志鹏 黄必旺 《福建农林大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2006年第3期292-297,共6页
设计一对可扩增aiiA基因完整的开放阅读框的简并引物对aiiA1和aiiA2,通过PCR技术对3株蜡质芽孢杆菌(Bc)的aiiA基因进行检测.结果表明,它们均含有aiiA基因.利用pMD18-T克隆载体直接从GP7菌株的PCR产物中克隆了aiiA基因.测序结果表明,该基... 设计一对可扩增aiiA基因完整的开放阅读框的简并引物对aiiA1和aiiA2,通过PCR技术对3株蜡质芽孢杆菌(Bc)的aiiA基因进行检测.结果表明,它们均含有aiiA基因.利用pMD18-T克隆载体直接从GP7菌株的PCR产物中克隆了aiiA基因.测序结果表明,该基因(GenBank登录号:AY943831)由753个碱基组成,编码含有250个氨基酸残基的蛋白质.该蛋白质推测的分子质量为28 ku,等电点约4.235.核苷酸序列的BLAST分析结果表明,与之同源性较高的基因均为Bc组aiiA基因(87%-99%).在氨基酸序列多重比较的基础上,应用PHYLIP软件构建了A iiA蛋白的系统发育树.此外,利用原核融合表达载体pMXB10初步研究了A iiA、几丁质结合蛋白(CBD)及Inte in融合蛋白诱导表达的情况. 展开更多
关键词 蜡质芽孢杆菌(Bc) AIIA 基因克隆 序列分析 生物信息学 系统发育树 融合蛋白
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华东地区健康水禽携带新城疫病毒情况调查 被引量：6
9
作者 王珏 仇旭升 +3 位作者 戴亚斌 于圣青 丁铲 秦爱建 《中国动物传染病学报》 CAS 2013年第6期19-25,共7页
近年来,新城疫逐渐成为了一种严重的家养水禽疾病。尽管如此,目前对于我国水禽新城疫的流行和分布情况依然知之甚少。本研究采集了2011～2012年中国华东6省1市的部分活禽市场和养殖场表观健康家鸭和家鹅泄殖腔棉拭样品,进行新城疫病毒... 近年来,新城疫逐渐成为了一种严重的家养水禽疾病。尽管如此,目前对于我国水禽新城疫的流行和分布情况依然知之甚少。本研究采集了2011～2012年中国华东6省1市的部分活禽市场和养殖场表观健康家鸭和家鹅泄殖腔棉拭样品,进行新城疫病毒的分离和毒力检测工作。通过测定分离株F基因高变区nt47～420,对其进行遗传进化分析。结果显示,在1200份样品中,检测到阳性样品23份,分离率为1.92%,表明眼观健康家鸭和家鹅中携带新城疫病毒。对比寒冷的春冬两季和炎热的夏季,新城疫病毒的分离率存在明显的差别。在中国家鸭和鹅中流行的新城疫毒株依然对温度敏感,高温天气不利于新城疫疫情蔓延。对分离株的鸡胚平均死亡时间和脑内接种指数进行了测定。参考76株GenBank中已发表并鉴定基因型毒株的F基因高变区nt 47～420,对23株家养水禽分离株进行了遗传进化分析,结果发现分离株与流行的强毒株和疫苗株遗传距离较远。其中,13株与Class II基因Ib亚型遗传距离最近;3株属于Class I基因2型;7株与Class I基因3b亚型遗传距离最近。 展开更多
关键词 水禽 弱毒 新城疫病毒 F基因 遗传进化分析
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柑橘黄龙病菌核糖体蛋白基因的多态性及系统发育分析 被引量：6
10
作者 鹿连明 范国成 +2 位作者 姚锦爱 胡秀荣 陈国庆 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期125-132,共8页
通过PCR扩增6个不同地区柑橘黄龙病（citrus huanglongbing，HLB）病原茵的核糖体蛋白基因，采用4种不同的限制性内切酶对PCR产物进行限制性片段长度多态性（RFLP）分析；并对核糖体蛋白基因克隆和测序后，使用DNAman和NCBI Blast等软... 通过PCR扩增6个不同地区柑橘黄龙病（citrus huanglongbing，HLB）病原茵的核糖体蛋白基因，采用4种不同的限制性内切酶对PCR产物进行限制性片段长度多态性（RFLP）分析；并对核糖体蛋白基因克隆和测序后，使用DNAman和NCBI Blast等软件对基因序列进行比对分析，并通过软件Mega4．1构建其系统发育树．结果表明：6个分离物核糖体蛋白基因的RFLP指纹图谱有所差异，表现出一定的多态性；不同分离物核糖体蛋白基因的核酸序列和氨基酸序列均存在差异，但相互之间同源性很高，其中核酸序列与数据库中亚洲种（CandidatusLiberibacterasiaticus）的同源性高达99％～100％，与非洲种（Ca．L．africanus）的同源性为85％，与美洲种（Ca．L．americanus）的同源性为77％～80％；系统发育分析显示所有的Ca．L．asiaticus亲缘关系极近，归为一个类群，而后与Ca．L．africanus和Ca．L．americanus组成韧皮部杆菌属（CandidatusLiberibacter）一个大的类群． 展开更多
关键词 亚洲种黄龙病菌 核糖体蛋白基因 多态性 系统发育分析
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犬瘟热病毒小熊猫株核蛋白和融合蛋白基因克隆及序列分析 被引量：11
11
作者 鞠会艳 乔军 +2 位作者 高玉伟 杨松涛 夏咸柱 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期112-120,共9页
根据GenBank中报道的CDV核苷酸序列,设计合成了2对特异性引物,对犬瘟热病毒小熊猫株(CDVLP)核蛋白(N)和融合蛋白(F)两种主要结构蛋白基因进行了克隆、测序及序列分析。结果表明,CDVLP株N蛋白基因全长1571bp,预测编码523个氨基酸;F蛋白... 根据GenBank中报道的CDV核苷酸序列,设计合成了2对特异性引物,对犬瘟热病毒小熊猫株(CDVLP)核蛋白(N)和融合蛋白(F)两种主要结构蛋白基因进行了克隆、测序及序列分析。结果表明,CDVLP株N蛋白基因全长1571bp,预测编码523个氨基酸;F蛋白基因全长1989bp,预测编码662个氨基酸,F蛋白氨基酸序列中含有5个潜在的N-联糖基化位点。聚类分析提示,CDVLP株是一株与CDV强毒株亲源关系很近的毒株。用DNAstar软件对CDVLP株和Onderstepoort弱毒株N蛋白和F蛋白进行了疏水性及抗原表位预测分析。抗原表位差异提示CDVLP毒株N和F蛋白的免疫原性可能要优于Onderstepoort弱毒株。在分子水平上阐明了CDVLP株的N和F蛋白基因更适合作为构建基因疫苗和重组活载体疫苗的目的基因。 展开更多
关键词 犬瘟热病毒小熊猫株 核蛋白和融合蛋白基因 克隆 序列分析
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昆虫卵黄蛋白分子进化的研究进展 被引量：11
12
作者 董胜张 叶恭银 刘朝良 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第11期1196-1209,共14页
卵黄原蛋白(Vg)、卵黄多肽(YP)和小卵黄蛋白(minor YP)是昆虫三类主要的卵黄蛋白,它们之间的同源性一直是研究的重点。本文根据已经解析的Vg,YP和minor YP的氨基酸序列,采用序列比对和系统树分析的方法,并结合国内外对三者同源性研究的... 卵黄原蛋白(Vg)、卵黄多肽(YP)和小卵黄蛋白(minor YP)是昆虫三类主要的卵黄蛋白,它们之间的同源性一直是研究的重点。本文根据已经解析的Vg,YP和minor YP的氨基酸序列,采用序列比对和系统树分析的方法,并结合国内外对三者同源性研究的基础,对其进化关系进行了分析。结果表明,Vg,YP和minor YP是三类具有不同进化祖先的卵黄蛋白,它们的氨基酸序列相似性较低。Vg在系统进化过程中最为保守,与人类的血清载脂蛋白B(ApoB)具有较高的同源性;YP与脊椎动物的肝脂酶和胰脂酶具有较高的同源性;而minor YP与脊椎动物胃脂肪酶和舌脂肪酶具有较高的同源性。同时,对三者的分子特性做了简单的介绍。 展开更多
关键词 卵黄原蛋白 卵黄多肽 小卵黄蛋白 分子进化 系统发育分析
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牛乳头瘤病毒基因2型流行株全基因组的克隆及序列分析 被引量：8
13
作者 贺志昊 孟庆玲 +5 位作者 乔军 刘昱成 杨海波 王国超 才学鹏 陈创夫 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第11期183-188,共6页
为了解牛乳头瘤病毒(Bovine Papillomavirus,BPV)新疆流行株基因型及其基因组遗传变异情况,用乳头瘤病毒L1基因简并引物FAP59/FAP64对新疆沙湾县奶牛皮肤肿瘤组织样品进行PCR扩增,测序后确定,BPV基因型;设计6对BPV基因型特异性引物,经... 为了解牛乳头瘤病毒(Bovine Papillomavirus,BPV)新疆流行株基因型及其基因组遗传变异情况,用乳头瘤病毒L1基因简并引物FAP59/FAP64对新疆沙湾县奶牛皮肤肿瘤组织样品进行PCR扩增,测序后确定,BPV基因型;设计6对BPV基因型特异性引物,经扩增、测序、拼接后获得BPV流行株全长基因组序列。L1基因序列分析表明,BPV2-SW01流行株为BPV-2基因型;该毒株基因组全长7 944bp,包括E6、E7、E1、E8、E2、E4、E3、E5、L2和L1 10个开放阅读框(ORF)。遗传进化树分析显示,BPV2-SW01归于Delta乳头瘤病毒属,与BPV-1和BPV-13进化关系最近。 展开更多
关键词 牛乳头瘤病毒基因2型 衣壳蛋白L1基因 全基因组序列 遗传进化分析
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梨小食心虫化学感受蛋白cDNA的克隆、序列分析及原核表达 被引量：14
14
作者 张国辉 刘彦飞 仵均祥 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期668-675,共8页
为了研究梨小食心虫Grapholita molesta化学感受蛋白(chemosensory proteins,CSPs)在化学感受系统中的作用,本研究利用RT-PCR和RACE技术克隆到一条梨小食心虫化学感受蛋白的全长cDNA序列,命名为GmolCSP(GenBank登录号:JQ821389)。序列... 为了研究梨小食心虫Grapholita molesta化学感受蛋白(chemosensory proteins,CSPs)在化学感受系统中的作用,本研究利用RT-PCR和RACE技术克隆到一条梨小食心虫化学感受蛋白的全长cDNA序列,命名为GmolCSP(GenBank登录号:JQ821389)。序列分析表明,GmolCSP开放阅读框序列为384bp,编码127个氨基酸残基,预测N末端含有18个氨基酸组成的信号肽序列,其成熟蛋白的预测分子量为12.80kD,等电点为8.33。该基因编码的氨基酸序列与其他鳞翅目昆虫化学感受蛋白的氨基酸序列具有较高同源性。RT-PCR结果显示,GmolCSP在梨小食心虫成虫触角、去触角的头、胸、腹、足和翅中都有表达。将GmolCSP重组到表达载体pET-32a中,转入大肠杆菌Escherichia coli BL21(DE3)进行表达。SDS-PAGE和Western印迹检测结果显示,梨小食心虫化学感受蛋白基因在大肠杆菌中成功地表达出一个分子量约为29kD的融合蛋白,与预测的融合蛋白分子量大小一致。本研究结果为进一步研究该蛋白的分子结构和功能奠定了良好基础。 展开更多
关键词 梨小食心虫 化学感受蛋白 分子克隆 序列分析 原核表达 融合蛋白
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核糖体蛋白rpl15cDNA序列在真骨鱼类系统进化研究中的价值 被引量：5
15
作者 向筑 张竞男 +2 位作者 宋平 胡珈瑞 钟扬 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期171-178,共8页
应用RTPCR,从真骨总目(Teleostei)5目15种鱼类中首次克隆了核糖体大亚基蛋白L15(rpl15,ribosomalproteinL15)的完整cDNA序列。以海鲢形亚组(Elopomorpha)的鳗鲡作为外类群,对这些真骨鱼类的核糖体蛋白L15cDNA序列进行了系统发育分析,结... 应用RTPCR,从真骨总目(Teleostei)5目15种鱼类中首次克隆了核糖体大亚基蛋白L15(rpl15,ribosomalproteinL15)的完整cDNA序列。以海鲢形亚组(Elopomorpha)的鳗鲡作为外类群,对这些真骨鱼类的核糖体蛋白L15cDNA序列进行了系统发育分析,结果表明:(1)rpl15基因在真骨鱼类等许多真核生物进化中高度保守;(2)系统树中各物种之间的关系与形态分类一致。rpl15编码区适合于真骨鱼类目以上分类阶元的分子系统学研究。 展开更多
关键词 核糖体蛋白L15(rpl15) 分子系统学 真骨鱼类
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山羊FSHR基因编码蛋白的结构及功能分析 被引量：7
16
作者 杨佳栋 刘月琴 张英杰 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2017年第7期120-124,共5页
通过Prot Param和ProtScale等在线软件对山羊FSHR基因编码蛋白的理化性质、亚细胞定位及功能进行分析,分别使用Chou-Fasman和同源建模方法对二级、三级结构进行预测,并对采用邻近法构建的不同物种FSHR基因编码蛋白的系统发育树进行分析... 通过Prot Param和ProtScale等在线软件对山羊FSHR基因编码蛋白的理化性质、亚细胞定位及功能进行分析,分别使用Chou-Fasman和同源建模方法对二级、三级结构进行预测,并对采用邻近法构建的不同物种FSHR基因编码蛋白的系统发育树进行分析。结果显示,山羊FSHR基因编码蛋白由695个氨基酸残基组成,包含7个跨膜域和1个G蛋白耦合受体,属于不稳定蛋白,具有较高的亲水性;亚细胞定位结果显示,FSHR基因编码蛋白分布在内质网、液泡和线粒体内;二级结构主要是α螺旋,三级结构富含helix螺旋结构域和长链卷曲。对不同物种FSHR基因编码蛋白进行系统发育分析发现,与其他物种相比,山羊与绵羊、家牛、野猪亲缘关系较近,系统发育分析结果与其动物学分类结果一致。 展开更多
关键词 FSHR基因 系统发育分析 功能预测 蛋白质结构
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鸡传染性支气管炎病毒河南流行毒株S1基因的变异分析 被引量：3
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作者 徐雪 赵军 +4 位作者 王川庆 王泽霖 杨霞 周欣 迪丽拜尔.阿木提 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期263-274,共12页
经鸡胚接种、反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)、气管环培养等方法从河南不同地区发病鸡群中先后共分离、鉴定出7株鸡传染性支气管炎病毒(IBV).应用RT-PCR方法对7株病毒以及IBVH120疫苗株的S1基因全序列进行扩增,并对其进行克隆测序及序... 经鸡胚接种、反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)、气管环培养等方法从河南不同地区发病鸡群中先后共分离、鉴定出7株鸡传染性支气管炎病毒(IBV).应用RT-PCR方法对7株病毒以及IBVH120疫苗株的S1基因全序列进行扩增,并对其进行克隆测序及序列分析.结果显示:8株IBV的S1基因全长分为4类,分别是1 632、1 6201、617和1 611 bp;序列相互之间存在多位点变异,同时存在型特异性的插入和缺失;其S蛋白裂解位点序列模式有HRRRR、RRFRR和RRSRR 3种;同源性及遗传进化分析显示Jin-13为呼吸型毒株,YI为ArkDPI型肾型毒株,HN/SG株与国内其他肾型分离株亲缘关系均较远;河南肾型分离株HN/HL、XP/1/09、XP/3、WZL与山东肾型分离株之间的同源性较高且其亲缘关系最近,而与河南HN99株的亲缘关系较远.说明河南地区存在不同的IBV流行毒株,这些流行毒株在主要保护性抗原蛋白S1基因上发生了一定的变异. 展开更多
关键词 传染性支气管炎病毒 肾型 呼吸型 序列分析 S蛋白 裂解位点 遗传进化分析
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植物锌铁转运蛋白ZIP家族的生物信息学分析 被引量：10
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作者 傅明辉 陈肖丽 《广东农业科学》 CAS 2015年第1期124-127,132,F0003,共6页
锌铁转运蛋白ZIP家族成员对于控制植物体内锌铁平衡具有非常重要的作用。采用生物信息的方法对植物锌铁转运蛋白序列结构、性质及分子进化进行分析预测,结果发现,该蛋白由226~459个氨基酸组成,是一个多次跨膜蛋白,多数成员定位干细胞质... 锌铁转运蛋白ZIP家族成员对于控制植物体内锌铁平衡具有非常重要的作用。采用生物信息的方法对植物锌铁转运蛋白序列结构、性质及分子进化进行分析预测,结果发现,该蛋白由226~459个氨基酸组成,是一个多次跨膜蛋白,多数成员定位干细胞质膜、叶绿体膜及液泡膜上,其分子进化历程与物种进化历程并不一致,提示该蛋白序列分歧时间较早。研究结果能够为该蛋白基因的克隆、结构和功能的进一步深入研究提供理论基础。 展开更多
关键词 锌铁转运蛋白 生物信息 跨膜蛋白 分子进化分析
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甜瓜14-3-3基因家族全基因组鉴定与进化分析 被引量：4
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作者 马勇 刘嘉荣 +1 位作者 巴德仁贵 哈斯阿古拉 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第24期104-111,共8页
以拟南芥的14-3-3蛋白保守结构域为探针序列,对甜瓜全基因组的蛋白质数据库进行搜索,获得9个14-3-3蛋白序列,其中ε类5个、非ε类4个。对甜瓜14-3-3基因家族进行了系统发生分析、内含子数量分析、序列相似性比对,通过对所有甜瓜的14-3-... 以拟南芥的14-3-3蛋白保守结构域为探针序列,对甜瓜全基因组的蛋白质数据库进行搜索,获得9个14-3-3蛋白序列,其中ε类5个、非ε类4个。对甜瓜14-3-3基因家族进行了系统发生分析、内含子数量分析、序列相似性比对,通过对所有甜瓜的14-3-3蛋白相匹配的Unigene分析后发现,部分基因在多种组织中均有表达,部分基因在甜瓜果实以及花中高丰度特异表达,而且不同成员之间的表达模式存在较大差异。甜瓜14-3-3基因家族成员的分子进化及表达模式的研究结果表明基因重复后发生功能分化。 展开更多
关键词 甜瓜 14—3—3蛋白 基因家族 进化分析
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鹅副粘病毒LS-1株的分离鉴定及F基因分析 被引量：5
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作者 张伟 刁有祥 +3 位作者 徐福亮 李宏梅 马艳芳 孙宁 《西南大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期31-35,共5页
从山东省梁山县疑似鹅副粘病毒感染的病死鹅中分离到1株LS-1病毒株,经血凝和血凝抑制试验,证实该毒株为禽1型副粘病毒.毒力测定结果表明,该病毒对鸡胚平均致死时间（MDT）为39.5 h;1日龄无特定病原体（SPF）鸡脑内接种分离病毒的致病指... 从山东省梁山县疑似鹅副粘病毒感染的病死鹅中分离到1株LS-1病毒株,经血凝和血凝抑制试验,证实该毒株为禽1型副粘病毒.毒力测定结果表明,该病毒对鸡胚平均致死时间（MDT）为39.5 h;1日龄无特定病原体（SPF）鸡脑内接种分离病毒的致病指数（ICPI）为1.76;6周龄SPF鸡静脉接种致病指数（IVPI）为2.42.序列测定结果表明LS-1株F基因核苷酸长度为1 653 bp,编码为551个氨基酸,有6个糖基化位点,其裂解位点的氨基酸序列为112-Arg-Arg-Gln-Arg-Arg-Phe-117,与已公布的强毒株裂解位点的氨基酸序列相符.同源性分析表明,该毒株F基因与目前已公布的鹅副粘病毒F基因核苷酸同源性在87.0%~98.4%之间,推导的氨基酸序列同源性在87.0%~98.5%之间. 展开更多
关键词 鹅副粘病毒 F基因 RT-PCR 序列分析
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