2020-2024年北京地区PRRSV-2流行病学调查和遗传进化分析

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作者 郭生革 《中国兽医杂志》 北大核心 2025年第10期50-57,共8页

为了分析2020—2024年北京市猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行情况和遗传变异特征,本试验从北京市8个地区的不同规模猪场采集了6127份临床样本,利用实时荧光定量反转录聚合酶链式反应(RT-qPCR)技术检测PRRSV感染情况,通过PCR扩增获... 为了分析2020—2024年北京市猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行情况和遗传变异特征,本试验从北京市8个地区的不同规模猪场采集了6127份临床样本,利用实时荧光定量反转录聚合酶链式反应(RT-qPCR)技术检测PRRSV感染情况,通过PCR扩增获得PRRSV的开放阅读框5(ORF5)序列,并基于ORF5基因进行同源性分析和遗传进化分析。结果显示,2020—2024年北京地区样本PRRSV总检出率为16.35%(1002/6127),不同年度的PRRSV检出率呈逐年下降趋势;不同地区的PRRSV检出率介于10.31%~22.84%,其中延庆区的检出率最高;不同样本类型的PRRSV检出率不同,其中肺脏样本的检出率最高,为22.54%(222/985),环境样本的检出率较低,为3.72%(16/430),种公猪精液中未检出PRRSV。本试验测序获得26个PRRSV ORF5基因序列,通过系统进化分析发现,北京地区检测到的PRRSV毒株主要属于谱系1.8(NADC30-like)和1.5(NADC34-like),占比分别为42.31%(11/26)和34.62%(9/26),此外,谱系5(VR2332-like)和谱系8(HP-PRRSVlike)也有少量分离毒株分布。本试验揭示了北京市PRRSV-2的流行特性和遗传多样性,为制定针对性防控措施提供了科学依据。 展开更多

关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) 开放阅读框5(orf5) 流行病学 遗传进化分析

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细胞质雄性不育表型及不育机制研究进展

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作者 王雪松 邹益 +2 位作者 王杰 聂丽云 武志强 《广西植物》 北大核心 2025年第3期483-499,共17页

植物线粒体基因组内特殊的开放阅读框(open reading frame,ORF)导致植物不产生雄配子或产生的雄配子无法正常受精,这种现象被称为细胞质雄性不育(cytoplasmic male sterility,CMS)。CMS材料雄配子稳定败育的特性使其在杂交种商业化生产... 植物线粒体基因组内特殊的开放阅读框(open reading frame,ORF)导致植物不产生雄配子或产生的雄配子无法正常受精,这种现象被称为细胞质雄性不育(cytoplasmic male sterility,CMS)。CMS材料雄配子稳定败育的特性使其在杂交种商业化生产中一直扮演着重要角色,有效降低了制种成本,提高了杂交种纯度。随着对CMS现象研究的深入,新的CMS材料通过各种手段被不断创制出来,相关的不育基因也逐渐被定位和克隆。该文首先概述了目前对CMS基因进化的研究和常用CMS材料及其相关CMS基因的挖掘情况,随后总结了CMS材料在物质能量代谢、激素水平等方面的表型特点。同时整合了当前对CMS分子机制的几种假说,并结合实验证据提出对CMS分子机制的观点。以期在总结当前细胞质雄性不育研究的基础上对未来更加深入的理论和实验研究提供参考。 展开更多

关键词 细胞质雄性不育 线粒体基因组 活性氧(ROS) 开放阅读框(ORF) CMS分子机制

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猫杯状病毒实时荧光定量逆转录PCR检测方法的建立

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作者 李静怡 熊雷 +4 位作者 黄莉璎 刘晓鹏 杨盛奋 金京勋 王弋 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2024年第12期64-72,共9页

为了建立可快速检测猫杯状病毒(FCV)的方法,本试验采用肽核酸(PNA)设计分子信标荧光探针,优化反应体系和条件,建立了FCV实时荧光定量逆转录PCR(RT-qPCR)检测方法,对该方法的敏感性、特异性和重复性进行验证,并进行临床样本检测。结果显... 为了建立可快速检测猫杯状病毒(FCV)的方法,本试验采用肽核酸(PNA)设计分子信标荧光探针,优化反应体系和条件,建立了FCV实时荧光定量逆转录PCR(RT-qPCR)检测方法,对该方法的敏感性、特异性和重复性进行验证,并进行临床样本检测。结果显示,建立的RT-qPCR检测FCV参考株具有良好的线性关系(R^(2)=0.9995),最低检测限为1×10^(2)TCID_(50)/mL,对其他相关病毒无有效响应,组内变异系数和组间变异系数均小于1%。应用该方法检测33份临床样本,阳性率为51.5%。由此可见,本试验建立的RT-qPCR敏感性、特异性和重复性均良好,可为FCV的早期快速诊断和疫病防控等提供检测手段。 展开更多

关键词 猫杯状病毒(FCV) 肽核酸(PNA) 分子信标荧光探针 实时荧光定量逆转录PCR(RT-qPCR) 开放阅读框(ORF)

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黑麦草抗冻蛋白基因的cDNA克隆及序列分析 被引量：3

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作者 邓顺阳 张党权 +5 位作者 樊绍刚 谷振军 黄青云 明付焕 祝全东 郭林林 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期18-22,共5页

对多年生黑麦草进行冷胁迫处理后,提取叶片总RNA,采用RT-PCR法获得了LpAFP成熟蛋白的cDNA克隆。序列分析结果表明,该成熟蛋白的开放读码框(ORF)长度为357 bp,编码一条由118个氨基酸组成的多肽。生物信息学分析结果表明,黑麦草成熟抗冻... 对多年生黑麦草进行冷胁迫处理后,提取叶片总RNA,采用RT-PCR法获得了LpAFP成熟蛋白的cDNA克隆。序列分析结果表明,该成熟蛋白的开放读码框(ORF)长度为357 bp,编码一条由118个氨基酸组成的多肽。生物信息学分析结果表明,黑麦草成熟抗冻蛋白与其他植物抗冻蛋白的同源性较低,与鱼类抗冻蛋白和昆虫抗冻蛋白则没有同源性。 展开更多

关键词 生物技术 黑麦草 抗冻蛋白 CDNA克隆 开放读码框 生物信息学

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植物细胞质雄性不育与线粒体 被引量：2

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作者 雷刚 方荣 +3 位作者 周坤华 黄月琴 袁欣捷 陈学军 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期1617-1626,共10页

细胞质雄性不育(cytoplasmic male sterility,CMS)是由于核基因组与细胞质基因组之间不协调互作导致的一种雄性器官异常而雌器官可以接受外来花粉正常结实的自然现象。在生产上,CMS是植物杂交制种的有力工具和杂种优势利用的重要途径。... 细胞质雄性不育(cytoplasmic male sterility,CMS)是由于核基因组与细胞质基因组之间不协调互作导致的一种雄性器官异常而雌器官可以接受外来花粉正常结实的自然现象。在生产上,CMS是植物杂交制种的有力工具和杂种优势利用的重要途径。对CMS分子机制的解析是其有效利用的基础,一直以来都是研究的热点,然而其机制研究却相对滞后。该文从线粒体嵌合基因(orfs)形成、特征及分类,基因转录后修饰(RNA编辑)的特点及与CMS的关系,基因翻译产物特征、分类及其与CMS的关系等3个方面综述了近年来植物胞质雄性不育的机制研究进展,以期为进一步深入解析其分子机制提供理论参考。 展开更多

关键词 胞质雄性不育 线粒体嵌合基因/开放阅读框 RNA编辑 能量赤字 毒性蛋白 程序性细胞死亡

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半滑舌鳎GAPDH基因开放读码框的克隆及序列分析 被引量：1

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作者 陈蓉 饶颖竹 +1 位作者 梁静真 邓富琳 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第19期126-130,共5页

甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)广泛存在于真核生物中,对许多生理活动具有重要作用。参考金头鲷和斑马鱼的甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)基因序列设计一对简并引物,提取半滑舌鳎肌肉组织总RNA,采用RT-PCR技术对GAPDH基因进行克隆测序及序列... 甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)广泛存在于真核生物中,对许多生理活动具有重要作用。参考金头鲷和斑马鱼的甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)基因序列设计一对简并引物,提取半滑舌鳎肌肉组织总RNA,采用RT-PCR技术对GAPDH基因进行克隆测序及序列分析。结果表明,从半滑舌鳎肌肉组织中成功克隆了GAPDH基因的开放读码框(ORF),序列全长1 002 bp,编码333个氨基酸,分子量为36.0235 ku,等电点PI为7.75。序列同源性分析显示,该序列与其他鱼类的GAPDH氨基酸序列具有较高的同源性。 展开更多

关键词 半滑舌鳎 甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH) 开放读码框(ORF) 克隆 序列分析

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应用改进的多聚组氨酸标签T7表达载体构建肺癌cDNA文库 被引量：1

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作者 董晓民 钟理 +1 位作者 樊江平 张旭朏 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期475-481,共7页

应用噬菌体C端展示系统构建的cDNA文库缺乏开放阅读框筛选机制,文库中多数噬菌体克隆展示框外非天然短肽,给后期蛋白质的筛选带来了不便.为实现噬菌体的ORF筛选功能,利用PCR技术对已有载体T7Select10-3b进行改造,在MCS处外源cDNA插入位... 应用噬菌体C端展示系统构建的cDNA文库缺乏开放阅读框筛选机制,文库中多数噬菌体克隆展示框外非天然短肽,给后期蛋白质的筛选带来了不便.为实现噬菌体的ORF筛选功能,利用PCR技术对已有载体T7Select10-3b进行改造,在MCS处外源cDNA插入位点的3'端引入6聚组氨酸筛选标签,经包装后挑取成功表达的单克隆构建肺癌cDNA文库.经镍柱亲和层析后,收集文库中表达组氨酸的克隆,利用化学发光免疫试验进行筛选效果鉴定.结果显示,改造的新型载体可成功表达组氨酸标签,以此构建的肺癌cDNA文库经筛选后,含ORF插入的克隆由筛前的6%提高至70%,本研究为提高cDNA文库的质量提供了一种简便可行的方法. 展开更多

关键词 组氨酸标签 T7噬菌体展示文库 开放阅读框

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2株微孢子虫热激蛋白Hsp70的ORF研究

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作者 马兰 李灿 《贵州农业科学》 CAS 北大核心 2013年第8期139-143,147,共6页

为探讨微孢子虫的起源、分类地位及亲缘关系,在系统发育分析的基础上,对家蚕微孢子虫(Nosema.bombycis)和柞蚕微孢子虫(N.antheraeae)Hsp70基因的ORF序列进行克隆、测序,同时将2种微孢子虫的Hsp70基因的ORF序列翻译成氨基酸序列,利用Exp... 为探讨微孢子虫的起源、分类地位及亲缘关系,在系统发育分析的基础上,对家蚕微孢子虫(Nosema.bombycis)和柞蚕微孢子虫(N.antheraeae)Hsp70基因的ORF序列进行克隆、测序,同时将2种微孢子虫的Hsp70基因的ORF序列翻译成氨基酸序列,利用Expasy蛋白质数据库的分析工具和DNAstar软件对其功能进行理论分析和预测。结果表明:家蚕微孢子虫和柞蚕微孢子虫的Hsp70氨基酸序列在N端均有一个高度保守的基序GIDLGTT,另外还有被作为线粒体Hsp70标志的2个保守的基序;氨基酸序列相似性比较结果发现,家蚕微孢子虫广东株Hsp70的蛋白氨基酸序列和家蚕微孢子虫日本株的相似性最近,约为96%。系统发育分析发现,微粒子属和变形虫属有较近的亲缘关系。功能预测表明,2种微孢子虫在信号肽剪切位点、跨膜结构域及糖基化位点、二级结构、亲水性、柔韧性等方面均存在异同。 展开更多

关键词 微孢子虫 热激蛋白70 开放读码框

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人类珠蛋白相关基因上游开放阅读框的变异分析 被引量：3

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作者 叶宇华 张倩倩 +4 位作者 钟建美 黎倚红 张立 喻秋霞 徐湘民 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期232-240,共9页

β-地中海贫血症是一种珠蛋白生成障碍的常染色体隐性遗传病。而γ珠蛋白基因的开放表达和胎儿血红蛋白的合成,是缓解β地中海贫血病人临床表型的一个重要因素。本研究针对202个血红蛋白相关调控基因或mi RNA,对1802个β-地中海贫血症... β-地中海贫血症是一种珠蛋白生成障碍的常染色体隐性遗传病。而γ珠蛋白基因的开放表达和胎儿血红蛋白的合成,是缓解β地中海贫血病人临床表型的一个重要因素。本研究针对202个血红蛋白相关调控基因或mi RNA,对1802个β-地中海贫血症患者进行了目标区域捕获测序。通过生物信息学的分析,检测出了所有捕获区域内的突变。进一步对位于5′端非编码区(5′untranslated region,5′UTR)的突变进行系统扫描,共计寻找到41个影响u ORF(upstream open reading frame,u ORF)有或无的功能性突变。从中选取了CHTOP基因(chr1:153606541 C>T)和TGFB1基因(chr19:41859418 G>A)的两个突变,通过定点诱变和双荧光素酶报告实验,在体外证实这两个突变均可显著地改变下游基因的表达。该研究结果为β-地中海贫血症临床表型的精确诊断提供了潜在的筛查靶点。 展开更多

关键词 Β-地中海贫血 突变 5′端非编码区 上游开放阅读框

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DNA核苷酸碱基序列分析软件的编写和应用 被引量：3

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作者 关敏 辜华良 +1 位作者 常雅萍 于永利 《白求恩医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第5期467-469,共3页

目的 :初步分析 DNA测序结果。方法 :采用 Visual Basic6 .0编程语言编写了 DNA碱基序列分析软件。结果 :此软件具备计数碱基、自动查找开放阅读框架 (open reading frame,ORF)、翻译氨基酸序列、查找酶切位点等主要功能。结论 :该软件... 目的 :初步分析 DNA测序结果。方法 :采用 Visual Basic6 .0编程语言编写了 DNA碱基序列分析软件。结果 :此软件具备计数碱基、自动查找开放阅读框架 (open reading frame,ORF)、翻译氨基酸序列、查找酶切位点等主要功能。结论 :该软件适用于初步分析 展开更多

关键词 DNA 碱基序列分析软件 开放阅读框架 核苷酸

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2019-2021年鸭坦布苏病毒广西流行毒株遗传多样性分析 被引量：3

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作者 熊陈勇 尹彦文 +11 位作者 施开创 李军 郑敏 韦显凯 冯淑萍 龙凤 屈素洁 陆文俊 周洪槿 黄海莲 谢守玉 黎宗强 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2022年第8期3099-3111,共13页

【目的】研究鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DTMUV)广西毒株分子遗传特征,以期了解、掌握DTMUV广西毒株流行新特点,为及时调整、制定有效防控措施提供数据支持。【方法】采集2019-2021年广西各地的鸭组织病料,采用已建立的实时荧光定... 【目的】研究鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DTMUV)广西毒株分子遗传特征,以期了解、掌握DTMUV广西毒株流行新特点,为及时调整、制定有效防控措施提供数据支持。【方法】采集2019-2021年广西各地的鸭组织病料,采用已建立的实时荧光定量RT-PCR方法检测DTMUV,根据毒株检测年限和来源地选取部分阳性样品进行DTMUV全序列扩增及测序,并进行序列相似性、重要蛋白关键氨基酸位点、系统发育、全序列重组及遗传进化速率分析。【结果】共获得8株DTMUV全序列,基因组全长为10992 bp,为广西毒株。广西毒株之间开放阅读框(ORF)及E、NS5基因的核苷酸序列相似性分别为97.9%~99.8%、97.0%~99.9%和97.8%~99.9%,氨基酸序列相似性分别为99.1%~99.9%、99.0%~100%和99.3%~99.9%;与国内外参考毒株的核苷酸序列相似性分别为86.4%~99.3%、85.8%~99.5%和87.1%~99.2%,氨基酸序列相似性分别为96.0%~99.8%、94.8%~100%和97.5%~99.9%,且与水禽源TMUV相似性高于其他宿主源。与疫苗株FX2010相比,DTMUV广西毒株E蛋白共有11个氨基酸位点发生变异,其中第43、150、153、326、403、464及487位为广西毒株独特的氨基酸突变。ORF遗传进化分析结果显示,广西毒株均分布于2.1亚群,而源自广西的GX2011和GX2015株隶属于2.2亚群,表明DTMUV广西流行毒株进化趋势不完全一致;E、NS5基因系统发育趋势与ORF相似。重组分析结果表明,GXBH01-2019、GXZS02-2020、ziYY150901及HB2016株检测有重组信号。E、NS5基因的遗传进化速率估算分别为1.31×10^(-3)和1.30×10^(-3)替换/(位点·年),表明二者进化较为同步。【结论】当前DTMUV广西流行毒株表现为与主要流行毒株亲缘性较近,E蛋白发生特有氨基酸突变,进化趋势不一致,存在重组现象等分子特征,结果为制定有效防控措施提供了基础数据。 展开更多

关键词 鸭坦布苏病毒(DTMUV) 开放阅读框(ORF) E基因 NS5基因 遗传多样性

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鲤鱼NOD1基因克隆与组织特异性表达分析

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作者 黄建勋 安利国 +2 位作者 袁金铎 张福淼 杨桂文 《济南大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2012年第3期260-265,共6页

利用RT-PCR技术在鲤鱼(Cyprinus carpio)中首次克隆得到了NOD1基因编码序列全长。生物信息学分析发现,鲤鱼NOD1具有3个保守结构域和相应的保守位点,在进化中与草鱼亲缘关系最近;半定量RT-PCR分析NOD1基因在鲤鱼不同组织中分布发现,NOD1... 利用RT-PCR技术在鲤鱼(Cyprinus carpio)中首次克隆得到了NOD1基因编码序列全长。生物信息学分析发现,鲤鱼NOD1具有3个保守结构域和相应的保守位点,在进化中与草鱼亲缘关系最近;半定量RT-PCR分析NOD1基因在鲤鱼不同组织中分布发现,NOD1在头肾和血液中表达最高,在肌肉、皮肤和性腺中表达量最少;鳗弧菌(V.anguillarum)刺激后NOD1基因在肝脏、脾脏、头肾和前肠中表达量都有明显上升。研究结果显示NOD1在鲤鱼应对鳗弧菌刺激天然免疫过程中可能发挥着重要作用。 展开更多

关键词 鲤鱼 NOD1 克隆 开放性阅读框

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