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13种虫媒病毒基因芯片检测方法的建立
被引量：
13
1
作者
朱晓光
杨银辉
+4 位作者
康晓平
刘洪
胡玉洋
曾海攀
祝庆余
《解放军医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第8期832-835,共4页
目的建立能对虫媒病毒进行属水平筛查及种水平鉴定的基因芯片技术,为虫媒病毒提供一种高通量的检测与鉴定技术。方法从GenBank获得13种虫媒病毒的全部基因组序列,利用Clustal X和BLAST等比对软件,设计针对这些虫媒病毒所在的3个属的通...
目的建立能对虫媒病毒进行属水平筛查及种水平鉴定的基因芯片技术,为虫媒病毒提供一种高通量的检测与鉴定技术。方法从GenBank获得13种虫媒病毒的全部基因组序列,利用Clustal X和BLAST等比对软件,设计针对这些虫媒病毒所在的3个属的通用寡核苷酸探针,用于病毒的属水平筛查。然后设计针对每种病毒的特异性寡核苷酸探针,用于每种病毒的检测鉴定。寡核苷酸探针长度均为70mer,将设计好的探针与GenBank上所有病毒基因组序列进行比对,验证其种属特异性,然后进行探针合成和基因芯片制备。所有病毒在BSL-3和BSL-2实验室进行培养,待检病毒核酸通过锚定随机PCR进行扩增,经荧光染料标记后与基因芯片杂交,利用激光共聚焦扫描仪扫描后进行结果分析。结果所检测的13种虫媒病毒均可获得种特异性及所在属的属特异性杂交信号,非特异性杂交信号不明显。分别用两种不同的病毒混合后,进行模拟混合病毒感染,也得到了相应的特异杂交信号。结论初步建立了13种虫媒病毒的基因芯片检测技术,可用于这些病毒的属水平筛查及种水平鉴定,并且可以进行混合感染标本的检测,为虫媒病毒的检测与鉴定提供了一种新的手段。
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关键词
寡核苷酸序列分析
虫媒病毒
检测
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职称材料
免疫抑制剂代谢相关基因多态性检测芯片的研制及其在肝移植患者中的应用
被引量：
2
2
作者
姜楠
李洋
+7 位作者
胥顺
傅斌生
汪国营
李华
汪根树
张剑
杨扬
陈规划
《器官移植》
CAS
CSCD
2013年第3期127-135,共9页
目的建立一种快速、准确的检测免疫抑制剂常见代谢相关基因多态性的微阵列芯片技术,明确肝移植供、受体细胞色素P450家族细胞色素3A5(cytochrome P4503A5,CYP3A5)及多药耐药1(multidrug resistance1,MDR1)基因多态性对术后患者他克莫司(...
目的建立一种快速、准确的检测免疫抑制剂常见代谢相关基因多态性的微阵列芯片技术,明确肝移植供、受体细胞色素P450家族细胞色素3A5(cytochrome P4503A5,CYP3A5)及多药耐药1(multidrug resistance1,MDR1)基因多态性对术后患者他克莫司(FK506)浓度/剂量比(C/D)的影响。方法选取CYP3A5和MDR1基因外显子的8个常见变异基因位点(CYP3A5Exon1、Exon2、Exon3、Exon13和MDR1Exon1、Exon12、Exon21、Exon26)设计特异性野生型、突变型引物检测探针,通过AD3200微阵列芯片点样仪点样于醛基基片上,室温保湿过夜固定。采用该基因芯片对109份肝移植供、受者全血标本进行检测,每份样本重复检测3次,GenePix4100共聚焦扫描仪阅读芯片,GenePixPro410芯片图像分析软件分析结果,根据同一检测位点野生型探针和突变型探针在阴阳性状态的信号值比值来确定探针的切值(cut-off值)。引物探针和样本微阵列芯片检测结果与脱氧核糖核酸(DNA)测序作比对进行验证。进一步分析临床资料完整的32例肝移植患者,比较供、受体CYP3A5和MDR1基因多态性对患者FK506C/D值的影响。结果芯片样点分布均匀、清晰、规整度好、无漏点和连点,突变型探针和野生型探针的荧光信号强度区分明显;按照突变型探针和野生型探针的荧光强度比值设定cut-off值,结果易于判断,芯片检测结果与测序结果符合率高达99%。供体CYP3A5基因Exon3第6986位点A/G单核苷酸多态性(CYP3A5*3)与FK506C/D值有关,术后2、4、12周供体CYP3A5*1/*1和*1/*3型患者的FK506C/D值明显低于*3/*3型患者(均为P<0.05),而供、受体CYP3A5其它基因型及供受体MDR1各基因型组间FK506C/D值相比差异无统计学意义(均为P>0.05)。结论供体CYP3A5基因第6986位点携带*1等位基因的患者需更高剂量FK506才能达到目标血药浓度。CYP3A5和MDR1基因多态性的微阵列芯片技术的检测效果理想,可重复性强,为肝移植术后免疫抑制剂的个体化用药提供可靠的参考指标。
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关键词
微阵列芯片技术
寡核苷酸序列分析
基因位点
他克莫司
细胞色素3A5
多药耐药基因
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职称材料
题名
13种虫媒病毒基因芯片检测方法的建立
被引量：
13
1
作者
朱晓光
杨银辉
康晓平
刘洪
胡玉洋
曾海攀
祝庆余
机构
军事医学科学院微生物流行病研究所病原微生物生物安全国家重点实验室
北京华大基因技术有限公司
出处
《解放军医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第8期832-835,共4页
文摘
目的建立能对虫媒病毒进行属水平筛查及种水平鉴定的基因芯片技术,为虫媒病毒提供一种高通量的检测与鉴定技术。方法从GenBank获得13种虫媒病毒的全部基因组序列,利用Clustal X和BLAST等比对软件,设计针对这些虫媒病毒所在的3个属的通用寡核苷酸探针,用于病毒的属水平筛查。然后设计针对每种病毒的特异性寡核苷酸探针,用于每种病毒的检测鉴定。寡核苷酸探针长度均为70mer,将设计好的探针与GenBank上所有病毒基因组序列进行比对,验证其种属特异性,然后进行探针合成和基因芯片制备。所有病毒在BSL-3和BSL-2实验室进行培养,待检病毒核酸通过锚定随机PCR进行扩增,经荧光染料标记后与基因芯片杂交,利用激光共聚焦扫描仪扫描后进行结果分析。结果所检测的13种虫媒病毒均可获得种特异性及所在属的属特异性杂交信号,非特异性杂交信号不明显。分别用两种不同的病毒混合后,进行模拟混合病毒感染,也得到了相应的特异杂交信号。结论初步建立了13种虫媒病毒的基因芯片检测技术,可用于这些病毒的属水平筛查及种水平鉴定,并且可以进行混合感染标本的检测,为虫媒病毒的检测与鉴定提供了一种新的手段。
关键词
寡核苷酸序列分析
虫媒病毒
检测
Keywords
oligonucleotide array sequence analysis
,
arboviruscs
detection
分类号
R373.3 [医药卫生—病原生物学]
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职称材料
题名
免疫抑制剂代谢相关基因多态性检测芯片的研制及其在肝移植患者中的应用
被引量：
2
2
作者
姜楠
李洋
胥顺
傅斌生
汪国营
李华
汪根树
张剑
杨扬
陈规划
机构
中山大学附属第三医院肝移植中心
中山大学器官移植研究所 广东省器官移植研究中心
中山大学达安基因股份有限公司
出处
《器官移植》
CAS
CSCD
2013年第3期127-135,共9页
基金
国家重点基础研究发展计划(973计划)(2009CB522404)
广东省科技计划项目(2009B030801007)
广州市科技计划项目(2009Z1-E211)
文摘
目的建立一种快速、准确的检测免疫抑制剂常见代谢相关基因多态性的微阵列芯片技术,明确肝移植供、受体细胞色素P450家族细胞色素3A5(cytochrome P4503A5,CYP3A5)及多药耐药1(multidrug resistance1,MDR1)基因多态性对术后患者他克莫司(FK506)浓度/剂量比(C/D)的影响。方法选取CYP3A5和MDR1基因外显子的8个常见变异基因位点(CYP3A5Exon1、Exon2、Exon3、Exon13和MDR1Exon1、Exon12、Exon21、Exon26)设计特异性野生型、突变型引物检测探针,通过AD3200微阵列芯片点样仪点样于醛基基片上,室温保湿过夜固定。采用该基因芯片对109份肝移植供、受者全血标本进行检测,每份样本重复检测3次,GenePix4100共聚焦扫描仪阅读芯片,GenePixPro410芯片图像分析软件分析结果,根据同一检测位点野生型探针和突变型探针在阴阳性状态的信号值比值来确定探针的切值(cut-off值)。引物探针和样本微阵列芯片检测结果与脱氧核糖核酸(DNA)测序作比对进行验证。进一步分析临床资料完整的32例肝移植患者,比较供、受体CYP3A5和MDR1基因多态性对患者FK506C/D值的影响。结果芯片样点分布均匀、清晰、规整度好、无漏点和连点,突变型探针和野生型探针的荧光信号强度区分明显;按照突变型探针和野生型探针的荧光强度比值设定cut-off值,结果易于判断,芯片检测结果与测序结果符合率高达99%。供体CYP3A5基因Exon3第6986位点A/G单核苷酸多态性(CYP3A5*3)与FK506C/D值有关,术后2、4、12周供体CYP3A5*1/*1和*1/*3型患者的FK506C/D值明显低于*3/*3型患者(均为P<0.05),而供、受体CYP3A5其它基因型及供受体MDR1各基因型组间FK506C/D值相比差异无统计学意义(均为P>0.05)。结论供体CYP3A5基因第6986位点携带*1等位基因的患者需更高剂量FK506才能达到目标血药浓度。CYP3A5和MDR1基因多态性的微阵列芯片技术的检测效果理想,可重复性强,为肝移植术后免疫抑制剂的个体化用药提供可靠的参考指标。
关键词
微阵列芯片技术
寡核苷酸序列分析
基因位点
他克莫司
细胞色素3A5
多药耐药基因
Keywords
Micro
array
array
er
oligonucleotide
sequence
analysis
Gene locus
Tacrolimus
Cytochrome 3A5
Multidrug resistance gene
分类号
R617 [医药卫生—外科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
13种虫媒病毒基因芯片检测方法的建立
朱晓光
杨银辉
康晓平
刘洪
胡玉洋
曾海攀
祝庆余
《解放军医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2007
13
在线阅读
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职称材料
2
免疫抑制剂代谢相关基因多态性检测芯片的研制及其在肝移植患者中的应用
姜楠
李洋
胥顺
傅斌生
汪国营
李华
汪根树
张剑
杨扬
陈规划
《器官移植》
CAS
CSCD
2013
2
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参考文献
引证文献
统计分析
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