为深入理解白及属植物遗传特性,分析白及属4个物种的密码子使用模式及其主要影响因素,利用CUSP、Codon W 1.4.2及EMBOSS等程序对小白及、白及、华白及和黄花白及4种植物的叶绿体基因组密码子进行有效密码子数分析(ENC-plot)中性绘图、...为深入理解白及属植物遗传特性,分析白及属4个物种的密码子使用模式及其主要影响因素,利用CUSP、Codon W 1.4.2及EMBOSS等程序对小白及、白及、华白及和黄花白及4种植物的叶绿体基因组密码子进行有效密码子数分析(ENC-plot)中性绘图、最优密码子等分析。结果表明:这4个物种共有的4个最优密码子均呈现出第3位碱基为A/U的特征,且所有蛋白编码基因的ENC均超越了35的阈值,反映了白及属植物在密码子偏好性方面的相对较弱趋势;进一步通过奇偶偏好性(PR2-Plot)分析,观察到基因在4个区域中的分布并非均衡;而ENC-Plot则表明,大部分基因均位于标准曲线的下方。此外,在中性绘图分析中,所有基因均显著偏离对角线,向上偏移。因此,密码子的使用偏差受到了突变与自然选择的双重影响,但自然选择在此过程中扮演了更为关键的角色,对密码子偏好性产生了更为显著的影响。展开更多
文摘为深入理解白及属植物遗传特性,分析白及属4个物种的密码子使用模式及其主要影响因素,利用CUSP、Codon W 1.4.2及EMBOSS等程序对小白及、白及、华白及和黄花白及4种植物的叶绿体基因组密码子进行有效密码子数分析(ENC-plot)中性绘图、最优密码子等分析。结果表明:这4个物种共有的4个最优密码子均呈现出第3位碱基为A/U的特征,且所有蛋白编码基因的ENC均超越了35的阈值,反映了白及属植物在密码子偏好性方面的相对较弱趋势;进一步通过奇偶偏好性(PR2-Plot)分析,观察到基因在4个区域中的分布并非均衡;而ENC-Plot则表明,大部分基因均位于标准曲线的下方。此外,在中性绘图分析中,所有基因均显著偏离对角线,向上偏移。因此,密码子的使用偏差受到了突变与自然选择的双重影响,但自然选择在此过程中扮演了更为关键的角色,对密码子偏好性产生了更为显著的影响。
