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人类基因组非冗余Exon/Intron数据库的构建
1
作者
罗冬梅
金鹰
+1 位作者
邓小元
刘海
《华南师范大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2010年第4期87-92,共6页
以Homo.sapiensRefSeq作为原始数据库来构建EID(Exon/Intron Database)可以克服GenBank所带来的冗余问题.通过分析RefSeq基因组数据库中每个CDS(Coding Sequence,编码序列),获得构建EID的相关的数据(基因的定义、基因标识符、基因序列...
以Homo.sapiensRefSeq作为原始数据库来构建EID(Exon/Intron Database)可以克服GenBank所带来的冗余问题.通过分析RefSeq基因组数据库中每个CDS(Coding Sequence,编码序列),获得构建EID的相关的数据(基因的定义、基因标识符、基因序列、蛋白质标识符、蛋白质序列、外显子和内含子的数量、大小、总数、非翻译区(UTR)内含子、内含子相位、内含子剪切位点模式).结果表明,人类24条染色体(22条常染色体和2条性染色体,共计2 870 827355 bps)中含有32 157个基因标识符(gene blocks),其中7 398个基因为假基因,4 014个基因发生了可变剪切(Al-ternative Splicing,AS),15 533个基因含有CDS内含子,765个基因含有UTR内含子,2 585个基因不含有内含子,其他的为异常基因.
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关键词
非冗余外显子/内含子数据库
RefSeq
Homo.sapiens
编码序列
非翻译区
在线阅读
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职称材料
GenBank中CDS..join特征域研究初步
被引量：
2
2
作者
金鹰
《华南师范大学学报（自然科学版）》
CAS
2008年第2期95-99,共5页
由NCBI建立和维护的大型公用数据库GenBank是进行生物学研究最为重要的工具之一.其DNA序列数据库的每条记录描述了相关基因的详细特征,其中的CDS(Coding Sequence)特征域被认为是DNA生成蛋白质的翻译指令,它对GenBank中每条基因的组装...
由NCBI建立和维护的大型公用数据库GenBank是进行生物学研究最为重要的工具之一.其DNA序列数据库的每条记录描述了相关基因的详细特征,其中的CDS(Coding Sequence)特征域被认为是DNA生成蛋白质的翻译指令,它对GenBank中每条基因的组装进行了详细的说明.通过CDS可以很容易在互联网上进行多序列搜索,并获得相关的基因序列、编码蛋白序列及种属特异性信息.利用CDS特征域构建外显子-内含子数据库(Exon-Intron Database,EID)是研究内含子起源、进化和功能的重要手段,本文试图以CDS为线索,解决建库初期从GenBank海量数据中提取相关序列的问题.
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关键词
GENBANK
编码序列
外显子
内含子
EID
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职称材料
题名
人类基因组非冗余Exon/Intron数据库的构建
1
作者
罗冬梅
金鹰
邓小元
刘海
机构
华南师范大学生物光子学研究院
华南师范大学计算机学院
出处
《华南师范大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2010年第4期87-92,共6页
基金
国家自然科学基金专项项目/科学部主任基金项目(30940020)
国家自然科学基金项目(30470495)
文摘
以Homo.sapiensRefSeq作为原始数据库来构建EID(Exon/Intron Database)可以克服GenBank所带来的冗余问题.通过分析RefSeq基因组数据库中每个CDS(Coding Sequence,编码序列),获得构建EID的相关的数据(基因的定义、基因标识符、基因序列、蛋白质标识符、蛋白质序列、外显子和内含子的数量、大小、总数、非翻译区(UTR)内含子、内含子相位、内含子剪切位点模式).结果表明,人类24条染色体(22条常染色体和2条性染色体,共计2 870 827355 bps)中含有32 157个基因标识符(gene blocks),其中7 398个基因为假基因,4 014个基因发生了可变剪切(Al-ternative Splicing,AS),15 533个基因含有CDS内含子,765个基因含有UTR内含子,2 585个基因不含有内含子,其他的为异常基因.
关键词
非冗余外显子/内含子数据库
RefSeq
Homo.sapiens
编码序列
非翻译区
Keywords
non-redundant exon/intron database
RefSeq
Homo.sapiens
coding sequence
untrans cated region
分类号
Q34 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
GenBank中CDS..join特征域研究初步
被引量：
2
2
作者
金鹰
机构
华南师范大学光子中医实验室
出处
《华南师范大学学报（自然科学版）》
CAS
2008年第2期95-99,共5页
文摘
由NCBI建立和维护的大型公用数据库GenBank是进行生物学研究最为重要的工具之一.其DNA序列数据库的每条记录描述了相关基因的详细特征,其中的CDS(Coding Sequence)特征域被认为是DNA生成蛋白质的翻译指令,它对GenBank中每条基因的组装进行了详细的说明.通过CDS可以很容易在互联网上进行多序列搜索,并获得相关的基因序列、编码蛋白序列及种属特异性信息.利用CDS特征域构建外显子-内含子数据库(Exon-Intron Database,EID)是研究内含子起源、进化和功能的重要手段,本文试图以CDS为线索,解决建库初期从GenBank海量数据中提取相关序列的问题.
关键词
GENBANK
编码序列
外显子
内含子
EID
Keywords
GenBank
coding sequence
exon
intron
exon
-
intron
-
database
分类号
Q34 [生物学—遗传学]
在线阅读
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
人类基因组非冗余Exon/Intron数据库的构建
罗冬梅
金鹰
邓小元
刘海
《华南师范大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2010
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
GenBank中CDS..join特征域研究初步
金鹰
《华南师范大学学报（自然科学版）》
CAS
2008
2
在线阅读
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职称材料
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参考文献
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