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圈养野生动物源产气荚膜梭菌分离株的MLST分型及毒力基因分析
1
作者 徐春忠 徐锋 王建 《野生动物学报》 北大核心 2025年第3期674-680,共7页
为了解上海地区动物园流行的产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)的ST型,探讨其可能的遗传进化关系和潜在致病性,通过细菌基因组框架图测序对10株产气荚膜梭菌进行回顾性研究,对菌株MLST分型和致病性进行分析。结果显示:10株菌均为A... 为了解上海地区动物园流行的产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)的ST型,探讨其可能的遗传进化关系和潜在致病性,通过细菌基因组框架图测序对10株产气荚膜梭菌进行回顾性研究,对菌株MLST分型和致病性进行分析。结果显示:10株菌均为A型产气荚膜梭菌,分属于6个新的ST型,并携带有大量的毒力基因,包括plc(α毒素)、pfoA(θ毒素)等16种主要的毒力因子,以及hlyⅢ、hlyB等22种可能来源于其他菌属的毒力基因。研究发现,动物园的产气荚膜梭菌以A型为主,但存在遗传多样性、宿主多样性等特点,同时携带大量的毒力因子对人和动物均存在较大的风险。 展开更多
关键词 动物园 产气荚膜梭菌 多位点序列分型 致病性
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生鲜蔬菜来源的蜡样芽胞杆菌毒力基因分布与MLST分析 被引量：1
2
作者 瞿洋 杨正阳 +2 位作者 周昌艳 林婷 索玉娟 《上海农业学报》 2024年第3期79-85,共7页
为了解生鲜蔬菜来源蜡样芽胞杆菌的分子流行病学特征,采用PCR技术对来自5种生鲜蔬菜的37株蜡样芽胞杆菌分离株进行了毒力基因(nheA、nheB、nheC、hblA、hblC、hblD、entFM、cytK、ces)检测和多位点序列分型(MLST)分析。结果表明:37株分... 为了解生鲜蔬菜来源蜡样芽胞杆菌的分子流行病学特征,采用PCR技术对来自5种生鲜蔬菜的37株蜡样芽胞杆菌分离株进行了毒力基因(nheA、nheB、nheC、hblA、hblC、hblD、entFM、cytK、ces)检测和多位点序列分型(MLST)分析。结果表明:37株分离株除呕吐毒素基因ces未检出外,其他8个毒力基因均有检出,其中溶血性肠毒素基因nheB的检出率最高,为94.6%,其次为溶血素基因hblC、hblD、hblA和肠毒素基因entFM,检出率均超过80%,溶血性肠毒素基因nheA和nheC检出率较低,分别为78.4%和64.9%;细胞毒素基因cytK的检出率最低,为29.7%。根据毒力基因携带模式,将37株分离菌株分成14个型别,II型携带率最高,携带Hbl和Nhe两种基因的型别有I型、II型和IV型。MLST分析则发现,37株分离菌株可分为30个ST型和5个CC群。ST4和ST378为主要ST型;CC142分布最广泛,不仅包含的ST型最多,而且携带5种毒力型别。以上结果表明,上海市蔬菜中蜡样芽胞杆菌具有潜在肠毒性危害并在遗传上呈现出多样性。该结果对蔬菜中蜡样芽胞杆菌引起食物的监控、预警和爆发后感染源追踪具有指导意义。 展开更多
关键词 蜡样芽胞杆菌 蔬菜 毒力基因 mlst
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2018-2020年河北省儿童医院碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌的耐药特征分析
3
作者 于文静 李梅 +3 位作者 郭映辉 徐茜茹 李圆龙 王启 《中国感染与化疗杂志》 北大核心 2025年第2期181-186,共6页
目的 了解儿童患者分离的碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)的耐药特性和分布特征,为儿童CRKP感染的预防和治疗以及感染控制提供依据。方法 收集2018年1月-2020年12月河北省儿童医院临床分离的182株CRKP,并采用MALDI-TOF MS鉴定细菌。... 目的 了解儿童患者分离的碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)的耐药特性和分布特征,为儿童CRKP感染的预防和治疗以及感染控制提供依据。方法 收集2018年1月-2020年12月河北省儿童医院临床分离的182株CRKP,并采用MALDI-TOF MS鉴定细菌。采用聚合酶链反应检测碳青霉烯酶基因(bla_(KPC)、bla_(NDM)、bla_(IMP)、bla_(VIM)、bla_(OXA-48))。采用多位点序列分型(MLST)对菌株进行同源性分析。结果 182例感染CRKP的患儿主要为婴儿(>28 d~<1岁),占49.45%(90/182);其次为新生儿(≤28 d),占36.26%(66/182)。182株CRKP主要来源于痰液(50.55%,92/182)、血液(15.93%,29/182)和尿液(13.19%,24/182);主要分布在新生儿科(30.22%,55/182)、普外科(21.43%,39/182)、心外科(13.19%,24/182)和重症科(11.54%,21/182)。药敏结果显示182株CRKP对头孢吡肟、头孢他啶、哌拉西林-他唑巴坦和头孢哌酮-舒巴坦耐药率为100%;对氨曲南的耐药率为97.8%;对阿米卡星、环丙沙星和左氧氟沙星的耐药率分别为71.4%、81.9%和75.8%;对多西环素的耐药率为69.2%;对替加环素的耐药率较低,为2.7%。碳青霉烯酶基因主要为bla_(KPC-2)(73.63%,134/182),其次为bla_(NDM-5) (15.38%,28/182)和bla_(NDM-1) (11.54%,21/182)。MLST共鉴定出15种不同的序列型,其中最常见的分型是ST11型(72.53%,132/182);其次为ST17型(11.54%,21/182)。结论 该院临床分离的CRKP耐药情况严重,临床应尽量根据药敏结果选用敏感药物,以减少耐药菌株的出现。携带bla_(KPC-2)基因的ST11型CRKP可能已在医院内播散,应采取有效的控制措施,避免耐药菌株进一步扩散。 展开更多
关键词 儿童 碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌 耐药性 多位点序列分型
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江苏省鸡源沙门菌的分子流行病学特征分析 被引量：1
4
作者 苏韦赫 吉星 +3 位作者 张莉莉 王佳芸 何涛 王冉 《江苏农业学报》 北大核心 2025年第6期1188-1196,共9页
为明确江苏省鸡源沙门菌的分子流行病学特征,本研究通过采集江苏省8市规模化养鸡场病鸡粪便样本1641份,分离沙门菌,并使用微量肉汤稀释法测定沙门菌分离菌株对抗菌药物的敏感性,基于全基因组测序技术分析分离菌株的耐药基因、毒力基因... 为明确江苏省鸡源沙门菌的分子流行病学特征,本研究通过采集江苏省8市规模化养鸡场病鸡粪便样本1641份,分离沙门菌,并使用微量肉汤稀释法测定沙门菌分离菌株对抗菌药物的敏感性,基于全基因组测序技术分析分离菌株的耐药基因、毒力基因的携带情况,通过鉴定沙门菌的抗原结构式判断分离菌株的血清型,通过多位点序列分型(MLST)和系统发育树分析江苏省沙门菌的流行特征。结果表明,从1641份鸡粪样品中共分离出266株沙门菌,分离率为16.21%;分离菌株对氨苄西林和磺胺甲口恶唑的耐药率较高,分别为56.39%和55.64%;多重耐药菌占比为53.38%。携带sul2、bla_(TEM-1)和tetA等耐药基因的菌株比例较高,分别为59.40%、56.77%和39.10%。分离菌株的多位点序列分型(MLST)共鉴定出21种ST型,其中ST11型占比高达49.62%。血清型以肠炎、鸡白痢、鼠伤寒和印第安纳为主。分离得到的沙门菌共分为5个遗传进化分支,相同的养殖场分离株之间遗传进化关系比较接近,不同养殖场分离株的遗传关系较远。本研究结果为江苏省鸡源沙门菌的精准防治提供了依据。 展开更多
关键词 鸡源沙门菌 流行病学 血清型 多位点序列分型 耐药基因 毒力基因
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多位点序列分型(MLST)在艾伯特埃希菌鉴定中的应用 被引量：13
5
作者 刘祥 许彦梅 +6 位作者 王斌 邓建平 肖波 孙松松 周阳 熊衍文 王红 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期1033-1036,共4页
目的探讨多位点序列分型技术在新病原艾伯特埃希菌发现与鉴定中的应用。方法采用MLST技术对生鲜肉中分离的30株疑似艾伯特埃希菌的7个管家基因进行PCR扩增、测序、DNAstar软件分析,核酸序列上传至大肠杆菌MLST数据库进行比对,确定其等... 目的探讨多位点序列分型技术在新病原艾伯特埃希菌发现与鉴定中的应用。方法采用MLST技术对生鲜肉中分离的30株疑似艾伯特埃希菌的7个管家基因进行PCR扩增、测序、DNAstar软件分析,核酸序列上传至大肠杆菌MLST数据库进行比对,确定其等位基因编号及基因序列型(ST型),并利用MEGA6.0软件Neighbor-joining法构建遗传进化树,与大肠埃希菌、志贺氏菌、艾伯特埃希菌和伤寒沙门氏菌参考菌株进行亲缘性分析。结果 30株菌可分为7种新序列型(16株)和4种已知序列型(14株),N-J分析显示与艾伯特埃希菌参考菌株具有高度亲缘性,而与大肠埃希菌、志贺氏菌、弗格森埃希菌和鼠伤寒沙门氏菌存在较大差异。结论 MLST在管家基因水平上准确地确定艾伯特埃希菌的种属关系,首次在国内发现艾伯特埃希菌的存在。 展开更多
关键词 多位点序列分型技术(mlst) 艾伯特埃希菌 新病原
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社区和医院获得性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌MLST联合SCCmec基因分型及耐药性比较 被引量：14
6
作者 纪冰 王凤霞 +6 位作者 赵红梅 孙吉花 王涛 刘永云 李娜 孟玮 张玉梅 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期52-55,共4页
目的了解社区获得性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(CA-MRSA)和医院获得性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(HAMRSA)分离株的耐药性及遗传背景。方法对CA-MRSA和HA-MRSA进行多位点序列分型(MLST)检测,应用多重聚合酶链式反应(PCR)技术对CA-MRSA和HA-... 目的了解社区获得性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(CA-MRSA)和医院获得性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(HAMRSA)分离株的耐药性及遗传背景。方法对CA-MRSA和HA-MRSA进行多位点序列分型(MLST)检测,应用多重聚合酶链式反应(PCR)技术对CA-MRSA和HA-MRSA进行SCCmec基因分型;采用Walk WAY96PLUS PC33药敏板联合K-B纸片扩散法检测CA-MRSA和HA-MRSA抗菌药物敏感性。结果 63株HA-MRSA共检测出2个基因型,4株CA-MRSA共检测出4个基因型,二者遗传背景完全不同。HA-MRSA对红霉素、克林霉素、四环素、庆大霉素、左氧氟沙星和环丙沙星耐药率显著高于CAMRSA(均P<0.05)。结论滨州医学院附属医院CA-MRSA和HA-MRSA分型及主要流行株存在差异,CA-MSSA药物敏感性明显高于HA-MRSA;MLST联合SCCmec基因分型方法是MRSA分子流行病学分析的有效方法。 展开更多
关键词 社区获得性 医院获得性 金黄色葡萄球菌 多位点序列分型 葡萄球菌mec盒式染色体
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利用MLST技术对浙江省大肠杆菌O157的分子流行病学研究 被引量：7
7
作者 叶菊莲 占利 +3 位作者 梅玲玲 罗芸 姚苹苹 姜理平 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第10期901-904,共4页
目的对浙江省2005-2010年大肠杆菌O157分离株进行分子分型研究,了解菌株间的遗传进化关系,为浙江省大肠杆菌O157监测及爆发疫情的控制提供基础。方法选择Pasteur大肠杆菌多位点序列分型(Multilocus SequenceTyping,MLST)方案,对大肠杆菌... 目的对浙江省2005-2010年大肠杆菌O157分离株进行分子分型研究,了解菌株间的遗传进化关系,为浙江省大肠杆菌O157监测及爆发疫情的控制提供基础。方法选择Pasteur大肠杆菌多位点序列分型(Multilocus SequenceTyping,MLST)方案,对大肠杆菌O157分离株及882364菌株进行MLST分型,确定菌株序列型(Sequence type,ST);采用DNAsp、eBURST、START2等软件进行分析。结果 30株菌中,27株O157∶H7菌株具备相同序列型(ST-284),占90%(27/30),其他3株菌序列型分别为ST-367、ST-125、ST-296。8个管家基因核苷酸多态性(Pi)范围为0.00119(polB)～0.00648(uidA),putP基因多态性位点比例最高(4.6%),trpA基因多态性位点比例最低(0.4%)。进化分析结果显示,这些序列型分别属于Group 1及Group 11群。结论浙江省动物源性大肠杆菌O157∶H7的主要序列型为ST-284,与江苏省病人株882364(ST-296)具有同一个进化祖先,提示应加强浙江省大肠杆菌O157病原学监测。 展开更多
关键词 大肠杆菌O157 多位点序列分型(mlst) 管家基因 分子流行病学
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动物源肺炎克雷伯菌耐药性及MLST分析 被引量：16
8
作者 杨帆 魏纪东 +1 位作者 李敏 赵永新 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期776-780,共5页
为了解本地区动物源肺炎克雷伯菌耐药性及分子流行病学特征,本研究收集分离于4种动物的肺炎克雷伯菌67株,采用K-B纸片扩散法和肉汤稀释法测定其对15种常用抗生素的敏感性,并采用多位点序列分型技术（MLST）对所有菌株进行分子遗传学分析... 为了解本地区动物源肺炎克雷伯菌耐药性及分子流行病学特征,本研究收集分离于4种动物的肺炎克雷伯菌67株,采用K-B纸片扩散法和肉汤稀释法测定其对15种常用抗生素的敏感性,并采用多位点序列分型技术（MLST）对所有菌株进行分子遗传学分析;同时利用e BURST软件对多位点序列分型结果进行分析。药敏结果显示,67株动物源肺炎克雷伯菌对15株常用抗生素的耐药率为2.99%-61.19%,多重耐药菌株占40.3%,不同来源的菌株耐药性存在明显差异。MLST分析表明,全部菌株共分成17个ST型,其中鸡源菌株有5个（ST235、ST37、ST2019、ST2021、ST726）、猪源菌株有6个（ST258、ST11、ST270、ST106、ST1863、ST263）、兔源菌株有4个（ST17、ST148、ST60、ST168）、犬源菌株有3个（ST11、ST65、ST74）,其中ST11为猪源菌株和犬源菌株共有的类型。结果表明肺炎克雷伯菌在不同动物中的流行表现一定的分子差异,对常用抗生素的耐药呈现多重耐药的趋势。本研究将肺炎克雷伯菌的耐药表型与MLST分子型结合进行调查研究,揭示二者间关系,为进一步开展肺炎克雷伯菌分子流行病学研究、防控耐药菌株的暴发流行提供依据。 展开更多
关键词 肺炎克雷伯菌 动物 耐药性 多位点序列分型
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海南省腹泻患者艰难梭菌感染状况调查
9
作者 徐特龙 张亚淋 +10 位作者 白璐璐 李烈飞 姜亚军 王少玲 张文竹 李颖 王瑞 张必科 卢金星 吴媛 遇晓杰 《中国抗生素杂志》 北大核心 2025年第1期70-77,共8页
目的了解海南地区腹泻患者中艰难梭菌感染的分子流行病学特征和耐药性特征,为有效防控艰难梭菌感染的潜在暴发流行提供科学依据。方法对2021—2022年在海南地区4家医院中收集腹泻患者的粪便样本进行RT-PCR检测艰难梭菌,并进行厌氧培养... 目的了解海南地区腹泻患者中艰难梭菌感染的分子流行病学特征和耐药性特征,为有效防控艰难梭菌感染的潜在暴发流行提供科学依据。方法对2021—2022年在海南地区4家医院中收集腹泻患者的粪便样本进行RT-PCR检测艰难梭菌,并进行厌氧培养分离艰难梭菌,对所有分离株使用PCR法检测毒素基因及MLST分型,采用E-test条法进行药物敏感性检测。结果共收集205份样本,其中核酸阳性率为10.73%(22/205),共分离17株艰难梭菌。在所有分离株中,有1株为非产毒艰难梭菌,16株为产毒株(tcdA/B+)。MLST共发现15个ST型别,其中ST3(clade 1)、ST5(clade 3)各2株,其余ST型均各一株,并发现一株新ST型别。药敏结果表明,分离艰难梭菌对克林霉素(58.8%)、红霉素(47.1%)、莫西沙星(23.5%)以及利福平(11.8%)呈现不同程度耐药。此外,所有分离菌株均对万古霉素、甲硝唑、氯霉素、美罗培南和四环素敏感。结论海南省腹泻患者中艰难梭菌的感染多为产毒株,分子分型具有高度的离散特征,优势克隆群不明显,但clade 3群菌株分离率高于既往其他地区报道,应加强开展艰难梭菌的持续监测。 展开更多
关键词 艰难梭菌 艰难梭菌感染 腹泻 耐药性 多位点序列分型
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两株布鲁菌MLST新序列型(ST)的鉴定 被引量：2
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作者 吕燕宁 郭潇潇 +6 位作者 陈丽娟 吕冰 常建华 华文浩 王慧珠 黎新宇 王全意 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期434-440,446,共8页
目的对北京地区分离自布病患者血液的2株布鲁菌进行多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)及其遗传学特征进行研究,为布病的预防和控制提供科学依据。方法应用布鲁菌属特异性PCR(BCSP31-PCR)和种/型特异性PCR(AMOS-PCR)对分... 目的对北京地区分离自布病患者血液的2株布鲁菌进行多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)及其遗传学特征进行研究,为布病的预防和控制提供科学依据。方法应用布鲁菌属特异性PCR(BCSP31-PCR)和种/型特异性PCR(AMOS-PCR)对分离的2株布鲁菌进行鉴定,采用MLST技术对2株布鲁菌分离株的19个管家基因、1个外膜蛋白基因及1个基因间区的序列进行测定,与MLST数据库中的等位基因序列进行比对,确定菌株的等位基因谱及9位点和21位点序列型(sequence type,ST)。采用聚类分析法研究2株菌ST型与各种布鲁菌已知ST型的遗传进化关系。结果 2株分离株经BCSP31-PCR鉴定为布鲁菌属细菌,AMOS-PCR鉴定为非羊种、非牛种1、2、4型、非猪种1型、非绵羊附睾种布鲁菌;MLST分析显示,2株菌的等位基因编号(gap/aroA/glk/dnaK/gyrB/trpE/cobQ/int-hyp/omp25/prpE/caiA/csdB/soxA/leuA/mviM/fumC/fbaA/ddlA/putA/mutL/acnA)分别为2、1、2、2、1、3、1、4、1、13、2、2、2、2、1、1、3、7、6、2、3和2、1、2、2、1、3、1、4、29、13、2、2、2、2、1、1、3、7、6、2、3,比对MLST数据库,结果显示这2株细菌的等位基因编号组合未见报道,为新ST型。聚类分析显示这2种新的ST型与牛种布鲁菌ST型处于同一分支。结论北京地区分离的2株布鲁菌为新ST型牛种布鲁菌,已被MLST数据库确认,分别命名为ST74和ST75(9位点序列型)与ST108和ST109(21位点序列型)。与同属牛种布鲁菌的ST型遗传关系最近,该结果为北京地区布病的预防和控制提供了科学依据。 展开更多
关键词 布鲁菌 多位点序列分型 序列型 基因分型
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鸡毒支原体LC株全基因组分析及中国流行株多位点序列分型分析
11
作者 方焕新 李琪 +6 位作者 宋子昂 温家明 顾嘉运 王占新 覃健萍 于岩飞 张炜 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第10期5095-5103,共9页
鸡毒支原体(Mycoplasma gallisepticum,MG)感染可引起鸡慢性呼吸道疾病(CRD),影响饲料转化率、产蛋率、孵化率及健苗率,给全球家禽产业造成严重经济损失。本研究旨在分析LC分离株的基因组特性及生物学特征,探索国内流行规律。从孵化厂... 鸡毒支原体(Mycoplasma gallisepticum,MG)感染可引起鸡慢性呼吸道疾病(CRD),影响饲料转化率、产蛋率、孵化率及健苗率,给全球家禽产业造成严重经济损失。本研究旨在分析LC分离株的基因组特性及生物学特征,探索国内流行规律。从孵化厂中采集啄壳不全活胚进行MG分离,对分离株进行二代基因组测序及黏附相关蛋白变异分析。同时,对国内流行MG菌株进行多位点序列分型(MLST)分析。本研究从孵化厂的啄壳不全活胚中分离到一株MG菌株。基因组分析显示,MG基因组小,仅有953.4 kb,GC含量31.5%。注释显示721个编码区,编码密度89.3%,33个tRNA,2个CRISPR序列。功能富集于翻译、代谢和信号转导,具有高效蛋白质合成和环境适应能力,可能存在与毒力调控的相关基因。在黏附相关蛋白P1、P30和hwm3中发生11处氨基酸突变。MLST分析表明,该分离株属于ST-81型,与国内主要流行的ST-78和ST-36共同构成主要流行基因型。MG已成为孵化厂的重要污染因子,伴随着流行的多样性,显著增加了防控难度。本研究解析了LC株的基因组特征和生物学特性,并分析了国内主要流行ST型,这为病原生物学研究及疫苗菌株筛选提供了科学依据。 展开更多
关键词 鸡毒支原体 啄壳不全活胚 基因组 氨基酸突变 多位点序列分型
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浙江省三地区冷鲜鸡中大肠埃希菌耐药谱测定及MLST分子分型分析 被引量：2
12
作者 杨华 何祥祥 +3 位作者 肖英平 钱鸣蓉 张巧艳 唐标 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2017年第6期888-893,共6页
大肠埃希菌是食品中普遍污染的条件致病菌,其耐药性非常严重,耐药基因具有极大的传播风险。为了解浙江省地区禽源大肠埃希菌耐药性特点及分布规律,试验从浙江省3个地区市售冷鲜鸡中分离了59株大肠埃希菌并测定了耐药谱,发现有24种耐药谱... 大肠埃希菌是食品中普遍污染的条件致病菌,其耐药性非常严重,耐药基因具有极大的传播风险。为了解浙江省地区禽源大肠埃希菌耐药性特点及分布规律,试验从浙江省3个地区市售冷鲜鸡中分离了59株大肠埃希菌并测定了耐药谱,发现有24种耐药谱,显示了分离株耐药类型的多样性。同时对分离株进行了Multilocus sequence typing(MLST)分子分型,获得38个已知ST型,并发现2个新的ST型。在此基础上,针对7个看家基因进行了系统发育分析,分离株显示了一定的地区差异性。该试验结果可为浙江省禽源大肠埃希菌的耐药性评价和溯源分析提供参考依据。 展开更多
关键词 大肠埃希菌 细菌耐药性 多位点序列分型(mlst) 系统发育树
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上海市动物源性食品中单增李斯特菌的MLST分析 被引量：9
13
作者 刘萍萍 王少辉 +5 位作者 赵秋华 李蓓蓓 邵东华 史子学 魏建超 马志永 《中国动物传染病学报》 CAS 2013年第4期18-22,共5页
为了解上海市动物性食品中单增李斯特菌的进化情况和群体遗传学特征,本研究采用MLST法和eBURST软件对33株分离株进行分子分型及进化树分析。结果共分成8个型别,并且33株单增李斯特菌之间遗传相关性不是很大。分为4个进化谱系:ST11和ST19... 为了解上海市动物性食品中单增李斯特菌的进化情况和群体遗传学特征,本研究采用MLST法和eBURST软件对33株分离株进行分子分型及进化树分析。结果共分成8个型别,并且33株单增李斯特菌之间遗传相关性不是很大。分为4个进化谱系:ST11和ST196为一个进化谱系,ST9、ST8和ST155为一个进化谱系,ST87和ST277/589为一个进化谱系,所占比例最多的ST121单独一个进化谱系。 展开更多
关键词 单增李斯特菌 mlst分型 管家基因 进化树
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奶牛源产气荚膜梭菌分离鉴定和生物信息学分析
14
作者 王梦瑶 张志 +4 位作者 吴春琳 施志玉 孙学强 姚火春 潘子豪 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第10期5159-5169,共11页
旨在探究我国河北、河南等10个地区奶牛场牛源产气荚膜梭菌分离鉴定类型及5株分离株全基因测序信息。利用PCR、测序等技术对全国规模化奶牛场收集的89份疑似患梭菌病的牛病料进行分离鉴定,结合从NCBI公共数据库中获取的17株牛产气荚膜... 旨在探究我国河北、河南等10个地区奶牛场牛源产气荚膜梭菌分离鉴定类型及5株分离株全基因测序信息。利用PCR、测序等技术对全国规模化奶牛场收集的89份疑似患梭菌病的牛病料进行分离鉴定,结合从NCBI公共数据库中获取的17株牛产气荚膜梭菌基因组,运用生物信息学技术对分离株进行泛基因组,系统发育、毒力基因及耐药基因分析。结果显示:经全基因组测序分析显示,分离菌株基因组大小为2.98~3.19 MB,平均每个基因组含有60个tRNA和2873个基因编码区(CDS)。MLST(多位点序列分型)显示:本研究分离株与从NCBI下载的17株牛源产气荚膜梭菌菌株信息均属于不同类型,除PAN2309B1CP属于ST777型外,其余4株均属于ST72型。22株牛源产气荚膜梭菌共检测到13种耐药基因,30个毒力因子,其中四环素类耐药基因tetA(P)携带率最高,为86.3%。泛基因组结果分析显示,本研究5株分离株共含有7927个基因,核心基因数量为1647(占比21.0%)。核心基因组和plc基因进化树分析显示,PAN2305I2CP、PAN2304V2CP、PAN2404F3CP、PAN2404F4CP均在同一分支,PAN2309B1CP在另一分支。本研究为全国首例对奶牛源产气荚膜梭菌分离鉴定和生物信息学分析,进一步丰富了国内奶牛源产气荚膜梭菌流行株菌株库以及其基因组结构、组成和进化信息。同时对产气荚膜梭菌疾病预防治疗和基因组进一步研究提供参考价值。 展开更多
关键词 奶牛产气荚膜梭菌 分离纯化 全基因组测序 mlst分型 毒力因子 耐药基因 遗传进化
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北京港口水产品中非O1/O139群霍乱弧菌MLST分型研究 被引量：3
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作者 付溥博 张琳 +4 位作者 曾静 张西萌 魏咏新 魏海燕 耿荣 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2018年第4期9-13,共5页
为了分析2008-2011年北京港口进出口水产品中非O1/O139群霍乱弧菌的多位点序列分型(MLST)特征,为霍乱弧菌导致食品安全事件的有效溯源提供理论支持,选取2008-2011年北京港口食源性非O1/O139群霍乱弧菌分离株67株,采用毒力基因PCR检测并... 为了分析2008-2011年北京港口进出口水产品中非O1/O139群霍乱弧菌的多位点序列分型(MLST)特征,为霍乱弧菌导致食品安全事件的有效溯源提供理论支持,选取2008-2011年北京港口食源性非O1/O139群霍乱弧菌分离株67株,采用毒力基因PCR检测并用MLST分析。结果:毒力基因PCR检测结果显示,所有菌株均未检出CTX、tox R、hly A 3种基因。菌株的MLST结果显示,菌株可被分为62个ST型,具有明显的多样性。其中原有STs 2个,新发现STs 60个。同ST型菌株均来源于同一国家,本实验数据同pubmlst数据库中数据进行分析,有7个STs可以归为7个克隆组,它们来源于中国和泰国,同组内STs来源于中国、澳洲、法国、泰国和非洲。表明北京港口非O1/O139群霍乱弧菌遗传特征复杂多样,MLST方法可作为可靠的食品污染溯源手段,相同地区的菌株有一定的地域特点,此研究丰富了现有霍乱弧菌MLST数据库,为其溯源提供支持。 展开更多
关键词 非O1/O139霍乱弧菌 多位点序列分型 北京港口进出口水产品
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无乳链球菌cfb完全缺失导致荧光定量PCR假阴性的分子机制
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作者 王秀 冷贵云 +3 位作者 杨韵司 唐伟 周强 姚杰 《安徽医科大学学报》 北大核心 2025年第9期1624-1630,共7页
目的评估基于CAMP因子基因(cfb)的荧光定量PCR(qPCR)检测无乳链球菌出现假阴性的原因,并深入分析其分子机制。方法收集76例阴道分泌物标本,分别采用靶向cfb的qPCR法和细菌培养法进行检测。对4例qPCR阴性但培养阳性的可疑菌株,通过基质... 目的评估基于CAMP因子基因(cfb)的荧光定量PCR(qPCR)检测无乳链球菌出现假阴性的原因,并深入分析其分子机制。方法收集76例阴道分泌物标本,分别采用靶向cfb的qPCR法和细菌培养法进行检测。对4例qPCR阴性但培养阳性的可疑菌株,通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)、乳胶凝集抗原检测和CAMP试验进行鉴定;利用MGI DNBSEQ-T7和Nanopore-PromethION 48测序平台进行全基因组分析;基于16S rRNA基因构建系统发育树和环形进化树进行菌株确认;进行多位点序列分型(MLST);基于拼接序列和原始数据,对cfb序列进行比对分析;设计cfb特异性引物进行全长扩增及琼脂糖凝胶电泳验证。结果4株可疑菌株经MALDI-TOF MS、抗原检测及16S rRNA基因分析均确认为无乳链球菌,MLST分型均为ST-862型。CAMP试验阴性,全基因组序列比对未发现cfb或其同源序列,cfb特异性PCR扩增无产物,分子层面确认cfb完全缺失。结论无乳链球菌cfb的完全缺失是导致基于该靶标的qPCR检测假阴性的分子机制。提示以单一cfb为靶标的qPCR检测存在局限性,可能影响临床诊断和治疗决策,需引起重视。 展开更多
关键词 无乳链球菌 荧光定量PCR 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 CFB 全基因测序 多位点序列分型
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福州市生殖道沙眼衣原体的MLST分子流行病学研究 被引量：1
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作者 王惠榕 萧剑雄 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期802-805,共4页
目的研究多位点序列分型法(MLST)在福州地区性病门诊人群生殖道沙眼衣原体基因分型中的分辨力,并与来自阿姆斯特丹性病门诊女性患者的样本进行比较。方法采用MLST分型法研究福州性病门诊生殖道沙眼衣原体感染者的基因型,eBURST进行ST型... 目的研究多位点序列分型法(MLST)在福州地区性病门诊人群生殖道沙眼衣原体基因分型中的分辨力,并与来自阿姆斯特丹性病门诊女性患者的样本进行比较。方法采用MLST分型法研究福州性病门诊生殖道沙眼衣原体感染者的基因型,eBURST进行ST型地理分布特征分析。结果从86份阳性标本中可获得完整MLST数据的样本为76份,共分30个ST型,其中14个为新的型别。MLST分型法的Simpson分辨力指数为0.9。eBURST分型结果显示30个ST型分为3个克隆复合体和5个独特型。仅有4个ST型在福州和阿姆斯特丹两地同时存在。结论 MLST为生殖道沙眼衣原体分子流行病学调查提供高分辨率的分型手段。eBURST分析可揭示不同地理来源的生殖道沙眼衣原体之间的进化关系。 展开更多
关键词 生殖道沙眼衣原体 多位点序列分型法 分子流行病学
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基于分子分型监测的大肠埃希菌耐药性分析与公共卫生防控策略
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作者 宗华 李彩云 +2 位作者 龚玲玉 罗益 肖虹 《陆军军医大学学报》 北大核心 2025年第21期2706-2716,共11页
目的采用多种分子分型技术联合分析细菌性感染相关大肠埃希菌(Escherichia coli,E.coli)的特征,为临床用药安全性管理提供参考。方法收集2021年重庆市某区部分细菌性感染相关病例样本,采用完全随机方法选择30株E.coli进行phoA基因PCR鉴... 目的采用多种分子分型技术联合分析细菌性感染相关大肠埃希菌(Escherichia coli,E.coli)的特征,为临床用药安全性管理提供参考。方法收集2021年重庆市某区部分细菌性感染相关病例样本,采用完全随机方法选择30株E.coli进行phoA基因PCR鉴定,采用脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)、多位点序列分析(multilocus sequence typing,MLST)分析菌株的分子分型,采用药敏试验分析菌株的耐药性,选择4种编码β-内酰胺酶的基因(blaCTX-M、blaTEM、blaSHV、blaZ)分析菌株的耐药基因携带情况。结果30株E.coli均出现phoA基因目的条带。PFGE带型图谱显示条带相似度为50%~98%,按照相似度分为8聚类,其中C聚类为优势菌群,占比达53.3%(16/30);C1/C2属于高度相关的菌株,存在亲缘关系。1株E.coli的MLST未分出型别,其余29株可分为16种ST型,呈多态性分布;其中10株(33.33%)为ST131,但进化分析显示同为ST131也存在不同分支,亲缘关系远近不一。药敏试验结果显示30株E.coli表现出不同程度耐药,对β-内酰胺类的氨苄西林耐药率(83.33%)最高;其中多重耐药菌(multidrug-resistant bacteria,MDRB)为18株(60.0%),表现出16种耐药谱型,其分布呈分散态势,无明显优势耐药谱型;MDRB中50.0%(9/18)为六重耐药,最严重的一株为八重耐药。30株E.coli中blaCTX-M基因携带率为86.67%(26/30),但无blaZ基因。结论重庆市某区细菌性感染相关E.coli的PFGE和MLST分子分型呈多态性分布,存在较严重的耐药情况。联合应用多种分型技术,可以揭示致病菌的遗传多样性、进化关系和耐药性等特征。对策建议通过强化致病菌分子分型与耐药监测网络、建立预警机制并分级管控抗菌药物,以提升对ST131等重点耐药菌的靶向防控与疫情溯源能力。 展开更多
关键词 大肠埃希菌 细菌性感染 脉冲场凝胶电泳 多位点序列分型 耐药性
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宁夏某三甲医院28例尿路感染耐碳青霉烯类肠杆菌目细菌分子流行特征及耐药性分析
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作者 闫丽新 朱晨宇 +3 位作者 陶佳 洪炜 胡欣欣 贾伟 《中国抗生素杂志》 北大核心 2025年第7期816-824,共9页
目的探讨宁夏医科大学总医院尿路感染碳青霉烯类耐药肠杆菌目细菌(carbapenem-resistant Enterobacteriaceae,CRE)的分子流行特点及其耐药性和同源性,为其治疗提供参考依据。方法收集2013年12月—2022年11月住院患者尿路感染CRE28株,使... 目的探讨宁夏医科大学总医院尿路感染碳青霉烯类耐药肠杆菌目细菌(carbapenem-resistant Enterobacteriaceae,CRE)的分子流行特点及其耐药性和同源性,为其治疗提供参考依据。方法收集2013年12月—2022年11月住院患者尿路感染CRE28株,使用WHONET 5.6软件统计菌株分布、耐药性;应用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)法检4种碳青霉烯酶基因(blaKPC、blaNDM、blaOXA-48和blaIMP);应用Sanger测序分析亚型;应用多克隆序列位点测定(multilocus sequence typing,MLST)方法检测菌株克隆型别;通过接合试验验证耐药基因转移性。结果尿路感染的28株CRE主要为肺炎克雷伯菌11株(39.30%)和大肠埃希菌9株(32.14%),主要分离自急诊科住院患者。药敏结果显示对多种常见抗生素耐药率≥50%,检出耐药基因为blaNDM和blaKPC,以blaNDM-5(77.27%)型为主。质粒接合试验结果显示携带blaNDM-5基因的7株大肠埃希菌和3株肺炎克雷伯菌可以成功地将其对碳青霉烯类耐药表型转移到受体菌大肠埃希菌EC600菌株中。11株肺炎克雷伯菌和9株大肠埃希菌MLST结果显示共有18种ST型别,提示克隆类型多样化,聚类分析显示同一病房菌株亲缘关系较近。结论该院尿路感染CRE菌株多为肺炎克雷伯菌和大肠埃希菌,对碳青霉烯类药物的耐药机制主要是产NDM-5型碳青霉烯酶。blaNDM-5基因可通过质粒进行水平播散,应引起临床高度重视,密切监测CRE菌株防止耐药基因的进一步传播,以防医院内暴发流行。 展开更多
关键词 耐碳青霉烯类肠杆菌目细菌 尿路感染 NDM-5 多位点序列分型 质粒接合
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广东省肇庆市肺炎克雷伯菌临床分离株的耐药性与MLST分型研究 被引量：13
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作者 苏乐斌 李柏生 +3 位作者 谭海芳 朱颖梅 林凤 黎碧坚 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 2019年第2期260-265,共6页
目的了解广东省肇庆市肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae, KP)临床分离株的抗生素耐药情况及多位点序列分型(multilocus sequence typing, MLST)特征。方法收集肇庆市两家医院KP临床分离株63株,采用肉汤微量稀释法进行30种抗生素的体... 目的了解广东省肇庆市肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae, KP)临床分离株的抗生素耐药情况及多位点序列分型(multilocus sequence typing, MLST)特征。方法收集肇庆市两家医院KP临床分离株63株,采用肉汤微量稀释法进行30种抗生素的体外药物敏感性试验,并对所有菌株进行多位点序列分型。结果 63株KP临床分离株的耐药谱特点可分为4类,即全敏感的高毒力肺炎克雷伯菌(hypervirulent K. pneumoniae, hvKP)、产超广谱β-内酰胺酶肺炎克雷伯菌(extended spectrumβ-lactamases K.pneumoniae, ESBLsKP)、耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistantK. pneumoniae, CRKP)和其他类型的多重耐药肺炎克雷伯菌(multidrug-resistant K. neumoniae,MDRKP);MLST分型结果显示63株临床分离株可分成41个ST型。其中,ESBLsKP以ST37型(9株,39.13%)为主,CRKP以ST11型(5株,62.50%)为主,hvKP以ST65(5株,25.00%)型和ST23(3株,15.00%)型为主,而其他类型的多重耐药KP的ST型(12株9种ST型)则呈现明显的多态性。结论我市肺炎克雷伯菌临床分离株的耐药情况比较严重,要加强院内感染监测,警惕其成为优势菌型并引发院内感染的风险。 展开更多
关键词 肺炎克雷伯菌 抗生素敏感性试验 多位点序列分型
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