浙江省三地区冷鲜鸡中大肠埃希菌耐药谱测定及MLST分子分型分析 被引量：2

1

作者 杨华 何祥祥 +3 位作者 肖英平 钱鸣蓉 张巧艳 唐标 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2017年第6期888-893,共6页

大肠埃希菌是食品中普遍污染的条件致病菌,其耐药性非常严重,耐药基因具有极大的传播风险。为了解浙江省地区禽源大肠埃希菌耐药性特点及分布规律,试验从浙江省3个地区市售冷鲜鸡中分离了59株大肠埃希菌并测定了耐药谱,发现有24种耐药谱... 大肠埃希菌是食品中普遍污染的条件致病菌,其耐药性非常严重,耐药基因具有极大的传播风险。为了解浙江省地区禽源大肠埃希菌耐药性特点及分布规律,试验从浙江省3个地区市售冷鲜鸡中分离了59株大肠埃希菌并测定了耐药谱,发现有24种耐药谱,显示了分离株耐药类型的多样性。同时对分离株进行了Multilocus sequence typing(MLST)分子分型,获得38个已知ST型,并发现2个新的ST型。在此基础上,针对7个看家基因进行了系统发育分析,分离株显示了一定的地区差异性。该试验结果可为浙江省禽源大肠埃希菌的耐药性评价和溯源分析提供参考依据。 展开更多

关键词 大肠埃希菌 细菌耐药性 多位点序列分型(mlst) 系统发育树

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新疆克拉玛依地区奶牛源致病性大肠杆菌的血清型、系统进化群及MLST分析 被引量：6

2

作者 江婉琳 马勋 +2 位作者 王静 平丽莹 蔡思奇 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2021年第4期1414-1422,共9页

试验对新疆克拉玛地区106头健康成年荷斯坦奶牛的新鲜粪便进行了致病性大肠杆菌的分离鉴定、分型及遗传进化分析,初步掌握了调查地区奶牛致病性大肠杆菌的流行情况。参考USDA检测法,对106份粪便样品选择性增菌,分别利用麦康凯和伊红美... 试验对新疆克拉玛地区106头健康成年荷斯坦奶牛的新鲜粪便进行了致病性大肠杆菌的分离鉴定、分型及遗传进化分析,初步掌握了调查地区奶牛致病性大肠杆菌的流行情况。参考USDA检测法,对106份粪便样品选择性增菌,分别利用麦康凯和伊红美蓝琼脂培养基对大肠杆菌进行分离纯化鉴别,通过PCR方法鉴定,获得55株大肠杆菌分离株,对这些分离株进行致病性大肠杆菌血清型鉴定、系统进化群及多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)分析,利用goeBURST和Mega 7.0生物学软件进行聚类和进化研究,并进行流行病学分析。结果显示,106头健康荷斯坦奶牛的新鲜粪便中大肠杆菌的检出率为51.89%,55株大肠杆菌分离株共鉴定出9种与致病性相关的血清型,检出率为54.55%,其中肠致病性大肠杆菌(EPEC)、肠侵袭性大肠杆菌(EIEC)和肠产毒性大肠杆菌(ETEC)血清型检出率分别为21.82%、18.81%和14.55%,优势血清型为O142∶K86(B)和O124∶K72(均为10.91%),前者属于肠致病性大肠杆菌,后者属于肠侵袭性大肠杆菌,而肠出血性大肠杆菌(EHEC)血清型检出率为0;系统发育群结果表明,55株大肠杆菌中B1群所占比例最高,为70.91%,其次为A群,占21.82%,D群所占比例较少,占7.27%,B2群未检测出;MLST分析可知,分离株中存在24个ST型,其中优势ST型为ST154(18.18%);进化树分析显示有7个进化分支。结果表明,新疆克拉玛依地区健康成年奶牛粪便大肠杆菌多样性丰富,不仅存在多种致病性大肠杆菌,而且大肠杆菌菌株之间还存在一定的进化关系。因此,健康成年奶牛粪便也具有潜在的安全风险,应加强对奶牛粪便致病性大肠杆菌的检测和监控。 展开更多

关键词 奶牛源大肠杆菌 血清型 系统发育群 多位点序列分型(mlst)

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禽类中沙门氏菌MLST分型及毒力基因筛查 被引量：9

3

作者 张捷 畅晓晖 +4 位作者 柳明 李小林 万晓楠 槐硕 赵琢 《食品研究与开发》 CAS 北大核心 2021年第13期174-179,共6页

该文以36株沙门氏菌为研究对象,研究北京地区禽类中沙门氏菌基因型及毒力基因。采用全基因组测序、多位点序列测定分型(multilocus sequence typing,MLST)对菌株进行分型,ST11为优势型。鸡源包括ST11、ST13、ST17、ST96、ST241、ST1941... 该文以36株沙门氏菌为研究对象,研究北京地区禽类中沙门氏菌基因型及毒力基因。采用全基因组测序、多位点序列测定分型(multilocus sequence typing,MLST)对菌株进行分型,ST11为优势型。鸡源包括ST11、ST13、ST17、ST96、ST241、ST1941、ST26;鸭源包括ST19、ST34、ST1546、ST2441型别。毒力因子数据库(virulence factors database,VFDB)分析菌株均携带毒力岛SPI1-SPI5代表性基因,66.7%含毒性质粒spvB。胥伐成格隆沙门菌SPI1-SPI5代表性基因如sopE、sptB、mgtC和invA/invF等均为阳性,未携带spvB、pefA、prot6E。沙门氏菌毒力岛基因相对稳定,但基因型的差别对携带毒力基因有一定影响。cdtB、pltA在胥伐成格隆沙门氏菌中均为阳性,推测该菌普遍携带细胞致死膨胀毒素。 展开更多

关键词 沙门氏菌 mlst分型 全基因组测序 毒力岛 毒力基因

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奶粉中阪崎克罗诺杆菌耐干燥性与MLST分型的研究

4

作者 高建欣 杜欣军 +1 位作者 李萍 王硕 《食品研究与开发》 CAS 北大核心 2019年第15期177-183,共7页

为了解奶粉中阪崎克罗诺杆菌耐干燥性及多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)间的关系,对实验室保存的35株阪崎克罗诺杆菌进行干燥试验,并采用MLST对所有菌株进行分子遗传学分析。经过6 d干燥试验处理,结果显示,35株阪崎克... 为了解奶粉中阪崎克罗诺杆菌耐干燥性及多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)间的关系,对实验室保存的35株阪崎克罗诺杆菌进行干燥试验,并采用MLST对所有菌株进行分子遗传学分析。经过6 d干燥试验处理,结果显示,35株阪崎克罗诺杆菌中,耐干燥能力较强的IQCC10409(1号)、IQCC10455(6号)和110609-3(31号)菌株失活率分别为63.73 %、56.94 %和44.43 %,其中31号菌株耐干燥能力最强,它们分别属于ST73、ST73和ST23型。MLST分析表明,全部菌株共分成16个不同的序列型(sequence type,ST),其中,属于ST1型(20号、24号、27号、28号、33号)和ST4型(4号、6号、7号、9号、11号)的菌株较多,分别有5株菌。结果表明阪崎克罗诺杆菌基因多样性程度较高,而耐干燥性较强的菌株主要集中于ST73和ST4型,另外还发现,即使相同ST型的菌株,其耐干燥能力也不定相同。 展开更多

关键词 奶粉 阪崎克罗诺杆菌 耐干燥性 多位点序列分型 流行病学

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沙门菌分子分型技术研究进展

5

作者 刘意 张喜悦 +4 位作者 赵建梅 赵格 曲志娜 刘立恒 王君玮 《中国动物检疫》 CAS 2024年第8期83-89,共7页

与传统分型技术相比,分子分型技术以其高分辨率、高重复性、标准化等优点,已成为沙门菌致病性、遗传关联性、溯源和传播路径等研究领域的重要工具。目前,沙门菌分子分型技术主要包括三大类,其中基于限制性内切酶的分子分型方法以脉冲场... 与传统分型技术相比,分子分型技术以其高分辨率、高重复性、标准化等优点,已成为沙门菌致病性、遗传关联性、溯源和传播路径等研究领域的重要工具。目前,沙门菌分子分型技术主要包括三大类,其中基于限制性内切酶的分子分型方法以脉冲场凝胶电泳和扩增片段多态性为主,基于PCR扩增的分子分型方法以肠杆菌基因间重复共有序列PCR和多位点可变串联重复序列为主,基于测序的分子分型方法以多位点序列分型、规律的成簇间隔短回文重复序列和全基因组测序为主。这三大类分子分型技术均具有灵敏度高、重复性好、结果准确等优点,有助于揭示不同沙门菌间的宿主传播关系、地域传播关系。但这些方法也都存在不同程度的应用局限性,在实际应用中可根据实验室条件及研究需求选择其中一种或联合使用多种分型技术,从而达到对沙门菌精准分型的目的。本文对限制性内切酶、PCR扩增以及测序这三大类沙门菌分子分型方法的国内外相关研究成果进行总结归纳,以期为食品中沙门菌监测、风险评估以及溯源和预警提供参考。 展开更多

关键词 沙门菌 分型技术 PFGE PCR 测序 mlst

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甘肃省及周边地区畜禽屠宰及市售环节沙门菌的分离鉴定及生物学特性分析

6

作者 马永辉 曹青 +11 位作者 范子秋 赵学慧 芝吉 马金锐 何曾文 张浩浩 邓静 崇倩 张坤中 宋维丽 苟惠天 薛惠文 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期3566-3576,共11页

[目的]为合理防控沙门菌感染,本试验针对甘肃省及周边地区畜禽屠宰及市售环节沙门菌的感染情况开展研究。[方法]通过细菌分离培养、生化试验及分子生物学方法进行细菌分离鉴定,采用玻片凝集法和多位点序列分型(MLST)确定沙门菌血清型。... [目的]为合理防控沙门菌感染,本试验针对甘肃省及周边地区畜禽屠宰及市售环节沙门菌的感染情况开展研究。[方法]通过细菌分离培养、生化试验及分子生物学方法进行细菌分离鉴定,采用玻片凝集法和多位点序列分型(MLST)确定沙门菌血清型。采用结晶紫染色定量法评价分离株生物被膜形成能力,通过药敏试验检测分离菌对常用抗菌药的敏感性,评估4种市售消毒剂对沙门菌的灭菌效果,并确定其最小抑菌浓度(MIC)。[结果]细菌分离培养结果显示,疑似沙门菌分离株在BS平板上菌落呈黑色有金属光泽、棕褐色或灰色;在XLD平板上菌落有光泽且中心呈黑色,或呈现全部黑色的菌落;镜检显示为革兰阴性短杆菌。生化鉴定结果显示,分离菌硫化氢、葡萄糖、鸟氨酸、赖氨酸脱羧酶反应结果呈阳性;尿素酶、氰化钾、乳糖、蛋白胨水反应结果呈阴性。PCR扩增沙门菌特异性基因invA获得大小约为284 bp的目的条带,共分离到95株沙门菌,均属于肠道沙门菌的3种血清型——鼠伤寒沙门菌、德尔卑沙门菌、里森沙门菌。多位点序列分型共鉴定出3种,分别为ST34、ST469、ST40型。所有分离株均可形成生物被膜。药敏试验结果显示,所有菌株对米诺环素、万古霉素完全耐药,对阿米卡星、头孢曲松、卡那霉素、头孢唑啉、头孢氨苄、庆大霉素等敏感性较强,75.78%的菌株具有多重耐药性。4种消毒剂对分离株MIC存在差异,0.2%甲醛溶液的MIC为0.125~0.25 mg/mL,0.2%苯扎溴铵的MIC为0.0625~0.125 mg/mL,0.5%碘溶液的MIC为0.3125~0.625 mg/mL,2%氢氧化钠的MIC为1.25~2.5 mg/mL。[结论]德尔卑沙门菌、鼠伤寒沙门菌和里森沙门菌是当前屠宰场中沙门菌的主要血清型,具有生物被膜形成能力和多重耐药性,给公共卫生带来很大威胁。本研究为加强甘肃省及周边地区屠宰场及市售环节卫生管理提供科学依据。 展开更多

关键词 沙门菌 屠宰场 血清型 生物被膜 多位点序列分型(mlst)

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牛源多杀性巴氏杆菌血清分型及毒力相关基因的检测研究 被引量：23

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作者 邬琴 张星星 +6 位作者 顾晓晓 陶乔孝慈 黄新 韩猛立 吴桐忠 周霞 钟发刚 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2020年第6期1910-1920,共11页

为确定新疆北疆部分地区疑似病例中分离的牛源多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,Pm)流行的血清型、ST型及毒力相关基因的分布情况,本研究以分离的17株牛源Pm为研究对象,采用荚膜多重PCR分型法、脂多糖多重PCR分型法(LPS-mPCR)、多... 为确定新疆北疆部分地区疑似病例中分离的牛源多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,Pm)流行的血清型、ST型及毒力相关基因的分布情况,本研究以分离的17株牛源Pm为研究对象,采用荚膜多重PCR分型法、脂多糖多重PCR分型法(LPS-mPCR)、多位点序列分型法(MLST)及PCR方法检测17株Pm分离株的荚膜型、脂多糖型、MLST型及7类共25个毒力相关基因的分布情况。结果显示,13株Pm的荚膜脂多糖型为A∶L3型,ST型均为ST1型,4株Pm荚膜脂多糖型为B∶L2型,ST型均为ST44;17株Pm毒力相关基因(exbB、exbD、fimA、fur、hgbA、hsf2、nanB、oma87、ompA、ompH、plpB、psl、ptfA、sodA、sodC、tonB和tbpA)的检出率高达100%,toxA基因的检出率为0。结果表明,从新疆北疆部分地区规模化牛场疑似病例中分离的Pm主要血清型为A∶L3∶ST1型。 展开更多

关键词 多杀性巴氏杆菌(Pm) 荚膜 脂多糖 多位点序列分型(mlst) 毒力相关基因

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出入境动物源性食品中单增李斯特菌的多位点序列分型分析 被引量：3

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作者 刘二龙 袁慕云 +6 位作者 邓建英 幸芳 吕英姿 蒋原 薛峰 邵景东 许龙岩 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第12期212-216,共5页

对出入境动物源性食品中分离的单增李斯特菌进行多位点序列分型（mutilocus sequence typing,MLST）分析,了解其序列型分布特点及不同菌株之间的亲缘关系。提取单增李斯特菌基因组DNA,选择其7个管家基因进行聚合酶链式反应扩增并测序。... 对出入境动物源性食品中分离的单增李斯特菌进行多位点序列分型（mutilocus sequence typing,MLST）分析,了解其序列型分布特点及不同菌株之间的亲缘关系。提取单增李斯特菌基因组DNA,选择其7个管家基因进行聚合酶链式反应扩增并测序。将测序结果截成标准序列的长度后上传到MLST数据库进行比对分析,获得7个管家基因的等位基因谱和序列分型编码,并将结果采用不加权算术平均组对（unweighted pair group method using arithmetic averages,UPGMA）法进行聚类分析。89株单增李斯特菌共获得51个STs,其中26个为新获得的STs（STnew1-STnew26）;数量最多的5个STs为ST8（9.0%）,ST121（9.0%）、ST7（5.6%）、ST87（5.6%）及新发现的STnew3（7.8%）;其中ST456、ST34、ST343、ST19、ST517、ST201、ST98、ST330和ST73为在国内首次获得。采用UPGMA算法得到的进化树可将89株菌株分为3大类群,分类的结果与单增李斯特菌血清学家系分类结果一致。MLST结果对了解出入境动物源性食品中分离的单增李斯特菌的亲缘关系及流行病学溯源有重要意义。 展开更多

关键词 单增李斯特菌 多位点序列分型 亲缘关系

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婴儿粪便长双歧杆菌的分离与多样性分析 被引量：12

9

作者 张秋雪 刘晓婵 +4 位作者 朱宗涛 万峰 孙思睿 贾芳芳 孟祥晨 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第24期8-14,共7页

本研究旨在分析婴儿粪便长双歧杆菌的多样性,采用改良MRS培养基从哈尔滨地区健康婴儿粪便中分离双歧杆菌,采用生理生化实验结合16S rDNA和热应激蛋白60基因(heat-shock protein 60,hsp60)同源性分析鉴定分离株,利用同源性分析及随机扩... 本研究旨在分析婴儿粪便长双歧杆菌的多样性,采用改良MRS培养基从哈尔滨地区健康婴儿粪便中分离双歧杆菌,采用生理生化实验结合16S rDNA和热应激蛋白60基因(heat-shock protein 60,hsp60)同源性分析鉴定分离株,利用同源性分析及随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphism DNA,RAPD)、多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)技术进一步分析长双歧杆菌多态性。实验从11个婴儿体内分离得到18株厌氧的细菌菌株,经形态学分析、生理生化实验、16S rDNA测序及hsp60测序实验发现,其中7株为长双歧杆菌长亚种,3株为长双歧杆菌婴儿亚种。RAPD和MLST结果表明:7株长双歧杆菌长亚种为6个基因型,3株长双歧杆菌婴儿亚种为2个基因型,上述结果说明不同人源婴儿粪便长双歧杆菌基因型差异较大。 展开更多

关键词 长双歧杆菌 热应激蛋白60基因(hsp60) 随机扩增多态性DNA(RAPD) 多位点序列分型(mlst)

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三类禽源碳青霉烯类耐药大肠杆菌流行病学调查及全基因组测序分析 被引量：5

10

作者 李翠函 曲志娜 +12 位作者 高玉斌 李彦 王娟 段笑笑 王琳 张喜悦 赵格 黄秀梅 赵建梅 张青青 王君玮 黄保续 刘俊辉 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期1653-1662,共10页

【目的】研究不同禽源碳青霉烯类耐药大肠杆菌(carbapenem-resistant Escherichia coli,CREC)的群间分布、耐药特征及菌株间亲缘关系,为阻断CREC的潜在危害提供技术支持。【方法】在胶东地区采集肉鸡、蛋鸡、水禽三类家禽泄殖腔拭子1131... 【目的】研究不同禽源碳青霉烯类耐药大肠杆菌(carbapenem-resistant Escherichia coli,CREC)的群间分布、耐药特征及菌株间亲缘关系,为阻断CREC的潜在危害提供技术支持。【方法】在胶东地区采集肉鸡、蛋鸡、水禽三类家禽泄殖腔拭子1131份,利用选择性分离培养、质谱鉴定、PCR、微量肉汤稀释法、多位点序列分型(MLST)及全基因组测序(WGS)等方法进行CREC菌株鉴定与分析。【结果】共分离出364株bla NDM基因阳性的CREC菌株,分离率为32.18%,阳性场总体占比为76.32%,肉鸡场和个体阳性率均最高,分别为93.33%和55.56%。三类禽源菌株均多重耐药,83.65%菌株对8类及以上药物同时耐药,对多数测试药物耐药率在80%以上。肉鸡多重耐药问题最严重,水禽次之,蛋鸡相对较轻。45株全基因组测序的CREC菌株携带12类52种耐药基因,4种bla NDM变异体,以bla NDM-5(77.78%)为主,三类家禽对同类耐药基因的检出率存在差异。共检出46种ST型,多样性比为44.23%。三类家禽CREC菌株间单核苷酸多态性(SNPs)差异位点为82~71307个,且携带的优势型不同。【结论】携带bla NDM的CREC在不同家禽养殖场尤其是肉鸡场广泛存在,以bla NDM-5亚型最为常见,对多种抗菌药普遍耐药,且携带大量耐药基因,以质粒传播为主。CREC菌株在三类家禽中呈多样化分布,且多数菌株间亲缘关系相差较远。提示应针对不同动物群体,加强监测和影响因素研究,以降低CREC的潜在风险。 展开更多

关键词 家禽 碳青霉烯类耐药大肠杆菌(CREC) 群间分布 多位点序列分型(mlst) 全基因组测序(WGS)

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婴幼儿配方羊乳粉生产环节蜡样芽孢杆菌分离株多位点序列分型分析 被引量：2

11

作者 刘阳 葛武鹏 +5 位作者 张静 郭春锋 梁秀珍 王智 张兴吉 王瑞 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第14期166-171,共6页

为探讨我国婴幼儿配方羊乳粉生产环节阳性分离株的遗传多样性,并将其基因序列与已报道的乳源分离株的基因序列进行比对,确立其特征序列,为婴幼儿配方食品生产体系溯源提供依据,为探究其致病机理和有效防控提供参考依据。实验选取glpF、... 为探讨我国婴幼儿配方羊乳粉生产环节阳性分离株的遗传多样性,并将其基因序列与已报道的乳源分离株的基因序列进行比对,确立其特征序列,为婴幼儿配方食品生产体系溯源提供依据,为探究其致病机理和有效防控提供参考依据。实验选取glpF、gmk、ilvD、pta、pur、pycA、tpi 7个管家基因构建多位点序列分析分型方案,鉴定经随机扩增多态性DNA分型得到的42株Bacillus cereus的序列类型。结果表明:42株B.cereus分为7个序列类型(sequence type,ST),分别为ST-770(4.8%,2/42)、ST-1000(71.4%,30/42)、ST-1084(9.5%,4/42)、ST-1348(2.4%,1/42)、ST-1349(2.4%,1/42)、ST-1350(2.4%,1/42)和ST-1351(7.1%,3/42);所有分离株被识别为205、142、23三个不同克隆谱系,2个单态群(ST-770和ST-1351)和2个独株(ST-1348和ST-1349);发现4个新的ST型和4个新的等位基因,已上传至国际数据库得到新的序列号和等位基因号,分别为ST-1348、ST-1349、ST-1350、ST-1351和glp-253、glp-254、ilv-277、pyc-199。 展开更多

关键词 蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus) 婴幼儿配方羊乳粉 多位点序列分析分型(mlst) 基因序列(ST)

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水生动物中分离的副溶血性弧菌菌株分子分型研究 被引量：6

12

作者 史秀杰 郑晓聪 +6 位作者 阮周曦 贾鹏 何俊强 王津津 兰文升 杨锦舜 刘荭 《中国动物检疫》 CAS 2012年第6期47-53,63,共8页

本研究通过采用核糖体分型RT、脉冲场凝胶电泳PFGE、多位点序列分型MLST三种方法,对从水生动物中分离到的59株副溶血性弧菌进行分子分型研究。结果将59株副溶血性弧菌分为43个RT型,9个大的聚类群,DI为0.9754;51个PFGE型,13个大的聚类群... 本研究通过采用核糖体分型RT、脉冲场凝胶电泳PFGE、多位点序列分型MLST三种方法,对从水生动物中分离到的59株副溶血性弧菌进行分子分型研究。结果将59株副溶血性弧菌分为43个RT型,9个大的聚类群,DI为0.9754;51个PFGE型,13个大的聚类群,DI为0.9988;53个ST型,包括107个新的等位基因、46个新的ST型,DI为0.9982。结果显示PFGE的分辨力最高,MLST较PFGE稍低,RT的分辨力最低。总体来看59株副溶血性弧菌菌株间亲缘关系较远,从同一年份、同一地区、同类样品中分离到的菌株被分为不同的型,表现出较大的遗传多样性。 展开更多

关键词 副溶血性弧菌 核糖体分型 脉冲场凝胶电泳 多位点序列分型

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多位点序列分析方法在克罗诺杆菌属菌株溯源分析上的应用 被引量：4

13

作者 闫瑞 杨捷琳 +3 位作者 陈翠玲 钮冰 徐之雯 蒋原 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2019年第9期9-14,共6页

克罗诺杆菌(Cronobacter)是一种急性细菌病原体,最初因与新生儿重症监护室爆发的几起致死性疾病(脑膜炎,坏死性小肠结肠炎)相关而受到人们广泛关注。目前Cronobacter PubMLST基因组和序列定义数据库(http://pubmlst.org/cronobacter/)... 克罗诺杆菌(Cronobacter)是一种急性细菌病原体,最初因与新生儿重症监护室爆发的几起致死性疾病(脑膜炎,坏死性小肠结肠炎)相关而受到人们广泛关注。目前Cronobacter PubMLST基因组和序列定义数据库(http://pubmlst.org/cronobacter/)中已包含超过2400多株克罗诺杆菌分离菌株的序列信息,阪崎克罗诺杆菌1774株,丙二酸盐阳性克罗诺杆菌295株是其中的优势菌种,这些菌株共分离自40多个国家和地区。通过将7个位点的多位点序列分型(7-loci multilocus sequence typing,7-lociMLST)方案应用于2438株克诺罗菌株,共揭示了591种可定义的序列型(sequencetype,ST),其中ST4(334株)、ST1(280株)、ST7(78株)和ST13(67株)为主要序列型。7-lociMLST对于克罗诺杆菌的致病型分型鉴定有很大帮助,但由于MLST所针对的七个基因位点在基因组总量中占比较小,导致同一ST型中包含地理来源,分离时间,宿主等不相关的菌株,而对菌株溯源结果适得其反。为了解决这一问题,本研究进一步采用基于直系同源基因簇的多位点序列分析方法(Clusters of Orthologous Genes MLST, cogMLST(1865-loci)),对PubMLST中240株已完成全基因组测序的菌株,包括阪崎克罗诺杆菌ST1(67株),ST4(95株),ST13(43株)和丙二酸盐阳性克罗诺杆菌ST7(35株)进行了全基因组序列分析。结果显示,cogMLST可对ST型相同,但无相关性的菌株进行进一步分型,且不同聚类与菌株分离国家及来源之间存在一定相关性。这或许对于相同ST克罗诺杆菌属菌株的全球溯源分析及食源性疾病监测有较大帮助。 展开更多

关键词 克罗诺杆菌 多位点序列分型 全基因组分型 溯源分析

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成人粪便中长双歧杆菌长亚种的分离鉴定及多位点序列分型分析 被引量：3

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作者 刘瑞娜 周雪 +4 位作者 梁玉 贺菁 赵鹏昊 赵桉 孟祥晨 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2019年第21期65-71,共7页

为了对成人粪便中分离的长双歧杆菌长亚种进行多位点序列分型分析,采用改良MRS培养基从健康成人粪便中分离的长双歧杆菌长亚种,通过生理生化试验结合16S rDNA和热应激蛋白60(heat-shock protein,hsp60)同源性分析鉴定分离株,利用同源性... 为了对成人粪便中分离的长双歧杆菌长亚种进行多位点序列分型分析,采用改良MRS培养基从健康成人粪便中分离的长双歧杆菌长亚种,通过生理生化试验结合16S rDNA和热应激蛋白60(heat-shock protein,hsp60)同源性分析鉴定分离株,利用同源性分析及多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)技术进一步分析长双歧杆菌长亚种的基因多态性。从12个健康成人体内分离得到24株厌氧的细菌菌株,经形态学观察、生理生化试验、16S rDNA及hsp60同源性分析发现,其中14株分离株为长双歧杆菌长亚种(Bifidobacterium longum subsp.longum)。MLST结果表明:14株长双歧杆菌长亚种可分为10种基因型,且均与Bifidobacterium longum subsp.longum ATCC 15707为不同基因型。健康成人粪便中分离的长双歧杆菌长亚种具有较大的基因多态性。 展开更多

关键词 成人粪便 长双歧杆菌长亚种 分离鉴定 热应激蛋白60( hsp60) 多位点序列分型( mlst) 序列型( ST)

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肉牛呼吸道皮特不动杆菌的生物学特性分析 被引量：1

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作者 樊利虹 王之盛 +5 位作者 左之才 才冬杰 易军 马晓平 苟丽萍 王巍 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第2期300-309,共10页

为探究分离自四川南充、宜宾和什邡3个地区肉牛呼吸道的皮特不动杆菌之间生物学特性的差异,本实验对5株皮特不动杆菌分别进行了细菌染色、培养特性、生化试验、16S rDNA和gyrB基因序列聚类分析以及MLST分型等研究。结果显示,5株分离自... 为探究分离自四川南充、宜宾和什邡3个地区肉牛呼吸道的皮特不动杆菌之间生物学特性的差异,本实验对5株皮特不动杆菌分别进行了细菌染色、培养特性、生化试验、16S rDNA和gyrB基因序列聚类分析以及MLST分型等研究。结果显示,5株分离自肉牛呼吸道皮特不动杆菌的菌体形态和不同培养基上的菌落形态均相似;5株菌的生化特性并非完全一致,主要表现在ZZCSF1807-9的枸橼酸盐、精氨酸双水解试验为阳性,丙二酸盐为阴性,与其余4株菌相反;16S rDNA系统进化树显示,5株菌均聚集在同一分支,而gyrB基因系统进化树显示,ZZCSF1807-9与其余4株菌未在同一分支,存在进化距离;MLST分型结果显示,ZZCSF1807-9为ST214型,而另4株菌均与ST321型最为接近。上述结果表明,来源于呼吸道疾病肉牛的5株皮特不动杆菌在生化特性表型和gyrB基因,以及MLST型上存在一定差异,发生这些差异是否与各菌株的环境适应或因毒力变化有关尚有待进一步研究。 展开更多

关键词 皮特不动杆菌 生化特性 同源性分析 多位点序列分型(mlst)

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一株单核细胞增生李斯特菌分离株的分子分型鉴定及其生物学特性 被引量：6

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作者 辛永萍 单颖 夏叶 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期1101-1109,共9页

从上海某羊养殖场获得了一株单核细胞增生李斯特菌分离株CMG47。为了确定该单核细胞增生李斯特菌分离株的分子分型,了解其生物学特性,本研究通过多重PCR对该菌株进行谱系和血清型分析,利用多位点序列分型(MLST)方法鉴定其分子分型。采用... 从上海某羊养殖场获得了一株单核细胞增生李斯特菌分离株CMG47。为了确定该单核细胞增生李斯特菌分离株的分子分型,了解其生物学特性,本研究通过多重PCR对该菌株进行谱系和血清型分析,利用多位点序列分型(MLST)方法鉴定其分子分型。采用PCR方法对主要毒力基因进行检测,并通过体外观察和荧光定量PCR对菌株溶脂溶血特性进行分析。将菌株通过腹腔注射ICR小鼠和静脉注射斑马鱼,测定其毒力。研究结果表明该分离株属于谱系Ⅰ,1/2b血清型;序列分型为ST619;携带prfA、inlA、inlB、plcA、plcB、mpl、actA、hly等主要毒力因子;体外无明显溶脂活性,溶血活性较弱;小鼠和斑马鱼试验均显示,该分离株属于强毒株,与强毒参考株EGDe的毒力相当(P>0.05)。该分离株的谱系/血清型为引起李斯特菌病的主要型别,拥有整套主要毒力因子,为单增李斯特菌强毒株。本研究为李斯特菌病散发病例的流行和传播特征分析提供了分子生物学基础,对建立健全李斯特菌监测体系和风险评估意义重大。 展开更多

关键词 单核细胞增生李斯特菌 多位点序列分型 毒力

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乳房链球菌多位点序列分型和遗传进化特征分析 被引量：1

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作者 扶绍东 仇亚伟 +5 位作者 温晨 张毅豪 陈伟 罗振华 张金秋 苗晋锋 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2021年第5期1535-1543,共9页

为探究中国不同地区来源的乳房链球菌(Streptococcus uberis,S.uberis)之间的多样性和遗传进化关系,本研究以部分地区分离到的38株乳房链球菌为研究对象,通过对其最小抑菌浓度(minimun inhibitory concentration,MIC)测定和全基因组框... 为探究中国不同地区来源的乳房链球菌(Streptococcus uberis,S.uberis)之间的多样性和遗传进化关系,本研究以部分地区分离到的38株乳房链球菌为研究对象,通过对其最小抑菌浓度(minimun inhibitory concentration,MIC)测定和全基因组框架测序,获取38株菌耐药性、耐药基因及毒力基因等相关信息;通过多位点序列分型技术(multilocus sequence typing,MLST)分析了7个管家基因的等位基因谱、序列型(sequence type,ST)和克隆复合体(clonal complexes,CCs),并构建系统进化树。MIC试验共采用15种抗生素,除头孢噻呋和氟苯尼考外,38株乳房链球菌对其中13种抗生素具有不同程度耐药,且江苏地区的耐药性明显强于新疆地区;耐药和毒力基因比对后发现,仅24株菌携带耐药基因,剩余14株则不携带耐药基因且属新疆地区分离株,与MIC试验结果相符;15种毒力基因中,除cfu、hasA/B和lbp外,余下12种毒力基因的携带率均高达100%。MLST结果表明,38株乳房链球菌共属于17个ST型,其中有15个ST型从未报道,仅supan011株菌属于ST-5 CCs。进化树结果揭示,38株分离株之间的亲缘性较远,分布呈地区依赖性,且中国部分地区当前流行的乳房链球菌与西方国家流行的菌株差异较大。本研究丰富了乳房链球菌的MLST分型数据库,为了解中国乳房链球菌遗传特性和分布特点提供了参考依据。 展开更多

关键词 乳房链球菌 多位点序列分型(mlst) 管家基因

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马乳酒样乳杆菌ZW3多位点序列分型 被引量：1

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作者 段晓微 张阳 +2 位作者 邢竹青 王艳萍 耿伟涛 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2019年第22期60-67,共8页

该研究采用多位点序列分型方法将马乳酒样乳杆菌ZW3与其他同种或近源乳杆菌菌株进行细致的分类鉴定,同时确定马乳酒样乳杆菌ZW3特定的生物遗传标签,使用多位点序列分型方法对马乳酒样乳杆菌ZW3菌株与9株同种或近源乳杆菌一起进行多位点... 该研究采用多位点序列分型方法将马乳酒样乳杆菌ZW3与其他同种或近源乳杆菌菌株进行细致的分类鉴定,同时确定马乳酒样乳杆菌ZW3特定的生物遗传标签,使用多位点序列分型方法对马乳酒样乳杆菌ZW3菌株与9株同种或近源乳杆菌一起进行多位点序列分型研究。该研究选取了7个管家基因(rpo A、Hsp60、Leu S、rps B、gly K、pyr G、fus A)对这10株同种或近源乳杆菌菌株进行分型,最终得到8个序列型,马乳酒样乳杆菌ZW3单独拥有一个序列型ST8。这7个基因中,除pyr G外其余6个基因存在连锁不平衡现象,发生过轻微的基因重组现象,发生的变异通常为中性选择。马乳酒样乳杆菌ZW3与马乳酒样乳杆菌an3、shan3、shan4、shan5之间的遗传距离很近,与另外5株菌之间的遗传距离较远。该研究中选取的这7个管家基因可以将马乳酒样乳杆菌ZW3与其他同种或近源乳杆菌菌株进行区别,马乳酒样乳杆菌ZW3菌株的识别有助于在商业制品中确定其特定的益生功能。 展开更多

关键词 马乳酒样乳杆菌 开菲尔乳杆菌 多位点序列分型 管家基因 遗传进化

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鸡肉生产中分离金黄色葡萄球菌的基因分型与耐药性分析 被引量：3

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作者 李佳婷 柳雅馨 +4 位作者 宋琪 王艺华 沈奕漩 冯旭凯 刘斌 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2021年第10期68-74,共7页

为探究鸡肉制品在加工过程中金黄色葡萄球菌的肠毒素基因分布、分子分型和耐药性情况,本研究对某鸡肉制品加工厂的生产加工过程进行取样,通过DNA提取、PCR扩增nuc基因对金黄色葡萄球菌进行分离鉴定,然后分析肠毒素基因分布情况,对获得... 为探究鸡肉制品在加工过程中金黄色葡萄球菌的肠毒素基因分布、分子分型和耐药性情况,本研究对某鸡肉制品加工厂的生产加工过程进行取样,通过DNA提取、PCR扩增nuc基因对金黄色葡萄球菌进行分离鉴定,然后分析肠毒素基因分布情况,对获得带有毒素基因的菌株进行多位点序列分型(MLST)和耐药性研究。结果表明,260份样本中分离到38株金黄色葡萄球菌(其中携带肠毒素基因的菌株有24株),检出率为63.16%;共检测到7种毒素基因型,其中sed携带率最高(60.53%),依次为seg(26.32%)、see(21.05%)、sei(18.42%)、sec(10.53%)、sea(7.89%)、seh(5.26%),携带两种及以上肠毒素基因的菌株有14株(36.84%)。24株携带毒素基因的菌株MLST分型都为ST型,分为3种ST分型,16株为ST7序列型(66.67%);5株为ST5序列型(20.83%);3株为ST464序列型(12.5%)。耐药性分析实验结果表明,抑菌效果最好的抗生素是万古霉素,38株菌株都对其敏感(100%);绝大多数菌株都对抗生素有耐药性,依次为青霉素G(86.84%)、环丙沙星(60.53%)、克林霉素(55.26%)、四环素(52.63%);对3-6种抗生素耐药的金黄色葡萄球菌菌株分别占18.42%、15.79%、23.68%、7.89%。研究结果表明鸡肉产品中存在金黄色葡萄球菌污染的情况,并且其中存在携带多种类型肠毒素基因的菌株,也存在具有多重耐药性的菌株。 展开更多

关键词 鸡肉制品 金黄色葡萄球菌 肠毒素基因 mlst分型 耐药性

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传统发酵乳制品中植物乳杆菌的种群结构及遗传进化

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作者 李明雨 李虹甫 +3 位作者 张雅硕 冯晓涵 满朝新 姜毓君 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2018年第21期129-133,共5页

基于多位点序列分型(MLST)方法,采用7个持家基因对分离自内蒙古和西藏自治区传统发酵乳制品中的植物乳杆菌进行分型研究,利用DnaSP、START、eBURST、MEGA、STURCTURE、SplitsTree等生物信息学分析软件,分析其遗传进化和种群结构。结果表... 基于多位点序列分型(MLST)方法,采用7个持家基因对分离自内蒙古和西藏自治区传统发酵乳制品中的植物乳杆菌进行分型研究,利用DnaSP、START、eBURST、MEGA、STURCTURE、SplitsTree等生物信息学分析软件,分析其遗传进化和种群结构。结果表明:传统发酵乳制品中的植物乳杆菌分离株间具有较高的基因多样性。61株菌共产生27个序列型(ST),其中20个ST型属于单一菌株序列型。这些ST型构成6个克隆复合体,6个独特型。经系统发育分析发现其包含4个遗传谱系。重组分解分析得出重组影响其遗传进化。本研究从基因水平,为菌株的分型、种群结构和遗传进化关系的探索提供了理论基础。 展开更多

关键词 传统发酵乳制品 植物乳杆菌 多位点序列分型 种群结构 遗传进化

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