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多模态虚拟筛选方法筛选靶向抑制冠状病毒Nsp5蛋白的天然分子药物: 1; 作者王晨宇许心怡 +2 位作者张豪胡海峰吴建盛《济南大学学报(自然科学版)》北大核心 2025年第5期776-784,共9页; 为了从天然分子数据库中筛选针对严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV-2)的Nsp5蛋白的潜在抑制剂,结合分子的一维、三维信息,开发了一种新的多模态虚拟筛选方法,筛选所得的候选化合物能够抑制Nsp5蛋白,可作为开发治疗冠状病毒病(COVID-... 展开更多; 关键词多模态虚拟筛选方法严重急性呼吸综合征冠状病毒 Nsp5蛋白天然分子分子动力学模拟; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于分子描述符和机器学习方法预测和虚拟筛选乳腺癌靶向蛋白HEC1抑制剂被引量：6: 2; 作者何冰罗勇 +4 位作者李秉轲薛英余洛汀邱小龙杨登贵《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2015年第9期1795-1802,共8页; HEC1(癌症高表达蛋白)是纺锤体检查点控制、着丝粒功能、细胞存活的关键的有丝分裂调节器,与原发性乳腺癌的不良预后有关.筛选具有高亲和力的HEC1新型抑制剂对探索乳腺癌的靶向治疗具有重要意义.本文从结构多样性的化合物库中筛选HEC1... 展开更多; 关键词 HEC1 选择性抑制剂机器学习方法支持向量机随机森林虚拟筛选; 在线阅读下载PDF 职称材料

超声辅助酶提取技术对驼皮源胶原蛋白降解及其活性肽的影响被引量：2: 3; 作者何静史睿吉日木图《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2023年第15期153-159,共7页; 该研究基于模拟胃肠道消化,采用十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳、粒径分布、液相色谱-串联质谱表征超声辅助酶法提取和传统酶法提取获得的胶原蛋白水解特征。进一步结合分子对接虚拟筛选具有结合潜力的活性肽并探讨其与靶蛋白的结... 展开更多; 关键词超声辅助酶法驼皮胶原蛋白胃肠道消化虚拟筛选; 在线阅读下载PDF 职称材料

虚拟筛分实验系统的层级建模技术研究: 4; 作者赵啦啦刘初升闫俊霞《工程图学学报》 CSCD 北大核心 2009年第6期36-39,共4页; 以往的研究解决了在OpenGL环境下进行复杂模型的转换和生成问题,但对于由多个具有配合关系部件组成的模型,直接转换后将丢失各部件间的关系等信息,从而影响模型在虚拟仿真系统中的应用。为建立实用的虚拟筛分实验系统,提出了一种基于Ope... 展开更多; 关键词计算机应用筛分实验系统层级建模方法虚拟仿真; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于分子描述符和机器学习方法预测和虚拟筛选MMP-13对MMP-1的选择性抑制剂被引量：9: 5; 作者李秉轲丛湧 +1 位作者田之悦薛英《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2014年第1期171-182,共12页; 基质金属蛋白酶-13(MMP-13)为预防和治疗骨关节炎(OA)提供了充满希望的靶标.通过抑制剂来阻断MMP-13的活性将会对治疗OA疾病产生潜在的作用.然而,宽谱抑制剂同样抑制MMP家族的其它成员,特别是MMP-1,这将会导致肌与骨的综合症.因此,设计... 展开更多; 关键词基质金属蛋白酶-13 选择性抑制剂机器学习方法支持向量机随机森林虚拟筛选; 在线阅读下载PDF 职称材料

计算机图形学消隐算法在电磁场散射计算中的应用被引量：3: 6; 作者曹秦峰徐鹏根鲁述《电波科学学报》 EI CSCD 1998年第2期193-196,共4页; 提出了一种基于电磁散射面无法建模的三维形体消隐算法，面元法是计算机图形学与计算电磁学相结合的一种新方法，文中给出了利用虚拟屏对复杂三维形体的消隐实例。实验表明该消隐算法原理清晰，快速实用。; 关键词电磁散射面元法建模消隐算法计算机图形学; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于机器学习方法虚拟筛选Syk的抑制剂被引量：4: 7; 作者王洁雪李瑶 +4 位作者杨敏王琪慧邓国伟杨帆李秉轲《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1313-1320,共8页; 脾酪氨酸激酶(Syk)是一种细胞内的酪氨酸激酶细胞质受体,在类风湿性关节炎(RA)的发病过程中起着至关重要的作用。筛选Syk抑制剂对RA的治疗有着重要的意义。采用C4.5决策树与随机森林(RF)两种机器学习方法分别对Syk抑制剂与非抑制剂建立... 展开更多; 关键词 SYK 虚拟筛选分子描述符机器学习方法 C4.5决策树随机森林; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名多模态虚拟筛选方法筛选靶向抑制冠状病毒Nsp5蛋白的天然分子药物: 1; 作者王晨宇许心怡张豪胡海峰吴建盛; 机构南京邮电大学化学与生命科学学院南京邮电大学通信与信息工程学院南京邮电大学计算机学院、软件学院、网络空间安全学院; 出处《济南大学学报(自然科学版)》北大核心 2025年第5期776-784,共9页; 基金国家自然科学基金项目(62371245)。; 文摘为了从天然分子数据库中筛选针对严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV-2)的Nsp5蛋白的潜在抑制剂,结合分子的一维、三维信息,开发了一种新的多模态虚拟筛选方法,筛选所得的候选化合物能够抑制Nsp5蛋白,可作为开发治疗冠状病毒病(COVID-19)药物的基础;通过带有随机失活机制的多加性回归树(DART)算法对SuperNatural数据库进行初步筛选,通过分子对接软件计算分子的对接得分,对得分排名前3位的分子进行分子动力学模拟验证动态结合效果。结果表明:所提出的方法中候选分子具备多样性,相较于单模态方法,候选分子具有更高的对接得分;分子动力学模拟结果显示,所选择的对接得分高的分子在靶标蛋白的动态结合位点具有良好的动态对接效果。; 关键词多模态虚拟筛选方法严重急性呼吸综合征冠状病毒 Nsp5蛋白天然分子分子动力学模拟; Keywords multi-modal virtual screening method severe acute respiratory syndrome coronavirus Nsp5 protein natural compound molecular dynamics simulations; 分类号 Q811.4 [生物学—生物工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于分子描述符和机器学习方法预测和虚拟筛选乳腺癌靶向蛋白HEC1抑制剂被引量：6: 2; 作者何冰罗勇李秉轲薛英余洛汀邱小龙杨登贵; 机构四川大学华西医院生物治疗国家重点实验室成都师范学院化学与生命科学学院四川大学化学学院江苏兆邦生物医药研究院有限公司江苏海门慧聚药业有限公司; 出处《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2015年第9期1795-1802,共8页; 基金四川大学华西医院与江苏兆邦生物医药研究院有限公司合作项目“抗肿瘤(乳腺癌)一类新药SKLB1312”资助~~; 文摘 HEC1(癌症高表达蛋白)是纺锤体检查点控制、着丝粒功能、细胞存活的关键的有丝分裂调节器,与原发性乳腺癌的不良预后有关.筛选具有高亲和力的HEC1新型抑制剂对探索乳腺癌的靶向治疗具有重要意义.本文从结构多样性的化合物库中筛选HEC1抑制剂.通过对分子描述符的特征筛选,采用支持向量机(SVM)和随机森林(RF)方法分别对HEC1抑制剂和非抑制剂建立了分类模型.经对比,RF模型显示了更好的预测精度.我们采用RF模型对HEC1抑制剂进行了虚拟筛选,从"in-house"实体库筛选得到2个潜在的HEC1抑制剂分子.随后对筛出的化合物进行了体外活性实验,发现对乳腺癌细胞株MDA-MB-468和MDA-MB-231均有一定程度的抗肿瘤活性.研究结果表明,机器学习方法对于设计和虚拟筛选HEC1抑制剂有良好的效果.; 关键词 HEC1 选择性抑制剂机器学习方法支持向量机随机森林虚拟筛选; Keywords HEC1 Selective inhibitor Machine learning method Support vector machine Random forest virtual screening; 分类号 R737.9 [医药卫生—肿瘤]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名超声辅助酶提取技术对驼皮源胶原蛋白降解及其活性肽的影响被引量：2: 3; 作者何静史睿吉日木图; 机构内蒙古农业大学食品科学与工程学院中国-蒙古国生物高分子应用“一带一路”联合实验室; 出处《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2023年第15期153-159,共7页; 基金内蒙古农业大学高层次人才引进科研启动项目(NDYB2019-26) 国家重点研发计划项目(2020YFE0203300)。; 文摘该研究基于模拟胃肠道消化,采用十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳、粒径分布、液相色谱-串联质谱表征超声辅助酶法提取和传统酶法提取获得的胶原蛋白水解特征。进一步结合分子对接虚拟筛选具有结合潜力的活性肽并探讨其与靶蛋白的结合位点及作用方式。结果表明,超声辅助酶提取技术能促进驼皮胶原蛋白的降解,其肽段的分子质量集中在500~1500 Da。经过虚拟筛选技术确定超声辅助酶法提取技术能够产生更多潜在的活性肽段,以血管紧张素转化酶(angiotensin converting enzyme,ACE)抑制为主。基于分子对接技术获得可能最具潜力的ACE抑制肽LSFLF,该肽通过与ACE活性部位的关键氨基酸残基形成分子间相互作用而产生抑制作用。该研究结果可为驼皮深加工与活性肽的鉴定和制备提供新思路。; 关键词超声辅助酶法驼皮胶原蛋白胃肠道消化虚拟筛选; Keywords ultrasonic assisted enzymatic method camel skin collagen gastrointestinal digestion virtual screening; 分类号 TS251.92 [轻工技术与工程—农产品加工及贮藏工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名虚拟筛分实验系统的层级建模技术研究: 4; 作者赵啦啦刘初升闫俊霞; 机构中国矿业大学机电工程学院; 出处《工程图学学报》 CSCD 北大核心 2009年第6期36-39,共4页; 基金国家自然科学基金资助项目(50574091 50774084) +1 种基金江苏省"333工程"科研资助项目煤炭加工与高效洁净利用教育部重点实验室开放基金资助项目(CPEUKF08-02); 文摘以往的研究解决了在OpenGL环境下进行复杂模型的转换和生成问题,但对于由多个具有配合关系部件组成的模型,直接转换后将丢失各部件间的关系等信息,从而影响模型在虚拟仿真系统中的应用。为建立实用的虚拟筛分实验系统,提出了一种基于OpenGL的层级建模方法,用树形结构描述模型各部件间的层级关系,采用嵌套显示列表技术实现模型绘制。应用表明该建模方法简单有效,能够用于构建具有复杂模型的虚拟场景。; 关键词计算机应用筛分实验系统层级建模方法虚拟仿真; Keywords computer application screening experiment system hierarchical modeling method virtual simulation; 分类号 TP391.72 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于分子描述符和机器学习方法预测和虚拟筛选MMP-13对MMP-1的选择性抑制剂被引量：9: 5; 作者李秉轲丛湧田之悦薛英; 机构四川大学化学学院四川大学生物治疗国家重点实验室; 出处《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2014年第1期171-182,共12页; 基金国家自然科学基金(21173151)资助项目~~; 文摘基质金属蛋白酶-13(MMP-13)为预防和治疗骨关节炎(OA)提供了充满希望的靶标.通过抑制剂来阻断MMP-13的活性将会对治疗OA疾病产生潜在的作用.然而,宽谱抑制剂同样抑制MMP家族的其它成员,特别是MMP-1,这将会导致肌与骨的综合症.因此,设计和发现潜在的MMP-13相对于MMP-1的高效选择性抑制剂,在对治疗OA新型药物的研发中具有相当重要的现实意义.本研究通过两种机器学习方法(ML):支持向量机(SVM)和随机森林(RF)来建立分类模型,用于预测不同结构的MMP-13对MMP-1的选择性抑制剂.所建这些模型的预测效果都已经达到了令人满意的精度.在这两种ML模型中,RF对于MMP-13选择性抑制剂和非抑制剂的精度分别达到97.58%和100%.同时,与MMP-13对MMP-1的选择性抑制最相关的分子描述符也基于不同的特征选择方法被两种模型挑选出来.最后,用预测效果最好的RF模型虚拟筛选了ZINC数据库的"fragment-like"子集,从而得到了一系列潜在的候选药物.研究表明,机器学习方法,特别是RF方法,对于发现潜在的MMP-13选择性抑制剂十分有效.同时还得到了一些与MMP-13的选择性抑制相关的分子描述符.; 关键词基质金属蛋白酶-13 选择性抑制剂机器学习方法支持向量机随机森林虚拟筛选; Keywords Matrix metalloproteinase-13 Selective inhibitor Machine learning method Support vector machine Random forest virtual screening; 分类号 O621.25 [理学—有机化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名计算机图形学消隐算法在电磁场散射计算中的应用被引量：3: 6; 作者曹秦峰徐鹏根鲁述; 机构武汉大学电子信息学学院; 出处《电波科学学报》 EI CSCD 1998年第2期193-196,共4页; 基金国家自然科学基金; 文摘提出了一种基于电磁散射面无法建模的三维形体消隐算法，面元法是计算机图形学与计算电磁学相结合的一种新方法，文中给出了利用虚拟屏对复杂三维形体的消隐实例。实验表明该消隐算法原理清晰，快速实用。; 关键词电磁散射面元法建模消隐算法计算机图形学; Keywords Electromagnetic scattering Facet-modeling method Shadowing algorithm virtual screen; 分类号 TN011 [电子电信—物理电子学] TP391.41 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于机器学习方法虚拟筛选Syk的抑制剂被引量：4: 7; 作者王洁雪李瑶杨敏王琪慧邓国伟杨帆李秉轲; 机构成都师范学院化学与生命科学学院功能分子研究所; 出处《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1313-1320,共8页; 基金四川省科技厅项目(19YYJC1644)资助国家级大学生创新创业训练计划(201814389068)资助四川省大学生创新创业训练计划(201814389145)资助; 文摘脾酪氨酸激酶(Syk)是一种细胞内的酪氨酸激酶细胞质受体,在类风湿性关节炎(RA)的发病过程中起着至关重要的作用。筛选Syk抑制剂对RA的治疗有着重要的意义。采用C4.5决策树与随机森林(RF)两种机器学习方法分别对Syk抑制剂与非抑制剂建立模型,经过对比,RF具有更好的预测精度。采用RF模型对Syk抑制剂进行虚拟筛选,从ZINC数据库筛选得到潜在的Syk抑制剂分子。研究结果表明,机器学习方法对于虚拟筛选和发现潜在的Syk抑制剂十分有效。; 关键词 SYK 虚拟筛选分子描述符机器学习方法 C4.5决策树随机森林; Keywords Syk virtual screening molecular descriptor machine learning method C4.5 decision tree random forest; 分类号 O641 [理学—物理化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	多模态虚拟筛选方法筛选靶向抑制冠状病毒Nsp5蛋白的天然分子药物	王晨宇许心怡张豪胡海峰吴建盛	《济南大学学报(自然科学版)》北大核心	2025	0	在线阅读下载PDF 职称材料
2	基于分子描述符和机器学习方法预测和虚拟筛选乳腺癌靶向蛋白HEC1抑制剂	何冰罗勇李秉轲薛英余洛汀邱小龙杨登贵	《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2015	6	在线阅读下载PDF 职称材料
3	超声辅助酶提取技术对驼皮源胶原蛋白降解及其活性肽的影响	何静史睿吉日木图	《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心	2023	2	在线阅读下载PDF 职称材料
4	虚拟筛分实验系统的层级建模技术研究	赵啦啦刘初升闫俊霞	《工程图学学报》 CSCD 北大核心	2009	0	在线阅读下载PDF 职称材料
5	基于分子描述符和机器学习方法预测和虚拟筛选MMP-13对MMP-1的选择性抑制剂	李秉轲丛湧田之悦薛英	《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2014	9	在线阅读下载PDF 职称材料
6	计算机图形学消隐算法在电磁场散射计算中的应用	曹秦峰徐鹏根鲁述	《电波科学学报》 EI CSCD	1998	3	在线阅读下载PDF 职称材料
7	基于机器学习方法虚拟筛选Syk的抑制剂	王洁雪李瑶杨敏王琪慧邓国伟杨帆李秉轲	《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心	2019	4	在线阅读下载PDF 职称材料